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当前共找到 845 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-06 |
Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA
2025-Jul-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11747-y
PMID:40597567
|
研究论文 | 提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA | 开发了无偏识别高相互作用基因的方法，可应用于多种转录组数据，克服现有方法基于强基线假设的局限性 | NA | 研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用 | 乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 共表达分析 | WGCNA | bulk转录组、单细胞转录组、空间转录组 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 182 | 2025-10-06 |
cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single-cell data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399
PMID:40658464
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研究论文 | 提出一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达 | 使用基于核的评分检验，利用单细胞数据的完整概率分布模式检测差异表达，能够识别传统方法忽略的多模态特征变化 | NA | 开发稳健的差异表达分析方法，检测单细胞数据中更细微的表达变化 | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱流式细胞术数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | 基于核的评分检验 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 183 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice
2025-Jul, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011505
PMID:40694594
|
研究论文 | 通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基底上皮细胞的基因调控网络 | 首次在P4HA1敲除小鼠乳腺中应用单细胞网络推断方法结合SCENIC流程构建基因调控网络 | 单细胞数据固有的技术挑战 | 研究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其与乳腺癌的关联 | 对照组和P4HA1敲除小鼠的乳腺基底上皮细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | SCENIC | 单细胞转录组数据 | 两组小鼠（对照组5Ht和P4HA1敲除组6Ho） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 184 | 2025-10-06 |
A primer on single-cell RNA-seq analysis using dendritic cells as a case study
2025-Jul, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.15009
PMID:39245787
|
综述 | 本文以树突状细胞为例，为免疫学家提供单细胞RNA测序分析的全面入门指南 | 通过树突状细胞这一典型免疫细胞案例，系统整合单细胞转录组学分析工具与方法，填补了该领域实践指导的空白 | 作为入门指南未涉及高级分析方法，且主要聚焦于树突状细胞这一特定细胞类型 | 为免疫学家提供单细胞转录组学分析的实践指导，促进该技术在免疫学研究中的应用 | 树突状细胞及其亚群 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 185 | 2025-10-06 |
Identification and validation of tricarboxylic acid cycle-related diagnostic biomarkers for diabetic nephropathy via weighted gene co-expression network analysis and single-cell transcriptome analysis
2025-Jul-31, Acta diabetologica
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s00592-025-02557-5
PMID:40742465
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研究论文 | 通过加权基因共表达网络分析和单细胞转录组分析，识别并验证了与糖尿病肾病相关的三羧酸循环诊断生物标志物 | 首次系统性地将TCA循环相关基因与糖尿病肾病诊断联系起来，并通过多组学数据验证了HPGD和G6PC作为诊断标志物的潜力 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证生物标志物的临床实用性 | 开发糖尿病肾病的早期诊断生物标志物 | 糖尿病肾病患者肾脏组织和细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 单样本基因集富集分析, 机器学习 | 诊断预测模型 | 基因表达数据 | 基于GSE131882和GSE30122数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
| 186 | 2025-10-06 |
Comprehensive Insights into APOBEC Mutations in Thyroid Cancer: Prognostic and Therapeutic Discoveries
2025-Jul-26, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-025-00288-z
PMID:40713522
|
研究论文 | 本研究系统分析了APOBEC家族突变在甲状腺癌中的分布特征、临床意义及治疗潜力 | 首次在多癌种中系统表征APOBEC突变特征，建立了基于机器学习的预后预测模型，并通过体内外实验验证APOBEC2抑制的治疗价值 | 研究主要聚焦于甲状腺癌，其他癌种的分析相对有限 | 探究APOBEC家族成员在癌症中的生物学特征和临床意义 | 甲状腺癌患者样本和动物模型 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 全外显子测序,靶向二代测序,RNA测序,单细胞RNA测序,Western blot,药物敏感性分析 | 机器学习模型 | 基因组数据,转录组数据,蛋白质数据 | 多个甲状腺癌队列 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2025-10-06 |
Extracellular vesicles from ovarian cancer cells induce senescent lipid-laden macrophages to facilitate omental metastasis
2025-Jul-26, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03612-7
PMID:40713812
|
研究论文 | 本研究揭示了卵巢癌细胞通过细胞外囊泡诱导巨噬细胞脂质积累和衰老，从而促进大网膜转移的机制 | 首次发现卵巢癌细胞来源的细胞外囊泡通过CD36介导的脂质摄取驱动巨噬细胞衰老，形成促转移微环境 | 机制研究主要基于体外实验和动物模型，需要更多临床验证 | 探索卵巢癌细胞外囊泡如何调控巨噬细胞和脂肪细胞促进大网膜转移 | 卵巢癌细胞、巨噬细胞、脂肪细胞、大网膜转移灶 | 癌症生物学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学、蛋白质组学、脂质组学、免疫组织化学、共培养系统 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、脂质组数据、图像数据 | 临床标本和细胞系模型 | NA | 单细胞RNA-seq、蛋白质组学、脂质组学 | NA | NA |
