单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 736 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-21 |
Single-cell technology grows up: Leveraging high-resolution omics approaches to understand neurodevelopmental disorders
2025-Jun, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.102990
PMID:40036988
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综述 | 探讨利用单细胞和空间转录组学技术研究神经发育障碍的病因和机制 | 系统整合单细胞基因组学技术与神经发育障碍模型，在细胞分辨率层面定义疾病病因 | NA | 理解神经发育障碍的分子、细胞和环路机制 | 神经发育障碍模型和人类脑组织 | 基因组学 | 神经发育障碍 | 单细胞基因组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-18 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659774
PMID:40661400
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研究论文 | 开发了一种基于prime editing的谱系追踪技术PEtracer，能够在高空间分辨率下同时分析细胞状态和谱系关系 | 结合prime editing和空间转录组学，首次实现了在完整组织中同时追踪细胞谱系和状态的高分辨率空间映射 | NA | 研究细胞命运决定的时空动态，特别是在发育和疾病过程中的细胞状态与谱系关系 | 小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞 | 空间转录组学 | 肿瘤转移 | prime editing, MERFISH空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据，成像数据 | NA | NA | 单细胞测序，空间转录组学，多模态成像 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-05 |
Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659535
PMID:40666962
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研究论文 | 开发了一种非破坏性的基于成像的单细胞空间表观遗传分析技术Epi-PHR，能够在保持基因组3D结构的同时检测多种表观遗传标记的组合 | 首次实现了在单细胞水平上同时检测多种表观遗传标记的组合，同时保持基因组的三维空间结构 | 技术仍处于开发阶段，尚未在大规模样本中验证 | 研究单细胞中表观遗传标记组合的三维空间分布及其与染色质构象的关系 | 海马体组织切片中的单细胞 | 空间组学 | NA | 表观遗传邻近杂交反应(Epi-PHR)，染色质追踪 | NA | 成像数据，空间表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞空间表观遗传分析 | Epi-PHR | 表观遗传邻近杂交反应技术，能够检测数百个单基因靶点的表观遗传标记组合 |
| 64 | 2025-10-05 |
RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases (IRDs)
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.653722
PMID:40661613
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研究论文 | 开发了用于遗传性视网膜疾病的综合基因图谱RetiGene | 整合了变异数据、bulk和单细胞RNA测序数据及功能注释的专家策划基因图谱 | NA | 解决遗传性视网膜疾病基因目录不完整和更新不及时的问题 | 遗传性视网膜疾病相关基因 | 生物信息学 | 遗传性视网膜疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 功能注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-10-05 |
Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.21.660851
PMID:40667360
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研究论文 | 本研究通过整合多重循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学技术，探索早期皮肤黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和空间异质性的决定因素 | 首次在早期黑色素瘤中系统揭示肿瘤可塑性和空间异质性的微环境决定因素，展示了从单个癌症到微区域再到单细胞水平的多尺度变异性 | 研究样本仅限于早期原发性皮肤黑色素瘤，对其他类型或晚期黑色素瘤的适用性有待验证 | 识别与早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭相关的空间决定因素 | 早期原发性皮肤黑色素瘤组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 循环免疫荧光成像, 空间转录组学, 传统组织学 | NA | 图像, 空间转录组数据, 组织学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
[Application progress of single-cell RNA sequencing technology in breast development and related diseases]
2025-Jun-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺发育及相关疾病研究中的应用进展 | 利用高分辨率的scRNA-seq技术解析乳腺细胞异质性，构建高精度细胞图谱并揭示细胞命运决定的转录调控网络 | NA | 揭示乳腺发育及相关疾病的分子机制 | 乳腺细胞亚群及其在生理发育和病理进程中的调控机制 | 单细胞测序技术 | 乳腺癌、巨乳症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间组学 | NA | 单细胞转录组数据、多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间组学 | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction
2025-Jun-10, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004
PMID:40449485
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研究论文 | 本研究通过筛选单克隆抗体库并分析Fc变体，揭示了抗体Fab和Fc区域在结核分枝杆菌限制中的协同作用机制 | 首次通过Fc变体分析证实Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的作用，并利用单细胞转录组学发现中性粒细胞早期激活是抗体介导限制的关键特征 | 研究主要在小鼠模型中进行，人类临床应用的转化潜力仍需验证 | 探究抗体介导结核分枝杆菌限制的分子机制 | 结核分枝杆菌和特异性单克隆抗体 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞转录组学、单克隆抗体筛选、Fc变体工程 | NA | 基因表达数据、体内感染实验数据 | 小鼠模型及单克隆抗体库 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-05 |
Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.18.629263
PMID:40661514
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞类型的转录相互作用，揭示存在预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群 | 发现狂犬病毒基因表达受宿主细胞类型影响，并鉴定出一个罕见的促病毒星形胶质细胞亚群，该亚群在先天免疫信号解除抑制后病毒转录反而增加 | 研究基于人类脑细胞共培养系统，可能与体内真实情况存在差异 | 研究病毒-宿主细胞相互作用和先天免疫拮抗如何影响狂犬病毒在不同脑细胞类型中的感染动态 | 人类脑细胞共培养系统中的不同脑细胞类型 | 单细胞生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类脑细胞共培养样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-10-05 |
The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799
PMID:40482033
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现糖酵解反应PGAM抑制Th17细胞的致病性及其依赖性自身免疫 | 首次揭示PGAM酶作为糖酵解通路中的负向调节因子抑制Th17细胞致病性分化，与传统认知中糖酵解促进效应细胞功能相反 | 研究主要基于计算预测和体外实验验证，在人体中的生理相关性需进一步确认 | 探究糖酵解反应如何调控Th17细胞的致病性分化 | T辅助17细胞(Th17细胞) | 单细胞转录组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | Compass算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-05 |
A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.03.646654
PMID:40236139
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研究论文 | 开发了两种软件工具Hooke和Platt，用于从胚胎尺度单细胞测序数据推断基因需求和细胞谱系关系 | 利用单细胞数据中的细胞类型协变模式来推断基因需求和细胞间依赖关系 | NA | 建立统计框架来识别遗传、化学或环境扰动直接影响的基因和细胞类型 | 斑马鱼胚胎单细胞图谱 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 统计框架 | 单细胞测序数据 | 数千个扰动斑马鱼胚胎的百万级细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-05 |
Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders
2025-Jun-06, Journal of the American Statistical Association
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/01621459.2025.2485379
PMID:40964623
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研究论文 | 提出一种在存在未测量混杂因素的情况下进行广义线性模型大规模假设检验的统一框架 | 利用正交结构和线性投影开发了三阶段估计与推断框架，能够在任意混杂机制下有效控制错误发现率 | 需要样本量和响应尺寸趋于无穷大才能保证渐近检验的有效性 | 解决基因组研究中存在未测量混杂因素时的大规模假设检验问题 | 广义线性模型中的多元假设检验 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型, Lasso | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-10-05 |
New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis
2025-06, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-025-04014-2
PMID:40128328
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研究论文 | 本研究通过形态学、功能学和单细胞测序分析，探讨了产前PFOS暴露对大鼠后代肺发育的影响 | 首次结合单细胞RNA测序技术系统揭示PFOS暴露对肺发育的细胞和分子机制，发现Fam111a上调和Stk35下调等新基因靶点 | 研究仅使用大鼠模型，结果外推至人类需谨慎；未探讨PFOS与其他环境污染物的联合效应 | 探究PFOS暴露对肺发育的毒性机制和长期健康风险 | 孕鼠及其后代大鼠的肺组织 | 毒理学 | 肺发育异常 | 单细胞RNA测序，形态学分析，肺功能检测，代谢组学分析 | NA | 基因表达数据，形态学图像，生理功能数据，代谢物数据 | 孕鼠暴露于4个剂量组(0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/天)，在后代0、4、14、21和60天龄时取样分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2025-10-05 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
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研究论文 | 开发了一个专门用于单细胞测序数据质量控制的Python命令行工具QCatch | 为alevin-fry和simpleaf输出提供标准化的QC报告，生成交互式HTML报告并输出H5AD格式文件 | NA | 开发单细胞测序数据的质量控制评估框架 | 单细胞测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序数据分析 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-05 |
Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.658673
PMID:40747415
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研究论文 | 提出HistoTME-v2弱监督深度学习框架，直接从H&E染色病理全切片图像预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活性 | 将HistoTME框架扩展到25种实体肿瘤类型，无需单细胞或斑块级注释即可从H&E图像预测细胞类型特异性转录组特征 | 依赖于弱监督学习，可能在某些细胞类型预测精度上存在限制 | 开发从数字病理图像分析肿瘤微环境的可解释方法 | 肿瘤微环境中的免疫和基质细胞类型 | 数字病理 | 多种实体肿瘤 | 深度学习，空间转录组学，多重成像 | 弱监督深度学习框架 | H&E染色病理全切片图像 | 内部验证：7,586个WSI，6,901名患者，24种癌症类型；外部验证：5,657个WSI，1,775名患者，9种癌症类型；空间验证：259个WSI，154名患者，7种癌症类型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 75 | 2025-10-05 |
Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.656791
PMID:40661354
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研究论文 | 本研究通过整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌早期肿瘤发生过程中癌基因与抑癌基因在祖细胞样状态上的汇聚机制 | 发现KRAS突变祖细胞样群体同时激活致癌和抑癌程序，构建了模拟侵袭性PDAC的微环境生态位 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 解析良性向恶性生长转变过程中的分子和细胞机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 谱系追踪, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 小鼠PDAC模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-05 |
WNT signaling in human pluripotent stem cells promotes HDAC2-dependent epigenetic programs and development of retinoic acid-responsive mesoderm
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.06.657928
PMID:40661576
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研究论文 | 本研究揭示了WNT信号通过HDAC2依赖性表观遗传程序促进人类多能干细胞向视黄酸响应性中胚层分化的机制 | 首次发现WNT信号通过HDAC2依赖性表观遗传调控促进视黄酸响应性中胚层发育，为改善hPSCs向淋巴细胞分化提供了新策略 | E-box转录因子调控作用未观察到明显效果，具体机制仍需进一步研究 | 探索WNT信号在人类多能干细胞向中胚层分化过程中的分子机制 | 人类多能干细胞(hPSCs)及其分化的中胚层祖细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 基因调控网络建模, 基因敲除, 过表达, 化学筛选 | 基因调控网络模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-10-05 |
Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells
2025-Jun-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187381
PMID:40548376
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了组织驻留记忆T细胞发育的渐进过程及成熟细胞中AP-1转录因子家族的关键作用 | 首次定义了跨越皮肤和小肠上皮淋巴细胞的时序性TRM特征，发现AP-1转录因子家族在成熟TRM中的特异性表达 | 研究主要关注CD8+ TRM细胞，其他T细胞亚型的研究相对有限 | 阐明组织驻留记忆T细胞分化机制及其回忆效应功能的启动原理 | CD8+ 组织驻留记忆T细胞（皮肤和小肠上皮淋巴细胞） | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 循环免疫荧光成像 | 线性模型 | 基因表达数据, 表观遗传数据, 组织成像数据 | 10个发育时间点的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 空间成像 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-05 |
High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins
2025-Jun-06, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-09985-5
PMID:40478324
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研究论文 | 本研究通过高通量分化人血管类器官揭示脑 cavernous 畸形蛋白的重叠和独特功能 | 结合高通量血管类器官分化、单细胞RNA测序和高内涵成像技术系统比较CCM1/2/3基因敲除的功能差异 | 研究主要基于体外类器官模型，需要进一步体内验证 | 探究CCM3突变为何比CCM1/2突变导致更严重表型的分子机制 | 人诱导多能干细胞分化的血管类器官 | 单细胞生物学 | 脑血管畸形 | 单细胞RNA测序, 高内涵成像, 基因敲除 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 96孔板高通量格式的血管类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-10-05 |
Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658502
PMID:40501632
|
研究论文 | 本研究识别并表征了早期肝脏发育过程中一种先前未被认识的原始肝母细胞群 | 发现了一种表达典型肝母细胞标志物和原始特异性间充质标志物的新型原始肝母细胞群 | 原始肝母细胞在晚期胎儿和出生后发育中贡献度下降 | 探索早期肝脏发育过程中的谱系异质性 | 小鼠和人类原始肝母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传学研究 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-05 |
Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003
PMID:40345189
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研究论文 | 本研究通过空间免疫分析和多组学技术揭示了肺腺癌前病变中TIM-3作为潜在干预靶点的重要作用 | 首次系统揭示肺腺癌前病变进展过程中免疫微环境的动态变化，并验证TIM-3在癌前阶段的治疗价值 | 样本量相对有限，动物模型数量较少，需要进一步临床验证 | 探究肿瘤微环境如何影响肺腺癌前病变的演化过程 | 人类肺腺癌及前病变组织样本、小鼠肺腺癌模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间免疫分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 114例人类肺腺癌及前病变样本,5个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |