单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-04-26	Fibroblasts fluctuating between mesenchyme and epithelium are involved in hair follicle mesenchyme development 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102006 PMID:40271513	研究论文	本研究探讨了间充质和上皮细胞之间的转换在毛囊间充质发育中的作用	揭示了表达特定基因的成纤维细胞在毛囊间充质干细胞发育中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类皮肤中的类似机制尚未验证	阐明间充质-上皮转换在皮肤发育中的精确作用和功能	新生小鼠皮肤	发育生物学	NA	单细胞RNA测序和免疫组织化学分析	NA	基因表达数据和图像数据	小鼠皮肤样本（具体数量未提及）
842	2025-04-25	Molecular mechanism of PANoptosis and programmed cell death in neurological diseases 2025-Jun-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106907 PMID:40204169	综述	本文系统解析了PANoptosis的分子机制及其在神经系统疾病中的作用，并提出了针对PANoptosis的治疗框架	揭示了PANoptosis作为一种新型的程序性细胞死亡方式，整合了焦亡、凋亡和坏死性凋亡的核心分子元件，并在神经炎症性疾病中发挥关键作用	目前关于PANoptosis在神经系统疾病中的具体分子机制仍需进一步研究	探讨PANoptosis的分子机制及其在神经系统疾病中的病理作用，并开发精准调节剂作为新一代治疗方法	PANoptosis及其在神经系统疾病中的作用	分子生物学	神经系统疾病	单细胞转录组学	NA	分子信号数据	NA
843	2025-04-25	CD200-based cell sorting results in homogeneous transplantable striatal neuroblasts for human cell therapy for Huntington's disease 2025-Jun-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106905 PMID:40220917	research paper	该研究通过CD200标记筛选出均质的可移植纹状体神经母细胞，用于亨廷顿病的人类细胞治疗	利用单细胞RNA测序技术识别CD200作为人类纹状体神经母细胞的表面标记，并建立了基于CD200的免疫磁分选流程	研究仅在成年小鼠模型中进行了验证，尚未在人类临床试验中测试	开发一种减少异质性和批次差异的细胞选择策略，以改善神经退行性疾病的细胞治疗效果	人类纹状体神经母细胞和多能干细胞	细胞治疗	亨廷顿病	单细胞RNA测序，免疫磁分选	NA	RNA测序数据	NA
844	2025-04-24	Mitigating ambient RNA and doublets effects on single cell transcriptomics analysis in cancer research 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217693 PMID:40185305	research paper	该论文探讨了在癌症研究中单细胞转录组学分析中环境RNA和双联体效应的问题，并提出了几种计算方法来缓解这些问题	提出使用计算方法如SoupX、DecontX和CellBender来评估和消除环境RNA污染，其中CellBender采用深度学习技术同时处理环境RNA污染和背景噪声	未提及具体方法的比较或在实际应用中的局限性	旨在提高单细胞转录组学数据的质量，以更准确地描述肿瘤微环境	单细胞转录组学数据	digital pathology	cancer	scRNA-seq	deep learning	gene expression profiles	NA
845	2025-04-24	Apigenin inhibits recurrent bladder cancer progression by targeting VEGF-β 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217676 PMID:40185304	研究论文	研究芹菜素通过靶向VEGF-β抑制复发性膀胱癌的进展	首次发现芹菜素通过靶向VEGF-β抑制膀胱癌进展，并揭示了VEGF-β在复发性膀胱癌中的上调及其与肿瘤恶性程度的相关性	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨芹菜素抑制复发性膀胱癌进展的分子机制	复发性膀胱癌	癌症研究	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据、体外实验数据	NA
846	2025-04-24	Single-cell transcriptomic analysis identifies tissue-specific fibroblasts as the main modulators of myeloid cells in peritoneal metastasis of different origin 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217678 PMID:40154914	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别了不同来源腹膜转移中组织特异性成纤维细胞作为髓系细胞的主要调节者	发现了一种新型成纤维细胞亚群，仅在CRC腹膜转移和正常腹膜中检测到，并展示了其免疫调节特性	研究样本可能不足以代表所有腹膜转移情况，且体外共培养实验可能无法完全模拟体内微环境	探究CRC腹膜转移微环境中不同细胞类型间的相互作用	CRC腹膜转移患者和CRC患者的肿瘤及远处正常组织	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	CRC腹膜转移患者和CRC患者的肿瘤及远处正常组织样本
847	2025-04-23	Multi-omics integration and machine learning identify and validate neutrophil extracellular trap-associated gene signatures in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110473 PMID:40089249	研究论文	本研究旨在探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中中性粒细胞胞外陷阱（NETs）的分子特征，并鉴定相关基因标志物	通过多组学整合和机器学习方法鉴定了三个与NETs相关的核心基因（CXCR4、CYBB和PTAFR），并验证了它们在CRSwNP中的诊断价值和临床相关性	NA	探索CRSwNP中NETs的分子特征，寻找新的生物标志物和治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	机器学习	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	多中心数据验证
