单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 799 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2026-09-19	Statistical significance of clustering for count data 2025-Jul-03, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf120 PMID:40971569	研究论文	提出SigClust-DEV方法评估计数数据中聚类的统计显著性，并在模拟数据和单细胞RNA测序及电子健康记录数据上验证其性能	针对计数数据设计了一种新的聚类显著性评估方法SigClust-DEV，克服了现有SigClust方法在处理非高斯高维离散数据时统计功效降低的问题	未明确说明方法在大规模超高通量数据上的计算效率及可扩展性	评估计数数据中聚类的统计显著性，避免因自然抽样变异产生虚假聚类	计数数据（包括模拟数据、Hydra单细胞RNA测序数据、癌症患者电子健康记录数据）	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序	NA	计数数据、文本	Hydra单细胞RNA测序数据和癌症患者电子健康记录数据，具体样本量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
2	2026-09-18	Epigenetic Adaptation Drives Monocyte Differentiation into Microglia-Like Cells Upon Engraftment into the Central Nervous System 2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.612126 PMID:39314467	研究论文	该研究通过骨髓嵌合体、单细胞RNA测序、ATAC-seq、流式细胞术和免疫组化等手段，证明进入中枢神经系统的单核细胞会经历表观遗传重编程，获得小胶质细胞标志物表达并转化为小胶质细胞样细胞	挑战了现有观点，即P2RY12、TMEM119和FCRLS等标志物可特异性区分驻留小胶质细胞与浸润单核细胞，首次证明浸润单核细胞在进入中枢神经系统后可发生广泛的表观遗传和转录重塑，获得小胶质细胞样命运，并在表型上与胚胎来源小胶质细胞难以区分	摘要中未明确提及研究局限性	探究进入中枢神经系统的单核细胞是否能够获得小胶质细胞标志物表达，以及其背后的表观遗传和转录调控机制	骨髓嵌合体小鼠模型中的浸润单核细胞、中枢神经系统驻留小胶质细胞，以及视网膜损伤模型和生理条件下的脑与脊髓组织	机器学习, 数字病理学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 流式细胞术, 免疫组化	NA	图像, 文本	NA	NA	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq	NA	NA
3	2026-09-18	Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest 2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.13.584903 PMID:38558995	研究论文	本文通过整合小鼠遗传学、单细胞RNA测序和表观遗传分析，揭示了PRC2核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质增殖的关键调控作用	首次系统阐明了Eed在神经嵴细胞诱导后阶段（而非诱导阶段）对颅面发育的具体作用，结合单细胞转录组和表观遗传图谱揭示了Eed通过调控多种转录因子程序驱动迁徙后神经嵴细胞的间充质分化与增殖	研究主要基于小鼠模型，人类罕见先天性综合征的转化相关性仍需进一步验证；单细胞测序和表观遗传分析的样本量及细胞数量未在摘要中明确说明	探究PRC2核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面发育的胚胎、细胞和分子层面的调控机制	小鼠胚胎神经嵴细胞及颅面间充质细胞	机器学习, 表观遗传学	颅面先天性畸形	单细胞RNA测序, 表观遗传分析	NA	文本, 图像	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
4	2026-09-18	Single-cell transcriptional changes across the blood stages of artemisinin-resistant K13580Y Plasmodium falciparum upon dihydroartemisinin exposure 2025-Jul-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.06.570387 PMID:38105992	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术，对青蒿素敏感（K13-C580）和抗性（K13-580Y）恶性疟原虫在同源等基因背景下，经双氢青蒿素6小时脉冲处理后的全红细胞内期转录组变化进行了高分辨率分析	首次在共等基因寄生虫系中应用单细胞RNA测序技术，跨全部红细胞内期解析青蒿素抗性K13580Y突变体的转录响应；结合MELD计算框架量化转录扰动，揭示了抗性株在药物压力下更一致和稳健的转录适应；发现GARP和PfEMP1等表面蛋白作为潜在干预靶点	摘要中未明确提及研究局限性，但6小时DHA脉冲处理可能无法完全反映临床长期用药下的寄生虫响应；单细胞RNA测序可能受限于寄生虫转录组捕获效率；功能验证仅限于抗GARP抗体实验	探究青蒿素抗性K13580Y恶性疟原虫在双氢青蒿素暴露下的分子基础，解析其跨血液阶段的单细胞转录变化	共等基因恶性疟原虫系K13野生型（K13-C580）和青蒿素抗性突变体（K13-580Y）	单细胞转录组学	疟疾	单细胞RNA测序	MELD计算框架	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
5	2026-09-18	scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution 2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.613754 PMID:39345504	研究论文	本文提出了scooby框架，首次在单细胞分辨率下从DNA序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱，基于预训练多组学模型Borzoi微调，实现对基因调控的建模	首次实现从DNA序列在单细胞分辨率下预测scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱；利用预训练Borzoi作为基础模型并配备细胞特异性解码器；通过细胞在预计算单细胞嵌入中的位置作为条件，具备强泛化能力；可将批量eQTL效应分解为单细胞效应	摘要中未明确提及研究的局限性	理解调控DNA元件如何在单个细胞中塑造基因表达，建立跨基因表达步骤的序列决定因素的统一基因调控模型	造血数据集中的单细胞	机器学习, 基因组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 单细胞多组学	Borzoi, 细胞特异性解码器	DNA序列, 单细胞多组学数据	NA	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, single-cell multi-omics	NA	NA
6	2026-09-18	Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625488 PMID:39651240	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序研究三刺鱼减数分裂性染色体失活（MSCI）是否存在，发现X和Y染色体在减数分裂过程中维持基因表达，未表现出MSCI特征。	首次在三刺鱼中研究MSCI，发现尽管Y染色体存在序列退化和结构演化，MSCI并未发生，表明MSCI可能并非硬骨鱼类的保守特征；同时发现X连锁基因存在睾丸特异性的更快-X效应和基因逐个剂量补偿。	研究仅针对三刺鱼一种物种，需在其他物种中进一步验证；单细胞RNA测序可能受技术灵敏度限制，未能完全排除低水平MSCI事件。	探究三刺鱼中是否存在减数分裂性染色体失活（MSCI），以及MSCI与Y染色体序列退化和结构演化之间的关系。	三刺鱼（Gasterosteus aculeatus）的性染色体（X和Y）及精子发生过程	机器学习	NA	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	图像, 文本	NA	NA	single-cell RNA-seq	NA	NA
7	2026-09-18	MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626766 PMID:39677693	研究论文	该文章描述了基于图像的空间转录组学数据中常见的缺陷，并开发了MerQuaCo这一开源计算工具来自动检测和量化这些缺陷以进行质量控制	开发了MerQuaCo开源工具，能够无需用户输入自动检测和量化空间转录组学数据中的缺陷，实现了严格、客观的数据质量评估	研究主要基于Vizgen MERSCOPE平台的小鼠脑组织切片数据，工具在其他平台和组织类型上的通用性有待验证	开发计算工具以自动评估基于图像的空间转录组学数据质量，解决当前手动质量评估劳动强度大且主观性强的问题	641张新鲜冷冻成年小鼠脑组织切片的空间转录组学数据	数字病理学	NA	基于图像的空间转录组学	NA	图像	641张新鲜冷冻成年小鼠脑组织切片	Vizgen	空间转录组学	Vizgen MERSCOPE	Vizgen MERSCOPE基于图像的空间转录组学平台
8	2026-09-18	CROPseq-multi: a universal solution for multiplexed perturbation in high-content pooled CRISPR screens 2025-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585235 PMID:38558968	研究论文	本文报道了CROPseq-multi（CSM）的开发，这是一种受CROPseq启发的慢病毒系统，用于在多重扰动CRISPR筛选研究中实现多重SpCas9扰动，并具有多样的读出兼容性	开发了CROPseq-multi（CSM）慢病毒系统，可实现多重SpCas9扰动；构建了双引导CSM文库，通过单步分子克隆即可完成，并便于使用唯一分子标识符；开发了优化的多重检测方案，使条形码计数提高10倍，可检测重组事件，并将解码所需的测序循环数减少3倍；CROPseq-multi-v2（CSMv2）增加了对基于T7 RNA聚合酶转录的检测方法的兼容性	摘要中未明确提及	开发一种通用的多重扰动CRISPR筛选解决方案，兼容个体扰动和组合扰动、多样的SpCas9扰动技术以及多种高含量单细胞表型读出	CRISPR筛选系统、慢病毒载体系统、SpCas9扰动技术	机器学习	NA	CRISPR筛选、慢病毒转导、单细胞RNA测序、光学池筛选	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
9	2026-09-18	Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins 2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624562 PMID:39605372	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，探究伯氏疏螺旋体脂蛋白处理小鼠骨髓来源巨噬细胞后，双特异性磷酸酶1（DUSP1）对巨噬细胞炎症通路的调控作用	首次将单细胞RNA测序与无偏蛋白质组学相结合，系统解析伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的巨噬细胞转录和蛋白水平变化，并揭示DUSP1作为负调控NLRP3介导促炎信号、正调控干扰素刺激基因表达的关键分子，同时发现DUSP1、IkB激酶复合物和MyD88参与调控线粒体变化	研究仅在小鼠骨髓来源巨噬细胞中进行，未在体内动物模型或人类样本中验证；未详细阐明DUSP1调控线粒体变化的具体分子机制	解析伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导宿主巨噬细胞免疫调节通路的转录和蛋白质组学模式，探索DUSP1作为治疗靶点调控宿主反应以限制螺旋体在蜱和哺乳动物宿主间感染循环中存活的潜力	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs），经伯氏疏螺旋体脂蛋白处理	机器学习, 数字病理学	莱姆病	单细胞RNA测序, 无偏蛋白质组学	NA	文本, 图像	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