| 188 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of ventral forebrain progenitors identifies Evf2 enhancer lncRNA-enhancer gene guidance through direct RNA binding and RNP recruitment domains
2025-Jul-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62205-y
PMID:40715144
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示Evf2增强子lncRNA在小鼠胚胎大脑发育中通过直接RNA结合和RNP招募结构域调控基因表达的机制 | 发现Evf2将chr6划分为短距离激活基因和长距离抑制基因区域，并识别出预测成年表型的癫痫调控基因 | 研究仅限于小鼠胚胎大脑发育阶段，未验证其他发育阶段或物种 | 探究Evf2增强子lncRNA在胚胎大脑发育中的基因调控机制 | 小鼠胚胎腹侧前脑祖细胞 | 单细胞生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 189 | 2025-10-06 |
In vivo efficacy of NRL knockdown with cell-penetrating siRNA in retinal degeneration
2025-Jul-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-07299-6
PMID:40715177
|
研究论文 | 本研究评估了细胞穿透性不对称小干扰RNA靶向NRL在视网膜退行性疾病中的治疗效果 | 首次使用细胞穿透性不对称小干扰RNA靶向NRL诱导杆状细胞向锥状细胞转分化，为视网膜退行性疾病提供新型治疗策略 | 在视网膜色素变性小鼠模型中功能改善相对有限，可能反映疾病晚期阶段 | 研究NRL基因敲低在视网膜退行性疾病中的治疗潜力 | C57BL/6J野生型小鼠、新生血管性年龄相关性黄斑变性小鼠模型和视网膜色素变性小鼠模型 | 基因治疗 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序，电生理评估 | NA | 基因表达数据，电生理数据 | 多种小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2025-10-06 |
Targeting tumor-associated CCR2+ macrophages to inhibit pancreatic cancer recurrence following irreversible electroporation
2025-Jul-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adw2937
PMID:40700478
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺癌不完全不可逆电穿孔后的肿瘤免疫微环境，开发了靶向CCR2+巨噬细胞的联合疗法抑制肿瘤复发 | 首次揭示不完全不可逆电穿孔诱导CCR2+肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制微环境，并开发了巨噬细胞来源的蛋白脂质囊泡联合给药系统 | 研究基于临床前胰腺癌模型，尚未进行人体临床试验验证 | 探索胰腺癌不完全不可逆电穿孔后肿瘤复发的免疫机制并开发新型治疗策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 191 | 2025-10-06 |
Metabolic stress and early cell death in photoreceptor precursor cells following retinal transplantation
2025-Jul-25, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04509-w
PMID:40708039
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研究论文 | 本研究探讨了视网膜移植后光感受器前体细胞早期死亡机制，发现代谢应激是主要驱动因素 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出代谢应激是移植后光感受器前体细胞早期死亡的关键驱动因素 | 研究使用异种移植模型，可能与人类同种移植存在差异；样本量有限 | 阐明光感受器前体细胞移植后早期死亡的机制并评估宿主视网膜反应 | 人胚胎干细胞来源的光感受器前体细胞和犬视网膜 | 数字病理学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学分析，多模态视网膜成像 | NA | 基因表达数据，图像数据 | 正常和退化的犬视网膜模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2025-10-06 |
Neurons derived from NeuroD1-expressing astrocytes transition through transit-amplifying intermediates but lack functional maturity
2025-Jul-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adw9296
PMID:40712017
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学揭示了NeuroD1驱动星形胶质细胞向神经元转化的时空限制和功能不成熟性 | 发现NeuroD1诱导的星形胶质细胞向神经元转化需经过过渡扩增中间阶段，且生成的神经元样细胞缺乏成熟神经电生理特性 | NeuroD1转化的神经元缺乏功能性成熟，限制了其在神经回路中的功能整合 | 探究NeuroD1介导的胶质细胞向神经元转化的机制和功能特性 | 转基因小鼠的星形胶质细胞和脊髓及脑部损伤核心区域的细胞 | 神经科学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞转录组学、谱系追踪、转基因技术 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 193 | 2025-10-06 |
Soft graph clustering for single-cell RNA sequencing data
2025-Jul-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06231-z
PMID:40713495
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的软图聚类方法scSGC，通过非二元边权重更准确地表征细胞间连续相似性 | 开发了双通道切割信息软图嵌入模块和基于最优传输的聚类优化模块，克服传统硬图构建的局限性 | 未明确说明方法在超大规模数据集上的可扩展性限制 | 改进单细胞RNA测序数据的聚类分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 自编码器 | 基因表达数据 | 十个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 194 | 2025-10-06 |
Biomarkers of pediatric Epstein-Barr virus-associated hemophagocytic lymphohistiocytosis through single-cell transcriptomics
2025-Jul-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62090-5
PMID:40715093
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研究论文 | 通过单细胞转录组学鉴定儿童EB病毒相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症的潜在生物标志物 | 首次在单细胞分辨率下系统比较EBV-HLH与传染性单核细胞增多症的免疫景观差异，发现IDO1单核细胞和L-犬尿氨酸的特异性升高 | 样本量相对有限，主要聚焦儿童患者，缺乏遗传性免疫缺陷患者的对照 | 阐明EBV-HLH与良性EBV感染的免疫机制差异，寻找疾病特异性生物标志物 | 儿童EBV-HLH患者、传染性单核细胞增多症患者和健康志愿者 | 单细胞生物学 | EB病毒相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 儿童EBV-HLH患者、IM患者和健康志愿者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 195 | 2025-10-06 |
