单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-15	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	研究BMP-2通过诱导局部间充质细胞分化为CAR细胞，生成功能性骨髓微环境	首次证明BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）能够提供与天然骨髓相似的功能性微环境，并支持造血干细胞和CAR细胞	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探究BMP-2诱导的异位骨髓是否能够提供功能性骨髓微环境	小鼠模型中的异位骨髓和天然骨髓	生物医学工程	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序和移植模型	NA	基因表达数据和移植实验结果	小鼠模型
2	2025-07-15	Phenotypic, transcriptomic, and genomic analyses reveal the spatiotemporal patterns and associated genes of coarse hair density in goats 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.034 PMID:40640980	研究论文	本研究通过表型、转录组和基因组分析揭示了山羊粗毛密度的时空模式及其相关基因	创新性地应用高分辨率微型摄像机成像技术，结合多组学数据，揭示了山羊粗毛密度的遗传调控机制	研究主要集中在大足黑山羊，可能不适用于其他山羊品种	解析动物毛发密度的遗传调控机制	大足黑山羊	基因组学	NA	高分辨率微型摄像机成像、转录组测序、全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	图像、转录组数据、基因组数据	905张皮肤图像、33个皮肤转录组、272个全基因组序列、182个下载的转录组
3	2025-07-15	C3a-C3aR1-mediated interactions between fibroblast-like synoviocytes and macrophages promote the progression of rheumatoid arthritis 2025-Jul-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43319 PMID:40654154	研究论文	本研究通过成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎（RA）滑膜中成纤维样滑膜细胞（FLS）与巨噬细胞之间通过C3a-C3aR1信号介导的相互作用促进炎症进展的机制	首次发现FLS通过C3a-C3aR1信号通路与巨噬细胞形成正反馈调节环路促进滑膜炎症，并证实阻断该通路可减轻疾病严重程度	研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型，人类RA患者的验证数据有限	探究RA滑膜微环境中细胞间相互作用对疾病进展的影响机制	类风湿性关节炎患者的滑膜组织、胶原诱导关节炎小鼠模型	免疫病理学	类风湿性关节炎	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序	胶原诱导关节炎（CIA）小鼠模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本量（包含RA患者滑膜组织和CIA小鼠模型）
4	2025-07-15	Exploring SERTAD4 as a prognostic biomarker and therapeutic target in breast cancer: insights from multidatabase analyses and in vitro studies 2025-Jul-14, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01792-y PMID:40658117	研究论文	探索SERTAD4作为乳腺癌预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统分析SERTAD4在乳腺癌中的表达模式、临床相关性及分子机制，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索SERTAD4在乳腺癌中的生物学功能及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌组织和细胞系	肿瘤学	乳腺癌	siRNA敲降、分子对接、免疫共沉淀(Co-IP)	NA	基因表达数据、临床样本数据、单细胞测序数据	多个公共数据库(TCGA、GEO等)数据及临床乳腺癌标本
5	2025-07-15	cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data 2025-Jul-14, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399 PMID:40658464	研究论文	介绍了一种名为cytoKernel的鲁棒核嵌入方法，用于评估单细胞数据的差异表达	利用基于核的评分测试，能够检测单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据的全概率分布模式，识别传统方法忽略的多模态特征变化	未明确提及具体局限性	开发一种更全面的单细胞数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据和质谱细胞术数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 质谱细胞术	核嵌入方法	单细胞测序数据, 高维流式数据	模拟数据集和真实数据集（未明确具体数量）
6	2025-07-15	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-Jul-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03494-4 PMID:40653490	研究论文	本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次全面研究中老年小鼠脊髓损伤的转录组学变化，揭示了细胞亚群在修复机制中的潜在作用	研究仅关注了3天和1个月的时间点，未涵盖更长期的恢复过程	探究中老年小鼠脊髓损伤的病理生物学特征	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、行为数据、组织病理数据	年轻和中老年小鼠群体(具体数量未明确)
7	2025-07-15	Inhibition of Glutamine Metabolism Attenuates Tumor Progression Through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jul-13, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400738 PMID:40653724	研究论文	该研究探讨了通过抑制谷氨酰胺代谢来重塑巨噬细胞免疫微环境，从而减缓肿瘤进展的新策略	开发了一种选择性在癌组织中生物活化的谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，并证明其通过直接靶向谷氨酰胺依赖的癌细胞和改变M1/M2巨噬细胞比例发挥抗肿瘤作用	研究仅使用了小鼠模型，尚未在人体中进行验证	评估谷氨酰胺拮抗剂对肿瘤细胞和免疫微环境的影响	两种免疫系统完整的小鼠癌症模型	癌症治疗	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种小鼠肿瘤模型
