单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-29	Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.661367 PMID:40667251	研究论文	该研究探讨了牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞（MSC）功能中的作用及其对骨组织发育和修复的影响	首次揭示了牛磺酸转运蛋白TauT在MSC中的关键作用，及其通过Wnt/β-catenin信号通路和氧化磷酸化影响MSC的成骨分化能力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类MSC的研究样本量有限	探究牛磺酸转运蛋白SLC6A6对间充质基质细胞功能及骨组织稳态的调控机制	小鼠和人类的间充质基质细胞（MSC）	细胞生物学	骨疾病	单细胞RNA测序、shRNA敲低、RNA测序分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和原代人类MSC
62	2025-07-29	Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies 2025-Jun-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136163 PMID:40649940	综述	本文综述了空间转录组学在兽医医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略	系统梳理了空间转录组学在兽医医学中的应用现状，并指出了该领域的研究空白和未来方向	兽医医学领域的相关研究数量有限，且存在疾病、物种、器官和地理上的偏差	评估空间转录组学在兽医医学中的研究、诊断和治疗应用	人类和动物健康相关研究	数字病理学	NA	空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring, MERFISH）	NA	基因表达数据	1398项符合纳入标准的研究
63	2025-07-29	Spatial Proofreading Amplification of in situ Transcript and Protein Signals 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659176 PMID:40661487	research paper	介绍了一种基于动力学校对原理的无酶信号放大方法，用于增强空间转录组学实验中的信号亮度	提出了一种新型的无酶信号放大方法，利用短寡核苷酸探针在目标位点迭代沉积并通过光交联形成稳定的DNA组装体，实现超过500倍的信号放大	NA	提高空间转录组学实验中的信号亮度，以提升检测效率和缩短成像时间	空间转录组学实验中的转录和蛋白质信号	生物技术	NA	空间转录组学	NA	转录和蛋白质信号数据	NA
64	2025-07-29	Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation 2025-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658650 PMID:40661601	研究论文	提出了一种新方法MERLIN+P+TFA，通过先验知识引导的稀疏正则化来稳健准确地估计转录因子活性(TFA)和下游基因调控网络(GRN)	使用先验知识引导的稀疏正则化方法，提高了TFA估计和GRN推断的准确性，并在酵母和哺乳动物系统的模拟和真实表达数据中验证了其效果	需要生成特定背景的金标准以提高推断网络的精确度	重建基因组规模的基因调控网络(GRN)	酵母和哺乳动物系统的基因表达数据，包括批量数据和单细胞数据	系统生物学	NA	MERLIN+P+TFA方法，稀疏正则化	NA	基因表达数据	模拟和真实表达数据，包括58个小鼠胚胎干细胞(mESC)状态的关键调控因子
65	2025-07-29	Single cell immunophenotyping identifies CD8+ GZMK+ IFNG+ T cells as a key immune population in cutaneous Lyme disease 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658661 PMID:40661371	研究论文	该研究通过单细胞转录组学技术，首次全面解析了皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应	首次使用单细胞转录组学结合适应性免疫受体测序技术，全面解析了皮肤莱姆病中的T细胞反应，并鉴定了CD8+ GZMK+ IFNG+ T细胞作为关键的免疫群体	研究主要聚焦于皮肤病变中的T细胞反应，未涉及其他可能的免疫细胞或全身性免疫反应	探究皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应及其在疾病中的作用	皮肤莱姆病患者的EM病灶和自体未受累皮肤组织	免疫学	莱姆病	scRNA-Seq, 适应性免疫受体测序	NA	单细胞转录组数据	扩大的样本量（具体数量未提及）
66	2025-07-29	Single-cell transcriptomics yield insights into the stress-immune interplay and inform disease risk 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.05.658150 PMID:40661381	研究论文	通过单细胞转录组学探索应激与免疫的相互作用及其对疾病风险的影响	首次在单细胞分辨率下研究了皮质醇和去甲肾上腺素对免疫细胞的转录组影响，并鉴定了应激激素依赖性和细胞类型特异性的转录变化	研究基于体外模型，可能无法完全模拟体内应激环境	探索应激激素如何通过单细胞机制调节免疫功能，以理解应激相关疾病的发病机制	外周血单个核细胞和中性粒细胞	单细胞转录组学	心血管疾病, 精神疾病, 自身免疫性疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	两个独立的人类队列
67	2025-07-29	Diminished and altered cellular senescence response in delayed wound healing of aging 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.08.658533 PMID:40661498	研究论文	本文研究了衰老个体中细胞衰老反应的减弱和改变如何导致伤口愈合延迟	揭示了衰老伤口中衰老细胞数量减少及其功能转变（从有益的细胞外基质重塑转向促炎状态）的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究衰老个体伤口愈合延迟的细胞衰老机制	年轻和年老小鼠的皮肤伤口及人类年轻供体的伤口组织	细胞生物学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和年老小鼠的伤口组织及人类年轻供体的伤口组织
68	2025-07-29	Uncovering Heterogeneous Effects via Localized Feature Selection 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657761 PMID:40661389	研究论文	提出一种利用局部测试统计量识别疾病相关特征的新框架，以解决现有方法在个体水平异质性上的不足	采用局部化测试统计量和knockoffs方法控制选择集的噪声水平，并发现数据中的隐藏异质性效应	未明确说明方法在更大规模数据集上的适用性或计算效率	开发精准医学研究工具，识别与疾病相关的特征并考虑人群异质性	单细胞RNA测序数据中的疾病相关特征	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	knockoffs方法	基因表达数据	NA
69	2025-07-26	IDENTIFICATION OF DISEASE-SPECIFIC VULNERABILITY STATES AT THE SINGLE-CELL LEVEL 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626873 PMID:40661457	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组数据和功能缺失筛选，识别了胶质母细胞瘤(GBM)中的关键细胞靶点	开发了一种新的计算流程，能够在单细胞水平识别GBM的特异性脆弱状态(VS)，并发现这些状态对癌症药物的不同敏感性	研究主要基于体外实验数据，需要进一步体内验证	识别胶质母细胞瘤中的关键治疗靶点	胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, CRISPR筛选	迭代层次聚类	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	49个GBM肿瘤样本
70	2025-07-26	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术快速推断形态学上合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法开发Proseg，显著提升细胞分割的准确性和计算效率，尤其在肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）的检测中表现优异	研究主要基于三种商业平台生成的数据集，可能在其他平台或数据类型上的适用性未经验证	提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性，以更精确地分析细胞的转录状态和微环境	单细胞空间转录组数据，特别是肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型（Proseg）	空间转录组数据	来自肾细胞癌患者样本的数据集
71	2025-07-26	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-Jun, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	研究论文	本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了衰老过程中efferocytosis功能受损与COVID-19严重程度的关系	首次在老年小鼠模型中揭示了efferocytosis功能受损与COVID-19严重程度的关系，并发现肺泡巨噬细胞功能下降是重要机制	研究仅在小鼠模型中进行，需要进一步人类研究验证	探究衰老个体对SARS-CoV-2感染的免疫反应失调机制	老年和年轻小鼠的免疫反应差异	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	老年和年轻小鼠组(具体数量未提及)
72	2025-07-26	CDKN1A as a potential target for Eltrombopag treatment in ITP and its regulation of the communication between macrophages and transitional B cells in ITP 2025-Jun, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06436-5 PMID:40515824	研究论文	本研究旨在识别与免疫性血小板减少症（ITP）患者对Eltrombopag反应相关的新生物标志物，并探讨巨噬细胞和过渡B细胞在ITP发病机制中的作用	首次将CDKN1A识别为影响ITP患者对Eltrombopag治疗反应的关键基因，并揭示了其在巨噬细胞与过渡B细胞间通过TGFβ信号通路相互作用促进疾病进展的机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏在体实验验证	探索ITP的发病机制及Eltrombopag治疗反应的分子基础	免疫性血小板减少症（ITP）患者及RAW264.7巨噬细胞系	免疫学	免疫性血小板减少症	单细胞RNA-seq、WGCNA、分子对接、siRNA敲低、质粒过表达	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	使用公开数据集GSE112278和GSE196676
73	2025-07-25	Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.21.660851 PMID:40667360	研究论文	本研究通过整合高plex循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学方法，探讨了早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭的相关因素	揭示了早期黑色素瘤中肿瘤可塑性和空间异质性的早期出现及其与微环境局部特征的关联	早期疾病的详细空间分析仍然有限	揭示黑色素瘤起始、进展和免疫监视的基本机制	原发性皮肤黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	高plex循环免疫荧光成像(CyCIF)、空间转录组学、传统组织学	NA	图像、转录组数据	多个原发性癌症样本，每个癌症中的100-300细胞微区域
