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当前共找到 727 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-12-03 |
TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279955.124
PMID:40210438
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研究论文 | 本文提出了一种名为TFcomb的计算方法，利用单细胞多组学数据识别细胞重编程所需的转录因子及其组合 | 将寻找重编程转录因子及其组合的任务建模为逆问题，采用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，并设计图注意力网络增强基于单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据构建的基因调控网络 | NA | 开发计算工具以识别驱动细胞状态转换的重编程转录因子组合 | 细胞重编程过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 图注意力网络 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 82 | 2025-12-03 |
Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279857.124
PMID:40262896
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研究论文 | 本文介绍了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组学数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路 | stMLnet创新性地整合了空间信息和多层信号调控机制，以识别多层细胞间通讯中的信号反馈环路，相比现有方法在配体-受体推断和细胞内靶基因预测方面表现更优 | NA | 开发一种工具以更好地解析空间转录组学数据中的多层细胞间通讯和信号反馈机制 | 空间转录组学数据，包括来自seqFISH+、Slide-seq v2、MERFISH和Stereo-seq等多种技术的样本 | 空间转录组学 | COVID-19感染 | 空间转录组学 | 扩散模型和质量作用模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | NA |
| 83 | 2025-12-03 |
STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280031.124
PMID:40355284
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合空间转录组学数据中的空间域检测工具，以提高聚类准确性和稳定性 | 开发了STCC共识聚类框架，首次整合了多种先进工具和共识策略（如Onehot-based、average-based、hypergraph-based和wNMF-based方法），以优化空间转录组学数据的空间域检测 | 未明确说明框架在处理高度异质性或复杂组织样本时的具体局限性，且可能依赖于输入参数的设置 | 通过共识策略整合不同工具，提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性 | 空间转录组学数据，包括模拟数据和来自不同实验平台的真实数据，涉及正常组织和肿瘤样本 | 空间转录组学 | NA | 共识聚类 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 84 | 2025-11-29 |
Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Defines N7-Methylguanosine (m7G)-Mediated Modifications' Role in Prognosis and the Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma
2025-Jun, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70992
PMID:40485623
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，研究m7G修饰在肝细胞癌预后和肿瘤免疫微环境中的作用 | 首次系统分析m7G修饰模式在肝细胞癌中的临床意义，建立m7Gscore评分系统并验证其预后价值 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探讨m7G修饰在肝细胞癌预后、肿瘤免疫微环境和免疫治疗敏感性中的作用 | 肝细胞癌患者样本和公共数据库数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 主成分分析, ssGSEA, GSVA, 蛋白质印迹, 免疫组化, RT-qPCR | 无监督聚类, 主成分分析 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | 来自GEO、TCGA、ICGC数据库的多中心数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2025-11-22 |
Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.29.610420
PMID:39257761
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠迁移过程中原始生殖细胞及其周围体细胞生态位的转录异质性 | 首次揭示了前后位置迁移PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路的生态位特异性差异，并验证了人类中的保守性 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证依赖于重新分析已发表数据集 | 阐明迁移过程中原始生殖细胞与不同体细胞生态位相互作用的分子机制 | 小鼠原始生殖细胞和周围体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，全胚胎免疫荧光染色 | 轨迹推断方法 | 单细胞转录组数据，免疫荧光图像数据 | 13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2025-11-19 |
A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases
2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.05.22.25328104
PMID:40475139
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研究论文 | 本研究构建了一个B细胞激活的多组学资源，揭示了免疫介导疾病的遗传机制 | 首次系统表征了26名健康女性供体B细胞在六种不同激活条件下的多组学响应，揭示了刺激特异性开放染色质区域与免疫疾病遗传风险的关联 | 样本仅来自健康女性供体，未包括男性或患者样本，且样本量相对有限 | 阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的遗传机制 | 来自26名健康女性供体的B细胞 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, CITE-seq | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | 26名健康女性供体 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 表观基因组学 | NA | CITE-seq（单细胞RNA-seq与表面蛋白标记联合检测） |
| 87 | 2025-11-16 |
Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation
2025-Jun-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148
PMID:39832892
|
研究论文 | 本研究通过分离肝细胞癌患者中对新抗原反应的T细胞及其T细胞受体，探索基于T细胞的免疫治疗新策略 | 首次系统分析肝细胞癌微环境中新抗原反应性T细胞的功能特征，并发现肝灌洗液和淋巴结是反应性T细胞的重要来源 | 研究样本量较小（7名患者），需要在更大队列中验证结果 | 评估晚期肝细胞癌患者的T细胞反应，识别可用于免疫治疗的T细胞群体 | 肝细胞癌患者的肿瘤组织、肝灌洗液和肝引流淋巴结 | 免疫肿瘤学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，T细胞受体测序，生物信息学分析 | NA | 转录组数据，蛋白质组数据，测序数据 | 7名肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2025-11-10 |
Functional diversity of cardiac macrophages in health and disease
2025-Jun, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-024-01109-8
PMID:39743564
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综述 | 本文综述了心脏巨噬细胞在健康和疾病状态下的功能多样性、发育起源及其在心脏稳态和病理过程中的作用 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了心脏巨噬细胞的新细胞状态和疾病相关细胞邻域 | NA | 探讨心脏巨噬细胞的发育起源、功能多样性及其在心脏疾病发病机制中的作用 | 心脏巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 89 | 2025-10-29 |
Thymic DC2 are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells
2025-Jun-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659520
PMID:40666966
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示胸腺DC2细胞的异质性并鉴定出新型过渡性树突状细胞群体 | 发现传统认为的'DC2'实际上包含4个不同细胞谱系，并首次鉴定出CX3CR1过渡性树突状细胞这一新型胸腺细胞群体 | 研究主要基于小鼠模型，人类胸腺中这些细胞群体的存在和功能需要进一步验证 | 解析胸腺髓系细胞的起源、发育和稳态维持机制 | 胸腺髓系细胞，特别是树突状细胞DC2亚群 | 单细胞生物学 | 自身免疫疾病 | 单细胞转录组测序，谱系定义小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2025-10-25 |
A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.531610
PMID:36993575
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq技术构建了水螅神经系统的分子、空间和调控图谱 | 首次对水螅神经系统进行了最全面的分子和空间表征，识别了8种神经元类型和15种转录亚型，并构建了基因调控网络 | NA | 揭示水螅神经系统发育、稳态和再生的分子机制 | 水螅（Hydra vulgaris）神经系统 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序，ATAC-seq，轨迹推断 | NA | 单细胞转录组数据，染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 91 | 2025-10-21 |
Single-cell technology grows up: Leveraging high-resolution omics approaches to understand neurodevelopmental disorders
2025-Jun, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.102990
PMID:40036988
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综述 | 探讨利用单细胞和空间转录组学技术研究神经发育障碍的病因和机制 | 系统整合单细胞基因组学技术与神经发育障碍模型，在细胞分辨率层面定义疾病病因 | NA | 理解神经发育障碍的分子、细胞和环路机制 | 神经发育障碍模型和人类脑组织 | 基因组学 | 神经发育障碍 | 单细胞基因组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 92 | 2025-10-18 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659774
PMID:40661400
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研究论文 | 开发了一种基于prime editing的谱系追踪技术PEtracer，能够在高空间分辨率下同时分析细胞状态和谱系关系 | 结合prime editing和空间转录组学，首次实现了在完整组织中同时追踪细胞谱系和状态的高分辨率空间映射 | NA | 研究细胞命运决定的时空动态，特别是在发育和疾病过程中的细胞状态与谱系关系 | 小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞 | 空间转录组学 | 肿瘤转移 | prime editing, MERFISH空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据，成像数据 | NA | NA | 单细胞测序，空间转录组学，多模态成像 | NA | NA |
| 93 | 2025-10-05 |
Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659535
PMID:40666962
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研究论文 | 开发了一种非破坏性的基于成像的单细胞空间表观遗传分析技术Epi-PHR，能够在保持基因组3D结构的同时检测多种表观遗传标记的组合 | 首次实现了在单细胞水平上同时检测多种表观遗传标记的组合，同时保持基因组的三维空间结构 | 技术仍处于开发阶段，尚未在大规模样本中验证 | 研究单细胞中表观遗传标记组合的三维空间分布及其与染色质构象的关系 | 海马体组织切片中的单细胞 | 空间组学 | NA | 表观遗传邻近杂交反应(Epi-PHR)，染色质追踪 | NA | 成像数据，空间表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞空间表观遗传分析 | Epi-PHR | 表观遗传邻近杂交反应技术，能够检测数百个单基因靶点的表观遗传标记组合 |
| 94 | 2025-10-05 |
RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases (IRDs)
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.653722
PMID:40661613
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研究论文 | 开发了用于遗传性视网膜疾病的综合基因图谱RetiGene | 整合了变异数据、bulk和单细胞RNA测序数据及功能注释的专家策划基因图谱 | NA | 解决遗传性视网膜疾病基因目录不完整和更新不及时的问题 | 遗传性视网膜疾病相关基因 | 生物信息学 | 遗传性视网膜疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 功能注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2025-10-05 |
Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.21.660851
PMID:40667360
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研究论文 | 本研究通过整合多重循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学技术，探索早期皮肤黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和空间异质性的决定因素 | 首次在早期黑色素瘤中系统揭示肿瘤可塑性和空间异质性的微环境决定因素，展示了从单个癌症到微区域再到单细胞水平的多尺度变异性 | 研究样本仅限于早期原发性皮肤黑色素瘤，对其他类型或晚期黑色素瘤的适用性有待验证 | 识别与早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭相关的空间决定因素 | 早期原发性皮肤黑色素瘤组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 循环免疫荧光成像, 空间转录组学, 传统组织学 | NA | 图像, 空间转录组数据, 组织学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 96 | 2025-10-06 |
[Application progress of single-cell RNA sequencing technology in breast development and related diseases]
2025-Jun-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺发育及相关疾病研究中的应用进展 | 利用高分辨率的scRNA-seq技术解析乳腺细胞异质性，构建高精度细胞图谱并揭示细胞命运决定的转录调控网络 | NA | 揭示乳腺发育及相关疾病的分子机制 | 乳腺细胞亚群及其在生理发育和病理进程中的调控机制 | 单细胞测序技术 | 乳腺癌、巨乳症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间组学 | NA | 单细胞转录组数据、多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间组学 | NA | NA |
| 97 | 2025-10-06 |
Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction
2025-Jun-10, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004
PMID:40449485
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研究论文 | 本研究通过筛选单克隆抗体库并分析Fc变体，揭示了抗体Fab和Fc区域在结核分枝杆菌限制中的协同作用机制 | 首次通过Fc变体分析证实Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的作用，并利用单细胞转录组学发现中性粒细胞早期激活是抗体介导限制的关键特征 | 研究主要在小鼠模型中进行，人类临床应用的转化潜力仍需验证 | 探究抗体介导结核分枝杆菌限制的分子机制 | 结核分枝杆菌和特异性单克隆抗体 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞转录组学、单克隆抗体筛选、Fc变体工程 | NA | 基因表达数据、体内感染实验数据 | 小鼠模型及单克隆抗体库 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 98 | 2025-10-05 |
Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.18.629263
PMID:40661514
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞类型的转录相互作用，揭示存在预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群 | 发现狂犬病毒基因表达受宿主细胞类型影响，并鉴定出一个罕见的促病毒星形胶质细胞亚群，该亚群在先天免疫信号解除抑制后病毒转录反而增加 | 研究基于人类脑细胞共培养系统，可能与体内真实情况存在差异 | 研究病毒-宿主细胞相互作用和先天免疫拮抗如何影响狂犬病毒在不同脑细胞类型中的感染动态 | 人类脑细胞共培养系统中的不同脑细胞类型 | 单细胞生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类脑细胞共培养样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2025-10-05 |
The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799
PMID:40482033
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现糖酵解反应PGAM抑制Th17细胞的致病性及其依赖性自身免疫 | 首次揭示PGAM酶作为糖酵解通路中的负向调节因子抑制Th17细胞致病性分化，与传统认知中糖酵解促进效应细胞功能相反 | 研究主要基于计算预测和体外实验验证，在人体中的生理相关性需进一步确认 | 探究糖酵解反应如何调控Th17细胞的致病性分化 | T辅助17细胞(Th17细胞) | 单细胞转录组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | Compass算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2025-10-05 |
Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders
2025-Jun-06, Journal of the American Statistical Association
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/01621459.2025.2485379
PMID:40964623
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研究论文 | 提出一种在存在未测量混杂因素的情况下进行广义线性模型大规模假设检验的统一框架 | 利用正交结构和线性投影开发了三阶段估计与推断框架，能够在任意混杂机制下有效控制错误发现率 | 需要样本量和响应尺寸趋于无穷大才能保证渐近检验的有效性 | 解决基因组研究中存在未测量混杂因素时的大规模假设检验问题 | 广义线性模型中的多元假设检验 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型, Lasso | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |