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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
IDENTIFICATION OF DISEASE-SPECIFIC VULNERABILITY STATES AT THE SINGLE-CELL LEVEL
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.04.626873
PMID:40661457
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研究论文 | 本研究开发了一种计算流程,通过整合单细胞转录组数据和功能缺失筛选数据来识别胶质母细胞瘤中的疾病特异性脆弱状态 | 首次将单细胞分辨率转录组数据与CRISPR功能缺失筛选数据整合,识别出三种特征不同的单细胞脆弱状态 | 研究主要基于体外实验数据,需要进一步体内验证 | 识别胶质母细胞瘤中最关键的靶向细胞类型 | 胶质母细胞瘤肿瘤细胞 | 单细胞分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, CRISPR筛选 | 迭代层次聚类 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 49个胶质母细胞瘤肿瘤 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
Cell simulation as cell segmentation
2025-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02697-0
PMID:40404994
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研究论文 | 本研究开发了一种名为Proseg的概率分割方法,通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组数据的细胞分割精度 | 采用从头细胞模拟方法推断形态学上合理的细胞边界,在多个商业平台上表现出优越性能和计算效率 | NA | 提高单细胞空间转录组数据中细胞分割的准确性 | 肾细胞癌患者样本中的肿瘤浸润免疫细胞(中性粒细胞和T细胞) | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞空间转录组学 | 概率分割模型 | 空间转录组数据 | NA | 多个商业平台(具体未指明) | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
CDKN1A as a potential target for Eltrombopag treatment in ITP and its regulation of the communication between macrophages and transitional B cells in ITP
2025-Jun, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06436-5
PMID:40515824
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,发现CDKN1A是影响ITP患者对Eltrombopag治疗反应的关键基因,并揭示了其在巨噬细胞与过渡B细胞通讯中的作用 | 首次发现CDKN1A作为Eltrombopag治疗ITP的关键调控因子,揭示了巨噬细胞通过TGFβ信号通路与过渡B细胞通讯的新机制 | 研究主要基于细胞系实验和生物信息学分析,需要进一步在临床样本中验证 | 鉴定ITP患者对Eltrombopag治疗反应的新型生物标志物,研究巨噬细胞和过渡B细胞在ITP发病机制中的作用 | 免疫性血小板减少症(ITP)患者、RAW264.7巨噬细胞系 | 生物信息学 | 免疫性血小板减少症 | 单细胞RNA-seq、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、分子对接、siRNA敲低、质粒过表达 | Seurat | 基因表达数据、单细胞测序数据 | GSE112278和GSE196676数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2025-10-06 |
Transcriptomic analysis reveals novel targets in benign schwannoma using machine learning
2025-Jun-21, Neuroscience
IF:2.9Q2
|
研究论文 | 本研究通过机器学习辅助的转录组和单细胞分析识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物,并构建疾病评估预测模型 | 首次识别出ANGPTL1、IL17RC、LTBR、OLR1和TGFBR1五个新型免疫相关生物标志物在良性神经鞘瘤中的功能作用 | 预测模型的曲线下面积仅为0.67,模型性能有待进一步提升 | 识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物并构建疾病评估预测模型 | 良性神经鞘瘤患者转录组数据和NF2基因敲除小鼠模型 | 机器学习 | 神经鞘瘤 | 转录组分析,单细胞RNA测序 | LASSO,SVM,Random Forest | 转录组数据 | GSE108524数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2025-10-06 |
Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions
2025-Jun, Best practice & research. Clinical haematology
DOI:10.1016/j.beha.2025.101634
PMID:40701740
|
综述 | 总结异基因造血细胞移植和CAR-T治疗后免疫重建的动态过程、影响因素及优化策略 | 系统比较allo-HCT与CAR-T治疗后的免疫重建特征,提出个性化监测和治疗策略 | NA | 探讨免疫重建的动态过程及其对临床结果的影响 | 接受异基因造血细胞移植和CAR-T治疗的患者 | NA | 血液系统疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
Leveraging hypoxia-related genes signature for predicting the prognosis of bladder cancer
2025-Jun-30, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-2025-118
PMID:40687655
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研究论文 | 本研究开发了一种基于缺氧相关基因的膀胱癌预后风险预测模型 | 构建了包含JUN、MYC、EGFR和SLC2A1四个基因的新型预后风险模型,并首次结合单细胞测序数据分析基因在膀胱癌发育轨迹中的表达变化 | 研究样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探索缺氧相关基因在膀胱癌中的功能作用并建立预后预测模型 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单样本基因集富集分析(ssGSEA)、实时定量PCR(qRT-PCR)、单细胞测序 | 预后风险模型 | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
A pre-menopausal single-cell atlas for ovarian drug discovery
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660779
PMID:40666883
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研究论文 | 构建了一个绝经前女性单细胞图谱资源,用于卵巢生物学研究和药物靶点发现 | 首次创建专注于绝经前女性的多组织单细胞图谱,系统比较卵巢细胞转录组特征并识别潜在药物靶点 | 样本来源相对有限,未包含绝经后女性组织进行对比 | 建立绝经前女性单细胞图谱资源,支持卵巢生物学研究和避孕药物靶点发现 | 绝经前女性的14种组织样本,包括卵巢组织 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 511,365个细胞,来自14种组织 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension
2025-Jun-20, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173
PMID:40357547
|
研究论文 | 本研究揭示了MHCIIhiLYVE1loCCR2hi间质巨噬细胞通过WNT11/PCP通路促进肺动脉中膜纤维化并导致肺动脉高压的机制 | 首次鉴定出MHCIIhiLYVE1loCCR2hi间质巨噬细胞亚群在肺动脉中膜纤维化中的关键作用,并阐明其通过WNT11/平面细胞极性通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转化的分子机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,人类样本验证相对有限,且未涉及其他肺动脉高压亚型的验证 | 探究间质巨噬细胞浸润与肺动脉纤维化在肺动脉高压中的关联机制 | 特发性肺动脉高压患者肺组织样本、实验性肺动脉高压动物模型、间质巨噬细胞和肺动脉平滑肌细胞 | 病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,组织学分析,细胞共培养,转基因动物实验 | NA | 基因表达数据,组织图像数据,细胞表型数据 | 特发性肺动脉高压患者和实验动物肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-06 |
Dissecting the liver inflammation ecosystem identifies annexin A1 as a pro-resolving target for liver failure
2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001427
PMID:40560812
|
研究论文 | 本研究通过多组学技术解析慢加急性肝衰竭的免疫微环境,发现膜联蛋白A1可作为促进炎症消退的治疗靶点 | 首次系统描绘ACLF肝脏免疫图谱,发现CCL4+中性粒细胞亚群驱动持续炎症,并鉴定ANXA1-FPR1轴作为关键负反馈机制 | 临床样本量有限,机制研究主要依赖体外实验和动物模型 | 解析慢加急性肝衰竭的免疫特征并寻找治疗靶点 | 慢加急性肝衰竭患者肝脏组织及免疫细胞 | 数字病理 | 肝衰竭 | 单细胞RNA测序,空间转录组测序,批量RNA测序,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | ACLF患者与对照组的肝脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
Serum amyloid A1-induced intrahepatic regulatory T-cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression
2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001419
PMID:40489740
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现自身免疫性肝炎中肝内调节性T细胞功能失调,并揭示血清淀粉样蛋白A1通过Toll样受体2介导这一过程 | 首次揭示肝内Treg细胞在AIH中功能失调的具体机制,发现SAA1通过TLR2通路损害Treg功能,并提出靶向SAA1的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类AIH中Treg功能失调机制需进一步验证 | 探究自身免疫性肝炎中调节性T细胞功能失调的机制及治疗策略 | 小鼠模型中的调节性T细胞和自身免疫性肝炎病理过程 | 免疫学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序,流体动力学转染,AAV介导的基因治疗 | FoxP3-DTR/eGFP转基因小鼠模型 | 单细胞转录组数据,病理学数据 | 未明确样本数量的小鼠模型 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 131 | 2025-10-06 |
Deficient FANCL Predisposes Endothelial Damage: A New Therapeutic Target for Pulmonary Hypertension
2025-Jun-06, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202408-1655OC
PMID:40479584
|
研究论文 | 本研究揭示了FANCL缺陷通过导致内皮细胞DNA损伤和BMP/TGF-β信号通路失衡促进肺动脉高压(PAH)的机制 | 首次发现FANCL缺陷可自发诱发PAH,并证明靶向修复FANCL可成为PAH治疗新策略 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,临床转化需进一步验证 | 阐明FA通路、DNA损伤与PAH之间的相互作用机制 | FANCL基因敲除小鼠、PAH患者肺标本和肺动脉内皮细胞、原代培养肺微血管内皮细胞 | 分子病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、基因敲除、腺相关病毒基因过表达、转录组分析 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 患者肺标本和内皮细胞、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma
2025-Jun, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02161-3
PMID:40399607
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研究论文 | 本研究应用单细胞空间转录组学揭示了健康与哮喘状态下气道壁的细胞空间分布图谱,发现了促炎性细胞生态系统及其相互作用 | 首次绘制了气道壁的单细胞空间图谱,揭示了健康与哮喘中存在于特定空间微环境中的促炎性细胞生态系统及其独特机制 | NA | 揭示气道壁在健康和哮喘状态下的细胞空间组织特征及促炎性细胞生态系统的相互作用机制 | 健康与哮喘患者的气道壁组织样本 | 空间转录组学 | 哮喘 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analyses reveal the mechanism of mitochondrial activity in erectile dysfunction
2025-Jun, Sexual medicine
IF:2.6Q2
DOI:10.1093/sexmed/qfaf049
PMID:40689149
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示线粒体活性在勃起功能障碍中的机制 | 首次在单细胞水平系统表征ED的细胞景观,发现成纤维细胞和内皮细胞中线粒体异质性与ED的关联 | 样本代表性有限且缺乏直接实验验证 | 研究线粒体功能对细胞异质性的影响 | 勃起功能障碍患者样本 | 单细胞组学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 64,993个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2025-10-06 |
Iterative transcription factor screening enables rapid generation of microglia-like cells from human iPSC
2025-Jun-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59596-3
PMID:40494892
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研究论文 | 开发了一种迭代高通量单细胞转录因子筛选方法,用于快速将人类iPSC分化为小胶质细胞样细胞 | 提出迭代转录因子筛选方法,可在4天内通过六个转录因子将iPSC分化为小胶质细胞样细胞,并开发了新的计算方法构建基因调控网络 | NA | 开发高效的人类iPSC向特定细胞类型分化的方法 | 人类诱导多能干细胞(iPSC)和小胶质细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,转录因子扰动实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2025-10-06 |
Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619991
PMID:39484401
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研究论文 | 本研究通过单细胞和单核测序技术分析小鼠跟腱成熟过程中的转录组和染色质可及性,揭示了肌腱干/祖细胞的分子特征 | 首次鉴定CD55和CD248作为肌腱干/祖细胞的新型表面抗原标记物,并发现该细胞群在发育过程中数量减少 | 研究仅使用小鼠模型,样本年龄范围有限(2周和6周),未涉及人类样本或更广泛的年龄阶段 | 探索肌腱干/祖细胞的分子特征及其在肌腱发育和修复中的作用机制 | 小鼠跟腱细胞,特别是肌腱干/祖细胞群体 | 单细胞生物学 | 肌腱韧带损伤 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 单核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 2周和6周龄小鼠跟腱细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq | NA | NA |
| 136 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Host Responses in Bovine Milk Somatic Cells (bMSCs) Following HPAIV Bovine H5N1 Influenza Exposure
2025-06-03, Viruses
DOI:10.3390/v17060811
PMID:40573402
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析牛乳体细胞在H5N1禽流感病毒暴露后的宿主免疫反应 | 首次对H5N1病毒暴露的牛乳体细胞进行单细胞分析,揭示了乳腺免疫反应向2型免疫转变的动态特征 | 单细胞测序数据中未检测到病毒读数,免疫反应可能仅源于病毒成分暴露而非生产性感染 | 理解牛乳腺对H5N1病毒暴露的宿主免疫反应机制 | 体外暴露于H5N1病毒的牛乳体细胞(bMSCs) | 单细胞组学 | 禽流感 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 137 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma
2025-Jun, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016
PMID:39709141
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗+贝伐珠单抗联合治疗的两种不同应答模式及耐药特征 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统揭示了晚期肝癌对atezo+bev联合治疗的分子应答机制,定义了免疫主导型和血管生成主导型两种获益亚组 | 研究为回顾性分析,需要前瞻性研究验证;样本量相对有限;未涉及其他潜在耐药机制 | 探索晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗+贝伐珠单抗联合治疗的应答和耐药机制 | 晚期肝细胞癌患者 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,RNA测序 | 基因表达特征分析 | 单细胞RNA测序数据,RNA测序数据 | 422例RNA测序样本(317例接受atezo+bev治疗,47例接受atezolizumab单药,58例接受索拉非尼治疗) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-06 |
Redefining macrophage phenotypes after spinal cord injury: An open data approach
2025-Jun, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115222
PMID:40113007
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研究论文 | 通过整合分析三个公开的单细胞RNA测序数据集,重新定义了脊髓损伤后巨噬细胞表型的异质性 | 采用无偏倚的数据整合方法,首次在三个独立数据集中一致识别出四种保守的巨噬细胞群体 | 研究仅聚焦于7天损伤时间点的年轻雌性小鼠模型,未涵盖其他时间点或不同性别/年龄的动物 | 重新定义脊髓损伤后巨噬细胞的表型异质性 | 脊髓损伤后小鼠脊髓组织中的巨噬细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | Seurat, SingleR | 单细胞基因表达数据 | 三个独立研究团队的公开数据集,样本来自接受中胸段脊髓挫伤的年轻雌性小鼠7天损伤时间点 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-06 |
scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance
2025-Jun, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-025-02008-5
PMID:40379932
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示恶性疟原虫var基因表达的可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用 | 首次在单细胞水平证明恶性疟原虫除了单等位基因var基因表达外,还能同时表达多个var基因或进入低/无表达状态 | 研究仅使用了3D7和IT4两个克隆寄生虫系,可能需要更多寄生虫株验证 | 探究恶性疟原虫var基因表达机制及其在免疫逃避中的作用 | 恶性疟原虫克隆株3D7和IT4 | 单细胞生物学 | 疟疾 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个克隆寄生虫系(3D7和IT4) | NA | 单细胞RNA-seq | 便携式微孔系统 | 使用富集探针和便携式微孔系统的单细胞转录组学技术 |
| 140 | 2025-10-06 |
A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis
2025-Jun-30, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00849-25
PMID:40586608
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研究论文 | 利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病免疫反应的细胞图谱 | 首次通过空间转录组学揭示口腔念珠菌感染微环境中2型免疫反应和M2巨噬细胞的平衡作用,发现新型富含脯氨酸抗菌蛋白家族 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探索口腔念珠菌病感染环境中免疫平衡机制 | 小鼠口腔念珠菌感染模型中的舌组织 | 空间转录组学 | 口腔念珠菌病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术 |