单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-06-04	Stem Cell Niche: iPSC-Based Assembloids for Modeling Human Hematopoiesis 2025-Jun-04, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_629 PMID:40459837	研究论文	介绍了一种生成患者特异性3D骨髓模拟组装体的协议，用于研究人类造血功能	利用iPSC生成3D骨髓模拟组装体，精确控制细胞组成和遗传背景，用于研究造血调控机制和骨髓微环境重塑	未提及具体样本量或实验重复次数	研究人类造血功能的调控机制和骨髓微环境重塑	诱导多能干细胞(iPSCs)、人类原代间充质基质细胞(MSCs)	干细胞研究	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序	3D assembloids	基因表达数据	NA
722	2025-06-04	Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone 2025-Jun-03, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf043 PMID:40143416	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，揭示了小鼠骨骼生长过程中表达Sox9的祖细胞在出生后仍能分化为多种骨骼细胞类型	首次证明出生后表达Sox9的祖细胞能够分化为大多数骨骼细胞系，包括生长板软骨细胞、软骨膜细胞和CXCL12丰富的网状骨髓基质细胞	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探索骨骼生长过程中成骨细胞前体的来源和分化途径	小鼠骨骼中的多种细胞类型，包括生长板软骨细胞、软骨膜细胞和骨髓基质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	未明确说明，但涉及小鼠骨骼中的多种细胞类型
723	2025-06-04	Mechanotransduction Mediated by PDLIM5: The Critical Role of Serpin E2/Integrin β3-Cytoskeleton-Nucleoskeleton Axis in Mechanical Osteogenic Programming 2025-Jun-03, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70067 PMID:40457949	研究论文	本研究探讨了机械敏感蛋白PDLIM5在周期性拉伸应力条件下对人脂肪干细胞(hASCs)成骨分化的作用及其机制	首次揭示了PDLIM5通过serpin E2/整合素β3-细胞骨架-核骨架轴调控机械性成骨编程的分子机制	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步动物实验验证	探究机械应力下干细胞成骨分化的分子机制	人脂肪干细胞(hASCs)	组织工程与再生医学	骨缺损	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、ALP染色、慢病毒转染、CCK-8检测、transwell迁移实验、伤口愈合实验、蛋白质相互作用分析、H&E染色、免疫组化	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、免疫染色图像	来自整合素β3敲除小鼠的原代脂肪干细胞和骨组织
724	2025-06-04	Cryptorchidism: Novel genetic insights into CCDC149 mutations 2025-Jun-03, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70072 PMID:40459248	研究论文	本研究探讨了CCDC149基因突变在双侧隐睾症发展中的作用及其分子机制	首次揭示了CCDC149基因突变与隐睾症的关联，并通过CRISPR/Cas9技术和单细胞RNA测序分析了其功能影响	研究样本量较小，仅基于一名8岁男孩和基因敲除小鼠模型，人类样本的广泛性不足	研究CCDC149基因突变在隐睾症发生中的作用及其分子机制	8岁双侧隐睾症男孩和Ccdc149基因敲除小鼠	遗传学	隐睾症	全外显子测序、CRISPR/Cas9、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因序列数据、RNA表达数据	1名人类患者和一组基因敲除小鼠
725	2025-06-04	AI-Driven Biomarker Discovery and Personalized Allergy Treatment: Utilizing Machine Learning and NGS 2025-Jun-03, Current allergy and asthma reports IF:5.4Q1 DOI:10.1007/s11882-025-01207-8 PMID:40459653	review	探讨人工智能（AI）和下一代测序（NGS）在过敏诊断和治疗中的变革潜力	结合AI和NGS技术，识别复杂的分子模式和预测性标志物，推动过敏诊断和治疗的个性化	数据整合和临床实施方面存在挑战	提升过敏疾病的生物标志物发现、患者分层和个性化管理策略的精确性	过敏疾病	machine learning	allergy	NGS, single-cell RNA sequencing	machine learning, deep learning	molecular data	NA
726	2025-06-04	Epigenetic alteration of smooth muscle cells regulates endothelin-dependent blood pressure and hypertensive arterial remodeling 2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186146 PMID:40146226	研究论文	研究平滑肌细胞（SMC）表观遗传变化对高血压（HTN）和动脉重塑的调控作用	发现JMJD3基因变异通过影响平滑肌细胞功能调控高血压，并揭示EDNRA拮抗剂BQ-123可逆转高血压	研究主要基于小鼠模型和人类动脉单细胞RNA测序数据，临床转化仍需进一步验证	探究高血压相关基因变异对平滑肌细胞功能和动脉重塑的影响	平滑肌细胞（SMC）和高血压（HTN）患者	心血管疾病研究	高血压	GWAS、scRNA-Seq、统计精细定位	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型（Jmjd3fl/flMyh11CreERT）	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	人类动脉单细胞RNA测序数据和小鼠模型
727	2025-06-04	Spatial omics technology potentially promotes the progress of tumor immunotherapy 2025-Jun-02, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03075-5 PMID:40456924	综述	本文综述了空间组学技术在肿瘤免疫治疗中的应用及其潜力	空间组学技术相比单细胞测序能保留空间背景并整合多模态分析，有助于理解生物组织内的复杂相互作用	临床转化面临的挑战未详细探讨	探讨空间组学技术如何促进肿瘤免疫治疗的进展	肿瘤微环境（TME）中的细胞相互作用和三级淋巴结构	数字病理	肿瘤	空间组学	NA	空间组学数据	NA
728	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术揭示了晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种不同反应模式	首次定义了晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种分子亚型（'免疫活性型'和'血管生成驱动型'），并揭示了治疗耐药的主要特征	研究样本量相对有限（n=422），且未进行前瞻性验证	揭示阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的分子机制和耐药特征	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（其中317例接受阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗单药治疗，58例接受索拉非尼治疗）
729	2025-06-04	MBD2 promotes epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and ARDS-related pulmonary fibrosis by modulating FZD2 2025-06, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167798 PMID:40081619	研究论文	本研究探讨了MBD2在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)相关肺纤维化发病机制中的作用及其潜在机制	首次揭示了MBD2通过调控FZD2表达促进上皮-间质转化(EMT)和ARDS相关肺纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证相对有限	阐明MBD2在ARDS相关肺纤维化中的分子机制	野生型和MBD2敲除小鼠、MLE-12细胞、原代人II型肺泡上皮细胞、人类肺纤维化样本	分子病理学	肺纤维化/ARDS	RNA-Seq、ChIP、单细胞测序、免疫组化(IHC)、免疫荧光、Western blot	小鼠ARDS模型、体外EMT模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据	小鼠模型、人类肺纤维化样本(具体数量未明确说明)
730	2025-06-04	Identification of NETs-related genes as diagnostic biomarkers in ischemic stroke using RNA sequencing and single-cell analysis 2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10117-z PMID:40107980	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞分析，识别了与中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）相关的基因，作为缺血性卒中的诊断生物标志物	首次将NETs相关基因（Ceacam3、Tnf、Selp、Fcgr4）与缺血性卒中进展联系起来，并通过单细胞数据验证了这些基因在中性粒细胞中的表达	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明NETs在缺血性卒中进展中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	缺血性卒中小鼠模型及其中性粒细胞胞外诱捕网相关基因	生物信息学	缺血性卒中	RNA测序、单细胞RNA测序	limma包、Seurat包	RNA测序数据、单细胞数据	未明确提及样本数量，但使用了MCAO小鼠模型
731	2025-06-04	Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress 2025-Jun, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70160 PMID:40269556	研究论文	利用单细胞测序技术，研究非结球白菜根尖在盐胁迫下的转录和染色质可及性变化，揭示盐胁迫对根毛分化和铁转运的影响	首次构建了非结球白菜根尖在正常和盐胁迫条件下的单细胞转录和染色质可及性图谱，揭示了盐胁迫通过影响BcIRT2基因表达干扰铁转运的机制	研究仅针对非结球白菜，未验证其他作物中的普适性	探究植物对盐胁迫的响应机制，为培育耐盐作物提供理论基础	非结球白菜根尖细胞	植物分子生物学	NA	单细胞多组学测序	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	未明确说明样本数量（非结球白菜根尖细胞）
732	2025-06-04	Comprehensive analysis of breast cancer oxidative stress related gene signature: a combination of bulk and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10130-2 PMID:40274661	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞RNA测序分析，开发了一个基于氧化应激相关基因的预后基因特征，用于评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	结合大量和单细胞RNA测序数据，建立氧化应激相关评分模型，并识别出关键转录因子TFAP2B	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性	开发基于氧化应激相关基因的预后基因特征，评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Lasso回归, 多变量Cox回归	RNA-seq数据, 临床信息	NA
733	2025-06-04	Single-cell transcriptomics reveals extracellular matrix remodeling and collagen dynamics during lactation in sheep mammary gland 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143669 PMID:40319976	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞组成和分子机制	首次在绵羊乳腺中应用单细胞转录组学技术，揭示了哺乳期间细胞外基质重塑和胶原蛋白动态变化的分子机制	研究仅针对产后60天和150天两个时间点，未能涵盖整个哺乳周期	探究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子变化机制	绵羊乳腺组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	产后60天和150天的绵羊乳腺组织样本
734	2025-06-04	KDELR3 and YOD1 proteins as critical endoplasmic reticulum stress mediators and potential therapeutic targets in diabetic foot ulcers: An integrated bioinformatics analysis 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144095 PMID:40354856	研究论文	本研究通过生物信息学方法鉴定了与糖尿病足溃疡(DFU)相关的内质网应激反应蛋白，并评估了其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统鉴定了32种与DFU相关的差异表达内质网应激蛋白，并发现KDELR3和YOD1蛋白具有重要诊断价值	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证这些蛋白在DFU中的具体作用机制	寻找糖尿病足溃疡的新型生物标志物和治疗靶点	糖尿病足溃疡患者组织样本	生物信息学	糖尿病足溃疡	生物信息学分析、WGCNA、机器学习、分子对接、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、qRT-PCR	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的DFU数据集
735	2025-06-04	The Potential Role of Monocyte-Derived Macrophages in Preventing Malarial Parasitemic Recrudescence in a Mouse Model 2025-Jun, Parasite immunology IF:1.4Q3 DOI:10.1111/pim.70010 PMID:40459245	研究论文	探讨单核细胞来源的巨噬细胞在小鼠模型中预防疟疾寄生虫血症复发的潜在作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析脾脏吞噬细胞在疟疾感染急性期和复发期的变化，揭示了单核细胞来源的巨噬细胞在控制寄生虫血症复发中的潜在保护作用	CCR2小鼠模型中未观察到单核细胞向巨噬细胞的转变，可能限制了机制的全面理解	研究疟疾寄生虫血症复发的免疫控制机制	小鼠模型中的单核细胞来源的巨噬细胞和疟原虫	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明
736	2025-06-03	SARS-CoV-2 Infection of Human Lung Air-Liquid Interface Cultures Reveals Basal Cells as Relevant Targets 2025-Jun-02, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf125 PMID:40065723	research paper	该研究通过感染人类原代鼻和支气管上皮细胞的空气-液体界面培养物，揭示了基底细胞在SARS-CoV-2感染中的重要作用	研究发现基底细胞是SARS-CoV-2的重要靶点，并证实了局部应用Camostat mesylate可有效抑制病毒感染和免疫激活	研究结果可能受供体特异性影响，且样本来源仅限于鼻和支气管上皮细胞	探究SARS-CoV-2感染上呼吸道时涉及的多种上皮细胞类型及其免疫反应	人类原代鼻和支气管上皮细胞的空气-液体界面培养物	NA	COVID-19	病毒复制分析、单细胞RNA测序、光谱显微镜	NA	RNA测序数据、显微镜图像	人类原代鼻和支气管上皮细胞培养物（未提供具体样本数量）
737	2025-06-03	Cxcr3 promotes protection from colorectal cancer liver metastasis by driving NK cell infiltration and plasticity 2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184036 PMID:40168086	research paper	该研究探讨了CXCR3在促进NK细胞浸润和可塑性中的作用，从而保护免受结直肠癌肝转移的影响	揭示了CXCR3/配体轴在促进巨噬细胞依赖性NK细胞积累和功能维持中的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究NK细胞在结直肠癌肝转移中的抗肿瘤机制	结直肠癌肝转移中的NK细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq	MC38小鼠模型和SL4诱导的CRC转移模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，包括小鼠模型和人类患者样本
738	2025-06-03	Perivascular Niche-Resident Alveolar Macrophages Promote Interstitial Pneumonitis Related to Trastuzumab Deruxtecan Treatment 2025-Jun-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2021 PMID:40300097	research paper	该研究揭示了曲妥珠单抗德鲁替康（T-DXd）通过肺泡巨噬细胞引发间质性肺炎的机制，并提出了预防策略	首次发现T-DXd通过肺泡巨噬细胞的Fc-FcγR相互作用触发促间质性肺炎表型转变，并证实血管周围微环境预处理可减轻ADC肺部毒性	研究基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	阐明抗体药物偶联物T-DXd引发间质性肺病的机制并开发预防策略	曲妥珠单抗德鲁替康（T-DXd）及其诱导的间质性肺病	免疫病理学	间质性肺病/乳腺癌	单细胞RNA测序、活体显微镜成像	免疫活性小鼠模型	基因表达数据/显微成像数据	NA
739	2025-06-03	Vascular Normalization Augments the Anti-tumor Efficacy of Combined HDAC Inhibitor with Immunotherapy in Solid Tumors 2025-Jun-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1033 PMID:40452600	研究论文	本文探讨了组蛋白去乙酰化酶抑制剂（HDACi）与免疫疗法联合使用在实体瘤治疗中的效果，并提出了通过抗血管生成疗法来增强其协同作用的新策略	提出了一种结合HDACi、抗血管生成疗法和免疫疗法的新治疗策略，并通过单细胞RNA测序数据验证了其机制	研究主要基于患者样本的scRNA-seq数据，未涉及大规模临床试验	优化实体瘤的免疫治疗效果	实体瘤患者样本	肿瘤免疫治疗	实体瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	患者样本（具体数量未提及）
740	2025-06-03	Wnt1's Differential Effects on Craniofacial Bone and Tooth Development 2025-Jun-02, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251336191 PMID:40454459	research paper	该研究探讨了Wnt1信号通路在小鼠颅面骨和牙齿发育中的不同作用	揭示了Wnt1在不同发育阶段对颅面骨和牙齿发育的差异性影响，并发现了其对破骨细胞生成的剂量依赖性抑制作用	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究Wnt1信号通路在颅面骨和牙齿发育中的具体机制	小鼠颅面骨和牙齿	发育生物学	颅面发育异常	单细胞测序、RNA测序、显微CT	转基因小鼠模型	基因表达数据、影像数据	NA