单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-07-08	Identification of inflammation-related biomarkers and therapeutic targets for neurogenic bladder fibrosis via multi-omics analysis 2025-Jul-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110721 PMID:40618693	研究论文	通过多组学分析识别炎症相关生物标志物和治疗神经源性膀胱纤维化的潜在药物	首次通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习方法，识别出HIF-1α、IL-1β、CD40和IL10RA作为神经源性膀胱纤维化的诊断生物标志物，并发现MEK抑制剂PD-0325901作为潜在治疗药物	研究主要基于大鼠模型，需要在人类患者中进行进一步验证	识别神经源性膀胱纤维化的诊断生物标志物并探索潜在治疗药物	神经源性膀胱纤维化	生物医学	神经源性膀胱	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、机器学习、分子对接模拟	机器学习	RNA测序数据	NB大鼠模型和NB患者样本
282	2025-07-08	Molecular mechanism and biological pathway of high-expressed RAD51 in regulating cell adhesion and potentially affecting oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03085-y PMID:40613957	研究论文	本研究探讨了RAD51在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中通过调节细胞粘附相关机制促进癌症进展的分子机制和生物学通路	首次全面验证了RAD51在OSCC中的多平台表达模式及其在细胞粘附中的功能作用，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究RAD51在OSCC中的表达模式及其通过调节细胞粘附影响癌症进展的分子机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织和细胞	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, 微阵列, 免疫组化(IHC), 单细胞测序(scRNA-seq), CRISPR基因敲除	NA	基因表达数据, 单细胞数据, 组织样本	1,006例OSCC样本(RNA-seq和微阵列), 162例OSCC组织(IHC), 9,693个恶性上皮细胞(scRNA-seq)
283	2025-07-08	Divide-and-conquer strategy with engineered ossification center organoids for rapid bone healing through developmental cell recruitment 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61619-y PMID:40615395	研究论文	本研究设计了一种类似骨化中心的类器官（OCO），通过分而治之的策略促进大尺寸骨缺损的快速愈合	创新性地开发了由MSCs负载3D打印生成的内核骨形态发生和神经营养球体与外层促血管生成神经营养相组成的OCO，实现了快速骨桥接和连续骨化小骨形成	研究未明确探讨OCO在长期体内的稳定性和潜在副作用	开发一种新型骨修复方法，促进大尺寸骨缺损的快速愈合	骨缺损修复	组织工程	骨缺损	3D打印、单细胞RNA测序、机器学习	机器学习	基因表达数据	NA
284	2025-07-08	DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61580-w PMID:40615408	research paper	本文介绍了一种名为DOLPHIN的深度学习方法，该方法通过整合外显子水平和连接读取数据，将基因表示为图结构，以提高单细胞转录组学的分析能力	DOLPHIN利用外显子水平和连接读取数据，通过变分图自编码器处理基因图结构，从而在细胞聚类、生物标志物发现和选择性剪接检测方面表现出优越性能，并能检测基因水平分析中常被掩盖的外显子水平的细微转录组差异	NA	提高单细胞转录组学的分析能力，特别是在细胞异质性、亚群识别和选择性剪接检测方面	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	变分图自编码器	单细胞转录组数据	NA
285	2025-07-08	Multi-omics and experimental validation reveal mechanism of compound mylabris capsules in treating diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jul-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09767-5 PMID:40615583	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证揭示了复方斑蝥胶囊（CMC）在治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的作用机制	首次通过多组学分析和实验验证揭示了CMC（主要是豆甾醇）通过调控CDK1和CDK2等靶点在DLBCL中的抗肿瘤作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	阐明复方斑蝥胶囊在DLBCL治疗中的作用机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）	生物医学	淋巴瘤	多组学分析（包括差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析）、单细胞RNA测序、分子对接和动力学模拟	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO和TCGA的DLBCL相关数据集
286	2025-07-08	Uncovering key markers and therapeutic targets for renal fibrosis in diabetic kidney disease through bulk and single-cell RNA sequencing 2025-Jul-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06554-8 PMID:40615901	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示糖尿病肾病中肾纤维化的关键标志物和治疗靶点	构建了FibrosisScore模型，识别了PROM1和THY1作为肾纤维化的关键基因，并通过分子对接筛选潜在治疗化合物	研究主要基于小鼠模型和数据库数据，临床验证仍需进一步研究	改善糖尿病肾病的早期诊断和开发新型治疗方法	糖尿病肾病患者的肾纤维化相关基因	数字病理学	糖尿病肾病	WGCNA, ssGSEA, scRNA-seq, 分子对接	FibrosisScore模型	RNA测序数据, 临床数据	两个DKD数据集, STZ诱导的小鼠模型, Nephroseq V5数据库的临床数据
