单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 727 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-05 |
New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis
2025-06, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-025-04014-2
PMID:40128328
|
研究论文 | 本研究通过形态学、功能学和单细胞测序分析，探讨了产前PFOS暴露对大鼠后代肺发育的影响 | 首次结合单细胞RNA测序技术系统揭示PFOS暴露对肺发育的细胞和分子机制，发现Fam111a上调和Stk35下调等新基因靶点 | 研究仅使用大鼠模型，结果外推至人类需谨慎；未探讨PFOS与其他环境污染物的联合效应 | 探究PFOS暴露对肺发育的毒性机制和长期健康风险 | 孕鼠及其后代大鼠的肺组织 | 毒理学 | 肺发育异常 | 单细胞RNA测序，形态学分析，肺功能检测，代谢组学分析 | NA | 基因表达数据，形态学图像，生理功能数据，代谢物数据 | 孕鼠暴露于4个剂量组(0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/天)，在后代0、4、14、21和60天龄时取样分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2025-10-05 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
|
研究论文 | 开发了一个专门用于单细胞测序数据质量控制的Python命令行工具QCatch | 为alevin-fry和simpleaf输出提供标准化的QC报告，生成交互式HTML报告并输出H5AD格式文件 | NA | 开发单细胞测序数据的质量控制评估框架 | 单细胞测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序数据分析 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2025-10-05 |
Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.658673
PMID:40747415
|
研究论文 | 提出HistoTME-v2弱监督深度学习框架，直接从H&E染色病理全切片图像预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活性 | 将HistoTME框架扩展到25种实体肿瘤类型，无需单细胞或斑块级注释即可从H&E图像预测细胞类型特异性转录组特征 | 依赖于弱监督学习，可能在某些细胞类型预测精度上存在限制 | 开发从数字病理图像分析肿瘤微环境的可解释方法 | 肿瘤微环境中的免疫和基质细胞类型 | 数字病理 | 多种实体肿瘤 | 深度学习，空间转录组学，多重成像 | 弱监督深度学习框架 | H&E染色病理全切片图像 | 内部验证：7,586个WSI，6,901名患者，24种癌症类型；外部验证：5,657个WSI，1,775名患者，9种癌症类型；空间验证：259个WSI，154名患者，7种癌症类型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 104 | 2025-10-05 |
Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.656791
PMID:40661354
|
研究论文 | 本研究通过整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌早期肿瘤发生过程中癌基因与抑癌基因在祖细胞样状态上的汇聚机制 | 发现KRAS突变祖细胞样群体同时激活致癌和抑癌程序，构建了模拟侵袭性PDAC的微环境生态位 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 解析良性向恶性生长转变过程中的分子和细胞机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 谱系追踪, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 小鼠PDAC模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-05 |
WNT signaling in human pluripotent stem cells promotes HDAC2-dependent epigenetic programs and development of retinoic acid-responsive mesoderm
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.06.657928
PMID:40661576
|
研究论文 | 本研究揭示了WNT信号通过HDAC2依赖性表观遗传程序促进人类多能干细胞向视黄酸响应性中胚层分化的机制 | 首次发现WNT信号通过HDAC2依赖性表观遗传调控促进视黄酸响应性中胚层发育，为改善hPSCs向淋巴细胞分化提供了新策略 | E-box转录因子调控作用未观察到明显效果，具体机制仍需进一步研究 | 探索WNT信号在人类多能干细胞向中胚层分化过程中的分子机制 | 人类多能干细胞(hPSCs)及其分化的中胚层祖细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 基因调控网络建模, 基因敲除, 过表达, 化学筛选 | 基因调控网络模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 106 | 2025-10-05 |
Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells
2025-Jun-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187381
PMID:40548376
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了组织驻留记忆T细胞发育的渐进过程及成熟细胞中AP-1转录因子家族的关键作用 | 首次定义了跨越皮肤和小肠上皮淋巴细胞的时序性TRM特征，发现AP-1转录因子家族在成熟TRM中的特异性表达 | 研究主要关注CD8+ TRM细胞，其他T细胞亚型的研究相对有限 | 阐明组织驻留记忆T细胞分化机制及其回忆效应功能的启动原理 | CD8+ 组织驻留记忆T细胞（皮肤和小肠上皮淋巴细胞） | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 循环免疫荧光成像 | 线性模型 | 基因表达数据, 表观遗传数据, 组织成像数据 | 10个发育时间点的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 空间成像 | NA | NA |
| 107 | 2025-10-05 |
High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins
2025-Jun-06, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-09985-5
PMID:40478324
|
研究论文 | 本研究通过高通量分化人血管类器官揭示脑 cavernous 畸形蛋白的重叠和独特功能 | 结合高通量血管类器官分化、单细胞RNA测序和高内涵成像技术系统比较CCM1/2/3基因敲除的功能差异 | 研究主要基于体外类器官模型，需要进一步体内验证 | 探究CCM3突变为何比CCM1/2突变导致更严重表型的分子机制 | 人诱导多能干细胞分化的血管类器官 | 单细胞生物学 | 脑血管畸形 | 单细胞RNA测序, 高内涵成像, 基因敲除 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 96孔板高通量格式的血管类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2025-10-05 |
Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003
PMID:40345189
|
研究论文 | 本研究通过空间免疫分析和多组学技术揭示了肺腺癌前病变中TIM-3作为潜在干预靶点的重要作用 | 首次系统揭示肺腺癌前病变进展过程中免疫微环境的动态变化，并验证TIM-3在癌前阶段的治疗价值 | 样本量相对有限，动物模型数量较少，需要进一步临床验证 | 探究肿瘤微环境如何影响肺腺癌前病变的演化过程 | 人类肺腺癌及前病变组织样本、小鼠肺腺癌模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间免疫分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 114例人类肺腺癌及前病变样本,5个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-05 |
Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease
2025-Jun-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1
PMID:40678223
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术发现基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中持续存在并促进慢性疾病 | 首次发现关节相关巨噬细胞中持续存在复制型病毒RNA，并揭示CD4 T细胞在关节炎症中的潜在作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证 | 探究甲病毒引起慢性关节疾病的机制 | 甲病毒感染的小鼠关节相关组织 | 数字病理学 | 病毒性关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 甲病毒感染小鼠的关节组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 110 | 2025-10-06 |
Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf063
PMID:40391086
|
研究论文 | 开发了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据分析流程 | 提供了首个同时整合分析scRNA-seq和scTCR-seq数据的综合流程，并包含用户友好的网页界面 | NA | 开发单细胞测序数据分析工具以促进对T细胞介导免疫和免疫疗法的理解 | 单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 111 | 2025-10-06 |
Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661563
PMID:40667010
|
研究论文 | 本研究开发了亚微米单细胞分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2，揭示了小鼠大脑细胞类型中新的空间异构体变异模式 | 开发了220nm点大小和500nm分辨率的Spl-ISO-Seq2技术及配套分析软件，首次在单细胞分辨率实现空间异构体测序 | 技术仍处于发展阶段，仅在小鼠脑组织中进行验证，尚未在其他组织或物种中广泛应用 | 研究大脑细胞类型中空间异构体的变异模式 | 成年小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间长读长测序，异构体测序 | NA | 空间转录组数据，异构体表达数据 | 成年小鼠大脑组织样本 | NA | 空间异构体测序 | Spl-ISO-Seq2 | 220nm点大小，500nm分辨率空间异构体测序平台 |
| 112 | 2025-10-06 |
MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq
2025-Jun-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf569
PMID:40568942
|
研究论文 | 开发了一种基于单细胞RNA测序和代谢通量平衡分析的算法MEBOCOST，用于检测代谢物介导的细胞间通讯 | 首个专门针对代谢物介导的细胞间通讯设计的计算方法，克服了现有蛋白质导向方法的局限性 | NA | 开发检测代谢物介导细胞间通讯的计算工具 | 人类白色脂肪组织、小鼠棕色脂肪组织中的单细胞 | 生物信息学 | 肥胖相关疾病 | 单细胞RNA测序、代谢通量平衡分析 | 计算算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2025-10-06 |
Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex
2025-06-15, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909
PMID:40220916
|
研究论文 | 本研究通过分析阿尔茨海默病患者外周血和前额叶皮层组织的转录组特征，探索性别差异对疾病的影响并进行药物重定位分析 | 首次系统比较男女AD患者在外周血和单细胞水平上前额叶皮层转录组的差异，并基于性别差异进行药物重定位预测 | 样本量较小（共54例），仅使用公开数据库的补充数据，需要更大规模研究验证 | 探究阿尔茨海默病中的性别特异性转录组差异及其在药物重定位中的应用 | 阿尔茨海默病患者、轻度认知障碍患者和健康对照者的外周血样本及前额叶皮层组织 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析 | NA | RNA测序数据, 单细胞转录组数据 | 54例外周血样本（15例男性AD，10例女性AD，7例男性MCI，11例女性MCI，6例男性对照，5例女性对照），另加GEO数据库中的前额叶皮层单细胞数据集 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2025-10-06 |
CD200-based cell sorting results in homogeneous transplantable striatal neuroblasts for human cell therapy for Huntington's disease
2025-06-01, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.106905
PMID:40220917
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于CD200标记的细胞分选方法，用于生产均质可移植的纹状体神经母细胞，用于亨廷顿病的细胞治疗 | 首次鉴定CD200作为人类纹状体神经母细胞的表面标志物，并建立了基于CD200的免疫磁珠分选流程 | 研究仅在成年小鼠模型中验证了移植效果，尚未进行人体临床试验 | 开发减少异质性的细胞治疗策略，用于神经退行性疾病的治疗 | 人类纹状体神经母细胞和人类多能干细胞 | 细胞治疗 | 亨廷顿病 | 单细胞RNA测序，免疫磁珠分选 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2025-10-06 |
Ocular immune privilege in action: The living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115780
PMID:40450686
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了眼睛对自身免疫性T细胞的独特调控机制 | 首次在分子水平揭示了眼内T细胞分化为调节性T细胞和无能细胞的平行分化路径 | 研究基于体内免疫特权模型，可能不完全反映人类生理状况 | 探究眼部免疫特权对自身反应性T细胞的调控机制 | 视网膜特异性T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2025-10-06 |
scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656649
PMID:40501593
|
研究论文 | 开发了一个名为scExploreR的灵活平台，使非编程人员能够轻松分析多模式单细胞数据 | 通过R Shiny应用实现无需编程经验的单细胞数据分析，支持多模式数据处理和高质量图表生成 | 未提及具体的性能基准测试或与其他工具的详细比较 | 开发一个使非编程研究人员能够进行综合单细胞数据分析的平台 | 单细胞测序数据和多模式生物医学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | R Shiny应用 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | 基于SCUBA软件包的多模式数据处理平台 |
| 117 | 2025-10-06 |
Single-Cell Profiling of the Microenvironment in High-Risk Neuroblastoma
2025-06, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70029
PMID:40536225
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析高风险神经母细胞瘤的肿瘤微环境特征 | 首次在单细胞水平揭示高风险神经母细胞瘤的肿瘤微环境景观，发现具有免疫抑制作用的特定细胞亚群及其分化过程 | 样本量较小（16个样本），需要更大规模研究验证 | 深入理解高风险神经母细胞瘤的复杂肿瘤微环境特征 | 16个神经母细胞瘤样本（11例高风险，5例中低风险） | 单细胞生物学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，SCENIC分析 | 免疫相关风险模型 | 单细胞RNA测序数据 | 16个样本，来自16名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-06 |
Inhibition of SIRT1/HSF1 pathway contributes to doxorubicin-induced nephrotoxicity in ovarian tumor-bearing mice
2025-06, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02122-z
PMID:40347321
|
研究论文 | 本研究探讨了SIRT1/HSF1信号通路在多柔比星诱导的卵巢癌荷瘤小鼠肾毒性中的作用机制 | 首次揭示SIRT1下调通过促进HSF1乙酰化导致足细胞损伤，是多柔比星肾毒性的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床样本中验证 | 探究SIRT1/HSF1通路在多柔比星诱导肾毒性中的作用机制 | 卵巢癌荷瘤小鼠、肾脏组织、小鼠足细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、慢病毒转染 | 动物模型、细胞模型 | 基因表达数据、病理学数据 | 小鼠模型和细胞实验样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2025-10-06 |
Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions
2025-Jun, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00964-9
PMID:40419763
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和空间成像技术揭示胚胎性多层菊花团肿瘤的细胞层级结构及其调控机制 | 首次系统解析ETMR肿瘤的细胞层级结构，发现C19MC微RNA簇在干细胞样细胞中的主导表达及其调控网络，并识别出可靶向的致癌信号通路 | 样本量较小（11例患者样本），需要更大规模研究验证发现 | 探究胚胎性多层菊花团肿瘤的细胞异质性和致病机制 | 胚胎性多层菊花团肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 儿科脑肿瘤 | 单细胞转录组学，多重空间成像，microRNA-mRNA结合全基因组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间成像数据 | 11例ETMR患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 120 | 2025-10-06 |
Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets
2025-Jun-13, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaf021
PMID:39977234
|
研究论文 | 本研究通过转录组学分析探索克罗恩病纤维狭窄的分子特征，识别关键生物标志物和治疗靶点 | 首次系统揭示克罗恩病纤维狭窄的独特转录组特征，结合机器学习方法识别特异性基因表达模式 | 样本量较小（仅9例患者），需要在更大队列中验证发现 | 探索克罗恩病纤维狭窄的转录组特征及其生物学机制 | 克罗恩病患者手术切除的纤维狭窄肠道组织 | 转录组学 | 克罗恩病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR | 随机森林 | RNA测序数据 | 9例克罗恩病患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | 10x Chromium Controller | 10x Chromium单细胞测序平台 |