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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-06 |
"Small extracellular vesicles: messengers at the service of breast cancer agenda in the primary and distant microenvironments"
2025-Jul-21, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03471-y
PMID:40691627
|
综述 | 本文综述了小细胞外囊泡在乳腺癌原发和远处微环境中的关键作用及其临床转化潜力 | 系统整合小细胞外囊泡在乳腺癌微环境通讯中的多功能角色,并探讨人工智能与多组学技术结合的解决方案 | 存在小细胞外囊泡异质性问题和追踪技术限制,临床转化仍面临靶向效率、体内稳定性等挑战 | 阐明小细胞外囊泡在乳腺癌进展和治疗抵抗中的分子机制及临床应用前景 | 乳腺癌相关的小细胞外囊泡及其携带的生物分子(蛋白质、脂质、非编码RNA等) | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 超速离心、免疫亲和、微流控系统、单细胞转录组学、多组学分析 | NA | 分子生物学数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞转录组学、多组学分析 | NA | NA |
| 182 | 2025-10-06 |
Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv9466
PMID:40680117
|
研究论文 | 开发基于人工智能的模型,利用H&E染色全切片图像推断肿瘤细胞轨迹并进行大规模癌症进展分析 | 首次利用常规病理切片中的细胞形态特征和组织学空间组织来推断肿瘤细胞分化状态和动态轨迹 | 方法依赖于图像质量,且在三组独立肺腺癌队列中验证但需进一步扩大验证范围 | 开发成本效益高的方法来分析肿瘤进展动态和肿瘤微环境细胞群体多样性 | 肺腺癌患者的H&E染色全切片图像和肿瘤细胞 | 数字病理 | 肺癌 | 人工智能模型,空间转录组学分析,批量转录组学分析 | AI模型 | 图像 | 三个独立肺腺癌队列 | NA | 空间转录组学,批量转录组学 | NA | NA |
| 183 | 2025-10-06 |
Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf306
PMID:40748322
|
研究论文 | 开发了一种名为BLADE的空间转录组学数据伪影检测方法 | 首次提出跨平台的自动化统计方法,能够检测和去除三种类型的空间转录组数据伪影 | 仅验证了Visium和CosMx平台,在其他平台上的适用性尚未验证 | 开发空间转录组数据质量控制方法 | 空间转录组数据中的伪影 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 统计方法 | 空间转录组数据 | 37个10x Visium样本(人类和小鼠的肝脏和脂肪组织) | 10x Genomics,Nanostring | 空间转录组学 | 10x Visium,CosMx | 10x Visium空间转录组平台,CosMx空间分子成像平台 |
| 184 | 2025-10-06 |
PoweREST: Statistical power estimation for spatial transcriptomics experiments to detect differentially expressed genes between two conditions
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013293
PMID:40729405
|
研究论文 | 开发了用于空间转录组学实验统计功效估计的工具PoweREST,支持10X Genomics Visium数据的差异表达基因检测功效计算 | 首个专门针对空间转录组学实验的统计功效估计工具,支持实验前和初步数据收集后的功效分析 | 目前仅支持10X Genomics Visium平台数据,未涵盖其他空间转录组学技术 | 解决空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效计算问题 | 空间转录组学数据中的差异表达基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 统计功效分析模型 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium空间转录组学平台 |
| 185 | 2025-10-06 |
Preliminary Study on GZMA- and GSDMB-Associated Pyroptosis and CD8+ T Cell-Mediated Immune Evasion in Skin Cutaneous Melanoma
2025-Jul-31, Current topics in medicinal chemistry
IF:2.9Q3
|
研究论文 | 本研究探讨皮肤黑色素瘤中GZMA和GSDMB相关焦亡及CD8+ T细胞介导的免疫逃逸机制 | 首次在单细胞水平揭示CD8+ T细胞通过GZMA蛋白与黑色素瘤细胞相互作用促进肿瘤免疫逃逸的机制 | 未检测到显著焦亡相关差异表达基因,焦亡通路在肿瘤组未被激活 | 基于焦亡特征揭示皮肤黑色素瘤的发病机制 | 皮肤黑色素瘤患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qRT-PCR, CCK-8, 伤口愈合实验, Transwell实验 | 差异表达分析, 基因集富集分析, 细胞通讯分析 | 基因表达数据, 临床信息 | TCGA和GEO数据库中的SKCM患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 186 | 2025-10-06 |
Traditional medicine Kuanxiong Aerosol alleviates atherosclerotic plaque inflammation by mitigating CX3CR1+ macrophage apoptosis via the cGAS-STING pathway
2025-Jul-30, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157120
PMID:40753933
|
研究论文 | 本研究探讨宽胸气雾剂通过cGAS-STING通路减轻CX3CR1+巨噬细胞凋亡,从而缓解动脉粥样硬化斑块炎症的作用机制 | 首次揭示宽胸气雾剂对巨噬细胞亚群的调控作用及其抗凋亡功能 | NA | 探索宽胸气雾剂治疗动脉粥样硬化的潜力及其作用机制 | ApoE-/-小鼠模型 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,超高效液相色谱-高分辨质谱,生物信息学分析,分子对接 | NA | 基因表达数据,质谱数据,组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2025-10-06 |
Analyses of Nogo-Family Genes in Mouse and Human Microglia Omics Datasets Identify LINGO1 as a Candidate Drug Target in Alzheimer's Disease
2025-Jul-30, Current neuropharmacology
IF:4.8Q1
|
研究论文 | 通过分析小鼠和人类小胶质细胞组学数据,探索Nogo家族基因表达模式并鉴定LINGO1作为阿尔茨海默病的潜在药物靶点 | 首次发现LINGO1在人类AD小胶质细胞中高度富集,并系统分析了Nogo信号系统在小胶质细胞中的表达特征 | 研究主要基于公开数据集,需要进一步实验验证功能机制 | 探索Nogo家族基因在小胶质细胞中的表达模式及其在阿尔茨海默病中的作用 | 小鼠和人类小胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序,RNA-seq,RiboTag翻译谱分析 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 整合21个人类脑细胞单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | CZ CellxGene Discover | 用于整合分析21个单细胞测序数据集的工具平台 |
| 188 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics: Technical Advances, Applications and Challenges in Cancer Drug Discovery
2025-Jul-30, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
|
综述 | 本文全面概述单细胞RNA测序技术在癌症药物发现中的技术进展、应用与挑战 | 重点强调单细胞转录组学在解析肿瘤异质性和识别药物靶点方面的创新应用 | 讨论了单细胞RNA测序技术当前面临的技术挑战 | 促进读者对单细胞测序的理解,启发肿瘤药物开发新思路 | 癌症药物发现过程 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 189 | 2025-10-06 |
Renin Cells Drive Kidney Neurovascular Development and Arterial Remodeling when Renin Activity is Deficient
2025-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.08.663706
PMID:40672316
|
研究论文 | 本研究通过新型超亮肾素细胞特异性报告小鼠模型,揭示了肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的关键作用 | 开发了超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠模型,首次实现了对稀有肾素细胞(仅占肾脏细胞0.01%)与神经纤维相互作用的3D可视化 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探索肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的功能机制 | 肾素细胞、肾脏神经纤维、动脉血管 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 高分辨率3D成像 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 影像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 190 | 2025-10-06 |
Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level
2025-Jul, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15239
PMID:39737843
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性 | 首次在单细胞水平揭示成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性,发现线粒体编程和糖酵解的变异是肿瘤细胞代谢特征的主要贡献者 | 仅分析了3例患者样本,样本量较小;研究主要基于计算分析框架 | 表征成釉细胞瘤在单细胞分辨率下的代谢异质性 | 成釉细胞瘤肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 成釉细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析 | 单细胞转录组数据 | 3例AB供体的17,284个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 191 | 2025-10-06 |
CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study
2025-Jul, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15266
PMID:39962879
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色揭示了口腔扁平苔藓中CCL19+成纤维细胞通过促进三级淋巴结构形成加剧疾病严重性的机制 | 首次在口腔扁平苔藓中发现CCL19+成纤维细胞在三级淋巴结构形成中的关键作用,并阐明其通过淋巴毒素激活促进T细胞趋化的机制 | 回顾性研究设计,样本量有限 | 阐明口腔扁平苔藓中适应性免疫的启动机制,特别关注诱导性三级淋巴结构和基质-免疫微环境的作用 | 口腔扁平苔藓患者 | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 口腔扁平苔藓患者回顾性临床数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2025-10-06 |
Integrated system for screening tumor-specific TCRs, epitopes, and HLA subtypes using single-cell sequencing data
2025-Jul-31, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012029
PMID:40744664
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研究论文 | 开发了一种集成系统,用于从单细胞测序数据中筛选肿瘤特异性TCR、表位和HLA亚型 | 开发了快速TCR组装方法,可在2天内构建TCR文库,并建立了HLA敲除的抗原呈递系统和Jurkat NFAT-GFP报告细胞系 | 仅通过小规模筛选验证了HPV16特异性TCR,需要更大规模的验证 | 开发高效可扩展的方法识别肿瘤特异性TCR以推进TCR-T免疫治疗 | 宫颈癌患者的HPV16特异性T细胞 | 免疫治疗 | 宫颈癌 | 单细胞测序,TCR组装,抗原呈递系统,报告细胞系筛选 | NA | 单细胞测序数据 | HPV16阳性宫颈癌患者数据集 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 193 | 2025-10-06 |
Integrative network pharmacology and multi-omics reveal anisodamine hydrobromide's multi-target mechanisms in sepsis
2025-Jul-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13187-w
PMID:40744980
|
研究论文 | 通过整合网络药理学和多组学方法揭示氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | 首次整合网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟和单细胞转录组学,系统阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制 | NA | 阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症治疗中的作用机制 | 脓毒症患者和动物模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | 网络药理学, 机器学习, 免疫学分析, 分子模拟, 单细胞转录组学 | 生存模型, 分子对接模型, 分子动力学模拟 | 转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 194 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis unveiled fibroblast-mediated pathogenesis in male genital lichen sclerosus
2025-Jul-31, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01453-3
PMID:40745572
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示成纤维细胞在男性生殖器硬化性苔藓发病机制中的关键作用 | 首次构建男性生殖器硬化性苔藓的细胞图谱,发现成纤维细胞通过胶原-CD44轴和APP-CD74信号通路分别与T细胞和角质形成细胞的相互作用机制 | NA | 阐明男性生殖器硬化性苔藓的发病机制和关键生物标志物 | 男性生殖器硬化性苔藓组织样本 | 生物信息学 | 皮肤疾病 | 多组学分析,单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因组关联数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 195 | 2025-08-04 |
Single-cell sequencing-based study of ferroptosis mechanisms in heat stroke: identification of key biomarkers and dynamic analysis of the immune microenvironment
2025-Jul-31, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02188-3
PMID:40745616
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2025-10-06 |
Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression, COMT , COMT
2025-Jul-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10624-8
PMID:40721434
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及其与预后的关联 | 首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三个不同的成纤维细胞亚群,并发现COMT基因在肿瘤来源成纤维细胞中的关键作用 | 需要进一步研究验证结果并探索COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用 | 探索前列腺癌中成纤维细胞的分子景观并评估COMT表达的预后意义 | 前列腺癌样本中的成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光检测 | Cox回归风险评分模型 | 单细胞转录组数据, 临床数据 | 来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 197 | 2025-10-06 |
DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336
PMID:40729372
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研究论文 | 开发了一种基于有向网络流熵的方法,用于检测生物过程中的临界状态和驱动网络 | 提出了有向网络流熵方法,能够将组学数据转换为有向网络,相比传统无向网络方法具有更好的鲁棒性和有效性 | NA | 识别生物过程中的临界状态和驱动网络,预测活跃转录因子和暗基因 | 基因调控网络、转录因子、暗基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、批量测序 | 有向网络流熵算法 | 组学数据、单细胞数据、批量数据 | 六个真实数据集(三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集、一个血液数据集) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 198 | 2025-10-06 |
Phenotypic Analysis of Nasal CD69+ CD4+ Tissue-Resident Memory T Cells in Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2025-Jul, Journal of rhinology : official journal of the Korean Rhinologic Society
DOI:10.18787/jr.2025.00025
PMID:40744699
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术分析嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者鼻腔CD69+ CD4+组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 首次发现鼻腔CD69+ CD103- CD4+ TRM细胞高频率表达Th2细胞标志物,并与疾病严重程度相关 | 样本来源仅限于手术患者,未涉及疾病早期阶段或不同亚型的比较分析 | 阐明嗜酸性慢性鼻窦炎中组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | 嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻腔息肉组织和外周血样本 | 免疫学 | 慢性鼻窦炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据 | 接受内窥镜鼻窦手术的ECRS患者鼻腔组织和/或外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 199 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals biomarker heterogeneity linked to CDK4/6 Inhibitor resistance in breast cancer cell lines
2025-Jul-31, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-025-00803-1
PMID:40738893
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示乳腺癌细胞系中CDK4/6抑制剂耐药性相关的生物标志物异质性 | 首次在单细胞水平揭示CDK4/6抑制剂耐药标志物存在显著的细胞系内和细胞系间异质性,并在临床试验中验证了这一发现 | 研究基于细胞系模型,需要在更多临床样本中进一步验证 | 探究CDK4/6抑制剂耐药机制及生物标志物异质性 | 七种luminal乳腺癌细胞系及其palbociclib耐药衍生物,FELINE临床试验样本 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 七种乳腺癌细胞系及其耐药衍生物,FELINE临床试验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 200 | 2025-10-06 |
Isorhapontigenin alleviates pulmonary fibrosis by inhibiting oxidative stress-induced senescence via STAT3/PRDX2 signals in alveolar epithelial cells
2025-Jul-31, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115287
PMID:40749611
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研究论文 | 本研究揭示异丹叶大黄素通过STAT3/PRDX2信号通路抑制氧化应激诱导的肺泡上皮细胞衰老,从而缓解肺纤维化 | 首次发现异丹叶大黄素通过上调PRDX2表达抑制氧化应激诱导的细胞衰老,为肺纤维化治疗提供新靶点 | 研究主要基于动物模型和细胞系,尚未进行临床试验验证 | 探究异丹叶大黄素治疗特发性肺纤维化的分子机制 | 肺泡上皮细胞和肺纤维化组织 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 网络药理学,蛋白质组学,分子对接,DARTS检测,LC-MS/MS,单细胞测序 | NA | 蛋白质组数据,单细胞测序数据 | 博来霉素诱导的小鼠模型和TGF-β处理的BEAS-2B细胞 | NA | 单细胞测序,蛋白质组学 | NA | NA |