单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-06-13	Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657106 PMID:40501812	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化	首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群	样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者）	确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化	人类肺部巨噬细胞亚群	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜	NA	基因表达数据	8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者）
582	2025-06-13	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657197 PMID:40501904	research paper	该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系	未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性	研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰	单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因	machine learning	NA	scRNA-seq	hypergraph learning	RNA-seq data	NA
583	2025-06-13	Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration 2025-Jun, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01955-w PMID:40404995	研究论文	该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化	揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究衰老过程中白质退化的免疫机制	小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞	神经退行性疾病研究	神经退行性疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量（小鼠模型）
584	2025-06-13	Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma 2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586 PMID:40412102	研究论文	本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例	首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例	仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证	评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效	EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	临床数据和单细胞测序数据	1例患者
585	2025-06-13	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞	SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上	NA	开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理	小鼠小肠	空间转录组学	NA	Visium HD	SMURF	空间转录组数据	NA
586	2025-06-12	l-Cysteine Alleviates Peritoneal Fibrosis by Repressing PKM2 in Peritoneal Mesothelial Cells 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500229R PMID:40497367	研究论文	本文探讨了l-半胱氨酸通过抑制PKM2减轻腹膜纤维化的机制	揭示了PKM2通过乙酰化组蛋白H3K9促进SNAI2表达，进而促进腹膜纤维化的分子机制，并发现l-半胱氨酸可阻断这一过程	分子机制研究尚未完全阐明，临床转化效果需进一步验证	探究腹膜纤维化的分子机制及潜在治疗策略	腹膜间皮细胞及腹膜纤维化患者	分子生物学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫共沉淀、染色质免疫沉淀、基因沉默技术	NA	基因表达数据	长期腹膜透析患者的流出液细胞
587	2025-06-12	Engineering CRISPR System-Based Bacterial Outer Membrane Vesicle Potentiates T Cell Immunity for Enhanced Cancer Immunotherapy 2025-Jun-11, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202501565 PMID:40495695	研究论文	本研究开发了一种基于CRISPR系统的工程化细菌外膜囊泡(OMV)，用于增强T细胞免疫以改善癌症免疫治疗效果	首次将CRISPR系统与OMV结合，实现了多基因的高效包装和递送，显著增强了T细胞的趋化和激活能力	研究仅在鼠模型和人源化小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发新型癌症基因治疗平台以克服免疫治疗耐药性	膀胱癌和乳腺癌肿瘤模型	基因治疗	膀胱癌, 乳腺癌	CRISPR系统, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	鼠MB49和B16F10肿瘤模型, 人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及两种鼠肿瘤模型和人源化小鼠模型
588	2025-06-12	Filtering for Highly Variable Genes and High-Quality Spots Improves Phylogenetic Analysis of Cancer Spatial Transcriptomics Visium Data 2025-Jun-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0614 PMID:40495757	research paper	该研究探讨了在Visium空间转录组数据中进行系统发育分析的预处理和建模方法，以提高重建的拓扑关系和分支长度估计的准确性	提出使用高变基因和考虑组织覆盖斑点中RNA捕获异质性的方法，改进了空间转录组数据的系统发育分析	未提及具体样本量或实验验证的详细结果	改进癌症空间转录组数据的系统发育分析方法	Visium空间转录组数据	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, RNA-seq	NA	spatial transcriptomics data	NA
589	2025-06-12	Single-Cell RNA Sequencing Study on Two Synovial Derived Tumors in the Temporomandibular Joint 2025-Jun-11, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.70003 PMID:40495754	research paper	通过单细胞RNA测序研究颞下颌关节中两种滑膜来源肿瘤的细胞组成和分化轨迹	首次使用单细胞RNA测序技术分析SC和D-TSGCT的细胞组成、分化轨迹及细胞间通讯，并验证FLS在SC初期的软骨分化潜能	研究仅针对颞下颌关节的两种特定肿瘤，可能不适用于其他部位的类似肿瘤	探究颞下颌关节滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）的细胞组成及分化轨迹	滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）	digital pathology	temporomandibular joint tumors	single-cell RNA sequencing, cell culture, morphological experiments	NA	RNA sequencing data, cell morphology data	未明确提及样本数量
590	2025-06-12	C-C Chemokine Receptor 2 is a Tissue Biomarker for Abdominal Aortic Aneurysmal and Occlusive Disease 2025-Jun-11, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000006778 PMID:40495781	研究论文	评估CCR2作为主动脉疾病严重程度的组织生物标志物，特别是在腹主动脉瘤（AAA）患者中的应用	首次提出CCR2作为AAA疾病严重程度的组织生物标志物，并通过单细胞RNA测序数据集验证其在人类AAA组织中的表达	样本量较小（42例），且仅针对特定类型的主动脉疾病进行研究	寻找能够监测AAA进展和预测破裂风险的组织生物标志物	腹主动脉瘤（AAA）、破裂腹主动脉瘤（rAAA）、主动脉髂动脉闭塞性疾病（AOD）及正常腹主动脉（NAA）患者	生物标志物研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	42例主动脉组织样本
591	2025-06-12	Novel GABAAR antagonists target networked gene hubs at the leading-edge in high-grade gliomas 2025-Jun-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf143 PMID:40497637	研究论文	该研究通过基因共表达网络分析识别高级别胶质瘤中的关键离子通道基因，并验证了GABAAR拮抗剂对肿瘤生长的抑制作用	首次发现GABAAR基因在高级别胶质瘤前沿的富集，并验证了GABAAR拮抗剂对肿瘤侵袭和增殖的抑制作用	研究主要基于体外模型（GBOs），未在体内模型中验证药物效果	识别高级别胶质瘤中关键的离子通道基因并寻找靶向药物	高级别胶质瘤（包括弥漫性中线胶质瘤和胶质母细胞瘤）	肿瘤生物学	胶质瘤	RNAseq、scRNA-seq、空间转录组学、免疫组织化学	WGCNA	基因表达数据、组织切片图像	患者来源的胶质母细胞瘤外植体类器官（GBOs）
592	2025-06-12	Patterns of intra- and inter-tumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer 2025-Jun-10, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186599 PMID:40493417	research paper	本研究旨在定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内表型异质性的模式、程度和后果	结合原位组织学和测序方法，分析了52名mPC患者的630多个肿瘤样本，揭示了患者、转移和细胞水平的表型异质性	样本量相对较小，可能无法完全代表所有mPC患者的异质性	探索致死性前列腺癌的肿瘤间和肿瘤内表型异质性	52名转移性前列腺癌（mPC）患者的630多个肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	in situ tissue-based and sequencing approaches, single-cell sequencing	NA	tissue samples, sequencing data	630 tumor samples from 52 mPC patients
593	2025-06-12	Spatial Transcriptomics Unveils the Blueprint of Mammalian Lung Development 2025-Jun-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf053 PMID:40493888	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的全景图谱，揭示了从假腺期到肺泡期的基因表达模式和调控机制	整合空间表观基因组数据，发现新的TF-增强子驱动的调节子（eRegulons），并揭示了肺泡AT1和AT2细胞的不同发育轨迹及胶原通路在肺泡形成中的作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类肺部发育中的适用性尚需验证	理解哺乳动物肺部发育过程中复杂的细胞和分子调控机制	小鼠肺部发育过程中的细胞类型和基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	覆盖小鼠肺部从早期假腺期到肺泡期的多个发育阶段
594	2025-06-12	CD206+ macrophages facilitate wound healing through interactions with Gpnmbhi fibroblasts 2025-Jun-10, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00496-4 PMID:40495034	研究论文	本文研究了CD206+巨噬细胞通过与Gpnmbhi成纤维细胞的相互作用促进伤口愈合的机制	揭示了CD206+巨噬细胞通过PDGF-A信号通路与Gpnmbhi成纤维细胞通讯，促进伤口愈合的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CD206+巨噬细胞在伤口愈合过程中的作用机制	CD206+巨噬细胞和Gpnmbhi成纤维细胞	细胞生物学	伤口愈合	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
595	2025-06-12	Integrated muti-omics data and machine learning reveal CD151 as a key biomarker inducing chemoresistance in metabolic syndrome-related early-onset left-sided colorectal cancer 2025-Jun-09, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01634-w PMID:40484863	研究论文	本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，揭示了CD151作为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌化疗耐药的关键生物标志物	首次将CD151识别为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的关键生物标志物，并揭示了其在基质重塑和化疗耐药中的作用	研究主要基于医院队列，样本代表性可能有限	阐明代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的遗传和分子机制，并寻找关键生物标志物	代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌患者	数字病理学	结肠直肠癌	scRNA-seq, qRT-PCR, western blotting, IHC染色	random forest, SVM-RFE	基因表达数据	医院队列中的EOCRC患者
596	2025-06-12	SERPINA1 is a new frontier in cancer immunotherapy and drug targeting by pan-cancer analysis 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02832-5 PMID:40483643	research paper	该研究通过泛癌分析探讨了SERPINA1在癌症免疫治疗和药物靶向中的潜在作用	首次将SERPINA1作为癌症免疫治疗和靶向治疗的新靶点进行系统研究	研究主要基于数据库分析，需要更多实验验证	探索SERPINA1在癌症免疫治疗和靶向治疗中的潜在应用价值	SERPINA1基因及其在多种癌症中的表达和作用	癌症研究	多种癌症（特别提到乳腺癌和胶质瘤）	多组学数据库分析、单细胞测序	NA	mRNA和蛋白质表达数据、甲基化和突变数据	基于多组学数据库的泛癌样本（未明确具体数量）
597	2025-06-12	Establishment of M2 macrophage-related prognostic signature in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02838-z PMID:40483657	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞在胰腺导管腺癌(PDAC)中的潜在通讯和临床意义，并构建了与M2标志基因相关的预后特征	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了M2巨噬细胞的分化途径及其与恶性PDAC细胞的相互作用，并构建了基于M2标志基因的预后模型	研究结果仅为初步发现，需要通过体外/体内实验进一步验证这些特征基因或配体-受体对在巨噬细胞发育中的作用	探索M2巨噬细胞在PDAC微环境中的功能意义及其临床价值	胰腺导管腺癌(PDAC)中的M2巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), bulk RNA测序, LASSO算法	预后模型	RNA测序数据	NA
598	2025-06-12	Glutamate transporter SLC1A6 promotes resistance to immunotherapy in cancer 2025-Jun-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04074-4 PMID:40481876	研究论文	本研究探讨了谷氨酸转运体SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用及其机制	首次揭示了SLC1A6在免疫治疗抵抗中的关键作用，并提出了靶向SLC1A6作为改善免疫治疗反应的新策略	研究主要基于膀胱癌和肺癌数据，其他癌症类型的普适性尚需验证	探究SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用机制	膀胱癌和肺癌患者样本及肿瘤模型	肿瘤免疫学	膀胱癌, 肺癌	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 单细胞数据	膀胱癌和肺癌患者队列数据及体内肿瘤模型
599	2025-06-12	Annexin A1-FPR1 Interaction in dendritic cells promotes immune microenvironment modulation in Thyroid Cancer 2025-Jun-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10042-6 PMID:40483281	研究论文	本研究探讨了甲状腺癌中树突状细胞通过Annexin A1-FPR1相互作用调节免疫微环境的机制	揭示了ANXA1-FPR1轴在甲状腺癌免疫调节中的新机制，并提出了针对该轴的免疫治疗新策略	NA	研究甲状腺癌免疫微环境中树突状细胞的作用机制	甲状腺癌组织和树突状细胞	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序和转录组RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
600	2025-06-12	Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize mouse long bone fracture healing process 2025-Jun-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08316-0 PMID:40483363	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，深入描述了小鼠长骨骨折愈合过程中的细胞定位和相互作用	优化了脱钙方法，显著提高了RNA质量，并结合Visium CytAssist平台及Seurat、CARD和Monocle软件包进行综合分析，准确定位了关键细胞群并识别了调控其激活和分化的关键转录因子	研究仅针对小鼠模型，结果在人类骨折愈合中的适用性尚需进一步验证	揭示骨折愈合过程中的细胞和分子机制	小鼠股骨骨折模型	空间转录组学	骨折	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠股骨骨折模型在骨折前（Day 0）及骨折后第5天和第15天的样本