单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-06-10	Transcriptional landscape of aniridia-associated keratopathy through single-cell RNA sequencing 2025-Jun-03, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.05.008 PMID:40473205	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示无虹膜相关角膜病变的转录组景观	首次使用单细胞RNA测序技术分析无虹膜相关角膜病变患者的角膜上皮细胞基因表达谱	研究仅基于一个病例样本，结果可能不具有普遍性	阐明无虹膜相关角膜病变的分子机制	先天性无虹膜患者的角膜上皮细胞	数字病理学	角膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例48岁女性先天性无虹膜患者的角膜上皮组织
622	2025-06-10	Tumor-associated Schwann cells promote salivary adenoid cystic carcinoma stem-like reprogramming via IGF2/IGF1R induced histone H3 lysine 18 lactylation 2025-Jun-02, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217847 PMID:40466903	研究论文	研究探讨了唾液腺腺样囊性癌（SACC）中肿瘤相关雪旺细胞（TA-SCs）通过IGF2/IGF1R诱导的组蛋白H3赖氨酸18乳酸化促进肿瘤干细胞样重编程的机制	揭示了TA-SCs通过IGF2/IGF1R-H3K18la轴促进SACC进展和干细胞样重编程的新机制，并提出了潜在的治疗靶点	未明确TA-SCs重编程的具体分子机制是否适用于其他类型的癌症	探究TA-SCs在SACC进展和干细胞样重编程中的作用及分子机制	唾液腺腺样囊性癌（SACC）及其肿瘤微环境中的雪旺细胞（SCs）	肿瘤生物学	唾液腺腺样囊性癌	组织透明化三维成像、单细胞RNA测序	NA	图像数据、转录组数据	NA
623	2025-06-10	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	research paper	该研究揭示了表观遗传调节因子CBX5在肺纤维化中的作用，通过调控成纤维细胞的代谢重编程影响纤维化进程	首次发现CBX5在肺纤维化中作为连接表观遗传改变与代谢异常的关键调节因子，并证明其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究CBX5在肺纤维化发病机制中的作用及其作为治疗靶点的可能性	肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)组织	分子病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫组织化学分析、RNA测序分析	NA	基因表达数据、组织样本	IPF患者肺组织样本和体外培养的成纤维细胞
624	2025-06-10	Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology 2025-Jun, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012 PMID:39755534	research paper	本研究通过网络药理学分析确定了非瑟酮治疗牙周炎的分子靶点，并在动物模型和体外实验中验证了其治疗效果，同时利用单细胞和空间转录组学技术鉴定了牙周炎中的关键细胞群及其空间分布	首次结合网络药理学、动物模型、体外实验以及单细胞和空间转录组学技术，全面探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制	研究尚未在临床环境中验证非瑟酮的疗效	探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制及其潜在治疗效果	牙周炎动物模型和人牙周膜成纤维细胞(PDLFs)	分子生物学与药理学	牙周炎	网络药理学分析、单细胞转录组学、空间转录组学	动物模型	转录组数据	NA
625	2025-06-10	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本文报道了一种高灵敏度的单细胞RNA测序方法，用于研究非洲锥虫抗原表达层次的基因组决定因素	开发了一种高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了抗原转换过程中单个细胞内发生的基因组重排	研究仅针对模型原生动物寄生虫Trypanosoma brucei，结果可能不适用于其他病原体	揭示非洲锥虫抗原表达层次的基因组决定因素	Trypanosoma brucei寄生虫	基因组学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个细胞水平的研究
626	2025-06-10	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了鼻咽癌细胞在EBV裂解诱导下的不同反应状态，特别是发现了一种与癌症干细胞相似的抗诱导细胞状态	首次在单细胞水平上鉴定了EBV裂解诱导不敏感的细胞状态，并发现SOX2和NTRK2在这一状态中的关键作用	研究仅使用了NPC43细胞系，未在更多临床样本或体内模型中验证	探究鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导疗法的不同反应机制	EBV阳性的鼻咽癌细胞系NPC43	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞转录组学	体外细胞模型	基因表达数据	NPC43细胞系
627	2025-06-10	sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03356-6 PMID:40155530	研究论文	该研究揭示了sEV介导的MGAT4A高表达与低表达肿瘤细胞间通过HOTAIRM1/miR-196b-5p轴促进CTCL中凋亡抗性的机制	首次发现HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中的调控作用，并开发了工程化sEVs用于靶向治疗	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探究CTCL中凋亡抗性的分子机制并开发靶向治疗策略	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)细胞和良性CD4+T细胞	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤	全转录组测序、scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
