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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-10-05 |
Reg2ST: recognizing potential patterns from gene expression for spatial transcriptomics prediction
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf425
PMID:40825238
|
研究论文 | 开发了一种名为Reg2ST的深度学习模型,用于从基因表达中识别潜在模式并进行空间转录组学预测 | 提出了一种新颖的方法来捕获spots之间的关系,而不是使用K-最近邻方法;采用对比学习最小化空间转录组学和病理图像之间的距离 | NA | 解决现有空间转录组学预测方法存在的问题,提高预测性能 | 人类乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌,皮肤鳞状细胞癌 | 空间转录组学,深度学习 | 对比学习 | 基因表达数据,病理图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 242 | 2025-10-05 |
Advances in Collateral Neuroimaging for Acute Ischemic Stroke: Redefining Time and Tissue Windows in the Reperfusion Era
2025 Jul-Aug, Journal of neuroimaging : official journal of the American Society of Neuroimaging
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jon.70079
PMID:40820581
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综述 | 本文系统综述了急性缺血性卒中侧支循环神经影像学评估技术的最新进展及其在精准医疗中的应用 | 提出基于侧支循环状态重新定义缺血半暗带时间窗,整合多模态影像与分子影像技术实现精准评估 | 存在技术异质性、验证数据有限且缺乏标准化评估体系 | 探讨神经影像学技术在卒中侧支循环评估中的临床应用价值 | 急性缺血性卒中患者 | 医学影像 | 脑血管疾病 | CT血管成像、灌注成像、磁共振成像、PET成像、空间转录组学 | NA | 医学影像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 243 | 2025-10-05 |
Diabetes-Kidney-Heart Continuum and Its Implication on Therapeutic Management
2025-Jul, Cureus
DOI:10.7759/cureus.88561
PMID:40861717
|
综述 | 本文系统阐述了2型糖尿病-肾脏-心脏连续体的病理机制、分期管理策略及新型诊疗方法 | 首次整合糖尿病-肾脏-心脏连续体的多阶段管理框架,并系统评估新型生物标志物与单细胞技术的临床应用价值 | 作为叙述性综述缺乏原始数据支持,未对纳入研究进行系统性质量评价 | 探讨糖尿病相关心肾并发症的连续发展机制及优化治疗策略 | 2型糖尿病患者的血管并发症(心血管疾病与慢性肾脏病) | 医学研究 | 糖尿病并发症 | 单细胞转录组测序,生物标志物检测 | NA | 临床研究数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 244 | 2025-10-05 |
Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens
2025-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655669
PMID:40475436
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研究论文 | 本研究开发了条形码单克隆胚胎体技术,解决了嵌合体类器官筛选中因细胞瓶颈导致的统计效力不足和结果混淆问题 | 开发了可扩展的单克隆胚胎体协议,通过遗传条形码技术解决了嵌合体类器官筛选中细胞瓶颈导致的统计效力限制 | 研究仍处于概念验证阶段,需要在更广泛的遗传扰动和表型分析中进一步验证 | 解决嵌合体类器官遗传筛选中因细胞瓶颈导致的统计效力不足和结果不可重复性问题 | 小鼠胚胎干细胞和胚胎体 | 发育生物学 | NA | CRISPR筛选,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 245 | 2025-10-05 |
A hybrid 1DCNN-GRU deep learning framework for classifying caprine granulosa cell fertility potential using single-cell transcriptomics
2025-Jul, Veterinary world
IF:1.7Q2
DOI:10.14202/vetworld.2025.1922-1935
PMID:40926859
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研究论文 | 开发混合1DCNN-GRU深度学习模型,利用单细胞转录组数据对山羊颗粒细胞生育潜力进行分类 | 首次将深度学习应用于山羊颗粒细胞的生育潜力分类,结合1DCNN和GRU的混合架构 | 需要在更大数据集和跨物种中进行进一步验证 | 开发基于单细胞转录组数据的颗粒细胞生育潜力分类方法 | 山羊颗粒细胞 | 机器学习 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | 1DCNN-GRU混合模型 | 基因表达数据 | 公开可用的单胎和多胎山羊scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 246 | 2025-10-05 |
CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574376
PMID:38903082
|
研究论文 | 本研究揭示了CREB在酒精性胰腺炎中驱动腺泡细胞向导管重编程并促进胰腺癌进展的机制 | 首次阐明CREB与致癌Kras在慢性炎症环境下协同促进胰腺癌进展的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究CREB在酒精性胰腺炎促进胰腺癌进展中的作用机制 | 遗传修饰小鼠模型(Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+)和腺泡细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 磷酸激酶阵列, 定量PCR, 谱系追踪 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像, 蛋白质印迹数据 | 多种遗传背景的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 247 | 2025-10-05 |
Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity
2025-Jul-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050
PMID:40601776
|
研究论文 | 本研究通过单细胞技术构建了幼年特发性关节炎滑膜组织图谱,揭示了与疾病严重程度相关的致病微环境 | 首次在初治JIA患儿中建立滑膜组织细胞图谱,识别了与关节炎严重程度相关的空间组织微环境和特定细胞群体 | 样本来自疾病早期初治患者,可能无法代表所有JIA亚型或疾病阶段 | 解析幼年特发性关节炎滑膜组织的细胞组成和空间结构,指导靶向治疗 | 幼年特发性关节炎患儿的滑膜组织活检样本、滑液和外周血 | 数字病理学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,免疫荧光图像 | 初治JIA患儿的滑膜组织活检样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 248 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis unveils immune dysregulation and EBV-driven lymphoproliferative disorder in pediatric liver transplant recipients
2025-Jul, Human immunology
IF:3.1Q3
DOI:10.1016/j.humimm.2025.111309
PMID:40263002
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小儿肝移植受者中EB病毒驱动的淋巴增殖性疾病的免疫失调机制 | 首次在单细胞水平系统描绘PTLD患者的免疫微环境特征,揭示EBV感染特异性靶向记忆B细胞和浆细胞的机制 | 样本量有限,未涉及组织样本分析,未能验证功能性恢复策略 | 阐明小儿肝移植后EBV相关淋巴增殖性疾病的免疫病理机制 | 小儿肝移植受者外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 淋巴增殖性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 四组人群:EBV阳性PTLD患者、EBV阳性非PTLD移植受者、EBV阴性移植受者、健康儿童 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 249 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Changes in Patient-Derived Glioma and U87 Glioblastoma Cell Cultures Infected with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact
2025-07-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26146983
PMID:40725231
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact感染人胶质瘤细胞后的转录组变化 | 首次在单细胞水平比较患者来源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和U87胶质母细胞瘤细胞对溶瘤病毒的转录反应 | 研究仅针对特定溶瘤病毒株VV-GMCSF-Lact,未与其他病毒疗法比较 | 探究溶瘤病毒治疗胶质瘤的细胞特异性反应机制 | 患者来源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞、U87胶质母细胞瘤细胞系 | 单细胞转录组学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 患者来源胶质瘤细胞培养物和U87细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 250 | 2025-09-06 |
Progress in the Application of Single-Cell Sequencing in Neoadjuvant Therapy for Esophageal Cancer
2025-Jul, Cureus
DOI:10.7759/cureus.89163
PMID:40895953
|
综述 | 本文探讨单细胞测序技术在食管癌新辅助治疗中的应用进展及其对肿瘤微环境和治疗策略的启示 | 提供了评估新辅助治疗有效性的新视角,并通过单细胞水平分析揭示个体细胞差异 | 未明确提及具体研究限制,但属于技术应用综述而非实证研究 | 推动食管癌新辅助治疗策略的优化和个性化治疗发展 | 食管癌肿瘤微环境及接受新辅助治疗的患者群体 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞测序(sc-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2025-10-06 |
[Buyang Huanwu Decoction targets PPARG/SPP1/CD44 signaling pathway: mechanisms of lipid dysregulation and treatment in idiopathic pulmonary fibrosis]
2025-Jul, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究揭示补阳还五汤通过调控PPARG/SPP1/CD44信号通路改善特发性肺纤维化脂质代谢紊乱的机制 | 首次发现PPARG/SPP1/CD44通路在IPF脂质代谢中的核心调控作用,并阐明补阳还五汤通过该新机制发挥抗纤维化作用 | 研究主要基于动物模型,尚未进行临床验证 | 探究特发性肺纤维化中脂质代谢紊乱的调控机制及中药治疗作用 | 博来霉素诱导的特发性肺纤维化大鼠模型 | 生物医学研究 | 特发性肺纤维化 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 网络药理学, 分子对接, Western blot | 动物疾病模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 大鼠随机分为6组(对照组、模型组、吡非尼酮组及补阳还五汤低中高剂量组) | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 252 | 2025-10-06 |
NFATC3 enhances osteosarcoma progression by increasing PD-L1 and CXCL2 levels
2025-Jul-29, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02850-x
PMID:40728758
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研究论文 | 本研究探讨了NFATC3基因通过增加PD-L1和CXCL2表达促进骨肉瘤进展的机制 | 首次揭示NFATC3通过调控PD-L1配体和炎症因子表达促进骨肉瘤进展,并发现其在肿瘤微环境T细胞和巨噬细胞中的高表达 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究NFATC3基因在骨肉瘤中的表达及其对肿瘤进展的影响机制 | 骨肉瘤细胞系(143B、SJSA、HOS、MG63、MNNG)和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | qRT-PCR、单细胞测序、肿瘤细胞与巨噬细胞共培养系统 | 细胞系模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 5种骨肉瘤细胞系和多个骨肉瘤测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 253 | 2025-10-06 |
Dose-escalation studies of mesenchymal stromal cell therapy for decompensated liver cirrhosis: phase Ia/Ib results and immune modulation insights
2025-Jul-29, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02318-4
PMID:40721581
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研究论文 | 本研究通过Ia/Ib期剂量递增试验评估间充质基质细胞治疗失代偿性肝硬化的安全性和免疫调节机制 | 首次在人体中揭示MSC治疗的剂量效应关系和最佳给药方案,并鉴定MX1单核细胞作为MSC诱导免疫调节的关键介质 | 单臂设计、样本量有限、随访时间较短(仅28天) | 评估MSC治疗失代偿性肝硬化的安全性、耐受性和免疫调节作用 | 失代偿性肝硬化患者 | 临床医学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序, 飞行时间细胞术, 多组学分析 | NA | 临床数据, 分子数据 | 多个剂量队列患者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 254 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals that a high salt diet increases IL6R-JAK1-STAT3 gene signaling pathway activity in intestinal B cells and Tfh cells of salt-sensitive hypertension animal model
2025-Jul-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11100-z
PMID:40670501
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示高盐饮食通过增强肠道B细胞和Tfh细胞中IL6R-JAK1-STAT3信号通路活性促进盐敏感性高血压的机制 | 首次在盐敏感性高血压模型中应用单细胞RNA测序技术分析肠道免疫细胞,发现高盐饮食特异性激活B细胞和Tfh样细胞中IL-6R-JAK-STAT信号通路 | 研究仅使用Dahl SS大鼠模型,样本量较小,未在人类样本中验证 | 阐明肠道免疫在盐敏感性高血压发展中的作用机制 | Dahl盐敏感性高血压大鼠模型的肠道和血液免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6周龄Dahl SS大鼠,正常盐饮食和高盐饮食两组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 255 | 2025-10-06 |
Targeting HK3 in tumor-associated macrophages enhances antitumor immunity through augmenting antigen cross-presentation in cervical cancer
2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011948
PMID:40664447
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞中HK3通过mTOR-TFEB信号轴抑制抗原交叉呈递的机制,并证明靶向HK3可增强抗肿瘤免疫 | 首次发现HK3在TAMs中作为CD8+ T细胞与巨噬细胞交叉调控的关键节点,并阐明其通过mTOR-TFEB通路影响溶酶体活性的新机制 | 临床样本量有限(119例),机制研究主要基于 preclinical 模型 | 探索靶向肿瘤相关巨噬细胞中HK3增强抗肿瘤免疫的治疗策略 | 宫颈癌患者样本、肿瘤相关巨噬细胞、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫共沉淀, 共聚焦显微镜, 体外共培养 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 细胞影像数据 | 119例宫颈癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 256 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models
2025-Jul-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08385-1
PMID:40659881
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研究论文 | 通过小鼠模型研究CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用机制 | 首次系统揭示CAPZA2基因缺陷导致神经发育障碍的分子机制和表型特征 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究CAPZA2基因在神经发育障碍中的致病机制 | CAPZA2杂合敲除和点突变小鼠模型 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序,行为学分析,形态学分析 | 基因编辑小鼠模型 | 基因表达数据,行为数据,形态学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 257 | 2025-10-06 |
Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq
2025-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01112-w
PMID:39979460
|
研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法,能够将单个细胞的转录组与其分泌蛋白量关联起来 | 首次实现了在单细胞水平上同时测量转录组和分泌蛋白量的技术,通过纳米孔技术和寡核苷酸条形码标记系统 | 需要特定的纳米孔技术和设备,可能对某些实验室来说设备要求较高 | 研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关联 | T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌型细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,微流控技术 | NA | 单细胞转录组数据,分泌蛋白定量数据 | 数千个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微流控油包水乳液系统 |
| 258 | 2025-10-06 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909
PMID:40570367
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研究论文 | 研究细胞因子混合物对人THP-1巨噬细胞向阿尔茨海默病相关表型重编程的作用 | 首次使用特定细胞因子组合(IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β)在体外将人巨噬细胞重编程为AD相关表型 | 研究仅限于体外THP-1巨噬细胞模型,未在体内验证 | 开发阿尔茨海默病相关的体外巨噬细胞模型 | 人THP-1巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,功能测定 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | THP-1巨噬细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 259 | 2025-10-06 |
Unveiling the mechanisms of CEBPD-orchestrated TAM polarization through RGS2/PAR2 pathway and its impact on ICB efficacy in clear cell renal cell carcinoma
2025-Jul-13, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010898
PMID:40659446
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研究论文 | 本研究揭示CEBPD通过RGS2/PAR2轴调控透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞极化并影响免疫检查点阻断剂疗效的机制 | 首次发现CEBPD作为关键转录因子通过RGS2/PAR2轴调控TAM极化状态,并证实其与ICB疗效的关联 | NA | 探索CEBPs在ccRCC免疫微环境中调控TAM极化的机制及其对免疫检查点阻断治疗的影响 | 透明细胞肾细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序, 蛋白质印迹, 免疫荧光, 体外极化实验, 染色质免疫沉淀测序, 双荧光素酶报告实验, 电泳迁移率变动分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据, 临床标本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 260 | 2025-10-06 |
Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.25.666829
PMID:40766630
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研究论文 | 提出了一种用于长读长单细胞转录组结构注释和解码的灵活神经网络框架 | 采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计,能够精确识别结构元件,即使元件因测序噪声或文库构建变异性而发生移位、部分降解或重复 | NA | 开发用于处理长读长单细胞RNA测序数据的深度学习框架 | 长读长单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,长读长测序 | 混合神经网络 | 测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 单细胞RNA-seq | ONT | Oxford Nanopore长读长测序平台 |