单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-10	Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本研究提出了一种名为基因空间整合(GSI)的深度学习方法，用于增强空间转录组学数据分析，并解决批次效应问题	利用自编码器网络提取空间嵌入，将空间特征投影到基因表达特征空间，实现了多样本的无缝整合，显著提升了分析工具的性能	方法主要关注基因分布的空间方面，可能未充分利用其他空间信息如细胞/点邻近性和维度性	开发一种深度学习方法，用于整合和分析多组空间转录组数据，以更好地理解组织特性	人类背外侧前额叶皮层数据集	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)	自编码器网络	空间转录组数据	人类背外侧前额叶皮层数据集(具体样本包括151673和151672)
162	2025-07-10	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户在单细胞RNA测序数据分析中的整合方法	提供了更多的整合方法选择，包括基于Python的方法，并提供了集成性能评估工具和自动化Python环境管理	未提及具体的性能比较结果或用户反馈	提升单细胞RNA测序数据整合的灵活性和效率	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
163	2025-07-10	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	通过时序单细胞测序分析揭示表达GPNMB的巨噬细胞增强肌肉再生	发现了一种表达高水平Gpnmb的巨噬细胞亚群，该亚群共表达参与巨噬细胞介导的肌肉再生的关键因子，如Igf1、Mertk和Nr1h3	未明确说明样本量及实验设计的潜在局限性	研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的表型多样性及其向消退期巨噬细胞的转变	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
164	2025-07-09	Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5352 PMID:40620806	研究论文	提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织解离的优化方案，以提高单细胞RNA测序的质量	使用深共晶溶剂（Vivophix, Rapid Labs）在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中由温度和酶处理引起的转录变化及RNase活性	仅针对蚊子和沙蝇的中肠组织进行了验证，未涉及其他组织或物种	优化非模式生物组织解离方案，以提高单细胞RNA测序的质量	蚊子和沙蝇的中肠组织	分子细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种医学上重要的昆虫载体
165	2025-07-09	Single-cell transcriptomic insights into endosulfan-induced liver injury: Key pathways and inflammatory responses 2025-Jun, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.05.002 PMID:40620502	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了硫丹（ENDO）诱导肝损伤的细胞和分子机制	首次在单细胞水平上解析硫丹诱导肝损伤的关键通路和炎症反应，揭示了细胞间通讯和炎症微环境的变化	研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本中的发现	阐明硫丹诱导肝毒性的细胞和分子机制	C57BL/6小鼠的肝脏细胞	单细胞转录组学	肝损伤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
166	2025-07-08	Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans 2025-Jun, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03472-y PMID:40272718	研究论文	本研究通过全外显子测序和生物信息学分析，确定了CFAP221基因变异与人类弱畸精子症之间的致病联系	首次发现CFAP221基因是男性不育的新致病基因，并揭示了其在精子鞭毛发育中的关键作用	研究样本仅来自两个无关的中国家庭，样本量较小	探索与男性不育相关的弱畸精子症的新遗传病因	两个无关的中国不育家庭	遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES)、Sanger测序、扫描电子显微镜(SEM)、透射电子显微镜(TEM)、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、显微镜图像数据	两个不育家庭的成员
167	2025-07-07	Regulatory mechanisms of the Hippo/YAP axis by G-protein coupled estrogen receptor in gastric signet-ring cell carcinoma 2025-Jun-23, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101199 PMID:40554953	研究论文	本研究探讨了G蛋白偶联雌激素受体（GPER）在胃印戒细胞癌（GSRC）中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的机制	首次揭示了GPER通过竞争性结合ARRB2抑制LATS1介导的YAP磷酸化，从而增强YAP活性，并发现YAP与GPER启动子结合形成正反馈循环	研究主要基于体外细胞实验和裸鼠移植瘤模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明GPER在GSRC中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的分子机制	胃印戒细胞癌（GSRC）细胞系和裸鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序、体外细胞功能实验、裸鼠移植瘤模型	NA	分子生物学数据、细胞实验数据、动物实验数据	未明确说明具体样本数量，涉及GSRC细胞系和裸鼠模型
168	2025-07-07	Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09071-2 PMID:40468066	研究论文	本文研究了Y染色体缺失(LOY)在癌症和T细胞中的并发影响及其与患者预后的关系	首次建立了免疫细胞LOY与恶性细胞LOY之间的联系模型，解释了PBMCs中LOY与癌症死亡率增加的关系	研究主要基于RNA测序数据，需要进一步实验验证机制	探究PBMCs中LOY驱动癌症死亡率的机制以及LOY在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系	29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据，以及自体和同源小鼠模型	癌症基因组学	上皮癌	bulk RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29种人类肿瘤类型的数据及小鼠模型
169	2025-07-06	The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages 2025-Jun-27, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661 PMID:40582585	研究论文	本研究探讨了NF-κB/LY6E轴在口腔鳞状细胞癌（OSCC）干细胞特性中的作用及其与巨噬细胞相互作用的机制	揭示了NF-κB/LY6E轴作为巨噬细胞与OSCC细胞相互作用的关键信号枢纽，促进癌症干细胞特性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证不足	探索调控OSCC癌症干细胞特性的关键信号轴及其与免疫细胞的相互作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）细胞和巨噬细胞	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CytoTRACE分析	NA	基因表达数据	NA
170	2025-07-06	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	该研究通过单细胞表达分析探讨了EB病毒（EBV）感染与多发性硬化症（MS）早期活动之间的关联	发现早期MS患者外周血中非典型B细胞（ABCs）显著富集，且这些细胞表现出与EBV相关的表达特征	未检测到ABCs直接感染EBV的证据	探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的潜在作用	早期多发性硬化症患者的外周B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和流式细胞术	NA	单细胞表达数据	来自免疫耐受网络STAyCIS试验的纵向收集的早期MS患者样本
171	2025-07-06	Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages 2025-Jun-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1 PMID:40585272	研究论文	该研究开发了一种异质性三组分肿瘤模型，模拟了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的关键临床表型	开发了包含HGSC细胞、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞的异质性三组分肿瘤模型，能够模拟HGSC的化疗耐药性、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和EMT等关键表型	模型仅包含三种主要细胞类型，可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性	研究HGSC肿瘤微环境中不同细胞类型的相互作用及其对癌症表型的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）细胞、癌相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	3D肿瘤模型	基因表达数据、荧光标记图像	使用OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8三种HGSC细胞系、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞
172	2025-07-06	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	研究论文	本研究利用单细胞技术探讨了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用	首次在单细胞水平揭示了3/4组髓母细胞瘤中大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件，而单基因致癌事件发生在晚期并通常为亚克隆	研究仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例	阐明3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用机制	3/4组髓母细胞瘤患者样本	数字病理学	髓母细胞瘤	单核RNA测序(snRNA-seq)、单核转座酶可及染色质高通量测序(snATAC-seq)和空间转录组学	NA	单细胞测序数据和空间转录组数据	一组已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例
173	2025-07-05	Chromatin accessibility module identified by single-cell sequencing underlies the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i6.107329 PMID:40606924	研究论文	通过单细胞测序技术研究肝细胞癌（HCC）中染色质可及性模块的诊断和预后价值	结合单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了HCC中多层染色质重编程如何通过肿瘤-基质相互作用和DGAT1相关致癌转录维持肿瘤进展	研究主要基于特定队列数据，可能需要更多独立验证	解析多层染色质调控如何维持HCC的致癌转录和肿瘤-基质相互作用	肝细胞癌（HCC）样本	数字病理	肝癌	单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）、批量RNA测序	ArchR	单细胞测序数据、批量RNA测序数据	来自The Cancer Genome Atlas、Liver Cancer Institute和GSE25907队列的HCC样本
174	2025-07-05	Elevated Stanniocalcin-1 Expression in Uveal Melanoma Predicts Poor Patient Prognosis 2025-Jun-26, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3 DOI:10.21873/cgp.20526 PMID:40571316	研究论文	本研究探讨了Stanniocalcin-1 (STC-1)在葡萄膜黑色素瘤(UVM)中的表达及其与患者预后的关系	首次揭示了STC-1在UVM中的预后意义及其在肿瘤微环境中的细胞来源	样本量较小(特别是IV期肿瘤仅4例)，且未进行实验验证STC-1的功能机制	探索UVM的预后生物标志物和潜在治疗靶点	葡萄膜黑色素瘤患者	肿瘤学	葡萄膜黑色素瘤	转录组数据分析(GEPIA2和UALCAN)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	40例UVM肿瘤样本(36例III期和4例IV期)
175	2025-07-05	IL-1β signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188724 PMID:40392614	研究论文	本研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中T滤泡辅助细胞(Tfh)和T滤泡调节细胞(Tfr)中的作用及其与自身免疫疾病的关系	首次在人类淋巴组织中揭示了IL-1β信号通过IL-1R1和IL-1R2受体调节Tfh和Tfr细胞的机制，并发现了一种具有Treg和GC-Tfh特征的独特激活Tfr亚群	研究主要基于体外实验和相关性分析，需要进一步的体内实验验证IL-1β信号调节的具体机制	阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中对Tfh和Tfr细胞的调节作用及其与自身免疫疾病的关联	人类次级淋巴器官(扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结)中的Tfh和Tfr细胞	免疫学	自身免疫疾病	流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养	NA	细胞表型数据、基因表达数据	人类次级淋巴器官样本及自身免疫患者样本
176	2025-07-05	Type 2 diabetes alters quiescent pancreatic stellate cells to tumor-prone state 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187424 PMID:40548381	research paper	该研究探讨了2型糖尿病如何改变静止的胰腺星状细胞，使其转变为易发肿瘤的状态	揭示了2型糖尿病中静止胰腺星状细胞亚群的变化，并发现了一种可能促进肿瘤免疫和血管生成的新亚群tapPafs	研究样本主要来自小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	研究2型糖尿病对胰腺星状细胞亚群的影响及其与胰腺导管腺癌的关系	胰腺星状细胞和胰腺导管腺癌细胞	digital pathology	pancreatic ductal adenocarcinoma	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	C57BL/6J小鼠和糖尿病db/db小鼠的胰腺星状细胞
177	2025-07-05	Multi-omics Analysis Reveals Molecular Subtype of Mitochondrial Oxidative Stress and Prognostic Model Development in Sepsis 2025-Jun-20, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL38957 PMID:40613299	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了线粒体氧化应激的分子亚型，并开发了脓毒症的预后模型	识别了三个与脓毒症相关的线粒体氧化应激关键基因（RNASE2、CX3CR1和EPHX2），并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了RNASE2在调节线粒体氧化应激中的关键作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索脓毒症的分子机制并开发预后模型	脓毒症患者和正常样本	生物信息学	脓毒症	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析、LASSO分析、单细胞RNA测序	预后风险模型	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集（GSE54514、GSE65682和GSE95233）
178	2025-07-05	Single-cell transcriptome analysis reveals abnormal angiogenesis and placentation by loss of imprinted glutaminyl-peptide cyclotransferase 2025-Jun-15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2400099 PMID:40571662	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了母源印记基因谷氨酰肽环转移酶缺失导致的小鼠胎盘和胚胎异常血管生成和胎盘形成	首次鉴定谷氨酰肽环转移酶为调控小鼠胎盘形成的新型抗血管生成因子，并利用单细胞转录组技术揭示了其缺失导致的促血管生成基因全局上调机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类胎盘组织验证	探究印记基因谷氨酰肽环转移酶在胎盘血管生成和胚胎发育中的调控作用	谷氨酰肽环转移酶基因敲除小鼠及其胎盘组织	发育生物学	胎盘功能障碍	CRISPR/Cas9基因编辑、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	32,309个细胞（来自野生型和敲除型小鼠胎盘）
179	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2025-Jun-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6797967/v1 PMID:40585209	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了早期和晚期妊娠绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在妊娠早期胎盘的不同区域（基底板和绒毛膜板）发现细胞滋养层细胞（CTB）存在不同的状态，并确定了TSC与EVT前体细胞的相似性	研究仅基于6-14周妊娠的胎盘样本，未涵盖更广泛的妊娠期	探究早期妊娠胎盘绒毛细胞滋养层细胞的转录多样性与滋养层干细胞的起源关系	早期和晚期妊娠胎盘的绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）及滋养层干细胞（TSC）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、GeoMx空间转录组学、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	早期（6-8周）和晚期（12-14周）妊娠胎盘绒毛组织、三个TSC细胞系
180	2025-07-04	Diversity of mast cell subpopulations in the tumor microenvironment of colorectal cancer and their prognostic implications 2025-Jun-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04119-8 PMID:40586903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关系	首次揭示了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的功能异质性及其在肿瘤进展中的不同作用，并鉴定了亚群特异性标记基因	样本量相对较小（40例CRC肿瘤样本），且未进行实验验证	探索结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其预后意义	结直肠癌肿瘤微环境中的肥大细胞亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、生物信息学分析	非负矩阵分解（NMF）	RNA测序数据	40例CRC肿瘤样本（单细胞数据）及HMU、GEO和TCGA队列的批量RNA-seq数据