Triple-effect correction for Cell Painting data with contrastive and domain-adversarial learning
2025-Jul-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62193-z
PMID:40715122
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研究论文 | 提出一种针对Cell Painting数据的三重效应校正方法cpDistiller，利用对比学习和领域对抗学习技术 | 首次针对Cell Painting数据中的三重技术效应（批次效应、行列位置效应）提出专门校正方法，结合对比学习和领域对抗学习 | NA | 开发Cell Painting数据的技术效应校正方法，提高数据可靠性 | Cell Painting成像数据 | 计算机视觉 | NA | 对比学习, 领域对抗学习, 高斯混合变分自编码器 | 变分自编码器, 对比学习模型, 领域对抗网络 | 细胞染色图像 | NA | NA | Cell Painting, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 196 | 2025-10-06 |
The mechanotransducer Piezo1 coordinates metabolism and inflammation to promote skin growth
2025-Jul-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62270-3
PMID:40715139
|
研究论文 | 本研究揭示了机械敏感离子通道Piezo1在拉伸诱导的皮肤生长中协调代谢和炎症反应的关键作用 | 首次发现Piezo1通过协调代谢重编程和免疫细胞浸润促进张力诱导的皮肤生长 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究机械张力如何通过Piezo1协调代谢和炎症促进皮肤生长 | 小鼠皮肤组织、表皮细胞、巨噬细胞和单核细胞 | 细胞生物学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,细胞计数数据,空间转录组数据 | 小鼠皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 197 | 2025-10-06 |
A multi-omic single-cell landscape reveals transcription and epigenetic regulatory features of t(8;21) AML
2025-Jul-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06659-0
PMID:40707954
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示t(8;21)急性髓系白血病的转录和表观遗传调控特征 | 首次在t(8;21)AML中整合单细胞转录组和染色质可及性分析，识别了TCF12作为最活跃的转录因子，发现了功能不同的T细胞亚群和新的白血病CMP样细胞簇 | 样本量相对有限，需要在更大队列中进一步验证发现 | 解析t(8;21)急性髓系白血病的细胞异质性和基因调控程序 | 新诊断t(8;21)AML患者和健康对照的骨髓样本 | 单细胞多组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 机器学习 | 单细胞转录组数据，染色质可及性数据 | t(8;21)AML患者和健康对照骨髓样本，并在三个独立队列中验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 198 | 2025-10-06 |
Developing a novel aging assessment model to uncover heterogeneity in organ aging and screening of aging-related drugs
2025-Jul-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01501-0
PMID:40708007
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研究论文 | 本研究开发了一种新型多器官衰老评估模型（2A模型），用于揭示器官衰老异质性并筛选抗衰老药物 | 构建了首个全面小鼠多器官衰老图谱，开发了能评估单细胞水平衰老状态的2A模型，并系统筛选出多器官衰老调节药物 | 研究主要基于小鼠模型，人类验证数据相对有限；单细胞RNA测序数据仅针对衰老小鼠肺部 | 开发精准的衰老评估方法并筛选抗衰老药物 | 小鼠16个器官的衰老过程及相关基因表达 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序，随机游走算法，基因集富集分析 | 2A衰老评估模型 | 基因表达谱，单细胞RNA测序数据，药物基因组数据 | 小鼠16个器官的衰老轨迹分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 199 | 2025-10-06 |
Melanocytes and photosensory organs share a common ancestry that illuminates the origins of the neural crest
2025-Jul-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08502-0
PMID:40696183
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了脊椎动物黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞的共同进化起源 | 首次通过多组学数据证明黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞起源于脊索动物祖先的色素感光结构 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步功能实验验证 | 探索脊椎动物黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞的进化关系 | 黑色素细胞、松果体细胞、视网膜色素上皮细胞和海鞘感觉囊泡色素细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序,染色质可及性分析,空间转录组学 | 系统发育转录组学 | 转录组数据,表观遗传数据,空间表达数据 | 多种细胞类型包括黑色素细胞、松果体细胞、RPE和海鞘色素细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 200 | 2025-10-06 |
Probability of stealth multiplets in sample-multiplexing for droplet-based single-cell analysis
2025-Jul-23, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11835-z
PMID:40702454
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研究论文 | 本文开发了一个理论模型来预测样本多重单细胞RNA测序中的隐形多重态概率 | 首次提出'隐形多重态'概念并建立了定量预测模型，揭示了先前被忽视的部分隐形多重态对数据完整性的影响 | 理论模型可能需要更多实验验证，未提供具体的优化算法解决方案 | 评估样本多重单细胞RNA测序中隐形多重态的概率及其对数据质量的影响 | 液滴单细胞RNA测序中的多重态现象 | 单细胞测序数据分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 理论概率模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 样本多重单细胞RNA-seq | NA | 液滴单细胞RNA测序平台 |