单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-07-11	Spotiflow: accurate and efficient spot detection for fluorescence microscopy with deep stereographic flow regression 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02662-x PMID:40481364	研究论文	提出了一种名为Spotiflow的深度学习方法，用于荧光显微镜图像中亚像素级精确的斑点检测	将斑点检测问题重新定义为多尺度热图和立体流回归问题，支持2D和3D图像，具有更高的时间和内存效率	未明确提及具体局限性	开发一种高效准确的斑点检测方法，用于荧光显微镜图像分析	荧光显微镜图像中的斑点状结构	计算机视觉	NA	深度学习	立体流回归模型	图像	多种数据集（未明确数量）
202	2025-07-11	HECLIP: histology-enhanced contrastive learning for imputation of transcriptomics profiles 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363 PMID:40569046	research paper	提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，用于从H&E染色组织学图像推断空间基因表达谱	采用以图像为中心的对比学习策略，减少对空间转录组数据的依赖，实现准确且有生物学意义的基因表达预测	未提及具体样本量或数据集的局限性	开发可扩展的计算方法，弥合成像与转录组学之间的差距	H&E染色组织学图像	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	contrastive learning	image	NA
203	2025-07-11	dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364 PMID:40581357	研究论文	介绍了一个名为dbscATAC的专用单细胞数据库，用于注释来自scATAC-seq数据的超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用	利用改进的机器学习算法，从大量scATAC-seq数据中识别出超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用，并开发了一个易于使用的在线平台	未明确提及具体限制，但可能涉及数据覆盖范围或算法性能的局限性	促进单细胞表观基因组学中增强子景观、基因调控和细胞类型特异性特征的探索	来自13个物种的1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型	表观基因组学	NA	scATAC-seq	改进的机器学习算法	单细胞表观基因组数据	1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型，来自13个物种
204	2025-07-11	Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment 2025-Jul-01, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998 PMID:40609836	研究论文	该研究通过利用癌症相关成纤维细胞(CAFs)衍生的细胞外囊泡(cEVs)靶向递送GLUT1抑制剂BAY-876，结合抗PD-L1治疗，重塑肿瘤微环境(TME)并抑制肿瘤生长	首次使用CAFs衍生的细胞外囊泡作为载体靶向递送GLUT1抑制剂，结合抗PD-L1治疗实现协同抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索通过靶向肿瘤微环境代谢重塑来提高癌症免疫治疗效果的新策略	肺癌肿瘤细胞系和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用公共数据集和小鼠模型
205	2025-07-11	Dynamic WT1 expression during gastrulation specifies peritoneal smooth muscle fate independently of mesothelial fate 2025-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204332 PMID:40554754	research paper	研究揭示了WT1在小鼠原肠胚形成期间动态表达，独立于间皮命运指定腹膜平滑肌细胞命运的新机制	首次发现WT1在原肠胚形成期间表达，并独立于间皮形成指定平滑肌细胞命运	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性需要进一步验证	探究WT1在平滑肌细胞发育谱系中的作用机制	小鼠胚胎发育过程中的平滑肌前体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、共聚焦显微镜、他莫昔芬诱导的遗传谱系追踪	NA	基因表达数据、显微镜图像	小鼠胚胎（E7.5-E12.5阶段）
206	2025-07-11	The foraging gene coordinates brain and heart networks to modulate socially cued interval timing in Drosophila 2025-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011752 PMID:40627675	研究论文	本研究探讨了果蝇中foraging基因在间隔时间行为中的作用，特别是交配时长，揭示了其通过神经和非神经机制调节行为的复杂性	发现foraging基因通过Pdfr阳性神经元和fru阳性心脏细胞调控交配时长，揭示了基因在整合社会线索与生理状态中的新作用	研究仅基于果蝇模型，结果在更高等生物中的普适性尚待验证	探究foraging基因在间隔时间行为调控中的作用机制	果蝇（Drosophila melanogaster）及其foraging基因的两种等位基因变体rover（forR）和sitter（forS）	行为遗传学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除实验、CaLexA信号观察	NA	基因表达数据、钙信号数据	果蝇模型中的不同基因型个体
207	2025-07-10	Cellular heterogeneity and patterning strategies as revealed by upper respiratory epithelium single cell atlas 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112845 PMID:40612507	research paper	通过单细胞RNA测序和空间验证，生成了小鼠上呼吸道上皮细胞的分子图谱，揭示了18种上皮细胞类型及其空间分布	首次生成了上呼吸道上皮的单细胞和分子图谱，揭示了细胞类型的空间分布和多样性	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	解析上呼吸道上皮细胞的异质性和空间分布模式	小鼠上呼吸道上皮细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠上呼吸道上皮细胞样本
208	2025-07-10	Single-Cell RNA Sequencing Highlights a Contribution of Human Amniotic Mesenchymal Stem Cells-Derived Exosomes to Androgenetic Alopecia 2025-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500853R PMID:40622121	研究论文	本研究探讨了人羊膜间充质干细胞来源的外泌体（hAMSC-exo）对雄激素性脱发（AGA）的治疗效果及其分子机制	首次在单细胞水平揭示了hAMSC-exo通过Wnt/β-catenin信号通路减轻DHT诱导的毛乳头细胞（DPC）损伤，并促进毛囊再生的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索hAMSC-exo对AGA的治疗潜力及其作用机制	雄激素性脱发（AGA）小鼠模型及人羊膜间充质干细胞来源的外泌体（hAMSC-exo）	干细胞治疗	雄激素性脱发	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠背部皮肤的多种细胞类型
209	2025-07-10	Myeloid-specific deficiency of ribosomal protein L13a alters macrophage polarity and diversity during differentiation from bone marrow 2025-Jul-09, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf102 PMID:40631353	研究论文	本文揭示了核糖体蛋白L13a在骨髓来源巨噬细胞分化和极化过程中的新作用	发现了L13a在调节巨噬细胞极化中的新角色，超越了传统的M1-M2二分法概念	研究主要基于体外骨髓来源巨噬细胞分化模型，体内验证有待进一步研究	探究核糖体蛋白L13a在巨噬细胞分化和极化过程中的调控机制	骨髓来源巨噬细胞和CD4+ T细胞	免疫学	NA	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	基因敲除小鼠模型（L13aflox/flox LysMCre+）	基因表达数据	对照小鼠和L13a敲除小鼠的骨髓来源细胞
210	2025-07-10	Impact of IKCa Channels on CD34+ Cells in Arteriole Remodeling in Angiotensin II-Induced Hypertension Model Mice 2025-Jul-09, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.24537 PMID:40631680	研究论文	本研究探讨了IKCa通道在Ang II诱导的高血压模型中CD34+细胞介导的内皮修复中的作用	揭示了非骨髓来源的CD34+细胞在高血压条件下通过IKCa通道激活ERK/P38信号通路促进内皮修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明高血压条件下内皮修复的分子机制	Ang II诱导的高血压模型小鼠中的CD34+细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、跨孔迁移实验、膜片钳技术	Cd34-CreERT2; R26-tdTomato谱系示踪模型	基因表达数据、细胞迁移数据、电生理数据	未明确说明具体样本数量，使用高血压模型小鼠进行研究
211	2025-07-10	Proneural-Mesenchymal hybrid glioblastoma cells are resistant to therapy and dependent on nuclear import 2025-Jul-08, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf160 PMID:40627673	研究论文	该研究揭示了胶质母细胞瘤中具有混合表型的细胞对常规治疗具有抗性，并依赖于核输入机制	首次发现并表征了同时表达前神经和间充质标记的胶质母细胞瘤混合细胞群，揭示了其通过核转运机制介导治疗抗性的新机制	研究主要基于体外细胞系和小鼠模型，需要进一步在人类患者组织中验证	探究胶质母细胞瘤细胞可塑性及治疗抗性的分子机制	胶质母细胞瘤患者来源的细胞系和肿瘤组织	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、单细胞ChIP测序、核蛋白质组学、高分辨率成像	NA	基因组数据、蛋白质组数据、影像数据	多个患者来源的细胞系和临床数据集
212	2025-07-10	Peripheral immune imbalance in pediatric fulminant myocarditis revealed by single-cell sequencing and plasma proteomics 2025-Jul-08, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00343-5 PMID:40629105	研究论文	通过单细胞测序和血浆蛋白质组学揭示了小儿暴发性心肌炎的外周免疫失衡	鉴定了外周血中几种独特的细胞类型，并揭示了急性期FM中免疫细胞比例和功能的显著失调	未提及样本量是否足够大以支持广泛推广	阐明小儿暴发性心肌炎的免疫特征和细胞通讯	小儿暴发性心肌炎患者的外周血单个核细胞和血浆	免疫学	心血管疾病	scRNA-seq, 血浆蛋白质组学	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据	未明确提及具体样本量
213	2025-07-10	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Jul-08, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	research paper	该研究探讨了贾第虫感染如何通过诱导2型黏膜免疫反应减轻小鼠中由共感染或结肠炎引起的肠道炎症	揭示了贾第虫通过诱导IL-10产生的Th2细胞扩增，促进寄生虫持续存在并保护免受炎症性病理的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限，且保护机制的具体细节仍需进一步探索	探究贾第虫感染如何调节黏膜免疫以减轻肠道炎症	尼日利亚学龄儿童和小鼠模型	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	尼日利亚学龄儿童（数量未明确）和小鼠模型
214	2025-07-10	Temporal control of progenitor competence shapes maturation in GABAergic neuron development in mice 2025-Jul-08, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01999-y PMID:40629142	研究论文	本研究探讨了小鼠胚胎中GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制如何影响其成熟和分化	揭示了神经发生的时间进程如何塑造神经节隆起祖细胞的成熟能力，以及染色质重塑和转录因子NFIB及其靶基因如何影响晚期出生神经元的成熟能力	研究仅限于小鼠胚胎，未涉及其他物种或人类	理解GABA能神经元发育过程中祖细胞能力的时间控制机制	小鼠胚胎中的GABA能投射神经元和中间神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、谱系追踪、出生日期标记、跨发育阶段移植和扰动测序	NA	转录组数据、染色质可及性数据	小鼠胚胎样本
