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当前共找到 801 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model
2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.22.649977
PMID:40631230
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研究论文 | 介绍了一种名为spRefine的参考免费框架，利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和插补 | 首次将基因组语言模型应用于空间转录组数据的去噪和插补，无需参考数据，并且能通过预训练发现新的生物学信号 | NA | 开发一个参考免费的深度学习框架，用于空间转录组数据的去噪和插补，以提高数据质量和下游分析效果 | 空间转录组数据，包括不同规模的数据集 | 机器学习 | NA | 基因组语言模型 | 深度学习 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-16 |
Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model
2025-07-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02063-3
PMID:40615895
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研究论文 | 本研究通过条件性失活Pdgfra基因导致前脑髓鞘形成不足，探究脑巨噬细胞与软脑膜成纤维细胞在髓鞘形成障碍模型中的促炎作用 | 首次揭示脑膜边界相关巨噬细胞（BAMs）和软脑膜成纤维细胞在髓鞘形成障碍模型中通过细胞间相互作用促进慢性炎症和组织损伤 | 未提及具体限制 | 阐明脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在髓鞘形成不足所致进行性神经功能障碍中的机制 | 新生小鼠大脑皮层，特别是脑膜边界相关巨噬细胞、小胶质细胞和软脑膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新生小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 3 | 2026-05-16 |
A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis
2025-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09002-1
PMID:40369080
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研究论文 | 本研究通过基因编辑小鼠、人类及黑猩猩神经祖细胞和皮层类器官模型，证明人类特有的HARE5增强子通过调节WNT信号通路，精细调控放射状胶质细胞增殖能力，从而影响皮层发育和连通性 | 首次揭示人类加速区HARE5增强子中4个人类特异性变异通过扩增经典WNT信号，驱动神经祖细胞增殖并增加皮层兴奋性神经元数量，为理解人类皮层扩张的分子机制提供新视角 | 未明确说明，但可能包括小鼠模型与人类发育的差异、类器官模型的局限性以及仅聚焦单一增强子的窄聚焦 | 探究人类加速区HARE5增强子在皮层发育中的物种特异性功能及其对神经祖细胞增殖和皮层扩张的调控机制 | 人类、小鼠和黑猩猩的神经祖细胞及皮层类器官 | 神经发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、基因编辑、活体成像、谱系分析 | 基因敲入小鼠模型、人类和黑猩猩皮层类器官模型 | 单细胞转录组数据、活体成像数据、组织学数据 | 包括基因编辑小鼠、人类和黑猩猩神经祖细胞及皮层类器官，具体样本量未详细说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-15 |
Tryptamine Metabolism and Functionalization in Gut Commensal Bacteria Expand Human Tryptamine Signaling Responses
2025-07-18, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.5c00313
PMID:40577169
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研究论文 | 本研究通过筛选人类粪便来源细菌培养物上清液，发现并鉴定了由肠道共生菌产生的新型色胺衍生物，这些分子能激活人类褪黑素受体及多种GPCR，并具有抗炎活性 | 首次发现肠道共生菌中色胺代谢产生的两种新型小分子（含尿素核心对称双色胺结构及单色胺功能化修饰），并阐明其作为褪黑素受体1A/1B、P2RY11、GPR55受体激动剂及可溶性环氧化物水解酶抑制剂的多重生物活性 | 未具体说明研究局限性，但可能包括在体实验仅采用小鼠模型、未验证人类肠道微环境中的实际浓度效应、单细胞RNA测序分析仅评估单一化合物处理效果等 | 探索人类肠道微生物代谢产生的功能小分子对GPCR信号通路的影响，扩展人类与微生物界面色胺信号传导的认知 | 人类粪便来源细菌培养物上清液、肠道共生菌R. intestinalis、小鼠肠道组织中的上皮内淋巴细胞 | 机器学习和统计方法 | NA | RNA测序 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 5 | 2026-05-15 |
A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics
2025-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02707-1
PMID:40442373
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研究论文 | 开发了一种名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，将组织病理学与空间转录组学连接起来 | 首次提出将H&E图像和转录组数据通过Visium组织块进行整合的视觉-组学基础模型，并构建了涵盖32个器官的220万配对数据集 | 未提及具体限制 | 开发能够桥接组织病理学图像与空间转录组数据的统一计算模型 | 来自32个器官的220万配对组织图像和转录组数据 | 计算机视觉, 机器学习, 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | OmiCLIP（基础模型） | 图像, 文本（基因符号序列） | 220万配对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium平台的组织块数据 |
| 6 | 2026-05-15 |
Deciphering the molecular mechanism of YY1/HIF1A modulating ovarian cancer angiogenesis based on single-cell transcriptomics technology
2025 Jul-Dec, Mutation research
DOI:10.1016/j.mrfmmm.2025.111916
PMID:41072350
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研究论文 | 基于单细胞转录组学技术解析YY1/HIF1A调控卵巢癌血管生成的分子机制 | 首次通过单细胞转录组学分析结合细胞实验，揭示了YY1通过竞争性结合FBXW7稳定HIF1A表达，进而促进卵巢癌血管生成的具体机制 | 未提及 | 探讨YY1在卵巢癌血管生成中的作用及其分子机制 | 卵巢癌细胞及单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学, 共培养技术, 免疫共沉淀, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因检测, qRT-PCR, Western blotting | NA | 转录组数据 | GEO数据库中的卵巢癌肿瘤样本及邻近样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-12 |
Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair
2025-Jul-23, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb00706b
PMID:40566954
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研究论文 | 开发脱细胞小肠水凝胶包裹骨髓间充质干细胞，通过免疫调节和组织修复缓解小鼠结肠炎 | 首次使用脱细胞小肠水凝胶作为骨髓间充质干细胞递送系统，通过直肠给药靶向结肠炎病变，其生物活性、生物相容性、生物降解性和机械性能优于常规PLGA-PEG-PLGA水凝胶，并通过多靶点协同效应减轻炎症 | 未来需进一步研究脱细胞小肠水凝胶与骨髓间充质干细胞间的相互作用机制，优化给药方案，并采用单细胞RNA测序阐明间充质干细胞介导的肠道微环境免疫调节 | 开发一种有效且安全的基于间充质干细胞的炎症性肠病治疗策略 | 大鼠骨髓间充质干细胞及右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎小鼠模型 | 机器学习 | 炎症性肠病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2026-05-12 |
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662625
PMID:40672304
|
研究论文 | 提出GatorST框架，通过图建模、伪标签与对比元学习整合空间与转录组数据，提升空间域识别、基因表达插补等下游任务性能 | 首次结合图建模与对比元学习框架，利用伪标签弱监督信号和两跳邻域子图捕获局部与全局空间上下文，采用情景训练策略增强模型泛化能力 | 未在更高分辨率或单细胞分辨率空间数据上评估，且依赖于k近邻图构建和软K均值聚类，可能受预设参数影响 | 开发一种能有效整合空间信息与转录组数据并提升多样下游分析性能的通用框架 | 空间转录组学数据及对应的空间域、基因表达插补、批次效应去除和轨迹推断任务 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 对比学习与元学习框架 | 空间转录组数据 | 14个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-12 |
DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.05.662121
PMID:40672156
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研究论文 | 提出一种名为DGAT的双图注意力网络，从转录组数据推断空间蛋白质表达图谱 | 通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图，利用图注意力网络学习RNA-蛋白质关系，实现对仅含转录组数据的空间蛋白表达推断 | 依赖空间CITE-seq数据集进行训练，可能受限于训练数据的多样性和代表性 | 从仅含转录组数据的空间转录组学中推断空间蛋白质表达水平 | 扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤的公共及内部数据集 | 机器学习 | 乳腺癌, 胶质母细胞瘤, 恶性间皮瘤 | NA | 图注意力网络 | 图像, 文本 | 包含扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤的公共及内部数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2026-05-12 |
Spatial transcriptomic applications in orthopedics
2025-Jul, Connective tissue research
IF:2.8Q1
DOI:10.1080/03008207.2025.2501703
PMID:40347072
|
综述 | 本综述介绍了空间转录组学在骨科研究中的变革性应用，重点在于解析肌肉骨骼组织内复杂的基因表达模式 | 首次系统综述空间转录组学在骨科多种组织中的应用，并探讨成像与测序方法在假设检验和假设生成中的不同优势 | 仅纳入29篇已发表文献，样本量有限；主要基于公开数据，未涉及新实验验证 | 探索空间转录组学在骨科疾病（如软骨、肌腱、滑膜等组织）中的临床应用潜力 | 肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜） | 数字病理学 | 骨科疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录数据 | 29篇已发表手稿的空间转录组数据 | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP | 10x Visium 用于22篇文献，seqFISH+和MERFISH为成像基础，NanoString GeoMx DSP为测序基础 |
| 11 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing indicates AP-1 as a potential therapeutic target for autoimmune uveitis
2025-07, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.116945
PMID:40228638
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型，发现AP-1是疾病关键分子并验证其作为治疗靶点的潜力 | 首次通过单细胞RNA测序揭示AP-1在自身免疫性葡萄膜炎发病机制中的关键作用，并发现其通过GM-CSF/IL-23反馈环路支持Th17细胞致病性 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 探索自身免疫性葡萄膜炎的发病机制并寻找新的治疗靶点 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠的脾脏和颈引流淋巴结细胞 | 单细胞组学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常和EAU小鼠的脾脏及颈引流淋巴结 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-05-08 |
Gastruloid patterning reflects division of labor among biased stem cell clones
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.12.664536
PMID:40791385
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研究论文 | 通过荧光谱系追踪和空间转录组学，揭示类原肠胚模型中干细胞克隆通过劳动分工促进轴向组织形成 | 发现预先存在的细胞异质性通过干细胞克隆的劳动分工促进胚胎发育的准确轴向组织，而非传统认为的需最小化异质性 | 未明确说明 | 探索胚胎发育中细胞异质性与组织模式形成的关系 | 类原肠胚模型中的干细胞克隆 | 机器学习 | NA | RNA-seq, ATAC-seq, 荧光谱系追踪, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 多克隆和单克隆干细胞群体 | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium 空间转录组学平台, Illumina NovaSeq 测序平台 |
| 13 | 2026-05-08 |
Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics
2025-07-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279771.124
PMID:40316422
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研究论文 | 介绍CellAgentChat，一种基于智能体的模型，用于从单细胞RNA测序和空间转录组学数据中解析细胞间相互作用 | 使用基于智能体的建模方法模拟细胞相互作用，能够捕捉单个细胞行为的细微差别，并提供动态可视化和计算机模拟扰动能力 | 未在摘要中明确提及，但基于智能体模型可能面临计算复杂性高和大规模数据扩展性的挑战 | 开发一种新方法，以更深入地理解不同生物背景下的细胞信号相互作用 | 细胞间相互作用及不同细胞群体的信号事件 | 计算机视觉， 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | 基于智能体的模型 ABM | 单细胞数据， 空间转录组数据 | 八个不同的单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2026-05-06 |
From preneoplastic lesion to heterogenous tumor: recent insights into hepatoblastoma biology and therapeutic opportunities
2025-Jul-19, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02405-8
PMID:40684183
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综述 | 综述了肝母细胞瘤从癌前病变到异质性肿瘤的最新生物学见解和治疗机会 | 通过单细胞RNA测序、多组学、空间转录组学和功能基因组学筛选，揭示了肝母细胞瘤的复杂异质性，包括不同细胞亚群、WNT信号传导、发育通路以及肿瘤与免疫微环境的相互作用 | 未明确提及局限性 | 总结肝母细胞瘤的生物学新发现，推动治疗进展 | 肝母细胞瘤肿瘤细胞、肿瘤相关细胞类型及遗传依赖性 | 数字病理学 | 儿科肝癌 | 单细胞RNA-seq, 多组学, 空间转录组学, 功能基因组学筛选 | NA | 转录组数据, 空间数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-05-06 |
Hair Bundle Degeneration is a Key Contributor to Age-Related Vestibular Dysfunction
2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636113
PMID:39975332
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序研究衰老小鼠前庭毛细胞，揭示纤毛束退化和机械传导障碍是年龄相关性前庭功能障碍的关键因素 | 首次通过单细胞转录组分析揭示前庭毛细胞在衰老过程中的细胞类型特异性变化，特别是纤毛束退化和机械传导障碍先于毛细胞丢失，并比较了前庭与耳蜗毛细胞衰老特征的差异 | 仅基于小鼠模型，人类前庭衰老机制有待验证；未深入探讨导致纤毛束退化的上游分子调控网络 | 阐明年龄相关性前庭功能障碍的分子机制，特别是毛细胞退化的关键驱动因素 | 年轻和衰老小鼠的前庭毛细胞 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞RNA测序，电生理记录，成像 | NA | 基因表达数据，图像，电生理数据 | 年轻和老年小鼠的前庭毛细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 16 | 2026-05-06 |
The foraging gene coordinates brain and heart networks to modulate socially cued interval timing in Drosophila
2025-Jul, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011752
PMID:40627675
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研究论文 | 本文探讨了 foraging 基因 (for) 如何通过协调大脑和心脏网络来调节果蝇的社会性间隔定时行为 | 首次揭示 foraging 基因通过神经和非神经机制（心脏肽能信号和钙动力学）整合社会线索调节间隔定时行为，并发现 forR 和 forS 两种等位变体的复杂相互作用 | 未提供 | 探究 foraging 基因在果蝇间隔定时行为，特别是交配持续时间中的调控作用及其神经和非神经机制 | 果蝇 (Drosophila melanogaster) 的两种等位变体（forR 和 forS）及其转杂合子 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序, 敲低实验, CaLexA信号成像 | NA | 基因表达数据, 行为数据, 钙成像数据 | 未详细说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 未提供具体平台配置 |
| 17 | 2026-05-02 |
Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs
2025-07-15, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205
PMID:40209410
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序探索孕期氟氯氰菊酯暴露对子代神经发育毒性的影响，揭示神经干细胞命运决定的关键作用 | 首次构建了孕期氟氯氰菊酯暴露后子代大脑海马区的单细胞图谱，并通过体内外实验验证了神经干细胞分化方向、增殖和凋亡水平改变是毒性主因 | NA | 阐明孕期氟氯氰菊酯暴露导致子代神经发育毒性的机制 | 不同年龄段的子代大鼠（新生儿、幼年等）及其海马组织 | 机器学习 | 神经发育毒性 | 单细胞RNA测序、差异表达分析、细胞间通讯分析、拟时序分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 新生儿大鼠海马组织样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-05-01 |
Pathogenesis of Graves' Disease Determined Using Single-Cell Sequencing with Thyroid Autoantigen Peptide Stimulation in B Cells
2025-07-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14141102
PMID:40710355
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序评估格雷夫斯病患者B细胞对甲状腺自身抗原肽刺激的反应 | 首次使用单细胞RNA测序结合甲状腺自身抗原肽刺激，分析格雷夫斯病患者外周血和甲状腺内B细胞的异质性及反应差异 | 样本量较小，且仅关注了B细胞亚群，未考虑其他免疫细胞类型的相互作用 | 阐明格雷夫斯病中B细胞对甲状腺自身抗原的应答机制及其在疾病发病中的作用 | 格雷夫斯病（GD）患者的外周血单核细胞（PBMCs）和甲状腺内血单核细胞中的B细胞 | 单细胞测序 | 格雷夫斯病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | GD患者样本，具体数量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-04-29 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
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研究论文 | 本文研究双特异性磷酸酶1在疏螺旋体脂蛋白调节巨噬细胞炎症通路中的作用 | 通过多组学方法（单细胞RNA测序和蛋白质组学）发现DUSP1在疏螺旋体脂蛋白诱导的巨噬细胞反应中起关键调控作用 | 仅在小鼠骨髓来源巨噬细胞中进行，未在体内或人类细胞中验证 | 探索DUSP1在疏螺旋体脂蛋白调节巨噬细胞免疫反应中的功能和机制 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞 | 机器学习 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-04-29 |
Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state
2025-07-09, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkaf079
PMID:40509864
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研究论文 | 通过靶向单细胞表达谱分析，鉴定调控睡眠与代谢状态整合的神经元和基因 | 首次利用靶向单细胞测序技术对单个LHLK神经元进行转录组分析，鉴定出睡眠-代谢相互作用的新调控因子 | 仅限于果蝇模型，且仅关注单个神经元类型，可能遗漏其他相关神经元或全身性调控机制 | 研究单个神经元在睡眠与代谢交互中的转录变化及功能基因 | 果蝇（Drosophila melanogaster）的侧角亮氨酸激酶（LHLK）神经元 | 自然语言处理 | NA | 单细胞测序（single-cell sequencing） | NA | 基因表达数据 | 果蝇LHLK神经元（喂食状态与24小时饥饿状态对比，具体样本未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | 单细胞CEL-Seq | 靶向单细胞CEL-Seq对单个LHLK神经元进行RNA分离和测序 |