10	2026-09-18	Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin 2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646438 PMID:40236062	研究论文	该研究发现表皮中的局部抗原经历通过增强TGFβ信号传导和增殖能力，提升CD8组织驻留记忆T细胞的适应性	首次揭示表皮发育过程中局部抗原经历通过TCR信号驱动TGFβRIII差异表达，降低T细胞对TGFβ的依赖并增强其驻留与增殖能力	摘要未提及具体实验限制，如样本量、模型系统或长期功能验证的局限	探究皮肤局部抗原经历如何影响表皮CD8组织驻留记忆T细胞的适应性与持久性	表皮CD8组织驻留记忆T细胞（T）及其前体细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文本（基因表达数据）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
11	2026-09-18	Single-cell RNA sequencing dataset of hearts from wild type and Cyp26b1 knockout mouse embryos 2025-07-09, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05497-5 PMID:40634327	研究论文	该研究对野生型和Cyp26b1敲除小鼠胚胎四个时间点的心脏组织进行单细胞RNA测序，构建了心脏发育的单细胞转录组图谱	提供了Cyp26b1敲除小鼠心脏发育的单细胞转录组数据集，揭示了Cyp26b1缺失后心肌细胞的转录变化	摘要中未明确提及研究局限性	探究Cyp26b1对心脏发育的影响，特别是与左心室心肌致密化不全的关联	野生型和Cyp26b1敲除小鼠胚胎心脏组织	单细胞转录组学	左心室心肌致密化不全	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	134499个高质量细胞（57923个野生型，62488个敲除型），来自四个时间点（E10.5-E13.5）的小鼠胚胎心脏	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
12	2026-09-14	Comprehensive insight on immune landscape in intracerebral hemorrhage patients with single-cell RNA sequencing: from blood to hematoma 2025-Jul-30, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03518-z PMID:40739271	研究论文	通过对脑出血患者的血肿和血液样本进行单细胞RNA测序，全面揭示了脑出血患者的免疫细胞图谱	首次对脑出血患者血肿样本进行单细胞RNA测序，从血液到血肿全面揭示免疫细胞转录图谱，并深入探究Toll样受体4在免疫炎症和代谢中的作用	样本量较小，仅纳入4例脑出血患者和3例健康志愿者	探究脑出血患者血肿来源免疫细胞的转录谱特征，揭示原发性和继发性组织损伤的机制	脑出血患者的血肿和血液样本，以及健康志愿者的血液样本	数字病理学	脑出血	单细胞RNA测序	NA	文本	4例脑出血患者的血肿和血液样本，3例健康志愿者的血液样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
13	2026-09-14	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	该研究通过单细胞和单核RNA测序分析dup15q综合征患者来源的皮层类器官和死后脑组织，揭示了自闭症中发育期和出生后的分子变化	结合单细胞和单核RNA测序、空间转录组学和基因共表达网络分析，在dup15q综合征中发现了胎儿期类器官发育中糖酵解增加、深层神经元分层标志物表达紊乱和形态异常，以及青少年-成人死后脑组织中上层神经元突触信号转录负担增加，并揭示了疾病相关模块在死后和类器官样本间保守	NA	研究dup15q综合征的分子机制，作为自闭症谱系障碍的模型	dup15q患者来源的iPSC衍生的皮层类器官和死后脑组织样本	机器学习	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
14	2026-09-13	A Bayesian nonparametric method for jointly clustering multiple spatial transcriptomic datasets and simultaneous gene selection 2025-Jul-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11693-5 PMID:40707561	研究论文	提出一种贝叶斯非参数聚类算法，可联合聚类多个空间转录组数据集并同时进行基因选择	能够整合来自多个供体的空间转录组数据，识别所有供体共有的聚类和每个供体特有的聚类，实现信息基因的变量选择，并自动确定聚类数量	摘要中未明确提及研究的局限性	解决现有空间转录组聚类算法需要预先知道聚类数量、只能推断单个供体、无法识别多个供体共有信息等局限性	多个供体的空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	贝叶斯非参数模型	空间转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
