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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-10-06 |
Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer
2025-Jun, Endocrine
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s12020-025-04205-y
PMID:40048012
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,利用共识非负矩阵分解识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序,发现ELF3基因驱动淋巴结转移 | 首次应用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的EMT相关基因表达程序,并发现ELF3作为关键驱动基因 | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证发现 | 探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系 | 甲状腺乳头状癌恶性细胞 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 机器学习, 体外功能验证, 药物筛选 | 共识非负矩阵 factorization, 机器学习框架 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 602 | 2025-10-06 |
Molecular Mechanisms of Intervertebral Disc Degeneration: Significance of SPARC Gene Expression
2025-Jun-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions
IF:1.7Q4
PMID:40452200
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和体外实验探讨SPARC基因在椎间盘退变中的作用 | 结合单细胞测序数据和体外实验验证SPARC基因在椎间盘退变中的表达变化及其功能 | NA | 探索SPARC基因在椎间盘退变发病机制中的作用 | 髓核细胞 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序, RT-qPCR, Western blot, 免疫荧光, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 603 | 2025-10-06 |
CXCL10highTNFαhighKi67+ Microglia Recruit and Activate CD8+ T Cells in the Brainstem During Experimental Cerebral Malaria
2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70425
PMID:40457525
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研究论文 | 本研究通过实验性脑疟疾模型鉴定了一种新型小胶质细胞亚型,并揭示了其通过CXCL10和TNFα介导CD8+ T细胞在脑干中募集和持续激活的机制 | 首次识别出CXCL10highTNFαhighKi67+小胶质细胞亚型,并阐明其在脑疟疾神经炎症中调控CD8+ T细胞活化的新机制 | 研究基于小鼠实验性脑疟疾模型,结果向人类疾病的转化需进一步验证 | 探究实验性脑疟疾中小胶质细胞的异质性及其在CD8+ T细胞募集和激活中的作用 | C57BL/6J小鼠、小胶质细胞、CD8+ T细胞 | 神经免疫学 | 脑疟疾 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、电子显微镜、transwell实验、粘附实验、细胞毒性测试 | NA | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 604 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptome profiling identifies cellular heterogeneity and immunosuppressive tumor microenvironment in inflammatory breast cancer
2025-Jun-01, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.061
PMID:40460936
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析揭示炎性乳腺癌的细胞异质性和免疫抑制肿瘤微环境 | 首次在单细胞和空间水平系统描绘IBC的免疫景观,发现CXCL13表达下调与免疫抑制的关系,并筛选出天然产物免疫调节剂 | 样本量有限,需要更大规模验证;天然产物的具体作用机制尚未完全阐明 | 解析炎性乳腺癌的免疫微环境特征并寻找潜在治疗靶点 | 炎性乳腺癌和非炎性乳腺癌样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 荧光染色, 空间转录组分析, 肿瘤-免疫细胞共培养, 体内实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NanoString | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler空间分析平台 |
| 605 | 2025-10-06 |
Intrinsic immunosuppressive features of monocytes suppress CAR-T19 through IL-1 pathway modulation in mantle cell lymphoma
2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2025.200985
PMID:40458688
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研究论文 | 本研究揭示了单核细胞通过IL-1通路调控抑制CAR-T19在套细胞淋巴瘤中的疗效机制 | 首次发现M2样巨噬细胞来源的IL-1ra通过抑制IL-1信号通路削弱CAR-T19功能 | 主要基于临床前模型,需进一步临床验证 | 探究CAR-T19在套细胞淋巴瘤中疗效受限的免疫抑制机制 | 套细胞淋巴瘤患者样本、CAR-T19产品、髓系细胞 | 肿瘤免疫学 | 套细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | 临床前模型 | 基因表达数据、临床样本数据 | ZUMA-2临床试验样本及临床前模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 606 | 2025-10-06 |
