单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-06-08	Inhibiting the Histone Demethylase Kdm4a Restrains Cardiac Fibrosis After Myocardial Infarction by Promoting Autophagy in Premature Senescent Fibroblasts 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414830 PMID:40231733	research paper	研究探讨了组蛋白去甲基化酶Kdm4a在心肌梗死后心脏纤维化中的作用及其机制	首次揭示了Kdm4a通过调控Trim44表达促进自噬，进而影响心肌梗死后心脏纤维化的新机制	研究未涉及Kdm4a对心室破裂的影响	探究心肌梗死后心脏纤维化的调控机制	早衰成纤维细胞(PSFs)	心血管疾病	心肌梗死	scRNA-seq, ChIP-seq, ChIP-PCR	NA	基因表达数据	NA
662	2025-06-08	Exploring the Latent Information in Spatial Transcriptomics Data via Multi-View Graph Convolutional Network Based on Implicit Contrastive Learning 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413545 PMID:40304359	研究论文	本文提出了一种名为STMIGCL的新框架，通过多视图图卷积网络和隐式对比学习来探索空间转录组数据中的潜在信息，以提高空间域识别的准确性	引入了多视图图卷积网络和隐式对比学习方法，结合注意力机制自适应整合不同视图，显著提升了空间域识别的精度	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据中空间域识别的准确性，增强对组织微环境和生物过程的理解	空间转录组数据	生物信息学	NA	多视图图卷积网络、隐式对比学习、注意力机制	GCN（图卷积网络）	空间转录组数据	未明确提及样本数量
663	2025-06-08	MRAS: Master Regulator Analysis of Alternative Splicing 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414493 PMID:40323145	研究论文	介绍了一种名为MRAS的计算方法，用于识别在剪接调控网络中起核心作用的关键剪接因子	提出MRAS方法，能够高效识别调控层次顶端的剪接因子，这些因子的异常表达会导致剪接紊乱并驱动表型变异性	未明确说明方法在特定肿瘤类型或数据规模下的局限性	研究剪接调控网络中的关键调控因子及其在疾病表型中的作用	剪接因子及其在肿瘤发生、发展、转移和治疗抵抗中的作用	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序	计算模型	RNA-seq数据	NA
664	2025-06-08	Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02146-2 PMID:40328997	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了乳糜泻（CD）中小肠免疫-上皮-基质网络的细胞生态系统	首次在CD中展示了上皮细胞向祖细胞状态的转变、干扰素驱动的转录反应，以及黏膜T细胞的数值和功能变化，并通过空间转录组学定义了传统组织学评分未捕获的转录生态位	样本量相对较小（35名参与者进行单细胞转录组学，20名进行空间转录组学），且研究结果可能受到活检样本来源的限制	阐明乳糜泻中小肠免疫-上皮-基质相互作用的细胞和分子机制	乳糜泻患者的肠道活检样本	单细胞转录组学	乳糜泻	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	35名参与者（单细胞转录组学），20名参与者（空间转录组学）
665	2025-06-08	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	应用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道壁的细胞生态系统及其相互作用	首次通过单细胞空间转录组学技术揭示了气道壁在健康和哮喘状态下的空间细胞景观，发现了促炎细胞生态系统的存在及其独特的空间分布	研究样本可能不足以代表所有哮喘亚型，且未探讨长期治疗对这些细胞生态系统的影响	揭示气道壁在健康和哮喘状态下的细胞空间分布及其相互作用机制	健康和哮喘患者的气道壁组织	单细胞生物学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	健康和哮喘患者的气道壁组织样本（具体数量未提及）
666	2025-06-08	Efficacy and biomarker analysis of neoadjuvant disitamab vedotin (RC48-ADC) combined immunotherapy in patients with muscle-invasive bladder cancer: A multi-center real-world study 2025-Jun, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70033 PMID:40469503	研究论文	本研究评估了RC48-ADC联合免疫治疗在肌肉浸润性膀胱癌患者中的疗效，并通过单细胞RNA测序探索了潜在的预测生物标志物	首次在真实世界研究中评估RC48-ADC联合免疫治疗对MIBC患者的疗效，并通过单细胞RNA测序发现C3亚群中HER2和HSPA1A的联合检测可作为疗效预测策略	样本量相对有限，特别是单细胞RNA测序仅分析了11个样本	评估RC48-ADC联合免疫治疗的疗效并探索预测生物标志物	肌肉浸润性膀胱癌(MIBC)患者	肿瘤学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	102名患者(整体研究) + 11个样本(单细胞RNA测序)
667	2025-06-08	A multi-centered prospective birth cohort study in Western China 2025-Jun, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70049 PMID:40469506	研究论文	中国西部出生队列研究是一项多中心前瞻性出生队列研究，旨在填补中国西部母婴健康研究的关键空白	该研究整合了多种先进的组学测量技术，探索基因与环境的相互作用、健康的早期决定因素以及中国西部多样化人群的长期疾病风险	NA	研究中国西部母婴健康，探索基因与环境的相互作用及长期疾病风险	中国西部五个省份的15,093名孕妇及其生物样本	公共卫生	母婴健康	基因组学、蛋白质组学、外泌体分析、代谢组学、空间转录组学、单细胞RNA测序、培养组学、宏基因组学和病毒组学分析	NA	医疗记录、问卷和生物样本	15,093名孕妇，收集了超过220,000份医疗记录、80,000份问卷和12种不同类型的生物样本
668	2025-06-08	Peripheral blood immune landscape and NXPE3 as a novel biomarker for hypertensive intracerebral hemorrhage risk prediction and targeted therapy 2025-Jun, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70030 PMID:40469509	研究论文	通过RNA-seq和scRNA-seq技术分析脑出血患者的免疫失调，发现过度炎症反应、中性粒细胞激活和T细胞功能障碍是脑出血的主要特征，并利用机器学习框架构建高血压患者脑出血风险预测模型	发现NXPE3作为潜在治疗靶点，证实二氢麦角胺（DHE）与NXPE3有强结合亲和力，可降低自发性脑出血发生率并调节免疫炎症反应	NA	研究高血压相关脑出血的免疫失调机制及潜在治疗策略	脑出血患者	生物医学	脑出血	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接与模拟	多机器学习框架	RNA-seq数据	NA
669	2025-06-08	Comprehensive analysis of multi-omics single-cell data using the single-cell analyst 2025-Jun, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70038 PMID:40469516	research paper	介绍了一个用户友好的、基于网络的平台single-cell analyst，用于简化多组学单细胞数据的综合分析	提供了一个无需编程技能即可进行多组学分析的平台，支持多种单细胞组学数据类型，并自动化关键分析步骤	未提及具体的技术局限性或性能瓶颈	解决现有单细胞多组学分析工具复杂且需要编程技能的问题	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	scRNA-sequencing, scATAC-seq sequencing, scImmune profiling, single-cell copy number variation, cytometry by time-of-flight, flow cytometry, spatial transcriptomics	NA	单细胞多组学数据	支持不同规模的数据集，分析时间从几分钟到几小时不等
670	2025-06-08	Inhaled PAMAM-based nano-formulation prolonged lung retention for alleviating pulmonary inflammation of COPD 2025-Jun, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101845 PMID:40469693	研究论文	本研究开发了一种基于PAMAM的纳米复合物G4-IAA，通过吸入给药延长药物在肺部的滞留时间，用于缓解COPD的肺部炎症	创新性地将IAA与G4 PAMAM树枝状聚合物通过主客体相互作用结合形成纳米复合物，显著提高了IAA的溶解度和生物利用度	研究仅在COPD小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型纳米药物递送系统，用于治疗COPD的肺部炎症	COPD小鼠模型	纳米医学	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞测序	NA	NA	NA
671	2025-06-08	Macrophage-derived IL-15 imprints peritoneal TRM-like CD8 T cells in cirrhosis and spontaneous bacterial peritonitis 2025-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101381 PMID:40470117	research paper	该研究探讨了肝硬化患者腹膜CD8 T细胞是否表现出类似组织驻留记忆T细胞（TRM）的功能，并关注炎症事件如何影响其表型和功能	首次发现腹膜CD8 T细胞具有TRM样特性，并在腹膜炎症期间对巨噬细胞来源的IL-15产生反应	研究样本量有限（87例患者），且仅针对肝硬化患者，未涉及其他疾病状态	探究肝硬化患者腹膜CD8 T细胞的TRM样功能及其在腹膜炎症中的作用	肝硬化患者的腹膜CD8 T细胞	免疫学	肝硬化	质谱流式细胞术、流式细胞术、RT-qPCR、单细胞RNA测序、体外培养和细胞因子分析	NA	细胞、细胞因子和基因表达数据	87例肝硬化患者（其中30例发生自发性细菌性腹膜炎）
672	2025-06-08	Single-cell RNA-seq analysis reveals the multi-step process of cellular senescence 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102042 PMID:40476058	研究论文	通过单细胞RNA-seq分析揭示细胞衰老的多步骤过程	整合单细胞轨迹和转录因子动态变化，解码复制性衰老过程中的阶段特异性分子特征	仅使用HUVECs细胞数据，可能无法完全代表其他细胞类型的衰老过程	阐明细胞衰老的机制，特别是从增殖状态到衰老状态的逐渐转变过程	人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)的复制性衰老过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	Seurat, Monocle 3, SCENIC	单细胞基因表达数据	公开可用的HUVECs单细胞RNA-Seq数据
673	2025-06-08	Neurodegeneration Promotes Tumorigenesis in Colorectal Cancer: Insights From Single-Cell and Spatial Multiomics 2025-Jun, JCO precision oncology IF:5.3Q1 DOI:10.1200/PO-24-00744 PMID:40479626	研究论文	本研究通过单细胞和空间多组学分析，探讨了神经退行性变在结直肠癌（CRC）肿瘤发生中的作用	首次揭示了神经退行性变通过增强神经元-肿瘤相互作用和EGFR信号传导促进CRC进展的机制，并开发了基于深度学习的预后模型	神经退行性变与CRC进展的具体分子机制仍需进一步验证	探究神经退行性变在结直肠癌肿瘤发生中的作用及其机制	结直肠癌（CRC）患者样本	数字病理学	结直肠癌	单核RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学（ST）、批量转录组学、多重免疫荧光	DeepSurv	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	未明确提及具体样本数量，但涉及多种组学数据整合分析
674	2025-06-07	Integrated analyses reveal CXCL11 as an inhibitor in ovarian cancer and its facilitation of an M1 macrophage switch via the JAK2/STAT1 pathway 2025-Jun-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114900 PMID:40409100	研究论文	本文通过整合分析揭示了CXCL11在卵巢癌中的抑制作用及其通过JAK2/STAT1通路促进M1巨噬细胞极化的机制	首次系统地识别了M1巨噬细胞相关分子并确立了它们在卵巢癌中的预后意义，特别是CXCL11的双重功能	研究主要基于生物信息学分析和体外功能实验，缺乏体内实验验证	深入了解M1样肿瘤相关巨噬细胞在卵巢癌中的积极作用，并识别可靠的生物标志物以分层卵巢癌患者的疾病进展风险	卵巢癌(OC)中的M1样肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)及其相关分子机制	肿瘤生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量转录组数据分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
675	2025-06-07	Eleutheroside A inhibits PI3K/AKT1/mTOR-mediated glycolysis in MDSCs to alleviate their immunosuppressive function in gastric cancer 2025-Jun-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114907 PMID:40409102	研究论文	研究探讨了刺五加苷A（EA）通过抑制PI3K/AKT1/mTOR信号通路和HIF-1α介导的糖酵解，减轻髓源性抑制细胞（MDSCs）的免疫抑制功能，从而抑制胃癌（GC）肿瘤生长的机制	首次揭示了EA通过靶向PI3K/AKT1/mTOR信号通路和HIF-1α介导的糖酵解，调节MDSCs的免疫抑制功能，为胃癌治疗提供了新的免疫治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证EA的效果和安全性	探究EA对胃癌免疫抑制微环境的调节作用及其机制	胃癌小鼠模型、MDSCs、CD4+/CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	流式细胞术、免疫荧光、bulk RNA-seq、scRNA-seq、网络药理学分析、PPI网络分析、分子对接、SPR、qPCR、Western blotting、Seahorse assays	小鼠皮下胃癌模型	RNA-seq数据、流式细胞术数据、免疫荧光图像	小鼠模型、TCGA数据库、两个scRNA-seq数据集（GSE183904和GSE150290）
676	2025-06-07	Integrative single-cell and bulk transcriptomics with Mendelian randomization reveals NAD-related biomarkers in diabetic retinopathy: Insights and experimental validation 2025-Jun-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114949 PMID:40435823	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组学与孟德尔随机化方法，揭示了糖尿病视网膜病变中与NAD相关的生物标志物，并进行了实验验证	首次整合单细胞和批量转录组学与孟德尔随机化方法，识别出CCDC88A和GPD2作为糖尿病视网膜病变的潜在生物标志物，并发现小胶质细胞在疾病中的关键作用	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限	识别与NAD相关的生物标志物并阐明其在糖尿病视网膜病变中的分子机制	糖尿病视网膜病变患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq, RT-qPCR, 孟德尔随机化分析	NA	转录组数据	公共数据库数据及实验验证样本
677	2025-06-07	Characterization of m6A-Related Genes in Tumor-Associated Macrophages for Prognosis, Immunotherapy, and Drug Prediction in Lung Adenocarcinomas Based on Machine Learning Algorithms 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500293RR PMID:40474570	research paper	该研究通过机器学习算法分析了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的m6A相关基因，用于预后、免疫治疗和药物预测	首次在肺腺癌中鉴定出与m6A修饰相关的巨噬细胞基因(MMRGs)，并利用多种机器学习算法构建预后模型和筛选潜在治疗药物	研究结果需要进一步的实验验证和临床转化	探索m6A修饰在肿瘤相关巨噬细胞中的作用及其对肺腺癌进展的影响	肺腺癌患者的肿瘤相关巨噬细胞和m6A相关基因	machine learning	lung cancer	单细胞转录组分析、分子对接、分子动力学、免疫组化、免疫荧光	多种机器学习算法(共13种)	转录组数据、蛋白质表达数据	NA
678	2025-06-07	Inhibition of Cholesterol Synthesis in T Cells Protects the Liver Against Steatosis, Inflammation, and Oxidative Stress in Metabolic Dysfunction-Associated Steatohepatitis 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500115R PMID:40476852	研究论文	本研究探讨了抑制T细胞中胆固醇合成对代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中肝脏脂肪变性、炎症和氧化应激的保护作用	揭示了通过药理学调节T细胞胆固醇代谢作为治疗MASH的新策略	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究T细胞胆固醇代谢在MASH发病机制中的作用及潜在治疗靶点	小鼠MCD饮食诱导的MASH模型中的CD8 T细胞	免疫代谢	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	单细胞转录组分析	小鼠MCD饮食诱导模型	转录组数据	NA
679	2025-06-07	Excess Neprilysin in Placental EVs Impairs CNP-NPRB-Mediated Vasodilation to Trigger Preeclamptic Hypertension 2025-Jun-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325673 PMID:40304042	research paper	研究发现子痫前期胎盘细胞外囊泡中过量的NEP通过降解CNP，损害血管舒张功能，从而引发高血压	首次揭示胎盘细胞外囊泡中NEP通过CNP-NPRB信号通路导致子痫前期高血压的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明子痫前期发病机制中胎盘与血管功能障碍之间的联系	胎盘细胞外囊泡、子宫动脉血管、血管平滑肌细胞	生殖医学	子痫前期	液相色谱-质谱联用技术、单细胞RNA测序、腺病毒转染	小鼠疾病模型	分子生物学数据、生理学数据	未明确说明样本数量，使用正常和子痫前期胎盘组织及对应小鼠模型
680	2025-06-07	T Cell Exhaustion-Related Gene Signatures Predict Immunotherapy and Chemotherapy Response in Kidney Renal Clear Cell Carcinoma 2025-Jun-06, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2025.0060 PMID:40474808	研究论文	本研究开发了一个基于T细胞耗竭（TEX）的预后模型，用于预测肾透明细胞癌（KIRC）患者的生存结果和治疗反应	通过TEX相关基因特征预测免疫治疗和化疗反应，为个性化治疗策略提供新见解	研究样本主要来自TCGA数据库，可能缺乏外部验证队列的广泛代表性	预测KIRC患者的免疫治疗和化疗反应，优化个性化治疗策略	肾透明细胞癌（KIRC）患者	数字病理学	肾癌	基因集变异分析、加权相关网络分析、单细胞RNA测序、实时定量PCR	随机森林、LASSO-Cox回归	基因表达数据	518名来自TCGA的KIRC患者，以及IMvigor210和GDSC数据库的数据