287	2025-07-08	Leveraging machine learning and single-cell RNA sequencing strategies to develop a risk prognosis scoring based on liquid-liquid phase separation feature genes in pediatric hepatoblastoma 2025-Jul-04, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110685 PMID:40618698	研究论文	本研究结合机器学习和单细胞RNA测序技术，系统分析了肝母细胞瘤中液液相分离相关基因的分子特征，并建立了首个基于液液相分离的肝母细胞瘤预后预测模型	首次系统分析液液相分离在肝母细胞瘤中的作用，并建立首个基于液液相分离的预后预测模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	探索液液相分离在肝母细胞瘤中的作用，并开发预后预测模型	肝母细胞瘤患者	机器学习	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Random Forest, SVM-RFE, Lasso回归	RNA-seq数据	多个GEO数据集（GSE133039、GSE75271、GSE81928、GSE132037、GSE186975）
288	2025-07-08	Integrative analysis reveals the multilateral inflammatory mechanisms of CD14 monocytes in gout 2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.01.046 PMID:40023733	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了CD14单核细胞在痛风中的多边炎症机制	首次在痛风患者中鉴定了S100Ahigh CD14单核细胞亚群及其在炎症和代谢途径中的关键作用，以及缺氧相关通路HIF1A在白细胞介素-1β产生中的调控作用	样本量较小（8名痛风患者和6名健康对照），且主要依赖体外实验验证	阐明CD14单核细胞在痛风炎症反应中的分子和细胞特征	痛风患者和健康对照者的外周血单个核细胞	生物医学研究	痛风	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8名痛风患者和6名健康对照者的外周血单个核细胞
289	2025-07-08	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Jul, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	该研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次揭示了KMT2D通过直接激活关键基因参与成釉细胞分化，从而在牙釉质形成中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关病理的验证仍需进一步研究	阐明KMT2D在牙釉质发育过程中的分子机制	KMT2D基因及其在牙釉质形成中的作用	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、微计算机断层扫描、扫描电子显微镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据、组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其牙胚组织
290	2025-07-08	Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration 2025-Jul, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01931-4 PMID:40195564	综述	本文回顾了当前对小胶质细胞转录异质性的理解，并概述了小鼠和人类小胶质细胞的多样性，包括发育、神经退行性疾病、性别和中枢神经系统区域等方面	提供了最新的技术和模型系统，以增进对小胶质细胞状态和功能的理解，并提出了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具	NA	增进对小胶质细胞转录异质性及其在健康和疾病中多样性的理解	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
291	2025-07-08	Fibroblast Activation Protein (FAP)+ cancer-associated fibroblasts induce macrophage M2-like polarization via the Fibronectin 1-Integrin α5β1 axis in breast cancer 2025-Jul, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03359-3 PMID:40263422	研究论文	本文研究了表达成纤维细胞激活蛋白（FAP）的癌症相关成纤维细胞（FAP CAFs）在乳腺癌微环境中的免疫调节机制	发现FAP CAFs通过分泌纤维连接蛋白1（FN1）与巨噬细胞上的整合素α5β1结合，触发FAK-AKT-STAT3信号通路，驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2样表型极化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证有限	探究FAP CAFs在乳腺癌免疫微环境中的作用及其机制	FAP CAFs、巨噬细胞、FN1-整合素α5β1轴	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、体内外实验	NA	RNA测序数据、临床标本数据	临床标本及小鼠模型
292	2025-07-08	USP14-IMP2-CXCL2 axis in tumor-associated macrophages facilitates resistance to anti-PD-1 therapy in gastric cancer by recruiting myeloid-derived suppressor cells 2025-Jul, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03425-w PMID:40269263	research paper	该研究揭示了USP14-IMP2-CXCL2轴在肿瘤相关巨噬细胞中通过招募髓系来源的抑制细胞促进胃癌对PD-1抗体治疗的耐药性	发现了USP14通过去泛素化稳定m6A阅读器IMP2，从而增强CXCL2的表达和分泌，促进MDSCs的招募，进而导致PD-1抗体治疗耐药的新机制	研究主要基于胃癌样本和动物实验，尚未在其他癌症类型中验证该机制的普适性	探索胃癌对PD-1抗体治疗耐药的分子机制	胃癌患者的内镜活检样本和动物模型	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	动物实验模型	基因表达数据	未明确说明患者样本数量，但包含抗PD-1治疗敏感和耐药的两组胃癌患者样本
293	2025-07-08	A dynamic and multimodal framework to define microglial states 2025-Jul, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01978-3 PMID:40394327	research paper	本文提出了一种连续模型来描述小胶质细胞的状态，挑战了现有基于单细胞RNA测序的离散分类范式	提出了小胶质细胞状态的连续模型，认为其存在连续变化而非离散实体，解决了现有方法过度依赖计算聚类算法的问题	未提及具体实验验证或模型应用的具体案例	建立更准确的小胶质细胞状态分类框架	小胶质细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	连续模型	RNA测序数据	NA
294	2025-07-08	Spatial multiomics decipher fibroblast-macrophage dynamics in systemic sclerosis 2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.04.025 PMID:40410053	研究论文	本研究通过空间多组学技术解析了系统性硬化症中成纤维细胞与巨噬细胞的动态相互作用	揭示了系统性硬化症中纤维化微环境扩张的动态成纤维细胞-巨噬细胞相互作用，并发现了ACKR3在调控CXCL12/CXCR4介导的促炎巨噬细胞招募中的新作用	样本量相对较小（14例皮肤活检），且主要基于小鼠模型验证	探索系统性硬化症皮肤组织中纤维化微环境的形成机制	系统性硬化症患者皮肤组织、小鼠模型和伤口愈合驯鹿模型	数字病理学	系统性硬化症	空间转录组学（10× Visium平台）、Stereo-seq转录组学、空间蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	14例皮肤活检（10例弥漫性皮肤系统性硬化症患者和4例健康对照）
295	2025-07-08	CD4+ tissue-resident memory Th17 cells are a major source of IL-17A in Spondyloarthritis synovial tissue 2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.04.018 PMID:40413112	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间RNA分析，确定了CD4+组织驻留记忆Th17细胞是脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的主要来源	首次发现CD4+CXCR6+ TRM17细胞是脊柱关节炎滑膜中自发产生IL-17A的主要细胞类型，并揭示了BRD1在TRM17细胞生成中的关键作用	样本量相对较小（AxSpA n=5，PsA n=6），且主要为体外实验验证	确定脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的细胞来源及其调控机制	脊柱关节炎患者的滑膜组织和血液CD4+记忆T细胞	免疫学	脊柱关节炎	scRNA-seq, 空间RNA分析, CellPhoneDB, siRNA, CRISPR	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	AxSpA患者5例，PsA患者6例（scRNA-seq）；PsA患者4例（空间RNA分析）
296	2025-07-08	Disruption of Morrbid alleviates autoinflammatory osteomyelitis in Pstpip2-deficient mice 2025-Jul-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.052176 PMID:40503910	研究论文	本研究探讨了Morrbid基因在Pstpip2缺陷小鼠中缓解自身炎症性骨髓炎的作用	首次揭示了Morrbid基因在慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)中的致病作用，并证明靶向Morrbid可有效治疗慢性骨髓炎	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究Morrbid基因在自身炎症性骨髓炎中的致病机制及潜在治疗靶点	Pstpip2缺陷小鼠模型	免疫学	骨髓炎	单细胞转录组分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	Pstpip2-/-和Pstpip2-/-Morrbid-/-复合突变小鼠
297	2025-07-08	Inhibitor of DNA-Binding 3 Is a Novel Regulator of Limbal Epithelial Cell Migration Via the EphA2/Akt Signaling Pathway 2025-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.9.2 PMID:40590805	研究论文	本研究探讨了DNA结合抑制因子3（ID3）通过EphA2/Akt信号通路调控角膜缘上皮细胞迁移的新机制	发现了ID3通过EphA2/Akt信号轴调控角膜上皮伤口愈合的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探索角膜伤口愈合过程中细胞迁移的调控机制	角膜缘上皮细胞	细胞生物学	角膜损伤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, siRNA转染, 划痕实验	NA	RNA测序数据, 细胞迁移数据	野生型角膜细胞和ID3敲除的角膜缘上皮细胞
298	2025-07-07	Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice 2025-Jul-05, Lung IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s00408-025-00829-z PMID:40616692	research paper	该研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在急性肺损伤（ALI）中的作用及其保护机制	首次揭示了Cmpk2通过STING依赖的机制调节中性粒细胞募集和细菌吞噬功能，从而对抗肺炎	研究主要基于小鼠模型和斑马鱼胚胎，人类样本验证有限	阐明Cmpk2在细菌性肺炎诱发的急性肺损伤中的保护作用机制	Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本	分子生物学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	scRNA-seq、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析	基因敲除动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确样本量（使用基因敲除小鼠模型和斑马鱼胚胎）
299	2025-07-07	Modulation of mitochondrial dysfunction: Mechanisms and strategies for the use of natural products to treat stroke 2025-Jul-05, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-25-00016 PMID:40618255	research paper	本文探讨了线粒体功能障碍的调节机制及天然产物在治疗中风中的应用	提出了天然产物通过多靶点调节线粒体功能障碍来治疗中风的新策略	天然产物的临床转化面临成分复杂难以标准化、跨区域临床数据不足以及缺乏长期安全性评估等挑战	研究中风治疗中线粒体功能障碍的调节机制及天然产物的应用	线粒体功能障碍及天然产物	NA	心血管疾病	单细胞测序、类器官模型	NA	NA	NA
300	2025-07-07	Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model 2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02063-3 PMID:40615895	research paper	该研究探讨了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在低髓鞘化模型中对炎症的促进作用	揭示了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在慢性炎症和神经功能缺损中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证	了解难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制	Pdgfra条件性敲除小鼠的脑皮质	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序，组织学分析	小鼠模型	RNA测序数据，组织学图像	NA