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当前共找到 716 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-05-02 |
Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary
2025-Jun, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003193
PMID:40554460
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学，构建小鼠卵巢排卵过程中的时空图谱，揭示卵巢细胞类型的时间依赖性转录状态和空间分布 | 首次在单细胞分辨率下详细描述排卵的精确时间窗口，并结合空间转录组学提供细胞类型的空间定位信息，同时发现新的配体-受体互作对 | 该研究仅基于小鼠模型，人类排卵机制可能存在差异，且细胞互作分析需进一步验证 | 揭示小鼠卵巢排卵过程中细胞类型的时空动态变化及其调控机制 | 小鼠卵巢细胞（包括卵母细胞、颗粒细胞、基质细胞等） | 数字病理学 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 多个时间点的小鼠卵巢配对样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 122 | 2026-05-01 |
Combining Machine Learning and Multiplexed, In Situ Profiling to Engineer Cell Type and Behavioral Specificity
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660790
PMID:40667316
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研究论文 | 开发了一个结合机器学习与多重原位筛选的平台，用于发现具有细胞类型和行为特异性的增强子 | 创新性地将机器学习引导的增强子优先排序、模块化AAV组装和多重原位筛选整合到一个端到端平台，首次实现了在单一实验中同时筛选多种细胞类型的增强子，并解决了跨物种活性差异和空间细节缺失等关键挑战 | NA | 加速背侧脊髓中增强子的发现，以实现神经回路的精确控制，特别是针对疼痛和瘙痒处理的细胞类型特异性 | 背侧脊髓中的少突胶质细胞和15种背角神经元亚型 | 计算生物学、生物信息学 | 疼痛、瘙痒 | 多重原位筛选、染色质可及性分析、机器学习预测 | 机器学习模型 | 多物种染色质可及性数据、图像数据 | 小鼠体内实验，包含27种增强子AAV文库 | NA | NA | NA | NA |
| 123 | 2026-05-01 |
Construction and validation of a regulatory T cells-based classification of renal cell carcinoma: an integrated bioinformatic analysis and clinical cohort study
2025-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-01030-9
PMID:39714755
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析和临床队列研究，构建并验证了基于调节性T细胞的肾细胞癌分类系统 | 首次基于调节性T细胞状态相关基因构建肾细胞癌预后分类系统，并结合单细胞RNA-seq与批量RNA-seq数据，发现BATF-LAG3-免疫细胞轴可能是转移相关机制 | 研究基于回顾性临床数据，需前瞻性验证；亚型分类在Xinhua队列中验证，但样本量有限且仅使用免疫组化染色 | 探究调节性T细胞与肾细胞癌异质性的关系，建立预后分类系统以指导个性化治疗 | 肾细胞癌患者的单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，以及Xinhua队列370例肾肿瘤患者的临床样本 | 机器学习 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组化染色 | 聚类算法, Monocle2拟时序分析, Cox比例风险回归模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 537例TCGA-KIRC队列批量RNA-seq样本及370例Xinhua队列肾肿瘤患者 | Illumina | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | Illumina NovaSeq | TCGA-KIRC队列的批量RNA-seq（Illumina平台）和单细胞RNA-seq数据 |
| 124 | 2026-05-01 |
Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3
2025-Jun-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf035
PMID:40184040
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研究论文 | 该研究揭示了转录因子Batf3对肺部CD4+常驻记忆T细胞发育的依赖性及其在过敏反应中的作用 | 首次发现Batf3通过影响树突状细胞（cDC1）发育调控肺内CD4+常驻记忆T细胞的形成，并鉴定出表达Cxcr6的细胞亚群 | 仅在小鼠模型中验证，缺乏人类样本数据支持；未详细阐述Batf3调控的分子机制 | 探究肺部常驻记忆T细胞积累的细胞和分子机制 | 小鼠模型（Batf3基因敲除小鼠与野生型小鼠） | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠（具体数量未在摘要中说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 125 | 2026-04-30 |
Redefining macrophage phenotypes after spinal cord injury: An open data approach
2025-Jun, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115222
PMID:40113007
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研究论文 | 通过开放数据方法重新定义脊髓损伤后巨噬细胞表型 | 利用三种公开单细胞RNA测序数据集进行跨数据集比较，采用无偏分析方法识别出脊髓损伤后四种保守的巨噬细胞群体 | 未提及具体局限性，但可能包括样本仅限于年轻雌性小鼠，且仅分析损伤后7天的时间点 | 利用公开单细胞RNA测序数据重新定义脊髓损伤后巨噬细胞的异质性 | 脊髓损伤后7天的年轻雌性小鼠 | 机器学习 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程、SingleR跨数据集比较工具 | 基因表达数据 | 三个独立研究团队的数据集，具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2026-04-29 |
