单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-08	Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656486 PMID:40501968	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul区别于其他scRNA-seq分析包的特点在于其易用性、能够分析全长RNA测序数据以进行外显子覆盖和转录本异构体推断，以及支持批次校正	现有分析工具未提供专门的异构体水平分析或可变剪接检测工具	开发一个易于使用的工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
42	2025-08-06	CrebA regulation of secretory capacity: Genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659381 PMID:40667345	研究论文	本研究通过DNA结合实验、表达分析和结合位点突变揭示了果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌途径组分基因（SPCGs）来增强胚胎唾液腺的分泌能力	发现CrebA及其哺乳动物同源物Creb3L家族在增强分泌能力方面具有高度保守的功能，并通过单细胞RNA测序技术进一步探索了CrebA结合与基因调控的关系	尚不清楚是什么区分了功能性结合，以及CrebA是否是所有果蝇胚胎组织中驱动SPCG基因表达的主要因素，或者CrebA是否还调控其他组织特异性功能	探究CrebA转录因子在增强分泌能力中的作用及其调控机制	果蝇胚胎唾液腺及哺乳动物组织中的分泌途径组分基因（SPCGs）	分子生物学	NA	DNA结合实验、表达分析、结合位点突变、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型和CrebA缺失型果蝇胚胎
43	2025-08-06	Multiomics identifies tumor-intrinsic SREBP1 driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011537 PMID:40518290	研究论文	通过多组学分析鉴定出肝细胞癌中肿瘤内在的SREBP1驱动免疫排斥，并提出其作为克服免疫检查点抑制剂耐药的新治疗靶点	首次通过大规模多组学分析（包括RNA测序、蛋白质组学、单细胞RNA测序等）结合功能实验，发现SREBP1作为免疫排斥的中心调控因子，并通过促肿瘤巨噬细胞（M2样）重编程机制发挥作用	研究主要基于体外实验和有限的临床样本，需要进一步在更大规模的临床队列和体内模型中验证	探索肝细胞癌中免疫检查点抑制剂耐药的机制并寻找新的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者样本和体外培养的肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 成像质谱流式细胞术(IMC), MALDI空间脂质组学, 3D共培养模型	CRISPR基因敲除模型	多组学数据（转录组、蛋白质组、单细胞转录组、脂质组）	900+人类样本（包括31个肿瘤单细胞RNA-seq样本）
44	2025-08-06	Systematic characterization of the ovarian landscape across mouse menopause models 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.658920 PMID:40661543	research paper	该研究系统比较了三种小鼠更年期模型，揭示了卵泡丢失、内分泌紊乱和转录重塑的共同及模型特异性特征	首次系统比较了三种小鼠更年期模型，包括完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭和遗传模型，揭示了不同模型在激素和免疫改变方面的独特模式	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类更年期的复杂性	研究更年期的分子机制及其对全身健康的影响	三种小鼠更年期模型（完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭、遗传模型）	生物医学研究	更年期相关疾病	组织学、血清激素分析、单细胞转录组学、机器学习	机器学习	分子和表型数据	三种小鼠模型（具体数量未提及）
45	2025-08-06	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.656433 PMID:40502191	研究论文	通过空间转录组学技术分析17名不同发育和损伤阶段的婴儿肺部基因表达模式，构建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	利用成像空间转录组学技术，首次在人类婴儿肺部发育和损伤过程中揭示了转录变化的时空动态	样本量相对有限（17例），且仅关注急性新生儿肺损伤	揭示肺部器官发育过程中细胞转变的时序和调控机制	17名不同发育和损伤阶段的婴儿肺部组织	空间转录组学	新生儿肺损伤	成像空间转录组学	计算聚类方法	空间转录组数据	17例人类婴儿肺部样本（约120万个细胞）
46	2025-08-06	Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics 2025-Jun, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10889-6 PMID:40366552	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和批量蛋白质组学技术，鉴定了脂肪基质血管部分和干细胞/基质细胞中具有免疫调节潜能的亚群	整合单细胞RNA测序与批量蛋白质组学数据，首次识别出与细胞因子激活的培养ASC表型相似的SVF来源ASC亚群	研究主要基于体外实验数据，需要进一步体内验证	解析脂肪来源基质细胞的异质性免疫调节潜能	脂肪基质血管部分(SVF)和培养的脂肪来源干细胞/基质细胞(ASCs)	单细胞组学	NA	scRNA-seq, 批量蛋白质组学	Scissor算法	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	未培养(P0)和培养(P2)的ASC细胞样本
47	2025-08-05	Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G(r): A Scalable Alternative to Permutations 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659088 PMID:40666920	研究论文	提出了一种无需置换的闭式解析解方法，用于快速计算最近邻空间随机性（CSR）的均值和方差	提供了闭式解析解替代计算昂贵的置换方法，显著提高了计算效率和可重复性	未明确提及方法在其他类型空间数据或更大样本量下的适用性	开发一种快速、可重复的空间随机性计算方法，用于流行病学、组织生物学等领域	空间点模式数据，特别是免疫荧光样本中的细胞分布	空间分析	肾细胞癌	多重免疫荧光	解析解方法	空间点数据	模拟样本30个点，真实肾细胞癌样本未明确数量
48	2025-08-05	Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659348 PMID:40667206	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，分析了非人灵长类动物早期结核病模型中肺组织和肉芽肿内巨噬细胞的表型和功能多样性	揭示了巨噬细胞在结核病肉芽肿中的空间分布多样性及其与结核分枝杆菌感染的关联	研究仅限于早期结核病模型，未涵盖疾病进展的后期阶段	探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其在结核病发病机制中的作用	非人灵长类动物早期结核病模型中的巨噬细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 图像数据	非人灵长类动物早期结核病模型的肺组织和肉芽肿样本
49	2025-08-04	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生转变过程中的作用机制	发现了GATA因子在食管腺癌发展中的关键作用，并识别了GATA诱导的GPRC5B作为功能性标记物和可能的驱动因子	研究主要基于体外实验和芯片器官模型，需要进一步的体内验证	阐明GATA家族成员在Barrett食管向食管腺癌转变过程中的分子机制	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和癌症基因组图谱数据	癌症生物学	食管腺癌	RNA测序、shRNA或CRISPR介导的基因沉默、空间转录组学、芯片器官研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	癌症基因组图谱中的EAC病例、食管细胞系和病变来源的ASCs
50	2025-08-03	Bridging the Gap in Breast Cancer Dormancy: Models, Mechanisms, and Translational Challenges 2025-Jun-26, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18070961 PMID:40732251	综述	本文综述了乳腺癌休眠领域的研究现状，强调了解决肿瘤休眠以减少转移复发的紧迫性	提出了整合单细胞多组学、空间转录组学和人源化长期模型的新方法，以揭示休眠机制	当前研究存在数据矛盾、模型不足和缺乏生物标志物等问题	减少乳腺癌转移复发，提高临床治疗效果	乳腺癌休眠中的播散性肿瘤细胞(DTCs)	肿瘤学	乳腺癌	单细胞多组学、空间转录组学	人源化长期模型	多组学数据	NA
51	2025-08-03	Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.13.659535 PMID:40666962	研究论文	开发了一种名为Epi-PHR的非破坏性图像单细胞空间表观遗传分析技术，用于在单细胞水平上检测表观遗传标记组合并保留基因组的三维结构	Epi-PHR技术首次实现了在单细胞水平上高分辨率、位点特异性地检测表观遗传标记组合，同时保留基因组的三维结构	技术尚未在其他组织或疾病模型中广泛验证	研究单细胞三维表观基因组组织及其与染色质构象的关系	海马体组织切片中的单细胞	表观遗传学	NA	Epi-PHR（表观遗传邻近杂交反应）	NA	图像	数百个单基因目标在相同单个细胞内
52	2025-08-03	MIF-mediated crosstalk between THRSP + hepatocytes and CD74 + lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH 2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001429 PMID:40590856	研究论文	本研究揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉区（PP区）的募集驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制	首次揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+LAMs在肝脏PP区的募集驱动MASH进展的空间分区机制，并发现THRSP抑制剂C6可显著改善MASH	研究主要基于小鼠模型，人类MASH患者样本验证仍需进一步开展	探究MASH进展中肝脏门静脉区空间分区的分子机制	MASH小鼠模型和患者肝脏组织	肝脏病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	空间转录组学（ST）、CellPhoneDB分析、基因过表达/敲除实验	NA	空间转录组数据、基因表达数据	MASH小鼠模型和患者肝脏组织（具体数量未明确说明）
53	2025-07-30	Single-Cell Transcriptomic Analysis Unveils Key Regulators and Signaling Pathways in Lung Adenocarcinoma Progression 2025-Jun-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071606 PMID:40722679	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌进展中的关键调控因子和信号通路	利用单细胞RNA测序技术揭示肺腺癌不同阶段的细胞类型特异性转录组变化及肿瘤微环境中的动态细胞间通讯	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	探索肺腺癌进展的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	肺腺癌患者不同疾病阶段的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个肺腺癌患者队列
54	2025-07-30	Identification of Immune Hub Genes in Obese Postmenopausal Women Using Microarray and Single-Cell RNA Seq Data 2025-Jun-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16070783 PMID:40725440	研究论文	本研究通过微阵列和单细胞RNA测序数据识别了肥胖绝经后妇女脂肪组织中的免疫枢纽基因	首次在肥胖绝经后妇女脂肪组织中识别出关键的免疫枢纽基因，并发现NK细胞通过这些基因表达在脂肪组织炎症中起重要作用	研究样本仅限于绝经后肥胖妇女，结果可能不适用于其他人群	阐明肥胖相关免疫失调的潜在机制	肥胖绝经后妇女的脂肪组织	生物信息学	肥胖症	微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR	WGCNA、PPI网络分析、ssGSEA	基因表达数据	来自GEO数据库的微阵列数据集(GSE151839)和单细胞RNA-seq数据集(GSE176171)，以及肥胖和对照组斑马鱼模型
55	2025-07-30	Dissecting the Cellular Heterogeneity Underlying Liver Diseases Through the Integration of GWASs and Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-27, Biology DOI:10.3390/biology14070777 PMID:40723338	研究论文	通过整合GWAS和单细胞RNA测序技术，解析肝脏疾病背后的细胞异质性	首次将GWAS数据与单细胞RNA测序数据整合，揭示了肝脏疾病遗传风险信号主要定位于非实质细胞，特别是特定亚群的免疫激活或应激响应转录程序	研究仅关注了人类肝脏细胞，未涉及其他物种或组织	解析肝脏疾病的细胞异质性，揭示遗传风险的功能基础	人类肝脏细胞（约168,000个）	基因组学	肝脏疾病	GWAS, 单细胞RNA测序	scDRS	基因组数据, 转录组数据	约168,000个人类肝脏细胞
56	2025-07-30	Cell-Type Annotation for scATAC-Seq Data by Integrating Chromatin Accessibility and Genome Sequence 2025-Jun-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15070938 PMID:40723810	研究论文	提出了一种名为scAttG的深度学习框架，用于整合染色质可及性和基因组序列信息，以提高scATAC-seq数据的细胞类型注释准确性	结合了图注意力网络（GATs）和卷积神经网络（CNNs），首次同时利用染色质可及性信号和基因组序列特征进行细胞类型注释	未明确说明模型在不同批次数据间的泛化能力及计算效率	解决现有scATAC-seq细胞注释方法在数据对齐和批次效应方面的局限性	scATAC-seq数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	scATAC-seq	GATs, CNNs	基因组序列数据、染色质可及性数据	多个scATAC-seq数据集（未明确数量）
57	2025-07-30	Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Reveals Genes Related to Energy Metabolism and Efferocytosis in Lumbar Disc Herniation 2025-Jun-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071536 PMID:40722613	研究论文	通过整合批量RNA和单细胞测序数据，揭示了与腰椎间盘突出症（LDH）中能量代谢和胞葬作用相关的基因	首次结合批量RNA和单细胞测序数据，识别出与LDH相关的能量代谢和胞葬作用差异表达基因（EMERDEGs），并验证了其功能	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于RT-qPCR，缺乏更深入的体内或体外功能实验	探索LDH的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	腰椎间盘突出症（LDH）患者和对照组的转录组数据	生物信息学	腰椎间盘突出症	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR	机器学习方法	转录组数据	未明确提及样本数量，但使用了LDH和对照组的转录组数据集
58	2025-07-30	scQTLtools: An R/Bioconductor Package for Comprehensive Identification and Visualization of Single-Cell eQTLs 2025-Jun-23, Biology DOI:10.3390/biology14070743 PMID:40723304	研究论文	介绍了一个名为scQTLtools的R/Bioconductor包，用于全面识别和可视化单细胞eQTLs	开发了一个综合性的工具包，支持从预处理到可视化的端到端单细胞eQTL分析，并实现了三种统计模型以适应不同的数据特征	目前仅支持顺式eQTL映射，未来将扩展到包括反式eQTL检测	解决现有工具在功能、输入兼容性或稀疏单细胞数据的可扩展性方面的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	急性髓系白血病	scRNA-seq	线性回归、泊松回归和零膨胀负二项回归	单细胞RNA测序数据	NA
59	2025-07-30	Pig meniscus single-cell sequencing reveals highly active red zone chondrocyte populations involved in stemness maintenance and vascularization development 2025-Jun-18, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2400388 PMID:40722245	研究论文	通过猪半月板单细胞测序揭示了参与干细胞维持和血管化发展的高度活跃的红区软骨细胞群体	首次提供了猪半月板的单细胞转录组图谱，揭示了红区和白区软骨细胞亚群的显著差异及其在组织工程中的潜在应用	研究仅基于猪模型，人类半月板的直接应用仍需进一步验证	探索半月板损伤的治疗潜力及猪作为骨科治疗开发模型的适用性	猪半月板细胞	组织工程	骨科疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及猪半月板的多种细胞类型
60	2025-07-29	EVscope: A Comprehensive Bioinformatics Pipeline for Accurate and Robust Analysis of Total RNA Sequencing from Extracellular Vesicles 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.660984 PMID:40666973	研究论文	介绍了一个名为EVscope的开源生物信息学流程，专门用于处理EV RNA-seq数据集，以提高RNA生物标志物和细胞间通讯研究的准确性和鲁棒性	EVscope采用优化的全基因组期望最大化(EM)算法，显著提高了单碱基分辨率下的多映射读取分配，并首次生成基于EM的BigWig文件用于下游分析	未明确提及具体限制，但可能面临EV RNA极低丰度和片段化带来的分析挑战	开发一个标准化的计算工作流程，用于EV RNA-seq数据的质量控制和RNA特征分析	细胞外囊泡(EV)中的RNA	生物信息学	NA	RNA-seq	期望最大化(EM)算法	RNA测序数据	NA