单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-10	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究探讨了Setdb1在巨噬细胞中对心脏同种异体移植物纤维化的影响及其潜在机制	揭示了Setdb1通过调控组蛋白甲基化影响巨噬细胞重编程，从而调节纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索巨噬细胞中Setdb1对心脏同种异体移植物纤维化的调控作用及其治疗潜力	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组测序	基因敲除小鼠模型	转录组数据	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织样本
242	2025-07-10	scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357 PMID:40581778	研究论文	提出了一种基于Graph Transformer的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT，用于多组学数据的整合和标签传递	利用原始数据中的相关性特征增强图结构，提高了多组学数据整合的性能	未明确提及具体局限性	开发高性能的单细胞多组学数据整合算法	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	Graph Transformer	单细胞多组学数据	数百万细胞的数据集
243	2025-07-10	Controlling mitochondrial membrane architecture via MIC60 determines viral replication to promote anti-viral immunity 2025-Jul-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115922 PMID:40628273	research paper	研究线粒体膜结构如何通过MIC60调控病毒复制并促进抗病毒免疫	揭示了线粒体内膜（IMM）结构和嵴架构对病毒复制的影响，并首次将FF ATP合酶和MICOS复合物与病毒复制及免疫激活联系起来	研究主要基于小鼠模型和特定病毒（水泡性口炎病毒），结果在其他病毒或生物模型中的普适性尚待验证	探究线粒体膜结构在病毒复制和免疫反应中的作用	线粒体内膜（IMM）和嵴架构、FF ATP合酶、MICOS复合物（特别是MIC60）、骨髓来源的树突状细胞	免疫学	病毒感染	单细胞转录组学、基因敲除（Mic60CD11c-Cre小鼠模型）	小鼠模型	转录组数据、细胞成像数据	骨髓来源的树突状细胞（具体样本量未明确说明）
244	2025-07-09	EDNRB2 regulates fate, migration, and maturation of hair cell precursors in regenerating avian auditory epithelium explants 2025-Jul-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502713122 PMID:40627393	研究论文	本研究揭示了EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生过程中的作用，特别是在毛细胞前体细胞的命运决定、迁移和成熟中的调控机制	首次发现EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生过程中的关键作用，并揭示了其在毛细胞前体细胞命运决定、迁移和成熟中的具体调控机制	研究仅限于鸟类模型，未在哺乳动物中进行验证	揭示EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生中的具体作用机制	鸡基底乳头(BP)中的支持细胞(SCs)和毛细胞(HCs)	再生医学	听力损失	单细胞RNA测序、RNA测序、组织学评估	NA	基因表达数据、组织学图像	鸡基底乳头外植体培养物
245	2025-07-09	Allergen induces pulmonary neuroendocrine cell hyperplasia in a model of asthma 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187018 PMID:40626365	research paper	研究揭示了过敏原如何通过调控肺神经内分泌细胞（PNECs）的增生加剧哮喘反应	发现过敏原（如屋尘螨）能诱导PNECs的增生，包括现有PNECs的增殖和俱乐部细胞的转分化，并识别出一种过敏原诱导的PNEC亚型	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究PNECs在过敏原诱导的哮喘反应中的调控机制	小鼠肺神经内分泌细胞（PNECs）	呼吸系统疾病研究	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及野生型和突变型小鼠
246	2025-07-09	Single-cell sequencing and mass spectrometry imaging reveal the multicellular compartmentalization map of plant triterpenes: A ginsenoside in Panax ginseng example 2025-Jul-08, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.70198 PMID:40626415	研究论文	本研究通过单细胞测序和质谱成像技术揭示了植物三萜类化合物的多细胞区室化图谱，并以人参皂苷为例	首次报道了三萜类化合物生物合成的多细胞区室化图谱，并构建了多细胞区室化图谱	研究仅以人参皂苷为例，可能无法完全代表其他植物三萜类化合物的分布情况	揭示植物三萜类化合物的多细胞区室化图谱，为植物育种和代谢调控提供依据	人参（Panax ginseng）的根、茎和叶	植物代谢组学	NA	单细胞测序、质谱成像	NA	图像、测序数据	NA
247	2025-07-09	Endothelial plasticity in atrial fibrosis by integrating single-cell sequencing and genetic lineage tracing 2025-Jul-08, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf372 PMID:40626706	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和遗传谱系追踪技术，探讨了内皮细胞在心房纤维化中的可塑性及其机制	揭示了内皮细胞通过TGF-β1信号通路促进成纤维细胞功能和心房纤维化的新机制，并提出了针对内皮特异性通路的治疗策略	研究中发现内皮细胞向成纤维细胞的完全转化极少，可能限制了内皮可塑性在纤维化中的全面理解	阐明内皮细胞在心房纤维化中的具体作用机制	心房组织中的内皮细胞和成纤维细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 遗传谱系追踪	NA	基因表达数据, 细胞图像数据	来自窦性心律和心房颤动患者的心房组织, Cdh5-CreERT2;RFP小鼠模型, 人类原代心房内皮细胞和成纤维细胞
248	2025-07-09	SARC028 samples reveal an interplay between TGFβ, interferon signaling and low HLA class I expression as contributors to Ewing sarcoma checkpoint blockade resistance 2025-Jul-08, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3882 PMID:40627445	研究论文	本研究利用SARC028试验中的尤文肉瘤患者活检样本，探讨了TGFβ、干扰素信号传导和低HLA I类表达在免疫检查点阻断抵抗中的作用	揭示了尤文肉瘤对PD1靶向免疫疗法抵抗的免疫抑制三联特征，并提出了改善抗肿瘤免疫的策略	样本量有限，且仅分析了治疗前后的特定时间点	探究尤文肉瘤对免疫检查点抑制剂抵抗的机制	尤文肉瘤患者的治疗前后活检样本	数字病理学	尤文肉瘤	多重免疫荧光、空间蛋白质组学、空间转录组学	NA	组织样本	SARC028临床试验中尤文肉瘤患者的配对活检样本
249	2025-07-09	Chimeric antigen receptor-engineered cytolytic Tregs reverse pulmonary fibrosis and remodel the fibrotic niche without CRS 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182050 PMID:40627450	研究论文	该研究开发了一种靶向FAP1的CAR-cTregs细胞，用于治疗特发性肺纤维化（IPF）	结合CAR-T细胞的靶向杀伤优势和Tregs的免疫抑制功能，开发了新型CAR-cTregs细胞，用于治疗IPF	研究仅在体外和博来霉素诱导的肺纤维化模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型治疗方法，逆转肺纤维化并重塑纤维化微环境	FAP1+肺泡成纤维细胞（AFs）和CAR-cTregs细胞	免疫治疗	特发性肺纤维化（IPF）	单细胞转录组学分析、CAR-T细胞技术	博来霉素诱导的肺纤维化模型	NA	NA
250	2025-07-09	Hair follicle epithelial stem cells contribute to interfollicular epidermis during homeostasis 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.193496 PMID:40627455	研究论文	本研究揭示了毛囊上皮干细胞在稳态期间对毛囊间表皮（IFE）的贡献	发现转录因子KROX20标记了小鼠毛囊上部和中部的一个异质性干细胞群，并证实这些细胞在成年期迁移至IFE，参与表皮基底和上层形成	研究仅限于小鼠模型，未在人类皮肤中进行验证	探究毛囊干细胞在表皮稳态维持中的作用机制	小鼠毛囊上皮干细胞及毛囊间表皮	细胞生物学	NA	谱系追踪技术、空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型（未明确具体数量）
251	2025-07-09	Cluster-guided contrastive learning with masked autoencoder for spatial domain identification based on spatial transcriptomics 2025-Jul-07, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3586483 PMID:40622835	研究论文	提出了一种名为STMCCL的自监督学习框架，用于基于空间转录组学的空间域识别	结合掩码自编码器和聚类引导的对比学习，探索基因表达谱和空间拓扑的复杂关系	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据的空间域识别精度	空间转录组数据	数字病理	NA	空间转录组技术	掩码自编码器（masked autoencoder）	基因表达谱和空间信息	7个公共数据集
252	2025-07-09	Combined angiogenic and hypertrophic gene therapy enhances skeletal muscle growth 2025-Jul-07, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00966.2024 PMID:40622896	研究论文	本研究探讨了结合血管生成和肌肉肥大的基因疗法如何促进生理性肌肉生长并改善肌肉功能	结合使用myostatin前肽(Pro-MSTN)和血管内皮生长因子B(VEGF-B)的基因疗法，克服了当前肌肉肥大治疗的局限性	研究主要在健康和小鼠糖尿病模型中进行，尚未在人类中验证	探索结合血管生成和肌肉肥大的基因疗法对肌肉生长和功能的促进作用	健康小鼠和糖尿病小鼠的骨骼肌	基因治疗	肌肉萎缩	腺相关病毒载体(AAV)基因递送、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	健康小鼠和糖尿病小鼠
253	2025-07-09	Investigating Intestinal Farnesoid X Receptor functions at the Intestinal Mucosal Barrier and in the Intestinal Microbiota in a Biliary Obstruction Mouse Model 2025-Jul-07, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00223.2024 PMID:40623002	研究论文	本研究探讨了肠道FXR在胆汁淤积小鼠模型中肠道黏膜屏障和肠道微生物群中的功能	揭示了肠道FXR缺乏对肠道屏障功能和微生物群的影响，并发现OCA依赖的FXR激活可保护肠道屏障免受损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	阐明FXR在生理和胆汁淤积条件下的肠道作用，为胆汁淤积性疾病的肠道治疗提供新见解	肠道FXR功能、肠道屏障功能、肠道微生物群	NA	胆汁淤积性疾病	单细胞测序	小鼠模型	测序数据	NA
254	2025-07-09	Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes 2025-Jul-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241 PMID:40623094	研究论文	本文通过引入动态矩阵分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了它们的期望递推关系，并展示了SFS与单细胞MBD之间的自然联系	引入了动态矩阵来分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了新的MBD表达式，并展示了SFS与单细胞MBD之间的自然联系	在引入死亡的情况下，所有三种分布均为近似解，而非精确解	研究肿瘤细胞群体中突变积累的统计分布及其动态参数	肿瘤细胞群体中的突变积累	计算生物学	癌症	单细胞测序	动态矩阵	基因组数据	NA
255	2025-07-09	A Novel Immunocompetent Transgenic Mouse Model of DHF Reveals Syk-mediated Th2-Polarized Cytokine Storm as A Key Driver Of Vascular Leakage 2025-Jul-07, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2531178 PMID:40623122	research paper	该研究建立了一种新型免疫活性转基因小鼠模型，用于研究登革热出血热（DHF）的发病机制	首次建立了具有完整先天/适应性免疫的免疫活性小鼠模型，揭示了Syk介导的Th2极化细胞因子风暴是血管渗漏的关键驱动因素	NA	研究登革热出血热（DHF）的发病机制	hTim4转基因C57BL/6J小鼠模型和人类DHF组织	NA	登革热	单细胞RNA测序和空间转录组学分析	转基因小鼠模型	RNA测序数据和转录组数据	NA
256	2025-07-09	Heterogeneity in Osteosarcoma Revealed by scRNA Sequencing: CLU+ Endothelial Cells as Key Players in Tumor Progression 2025-Jul-07, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70138 PMID:40623412	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤的异质性，发现CLU+内皮细胞在肿瘤进展中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤中心区域和周边区域的微环境差异，并鉴定出CLU+内皮细胞在促进肿瘤转移和抑制免疫反应中的关键作用	样本量较小（仅6例患者），且未验证CLU+内皮细胞作为治疗靶点的临床效果	探索骨肉瘤肿瘤内异质性（ITH）在肿瘤进展中的作用	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤组织样本（中心区域和周边区域）	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤组织样本
257	2025-07-09	Batch correction methods used in single-cell RNA sequencing analyses are often poorly calibrated 2025-Jul-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279886.124 PMID:40623818	研究论文	本文比较了八种广泛使用的单细胞RNA测序数据批次校正方法，并提出了一种新方法来评估这些方法在批次校正过程中对数据的改变程度	提出了一种新的评估方法，用于测量批次校正方法在细胞间距离和细胞簇水平上对数据的改变程度	研究仅针对八种批次校正方法进行了评估，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较单细胞RNA测序数据批次校正方法的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
258	2025-07-09	Microglial landscape and signaling in spinal cord injury 2025-Jul-07, Spinal cord IF:2.1Q1 DOI:10.1038/s41393-025-01103-y PMID:40624302	research paper	该研究通过生物信息学分析，绘制了脊髓损伤后小胶质细胞的动态变化图谱，并揭示了TGFβ信号通路和Trem2介导的神经炎症在脊髓损伤恢复中的关键作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组和大块RNA测序数据，揭示了小胶质细胞在脊髓损伤后的动态变化及其分子机制，提出了针对Trem2介导的神经炎症和TGFβ驱动的修复机制的双重调控轴治疗策略	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	研究脊髓损伤后小胶质细胞的动态变化及其分子机制，以促进脊髓损伤的功能恢复	脊髓损伤后的小胶质细胞	digital pathology	spinal cord injury	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq	NA	RNA sequencing data	来自Gene Expression Omnibus (GEO)的多个数据集
259	2025-07-09	Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1 2025-Jul-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70167 PMID:40624910	研究论文	本文探讨了衰老小胶质细胞通过选择性消除海马CA1区的兴奋性突触介导神经炎症引起的认知功能障碍的机制	首次揭示了衰老小胶质细胞通过过度吞噬兴奋性突触导致认知功能障碍的具体机制，并验证了ABT-737治疗对改善这一过程的潜在效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明神经炎症导致认知功能障碍的细胞机制	C57BL/6J小鼠的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、高尔基染色、全细胞膜片钳记录、Western blotting、免疫荧光	小鼠神经炎症模型	RNA测序数据、电生理数据、蛋白质表达数据、行为学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多种实验技术验证
260	2025-07-09	Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury 2025-Jul-07, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003698 PMID:40625295	综述	本文综述了肾缺血再灌注损伤中的细胞衰老现象及其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的关键作用	探讨了细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的核心机制，并介绍了针对细胞衰老的新兴治疗方法如衰老细胞清除剂和衰老调节剂	主要基于现有研究的综述，缺乏原创性实验数据验证	阐明细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的作用机制及潜在治疗策略	肾缺血再灌注损伤过程中的细胞衰老现象	肾脏病理学	急性肾损伤/慢性肾病	单细胞测序技术、人工智能辅助药物筛选	NA	文献数据	NA