74	2025-07-25	Transcriptomic analysis reveals novel targets in benign schwannoma using machine learning 2025-Jun-21, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.048 PMID:40550384	研究论文	本研究通过机器学习辅助的转录组和单细胞分析，识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物，并构建疾病评估预测模型	识别了五个新的免疫相关生物标志物，并验证了它们在神经鞘瘤进展中的生物学意义	预测模型的AUC值为0.67，可能还需要进一步优化以提高准确性	识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物并构建预测模型	良性神经鞘瘤的转录组数据和单细胞数据	机器学习	神经鞘瘤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、LASSO、SVM、随机森林算法	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	GSE108524数据集中的样本，以及NF2敲除小鼠模型
75	2025-07-25	Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions 2025-Jun-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060470 PMID:40699869	综述	本文探讨了人工智能（AI）与下一代测序（NGS）的协同关系，及其在基因组研究和临床应用中的变革性影响	AI驱动的工具（如机器学习和深度学习）优化了NGS工作流程的各个方面，从实验设计到生物信息学分析，并在变异检测、表观基因组分析等领域超越了传统方法	存在数据异质性、模型可解释性及伦理问题等挑战	探索AI在NGS中的应用及其对基因组学和精准医学的推动作用	基因组数据及其在癌症研究和药物发现中的应用	机器学习	癌症	NGS, TGS	CNN, RNN, 混合架构	基因组数据	NA
76	2025-07-25	Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions 2025-Jun, Best practice & research. Clinical haematology DOI:10.1016/j.beha.2025.101634 PMID:40701740	review	本文综述了异基因造血细胞移植（allo-HCT）和CAR-T疗法后免疫重建的动态过程、影响因素及优化策略	总结了当前关于免疫重建动力学的知识，并评估了不同移植和CAR-T设置的影响，讨论了优化免疫监测和治疗方法的个性化策略	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	探讨异基因造血细胞移植和CAR-T疗法后的免疫重建过程及其临床意义	接受异基因造血细胞移植和CAR-T疗法的患者	免疫学	白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
77	2025-07-24	Leveraging hypoxia-related genes signature for predicting the prognosis of bladder cancer 2025-Jun-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-118 PMID:40687655	研究论文	本研究探讨了缺氧相关基因（HRGs）在膀胱癌（BC）中的功能作用，并构建了一个预后风险模型	开发了一个基于HRGs的新型预后风险模型，并分析了其与免疫微环境、突变模式、药物敏感性及基因发育轨迹的关系	研究对缺氧在膀胱癌中的机制探讨仍有限，且模型需进一步验证	探索HRGs在膀胱癌中的功能作用，并构建预后风险模型以优化患者治疗效果	膀胱癌患者及其缺氧相关基因	生物信息学	膀胱癌	ssGSEA、qRT-PCR、单细胞测序	预后风险模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
78	2025-07-24	A pre-menopausal single-cell atlas for ovarian drug discovery 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660779 PMID:40666883	研究论文	本文介绍了一个针对绝经前女性的单细胞图谱（PreMeno Atlas），旨在促进卵巢生物学研究和避孕靶点发现	首次整合了绝经前女性的单细胞数据集，包括14个组织的511,365个细胞，特别关注卵巢细胞基因特征和潜在药物靶点	研究主要基于绝经前女性数据，可能不适用于其他年龄段人群	促进对绝经前阶段卵巢生物学的理解，并支持针对年轻人群（如生育管理）的卵巢基因靶点识别	绝经前女性的卵巢细胞和其他13种组织细胞	单细胞生物学	生育管理	单细胞测序，空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	511,365个细胞（来自14个组织）
79	2025-07-24	MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension 2025-Jun-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173 PMID:40357547	research paper	该研究探讨了间质巨噬细胞（iMΦ）在肺动脉高压（PH）中促进肺动脉中膜纤维化的作用及其机制	首次发现MHCIIhiLYVE1loCCR2hi iMΦs通过WNT11/PCP通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转化，从而加剧肺动脉中膜纤维化	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证相对有限	阐明间质巨噬细胞在肺动脉高压发病机制中的作用	肺动脉高压患者和实验性PH动物的肺组织样本	病理生理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、谱系追踪、组织学分析、共培养实验、转基因动物实验	动物模型（Sugen-5416+缺氧+常氧刺激模型）	基因表达数据、组织学图像数据	患者样本和实验动物样本（具体数量未明确说明）
80	2025-07-24	Dissecting the liver inflammation ecosystem identifies annexin A1 as a pro-resolving target for liver failure 2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001427 PMID:40560812	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，解析了急性-慢性肝衰竭（ACLF）中的免疫景观，并发现ANXA1作为潜在的治疗靶点	首次全面描述了ACLF的免疫特征，并鉴定出ANXA1-FPR1轴作为炎症调控的关键通路	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证ANXA1的治疗效果	解析ACLF的免疫机制并寻找治疗靶点	急性-慢性肝衰竭患者的肝脏组织和免疫细胞	免疫学	肝衰竭	单细胞RNA测序、空间测序、生物信息学分析	NA	RNA测序数据	ACLF患者、急性肝衰竭患者、失代偿性肝硬化患者和对照组的肝脏样本