628	2025-06-10	Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics 2025-Jun, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104527 PMID:40203595	研究论文	通过生物信息学方法研究线粒体相关基因与子痫前期（PE）的关联及其与免疫细胞浸润的相关性	识别了五个关键线粒体相关基因（MOCS1、CYP11A1、GATM、SFXN3和BCL2L11），并发现它们与PE的诊断准确性及免疫细胞浸润相关，其中CYP11A1可能是HELLP综合征的潜在生物标志物	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受限于样本量和数据质量	探索线粒体相关基因在子痫前期中的作用及其调控机制	子痫前期（PE）患者及其胎盘组织	生物信息学	子痫前期	LASSO回归分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞测序分析、免疫荧光染色	LASSO回归	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE114691、GSE190971、GSE75010、GSE25906）
629	2025-05-10	Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025-Jun, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103564 PMID:40339430	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
630	2025-06-10	Spatial Transcriptomics Shows a Distinctive Tumour Microenvironment in the Invasive Versus Premalignant Portion of Early Cutaneous Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70125 PMID:40462294	研究论文	通过空间转录组学技术研究早期皮肤鳞状细胞癌（SCC）侵袭部分与前恶性部分的肿瘤微环境差异	首次使用NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）技术对早期皮肤SCC的侵袭和前恶性部分的基因表达模式进行空间转录组学比较	样本量较小（17例患者），且为回顾性研究	探究皮肤SCC从前期病变（AK）向恶性转变过程中肿瘤微环境的基因表达变化	早期皮肤SCC组织样本中的肿瘤细胞、免疫细胞和成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学（NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	17例早期皮肤SCC患者的组织样本
631	2025-06-10	DDR2-mediated autophagy inhibition contributes to angiotensin II-induced adventitial remodeling 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70361 PMID:40468620	研究论文	研究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中通过抑制自噬促进成纤维细胞表型转换的作用	揭示了DDR2通过PI3K/Akt/mTOR通路抑制自噬，进而促进成纤维细胞表型转换和外膜重塑的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中的作用机制	血管外膜成纤维细胞(AFs)	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	野生型小鼠(具体数量未明确说明)
632	2025-06-09	Multi-omic analyses of the development of obesity-related depression linked to the gut microbe Anaerotruncus colihominis and its metabolite glutamate 2025-Jun-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.04.010 PMID:40274437	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了与肥胖相关抑郁症（OD）相关的肠道微生物Anaerotruncus colihominis及其代谢产物谷氨酸的作用机制	首次发现A. colihominis通过谷氨酸代谢影响肠道屏障功能和海马神经元亚型间的细胞通讯，从而加剧抑郁样行为	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究肥胖相关抑郁症的肠道微生物机制	肥胖相关抑郁症患者和健康个体的微生物及转录组特征，高脂饮食小鼠模型	微生物组学	肥胖相关抑郁症	粪便微生物移植（FMT）、单细胞RNA测序、工程菌验证	高脂饮食小鼠模型	微生物组数据、转录组数据、行为学数据	临床患者与健康对照样本（具体数量未说明）、高脂饮食小鼠模型
633	2025-06-09	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations 2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	研究论文	提出了一种结合解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）空间代谢组学和Visium空间转录组学的新方法，用于同一组织切片上的RNA-代谢物相关性研究	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI和Visium空间转录组学技术，克服了传统相邻切片间变异性的问题	研究仅应用于人类乳腺癌和肺癌组织，尚未验证在其他癌症类型中的适用性	开发整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解生物问题	人类乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人类乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未提及）
634	2025-06-09	Early transcriptional states of spermatogonia and marker expressions in the prepubertal human testis following chemotherapy-induced depletion 2025-Jun-07, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf103 PMID:40482072	research paper	该研究通过单细胞转录组分析探讨了化疗诱导的精原细胞耗竭后，青春期前人类睾丸中精原细胞的分化状态及标记物表达	首次在青春期前儿童癌症患者的睾丸中确认了精原细胞的未分化状态，并揭示了化疗药物对精原细胞亚群的剂量依赖性影响	研究人群在年龄和治疗暴露方面存在异质性，无法单独评估特定癌症治疗的影响，组织样本有限降低了统计功效	研究青春期前睾丸中精原细胞的分化状态及其在化疗后的变化	青春期前男孩的睾丸组织样本（健康对照和癌症患者）	生殖医学	儿童癌症	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	6个健康男孩的睾丸样本（单细胞RNA测序），14个生物库对照样本和31个儿童癌症患者的睾丸组织样本（免疫荧光分析）
635	2025-06-09	Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148 PMID:39832892	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞反应，探索了基于新抗原的T细胞受体（TCR）分离在HCC免疫治疗中的潜力	首次在HCC免疫抑制微环境中鉴定出新抗原反应性T细胞，并发现肝冲洗液和引流淋巴结中的T细胞可作为免疫治疗的潜在来源	研究样本量较小（仅7名患者），且未进行体内功能验证	探索HCC微环境中新抗原反应性T细胞的特征及其在免疫治疗中的应用潜力	肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤组织、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、T细胞受体（TCR）测序、共培养实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据	7名HCC患者的临床样本
636	2025-06-09	Glucocorticoid receptor suppresses GATA6-mediated RNA polymerase II pause release to modulate classical subtype identity in pancreatic cancer 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334374 PMID:39884837	研究论文	本研究揭示了糖皮质激素受体（GR）激动剂通过抑制GATA6介导的RNA聚合酶II暂停释放来调节胰腺癌经典亚型身份的转录调控机制	发现了GR激动剂通过GATA6调控经典亚型特异性转录的新机制，并利用多种高通量测序技术和基因编辑工具验证了这一机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	揭示胰腺导管腺癌（PDAC）亚型身份的转录调控机制	胰腺导管腺癌的经典和基底亚型	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、HiChIP、PRO-seq、dCas9基因编辑	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA（未明确说明样本数量，但使用了患者来源异种移植模型和原发肿瘤样本）
637	2025-06-09	Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila 2025-Jun-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103061 PMID:40482397	综述	本文综述了果蝇神经细胞命运决定的最新研究进展，重点探讨了空间模式、时间模式和神经元类型特异性终端选择转录因子三种关键机制	整合单细胞转录组学和全脑连接组学技术，全面解析神经细胞命运决定机制	主要基于果蝇模型的研究，在高等生物中的适用性有待验证	阐明神经干细胞如何产生神经元多样性的机制	果蝇神经细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学、全脑连接组学	NA	转录组数据、神经连接数据	NA
638	2025-06-09	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了模拟长期高海拔缺氧的高海拔红细胞增多症（HAPC）小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞，发现了一种独特的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，并探讨了其在缺氧适应中的作用	发现了一种新的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，其具有独特的干扰素信号响应性，并在缺氧条件下扩增，揭示了HSPCs在更快适应缺氧环境中的记忆功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究缺氧适应和适应不良的细胞和分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞	分子生物学	高海拔红细胞增多症（HAPC）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
639	2025-06-09	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	研究论文	利用空间转录组学技术对Carnegie stage 9人类胚胎进行3D重建，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次在空间详细层面上分析了完整的人类CS9胚胎，识别了多种细胞类型，并观察到了后脑发育的两条不同轨迹	研究仅基于一个胚胎样本，可能无法完全代表所有CS9胚胎的变异性	理解人类早期胚胎发育过程中身体计划形成的机制	Carnegie stage 9人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个完整的人类CS9胚胎，75个横断面冷冻切片
640	2025-06-09	Transmembrane emp24 domain-containing protein 3 promotes the malignant progression of glioma by regulating the ZBTB7A signaling axis 2025-Jun-05, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-025-00274-7 PMID:40471367	研究论文	本研究探讨了跨膜emp24结构域包含蛋白3（TMED3）在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展中的作用及其通过调控ZBTB7A信号轴的机制	首次揭示了TMED3通过调控ZBTB7A信号轴促进GBM恶性进展的机制	研究主要基于TCGA数据库和实验模型，临床样本验证有待进一步开展	探索GBM新的治疗靶点	胶质母细胞瘤（GBM）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫共沉淀、体外和体内实验	NA	基因表达数据、实验数据	TCGA数据库中的GBM样本及实验模型