Diminished and altered cellular senescence response in delayed wound healing of aging
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658533
PMID:40661498
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研究论文 | 研究发现，老年小鼠伤口愈合过程中细胞衰老反应减弱且发生了质变，从有益于愈合的细胞外基质重塑转变为有害的促炎状态，导致伤口闭合延迟 | 首次揭示了衰老相关伤口愈合延迟中，伤口微环境的衰老反应不仅数量减少，而且功能发生了从有益到有害的转变，并利用单细胞RNA测序鉴定出p16/p21/Ki67阳性衰老成纤维细胞的独特亚群 | NA | 探究衰老个体皮肤伤口愈合延迟中细胞衰老反应的变化及其机制 | 幼年和老年小鼠的全层背侧皮肤伤口组织，以及人伤口组织（来自年轻捐赠者） | 机器学习 | 老年病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 若干幼年和老年小鼠的全层背侧皮肤伤口样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 127 | 2026-04-29 |
Proline mitigates antibiotic resistance evolution induced by ciprofloxacin at environmental concentrations
2025-06-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137561
PMID:39938368
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研究论文 | 发现脯氨酸能够显著缓解环境浓度下环丙沙星诱导的抗生素耐药性进化 | 首次发现脯氨酸可通过调控TCA循环代谢通量降低细菌质子动力势，从而抑制抗生素摄取并减少耐药亚群的形成，且该效应在土壤微宇宙实验中保持了微生物群落多样性 | 基于单一模式菌株（土壤分离大肠杆菌）和短期实验（24天），对其他抗生素和菌群的普适性验证有限 | 探索氨基酸类化合物在环境层面控制抗生素耐药性进化的可行性及机理 | 土壤分离大肠杆菌及土壤微生物群落 | 机器学习 | 传染性疾病 | 转录组学、碳代谢流分析、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、代谢通量数据、单细胞转录组数据 | 24天进化实验（18种氨基酸筛选）、土壤微宇宙实验（1组最优剂量5 mg/kg） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒用于单细胞RNA-seq分析 |
| 128 | 2026-04-28 |
Single-cell RNA sequencing reveals tissue-specific transcriptomic changes induced by perfluorooctanesulfonic acid (PFOS) in larval zebrafish (Danio rerio)
2025-06-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137515
PMID:39947082
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析PFOS暴露对斑马鱼幼虫组织特异性转录组的影响 | 首次使用单细胞RNA-seq揭示PFOS在斑马鱼幼虫中诱导的组织特异性转录组变化，并发现消化器官、肌肉和耳石是受影响最显著的组织 | 研究局限于单一浓度（16 µM）和短期暴露（3-72小时），未测试剂量-反应关系或长期效应 | 探究全氟辛烷磺酸（PFOS）对斑马鱼幼虫发育毒性的组织特异性分子机制 | 斑马鱼幼虫（Danio rerio） | 机器学习 | 发育毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 暴露于16 µM PFOS或0.01% DMSO的斑马鱼幼虫，共检测27,698个基因，其中2,390个差异表达 | 10x Genomics | 单细胞转录组 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 129 | 2026-04-28 |
Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation
2025-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08973-5
PMID:40335697
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research paper | 本研究利用单细胞技术揭示癌基因异常驱动髓母细胞瘤进展而非起始的过程 | 首次通过单细胞核RNA测序、单细胞核ATAC测序和空间转录组学技术，证明大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件，而单基因癌基因事件在后期出现并呈亚克隆性 | 未提及具体限制 | 阐明癌基因异常和广泛拷贝数变异在髓母细胞瘤肿瘤进化和治疗抵抗中的作用 | 3/4组髓母细胞瘤患者肿瘤样本 | 单细胞组学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞核RNA测序、单细胞核ATAC测序、空间转录组学 | 群体遗传学模型 | 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 一群已知MYC、MYCN和PRDM6癌基因改变的3/4组髓母细胞瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 130 | 2026-04-28 |
Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome
2025-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09071-2
PMID:40468066
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研究论文 | 该研究通过泛癌分析揭示Y染色体缺失在癌症与T细胞中并发存在并影响患者预后 | 首次系统证明外周血单核细胞和肿瘤中Y染色体缺失的关联性，并建立恶性上皮细胞与免疫细胞中LOY共存的预后模型 | 未明确LOY导致免疫抑制的分子机制及功能验证的局限性 | 探究Y染色体缺失在外周血单核细胞、免疫细胞和癌细胞中的相互关系及其对癌症死亡率的影响 | 29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据，以及自发性及同源小鼠肿瘤模型 | 数字病理学 | 泛癌种 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 文本序列数据 | 涵盖29种人类肿瘤类型及小鼠模型的多组学数据 | Illumina, 10x Genomics | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | 使用Illumina NovaSeq进行bulk RNA测序，10x Chromium进行单细胞测序 |
| 131 | 2026-04-27 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657738
PMID:40502179
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研究论文 | 通过整合新数据构建了Hydractinia symbiolongicarpus的更新单细胞图谱，鉴定了主要体细胞谱系及新型免疫细胞群，并进行了空间验证 | 首次鉴定出假定的免疫细胞群、新神经亚型、两种空间分离的腺细胞群体及水螅体特异性细胞类型，并完善了刺细胞发育轨迹 | 现有图谱在细胞数量和转录组深度上仍有局限，细胞类型分配部分依赖计算方法 | 提升对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态变化的理解，为刺胞动物研究提供资源 | Hydractinia symbiolongicarpus的取食息肉和匍匐茎组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 超过47,000个细胞，来自固定细胞和活细胞数据整合 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 132 | 2026-04-24 |
Endothelial-to-mesenchymal transition gene signature derived from single-cell transcriptomics of human atherosclerotic tissue associates with stable plaque histological characteristics
2025-06, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107498
PMID:40318741
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research paper | 利用单细胞转录组数据从人动脉粥样硬化组织中提取内皮-间质转化基因特征，并发现该特征与稳定斑块的组织学特征相关 | 通过计算机模拟谱系追踪从人斑块组织的单细胞转录组数据中识别内皮-间质转化过程中的上调基因，而非仅关注终末分化状态 | 未明确提及局限性，但可能包括依赖公开数据集、样本量有限、动物模型的外推性等 | 揭示人动脉粥样硬化中内皮-间质转化的分子机制，并定义其核心基因表达特征 | 人动脉粥样硬化斑块组织中的内皮细胞和血管平滑肌细胞亚群 | 计算机视觉 | 动脉粥样硬化 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 46个来自人颈动脉的单细胞转录组样本，632个来自人颈动脉的批量RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2026-04-23 |
A pre-menopausal single-cell atlas for ovarian drug discovery
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660779
PMID:40666883
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研究论文 | 本研究构建了一个绝经前女性的单细胞图谱（PreMeno Atlas），用于卵巢生物学研究和药物靶点发现 | 首次创建了专注于绝经前女性的多组织单细胞图谱，并系统比较了卵巢细胞类型的转录组特征，识别了潜在的卵巢特异性药物靶点 | 样本来源和数量可能有限，未涵盖所有绝经前年龄段或病理状态 | 构建绝经前女性单细胞图谱以促进卵巢生物学理解和药物靶点发现 | 绝经前女性的卵巢及其他13种组织 | 单细胞组学 | 生育管理 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 511,365个细胞，来自14种组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2026-04-21 |
Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress
2025-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08941-z
PMID:40307555
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学方法，揭示了水稻根部组织如何通过细胞特异性转录响应适应土壤压力 | 首次在单细胞分辨率下展示了根部组织如何响应土壤异质性和压实压力，并识别了由韧皮部细胞释放的脱落酸调控的细胞壁重塑和屏障形成机制 | 研究主要基于水稻模型，可能无法完全代表其他植物物种的响应机制 | 探究根部组织在单细胞尺度上如何适应不同土壤条件和压力 | 水稻根部细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 135 | 2026-04-20 |
Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer
2025-06, Endocrine
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s12020-025-04205-y
PMID:40048012
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，通过共识非负矩阵分解揭示甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并识别ELF3在淋巴结转移中的关键作用 | 采用共识非负矩阵分解方法识别与淋巴结转移相关的EMT基因表达程序，并首次将ELF3确立为BRAF突变型PTC中驱动肿瘤侵袭和血管生成的核心基因 | 研究主要基于转录组数据，缺乏体内动物模型验证，且样本量可能有限，未涵盖所有PTC亚型 | 探究甲状腺乳头状癌的转录异质性，识别驱动淋巴结转移的基因表达程序和关键分子标记 | 甲状腺乳头状癌患者的恶性细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 共识非负矩阵分解, 机器学习框架 | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 136 | 2026-04-18 |
Sequence Diversity and Encoded Enzymatic Differences of Monocistronic L1 ORF2 mRNA Variants in the Aged Normal and Alzheimer's Disease Brain
2025-06-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025
PMID:40368603
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研究论文 | 本研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31个阿尔茨海默病和正常大脑皮层样本中的内源性逆转录酶活性和L1 mRNA多样性 | 首次在人类大脑中鉴定出超过550种编码蛋白质的单顺反子ORF2序列变体，其数量是参考基因组的两倍多，并揭示了这些变体在逆转录酶和核酸内切酶活性上的功能差异 | 样本量相对较小（31个大脑），且主要关注皮层区域，可能未完全代表大脑其他区域的L1表达和活性 | 探究人类大脑中内源性逆转录酶活性的来源及其在阿尔茨海默病和正常衰老大脑中的差异 | 31个阿尔茨海默病和正常人类大脑的皮层样本 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 靶向PacBio HiFi长读长测序, 定量空间转录组学, 酶功能测定 | NA | RNA序列数据, 空间转录组数据 | 31个大脑样本（包括阿尔茨海默病和正常个体，两性均有） | PacBio | 长读长测序, 空间转录组学 | PacBio HiFi | 靶向PacBio HiFi长读长测序用于L1 mRNA多样性分析 |
| 137 | 2026-04-17 |
Identification of Immune Hub Genes in Obese Postmenopausal Women Using Microarray and Single-Cell RNA Seq Data
2025-Jun-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16070783
PMID:40725440
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研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据，识别了绝经后肥胖女性脂肪组织中的关键免疫枢纽基因 | 结合WGCNA、PPI网络分析和单细胞RNA测序验证，首次在绝经后肥胖女性中鉴定出与脂肪组织炎症相关的免疫枢纽基因，并揭示了NK细胞在这些基因表达中的重要作用 | 研究样本来源于公共数据库，可能受限于原始数据质量；动物模型验证仅使用斑马鱼，与人类生理存在差异 | 阐明绝经后肥胖女性脂肪组织中免疫失调的分子机制 | 绝经后肥胖女性的脂肪组织 | 生物信息学 | 肥胖症 | 微阵列分析, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | WGCNA, PPI网络分析, ssGSEA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的微阵列数据集GSE151839和单细胞RNA测序数据集GSE176171，以及肥胖和对照斑马鱼模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 138 | 2026-04-17 |
Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031
PMID:40215978
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研究论文 | 本研究揭示了放疗通过上调铜转运蛋白CTR1、消耗线粒体谷胱甘肽来诱导铜死亡，并发现放疗抵抗与BACH1下调导致的铜螯合蛋白MT1E/X表达升高有关，铜离子载体治疗可增强放疗敏感性 | 首次揭示了放疗诱导铜死亡的机制，并发现铜死亡诱导剂可协同放疗克服肿瘤放疗抵抗 | NA | 阐明放疗诱导铜死亡的机制，并探索通过靶向铜死亡克服肿瘤放疗抵抗的治疗策略 | 食管癌细胞、患者肿瘤样本、细胞系及患者来源的异种移植模型 | NA | 食管癌 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 139 | 2026-04-17 |
Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes
2025-Jun, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419
PMID:40318561
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了干燥综合征患者外周血单个核细胞中B细胞和T细胞独特的基因表达模式和异常的激活状态 | 首次在干燥综合征患者中应用单细胞转录组学结合机器学习方法，系统揭示了B细胞和T细胞中独特的基因表达特征和激活状态改变 | 研究样本量未明确说明，且仅分析了外周血单个核细胞，未直接研究唾液腺等靶器官中的免疫细胞 | 探究干燥综合征的发病机制，识别参与疾病过程的细胞类型和功能变化 | 干燥综合征患者和症状性非干燥综合征对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 140 | 2026-04-13 |
EVscope: A Comprehensive Bioinformatics Pipeline for Accurate and Robust Analysis of Total RNA Sequencing from Extracellular Vesicles
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.660984
PMID:40666973
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研究论文 | 本文介绍了一个名为EVscope的开源生物信息学流程，专门用于处理细胞外囊泡RNA测序数据，以提高RNA生物标志物和细胞间通信研究的准确性和鲁棒性 | EVscope采用优化的全基因组期望最大化算法，显著提高了单碱基分辨率下的多映射读段分配，并首次生成基于EM的BigWig文件用于下游分析，这是现有工具所不具备的功能 | NA | 开发一个标准化的计算工作流程，以应对细胞外囊泡RNA测序数据分析中的挑战，包括低丰度、片段化及污染问题 | 细胞外囊泡RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 总RNA测序 | 期望最大化算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |