单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-03	Spatial and genomic profiling of residual breast cancer after neoadjuvant chemotherapy unveil divergent fates for each breast cancer subtype 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102164 PMID:40482645	研究论文	通过单细胞空间转录组学和基因组分析，研究乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征	揭示了不同乳腺癌亚型在新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征，以及这些特征如何影响预后	研究仅针对乳腺癌，未涉及其他癌症类型	探索乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征及其对预后的影响	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞空间转录组学、基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
82	2025-07-03	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188 PMID:40499545	研究论文	通过多组学分析揭示食管腺癌的肿瘤微环境特征、恶性细胞程序及其与临床结果的关系	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，同时预测了这些细胞与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在更大规模的队列中进行验证	理解食管腺癌的异质性、疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
83	2025-07-03	Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet syndrome 2025-Jun-16, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029 PMID:40516577	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示了Sweet综合征皮肤中的干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，阐明了该疾病中中性粒细胞浸润的分子机制	首次在Sweet综合征皮肤中鉴定出显著的干扰素特征，并发现位置不同的干扰素激活成纤维细胞亚群在疾病发病机制中的作用	研究样本来自存档的临床皮肤样本，可能影响细胞活性分析；样本量未明确说明	明确Sweet综合征患者皮肤的细胞和分子特征	Sweet综合征患者、坏疽性脓皮症患者和健康对照者的皮肤样本	皮肤病理学	Sweet综合征	单细胞转录组学、批量转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
84	2025-07-03	EZH2 inhibition and 5-azacytidine enhance antitumor immunity in PTEN-deficient glioblastoma by activation viral mimicry response 2025-Jun-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011650 PMID:40514071	研究论文	本研究探讨了PTEN缺陷型胶质母细胞瘤(GBM)中EZH2抑制和5-氮杂胞苷通过激活病毒模拟反应增强抗肿瘤免疫的机制	首次揭示了PTEN缺陷通过ERV-MAVS-IFN通路失调抑制I型干扰素反应的机制，并开发了EZH2i联合5-AZA的新型联合疗法	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索PTEN缺陷型GBM免疫逃逸机制并开发新型免疫治疗策略	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、表观遗传调控分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量
85	2025-07-03	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jun-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的新功能，填补了该领域的研究空白	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型
86	2025-07-03	A single-cell RNA-seq dataset of synovial fluid from rheumatoid arthritis treated with TNF-α/JAK inhibitor 2025-Jun-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05339-4 PMID:40494845	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了类风湿关节炎患者在接受TNF-α/JAK抑制剂治疗前后的滑液样本	首次对TNF-α和JAK抑制剂在类风湿关节炎治疗中的单细胞水平影响进行了全面分析，并提供了治疗前后的配对比较数据	研究仅关注滑液样本，未涉及滑膜组织等其他可能相关的组织类型	探索TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎的治疗机制，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的滑液样本	数字病理学	类风湿关节炎	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	100,387个高质量细胞
87	2025-07-03	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013090 PMID:40549685	研究论文	介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于从单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中准确识别克隆信息性线粒体突变并推断进化谱系	开发了MitoTracer算法，能够自动识别信息性线粒体突变，用于精确的谱系重建，并在性能上优于现有方法	未提及具体的技术限制或样本量的局限性	开发一种工具来捕获真实的线粒体突变信息并追踪细胞间的谱系关系	单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中的线粒体突变	生物信息学	癌症	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	未明确提及具体样本量
88	2025-07-03	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2025-Jun, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003204 PMID:40550000	研究论文	本研究通过先进成像技术和转录组分析，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞（MNGCs）的独特免疫和降解相关分子特征	首次系统描述了卵巢衰老过程中MNGCs的分子特征及其与免疫细胞的相互作用	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析	探究卵巢衰老过程中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢组织	生殖生物学	卵巢衰老	激光捕获显微切割、转录组分析、先进成像技术	NA	图像数据、转录组数据	跨年龄和跨物种的卵巢组织样本
89	2025-07-03	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2025-Jun, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003193 PMID:40554460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了小鼠卵巢排卵过程的时空动态图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了排卵过程的精确时间窗口，并鉴定了排卵依赖性细胞状态的基因标记	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析排卵过程的时空动态变化	小鼠卵巢细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学	NA	单细胞转录组数据，空间转录组数据	配对小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
90	2025-07-03	A benchmarking study of copy number variation inference methods using single-cell RNA-sequencing data 2025-Jun, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbaf011 PMID:40584741	研究论文	本研究通过基准测试评估了五种单细胞RNA测序数据中拷贝数变异推断方法的性能	首次系统地比较了五种scCNV推断方法在不同单细胞RNA测序平台上的表现，并提供了方法选择的指导	研究仅评估了五种方法，可能未涵盖所有现有方法；临床样本数量有限	评估和比较单细胞RNA测序数据中拷贝数变异推断方法的性能	五种scCNV推断方法（HoneyBADGER, CopyKAT, CaSpER, inferCNV, sciCNV）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	来自多中心研究的混合样本（5种人肺腺癌细胞系）和小细胞肺癌患者的测序组织
91	2025-07-03	Differential cellular communication inference framework for large-scale single-cell RNA-sequencing data 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf084 PMID:40585304	研究论文	提出一个可推广的计算框架scSeqCommDiff，用于从大规模单细胞转录组数据中推断和分析两种实验条件下的差异细胞通讯	开发了一个统计和基于网络的计算方法，用于快速且内存高效地表征改变的细胞间通讯，并提供了一个用户友好的Shiny应用CClens以促进交互式分析	现有方法在分析不同实验设计的灵活性和结果可视化方面普遍存在不足	研究细胞间通讯在不同实验条件下的变化	大规模单细胞转录组数据	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞转录组测序	统计和网络模型	单细胞RNA测序数据	大规模数据集（包括细胞图谱）和单核转录组数据集
92	2025-07-02	Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis 2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae292 PMID:39694817	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的多样性及其在炎症和纤维化中的作用	首次在ANCA相关性肾小球肾炎中鉴定出四种主要巨噬细胞亚群，包括经典单核细胞来源的巨噬细胞和SPP1脂质相关巨噬细胞，并揭示了它们在炎症和纤维化中的不同作用	样本量较小（仅5名AGN患者），且未探讨这些巨噬细胞亚群在其他肾脏疾病中的普遍性	探究ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的多样性及其在疾病进展中的作用机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者的肾脏CD45+免疫细胞	免疫学	ANCA相关性肾小球肾炎	单细胞转录组分析，免疫染色，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据，流式细胞数据	5名活动期AGN患者，1名狼疮性肾炎患者和1名肾切除对照的25,485个新鲜肾脏CD45+免疫细胞
93	2025-07-02	Identification of key genes and development of an identifying machine learning model for sepsis 2025-Jun-30, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02068-7 PMID:40583108	研究论文	本研究旨在通过整合多器官单细胞RNA测序和机器学习，识别脓毒症的关键基因并构建脓毒症识别模型	结合多器官scRNA-seq数据和机器学习方法识别脓毒症关键基因并构建高精度识别模型	需要进一步研究验证发现的关键基因和模型	脓毒症关键基因识别和诊断模型开发	脓毒症小鼠心脏和肺组织样本	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)	基因表达数据	5个GEO数据集(GSE207363, GSE207651, GSE185263, GSE69063, GSE134347)
94	2025-07-02	Tracing and Capturing the Epiblast Pluripotency of Sheep Preimplantation Embryos 2025-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417764 PMID:40586282	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析羊的植入前胚胎，捕获了不同多能性状态的干细胞，并建立了羊的形成性和原始多能性干细胞系	首次在羊模型中建立了能够维持超过100代并分化为三个胚层的形成性和原始多能性干细胞系，并揭示了不同物种间早期胚胎发育的保守性和差异性	研究主要聚焦于羊模型，可能不完全适用于其他物种	研究羊植入前胚胎的多能性变化及其调控机制	羊的植入前胚胎（E1至E14）	再生医学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	羊植入前胚胎（具体数量未明确说明）
95	2025-07-02	A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis 2025-Jun-30, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00849-25 PMID:40586608	研究论文	利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病反应的图谱，揭示免疫细胞间的相互作用和新型抗菌蛋白家族	首次应用10× Visium空间转录组学技术，在口腔念珠菌病模型中高分辨率映射宿主微环境，发现2型免疫反应和M2巨噬细胞在维持组织稳态中的作用，以及血小板脱颗粒在疾病消退中的预测作用，并鉴定出一类新型富含脯氨酸的小抗菌蛋白家族	研究基于小鼠模型，结果向人类转化需要进一步验证	探究口腔念珠菌病感染微环境中免疫反应的平衡机制	小鼠口腔念珠菌病模型中的舌组织	空间转录组学	口腔念珠菌病	10× Visium Spatial Transcriptomics	NA	空间转录组数据	NA
96	2025-07-02	Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis 2025-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417843 PMID:40586758	研究论文	通过整合转录组和代谢组学分析，揭示MYC作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点	首次结合非靶向代谢组学和单细胞RNA测序技术，发现MYC在调控糖酵解和T细胞反应中的核心作用，并提出其作为治疗靶点	研究样本量有限，且动物模型(EAU小鼠)与人类疾病存在潜在差异	探索贝赫切特葡萄膜炎的疾病特异性代谢改变及治疗靶点	贝赫切特葡萄膜炎患者和健康对照者的代谢组与转录组数据，以及实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	生物医学研究	贝赫切特葡萄膜炎	非靶向代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	代谢组数据、转录组数据	贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照者(具体数量未明确)，以及EAU小鼠模型
97	2025-07-02	TRAF3IP2-AS1 Deficiency Induces Necroptosis to Promote Pancreatic Cancer Liver Metastasis 2025-Jun-30, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4784 PMID:40586914	研究论文	研究发现lncRNA TRAF3IP2-AS1的缺失通过诱导坏死性凋亡促进胰腺癌肝转移	首次揭示TRAF3IP2-AS1通过调节坏死性凋亡和免疫抑制微环境在胰腺癌肝转移中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有待进一步开展	探究胰腺癌肝转移的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、3D体外模型	患者来源类器官模型、TGFβ1条件性敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫荧光图像	PDAC患者样本和动物模型
98	2025-07-02	Pan-cancer analysis of enhancer-induced MIR17HG and validation as a SIRT1-promoting factor in colorectal cancer 2025-Jun-30, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02841-y PMID:40586938	研究论文	本研究通过泛癌分析探讨了MIR17HG在恶性肿瘤中的作用，并验证了其在结直肠癌中作为SIRT1促进因子的功能	发现HSF1介导的增强子活性是MIR17HG过表达的新驱动因素，促进SIRT1依赖的结直肠癌进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏更深入的体内机制验证	探究MIR17HG在多种癌症中的致癌作用及其在结直肠癌中的调控机制	MIR17HG基因及其在23种肿瘤类型中的表达模式	癌症基因组学	结直肠癌	生物信息学分析、单细胞测序数据分析、敏感性分析、虚拟筛选	NA	基因表达数据、临床样本数据、小鼠样本数据	23种肿瘤类型的表达数据及临床和小鼠样本
99	2025-07-02	Autophagy-related biomarkers in non-obstructive azoospermia: insights from transcriptomics and single-cell sequencing 2025-Jun-30, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03559-6 PMID:40587077	研究论文	通过转录组学和单细胞测序技术，筛选出与非梗阻性无精子症相关的自噬相关生物标志物	首次结合差异表达分析、WGCNA和机器学习算法，鉴定出四个自噬相关基因作为NOA的生物标志物，并通过单细胞水平分析揭示了这些基因的表达模式	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索自噬相关基因在非梗阻性无精子症中的作用及其作为诊断工具和治疗靶点的潜力	非梗阻性无精子症患者	生物信息学	男性不育症	转录组测序、单细胞测序、RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	多个公共数据集（GSE9210和GSE145467）
100	2025-07-02	Isolation of mitochondrial mutation-specific T cell receptors 2025-Jun-30, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf139 PMID:40587813	研究论文	该研究成功分离出针对线粒体突变的特异性T细胞受体（TCRs），并验证了其在癌症免疫治疗中的潜在应用	首次报道了肿瘤线粒体DNA突变特异性TCRs的分离，并证明线粒体突变可作为新抗原来源	研究中存在一些生物学障碍需要克服，且样本量相对较小	探索线粒体DNA突变作为新抗原来源的可能性及其在癌症免疫治疗中的应用	肿瘤线粒体DNA突变及其衍生的新抗原	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序、表位预测算法	NA	基因组数据、肽段数据	38种肿瘤类型的3,798个非同义单核苷酸突变，10名HLA-A*0201纯合健康供体