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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-02-25
Human microglia in brain assembloids display region-specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过构建包含人类小胶质细胞的区域特异性脑类器官和组装体,揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的多样性及其对神经元过度兴奋的响应机制 首次在人类脑类器官和组装体中整合小胶质细胞,系统揭示了其区域特异性亚型多样性,并建立了研究神经免疫相互作用的先进平台 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内复杂环境;样本规模相对有限 探究人类大脑不同区域小胶质细胞的特性及其在神经回路发育和功能中的作用 人类小胶质细胞、区域特异性脑类器官(皮质、纹状体、中脑)以及中脑-纹状体组装体 神经科学 自闭症 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、钙成像、化学遗传学 脑类器官模型、组装体模型 单细胞转录组数据、钙信号数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
82 2026-02-21
Molecular mechanism of PANoptosis and programmed cell death in neurological diseases
2025-06-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1
综述 本文系统解析了PANoptosis的分子机制及其在神经系统疾病中的作用,并提出了靶向治疗框架 首次系统综述了PANoptosis作为炎症性程序性细胞死亡在神经疾病中的分子机制与治疗潜力 NA 阐明PANoptosis在神经系统疾病中的分子机制并开发精准治疗策略 神经系统疾病中的程序性细胞死亡通路 NA 神经系统疾病 单细胞转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
83 2026-02-18
A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了一种多步骤基因工程小鼠模型,用于模拟葡萄膜黑色素瘤的进展,并揭示其表型可塑性 该模型首次结合了时空控制的GNAQ突变、BAP1缺失和MYC激活,成功模拟了人类葡萄膜黑色素瘤的进展和免疫微环境 模型可能无法完全捕捉人类疾病的所有复杂性,且单细胞测序样本量有限 研究葡萄膜黑色素瘤的生物学机制、驱动基因功能及免疫治疗策略 基因工程小鼠模型中的葡萄膜黑色素瘤肿瘤细胞及其微环境 数字病理学 葡萄膜黑色素瘤 单细胞RNA测序 基因工程小鼠模型 基因表达数据 未明确指定,但涉及小鼠模型中的肿瘤样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
84 2026-02-15
scSCC: A swapped contrastive learning-based clustering method for single-cell gene expression data
2025-Jun, Quantitative biology (Beijing, China)
研究论文 本文提出了一种基于交换对比学习的单细胞基因表达数据聚类方法scSCC,通过结合实例对比学习和交换预测模块来提取适合聚类的细胞表示 scSCC创新性地结合了实例对比学习模块和交换预测模块,通过聚类原型向潜在空间注入聚类信号,使同一簇的细胞向共同原型聚集,从而增强聚类友好性 NA 开发一种新的单细胞RNA-seq数据聚类算法以提高细胞类型解密的准确性 单细胞基因表达数据 机器学习 NA 单细胞RNA-seq 对比学习 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
85 2026-02-15
Bioinformatics perspectives on transcriptomics: A comprehensive review of bulk and single-cell RNA sequencing analyses
2025-Jun, Quantitative biology (Beijing, China)
综述 本文系统比较了bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq的计算分析流程,包括其基本原理、应用、优势与局限性,并展望了转录组研究的未来方向 提供了bulk RNA-seq与scRNA-seq技术的全面系统比较,强调了计算工具、机器学习及NGS平台在转录组研究中的整合应用 作为综述文章,未涉及原始实验数据或具体案例分析,主要基于现有文献进行总结 全面理解bulk RNA-seq和scRNA-seq技术,包括其优势、局限性和计算考量,以推动转录组研究的发展 转录组(RNA分子集合)及其在生理过程中的调控作用 生物信息学 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA RNA序列数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
86 2026-02-14
Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages
2025-Jun-19, Research square
研究论文 本研究开发了一种包含卵巢癌细胞、间充质干细胞和巨噬细胞的异质三组分肿瘤球模型,用于模拟高级别浆液性卵巢癌的临床相关表型 首次构建了包含三种关键细胞成分的异质肿瘤球模型,成功重现了HGSC的化疗耐药、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和上皮-间质转化等关键表型 模型中使用的是细胞系而非原代肿瘤细胞,且仅包含三种细胞类型,可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中不同细胞成分的相互作用及其对疾病表型的影响 高级别浆液性卵巢癌细胞(OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8)、原代间充质干细胞、U937来源的M2样巨噬细胞 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序、流式细胞术、侵袭实验、迁移实验 3D肿瘤球模型 基因表达数据、细胞表型数据 使用三种卵巢癌细胞系、原代MSCs和U937巨噬细胞构建的肿瘤球模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
87 2026-02-09
Maintenance of chronic neuroinflammation in multiple sclerosis via interferon signaling and CD8 T cell-mediated cytotoxicity
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体测序,揭示了多发性硬化症中慢性神经炎症的维持机制,特别是干扰素信号和CD8 T细胞介导的细胞毒性作用 首次将放射学特征(PRL)与单细胞水平的免疫特征相关联,揭示了B细胞耗竭治疗后仍持续的CD8 T细胞介导的神经炎症机制,并提名了潜在治疗靶点 样本量相对有限(34名MS患者),且研究主要关注白质病变,未全面评估灰质或整个中枢神经系统的炎症情况 探究多发性硬化症中慢性神经炎症的分子和细胞机制,并寻找疾病进展的生物标志物和治疗靶点 多发性硬化症患者的脑脊液和血液免疫细胞,重点关注慢性活动性白质病变(CAL/PRL)相关的免疫特征 数字病理学 多发性硬化症 单细胞转录组测序(scRNAseq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)、蛋白质组学、流式细胞术 NA 单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 34名经放射学特征表征的多发性硬化症成人患者(17名未治疗,6名接受B细胞耗竭治疗)和5名健康对照 NA 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 NA NA
88 2026-02-05
Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组和染色质可及性分析,揭示了小鼠跟腱成熟过程中肌腱干细胞/祖细胞的分子特征,并鉴定了新的表面抗原标记物CD55和CD248 首次结合单细胞RNA测序与单核RNA及ATAC测序分析,识别出CD55和CD248作为TSPCs的新表面抗原标记物,并验证了其功能特性 研究仅基于小鼠模型,样本量有限(2周和6周龄),且未在人类组织或更广泛的年龄范围进行验证 探索肌腱干细胞/祖细胞的分子特征,以改善肌腱损伤后的功能恢复 小鼠跟腱细胞,特别是肌腱干细胞/祖细胞 单细胞组学 肌腱和韧带损伤 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, ATAC测序 NA 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 2周和6周龄小鼠的跟腱细胞 NA 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, ATAC-seq NA NA
89 2026-01-30
Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment
2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 本研究探讨了先锋因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制替代谱系承诺,从而保护内皮细胞规格化的机制 揭示了ETV2作为先锋因子招募抑制因子REST来抑制非内皮谱系基因的创新机制,提供了单细胞分辨率下的内皮细胞规格化分子分析 未明确提及具体样本数量或实验重复次数,可能限制结果的普适性 研究ETV2过表达在人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞中高效指定内皮细胞的机制 人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞和内皮细胞分化过程 发育生物学与再生医学 NA CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq NA 单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
90 2026-01-27
DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue
2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文介绍了一种名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型,用于基于bulk RNA-seq数据估计恶性细胞分数的预测区间 DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到恶性细胞分数预测中,利用单细胞RNA测序数据和保形化分位数回归生成可靠的预测区间 未明确提及具体局限性,但可能依赖于scRNA-seq数据的质量和可用性 开发一种能够量化预测不确定性的恶性细胞分数估计方法,以改进癌症诊断、预后和治疗决策 癌症组织中的恶性细胞分数 机器学习 癌症 bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 深度神经网络, 分位数回归神经网络 基因表达数据 模拟和真实癌症数据集,具体数量未明确 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
91 2026-01-26
Aberrant single-cell phenotype and clinical implications of genotypically defined polyclonal plasma cells in myeloma
2025-Jun-26, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和B细胞受体分析,探讨了多发性骨髓瘤中基因型定义的多克隆浆细胞的异常表型及其临床意义 首次在单细胞水平上基因型识别多克隆浆细胞,并揭示其在疾病进展中的频率变化、表型异常以及与肿瘤微环境的相互作用失调 样本量相对有限(46例患者样本和21例健康供体),且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证 研究多发性骨髓瘤中残留多克隆浆细胞是否被破坏,及其对疾病病理和临床结局的影响 多发性骨髓瘤患者和健康供体的浆细胞,包括克隆性和多克隆性浆细胞 单细胞组学 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序,单细胞B细胞受体分析 NA 单细胞转录组数据,B细胞受体序列数据 46例浆细胞异常样本和21例健康供体,共分析234,789个浆细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
92 2026-01-26
NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance
2025-Jun-12, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究揭示了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)发生和维持中的关键作用 首次系统阐明NOTCH1二聚体信号通过HES4转录因子调控Δ133p53亚型和BCL2L1表达,促进白血病细胞存活的新机制 研究主要基于体外模型和患者来源异种移植模型,临床转化效果需进一步验证 探究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发病机制中的具体作用 人类造血干细胞/祖细胞、T-ALL细胞系、原发性T-ALL样本 肿瘤生物学 T细胞急性淋巴细胞白血病 RNA测序、染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、表观遗传数据、单细胞转录组数据 脐带血来源的造血干细胞/祖细胞、患者来源异种移植模型、原发性T-ALL样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
93 2026-01-24
WISP2/CCN5 revealed as a potential diagnostic biomarker for endometriosis based on machine learning and single-cell transcriptomic analysis
2025-Jun-19, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 本研究通过机器学习算法和单细胞转录组分析,揭示了WISP2/CCN5作为子宫内膜异位症潜在诊断生物标志物的可能性 首次结合机器学习与单细胞转录组学技术,识别并验证了WISP2/CCN5在子宫内膜异位症诊断中的潜在生物标志物作用,并探索了其表达调控机制 未明确说明样本的具体数量或来源,且研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证的详细描述 开发子宫内膜异位症的非侵入性诊断生物标志物,以缩短诊断延迟并实现早期筛查 子宫内膜组织(包括正常、在位和异位子宫内膜) 机器学习 子宫内膜异位症 单细胞转录组测序 机器学习算法(具体未指定,但使用了三种算法) 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
94 2026-01-24
Integrated muti-omics data and machine learning reveal CD151 as a key biomarker inducing chemoresistance in metabolic syndrome-related early-onset left-sided colorectal cancer
2025-Jun-09, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了CD151是代谢综合征相关的早发性左侧结直肠癌中诱导化疗耐药的关键生物标志物 首次将代谢综合征与早发性左侧结直肠癌联系起来,并利用机器学习算法从多组学数据中识别出CD151作为关键生物标志物,揭示了其在基质重塑和化疗耐药中的作用 研究主要基于院内队列和生物信息学分析,虽然进行了体外实验验证,但缺乏大规模前瞻性临床队列的验证 识别和表征与代谢综合征相关的早发性左侧结直肠癌进展和治疗反应相关的关键生物标志物 早发性左侧结直肠癌患者,特别是与代谢综合征相关的亚型 机器学习 结直肠癌 单细胞RNA测序,定量实时PCR,Western blotting,免疫组织化学染色,分子对接 随机森林,支持向量机-递归特征消除 多组学数据,基因表达数据,单细胞RNA测序数据 院内队列的早发性结直肠癌患者(具体数量未在摘要中明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
95 2026-01-24
Analyzing the potential targets and mechanism of per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) on breast cancer by integrating network toxicology, single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and molecular simulation
2025-Jun-04, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 本研究通过整合网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟,分析了PFAS对乳腺癌的潜在靶点和作用机制 首次将网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟相结合,系统揭示PFAS在乳腺癌发展中的分子机制,并识别了六个核心基因 研究主要基于计算和模拟方法,缺乏体内或体外实验验证,且PFAS的具体暴露剂量和长期效应未详细探讨 探究PFAS如何促进乳腺癌发展的分子机制,以评估环境污染物在癌症风险中的作用 PFAS(特别是PFOA和PFOS)及其对乳腺癌的影响 计算生物学 乳腺癌 网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学、分子模拟 蛋白质-蛋白质相互作用网络、分子模拟模型 基因表达数据、空间转录组数据、分子结构数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
96 2026-01-14
Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞功能和成骨分化中的关键作用 首次发现SLC6A6表达在MSCs中富集,并证明牛磺酸摄取通过Wnt/β-catenin信号通路和氧化磷酸化调节MSC的维持和成骨命运决定 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类MSCs数据有限,且未深入探讨牛磺酸在其他细胞类型中的间接效应 探究牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞功能和骨组织发育中的作用机制 小鼠和人类原代间充质基质细胞,以及TauT基因敲除小鼠模型 单细胞转录组学 骨骼疾病 单细胞RNA测序,RNA测序,shRNA敲低 遗传功能丧失模型 单细胞RNA测序数据,RNA测序数据 小鼠非免疫骨和骨髓单细胞RNA测序数据集,原代人类MSCs NA 单细胞RNA测序 NA NA
97 2026-01-12
Spatial Transcriptomics in Lung Cancer and Pulmonary Diseases: A Comprehensive Review
2025-Jun-09, Cancers IF:4.5Q1
综述 本文全面综述了空间转录组学在肺癌及其他肺部疾病研究中的应用与进展 系统总结了空间转录组学如何揭示传统测序方法无法捕获的肺部组织空间基因表达模式、局部免疫微环境、疾病相关转录“热点”以及药物在组织内的作用位点信息 作为一篇综述文章,未提出新的实验数据或分析方法,主要基于现有文献进行归纳总结 阐述空间转录组学技术在呼吸系统疾病研究中的新兴作用及其临床应用潜力 肺癌、慢性阻塞性肺疾病、哮喘、特发性肺纤维化等肺部疾病 空间转录组学 肺癌 空间转录组学 NA 空间基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
98 2026-01-11
IDENTIFICATION OF DISEASE-SPECIFIC VULNERABILITY STATES AT THE SINGLE-CELL LEVEL
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过整合单细胞转录组数据和CRISPR功能缺失筛选,识别了胶质母细胞瘤中的三种单细胞脆弱性状态,并评估了它们对癌症药物的敏感性 开发了一种新颖的计算流程,首次在单细胞水平上整合CRISPR筛选数据和scRNA-seq数据来识别肿瘤内的脆弱性状态,为患者分层和药物发现提供了新策略 研究主要基于体外细胞系数据,可能无法完全反映体内肿瘤微环境的复杂性;样本量相对有限(49个肿瘤) 识别胶质母细胞瘤中的疾病特异性脆弱性状态,以指导靶向治疗和患者分层 胶质母细胞瘤肿瘤细胞 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序,空间转录组学,CRISPR功能缺失筛选 迭代层次聚类 转录组数据 49个胶质母细胞瘤肿瘤 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
99 2026-01-09
Spatial Transcriptomics Analysis Uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje Cells Underlying Alcohol-induced Cerebellar Vulnerability in Mice
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过构建小脑浦肯野细胞特异性MANF敲除小鼠模型,结合空间转录组学分析,揭示了MANF缺失通过性别特异性方式加剧酒精诱导的内质网应激,从而导致小脑浦肯野细胞易损性的机制 首次在浦肯野细胞特异性MANF敲除模型中揭示性别差异的酒精神经毒性机制,并应用空间转录组学技术解析细胞类型特异性转录组变化 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;机制研究尚未完全阐明MANF调控ER应激的具体分子通路 探究MANF在保护小脑浦肯野细胞免受酒精诱导内质网应激和神经退行性变中的作用 小脑浦肯野细胞特异性MANF敲除小鼠 空间转录组学 酒精性神经毒性 空间转录组学,高通量原位分析,行为学测试 基因敲除小鼠模型 空间转录组数据,行为数据,免疫组化数据 PC特异性MANF敲除小鼠(性别分组:雌性和雄性) NA 空间转录组学 NA NA
100 2026-01-09
Understanding Enzalutamide-Resistance Based on a Functional Single-Cell Approach
2025-Jun, The Prostate
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验,揭示了前列腺癌细胞中AR低表达亚群在恩杂鲁胺耐药性中的关键作用 首次在单细胞水平上结合转录组学和功能验证,提出恩杂鲁胺耐药性的克隆选择与扩增模型,并发现治疗前AR低表达亚群是耐药性的来源 研究主要基于细胞系和异种移植模型,未涉及患者样本,且耐药机制可能受其他因素影响 探究恩杂鲁胺耐药性的机制,以理解前列腺癌从雄激素依赖性向去势抵抗性转变的过程 前列腺癌细胞系LNCaP及其亚群,包括AR高表达和AR低表达细胞 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序,单细胞/克隆培养,异种移植模型,单核RNA测序 NA RNA测序数据,基因表达数据 LNCaP细胞系及其亚群,未指定具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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