848	2025-04-21	Development and validation of a transcription factor regulatory network-based signature for individualized prognostic risk in lung adenocarcinoma 2025-Jun-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35375 PMID:39960662	研究论文	本研究开发并验证了一个基于转录因子调控网络的签名（scGPS），用于肺腺癌（LUAD）患者的个体化预后风险评估	利用单细胞RNA测序数据构建了上皮细胞特异性转录因子调控网络，并从中提取了3521个基因对作为预后签名，相较于现有基因签名具有更优的预后分层能力	研究依赖于多个数据集的整合分析，可能存在批次效应或数据异质性问题	开发可靠的肺腺癌预后签名以实现风险分层	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列	scGPS（单细胞基因对签名）	基因表达数据	来自23个LUAD队列的2740名患者，包括1个scRNA-seq数据集、5个bulk RNA-seq数据集和17个微阵列数据集
849	2025-04-20	Fast analysis of Spatial Transcriptomics (FaST): an ultra lightweight and fast pipeline for the analysis of high resolution spatial transcriptomics 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf044 PMID:40248491	研究论文	本文介绍了一种名为FaST的超轻量快速分析管道，用于处理高分辨率空间转录组数据	FaST管道能够在标准多核工作站上快速处理大量测序数据，且无需依赖H&E染色或其他成像程序指导细胞分割	尽管可以与成像引导的细胞分割软件集成，但当前版本主要依赖spateo-release包进行RNA分割	开发高效分析高分辨率空间转录组数据的计算工具	空间转录组数据集	生物信息学	NA	空间转录组测序	NA	测序数据	超过5亿条reads的数据集
850	2025-04-20	SciGeneX: enhancing transcriptional analysis through gene module detection in single-cell and spatial transcriptomics data 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf043 PMID:40248490	research paper	介绍了一个名为SciGeneX的R包，用于通过基因模块检测增强单细胞和空间转录组数据的转录分析	提出了一种基于邻域分析和图分割方法生成共表达基因模块的新方法，能够揭示罕见和新颖的细胞群体	NA	增强单细胞和空间转录组数据的转录分析，以更准确地理解细胞异质性	单细胞RNA测序和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	图分割方法	转录组数据	人工和实验数据集，包括人类胸腺空间转录组数据
851	2025-04-19	OmniClust: A versatile clustering toolkit for single-cell and spatial transcriptomics data 2025-Jun, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.007 PMID:40057293	research paper	介绍了一个名为OmniClust的工具包，用于单细胞和空间转录组学数据的聚类分析	开发了一个整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据的算法工具包，采用深度学习和机器学习算法进行特征学习和聚类	未提及具体局限性	开发一个适用于单细胞和空间转录组学数据的聚类工具	单细胞RNA测序和空间转录组学数据	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学	深度学习, 机器学习	RNA测序数据	12个空间转录组学基准数据集和4个scRNA-seq基准数据集
852	2025-04-17	Nanoparticle-mediated sodium butyrate delivery for repairing hypoxic-ischemic brain injury in premature infants 2025-Jun, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101665 PMID:40230649	研究论文	本研究探讨了载有丁酸钠的磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复早产儿缺氧缺血性脑损伤的分子机制	首次利用磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）靶向递送丁酸钠，通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复缺氧缺血性脑损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索纳米颗粒介导的丁酸钠递送对早产儿缺氧缺血性脑损伤的修复作用	早产儿缺氧缺血性脑损伤（HIEP）小鼠模型	纳米医学	早产儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序、高通量转录组分析、TEM、DLS	小鼠模型	代谢组学数据、转录组数据、图像数据	HIEP小鼠模型
853	2025-04-16	Precise measurement of CRISPR genome editing outcomes through single-cell DNA sequencing 2025-Jun-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2025.101449 PMID:40225018	research paper	该研究利用单细胞DNA测序技术精确测量CRISPR基因组编辑结果	采用Tapestri单细胞测序技术，首次在单细胞水平上同时分析超过100个位点的编辑结果，包括编辑合子性、结构变异和细胞克隆性	NA	开发更精确的基因编辑结果测量方法，以满足临床应用的安全标准	经过CRISPR编辑的细胞	基因编辑	NA	单细胞DNA测序（Tapestri）	NA	DNA序列数据	NA
854	2025-04-16	Proline mitigates antibiotic resistance evolution induced by ciprofloxacin at environmental concentrations 2025-Jun-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137561 PMID:39938368	research paper	本研究探讨了脯氨酸在环境浓度下减轻环丙沙星诱导的抗生素耐药性进化的潜力	首次发现脯氨酸能显著减轻环丙沙星诱导的耐药性进化，并揭示了其通过下调TCA循环基因表达和代谢通量的作用机制	研究主要针对土壤分离的大肠杆菌，对其他细菌和抗生素的适用性需要进一步验证	探索氨基酸特别是脯氨酸在环境抗生素耐药性进化控制中的作用	土壤分离的大肠杆菌及其他潜在细菌种群(如假单胞菌属和沙雷氏菌属)	环境微生物学	NA	转录组学、C代谢通量分析、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、代谢通量数据	24天进化实验的土壤分离大肠杆菌种群，土壤微观实验
855	2025-04-15	PANoptosis-related gene biomarkers in aortic dissection 2025-Jun, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110385 PMID:40086567	研究论文	该研究探讨了PANoptosis相关基因在主动脉夹层中的作用，并鉴定了关键基因	首次在单细胞水平评估主动脉夹层中VSMCs的PANoptosis水平，并鉴定了19个PANoptosis相关差异表达基因	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	阐明PANoptosis在主动脉夹层发病机制中的作用	血管平滑肌细胞(VSMCs)和主动脉夹层组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序，加权基因共表达网络分析	NA	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE213740, GSE153434等)和患者/小鼠主动脉组织
856	2025-04-13	PLA2G4F is a metabolic checkpoint in triple-negative breast cancer: Insights from multiple omics analysis and experiments 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200963 PMID:40212962	研究论文	本研究通过多组学分析和实验，揭示了PLA2G4F在三阴性乳腺癌（TNBC）中作为代谢检查点的作用	首次发现PLA2G4F在TNBC中作为细胞自主代谢重编程因子的功能，并揭示了其通过激活特定信号通路促进肿瘤细胞增殖、迁移和存活的机制	未明确说明样本量大小，且部分机制仍需进一步验证	探索TNBC的代谢异质性并寻找潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和肿瘤细胞	肿瘤代谢	三阴性乳腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、突变谱、微环境特征数据	NA
857	2025-04-13	Roles of Adam8 in Neuroinflammation in experimental ischemic Stroke: Insights from single-cell and ribosome-bound mRNA sequencing 2025-Jun, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115207 PMID:40064361	研究论文	本研究通过单细胞测序和核糖体结合mRNA测序技术，揭示了Adam8在实验性缺血性中风后神经炎症中的关键作用	首次发现Adam8在中风后神经炎症中的转录和翻译水平上调，并通过抑制Adam8显著改善炎症和神经功能结果	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索中风后神经炎症的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	小鼠模型中的小胶质细胞和Adam8基因	神经科学	中风	单细胞测序, 核糖体结合mRNA测序	小鼠远端大脑中动脉闭塞模型(dMCAO)	测序数据	公开数据集GSE234052和GSE225110
858	2025-04-13	Redefining macrophage phenotypes after spinal cord injury: An open data approach 2025-Jun, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115222 PMID:40113007	研究论文	本研究通过比较三个不同的单细胞RNA测序数据集，分析了脊髓损伤后巨噬细胞的异质性	采用无偏倚方法识别脊髓损伤后生物学上保守的巨噬细胞群体，强调了数据共享和开放数据在重新定义巨噬细胞异质性中的力量	研究仅分析了7天后的数据，且样本来自年轻雌性小鼠，可能限制了结果的普遍性	重新定义脊髓损伤后的巨噬细胞表型	脊髓损伤后的巨噬细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat流程, SingleR	基因表达数据	三个独立研究团队的scRNA-seq数据集，样本来自接受中胸段脊髓挫伤的年轻雌性小鼠
859	2025-04-13	Organoid-based single cell sequencing revealed the lineage evolution during docetaxel treatment in gastric cancer 2025-Jun-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217617 PMID:40118243	研究论文	通过基于类器官的单细胞测序技术，揭示了胃癌在紫杉醇治疗期间的细胞谱系演变	首次利用胃癌类器官模型结合单细胞RNA测序，系统解析了紫杉醇耐药过程中的细胞群体变化和关键基因调控网络	研究主要基于体外类器官模型，需要进一步临床样本验证	探究胃癌对紫杉醇产生耐药的细胞和分子机制	胃癌类器官模型和胃癌患者样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	类器官模型	单细胞转录组数据	敏感型和耐药型胃癌类器官模型及患者样本（具体数量未明确说明）
860	2025-04-13	Unveiling the crucial role of CD8+ T cell and endothelial cell interaction in rheumatoid arthritis through the integrated analysis of spatial transcriptomics and bulk/single-cell RNA-seq 2025-Jun, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2025.100285 PMID:40212397	研究论文	通过整合空间转录组学和大规模/单细胞RNA-seq分析，揭示了CD8+ T细胞与内皮细胞相互作用在类风湿性关节炎中的关键作用	首次通过整合多组学数据，揭示了CD8+ T细胞与内皮细胞通过趋化因子信号通路的相互作用在类风湿性关节炎中的关键作用	研究主要基于公共数据库的二次分析，缺乏实验验证	探究类风湿性关节炎发病机制中关键的细胞间相互作用	类风湿性关节炎患者的CD8+ T细胞和内皮细胞	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	多个公共数据库数据集(GSE89408, GSE200815, GSE152805, E-MTAB-8322, SDY2213)