Sustained macrophage reprogramming is required for CD8+ T cell-dependent long-term tumor eradication
2025-Jun-05, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0797
PMID:40471151
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研究论文 | 本研究揭示了通过重复TLR3和CD40激动剂联合治疗可维持肿瘤相关巨噬细胞的抗肿瘤表型,从而实现CD8+ T细胞依赖的长期肿瘤消除 | 首次发现肿瘤相关巨噬细胞重编程具有瞬时性特征,并通过重复给药策略克服这一局限性 | 研究基于小鼠乳腺癌模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞功能状态及其在抗肿瘤免疫中的作用机制 | 小鼠乳腺癌模型中的肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同肿瘤阶段和治疗后时间点的肿瘤相关巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 607 | 2025-10-06 |
Therapeutic B cell depletion identifies immunoregulatory networks
2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI189442
PMID:40454471
|
研究论文 | 本研究通过B细胞耗竭疗法揭示了多发性硬化症中的免疫调节网络 | 首次在单细胞水平系统分析B细胞耗竭对免疫系统的全面影响,发现抗炎性脑脊液巨噬细胞增加和外周CD16+单核细胞TNF-α表达升高等新机制 | NA | 探索B细胞耗竭疗法在多发性硬化症中的免疫调节机制 | 多发性硬化症患者的免疫细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 608 | 2025-10-06 |
Divergent combinations of enhancers encode spatial gene expression
2025-Jun-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60482-1
PMID:40456823
|
研究论文 | 开发eSpatial计算框架,通过整合基因表达和染色质可及性的空间图谱,解析增强子对空间基因表达的调控机制 | 提出“空间增强子编码”概念,揭示不同增强子组合在空间隔离区域调控同一基因的表达模式 | NA | 探索增强子如何调控空间基因表达模式 | 小鼠胚胎和大脑,人类黑色素瘤和乳腺癌组织 | 空间转录组学 | 黑色素瘤,乳腺癌 | 空间转录组学,空间表观基因组学,原位杂交,MERFISH,转基因报告实验,CRISPR/Cas9基因编辑 | 计算框架(eSpatial) | 空间基因表达数据,染色质可及性数据 | 多种生物样本(小鼠胚胎、大脑,人类肿瘤组织) | NA | 空间转录组学,空间表观基因组学,MERFISH | NA | NA |
| 609 | 2025-10-06 |
SC2Spa: a deep learning based approach to map transcriptome to spatial origins at cellular resolution
2025-Jun-02, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06173-6
PMID:40457183
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研究论文 | 提出了一种基于深度学习的SC2Spa方法,能够将转录组数据映射到细胞分辨率的空间位置 | 开发了能够从空间转录组数据学习复杂空间关系的深度学习模型,能够识别传统方法无法发现的空间变异基因 | NA | 解决细胞在组织中空间位置映射的挑战,理解细胞异质性 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 深度学习 | 转录组数据,空间坐标数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | Visium | Visium检测技术 |
| 610 | 2025-10-06 |
Multi-omics unveils BCAA metabolism markers L-leucine and HMGCS1 as prognostic marker for immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer
2025-Jun-02, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03277-8
PMID:40457349
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了支链氨基酸代谢标志物L-亮氨酸和HMGCS1作为非小细胞肺癌免疫治疗疗效的预后标志物 | 首次将血浆BCAA代谢物与基因特征结合构建预后风险模型,并在多个癌种和平台验证HMGCS1的独立预后价值 | 样本量相对有限,部分验证队列样本数较少,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 识别能够增强非小细胞肺癌免疫治疗预后评估的BCAA血浆代谢物和基因特征 | 非小细胞肺癌患者、黑色素瘤患者、泛癌种免疫检查点抑制剂治疗队列、弥漫大B细胞淋巴瘤患者 | 多组学分析 | 非小细胞肺癌, 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 非靶向UPLC-MS/MS, 多重免疫荧光, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | 预后风险模型, Kaplan-Meier分析, ROC曲线分析 | 代谢组数据, 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多个队列总计超过1000例样本,包括NSCLC(94+40+274+176+196+16+27+24+339)、黑色素瘤(25)、泛癌种(330+81)、DLBCL(10+39)等 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 代谢组学 | NA | 非靶向UPLC-MS/MS用于血浆代谢物检测,多重免疫荧光用于免疫细胞浸润验证 |
| 611 | 2025-10-06 |
Fibroblast hierarchy dynamics during mammary gland morphogenesis and tumorigenesis
2025-Jun, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00422-3
PMID:40216939
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示小鼠乳腺发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的层级动态变化 | 首次对乳腺发育和肿瘤发生过程中超过45,000个成纤维细胞进行纵向单细胞转录组分析,揭示了CD34+间充质祖细胞的分化层级和Hedgehog信号的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究正常乳腺和乳腺癌中成纤维细胞的异质性和发育层级 | 小鼠乳腺组织中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过45,000个成纤维细胞,涵盖五个发育阶段和肿瘤发生过程 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 612 | 2025-10-06 |
Knockdown TNF family prognosis index crucial gene PDE4B promoted PANoptosis of ovarian carcinoma cell:Based in vitro and in vivo experiments
2025-Jun, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102333
PMID:40245751
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研究论文 | 通过体外和体内实验研究PDE4B基因调控卵巢癌细胞的PANoptosis过程 | 首次构建包含14个基因的卵巢癌预后模型,并发现PDE4B基因在调控卵巢癌细胞PANoptosis中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 阐明卵巢癌的发病机制并开发预后模型 | 卵巢癌组织和正常卵巢组织 | 生物信息学 | 卵巢癌 | bulk转录组测序,单细胞测序,GSVA,WGCNA,GO富集分析 | 多变量Cox回归,LASSO回归 | 转录组数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 613 | 2025-10-06 |
CCR5 + T cells as a potential biomarker for primary Sjögren's disease based on bioinformatics analysis
2025-Jun, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-025-07460-6
PMID:40293619
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定并验证原发性干燥综合征的潜在生物标志物CCR5 | 首次将CCR5确定为原发性干燥综合征的关键生物标志物,并发现其在唾液腺T细胞中特异性上调 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证 | 识别原发性干燥综合征的生物标志物并探索其分子免疫机制 | 原发性干燥综合征患者基因表达数据 | 生物信息学 | 自身免疫性疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序 | WGCNA,PPI网络分析,ROC分析 | 基因表达数据 | GEO数据库中的pSjD数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 614 | 2025-10-06 |
Role of aberrant activated fibro/adipogenic progenitors and suppressed ferroptosis in disused skeletal muscle atrophy and fatty infiltration
2025-Jun, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-025-02548-7
PMID:40316864
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外实验,探讨了废用性骨骼肌萎缩中脂肪浸润的机制,重点关注纤维/脂肪祖细胞的异常激活和铁死亡抑制的作用 | 首次在废用性骨骼肌萎缩模型中揭示FAPs异常增殖与铁死亡抑制基因上调的关联,并验证铁死亡抑制对FAPs成脂/成纤维能力的增强作用 | 仅初步探讨了铁死亡在FAPs成脂分化中的潜在作用,相关分子机制仍需深入研究 | 探究废用性骨骼肌萎缩中肌肉脂肪浸润的细胞和分子机制 | 废用性骨骼肌组织、骨骼肌成纤维细胞和纤维/脂肪祖细胞(FAPs) | 单细胞生物学 | 骨骼肌萎缩 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 体外细胞培养 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 615 | 2025-10-06 |
Endothelial-to-mesenchymal transition gene signature derived from single-cell transcriptomics of human atherosclerotic tissue associates with stable plaque histological characteristics
2025-Jun, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107498
PMID:40318741
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析确定了人类动脉粥样硬化斑块中内皮-间质转化的核心基因特征 | 首次在人类动脉粥样硬化组织中通过计算谱系追踪方法识别EndoMT过程的核心基因特征,而非仅关注完全分化的间质细胞状态 | 研究主要基于计算分析,需要进一步的实验验证 | 揭示人类动脉粥样硬化中内皮-间质转化的分子机制 | 人类颈动脉斑块组织、小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、计算谱系追踪、批量RNA测序 | 谱系追踪模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 46例人类颈动脉单细胞样本、632例患者批量RNA样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 616 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and its insights into cellular heterogeneity in atherosclerosis
2025-Jun, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107499
PMID:40345606
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在动脉粥样硬化研究中的应用及其对细胞异质性的新见解 | 通过单细胞RNA测序重新定义动脉粥样硬化斑块病理学,识别了多种细胞类型及其在斑块稳定性和疾病进展中的特定作用 | NA | 总结单细胞RNA测序在动脉粥样硬化研究中揭示的细胞异质性及其治疗意义 | 小鼠和人类组织中的非病变和动脉粥样硬化主动脉 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 617 | 2025-10-06 |
Integrative transcriptomic and single-cell analysis reveals IL27RA as a key immune regulator and therapeutic indicator in breast cancer
2025-Jun-01, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02811-w
PMID:40450602
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研究论文 | 通过整合转录组和单细胞分析揭示IL27RA作为乳腺癌关键免疫调节因子和治疗指标 | 首次系统研究IL27RA在乳腺癌中的作用及其与免疫治疗反应的关系,利用单细胞转录组数据进行免疫分层 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证IL27RA的具体功能机制 | 探索IL27RA在乳腺癌中的表达特征、预后价值和治疗预测作用 | 乳腺癌患者样本和单细胞测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, Western blot | NA | 转录组数据, 单细胞数据, 蛋白质表达数据 | 来自TCGA、GEO和scRNA-seq数据集的多个队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 618 | 2025-10-06 |
Machine Learning-Assisted Analysis of the Oral Cancer Immune Microenvironment: From Single-Cell Level to Prognostic Model Construction
2025-Jun, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70637
PMID:40457149
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研究论文 | 本研究结合机器学习方法和单细胞测序数据分析口腔癌免疫微环境,并构建免疫浸润预测模型 | 首次将机器学习算法与单细胞测序数据相结合,系统分析口腔癌免疫微环境并构建可靠的预后模型 | 模型验证仅限于训练集和独立测试集,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 构建口腔癌免疫浸润预测模型,为个性化治疗和预后评估提供理论基础 | 口腔癌患者及其肿瘤免疫微环境 | 机器学习 | 口腔癌 | 单细胞测序 | Lasso回归, 随机森林, 梯度提升机 | 临床基因组数据, 单细胞测序数据 | 口腔癌患者队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 619 | 2025-10-06 |
Malvidin Alleviates Lipopolysaccharide-Induced Acute Lung Injury by Modulating JAK2/STAT3 Signaling to Inhibit Macrophage M1 Polarization and Oxidative Stress
2025-Jun-04, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c00077
PMID:40397040
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研究论文 | 本研究探讨锦葵色素通过调节JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激,缓解脂多糖诱导的急性肺损伤 | 首次揭示锦葵色素通过靶向JAK2/STAT3信号通路调控巨噬细胞极化状态,并证实其结合JAK2的分子机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未进行临床验证 | 评估锦葵色素对急性肺损伤的治疗效果并阐明其作用机制 | 小鼠急性肺损伤模型和巨噬细胞 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞转录组测序,RNA测序,分子对接,分子动力学模拟,Western blot,DPPH/ABTS自由基清除实验 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,分子相互作用数据 | 小鼠模型和细胞实验样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 620 | 2025-10-06 |
Analyzing the potential targets and mechanism of per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) on breast cancer by integrating network toxicology, single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and molecular simulation
2025-Jun-04, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01616-y
PMID:40465018
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研究论文 | 通过整合网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟,研究PFAS对乳腺癌的潜在靶点和作用机制 | 首次整合网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟方法系统研究PFAS与乳腺癌的关联机制 | PFAS导致乳腺癌发展的具体分子机制仍需进一步研究 | 研究PFAS环境污染物对乳腺癌发展的分子机制 | 乳腺癌相关基因和蛋白质 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 网络毒理学,单细胞测序,空间转录组学,分子模拟 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络,分子对接模拟 | 基因表达数据,空间转录组数据,分子结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |