单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 741 篇文献，本页显示第 721 - 740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2025-10-07 |
Development and validation of a transcription factor regulatory network-based signature for individualized prognostic risk in lung adenocarcinoma
2025-Jun-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.35375
PMID:39960662
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研究论文 | 开发并验证基于转录因子调控网络的肺腺癌个体化预后风险特征 | 利用单细胞RNA测序数据构建上皮细胞特异性转录因子调控网络，开发了包含3521个基因对的单细胞基因对特征（scGPS）用于预后预测 | NA | 开发可靠的肺腺癌预后特征用于风险分层 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序，微阵列 | 基因对特征模型 | 基因表达数据 | 来自23个队列的2740名患者，包括1个单细胞RNA测序数据集、5个bulk RNA测序数据集和17个微阵列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 722 | 2025-10-07 |
Fast analysis of Spatial Transcriptomics (FaST): an ultra lightweight and fast pipeline for the analysis of high resolution spatial transcriptomics
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf044
PMID:40248491
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研究论文 | 开发了一个名为FaST的超轻量快速分析流程，用于处理高分辨率空间转录组数据 | 首个能够在标准多核工作站上快速分析大规模空间转录组数据的流程，无需高性能计算集群 | 依赖spateo-release包进行RNA分割，未集成成像引导的细胞分割功能 | 开发高效的空间转录组数据分析工具 | 空间转录组测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组测序数据 | >5亿条测序reads | Illumina | 空间转录组学 | Illumina flow cells | 兼容OpenST、seq-scope、Stereo-seq等协议 |
| 723 | 2025-10-07 |
SciGeneX: enhancing transcriptional analysis through gene module detection in single-cell and spatial transcriptomics data
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf043
PMID:40248490
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研究论文 | 介绍用于单细胞和空间转录组数据分析的R包SciGeneX，通过基因模块检测增强转录分析能力 | 采用邻域分析和图分割方法生成共表达基因模块，能够发现传统方法忽略的稀有细胞群体 | NA | 开发新的计算方法来更好地解析单细胞和空间转录组数据中的细胞异质性 | 单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 邻域分析，图分割方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 724 | 2025-10-07 |
OmniClust: A versatile clustering toolkit for single-cell and spatial transcriptomics data
2025-Jun, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.007
PMID:40057293
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研究论文 | 开发了一个名为OmniClust的多功能聚类工具包，用于单细胞和空间转录组学数据分析 | 开发了首个同时整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据的聚类工具包，采用深度学习算法处理空间转录组数据，机器学习算法处理单细胞RNA测序数据 | NA | 开发一个能够整合单细胞和空间转录组学数据的通用聚类工具包 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 深度学习，机器学习 | 转录组数据 | 12个空间转录组基准数据集和4个单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 725 | 2025-10-07 |
Nanoparticle-mediated sodium butyrate delivery for repairing hypoxic-ischemic brain injury in premature infants
2025-Jun, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101665
PMID:40230649
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研究论文 | 本研究开发了一种负载丁酸钠的磁性荧光纳米颗粒，通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复早产儿缺氧缺血性脑损伤 | 首次利用磁性荧光纳米颗粒递送丁酸钠，通过磁靶向和聚焦超声技术实现脑部精准给药，并阐明其通过Sp1/TGF-β1信号通路促进脑修复的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在临床患者中验证；纳米颗粒的长期生物安全性需要进一步评估 | 探索纳米颗粒介导的丁酸钠递送系统对早产儿缺氧缺血性脑损伤的修复机制 | 缺氧缺血性脑病早产儿模型小鼠 | 纳米医学 | 新生儿缺氧缺血性脑病 | 单细胞RNA测序, 高通量转录组分析, 非靶向代谢组学 | NA | 代谢组数据, 转录组数据, 图像数据 | HIEP小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 726 | 2025-10-07 |
Precise measurement of CRISPR genome editing outcomes through single-cell DNA sequencing
2025-Jun-12, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2025.101449
PMID:40225018
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研究论文 | 本研究利用单细胞DNA测序技术精确测量CRISPR基因组编辑结果 | 首次采用单细胞测序技术在单细胞水平全面分析CRISPR编辑结果，包括编辑合子性、结构变异和细胞克隆性 | 未明确说明样本规模和实验验证的局限性 | 开发精确测量基因编辑结果的方法以确保基因治疗产品的安全性 | 经过三重编辑的细胞基因型 | 基因组编辑 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | DNA序列数据 | NA | Mission Bio | 单细胞DNA测序 | Tapestri | Tapestri单细胞DNA测序平台 |
| 727 | 2025-10-07 |
Proline mitigates antibiotic resistance evolution induced by ciprofloxacin at environmental concentrations
2025-Jun-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137561
PMID:39938368
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研究论文 | 本研究通过实验发现脯氨酸能够有效缓解环境中环丙沙星诱导的抗生素耐药性进化 | 首次发现脯氨酸可通过调节细菌代谢状态来抑制抗生素耐药性进化，并揭示了其作用机制 | 研究主要针对土壤分离的大肠杆菌，对其他菌种和环境的应用效果需进一步验证 | 探索氨基酸在控制环境抗生素耐药性进化中的作用 | 土壤分离的大肠杆菌及其他细菌种群（如假单胞菌属和沙雷氏菌属） | 微生物学 | 细菌感染 | 转录组学，C代谢通量分析，单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据，代谢通量数据，单细胞RNA测序数据 | 18种氨基酸筛选，24天进化实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 728 | 2025-10-07 |
PANoptosis-related gene biomarkers in aortic dissection
2025-Jun, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2025.110385
PMID:40086567
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析确定了主动脉夹层中血管平滑肌细胞PANoptosis相关的关键基因标志物 | 首次在主动脉夹层中系统评估了包含焦亡、凋亡和坏死性凋亡的PANoptosis过程，并识别出三个关键基因标志物 | 研究依赖于公共数据库数据，样本量有限，需要进一步实验验证 | 探究PANoptosis在主动脉夹层发病机制中的作用并识别相关基因标志物 | 主动脉夹层患者的血管平滑肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 加权基因共表达网络分析, 基因富集分析 | NA | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE213740, GSE153434, GSE147026, GSE52093)和患者组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 729 | 2025-10-07 |
PLA2G4F is a metabolic checkpoint in triple-negative breast cancer: Insights from multiple omics analysis and experiments
2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2025.200963
PMID:40212962
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，发现PLA2G4F是三阴性乳腺癌的代谢检查点基因 | 首次系统分析TNBC代谢异质性，鉴定出104个候选代谢检查点基因，并通过单细胞RNA测序发现PLA2G4F在恶性细胞中特异性表达 | 未明确说明样本量大小，部分机制研究仍需深入验证 | 探索三阴性乳腺癌的代谢异质性及潜在治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 共识聚类 | NA | 基因表达数据, 突变谱, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 730 | 2025-10-07 |
Roles of Adam8 in Neuroinflammation in experimental ischemic Stroke: Insights from single-cell and ribosome-bound mRNA sequencing
2025-Jun, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115207
PMID:40064361
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研究论文 | 本研究通过单细胞和核糖体结合mRNA测序技术揭示了Adam8在实验性缺血性卒中神经炎症中的关键作用 | 首次整合单细胞测序和核糖体结合mRNA测序数据，发现Adam8在转录和翻译水平均上调，并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；样本量相对有限 | 探究缺血性卒中后神经炎症的分子机制，特别是小胶质细胞迁移的调控机制 | 小鼠远端大脑中动脉闭塞模型中的小胶质细胞 | 神经科学 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序, 核糖体结合mRNA测序, 蛋白质分析, 免疫荧光 | NA | 单细胞测序数据, 核糖体结合mRNA测序数据, 蛋白质数据 | 公共数据集GSE234052和GSE225110 | NA | 单细胞RNA测序, 核糖体结合mRNA测序 | NA | NA |
| 731 | 2025-10-07 |
Organoid-based single cell sequencing revealed the lineage evolution during docetaxel treatment in gastric cancer
2025-Jun-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217617
PMID:40118243
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研究论文 | 通过类器官单细胞测序揭示胃癌多西他赛治疗过程中的谱系演化 | 首次利用胃癌类器官模型结合单细胞RNA测序系统解析多西他赛耐药过程中的细胞群体动态变化和关键基因调控机制 | 研究主要基于类器官模型，需要进一步在临床样本中验证 | 探索胃癌多西他赛耐药的细胞分子机制 | 胃癌类器官和细胞系 | 单细胞测序 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 敏感和耐药胃癌类器官模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 732 | 2025-10-07 |
Unveiling the crucial role of CD8+ T cell and endothelial cell interaction in rheumatoid arthritis through the integrated analysis of spatial transcriptomics and bulk/single-cell RNA-seq
2025-Jun, Journal of translational autoimmunity
IF:4.7Q2
DOI:10.1016/j.jtauto.2025.100285
PMID:40212397
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研究论文 | 通过整合分析空间转录组学和批量/单细胞RNA-seq数据，揭示CD8+ T细胞与内皮细胞相互作用在类风湿关节炎中的关键作用 | 首次通过三阶段分析框架整合多种转录组数据，系统揭示CD8+ T细胞与内皮细胞通过趋化因子信号通路的相互作用是RA进展的关键驱动因素 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据分析，缺乏实验验证 | 阐明类风湿关节炎发病机制中关键的细胞间相互作用 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织细胞 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 13个单细胞RNA测序数据集，包含多个GEO和EBI数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 733 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and regulatory modules of cell-specific RNA-binding proteins in patients with systemic lupus erythematosus
2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101977
PMID:40212811
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示系统性红斑狼疮患者细胞特异性RNA结合蛋白的异质性和调控网络 | 首次在单细胞分辨率系统性分析SLE皮肤微环境中不同细胞类型的RBP表达异质性，并整合多组学数据构建RBP与可变剪接事件的调控网络 | 研究基于公开数据库的样本，样本量相对有限，且主要聚焦皮肤病变组织 | 阐明系统性红斑狼疮中RNA结合蛋白的细胞特异性表达模式和调控机制 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照者的皮肤活检组织 | 单细胞转录组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-Seq, 可变剪接分析 | 共表达网络分析 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 来自公开数据库的SLE患者和健康对照皮肤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 734 | 2025-10-07 |
Transcriptome analysis reveals the potential role of neural factor EN1 for long-terms survival in estrogen receptor-independent breast cancer
2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2025.200965
PMID:40207200
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研究论文 | 通过转录组分析揭示神经因子EN1在雌激素受体非依赖性乳腺癌长期生存中的潜在作用 | 首次发现神经相关通路在TNBC患者10年无复发生存中的差异富集，并开发了基于机器学习的早期复发指数预测模型 | 研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证EN1的功能机制 | 探索雌激素受体阴性乳腺癌复发相关的生物标志物和生物学过程 | 乳腺癌患者，特别是三阴性乳腺癌和HER2阳性乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 285个癌和癌旁样本（来自155名TNBC患者）及7,449名乳腺癌患者的11个独立公共队列数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 735 | 2025-10-07 |
Integrated bioinformatics analysis to develop diagnostic models for malignant transformation of chronic proliferative diseases
2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000226
PMID:40201199
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析开发慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型 | 首次识别PV和AML之间的共享基因并构建诊断列线图，为AML相关PV的诊断提供新途径 | 慢性疾病转化特性使纵向高通量测序研究复杂化 | 开发慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型，解决早期检测和干预的挑战 | 真性红细胞增多症(PV)和急性髓系白血病(AML)患者 | 生物信息学 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 机器学习算法 | 机器学习, 列线图 | 基因表达数据, 临床样本 | 公共数据集和临床标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 736 | 2025-10-07 |
Erythroblastic island: the niche for erythroid terminal differentiation and beyond
2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000228
PMID:40129604
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综述 | 本文总结了红系造血岛作为红细胞终末分化微环境的最新研究进展，并探讨其潜在的免疫功能和异质性特征 | 挑战了红系造血岛仅支持红细胞分化的传统观点，发现促红细胞生成素受体可作为其巨噬细胞新标志物，并首次确认中性粒细胞为红系造血岛的新细胞组分 | 尚未明确免疫倾向性幼红细胞是否及如何在红系造血岛中成熟 | 探讨红系造血岛的细胞组成异质性和潜在免疫功能 | 红系造血岛及其包含的巨噬细胞、幼红细胞和中性粒细胞等细胞组分 | NA | NA | 谱系追踪小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 737 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing-guided engineering of mitochondrial therapies for intervertebral disc degeneration by regulating mtDNA/SPARC-STING signaling
2025-Jun, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.02.036
PMID:40104024
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序指导工程化线粒体疗法治疗椎间盘退变 | 首次利用单细胞RNA测序指导开发针对椎间盘退变的线粒体移植疗法，并工程化具有抗氧化和抗炎活性的多生物活性生物疗法 | 研究主要基于动物模型验证，尚未进行人体临床试验 | 开发针对椎间盘退变的新型线粒体疗法 | 人类髓核组织、髓核细胞和大鼠椎间盘退变模型 | 单细胞测序 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 单细胞RNA测序数据 | 人类髓核组织和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 738 | 2025-10-07 |
Pdia3 deficiency exacerbates intestinal injury by disrupting goblet and Paneth cell function during ischemia/reperfusion
2025-Jun, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111682
PMID:39988288
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研究论文 | 本研究探讨了PDIA3蛋白在肠缺血/再灌注损伤中对杯状细胞和潘氏细胞功能的保护作用 | 首次揭示了PDIA3缺陷通过破坏杯状细胞和潘氏细胞功能加剧肠缺血/再灌注损伤的机制 | 研究主要基于动物模型，人类样本验证仍需进一步扩大 | 探索PDIA3在肠缺血/再灌注损伤中维持肠道完整性和免疫功能的作用 | 人类和小鼠肠道上皮细胞，特别是杯状细胞和潘氏细胞 | 分子生物学 | 肠缺血/再灌注损伤 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，转录组分析 | 肠道上皮特异性条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，组织切片图像，转录组数据 | 人类肠系膜动脉缺血患者样本和Pdia3基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 739 | 2025-10-07 |
Pathogenesis, attenuation, and treatment strategies for keloid management
2025-Jun, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2025.102800
PMID:39999656
|
综述 | 本文综述了瘢痕疙瘩的发病机制、治疗策略及新型治疗方法 | 讨论了单细胞RNA测序等新技术在理解瘢痕疙瘩发病机制中的应用，并详细分析了纳米治疗等新型治疗方法的优势 | 瘢痕疙瘩治疗后易复发，治疗过程复杂，需要长期随访 | 探讨瘢痕疙瘩的发病机制和治疗管理策略 | 瘢痕疙瘩的病理过程和治疗方法 | 皮肤病学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序,转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 740 | 2025-10-07 |
USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization
2025-Jun, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981
PMID:39946796
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研究论文 | 本研究探讨了USP7及其抑制剂P5091通过调节巨噬细胞极化在牙周炎炎症控制中的作用 | 首次发现USP7在牙周炎中表达升高，并证实其抑制剂P5091可通过调节巨噬细胞极化影响牙周炎症 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 研究USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的作用及其治疗潜力 | 牙周炎组织、RAW264.7巨噬细胞系、小鼠实验性牙周炎模型 | 免疫学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot, 慢病毒敲低 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |