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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-06 |
Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658085
PMID:40501690
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研究论文 | 通过跨物种比较分析发现果蝇前列腺样附腺主要上皮细胞与哺乳动物前列腺基底上皮细胞存在转录组相似性 | 首次通过单细胞RNA测序数据揭示果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺基底细胞之间的转录组保守性 | 无法确定这种相似性是源于共享的进化同源性还是组织功能趋同的独立衍生特征 | 探究果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺之间的转录组保守性 | 果蝇前列腺样附腺和哺乳动物前列腺组织 | 单细胞转录组学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 果蝇细胞图谱和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2025-10-06 |
Mosaic loss of chromosome Y in blood is associated with male susceptibility for idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Jun-28, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-025-00966-9
PMID:40581694
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研究论文 | 本研究探讨血液中Y染色体嵌合缺失与男性特发性肺纤维化易感性之间的关联 | 首次在人类中证实Y染色体嵌合缺失通过上调促纤维化基因和增强TGF-β信号通路加剧IPF的疾病机制 | 研究主要基于观察性数据和回顾性分析,需要进一步实验验证机制 | 研究Y染色体嵌合缺失是否导致人类纤维化疾病过程 | 男性特发性肺纤维化患者 | 生物医学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、临床数据、测序数据 | UK Biobank数据库和两个队列研究中的男性参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
Lineage-resolved analysis of embryonic gene expression evolution in C. elegans and C. briggsae
2025-Jun-19, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adu8249
PMID:40536976
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较秀丽隐杆线虫和布里格斯线虫胚胎发育过程中基因表达模式的进化约束 | 首次在具有保守不变胚胎谱系的模式生物中系统比较细胞类型特异性基因表达的进化分歧 | 仅研究两种线虫物种,未涵盖更广泛的进化谱系 | 探究发育过程中基因表达模式进化的约束机制 | 秀丽隐杆线虫和布里格斯线虫的胚胎发育过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种线虫物种的胚胎细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals new epithelial-stromal associated mesenchymal-like subsets in recurrent gliomas
2025-06-07, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02036-6
PMID:40483536
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序发现复发性胶质瘤中新的上皮-基质相关间充质样亚群 | 首次在复发性胶质母细胞瘤中发现富含EGR1和SERPINE1等EMT相关基因的新型间充质样亚群 | 样本量相对有限(52例),需要更大规模研究验证 | 探索驱动胶质瘤复发的转录和调控机制 | 52例IDH野生型胶质母细胞瘤标本(26例原发,26例复发) | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单核RNA测序,空间转录组学 | 基因调控网络分析,非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 52例IDH野生型GBM标本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-06 |
Identification of MACF1 as a causative gene of generalised epilepsy
2025-Jun-24, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmg-2025-110699
PMID:40350249
|
研究论文 | 本研究通过全外显子测序发现MACF1基因是全面性癫痫的潜在致病基因 | 首次将MACF1基因与全面性癫痫联系起来,揭示了其双等位基因错义变异与癫痫的关联 | 样本量相对较小,仅包含10名无关患者 | 探索MACF1基因在癫痫和神经发育中的作用 | 来自中国癫痫基因1.0项目的全面性癫痫患者队列 | 医学遗传学 | 癫痫 | 全外显子测序, 单细胞测序 | NA | 基因组测序数据, 基因表达数据 | 10名无关患者 | NA | 全外显子测序, 单细胞测序 | NA | NA |
| 106 | 2025-10-06 |
Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function
2025-06, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine
IF:4.7Q2
DOI:10.1016/j.nano.2025.102818
PMID:40185352
|
研究论文 | 开发了一种体外监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒影响的方法 | 首次通过单细胞测序揭示纳米材料对肥大细胞基因表达谱的影响与其脱颗粒功能的不一致性 | 仅为体外研究,未进行体内验证 | 评估纳米颗粒对肥大细胞功能的影响 | 肥大细胞 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 七种纳米材料(四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料) | NA | NA | NA | NA |
| 107 | 2025-10-06 |
Multiomics identifies tumor-intrinsic SREBP1 driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma
2025-Jun-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011537
PMID:40518290
|
研究论文 | 通过多组学分析鉴定肝细胞癌中驱动免疫排斥的肿瘤内在因子SREBP1 | 首次通过大规模多组学分析发现SREBP1作为免疫排斥的核心调控因子,并通过功能实验验证其在巨噬细胞重编程和CD8 T细胞浸润中的作用 | 样本量相对有限(31个单细胞RNA-seq样本),主要依赖体外3D共培养模型验证 | 寻找克服肝细胞癌免疫检查点抑制剂耐药的新治疗靶点 | 肝细胞癌患者样本和体外细胞模型 | 多组学分析 | 肝细胞癌 | RNA测序, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 成像质谱流式, 空间脂质组学, CRISPR基因敲除, 3D共培养 | 3D肿瘤-免疫共培养模型 | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞数据, 空间成像数据 | 900+人类样本, 31个肿瘤单细胞RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 质谱分析 | NA | 成像质谱流式技术, MALDI空间脂质组学分析 |
| 108 | 2025-10-06 |
Systematic characterization of the ovarian landscape across mouse menopause models
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.658920
PMID:40661543
|
研究论文 | 本研究系统比较了三种小鼠绝经模型,揭示了卵巢衰老的分子特征和表型变化 | 首次系统比较三种不同绝经模型(自然衰老、化学诱导和遗传模型),结合单细胞转录组学和机器学习方法揭示模型特异性特征 | 研究仅限于小鼠模型,结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 建立可靠的临床前绝经模型以研究卵巢衰老的分子机制和系统性健康影响 | 三种小鼠绝经模型:自然衰老、VCD化学诱导和Foxl2单倍体不足遗传模型 | 生物医学研究 | 卵巢衰老相关疾病 | 组织学分析、血清激素分析、单细胞转录组学、机器学习 | 机器学习方法 | 组织图像、激素数据、单细胞转录组数据 | 三种不同小鼠模型的多年龄段样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-06 |
Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics
2025-Jun, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-025-10889-6
PMID:40366552
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和大体积蛋白质组学整合分析,识别脂肪基质血管组分中具有不同免疫调节表型的干细胞亚群 | 首次整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据,在未培养的基质血管组分中识别出与细胞因子激活的干细胞表型相似的亚群 | 研究样本量有限,主要基于体外实验数据 | 解析脂肪来源干细胞在基质血管组分中的异质性免疫调节潜能 | 脂肪来源的干细胞/基质细胞和基质血管组分 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | Scissor算法 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 大体积蛋白质组学 | NA | NA |
| 110 | 2025-10-06 |
Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G(r): A Scalable Alternative to Permutations
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.659088
PMID:40666920
|
研究论文 | 提出一种无需排列检验即可计算最近邻G(r)函数完全空间随机性的解析解方法 | 提供了最近邻G(r)函数样本特异性完全空间随机性的均值和方差的闭式解析解 | NA | 开发快速可重复的空间分析方法,避免计算昂贵的排列检验 | 空间点模式分析中的最近邻分布 | 空间分析 | 肾细胞癌 | 多重免疫荧光,空间分析 | 解析解方法 | 空间点数据,图像数据 | 模拟样本30个点,真实透明细胞肾细胞癌样本 | NA | 多重免疫荧光,空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2025-10-06 |
Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.12.659348
PMID:40667206
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术研究非人灵长类动物结核病肉芽肿中巨噬细胞的空间分布和功能多样性 | 首次在早期结核病非人灵长类模型中揭示巨噬细胞在肉芽肿内的空间特异性分布模式及其与结核分枝杆菌感染的关联 | 研究仅限于早期结核病阶段和非人灵长类动物模型,结果可能不完全适用于人类疾病进展 | 探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其空间分布特征 | 非人灵长类动物肺组织和结核病肉芽肿中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 非人灵长类动物肺组织和肉芽肿样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2025-10-06 |
Bridging the Gap in Breast Cancer Dormancy: Models, Mechanisms, and Translational Challenges
2025-Jun-26, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18070961
PMID:40732251
|
综述 | 本文系统分析乳腺癌休眠研究现状,整合研究空白并提出转化医学优先方向 | 提出整合单细胞多组学、空间转录组学和人源化长期模型的研究框架,强调巨噬细胞靶向治疗和休眠特异性临床试验 | 现有研究数据存在矛盾,模型系统不完善,缺乏可靠生物标志物 | 解析乳腺癌休眠机制并推动临床转化研究 | 播散性肿瘤细胞(DTCs)和肿瘤微环境 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞多组学、空间转录组学、计算分析 | 人源化长期模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 113 | 2025-10-06 |
MIF-mediated crosstalk between THRSP + hepatocytes and CD74 + lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH
2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001429
PMID:40590856
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研究论文 | 本研究揭示了THRSP+肝细胞通过MIF介导与CD74+脂质相关巨噬细胞在肝脏门静脉区的相互作用驱动MASH进展的机制 | 首次发现THRSP通过促进肝内新生脂肪生成和抑制FASN泛素化来驱动MASH进展,并阐明MIF介导的肝细胞与巨噬细胞空间串扰机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)进展的空间分区机制 | MASH小鼠模型和MASH患者肝脏组织 | 空间转录组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 空间转录组学, CellPhoneDB分析, 基因过表达/敲除实验 | NA | 空间转录组数据, 基因表达数据 | MASH小鼠和患者肝脏样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 114 | 2025-10-06 |
Pan-cancer analysis of enhancer-induced MIR17HG and validation as a SIRT1-promoting factor in colorectal cancer
2025-Jun-30, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02841-y
PMID:40586938
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研究论文 | 通过泛癌分析揭示MIR17HG的致癌作用及其在结直肠癌中通过HSF1增强子激活的调控机制 | 首次发现HSF1通过增强子活性驱动MIR17HG过表达,并证实其通过SIRT1促进结直肠癌进展 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探索MIR17HG在癌症中的致癌作用及其调控机制 | 多种肿瘤类型及结直肠癌 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 生物信息学分析,单细胞测序,虚拟筛选 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 23种肿瘤类型和11种肿瘤类型的表达数据 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 115 | 2025-10-06 |
Epidermal γδ T cells, CD8 T cells and macrophages are increased in number in alopecia areata and express BST2 as part of an interferon-driven antiviral gene signature
2025-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.26.661822
PMID:40667382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现斑秃皮肤中表皮γδ T细胞、CD8 T细胞和巨噬细胞数量增加,并表达干扰素驱动的抗病毒基因标记物BST2 | 首次发现表皮γδ T细胞和巨噬细胞参与斑秃发病机制,并确定BST2作为干扰素驱动免疫激活的标志物 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明斑秃发病机制中除CD4和CD8 T细胞外其他免疫细胞的作用 | C3H/HeJ小鼠斑秃模型和人类斑秃皮肤样本 | 免疫学 | 斑秃 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2025-10-06 |
TET3 facilitates bladder cancer progression through targeted modulation of stemness pathways
2025-Jun-26, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02857-4
PMID:40569530
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研究论文 | 本研究揭示TET3通过调控干细胞特性通路促进膀胱癌进展的分子机制 | 首次在膀胱癌中系统阐明TET3通过调控干细胞特性通路促进肿瘤进展的作用机制 | 未明确TET3调控干细胞特性的具体下游靶点及信号通路细节 | 探究TET3在膀胱癌进展中的作用机制及潜在治疗价值 | 膀胱癌细胞系及动物模型 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,功能实验,体内肿瘤生长分析,组织学分析 | NA | 基因表达数据,组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2025-10-06 |
Multimodal transcriptomics identifies metallothionein as a novel pathway in primary sclerosing cholangitis
2025-Jun-25, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001432
PMID:40560681
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研究论文 | 本研究通过结合空间转录组学和单核RNA测序技术,在原发性硬化性胆管炎中发现了金属硫蛋白这一新通路 | 首次在PSC中鉴定出金属硫蛋白通路,并通过多组学技术将其定位到纤维化病变边缘的特定肝细胞亚型 | 样本量相对有限,且主要使用移植肝脏样本,可能无法完全代表疾病早期阶段 | 探索原发性硬化性胆管炎的发病机制和潜在治疗靶点 | 人类肝脏移植样本和小鼠模型 | 数字病理学 | 原发性硬化性胆管炎 | 空间转录组学,单核RNA测序,免疫组织化学 | NA | 转录组数据,空间定位数据 | 23例PSC患者和7例疾病对照的肝脏样本,共分析76,664个空间位点和91,891个细胞核 | NA | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-06 |
A scalable, all-optical method for mapping synaptic connectivity with cell-type specificity
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661552
PMID:40667305
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研究论文 | 开发了一种可扩展的全光学方法,用于绘制具有细胞类型特异性的突触连接图谱 | 结合光学扰动与观察工具和空间转录组学,实现了高灵敏度、高通量且具有细胞类型特异性的长程突触连接检测 | NA | 开发高通量方法以解析哺乳动物大脑中细胞类型特异性连接模式 | 小鼠运动皮层中超过1000个运动皮层神经元 | 神经科学 | NA | 全光学方法、遗传编码电压指示剂、空间转录组学 | NA | 光学成像数据、基因表达数据 | 超过1000个运动皮层神经元 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 119 | 2025-10-06 |
Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions
2025-Jun-19, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47060470
PMID:40699869
|
综述 | 探讨人工智能与二代测序技术的融合及其在基因组学研究和临床应用中的变革性影响 | 系统阐述AI在NGS全流程中的增强作用,并前瞻性地讨论AI在第三代测序中的应用及联邦学习等未来方向 | 存在数据异质性、模型可解释性和伦理问题等挑战 | 研究人工智能与二代测序技术的协同整合及其在基因组学领域的应用 | 人工智能技术与二代测序技术的整合方法及应用场景 | 机器学习 | 癌症 | 二代测序,第三代测序,单细胞测序 | CNN, RNN, 混合架构 | 基因组数据,表观基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,表观基因组分析,转录组学 | NA | NA |
| 120 | 2025-10-06 |
Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2025-Jun-03, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366
PMID:39704522
|
研究论文 | 通过多模态空间分析揭示输卵管前驱病变向高级别浆液性卵巢癌发展过程中的免疫抑制和微环境重塑机制 | 首次整合高plex成像和空间转录组学技术分析HGSOC发展过程中的人类组织样本,揭示了前驱病变中染色体不稳定、持续性IFN信号传导和免疫失调等分子变化 | 样本数量有限,研究结果需要在更大规模队列中验证 | 阐明输卵管前驱病变向高级别浆液性卵巢癌发展的分子机制 | 人类输卵管组织样本,包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC | 数字病理学 | 卵巢癌 | 高plex成像,空间转录组学 | NA | 图像,空间转录组数据 | 不同HGSOC发展阶段的人类组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |