单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-06-12	Unraveling the genetic blueprint of doxorubicin-induced cardiotoxicity through systems genetics approaches 2025-Jun-03, Cardio-oncology (London, England) DOI:10.1186/s40959-025-00349-y PMID:40462234	research paper	本研究通过系统遗传学方法，利用BXD重组近交系小鼠群体，探索阿霉素诱导的心脏毒性的遗传基础	首次使用BXD重组近交系小鼠群体进行系统遗传学分析，识别与阿霉素心脏毒性相关的QTLs和候选基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中进行验证	揭示阿霉素诱导心脏毒性的遗传机制	BXD重组近交系小鼠	遗传学	心血管疾病	系统遗传学方法、QTL定位、孟德尔随机化分析	BXD小鼠模型	基因型数据、表型数据	58个BXD品系小鼠及亲本B6和D2小鼠（每个品系/性别≥4只，3-4月龄）
602	2025-06-12	mNSF: multi-sample non-negative spatial factorization 2025-Jun-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03601-x PMID:40457480	research paper	介绍了一种名为mNSF的多样本非负空间因子化框架，用于分析多样本空间转录组数据	mNSF框架无需对齐样本，能够处理空间对齐不可行的情况，同时保持与基于对齐方法相当的性能	未明确提及具体局限性	开发一种能够分析多样本空间转录组数据的计算方法	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF（多样本非负空间因子化）	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
603	2025-06-12	Insights of immune cell heterogeneity, tumor-initiated subtype transformation, drug resistance, treatment and detecting technologies in glioma microenvironment 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.033 PMID:39097088	综述	本文全面探讨了胶质瘤微环境中四种主要免疫细胞的作用及其亚型转化机制，以及化疗耐药性和免疫治疗策略	详细分析了胶质瘤诱导免疫细胞亚型转化的机制，并探讨了免疫细胞相关单细胞测序技术的进展	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	深入理解胶质瘤微环境中免疫细胞的异质性及其对治疗的影响	胶质瘤微环境中的免疫细胞，特别是中性粒细胞、巨噬细胞、淋巴细胞和髓源性抑制细胞（MDSCs）	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
604	2025-06-12	Single-cell atlas of human gingiva unveils a NETs-related neutrophil subpopulation regulating periodontal immunity 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.028 PMID:39084404	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了牙龈组织中与NETs相关的中性粒细胞亚群及其在牙周免疫中的作用	首次构建了牙周微环境的单细胞图谱，并鉴定出一个与NETs相关的中性粒细胞亚群(NrNeu)，揭示了牙龈成纤维细胞通过MIF-CD74/CXCR4轴促进NETs产生的调控关系	研究样本量有限，且动物模型与人类疾病存在差异	阐明NETs在牙周免疫病理中的具体功能和机制	健康人群和牙周炎患者的牙龈组织	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序，高维加权基因共表达网络分析，伪时间分析	六种机器学习方法构建的预测模型	RNA测序数据	健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本
605	2025-06-12	RNA modification gene WDR4 facilitates tumor progression and immunotherapy resistance in breast cancer 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.06.029 PMID:38960276	研究论文	本研究基于RNA修饰相关基因开发了一种预测乳腺癌患者治疗反应和生存结果的策略	首次全面评估了多种RNA修饰在乳腺癌中的临床价值，并建立了一个包含九个基因的签名RMscore，用于预测患者预后和治疗反应	研究尚未完全阐明所有RNA修饰基因在乳腺癌中的具体作用机制	探索RNA修饰相关基因在乳腺癌中的临床价值，并开发预测治疗反应和生存结果的策略	乳腺癌患者	癌症研究	乳腺癌	转录组分析、单细胞转录组分析、基因组学分析、流式细胞术、免疫组织化学和免疫荧光染色	NA	转录组数据、单细胞数据、基因组数据	未明确提及具体样本数量
606	2025-06-12	Histone deacetylases facilitate Th17-cell differentiation and pathogenicity in autoimmune uveitis via CDK6/ID2 axis 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.029 PMID:39107200	研究论文	本文研究了组蛋白去乙酰化酶（HDACs）在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中通过CDK6/ID2轴促进Th17细胞分化和致病性的机制	揭示了HDACs通过CDK6/ID2轴调控Th17细胞分化和致病性的新机制，并提出了潜在的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究HDACs在AU发病机制中的作用及其下游分子机制	自身免疫性葡萄膜炎（AU）患者和小鼠模型	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、siRNA、特异性抑制剂和过继转移实验	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	AU患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和EAU小鼠的免疫细胞
607	2025-06-12	ST6GALNAC1-mediated sialylation in uterine endometrial epithelium facilitates the epithelium-embryo attachment 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.021 PMID:39111624	research paper	研究ST6GALNAC1介导的子宫子宫内膜上皮细胞唾液酸化在胚胎-上皮细胞附着中的作用	首次揭示了ST6GALNAC1/sTn-Siglecs轴在胚胎植入中的关键作用，并鉴定了CD44作为sTn的载体	研究主要基于体外模型和小鼠实验，人类体内应用的直接证据有限	探究ST6GALNAC1/sTn-Siglecs轴在胚胎植入过程中的功能	人类和小鼠的子宫内膜及胚胎	生殖生物学	生殖系统疾病	免疫组化、体外植入模型、免疫沉淀结合质谱分析、scRNA-seq、蛋白互作实验	体外细胞模型和小鼠模型	蛋白质组学数据、RNA-seq数据、图像数据	人类子宫内膜样本和小鼠模型
608	2025-06-12	Generation and long-term culture of human cerebellar organoids from pluripotent stem cells 2025-Jun, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01093-w PMID:39623220	research paper	开发了一种从人多能干细胞生成和长期培养人类小脑类器官（hCerO）的方案，模拟了胎儿小脑的细胞多样性和功能特征	首次成功复制了人类小脑的细胞多样性和部分独特的细胞结构特征，并实现了Purkinje细胞的长期健康存活和成熟	未提及具体局限性	探索人类小脑发育和疾病的研究平台	人类小脑类器官（hCerO）	发育神经生物学	小脑疾病	单细胞转录组学、免疫组织化学、钙动力学和电生理特性研究	人类小脑类器官（hCerO）模型	细胞培养数据	未提及具体样本数量
609	2025-06-12	Interrogating mediators of single-cell transcriptional changes in the acute damaged cerebral cortex: Insights into endothelial-astrocyte interactions 2025-Jun, Molecular and cellular neurosciences DOI:10.1016/j.mcn.2025.104003 PMID:40090391	研究论文	研究探讨了内皮细胞EphA4在创伤性脑损伤后大脑皮层细胞特异性转录组变化中的作用	首次揭示了内皮细胞EphA4敲除对星形胶质细胞基因表达的显著影响，并发现新的Sox9+细胞簇	研究仅基于实验性创伤性脑损伤模型，临床相关性有待验证	阐明创伤性脑损伤后细胞特异性转录变化的机制	内皮细胞和星形胶质细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	EphA4基因敲除小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量，使用实验性创伤性脑损伤模型
610	2025-06-12	Comprehensive analysis based on IFN-γ and SASP related genes, bulk RNA and single-cell sequencing to evaluate the prognosis and immune landscape of stomach adenocarcinoma 2025-Jun, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01646-7 PMID:40293675	research paper	基于IFN-γ和SASP相关基因、批量RNA和单细胞测序的综合分析，评估胃腺癌的预后和免疫景观	利用IFN-γ和SASP相关基因对STAD进行分子亚型分类，并开发了一个风险预后模型，用于预测患者生存、肿瘤免疫微环境和药物反应	研究依赖于TCGA数据库的数据，可能受限于数据的质量和样本量	识别STAD的分子亚型并开发预后模型，以改善临床决策和免疫治疗策略	胃腺癌（STAD）患者	digital pathology	stomach adenocarcinoma	bulk RNA sequencing, single-cell sequencing	Cox regression, LASSO regression, NMF	genomic data, clinical data	TCGA数据库中的STAD患者数据
611	2025-06-12	One probe fits all: a highly customizable modular RNA in situ hybridization platform expanding the application of SABER DNA probes 2025-Jun-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204775 PMID:40446186	研究论文	介绍了一种高度可定制的模块化RNA原位杂交平台OneSABER，扩展了SABER DNA探针的应用	OneSABER平台统一了多种常用的单重和多重、比色和荧光ISH方法，使用单一类型的DNA探针	NA	开发一个统一的开放平台，简化RNA原位杂交过程并降低成本	再生扁虫Macrostomum lignano和Schmidtea mediterranea的整体样本，以及福尔马林固定、石蜡包埋的小鼠肠道切片	分子生物学	NA	RNA原位杂交(ISH)，信号放大交换反应(SABER)	NA	NA	NA
612	2025-06-12	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Defines N7-Methylguanosine (m7G)-Mediated Modifications' Role in Prognosis and the Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jun, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70992 PMID:40485623	research paper	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究N7-甲基鸟苷（m7G）修饰在肝细胞癌预后和肿瘤免疫微环境中的作用	首次系统地分析了m7G修饰在肝细胞癌中的临床特征、预后、肿瘤免疫微环境及免疫治疗敏感性中的作用，并开发了m7Gscore评分系统	研究主要依赖于公共数据库和生物信息学分析，实验验证样本量有限	探究m7G修饰在肝细胞癌中的生物学意义及其对预后和免疫治疗的影响	肝细胞癌患者及其肿瘤组织	digital pathology	hepatocellular carcinoma	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, GSVA, PCA, RT-qPCR, western blot, immunohistochemistry	unsupervised clustering, PCA	RNA sequencing data, protein expression data	来自GEO、TCGA、ICGC数据库的多个数据集，以及实验验证的HCC和正常样本
613	2025-06-12	Long Noncoding RNA Interleukin 6 Antisense RNA 1 Promotes Inflammatory Effects in Lung Macrophages via Exosomes Through the S100A9/TLR4 Pathway in Chronic Obstructive Pulmonary Disease Progression 2025-Jun, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70204 PMID:40487749	研究论文	本研究探讨了长链非编码RNA IL6-AS1在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的作用及其通过外泌体介导的S100A9/TLR4通路促进肺部炎症的机制	首次揭示了IL6-AS1通过外泌体介导的S100A9/TLR4通路促进成纤维细胞与巨噬细胞间的串扰，加剧COPD肺部炎症	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类患者中验证	阐明IL6-AS1在COPD发病机制中的作用及其分子机制	小鼠COPD模型、COPD患者样本、肺成纤维细胞-巨噬细胞共培养系统	分子生物学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、AAV转染	小鼠COPD模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
614	2025-06-12	scEVE: a single-cell RNA-seq ensemble clustering algorithm capitalizing on the differences of predictions between multiple clustering methods 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf073 PMID:40491972	研究论文	本文提出了一种名为scEVE的单细胞RNA测序集成聚类算法，该算法通过利用多种聚类方法预测之间的差异来改进细胞群体的识别	scEVE算法通过描述聚类结果之间的差异而非最小化这些差异，解决了现有集成算法未能生成带有不确定性值和多分辨率聚类结果的概念性挑战	NA	开发一种能够处理单细胞RNA测序数据集成聚类的新算法，解决现有方法在不确定性和多分辨率方面的不足	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成聚类算法	RNA测序数据	15个实验数据集和最多1200个合成数据集
615	2025-06-11	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Jun-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学方法，揭示了乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1在促进淋巴管生成和转移中的作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学方法全面解析乳腺癌淋巴结转移的肿瘤微环境，并确定GLO1作为新的治疗靶点	样本量相对较小（23名患者的28个淋巴结样本），可能限制结果的普遍性	探究乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结转移样本	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, 多组学方法	NA	RNA测序数据, 多组学数据	23名患者的28个淋巴结样本
616	2025-06-11	The glia-immune network: Astrocytes and oligodendrocytes as microglial co-ordinators in health and disease 2025-Jun-10, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287015 PMID:40492604	综述	本文探讨了星形胶质细胞和少突胶质细胞作为小胶质细胞协调者在健康和疾病中的作用，特别是在中枢神经系统免疫系统中的功能	强调了巨胶质细胞（星形胶质细胞和少突胶质细胞）在免疫信号通路中的参与，挑战了传统认为免疫功能仅限于免疫细胞的观点	需要进一步研究以阐明胶质细胞之间具体的分子对话机制	探讨巨胶质细胞来源的免疫信号及其在健康和疾病中的相关性	星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
617	2025-06-11	Serum amyloid A1-Induced intrahepatic regulatory T cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001419 PMID:40489740	research paper	该研究探讨了血清淀粉样蛋白A1（SAA1）如何通过Toll样受体2（TLR2）损害调节性T细胞（Tregs）功能，从而推动自身免疫性肝炎（AIH）的进展	揭示了AIH中肝内Tregs功能失调的新机制，并提出了通过靶向SAA1-TLR2通路恢复Tregs功能的新治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AIH患者中进行验证	探究AIH中Tregs功能失调的分子机制及其对疾病进展的影响	自身免疫性肝炎（AIH）小鼠模型中的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、AAV8介导的基因治疗	FoxP3-DTR/eGFP小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型
618	2025-06-11	Tumor microenvironment heterogeneity and progression mechanisms in intrahepatic cholangiocarcinoma: A study based on single-cell and spatial transcriptomic sequencing 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001423 PMID:40489753	研究论文	基于单细胞和空间转录组测序研究肝内胆管癌肿瘤微环境异质性及进展机制	揭示了肝内胆管癌肿瘤微环境的异质性，鉴定了ASPH作为侵袭亚型的标志基因，并发现CEP作为ASPH抑制剂可有效抑制肿瘤进展	样本量相对较小（12例单细胞测序样本和4例空间转录组样本），验证队列虽较大（87例RNA-seq样本），但仍需更大规模研究验证	探索肝内胆管癌的发病和进展机制	肝内胆管癌患者样本（肿瘤组织、淋巴转移灶）及小鼠模型	数字病理	肝内胆管癌	单细胞测序、空间转录组测序、RNA-seq、多重免疫荧光	小鼠模型、类器官模型	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	12例单细胞测序样本、4例空间转录组样本、87例RNA-seq验证样本
619	2025-06-11	Mapping the role of cytokine signaling at single-cell and structural resolution in uveal melanoma 2025-Jun-09, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00337-3 PMID:40490526	研究论文	通过单细胞RNA测序和结构生物学方法，研究细胞因子信号在葡萄膜黑色素瘤中的角色及其预后和治疗意义	结合单细胞RNA测序与结构生物学方法，首次揭示ISG20在葡萄膜黑色素瘤中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	样本量较小，仅包括8个原发性和3个转移性葡萄膜黑色素瘤样本	理解葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境的复杂性并探索新的治疗策略	葡萄膜黑色素瘤（UVM）患者的原发性和转移性肿瘤组织	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、AlphaFold 2技术、分子对接分析	Cox回归和LASSO风险模型	RNA测序数据	8个原发性葡萄膜黑色素瘤眼组织和3个肝脏转移性葡萄膜黑色素瘤样本
620	2025-06-11	Validation of single-cell transcriptomic profiles from Illumina and MGI Tech sequencing platforms 2025-Jun-09, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70087 PMID:40490970	研究论文	比较Illumina和MGI Tech测序平台在单细胞转录组分析中的性能	首次比较Illumina和MGI Tech在单细胞RNA测序中的表现，特别是在异质性样本中的生物学见解	研究仅基于三个人类癌症样本，样本量较小	验证和比较不同测序平台在单细胞转录组分析中的性能	人类癌症样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个人类癌症样本