215	2025-07-10	Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression 2025-Jul-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412 PMID:40199574	研究论文	本研究探讨了肠道和肝内CD8+ T细胞在酒精相关肝病(ALD)中的相反调控作用及其对疾病进展的影响	揭示了CD8+ T细胞在肠道和肝脏中的相反调控机制及其在ALD中的关键作用，提出BCL2调控CD8+ T细胞存活的新治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明肠道-肝脏轴中CD8+ T细胞的调控机制及其在ALD发病中的作用	ALD患者和小鼠模型中的肠道及肝内CD8+ T细胞	肝脏病理学	酒精性肝病	单细胞RNA测序(scRNA seq)，转录组学分析	Cd8 Bcl-2转基因小鼠模型	基因表达数据，免疫细胞分析数据	ALD患者样本和多种基因修饰小鼠模型
216	2025-07-10	Regulation of revival stem cell differentiation by CREPT/RPRD1B during intestinal regeneration 2025-Jul-07, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01434-6 PMID:40624542	研究论文	本研究探讨了CREPT/RPRD1B在肠道再生过程中对复兴干细胞(revSCs)分化的调控作用	首次发现CREPT/RPRD1B蛋白在肠道再生过程中对复兴干细胞分化的重要调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类肠道再生中的类似机制尚需验证	阐明肠道再生过程中复兴干细胞分化的调控机制	小鼠肠道复兴干细胞(revSCs)	干细胞生物学	肠道损伤修复	单细胞转录组分析、谱系追踪实验	Villin-Cre介导的CREPT敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
217	2025-07-10	PANoptosis-driven molecular stratification in esophageal squamous cell carcinoma: A multi-omics prognostic model and FGFR-Targeted therapeutic validation 2025-Jul-07, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110688 PMID:40628169	research paper	该研究构建了一个基于PANoptosis的多组学预后模型，用于食管鳞状细胞癌（ESCC）的风险分层，并验证了FGFR抑制剂AZD4547的潜在治疗效果	首次基于PANoptosis构建ESCC预后模型，并验证FGFR抑制剂对特定亚型的治疗潜力	研究结果需要进一步在更大样本和临床试验中验证	探索PANoptosis在ESCC预后和治疗中的作用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	digital pathology	esophageal cancer	multi-omics analysis, scRNA-seq, in vitro experiments	LASSO Cox regression model	omics data, RNA-seq data	多个队列（包括外部微阵列队列和独立RNA-seq队列）
218	2025-07-10	spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model 2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.649977 PMID:40631230	研究论文	介绍了一个名为spRefine的深度学习框架，利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和填补	spRefine是一个无参考框架，能够联合去噪和填补空间转录组数据，提高数据整合的鲁棒性，并作为模型预训练和发现新生物信号的强大框架	未明确提及具体局限性	克服空间转录组数据的高噪声和缺失基因测量问题，提高数据质量和分析效果	空间转录组数据	空间转录组学	NA	基因组语言模型	深度学习框架	空间转录组数据	不同规模的数据集
219	2025-07-10	Glioma promotes macrophage immunosuppressive phenotype through ANXA1 in a methionine metabolism-dependent manner 2025-Jul-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03112-y PMID:40618309	研究论文	本研究探讨了胶质瘤中甲硫氨酸代谢与肿瘤免疫抑制微环境的关系，揭示了ANXA1在甲硫氨酸代谢依赖的方式下促进巨噬细胞免疫抑制表型的机制	首次揭示了甲硫氨酸代谢通过上调ANXA1表达激活ANNEXIN通路，增强胶质母细胞瘤细胞与巨噬细胞的相互作用，促进M2型巨噬细胞极化	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究甲硫氨酸代谢在胶质瘤免疫抑制微环境形成中的作用	胶质瘤患者队列和胶质母细胞瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤/胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 甲硫氨酸代谢活性评分(MMA-score)	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	胶质瘤患者队列(未明确数量)
220	2025-07-10	Single-cell transcriptome atlas reveals mitophagy dynamics in acute chemical injury model and the role of MSCs transplantation 2025-Jul-06, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04491-3 PMID:40619426	研究论文	本研究通过单细胞转录组图谱揭示了急性化学损伤模型中线粒体自噬的动态变化以及间充质干细胞移植的作用	首次在单细胞水平上揭示了急性肝衰竭中线粒体自噬的细胞特异性变化，并阐明了间充质干细胞通过调控不同细胞类型的线粒体自噬状态来缓解疾病进展的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究间充质干细胞治疗急性肝衰竭过程中肝细胞和巨噬细胞的线粒体自噬状态变化	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和人脐带间充质干细胞移植小鼠的肝组织	单细胞转录组学	急性肝衰竭	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和hUC-MSC移植小鼠的肝组织样本