单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-07-01	Spatial Transcriptomics Reveals Regional and Temporal Dynamics of Gene Expression in the Mouse Brain Across Development and Aging 2025-Jun-18, Biology DOI:10.3390/biology14060717 PMID:40563967	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了小鼠大脑在三个关键时间点的基因表达动态，揭示了大脑发育和衰老过程中区域特异性的基因表达变化	首次直接比较了大脑发育和衰老过程中的分子变化，并提供了空间转录组学的参考数据	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探究健康发育和衰老过程中大脑的转录组变化及其分子机制	小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	三个时间点的小鼠大脑样本（P21、3个月、28个月）
142	2025-07-01	Multi-omics analyses of the heterogenous immune microenvironment in triple-negative breast cancer implicate UQCRFS1 potentiates tumor progression 2025-Jun-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00672-1 PMID:40524231	研究论文	通过多组学分析三阴性乳腺癌（TNBC）异质性免疫微环境，发现UQCRFS1促进肿瘤进展	揭示了TNBC中免疫微环境的异质性，鉴定了IL32high Treg在肿瘤逃逸中的作用，并建立了基于五个关键基因的恶性细胞指数（MCI）模型	样本量较小（仅9名TNBC初治患者），需要更大规模的验证	探究TNBC肿瘤免疫微环境的异质性及其与肿瘤进展的关系	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、蛋白质组学、qRT-PCR、Western blotting	LASSO-Cox回归模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质组数据	9名TNBC初治患者的单细胞RNA测序数据
143	2025-07-01	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究通过多组学方法分析了B细胞激活状态，揭示了免疫介导疾病的遗传机制	首次系统性地研究了B细胞在不同激活条件下的基因调控动态，并发现了与免疫介导疾病相关的遗传风险变异	样本量相对较小（26名健康女性捐赠者），且仅针对特定人群	阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的作用机制	B细胞及其在不同激活条件下的基因表达和染色质可及性	免疫学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	26名健康女性捐赠者的B细胞
144	2025-07-01	Single-cell RNA sequencing uncovers cellular geterogeneity of granulosa cells and provides a signature for follicular development in chicken 2025-Jun-11, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105430 PMID:40516295	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示鸡颗粒细胞的异质性，并为卵泡发育提供特征标记	首次在鸡中应用单细胞RNA测序技术鉴定颗粒细胞类型，揭示其异质性，并构建了颗粒细胞在卵泡发育过程中的发育轨迹	研究仅针对鸡的颗粒细胞，未涉及其他禽类物种	探究鸡卵泡发育过程中颗粒细胞的功能分化和异质性	鸡的颗粒细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	两个发育阶段的颗粒细胞样本（HF-GC和PHF-GC阶段）
145	2025-07-01	Regulatory TCRαβ+ Double Negative T Cells Suppress γδ T Cells and Alleviate Colitis 2025-Jun-10, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	research paper	研究调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT细胞）在结肠炎中的抑制作用及其机制	揭示了DNT细胞通过抑制CD103+ γδ T细胞反应缓解结肠炎的新机制，并提出了DNT细胞过继转移作为炎症性肠病治疗新策略的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类DNT细胞的作用机制尚需进一步验证	探究调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及其治疗潜力	小鼠DNT细胞和γδ T细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、过继转移	NA	RNA测序数据、细胞表型数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
146	2025-07-01	Next generation genetic screens in kinetoplastids 2025-Jun-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf515 PMID:40530689	综述	本文综述了动质体寄生虫中进行的遗传筛选技术及其在编码和非编码基因组区域的应用	整合基于图像和单细胞测序技术与遗传筛选，为细胞功能和调控机制提供前所未有的见解	NA	理解基因组功能元素的作用及其破坏对细胞功能的影响	动质体寄生虫的基因组元素	遗传学	寄生虫病	CRISPR-Cas技术、单细胞测序、图像分析	NA	基因组数据、图像数据	NA
147	2025-07-01	Macrophage polarization, inflammatory monocytes, and impaired MDSCs are associated with murine and human immune aplastic anemia 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf073 PMID:40411822	研究论文	本研究探讨了骨髓衰竭（BMF）中髓系细胞的作用，特别是巨噬细胞极化、炎症性单核细胞和功能受损的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的关联	揭示了CSF-1R抑制在小鼠模型中加剧BMF的机制，以及JAK抑制剂baricitinib对BMF的缓解作用，同时在人类AA样本中发现了M1样单核细胞表型的转变	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普遍性需要进一步验证	探索髓系细胞在免疫性骨髓衰竭中的作用及其潜在治疗策略	小鼠模型和人类免疫性再生障碍性贫血患者	免疫学	再生障碍性贫血	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞RNA测序	小鼠BMF模型	基因表达数据、细胞群体数据	小鼠模型和人类AA患者样本
148	2025-07-01	Plin2 Coordinates Immune and Metabolic Reprogramming in Lacrimal Gland Aging 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.79 PMID:40569117	研究论文	本研究通过转录组分析和单细胞RNA测序技术，识别了泪腺衰老的核心分子调控因子Plin2，并阐明了其在免疫失衡和代谢功能障碍中的作用	首次将Plin2确定为泪腺免疫代谢衰老的主要调控因子，揭示了其在炎症衰老和代谢重编程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别泪腺衰老的核心分子调控因子并阐明其作用机制	年轻和老年C57BL/6小鼠的泪腺组织	生物医学	干眼症	批量转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CIBERSORT算法	最小绝对收缩和选择算子回归、支持向量机-递归特征消除	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提及年轻和老年C57BL/6小鼠
149	2025-07-01	Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions 2025-Jun, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00964-9 PMID:40419763	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多重空间成像技术分析了11例ETMR样本，揭示了由致癌microRNA和受体-配体相互作用塑造的细胞层次结构	揭示了C19MC在干细胞样细胞中的主要表达及其对干性和谱系承诺转录网络的控制，同时发现了成纤维细胞生长因子受体和Notch信号作为可靶向的致癌通路	样本量较小（11例ETMR样本），且仅在一名患者中验证了靶向治疗的效果	探索ETMR的病理生物学机制并寻找更有效的靶向治疗策略	胚胎性肿瘤伴多层玫瑰花结（ETMR）的细胞层次结构和致癌通路	数字病理学	儿科脑肿瘤	单细胞转录组学、多重空间成像	NA	转录组数据、图像数据	11例ETMR患者样本
150	2025-06-30	Oral immunotherapy directs systemic transcriptomic changes in children with hen's egg allergy 2025-Jun-22, Asian Pacific journal of allergy and immunology IF:2.3Q3 DOI:10.12932/AP-011124-1965 PMID:40544372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了鸡蛋过敏儿童在口服免疫治疗（HE-OIT）前后的系统性免疫表型和转录组变化	首次在鸡蛋过敏儿童中揭示了HE-OIT引起的系统性免疫细胞转录组变化及其与治疗效果的关联	样本量较小（仅16名儿童），且缺乏长期随访数据	探究鸡蛋过敏儿童在HE-OIT过程中的系统性免疫变化机制	3-12岁被诊断为鸡蛋过敏的儿童	免疫学	食物过敏	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	16名3-12岁鸡蛋过敏儿童（中位年龄4.5岁）
151	2025-06-30	Single-Cell Analysis of Host Responses in Bovine Milk Somatic Cells (bMSCs) Following HPAIV Bovine H5N1 Influenza Exposure 2025-Jun-03, Viruses DOI:10.3390/v17060811 PMID:40573402	研究论文	通过单细胞RNA测序分析牛乳体细胞对H5N1禽流感病毒暴露的宿主免疫反应	首次在单细胞水平上揭示了牛乳腺对H5N1病毒暴露的免疫反应动态变化，并识别了10个不同的细胞簇	未在单细胞RNA测序数据中观察到病毒读数，免疫反应可能仅由病毒成分暴露引起而非生产性感染	理解牛乳腺对H5N1病毒暴露的宿主免疫反应机制	体外暴露于H5N1病毒的牛乳体细胞(bMSCs)	免疫学	禽流感	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	NA	RNA测序数据	来自感染奶牛场的H5N1分离株暴露的牛乳体细胞样本
152	2025-06-30	scRepertoire 2: Enhanced and efficient toolkit for single-cell immune profiling 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012760 PMID:40577285	research paper	介绍scRepertoire 2，一个用于分析和可视化单细胞免疫受体数据的R软件包的重大更新	引入了改进的克隆型追踪工作流程、受体多样性指标和新颖的可视化模块，支持纵向和比较研究，并与Seurat和SingleCellExperiment等单细胞分析框架无缝集成	未明确提及具体限制	提升单细胞免疫受体数据分析的深度和广度，支持健康和疾病状态下的免疫动态研究	单细胞免疫受体数据	生物信息学	NA	scAIRR-seq, scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	未明确提及具体样本量
153	2025-06-29	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Jun-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	本研究通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱和单细胞RNA测序，揭示了大脑发育过程中区域扩张的机制	首次提供了小鼠大脑单细胞分辨率的出生日期图谱，并发现线粒体功能的空间时间异质性调控区域祖细胞循环行为	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚需进一步验证	探索哺乳动物大脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑的发育过程	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
154	2025-06-29	Advantages of cell proliferation and immune regulation in CD146+NESTIN+ HUMSCs: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun-24, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae063 PMID:39428975	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究CD146+NESTIN+人脐带间充质干细胞（HUMSCs）在细胞增殖和免疫调节方面的优势	首次通过单细胞测序揭示了CD146+Nestin+ HUMSCs在细胞增殖、免疫调节和低分化方面的优势，并比较了不同胎龄HUMSCs和骨髓间充质干细胞（BMSCs）中该亚群的比例差异	样本量较小（仅3名不同胎龄的HUMSCs供体和2个公共数据库的BMSCs数据），可能影响结果的普遍性	探索HUMSCs中CD146+Nestin+亚群的生物学特性及其临床应用潜力	人脐带间充质干细胞（HUMSCs）和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	3名不同胎龄（22+5周、28周和39周）的HUMSCs供体，以及2个公共数据库的BMSCs数据
155	2025-06-29	Endothelial Cell Phenotypic Plasticity in Cardiovascular Physiology and Disease: Mechanisms and Therapeutic Prospects 2025-Jun-16, American journal of hypertension IF:3.2Q2 DOI:10.1093/ajh/hpaf027 PMID:39989120	research paper	本文探讨了内皮细胞在心血管生理和疾病中的表型可塑性及其机制与治疗前景	利用单细胞RNA测序技术揭示内皮细胞的分子多样性和转录异质性，并探索内皮细胞重编程作为治疗心血管疾病的新策略	文中未明确提及研究的样本量或具体实验设计的局限性	研究内皮细胞的表型可塑性及其在心血管疾病中的作用，以开发靶向治疗策略	内皮细胞（ECs）及其在不同血管床和发育阶段的表型变化	心血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
156	2025-06-29	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	research paper	该研究揭示了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间定位的中性粒细胞（PMNs）具有不同的功能特性	首次研究了空间定位驱动的中性粒细胞功能异质性，并发现上皮相关中性粒细胞（EANs）可能作为疾病驱动因素	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的人类队列中验证	探究IBD中不同空间定位中性粒细胞的功能差异及其临床意义	结肠黏膜中的中性粒细胞（包括固有层中性粒细胞LPNs和上皮相关中性粒细胞EANs）	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间RNA转录组学、实时活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	UC患者样本和小鼠结肠炎模型
157	2025-05-22	Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics" 2025-Jun, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088 PMID:40393347	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
158	2025-06-29	Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410745 PMID:40397381	研究论文	本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞身份和功能	metaTF框架在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育过程中展示了其在表征细胞身份方面的改进效果	NA	通过推断转录因子活性来解密单细胞转录组数据中的细胞身份	小鼠造血干细胞和乳腺癌上皮细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq	metaTF	单细胞转录组数据	NA
159	2025-06-28	Integrated Analyses to Identify the Roles of GPX1 in Frailty and Hypertension 2025-Jun-27, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.125.24664 PMID:40575858	研究论文	本研究通过整合分析确定GPX1在衰弱和高血压中的作用	首次通过2样本孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证GPX1与衰弱及高血压的正相关性，并发现甘氨酸和肉碱/麦角硫因作为潜在介导物	研究未涉及GPX1在临床治疗中的实际应用效果验证	识别衰弱和高血压的有效药物靶点	2532个可药物化基因，重点关注GPX1	生物医学研究	老年疾病	2样本孟德尔随机化分析、RNA表达谱分析、单细胞RNA测序、分子对接	孟德尔随机化模型	基因表达数据	NA
160	2025-06-28	Nanomedicine and Spleen-Targeting Strategies for Precision Immunomodulation: Advances, Challenges, and Future Perspectives 2025-Jun-27, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c04836 PMID:40576399	综述	本文综述了脾脏在免疫系统中的生物学作用、靶向脾脏的纳米药物策略及其在肿瘤和自身免疫疾病等疾病中的治疗潜力	探讨了基于系统免疫学方法（如空间转录组学）在全面理解纳米药物靶向脾脏策略中的重要性	未提及具体实验数据或临床研究结果，主要基于现有研究的总结和展望	探讨靶向脾脏的纳米药物策略在免疫调节治疗中的进展、挑战和未来前景	脾脏及其在免疫系统中的作用，以及靶向脾脏的纳米药物	纳米医学	肿瘤, 自身免疫疾病	空间转录组学	NA	NA	NA