单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-24	Serum amyloid A1-induced intrahepatic regulatory T-cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001419 PMID:40489740	研究论文	本研究探讨了自身免疫性肝炎（AIH）中调节性T细胞（Tregs）的功能障碍及其与血清淀粉样蛋白A1（SAA1）的关系	揭示了AIH中肝内Tregs功能受损的机制，并发现SAA1通过toll样受体2影响Tregs功能，提出了针对SAA1的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AIH患者中进行验证	探究AIH中Tregs功能障碍的机制及潜在治疗靶点	自身免疫性肝炎（AIH）小鼠模型中的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、AAV8介导的基因治疗	FoxP3-DTR/eGFP小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用AIH小鼠模型进行研究
82	2025-07-24	Deficient FANCL Predisposes Endothelial Damage: A New Therapeutic Target for Pulmonary Hypertension 2025-Jun-06, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202408-1655OC PMID:40479584	research paper	该研究探讨了FANCL缺陷如何促进肺动脉高压（PAH）的发展，并提出靶向修复FANCL作为治疗PAH的新策略	首次揭示了FANCL缺陷在PAH发病机制中的关键作用，并通过基因补充和药物干预验证了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	阐明FA通路、DNA损伤与PAH之间的相互作用机制	FANCL基因缺陷小鼠模型、PAH患者肺标本和肺动脉内皮细胞、野生成和Fanclkf/kf小鼠的原代培养肺微血管内皮细胞	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、腺相关病毒介导的基因过表达	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	临床样本（PAH患者肺标本和PAECs）、小鼠模型和体外培养细胞
83	2025-07-24	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	应用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道壁的细胞生态系统及其相互作用	首次揭示了健康和哮喘气道壁中促炎性细胞生态系统的空间分布及其相互作用机制	研究样本可能不足以代表所有哮喘亚型，且未探讨其他呼吸道疾病中的类似现象	解析气道壁细胞的空间分布及其在健康和哮喘状态下的相互作用	健康和哮喘患者的气道壁细胞	单细胞空间转录组学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	健康和哮喘患者的气道壁样本
84	2025-07-24	Single-cell transcriptome analyses reveal the mechanism of mitochondrial activity in erectile dysfunction 2025-Jun, Sexual medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1093/sexmed/qfaf049 PMID:40689149	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了线粒体功能在勃起功能障碍（ED）中的机制	首次在单细胞水平上系统性地描述了ED的细胞异质性，并识别了与ED相关的线粒体基因和功能通路	样本代表性有限且缺乏直接实验验证	探究线粒体功能对勃起功能障碍细胞异质性的影响	勃起功能障碍患者的组织样本	单细胞转录组学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	64,993个高质量细胞
85	2025-07-23	Isolation of mitochondrial mutation-specific T cell receptors 2025-Jun-30, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf139 PMID:40587813	研究论文	本研究成功分离出针对线粒体突变的特异性T细胞受体（TCRs），为癌症免疫治疗提供了新的潜在靶点	首次报道了针对肿瘤线粒体DNA突变的特异性TCRs，并验证了其与HLA-A*0201限制性肽段的相互作用	研究中存在一些生物学障碍需要考虑，且样本量相对有限（10名健康供体）	探索肿瘤线粒体DNA突变是否能够产生可被TCRs识别的新抗原	肿瘤线粒体DNA突变及其衍生的新抗原	癌症免疫治疗	多种癌症（涉及38种肿瘤类型）	单细胞测序、表位预测算法	NA	基因组数据、肽段数据	10名HLA-A*0201纯合健康供体，涉及3,798个非同义单核苷酸突变
86	2025-07-23	Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma and ganglioglioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations 2025-Jun-30, Brain pathology (Zurich, Switzerland) DOI:10.1111/bpa.70023 PMID:40588233	研究论文	通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析，研究儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境及其与BRAF突变的关系	首次结合多种高通量技术揭示儿童低级别胶质瘤的肿瘤微环境异质性，并发现不同BRAF突变亚型的免疫原性差异	样本量有限，需要进一步扩大研究验证发现	深入理解儿童低级别胶质瘤的生物学特性以开发更有效的治疗方法	儿童低级别胶质瘤（pLGG）中的毛细胞型星形细胞瘤（PA）和神经节胶质瘤（GG）	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, 细胞因子分析	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种肿瘤样本分析
87	2025-07-23	Iterative transcription factor screening enables rapid generation of microglia-like cells from human iPSC 2025-Jun-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59596-3 PMID:40494892	研究论文	本文报道了一种迭代、高通量的单细胞转录因子筛选方法，用于识别特殊细胞分化所需的转录因子组合，并以人类小胶质样细胞为例进行验证	提出了一种新的迭代高通量单细胞转录因子筛选方法，能够快速识别复杂转录因子组合，并开发了一种新的计算方法用于构建因果基因调控网络	该方法目前仅在人类小胶质样细胞中得到验证，需要进一步在其他细胞类型中测试	开发一种高效的方法来识别特殊细胞分化所需的转录因子组合	人类诱导多能干细胞(iPSC)和小胶质样细胞	细胞生物学	NA	高通量单细胞转录因子筛选、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
88	2025-07-23	Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells 2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619991 PMID:39484401	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和单核RNA及ATAC测序分析，揭示了小鼠跟腱成熟过程中肌腱干细胞/祖细胞（TSPCs）的分子特征	鉴定出CD55和CD248作为TSPCs的新型表面抗原标记物，并揭示了调控这些细胞群的候选上游转录因子	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类组织中进行验证	探索肌腱干细胞/祖细胞的分子特征及其在肌腱修复中的作用	2周和6周龄小鼠的跟腱细胞	分子生物学	肌腱和韧带损伤	单细胞RNA测序、单核RNA测序、ATAC测序	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	2周和6周龄小鼠的跟腱细胞
89	2025-07-23	Single-Cell Analysis of Host Responses in Bovine Milk Somatic Cells (bMSCs) Following HPAIV Bovine H5N1 Influenza Exposure 2025-06-03, Viruses DOI:10.3390/v17060811 PMID:40573402	研究论文	通过单细胞RNA测序分析牛乳体细胞在H5N1流感病毒暴露后的宿主免疫反应	首次在单细胞水平上揭示了牛乳腺对H5N1病毒暴露的免疫反应动态，包括细胞类型变化和细胞因子表达模式	未在单细胞RNA测序数据中观察到病毒reads，免疫反应可能仅由病毒成分暴露引起而非实际感染	理解牛乳腺对H5N1病毒暴露的宿主免疫反应机制	体外暴露于H5N1病毒的牛乳体细胞(bMSCs)	免疫学	H5N1禽流感	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	NA	单细胞转录组数据	来自感染农场的H5N1分离株暴露的牛乳体细胞
90	2025-07-23	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的响应模式	首次利用单细胞RNA测序技术定义了晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种响应模式，并揭示了耐药性的主要特征	研究样本量相对有限，且仅针对特定治疗方案	探索晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的分子响应机制	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例晚期肝细胞癌患者的RNA测序样本（317例接受阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗治疗，58例接受索拉非尼治疗）
91	2025-07-23	Redefining macrophage phenotypes after spinal cord injury: An open data approach 2025-Jun, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115222 PMID:40113007	research paper	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据集，重新定义了脊髓损伤后巨噬细胞的表型	采用无偏倚的方法识别脊髓损伤后生物学上保守的巨噬细胞群体，强调了数据共享和开放数据在重新定义巨噬细胞异质性中的价值	研究仅分析了7天后的数据，且样本来自年轻雌性小鼠，可能限制了结果的普遍性	探索脊髓损伤后巨噬细胞的异质性	脊髓损伤后的巨噬细胞	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq	Seurat pipeline, SingleR	基因表达数据	三个独立的scRNA-seq数据集，来自接受中胸段脊髓挫伤的年轻雌性小鼠
92	2025-07-23	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-Jun, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	研究论文	通过单细胞转录组学技术研究疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用	揭示了疟原虫var基因表达的多样性，包括单等位基因表达、多基因同时表达以及低或无表达状态，并发现低表达状态可显著降低抗体对感染细胞的识别	研究仅使用了3D7和IT4两种克隆寄生虫系，可能无法完全代表自然界中的多样性	探究疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在免疫逃避和慢性感染中的作用	恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)的var基因家族	基因组学	疟疾	单细胞转录组学(scRNA-seq)、富集探针和便携式微孔系统	NA	转录组数据	3D7和IT4两种克隆寄生虫系
93	2025-07-22	A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis 2025-Jun-30, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00849-25 PMID:40586608	研究论文	利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病反应的图谱，揭示免疫细胞间的相互作用和新型抗菌蛋白家族	首次应用10× Visium空间转录组学技术，在保持组织空间完整性的同时，高分辨率映射宿主微环境，发现2型免疫反应、M2巨噬细胞和血小板脱颗粒在疾病缓解中的新作用，并鉴定出一类新型富含脯氨酸的抗菌蛋白家族	研究基于小鼠模型，结果向人类转化需进一步验证	探究口腔念珠菌病感染过程中宿主免疫反应的平衡机制	小鼠口腔念珠菌病模型中的舌组织	空间转录组学	口腔念珠菌病	10× Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
94	2025-07-22	Guanylate-Binding Proteins Promote Host Defense Against Leishmania major by Balancing iNOS/Arg-1 in Myeloid Cells 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.26.661809 PMID:40631203	研究论文	该研究探讨了鸟苷酸结合蛋白（GBPs）在皮肤利什曼病（CL）中对宿主防御的作用，特别是在调节iNOS/Arg-1平衡中的重要性	首次详细研究了GBPs在皮肤利什曼病中的免疫调节作用，揭示了其在调节iNOS和Arg-1表达中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究GBPs在皮肤利什曼病宿主防御中的具体作用机制	C57Bl/6小鼠及其骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）	免疫学	皮肤利什曼病	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq	GBPChr3敲除小鼠模型	RNA测序数据	C57Bl/6小鼠及其GBPChr3敲除小鼠的巨噬细胞和单核细胞
95	2025-07-22	A scalable, all-optical method for mapping synaptic connectivity with cell-type specificity 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661552 PMID:40667305	研究论文	本文提出了一种可扩展的全光学方法，用于绘制具有细胞类型特异性的突触连接图谱	利用光学工具和空间转录组学技术，实现了高灵敏度、高通量和细胞类型特异性的长程突触连接检测	该方法目前仅在小鼠运动皮层中进行了验证，尚未在其他脑区或物种中广泛应用	开发一种高通量的光学方法来绘制神经环路中细胞类型特异性的突触连接图谱	小鼠运动皮层中的神经元及其长程突触连接	神经科学	NA	光学成像、空间转录组学	NA	光学信号、基因表达数据	超过1000个运动皮层神经元
96	2025-07-22	Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768 PMID:40232935	研究论文	提出了一种使用SIMS在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型标签转移的深度学习协议	开发了SIMS协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移，提供了数据准备、模型训练和预测解释的详细步骤	未提及	开发一种深度学习协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	SIMS	RNA测序数据	未提及
97	2025-07-22	Identifying condition-related cell-cell communication events using supervised tensor analysis 2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.15.571918 PMID:38168391	研究论文	介绍了一种名为STACCato的监督张量分析工具，用于识别与生物条件相关的细胞间通讯事件	STACCato通过张量回归模型调整混杂因素和细胞间通讯事件的依赖性，提供了更清晰的统计推断	未提及具体的样本量限制或数据类型的局限性	开发一种新方法来识别与生物条件（如疾病状态、组织类型）相关的细胞间通讯事件	细胞间通讯事件	生物信息学	狼疮和自闭症	scRNA-seq	张量回归模型	scRNA-seq数据	NA
98	2025-07-22	Epigenetic Reprogramming of Autophagy Leads to Uncovering a Novel Therapeutic Target for Mutant IDH1 Astrocytomas 2025-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.08.584091 PMID:38559270	研究论文	本文揭示了自噬在mIDH1胶质瘤中的关键作用，并通过阻断该途径在体内外诱导放射敏感性	发现自噬是mIDH1胶质瘤生存的关键途径，并通过抑制自噬增强放射敏感性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化潜力尚需进一步验证	探索mIDH1胶质瘤的治疗新靶点	人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及患者样本	肿瘤学	胶质瘤	RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及患者样本
99	2025-07-22	How single-cell transcriptomics of Hydractinia is informing the evolution of cnidarian sensory systems 2025-Jun-12, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf090 PMID:40504553	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术研究水螅（Hydractinia）的感官系统进化	更新了水螅成虫的单细胞转录组图谱，探索其细胞生物学和细胞类型表达谱，并验证细胞类型特异性标记的空间表达模式	NA	深入了解水螅的细胞生物学及其感官系统的进化	水螅（Hydractinia）的细胞类型和感官细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA敲低、合成RNA过表达	NA	转录组数据	两种水螅物种（H. symbiolongicarpus 和 H. echinata）的实验室克隆系
100	2025-07-22	Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031 PMID:40215978	研究论文	本文揭示了放疗通过上调铜转运蛋白1和消耗线粒体谷胱甘肽诱导铜死亡，并与铜死亡诱导剂协同克服肿瘤放疗抵抗	首次揭示放疗诱导铜死亡的机制，并发现通过靶向铜死亡克服肿瘤放疗抵抗的治疗策略	研究主要基于食管癌，其他癌症类型的适用性尚需验证	探索放疗诱导铜死亡的机制及其在克服肿瘤放疗抵抗中的应用	癌细胞、患者肿瘤样本、细胞系和患者来源的异种移植模型	肿瘤学	食管癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括放疗不敏感的食管癌患者肿瘤样本及细胞系和异种移植模型