15	2026-09-13	C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	研究论文	本文提出了一种基于卷积神经网络的工具C-COUNT，用于自动识别和评分红细胞集落形成单位（CFU-e）实验中的集落	开发了基于卷积神经网络的C-COUNT工具，可自动从自动化显微镜采集的图像中可靠识别CFU-e集落并输出其数量和大小，性能与三位经验丰富的科学家相当或更优，并提供了代码、Docker镜像、训练模型和训练数据集	摘要中未明确提及研究的局限性	解决传统集落形成实验（CFA）中人工计数耗时、易出错、存在偏差和不一致的问题，实现红细胞集落评分的自动化和高效化	红细胞集落形成单位（CFU-e）集落，包括在含有髓系集落和其他细胞聚集物的培养板上的CFU-e集落	计算机视觉	血液疾病	自动化显微镜成像	CNN	图像	NA	NA	NA	NA	NA
16	2026-09-13	HECLIP: histology-enhanced contrastive learning for imputation of transcriptomics profiles 2025-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363 PMID:40569046	研究论文	本文提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，通过以图像为中心的对比学习策略直接从H&E染色组织学图像推断空间基因表达谱	采用以图像为中心的对比学习策略捕捉与分子表达相关的形态学特征，通过最小化对空间转录组数据的依赖，实现准确且具有生物学意义的基因表达预测	摘要中未明确说明该研究的局限性	开发可扩展的计算方法，弥合组织学图像与转录组学之间的差距，直接从H&E染色图像推断空间基因表达谱	H&E染色组织学图像及空间基因表达谱	数字病理学	NA	空间转录组学	对比学习	图像	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
17	2026-09-13	Prediction of gene regulatory connections with joint single-cell foundation models and graph-based learning 2025-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf217 PMID:40662821	研究论文	该文提出了scRegNet框架，结合单细胞基础模型与联合图学习来预测基因调控连接	利用大规模预训练的单细胞基础模型结合联合图学习进行基因调控连接预测，以解决监督学习方法对大量已知TF-DNA结合数据依赖的问题	摘要中未明确提及研究局限性	解决基因调控网络推断中的基因调控连接预测问题，预测缺失的调控相互作用	scRNA-seq数据中的基因调控连接	机器学习	NA	scRNA-seq	单细胞基础模型、图学习	文本、基因表达数据	7个scRNA-seq基准数据集	NA	scRNA-seq	NA	NA
18	2026-09-10	A pluripotent stem cell atlas of multilineage differentiation 2025-07-15, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05549-w PMID:40664685	研究论文	研究者利用单细胞RNA测序技术，生成了超过60000个人类多能干细胞体外多谱系分化过程中的基因表达时间序列图谱，覆盖从原肠胚形成状态到各胚层前体细胞和定型细胞类型。	首次提供了人类多能干细胞体外分化过程中跨越所有胚层的大规模单细胞转录组时间序列数据集，作为与体内发育比较的基准参考点。	研究可能受限于体外分化模型与真实体内发育环境的差异，且转录组数据未结合其他组学层面（如表观基因组）信息。	通过单细胞转录组测序，研究发育信号通路在调控人类多能干细胞体外多向分化中的作用。	人类多能干细胞在体外分化过程中的多谱系细胞状态。	单细胞转录组学，发育生物学	不适用（未涉及特定疾病，而是基础发育研究）	单细胞RNA测序	不适用（不是深度学习模型，属于统计分析）	单细胞转录组测序数据（超过60000个细胞的基因表达数据）	超过60000个细胞，来自体外分化不同时间点的样本	不适用（未提及具体公司）	单细胞RNA测序	不适用（未提及具体平台或产品）	不适用（未提供平台配置细节）
19	2026-09-10	Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection 2025-07-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013 PMID:40513559	研究论文	利用来自气道表面上皮和黏膜下腺体的长期培养类器官，研究其在呼吸炎症和感染中的独特生理特性	首次将黏膜下腺体类器官纳入气道体外模型，并发现CD13阳性分泌细胞对HCoV-229E感染的易感性	未提供明确的局限性信息	探究气道表面上皮与黏膜下腺体类器官的生理差异及其在呼吸炎症和感染建模中的应用	人气道表面上皮和黏膜下腺体来源的类器官	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	类器官模型	单细胞转录组数据	未提供具体样本量	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序
20	2026-09-10	Exploring the sublayer formation process in layer V of the neocortex through two newly identified molecular markers 2025-07-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhaf174 PMID:40668607	研究论文	本研究通过两个新识别的分子标记物Pcp4和FoxO1，探索了大脑皮层第五层的亚层形成过程	首次识别出Pcp4和FoxO1作为皮层第五层亚层Va和Vb的特定分子标记，并通过scRNA-seq验证及Dicer条件敲除小鼠模型展示了miRNA在神经元亚型特化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类皮层发育，且尚未完全阐明miRNA调控下游靶基因的具体机制	阐明哺乳动物新皮层第五层中神经元多样化和亚层形成的分子机制	小鼠大脑皮层第五层的兴奋性锥体神经元及其亚层Va和Vb	神经科学、分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件敲除小鼠模型	NA	基因表达数据、组织切片图像	两种Dicer条件敲除小鼠模型及对照	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA