单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-04-23	Multi-omics integration and machine learning identify and validate neutrophil extracellular trap-associated gene signatures in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110473 PMID:40089249	研究论文	本研究旨在探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中中性粒细胞胞外陷阱（NETs）的分子特征，并鉴定相关基因标志物	通过多组学整合和机器学习方法鉴定了三个与NETs相关的核心基因（CXCR4、CYBB和PTAFR），并验证了它们在CRSwNP中的诊断价值和临床相关性	NA	探索CRSwNP中NETs的分子特征，寻找新的生物标志物和治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	机器学习	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	多中心数据验证
782	2025-04-21	Development and validation of a transcription factor regulatory network-based signature for individualized prognostic risk in lung adenocarcinoma 2025-Jun-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35375 PMID:39960662	研究论文	本研究开发并验证了一个基于转录因子调控网络的签名（scGPS），用于肺腺癌（LUAD）患者的个体化预后风险评估	利用单细胞RNA测序数据构建了上皮细胞特异性转录因子调控网络，并从中提取了3521个基因对作为预后签名，相较于现有基因签名具有更优的预后分层能力	研究依赖于多个数据集的整合分析，可能存在批次效应或数据异质性问题	开发可靠的肺腺癌预后签名以实现风险分层	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列	scGPS（单细胞基因对签名）	基因表达数据	来自23个LUAD队列的2740名患者，包括1个scRNA-seq数据集、5个bulk RNA-seq数据集和17个微阵列数据集
783	2025-04-20	Fast analysis of Spatial Transcriptomics (FaST): an ultra lightweight and fast pipeline for the analysis of high resolution spatial transcriptomics 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf044 PMID:40248491	研究论文	本文介绍了一种名为FaST的超轻量快速分析管道，用于处理高分辨率空间转录组数据	FaST管道能够在标准多核工作站上快速处理大量测序数据，且无需依赖H&E染色或其他成像程序指导细胞分割	尽管可以与成像引导的细胞分割软件集成，但当前版本主要依赖spateo-release包进行RNA分割	开发高效分析高分辨率空间转录组数据的计算工具	空间转录组数据集	生物信息学	NA	空间转录组测序	NA	测序数据	超过5亿条reads的数据集
784	2025-04-20	SciGeneX: enhancing transcriptional analysis through gene module detection in single-cell and spatial transcriptomics data 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf043 PMID:40248490	research paper	介绍了一个名为SciGeneX的R包，用于通过基因模块检测增强单细胞和空间转录组数据的转录分析	提出了一种基于邻域分析和图分割方法生成共表达基因模块的新方法，能够揭示罕见和新颖的细胞群体	NA	增强单细胞和空间转录组数据的转录分析，以更准确地理解细胞异质性	单细胞RNA测序和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	图分割方法	转录组数据	人工和实验数据集，包括人类胸腺空间转录组数据
785	2025-04-19	OmniClust: A versatile clustering toolkit for single-cell and spatial transcriptomics data 2025-Jun, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.007 PMID:40057293	research paper	介绍了一个名为OmniClust的工具包，用于单细胞和空间转录组学数据的聚类分析	开发了一个整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据的算法工具包，采用深度学习和机器学习算法进行特征学习和聚类	未提及具体局限性	开发一个适用于单细胞和空间转录组学数据的聚类工具	单细胞RNA测序和空间转录组学数据	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学	深度学习, 机器学习	RNA测序数据	12个空间转录组学基准数据集和4个scRNA-seq基准数据集
786	2025-04-17	Nanoparticle-mediated sodium butyrate delivery for repairing hypoxic-ischemic brain injury in premature infants 2025-Jun, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101665 PMID:40230649	研究论文	本研究探讨了载有丁酸钠的磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复早产儿缺氧缺血性脑损伤的分子机制	首次利用磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）靶向递送丁酸钠，通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复缺氧缺血性脑损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索纳米颗粒介导的丁酸钠递送对早产儿缺氧缺血性脑损伤的修复作用	早产儿缺氧缺血性脑损伤（HIEP）小鼠模型	纳米医学	早产儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序、高通量转录组分析、TEM、DLS	小鼠模型	代谢组学数据、转录组数据、图像数据	HIEP小鼠模型
787	2025-04-16	Precise measurement of CRISPR genome editing outcomes through single-cell DNA sequencing 2025-Jun-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2025.101449 PMID:40225018	research paper	该研究利用单细胞DNA测序技术精确测量CRISPR基因组编辑结果	采用Tapestri单细胞测序技术，首次在单细胞水平上同时分析超过100个位点的编辑结果，包括编辑合子性、结构变异和细胞克隆性	NA	开发更精确的基因编辑结果测量方法，以满足临床应用的安全标准	经过CRISPR编辑的细胞	基因编辑	NA	单细胞DNA测序（Tapestri）	NA	DNA序列数据	NA
788	2025-04-16	Proline mitigates antibiotic resistance evolution induced by ciprofloxacin at environmental concentrations 2025-Jun-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137561 PMID:39938368	research paper	本研究探讨了脯氨酸在环境浓度下减轻环丙沙星诱导的抗生素耐药性进化的潜力	首次发现脯氨酸能显著减轻环丙沙星诱导的耐药性进化，并揭示了其通过下调TCA循环基因表达和代谢通量的作用机制	研究主要针对土壤分离的大肠杆菌，对其他细菌和抗生素的适用性需要进一步验证	探索氨基酸特别是脯氨酸在环境抗生素耐药性进化控制中的作用	土壤分离的大肠杆菌及其他潜在细菌种群(如假单胞菌属和沙雷氏菌属)	环境微生物学	NA	转录组学、C代谢通量分析、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、代谢通量数据	24天进化实验的土壤分离大肠杆菌种群，土壤微观实验
789	2025-04-15	PANoptosis-related gene biomarkers in aortic dissection 2025-Jun, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110385 PMID:40086567	研究论文	该研究探讨了PANoptosis相关基因在主动脉夹层中的作用，并鉴定了关键基因	首次在单细胞水平评估主动脉夹层中VSMCs的PANoptosis水平，并鉴定了19个PANoptosis相关差异表达基因	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	阐明PANoptosis在主动脉夹层发病机制中的作用	血管平滑肌细胞(VSMCs)和主动脉夹层组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序，加权基因共表达网络分析	NA	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE213740, GSE153434等)和患者/小鼠主动脉组织
790	2025-04-13	PLA2G4F is a metabolic checkpoint in triple-negative breast cancer: Insights from multiple omics analysis and experiments 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200963 PMID:40212962	研究论文	本研究通过多组学分析和实验，揭示了PLA2G4F在三阴性乳腺癌（TNBC）中作为代谢检查点的作用	首次发现PLA2G4F在TNBC中作为细胞自主代谢重编程因子的功能，并揭示了其通过激活特定信号通路促进肿瘤细胞增殖、迁移和存活的机制	未明确说明样本量大小，且部分机制仍需进一步验证	探索TNBC的代谢异质性并寻找潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和肿瘤细胞	肿瘤代谢	三阴性乳腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、突变谱、微环境特征数据	NA
791	2025-04-13	Roles of Adam8 in Neuroinflammation in experimental ischemic Stroke: Insights from single-cell and ribosome-bound mRNA sequencing 2025-Jun, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115207 PMID:40064361	研究论文	本研究通过单细胞测序和核糖体结合mRNA测序技术，揭示了Adam8在实验性缺血性中风后神经炎症中的关键作用	首次发现Adam8在中风后神经炎症中的转录和翻译水平上调，并通过抑制Adam8显著改善炎症和神经功能结果	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索中风后神经炎症的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	小鼠模型中的小胶质细胞和Adam8基因	神经科学	中风	单细胞测序, 核糖体结合mRNA测序	小鼠远端大脑中动脉闭塞模型(dMCAO)	测序数据	公开数据集GSE234052和GSE225110
792	2025-04-13	Organoid-based single cell sequencing revealed the lineage evolution during docetaxel treatment in gastric cancer 2025-Jun-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217617 PMID:40118243	研究论文	通过基于类器官的单细胞测序技术，揭示了胃癌在紫杉醇治疗期间的细胞谱系演变	首次利用胃癌类器官模型结合单细胞RNA测序，系统解析了紫杉醇耐药过程中的细胞群体变化和关键基因调控网络	研究主要基于体外类器官模型，需要进一步临床样本验证	探究胃癌对紫杉醇产生耐药的细胞和分子机制	胃癌类器官模型和胃癌患者样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	类器官模型	单细胞转录组数据	敏感型和耐药型胃癌类器官模型及患者样本（具体数量未明确说明）
793	2025-04-13	Unveiling the crucial role of CD8+ T cell and endothelial cell interaction in rheumatoid arthritis through the integrated analysis of spatial transcriptomics and bulk/single-cell RNA-seq 2025-Jun, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2025.100285 PMID:40212397	研究论文	通过整合空间转录组学和大规模/单细胞RNA-seq分析，揭示了CD8+ T细胞与内皮细胞相互作用在类风湿性关节炎中的关键作用	首次通过整合多组学数据，揭示了CD8+ T细胞与内皮细胞通过趋化因子信号通路的相互作用在类风湿性关节炎中的关键作用	研究主要基于公共数据库的二次分析，缺乏实验验证	探究类风湿性关节炎发病机制中关键的细胞间相互作用	类风湿性关节炎患者的CD8+ T细胞和内皮细胞	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	多个公共数据库数据集(GSE89408, GSE200815, GSE152805, E-MTAB-8322, SDY2213)
794	2025-04-13	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and regulatory modules of cell-specific RNA-binding proteins in patients with systemic lupus erythematosus 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101977 PMID:40212811	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示系统性红斑狼疮患者中RNA结合蛋白的异质性和调控模块	首次在单细胞水平上系统描绘了SLE皮肤微环境中RBPs表达的细胞类型特异性异质性，并整合多组学数据鉴定了JUN和HLA-A作为T细胞中可变剪接程序的核心调控因子	研究基于公开数据集，样本来源有限；未进行实验验证调控网络的功能影响	解析系统性红斑狼疮中RNA结合蛋白的细胞特异性调控机制	SLE患者和健康对照者的皮肤活检组织（角质形成细胞、内皮细胞和T细胞）	单细胞转录组学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 批量RNA-Seq, SUVA可变剪接分析	共表达网络模型	单细胞转录组数据、批量转录组数据	公开数据集中的SLE患者和健康对照皮肤样本（具体数量未说明）
795	2025-04-12	Transcriptome analysis reveals the potential role of neural factor EN1 for long-terms survival in estrogen receptor-independent breast cancer 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200965 PMID:40207200	研究论文	通过转录组分析揭示神经因子EN1在雌激素受体阴性乳腺癌长期生存中的潜在作用	发现神经相关通路在TNBC患者10年无复发生存中的差异富集，并开发了早期复发指数（ERI）及预测模型	研究主要基于回顾性数据，需要进一步实验验证EN1的功能机制	探索雌激素受体阴性乳腺癌复发相关的生物标志物和生物学过程	155名TNBC患者的285个癌及癌旁样本，以及7,449名乳腺癌患者的11个独立公共队列数据和26个单细胞RNA-seq数据集	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	转录组数据	155名TNBC患者（285个样本）+ 7,449名乳腺癌患者（公共数据）
796	2025-04-11	Integrated bioinformatics analysis to develop diagnostic models for malignant transformation of chronic proliferative diseases 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000226 PMID:40201199	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，开发了用于慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型	整合PV和AML的公共数据集，识别差异表达基因并构建加权相关网络，开发诊断模型，并通过临床样本验证基因表达	慢性疾病转化的长期性使得PV患者AML转化前后的纵向高通量测序研究复杂化	开发慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型，解决早期检测和干预的挑战	PV和AML患者	生物信息学	白血病	RNA-seq, scRNA-seq, cMAP, 分子对接	机器学习算法	基因表达数据	NA
797	2025-03-27	Erythroblastic island: the niche for erythroid terminal differentiation and beyond 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000228 PMID:40129604	review	本文综述了关于红细胞岛（EBI）的最新发现，探讨了其潜在的免疫功能，并提供了未来研究的视角	挑战了传统观点，提出红细胞岛可能支持其他造血谱系细胞，并发现了红细胞岛巨噬细胞的新标记——促红细胞生成素受体	尚不清楚免疫倾向性红细胞母细胞是否及如何在红细胞岛中成熟	探讨红细胞岛的功能及其在造血系统中的潜在作用	红细胞岛（EBI）及其细胞组成	NA	NA	谱系追踪小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
798	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing-guided engineering of mitochondrial therapies for intervertebral disc degeneration by regulating mtDNA/SPARC-STING signaling 2025-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.02.036 PMID:40104024	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据指导，开发了一种针对椎间盘退变的仿生疗法，并在动物模型中进行了验证	提出了线粒体移植作为一种新的治疗策略，并设计了具有抗氧化和抗炎活性的生物活性大分子，增强了治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证其安全性和有效性	开发针对椎间盘退变的新型治疗方法	人类髓核组织和动物模型	数字病理	椎间盘退变	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类髓核组织和动物模型
799	2024-08-09	Single-cell and spatial omics: exploring hypothalamic heterogeneity 2025-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00231 PMID:38993130	综述	本文综述了单细胞和空间组学技术在探索下丘脑细胞类型复杂分子遗传多样性中的应用价值	单细胞和空间组学技术的发展克服了早期技术挑战，提供了理解下丘脑复杂时空转录多样性和细胞类型特征的机会	单细胞/单核RNA测序需要从组织中分离细胞/核，可能导致神经网络空间信息的丢失	阐明下丘脑中复杂的动态细胞组织，以理解其在协调基本身体功能中的作用	下丘脑的细胞类型和神经网络的复杂组织	NA	NA	单细胞和空间组学技术	NA	转录组数据	NA