单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-05-12	Identification of KANK1 as a tumor suppressor gene in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-06-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151885 PMID:40288262	研究论文	本研究通过整合mRNA-蛋白质丰度相关性分析，鉴定出KANK1作为胰腺导管腺癌（PDAC）中的新型肿瘤抑制基因	首次将KANK1鉴定为PDAC中的肿瘤抑制基因，并揭示其通过拷贝数缺失和肿瘤缺氧下调的机制	未涉及KANK1在PDAC中的具体分子机制及其作为治疗靶点的临床验证	鉴定PDAC中的关键肿瘤抑制基因并探索其功能机制	胰腺导管腺癌（PDAC）	肿瘤生物学	胰腺癌	mRNA-蛋白质丰度相关性分析、单细胞RNA测序、免疫印迹分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据	多个数据集（包括TCGA和CCLE数据库）的样本
822	2025-05-12	The integration of scRNA-seq with microarray and in-vivo experiments facilitates a comprehensive elucidation of the molecular mechanisms underlying endothelial cell involvement in myocardial infarction 2025-06-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151820 PMID:40288264	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，揭示了内皮细胞在心肌梗死中的关键基因及其分子机制	结合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，首次鉴定并验证了DBP、NR1D1和TEF在心肌梗死发展中的关键作用	研究依赖于公开数据库数据，样本量可能有限，且体内实验仅在特定模型中进行验证	阐明内皮细胞在心肌梗死发展中的分子机制	内皮细胞及其在心肌梗死中的功能	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, 微阵列, WB, qPCR, 免疫荧光	hdWGCNA, scCODE, FindMarkers, PPI分析	基因表达数据, 图像数据	16个不同的细胞簇，涵盖7种独特的细胞类型，内皮细胞分为8个亚群
823	2025-05-11	Pdia3 deficiency exacerbates intestinal injury by disrupting goblet and Paneth cell function during ischemia/reperfusion 2025-Jun, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111682 PMID:39988288	research paper	本研究探讨了PDIA3在肠缺血/再灌注损伤中维持肠道完整性和免疫功能的作用	首次揭示了PDIA3在肠缺血/再灌注损伤中通过影响杯状细胞和潘氏细胞功能维持肠道屏障功能的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索PDIA3在肠缺血/再灌注损伤中的保护作用及其机制	人类和小鼠的肠道上皮细胞，特别是杯状细胞和潘氏细胞	分子病理学	肠缺血/再灌注损伤	单细胞RNA测序、免疫组化、转录组分析	肠道上皮特异性条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	人类肠系膜动脉缺血患者样本和Pdia3基因敲除小鼠模型
824	2025-05-11	Pathogenesis, attenuation, and treatment strategies for keloid management 2025-Jun, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102800 PMID:39999656	review	该综述探讨了瘢痕疙瘩的发病机制、减缓和治疗策略	综述了单细胞RNA测序和转录组学在理解瘢痕疙瘩发病机制中的应用，并讨论了新型纳米治疗技术的进展	瘢痕疙瘩治疗后容易复发，治疗过程复杂，需要长期随访	探讨瘢痕疙瘩的发病机制及治疗策略	瘢痕疙瘩的病理生理学及治疗方法	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序, 转录组学	NA	NA	NA
825	2025-05-09	USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization 2025-Jun, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981 PMID:39946796	研究论文	研究USP7及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	首次揭示USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的调控作用，并发现其抑制剂P5091可能有助于预防牙周炎	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究USP7在牙周炎中调控巨噬细胞极化的机制及其治疗潜力	牙周炎组织、RAW264.7细胞和小鼠模型	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	小鼠实验性牙周炎模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
826	2025-05-08	Identification of CXCL13 as a Promising Biomarker for Immune Checkpoint Blockade Therapy and PARP Inhibitor Therapy in Ovarian Cancer 2025-Jun, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01207-5 PMID:38856873	research paper	该研究识别了CXCL13作为卵巢癌免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的潜在生物标志物	发现CXCL13在HRD肿瘤中显著上调，并作为反映HRD状态的生物标志物，为卵巢癌ICB治疗提供了新的预后生物标志物视角	研究依赖于公共数据库和独立队列的验证，可能需要更多实验数据进一步确认CXCL13的临床应用价值	探索卵巢癌中免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的生物标志物	卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	基因组测序、免疫组化、单细胞测序	NA	基因组数据、临床数据、单细胞测序数据	来自TCGA、ICGC、GEO等公共数据库的数据，以及独立验证队列
827	2025-05-08	Phosphodiesterase 5 inactivation in vascular smooth muscle cells aggravates aortic aneurysm and dissection 2025-Jun, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6411 PMID:40145405	研究论文	本研究探讨了血管平滑肌细胞中磷酸二酯酶5A（PDE5A）的失活如何加剧主动脉瘤和夹层（AAD）的发病机制	揭示了PDE5A在血管平滑肌细胞中的特异性作用及其通过cGMP/PKG信号通路调节主动脉平滑肌松弛的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明PDE5A在主动脉瘤和夹层发病中的具体作用机制	人类和小鼠的主动脉组织及血管平滑肌细胞	血管病理学	主动脉瘤和夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、免疫荧光、免疫组织化学染色	PDE5A基因敲除和过表达小鼠模型	基因表达数据、组织病理学图像	人类和小鼠的主动脉组织样本
828	2025-05-04	Unraveling diabetic kidney disease: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04362-z PMID:39799255	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病肾病的发病机制和诊断方法	采用单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液中的基因表达，揭示组织功能、细胞相互作用和疾病进展	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高对糖尿病肾病（DKD）的理解，改善早期筛查和个性化管理	糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq	NA	gene expression data	NA
829	2025-05-03	Interferon Regulatory Factor 1 Promotes Diabetic Vasculopathy by Mediating Endothelial Cell Pyroptosis 2025-Jun, Annals of vascular surgery IF:1.4Q3 DOI:10.1016/j.avsg.2025.02.018 PMID:40086624	research paper	该研究探讨了干扰素调节因子1（IRF-1）通过介导内皮细胞焦亡促进糖尿病血管病变的机制	首次揭示了IRF-1在糖尿病血管病变中通过调节内皮细胞焦亡的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究糖尿病血管病变的分子机制	糖尿病模型小鼠BKS-db/db和内皮细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、免疫荧光、免疫组化、HE染色、Masson染色	NA	基因表达数据、组织图像	两组样本（非糖尿病动脉粥样硬化和糖尿病动脉粥样硬化）
830	2025-05-02	Taurine ameliorates liver fibrosis by repressing Fpr2-regulated macrophage M1 polarization 2025-Jun-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177614 PMID:40216178	研究论文	本研究探讨了牛磺酸通过抑制Fpr2调控的巨噬细胞M1极化来改善肝纤维化的机制	揭示了牛磺酸通过SLC6A6转运体和Fpr2/NF-κBp65通路调控巨噬细胞极化状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明牛磺酸在肝纤维化中的保护作用机制	人类纤维化肝组织样本和两种不同的小鼠肝纤维化模型	肝脏病理学	肝纤维化	氨基酸代谢组学、基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SLC6A6野生型和敲除小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	人类纤维化肝组织样本和两种小鼠模型
831	2025-05-02	Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Unveils Efferocytosis Patterns and ceRNA Network in Ischemic Stroke 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01255-8 PMID:38678526	研究论文	本研究通过整合大量RNA和单细胞测序数据，揭示了缺血性中风中的细胞凋亡清除模式和ceRNA网络	首次整合大量RNA和单细胞测序数据，识别出与细胞凋亡清除相关的关键基因和转录因子，并验证了miR-125b-5p作为缺血性中风的治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探讨缺血性中风后炎症和细胞凋亡清除的分子机制及其对脑损伤和恢复的影响	缺血性中风患者和小鼠模型的基因表达数据	生物信息学	缺血性中风	RNA测序、单细胞测序、GSEA、GO、KEGG分析	LASSO、ceRNA网络	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE137482-3m、GSE137482-18m、GSE30655、GSE174574、GSE56267、GSE122709、GSE215212、GSE231431）和小鼠MCAO模型
832	2025-05-02	Single-Cell Transcriptomics Revealed White Matter Repair Following Subarachnoid Hemorrhage 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01265-6 PMID:38861152	研究论文	通过单细胞转录组学揭示蛛网膜下腔出血后白质修复的机制	首次在SAH模型小鼠中识别出修复性小胶质细胞在白质富集区域的浸润和克隆扩增，并发现小胶质细胞相关多效蛋白（PTN）通过mTOR信号通路调控少突胶质前体细胞（OPCs）	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探究蛛网膜下腔出血后急性期和亚急性期脑细胞亚群在白质损伤修复中的作用	SAH模型小鼠的脑细胞亚群	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序、基因集富集分析、CellChat软件包分析、磁共振成像、免疫荧光双染色、Western blot	SAH小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据、蛋白质数据	SAH模型小鼠的脑组织样本
833	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing reveals tissue-specific transcriptomic changes induced by perfluorooctanesulfonic acid (PFOS) in larval zebrafish (Danio rerio) 2025-Jun-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137515 PMID:39947082	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究全氟辛烷磺酸（PFOS）对斑马鱼幼虫组织特异性转录组变化的影响	首次在斑马鱼幼虫中应用单细胞RNA测序技术揭示PFOS诱导的组织特异性转录组变化	仅研究了16μM PFOS单一浓度下的效应，未涵盖剂量反应关系	探究PFOS对斑马鱼幼虫发育毒性的分子机制	斑马鱼（Danio rerio）幼虫	基因组学	发育毒性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	受精后3-72小时的斑马鱼幼虫（暴露组与对照组）
834	2025-05-01	Uncovering differences in cadmium accumulation capacity of different Ipomoea aquatica cultivars at the level of root cell types 2025-Jun, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf077 PMID:40297020	research paper	研究不同品种空心菜在根部细胞类型水平上对镉积累能力的差异	首次在单细胞水平揭示了不同品种空心菜根部细胞类型对镉固定和运输的机制差异	研究仅针对两种特定品种的空心菜，结果可能不适用于其他品种	探究空心菜根部细胞类型在镉积累中的作用机制	QLQ(低镉积累)和T308(高镉积累)两种空心菜品种	植物生理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种空心菜品种的根部细胞
835	2025-04-29	Broflanilide induces zebrafish neurobehavioral defects by interfering with synaptic homeostasis 2025-Jun, Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.aquatox.2025.107355 PMID:40209298	研究论文	研究溴虫氟苯双酰胺对斑马鱼神经行为缺陷的影响及其突触稳态干扰机制	首次揭示了溴虫氟苯双酰胺通过干扰突触稳态导致斑马鱼神经行为缺陷的跨细胞类型转录调控机制	研究仅针对斑马鱼模型，结果外推至其他生物需谨慎	探究溴虫氟苯双酰胺对水生生物神经健康的长期风险及其作用机制	成年斑马鱼	神经毒理学	神经退行性病变	单细胞RNA测序、靶向代谢组学分析	斑马鱼神经行为模型	行为学数据、转录组数据、代谢组数据	暴露于5和25 μg/L溴虫氟苯双酰胺30天的斑马鱼
836	2025-04-29	Spatially resolved multi-omics reveals the renal cortex-metabolic reprogramming of Shenhua Tablet for intervention on IgA nephropathy 2025-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156742 PMID:40233505	研究论文	通过空间多组学策略探讨肾华片（SHT）干预IgA肾病（IgAN）的分子机制	利用空间多组学策略，首次在空间背景下全面解析SHT治疗IgAN的分子机制，包括代谢重编程和基因表达调控	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索SHT干预IgAN的分子机制	IgA肾病大鼠模型	数字病理学	IgA肾病	空间代谢组学、空间转录组学、质谱成像	大鼠模型	代谢物、mRNA	IgA肾病大鼠模型及SHT治疗组
837	2025-04-29	Discovering governing equations of biological systems through representation learning and sparse model discovery 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf048 PMID:40290314	研究论文	提出了一种名为CLERA的新型端到端计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中发现简约的动态模型并识别活跃的基因程序	通过将监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别相结合，CLERA能够同时提取相关的低维表示并揭示驱动过程的潜在动态系统	NA	理解复杂生物系统的调控规则	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别（SINDy）	基因表达数据	合成数据和生物数据
838	2025-04-27	Identifying similar populations across independent single cell studies without data integration 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf042 PMID:40276039	研究论文	提出了一种名为ClusterFoldSimilarity（CFS）的新统计方法，用于在不需要数据校正或整合的情况下量化独立数据集间细胞群体的相似性	CFS方法无需数据整合或校正，避免了信息丢失和伪影引入，提供了一种简单、高效且可扩展的解决方案	NA	开发一种方法来识别独立单细胞研究中的相似细胞群体	单细胞RNA测序、ATAC测序、单细胞蛋白质组学等多模态数据中的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、ATAC测序、单细胞蛋白质组学	NA	单细胞多模态数据	成年小鼠的运动皮层和脊髓单核RNA测序数据
839	2025-04-26	Decoding glioblastoma's diversity: Are neurons part of the game? 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217666 PMID:40147584	research paper	本文探讨了胶质母细胞瘤（GBM）与神经元之间的相互作用，以及GBM如何利用神经发育途径重塑神经元网络	揭示了GBM与神经元之间的相互作用，并利用snRNA-seq技术研究了这些相互作用，提出了潜在的细胞间相互作用驱动胶质瘤-神经元动态的假设	scRNA-seq技术在捕获神经元转录组方面存在技术限制，需依赖snRNA-seq进行研究	研究GBM与神经元的相互作用及其在肿瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及其与神经元的相互作用	digital pathology	glioblastoma multiforme	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA sequencing data	公开可用的snRNA-seq数据集
840	2025-04-26	Developmental landscape and asymmetric gene expression in the leaf vasculature of Brassica rapa revealed by single-cell transcriptome 2025-Jun, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf060 PMID:40271455	研究论文	通过单细胞转录组技术揭示了中国白菜叶片脉管系统的发育图谱和不对称基因表达模式	首次生成了中国白菜叶片脉管系统的单细胞转录组图谱，揭示了不同脉管细胞类型的特异性基因表达模式及其在叶片形态发生中的潜在作用	研究仅针对中国白菜，结果可能不适用于其他植物物种	理解叶片脉管系统中不同细胞类型的特性及其在叶片形态发生中的作用	中国白菜叶片脉管系统的细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12个细胞簇，覆盖7种已知细胞类型