8	2025-07-15	SLC3A2 as a key anoikis-related gene for prognosis and tumor microenvironment remodeling in melanoma 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03125-7 PMID:40643718	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，识别了与黑色素瘤预后相关的失巢凋亡标志物SLC3A2，并验证了其在肿瘤微环境重塑中的作用	首次整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，系统评估了150个失巢凋亡相关基因，并构建了最优预后模型，同时验证了SLC3A2作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	识别黑色素瘤中与失巢凋亡相关的预后标志物并探索其临床意义	黑色素瘤患者样本和细胞系	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序, 机器学习算法(随机生存森林, 梯度提升机), shRNA敲低, 集落形成实验, Transwell迁移实验	随机生存森林 + 梯度提升机	RNA测序数据, 临床数据	多个黑色素瘤队列(TCGA, GSE19234, GSE22153, GSE65904)和单细胞数据集GSE215120
9	2025-07-15	Zwilch kinetochore protein affects the prognosis of cancer patients by participating in cell proliferation, enhancing cell communication, and reshaping the tumor microenvironment 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02981-7 PMID:40643756	研究论文	本研究探讨了Zwilch Kinetochore Protein (ZWILCH)在多种癌症中对患者预后的影响及其在细胞增殖、细胞通讯和肿瘤微环境重塑中的作用	首次全面揭示了ZWILCH在肿瘤免疫微环境中的功能机制及其作为多种癌症预后风险因素的作用	研究主要基于转录组数据分析，缺乏体内实验验证	探究ZWILCH在肿瘤发生发展中的作用机制及其临床意义	多种癌症类型及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	多种癌症	全转录组分析、空间转录组分析、单细胞转录组分析、GSEA、GSVA、KEGG富集分析、Aucell、CRISPR筛选	NA	转录组数据	多种癌症类型的转录组数据集
10	2025-07-15	Exploring the role of PANoptosis related genes in the prognosis of oral squamous cell carcinoma subtypes based on multi-omics analysis 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03154-2 PMID:40643861	研究论文	基于多组学分析探讨PANoptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌亚型预后中的作用	首次基于PANoptosis相关基因（PRGs）识别口腔鳞状细胞癌（OSCC）亚型并构建预后模型，揭示了BAK1与OSCC风险的因果关系	研究依赖于TCGA数据库的数据，样本来源可能有限，且需要进一步实验验证	改善口腔鳞状细胞癌的诊断和治疗	口腔鳞状细胞癌患者	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, DNA甲基化分析, scRNA-seq, qRT-PCR	Cox回归分析, 孟德尔随机化	多组学数据（RNA-seq, DNA甲基化, scRNA-seq）	TCGA数据库中的OSCC患者数据
11	2025-07-15	Construction of a macrophage-related prognostic signature and assessment of immune checkpoint inhibitor efficacy of HCC 2025-Jul-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06937-3 PMID:40645977	研究论文	本研究旨在构建一个与巨噬细胞相关的基因特征，以预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫检查点抑制剂（ICI）疗效，并探讨PLAUR的功能作用	首次构建了一个包含八个基因的巨噬细胞相关特征，用于预测HCC患者的预后和ICI疗效，并揭示了PLAUR通过PI3K/AKT/mTOR通路促进免疫抑制极化和肿瘤进展的机制	研究主要基于TCGA-LIHC队列的验证，可能需要更多独立队列进一步验证基因特征的普适性	开发预测HCC患者预后和ICI疗效的生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、TIDE分析、CellChat分析、组织芯片免疫荧光	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	TCGA-LIHC队列及配对HCC和正常肝组织样本
12	2025-07-15	Comprehensive analysis of Mendelian randomization and scRNA-seq identify key prognostic genes and relevant functional roles in colorectal cancer 2025-Jul-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10354-x PMID:40646181	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术识别结直肠癌的关键预后基因及其功能作用	首次结合孟德尔随机化(MR)分析和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术鉴定出MMRN1和SLC6A19作为结直肠癌的关键预后基因，并揭示了它们与免疫细胞浸润和肿瘤微环境的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于qRT-PCR和细胞功能实验，缺乏更深入的机制研究	识别结直肠癌的关键预后基因并探索其分子机制	结直肠癌(CRC)患者样本和癌细胞	数字病理学	结直肠癌	孟德尔随机化(MR)分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	nomogram模型	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个数据集(具体数量未明确说明)
13	2025-07-15	Comparison of local effects and systemic T-cell responses in patients with breast cancer treated by radiofrequency ablation versus microwave ablation 2025-Jul-11, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03896-7 PMID:40646574	research paper	比较射频消融（RFA）和微波消融（MWA）在乳腺癌治疗中的局部效果和系统性T细胞反应	首次揭示了MWA和RFA诱导的不同免疫反应的机制，特别是MWA在增强外周T细胞细胞毒性功能方面的优势	需要未来的临床试验来验证这些发现	比较RFA和MWA在早期乳腺癌治疗中的局部效果和系统性T细胞反应	60名乳腺癌患者	肿瘤学	乳腺癌	流式细胞术、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA测序	NA	血液样本、病理检查、放射影像	60名乳腺癌患者
14	2025-07-15	Single-cell RNA sequencing study reveals the potential role of the RPS26 gene in attention deficit hyperactivity disorder 2025-Jul-11, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111444 PMID:40653146	研究论文	通过单细胞RNA测序研究揭示了RPS26基因在注意力缺陷多动障碍(ADHD)中的潜在作用	首次应用单细胞RNA测序技术研究ADHD生物标志物，发现RPS26基因在单核细胞中的差异表达及其对单核细胞发育和分化的调控作用	研究样本量较小(仅一对异卵双胞胎)，需要更大规模的验证研究	探索ADHD与心血管疾病之间的潜在分子联系	白细胞样本(特别是单核细胞/巨噬细胞)	基因组学	注意力缺陷多动障碍(ADHD)与心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)与定量PCR(qPCR)	NA	RNA测序数据	一对ADHD不一致的异卵双胞胎的白细胞样本
15	2025-07-15	The Immunological and Prognostic Landscape of TFAP4 in Cancer: A Single-Cell RNA Sequencing Perspective 2025-Jul-11, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110551 PMID:40653182	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，探讨了TFAP4在多种癌症类型中的免疫学和预后意义	揭示了TFAP4在肿瘤微环境中的免疫抑制功能及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究未涉及TFAP4具体作用机制的实验验证	探讨TFAP4在癌症中的免疫学和预后作用	多种癌症类型中的TFAP4表达及其与肿瘤微环境的关系	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序, 多组学分析	NA	RNA测序数据	多种癌症类型的样本（具体数量未提及）
16	2025-07-15	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2025-Jul-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61759-1 PMID:40640184	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，有效抑制包括SARS-CoV-2在内的多种RNA病毒的复制，并揭示了其通过逆转自噬流障碍的抗病毒机制	首次揭示了PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放中的作用，并验证了其作为可药物化抗病毒靶点的潜力	研究主要基于人类肺类器官模型，尚未在临床环境中验证	探索广谱抗病毒药物及其作用机制	SARS-CoV-2及其他RNA病毒	病毒学	COVID-19	脂质组学分析、蛋白质组学、单细胞转录组学	人类肺类器官模型	分子生物学数据	人类肺类器官
17	2025-07-15	Mineralocorticoid receptor knockout alters hippocampal CA2 neurons to become like those in CA1 2025-Jul-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08378-0 PMID:40640339	研究论文	研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）敲除对海马CA2神经元的影响，使其表现出类似CA1神经元的特性	揭示了MR在控制CA2神经元分子表型中的关键作用，以及MR敲除导致CA2神经元向CA1样表型转变的现象	研究主要关注发育过程中的变化，未涉及成年期MR敲除的影响	理解MR敲除对海马CA2神经元分子表型和形态特性的影响	小鼠海马CA2神经元	神经科学	NA	空间转录组学	条件性敲除小鼠模型	分子表型和形态学数据	NA
18	2025-07-15	Multimodal evaluation of cerebrospinal fluid from breast cancer leptomeningeal metastases using circulating tumor cell detection, single-cell sequencing, and proteomics 2025-Jul-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06671-4 PMID:40640833	研究论文	通过循环肿瘤细胞检测、单细胞测序和蛋白质组学对乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液进行多模式评估	采用多模式分子分析方法评估脑脊液中的细胞，为中枢神经系统疾病监测提供了一种比活检更少侵入性的方法	样本量较小，仅涉及一名患者	优化乳腺癌脑转移患者的治疗监测方法	HER2阳性或三阴性乳腺癌患者的脑脊液	数字病理学	乳腺癌	循环肿瘤细胞检测、单细胞RNA测序、细胞因子分析	NA	脑脊液样本	一名41岁女性患者的系列脑脊液样本
19	2025-07-15	Single-cell RNA sequencing dataset of hearts from wild type and Cyp26b1 knockout mouse embryos 2025-Jul-09, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05497-5 PMID:40634327	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了Cyp26b1基因敲除对小鼠胚胎心脏发育的影响	首次提供了Cyp26b1敲除小鼠胚胎心脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了Cyp26b1缺失对心肌细胞转录组的影响	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类疾病的转化需要进一步验证	探究Cyp26b1在心脏发育中的作用及其与左心室致密化不全(LVNC)的潜在关联	野生型和Cyp26b1敲除小鼠胚胎的心脏组织	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	134,499个高质量细胞(57,923个野生型，62,488个敲除型)，来自E10.5-E13.5四个时间点的小鼠胚胎心脏组织
20	2025-07-15	From scRNA-seq to therapeutic targets: Unveiling the impact of activated mast cells on intestinal dysfunction in acute pancreatitis 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107865 PMID:40656612	comments	本文评论了一项关于急性胰腺炎中小肠单细胞转录组分析的研究，强调了激活的肥大细胞及其分泌的CCL5在肠道屏障功能障碍中的关键作用	整合了scRNA-seq和功能分析，揭示了急性胰腺炎相关肠道损伤的细胞和分子机制	评论性质文章，未直接进行实验研究，依赖于原研究的发现	探讨急性胰腺炎中肠道功能障碍的细胞和分子机制	急性胰腺炎患者的小肠组织	数字病理学	急性胰腺炎	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA