单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-Jul-10, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	本研究整合空间转录组和单核RNA测序数据，提升阿尔茨海默病相关表型的空间差异基因表达分析能力	首次将空间转录组与单核RNA测序数据整合，实现皮层分层和细胞类型特异性的差异基因表达分析	空间转录组数据样本量较小，可能限制统计效力	增强阿尔茨海默病相关表型的空间差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病相关的β淀粉样蛋白、神经纤维缠结密度和认知衰退表型	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)、CeLEry工具、线性混合模型	线性混合模型	基因表达数据	436例死后大脑的背外侧前额叶皮层组织，约150万个细胞
2	2025-09-15	Foxp3+ Regulatory T Cells Restrain Th1 Response Shielding the Brain from Lethal Inflammatory Damage during Cryptococcal Meningoencephalitis 2025-Jul-30, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7142999/v1 PMID:40766255	研究论文	本研究揭示了Foxp3+调节性T细胞在隐球菌性脑膜脑炎中通过抑制Th1反应保护大脑免受炎症损伤的关键作用	首次发现CCR8/CCL1轴是Treg细胞募集至中枢神经系统的主要机制，并证实IL-10是Treg神经保护功能的主要介质	Areg缺失实验未显示生存效应，其免疫调节功能需进一步验证	探究中枢神经系统感染中天然免疫调节机制及Treg细胞的保护作用	人类CM患者和小鼠CM模型中的调节性T细胞	免疫学	中枢神经系统感染	NanoString分析、scRNA-seq、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	人类患者和小鼠模型（具体数量未明确说明）
3	2025-09-15	Dermatopathological Challenges in Objectively Characterizing Immunotherapy Response in Mycosis Fungoides 2025-Jul-29, Dermatopathology (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/dermatopathology12030022 PMID:40843796	综述	探讨蕈样肉芽肿（MF）免疫治疗反应客观评估的复杂性及新兴组织学技术的作用	提出借鉴黑色素瘤研究方法优化MF治疗反应评估策略，并倡导应用高通量T细胞受体基因重排分析等新技术	缺乏统一的MF病理生物标志物，且需进一步验证跨疾病方法移植的适用性	改进蕈样肉芽肿免疫治疗反应的客观量化与评估方法	蕈样肉芽肿（MF）患者及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	多光谱成像、空间转录组学、高通量T细胞受体基因重排分析	NA	组织学图像、分子数据	NA
4	2025-09-15	Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.665575 PMID:40777386	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探究了多氯联苯（PCBs）对成年小鼠大脑的分子影响及其与认知功能下降的关联	首次结合行为学测试与空间转录组学分析，揭示PCBs暴露对特定脑区基因表达的影响及血脑屏障完整性的破坏机制	研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，结果可能无法完全推广到其他性别或品系；暴露时间和剂量设置需进一步优化	评估与人类相关的PCB混合物对大脑功能和认知的影响机制	成年雄性C57BL/6J小鼠	神经毒理学	神经退行性疾病	空间转录组学技术、网络分析	NA	基因表达数据、行为学数据	未明确说明样本数量，但涉及五个脑区（海马体、新皮层、丘脑、尾状壳核和纤维束）的分析
5	2025-09-15	Impact of Cattle Breed in scRNA-Seq Reference on Muscle Fiber Type Deconvolution from Bulk RNA-Seq: A Comparison of Software Tools 2025-Jul-25, Biotech (Basel (Switzerland)) DOI:10.3390/biotech14030056 PMID:40843779	研究论文	本研究通过比较不同软件工具和牛品种的scRNA-seq参考数据，评估了其对肌肉纤维类型反卷积分析结果的影响	首次证明参考scRNA-seq数据中的牛品种会显著影响反卷积结果，为牲畜基因组学中的细胞类型比例估算提供了关键考量	研究仅针对晚期妊娠荷斯坦奶牛，未涵盖其他生理阶段或品种	探究不同牛品种scRNA-seq参考数据对肌肉纤维类型反卷积分析的影响	晚期妊娠荷斯坦多胎奶牛的肌肉bulk RNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 反卷积分析	CIBERSORTx, Cellanneal, DeconvR-NNLS, DeconvR-RLM	RNA测序数据	使用Brahman和Wagyu牛品种的scRNA-seq参考数据（包含I型、IIa型和IIx型肌纤维比例）
6	2025-09-15	Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation 2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.21.665156 PMID:40777431	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组学分析人类骶尾部畸胎瘤，揭示细胞组成异质性和X染色体失活现象	首次结合单核RNA测序与空间转录组技术研究SCTs，发现X染色体双等位基因激活与细胞身份的联系，并提出X剂量失调可能影响肿瘤异质性和免疫微环境	样本量较小（共8例肿瘤），未检测到推测的多能细胞群体	探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层和性别偏倚机制	人类骶尾部畸胎瘤组织样本（6例产后、2例产前）	单细胞基因组学	骶尾部畸胎瘤	single nuclei RNA-seq, spatial transcriptomics	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	8例肿瘤样本（1例男性，7例女性）
7	2025-09-15	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2025-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03682-8 PMID:40702544	研究论文	提出一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合和可视化正常与扰动条件下的单细胞RNA测序数据，以揭示细胞状态轨迹的异常变化	开发了一种能够联合建模和可视化基因表达与细胞状态的深度生成模型，有效表征正常到异常细胞状态的转变	NA	开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征细胞状态轨迹的异常	单细胞RNA测序数据，涵盖正常和扰动条件	计算生物学	胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌	单细胞RNA测序	深度生成模型	基因表达数据	NA
8	2025-09-15	Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids 2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.665939 PMID:40777494	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组学构建人类小肠发育过程中间充质细胞的高分辨率图谱	首次在组织尺度上定义了人类肠道发育中的5种主要间充质细胞群体及其空间分布特征	NA	解析人类肠道发育过程中间充质细胞的时空组织模式	人类小肠发育过程中的间充质细胞群体	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序, Xenium空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
9	2025-09-15	Activation of IL-17+ ILC subsets in IL-18R-deficient mice during fungal allergen exposure 2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665289 PMID:40777291	研究论文	本研究探讨了IL-18R缺失小鼠在真菌过敏原暴露下IL-17+ ILC亚群的激活机制及其对哮喘炎症的影响	首次揭示IL-18信号通过抑制ILC2s产生IL-17A来防止嗜酸性粒细胞增多，明确了IL-18/IL-18R在肺部ILC2应答中的调控作用	研究局限于小鼠模型，人类相关性需进一步验证；机制细节如信号通路尚未完全阐明	阐明IL-18/IL-18R信号在先天淋巴样细胞（ILC）可塑性及哮喘相关炎症中的作用	IL-18R基因敲除小鼠和对照小鼠的肺部ILC细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序、基因敲除模型、细胞因子检测	NA	基因表达数据、细胞表型数据	使用IL-18R-/-和对照小鼠，具体数量未明确说明
10	2025-09-15	ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving in vivo Metastasis and Immune Evasion 2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.17.665404 PMID:40777467	研究论文	本研究揭示转录因子ETS1通过调控混合上皮间质转化程序驱动上呼吸道鳞状细胞癌的体内转移和免疫逃逸	首次发现ETS1作为hEMT程序的主调控因子，同时协调转移扩散和免疫冷微环境形成	研究主要聚焦UASCC，其他癌症类型的普适性需进一步验证	探究转录异质性程序如何驱动肿瘤转移和免疫逃逸机制	上呼吸道鳞状细胞癌（UASCC）细胞和患者肿瘤样本	癌症生物学	上呼吸道鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，药物筛选	NA	单细胞转录组数据	多个患者队列的肿瘤样本
11	2025-09-15	GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662625 PMID:40672304	研究论文	提出了一种名为GatorST的空间转录组数据分析框架，结合图建模与对比元学习策略	首次将图结构建模、伪标签对比学习和元学习 episodic 训练策略整合到空间转录组分析中，同时捕捉局部和全局空间上下文	NA	开发一个通用框架以提升空间转录组数据的下游分析任务性能	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	对比学习框架，结合图神经网络和元学习策略	基因表达空间数据	14个空间转录组数据集
12	2025-09-15	Motor learning drives region-specific transcriptomic remodeling in the motor cortex and dorsal striatum 2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.11.664268 PMID:40791319	研究论文	本研究结合活动依赖性遗传标记和单细胞RNA测序技术，揭示了运动学习过程中运动皮层和背侧纹状体的细胞类型特异性转录组重塑	首次通过单细胞分辨率创建行为参与群体的转录图谱，发现Htr3a中间神经元在精细运动中的特异性招募以及神经胶质细胞的阶段依赖性基因调控	NA	阐明运动学习相关的分子机制及突触和环路重塑	运动皮层(M1)和背侧纹状体(dSTR)的神经元和胶质细胞	神经科学	NA	TRAP（活动依赖性遗传标记）, 单细胞RNA测序, 双光子钙成像	NA	转录组数据, 钙成像数据	NA
13	2025-09-15	Single-cell profiling of EZH2-mediated immune signaling perturbations in NSCLC 2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.12.663845 PMID:40791397	研究论文	通过单细胞RNA测序计算分析EZH2抑制对非小细胞肺癌免疫信号和转录活性的影响	揭示EZH2抑制可重塑肿瘤微环境为免疫原性状态，并发现EZH2具有不依赖甲基转移酶活性的T细胞分化功能	NA	研究EZH2抑制对肺癌免疫微环境的调控机制	非小细胞肺癌肿瘤微环境中的免疫细胞	计算生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
14	2025-09-15	Cell type-specific master metabolic regulators of Alzheimer's disease 2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.11.664443 PMID:40791427	研究论文	本文开发了scFUMES算法，用于识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主代谢调控因子	开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次系统性地揭示了AD中神经元和小胶质细胞的代谢调控网络	研究仅针对AD易感脑区，未涵盖所有脑区域；算法预测需要实验验证	解析阿尔茨海默病的细胞类型特异性代谢调控机制	人类脑组织样本，重点关注神经元和小胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，相互作用组学，基因组学，转录组学，代谢组学	scFUMES算法	多组学数据	来自人脑生物样本库的样本，涵盖中颞回和背外侧前额叶皮层两个脑区
15	2025-09-15	A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate 2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.11.664414 PMID:40791419	研究论文	通过时空转录组分析揭示小鼠前列腺在去势诱导雄激素剥夺后的细胞组成和基因表达变化	首次发现并描述了一种新型ORX诱导成纤维细胞亚型(OIF)，整合空间转录组和单细胞测序构建了高分辨率时空图谱	研究基于小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需要进一步验证	解析雄激素剥夺治疗过程中前列腺的生物学响应机制	小鼠前列腺组织（背侧、腹侧、外侧和前叶）	数字病理	前列腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据，空间定位数据	小鼠前列腺组织样本（具体数量未明确说明）
16	2025-09-15	Gastruloid patterning reflects division of labor among biased stem cell clones 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.12.664536 PMID:40791385	研究论文	本研究通过谱系追踪和空间转录组学揭示，在类原肠胚模型中，干细胞克隆的预先异质性通过分工促进正确的轴向组织形成	发现细胞异质性（而非同质性）是发育精确性的基础，并提出了偏向性克隆群体协调作用的新模型	研究基于类原肠胚模型，可能不完全反映体内胚胎发育的全部复杂性	探究早期发育中细胞异质性的作用机制及其对轴向模式形成的影响	小鼠干细胞克隆及类原肠胚模型	发育生物学	NA	荧光谱系追踪、空间转录组学、RNA-seq、ATAC-seq、发育信号通路扰动	NA	基因表达数据、表观遗传数据、空间分布数据	多个干细胞克隆群体及混合组合
17	2025-09-15	Cellular basis for cortical network aging in primates 2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663725 PMID:40672262	研究论文	本研究通过整合皮层相似性网络和全脑空间转录组学，揭示了灵长类动物大脑皮层网络老化的细胞基础	首次将皮层相似性网络与全脑空间转录组学跨尺度整合，在灵长类动物生命周期队列中揭示细胞类型与宏观网络结构的关系	研究基于猕猴模型，人类直接适用性需进一步验证；跨尺度数据整合存在方法学挑战	探究大脑皮层网络老化的细胞机制	64只猕猴（年龄1-26岁）的大脑皮层组织	神经科学	老年疾病	空间转录组学，皮层相似性网络分析	NA	转录组数据，网络连接数据	64只猕猴大脑样本
18	2025-09-15	Reg2ST: recognizing potential patterns from gene expression for spatial transcriptomics prediction 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf425 PMID:40825238	研究论文	提出Reg2ST深度学习模型，通过基因表达识别潜在模式以预测空间转录组数据	使用对比学习最小化空间转录组与组织学图像的距离，并采用创新方法替代K近邻捕获spot间关系	NA	开发高效准确的空间转录组预测方法以克服传统测序技术成本高、耗时长的问题	人类乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集	数字病理	癌症	空间转录组测序，H&E染色全玻片成像	深度学习，对比学习	基因表达数据，组织学图像	NA
19	2025-09-15	Advances in Collateral Neuroimaging for Acute Ischemic Stroke: Redefining Time and Tissue Windows in the Reperfusion Era 2025 Jul-Aug, Journal of neuroimaging : official journal of the American Society of Neuroimaging IF:2.3Q2 DOI:10.1111/jon.70079 PMID:40820581	综述	本文综述了急性缺血性卒中侧支循环神经影像学的最新进展及其在精准治疗中的作用	整合多模态神经影像技术（如动态CT血管造影、代谢分子成像）和基因组学工具，重新定义卒中治疗的时间与组织窗口	存在技术异质性、验证数据有限及缺乏标准化流程等挑战	探讨侧支循环评估在急性缺血性卒中诊断、患者分层及个性化治疗策略中的关键作用	急性缺血性卒中患者	数字病理学	脑血管疾病	CT血管造影、PET成像、动脉自旋标记、空间转录组学	NA	医学影像（CT/PET/MRI）	NA（综述类文章未涉及具体样本量）
20	2025-09-15	Diabetes-Kidney-Heart Continuum and Its Implication on Therapeutic Management 2025-Jul, Cureus DOI:10.7759/cureus.88561 PMID:40861717	综述	本文综述了2型糖尿病与心肾并发症之间的连续性关系及其治疗管理策略	系统阐述了糖尿病-肾脏-心脏连续体的概念，整合了预防、逆转和延缓三阶段管理策略及新型诊断方法	NA	探讨2型糖尿病血管并发症的连续性病理机制及个体化治疗管理方案	2型糖尿病患者的心血管疾病和慢性肾脏病风险	NA	心血管疾病	单细胞转录组测序、生物标志物检测（BNP、心肌肌钙蛋白、胱抑素C等）	NA	NA	NA