单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-06	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	该研究通过单细胞表达分析探讨了EB病毒（EBV）感染与多发性硬化症（MS）早期活动之间的关联	发现早期MS患者外周血中非典型B细胞（ABCs）显著富集，且这些细胞表现出与EBV相关的表达特征	未检测到ABCs直接感染EBV的证据	探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的潜在作用	早期多发性硬化症患者的外周B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和流式细胞术	NA	单细胞表达数据	来自免疫耐受网络STAyCIS试验的纵向收集的早期MS患者样本
42	2025-07-06	Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171364 PMID:40327401	研究论文	本研究探讨了肿瘤抑制基因Trp53和Pten在SOX2介导的非小细胞肺癌（NSCLC）中的协同作用及其对肿瘤微环境的影响	揭示了Trp53和Pten在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的协同作用，并发现CD38+肿瘤相关炎症单核细胞亚群在LN2A模型中显著富集	研究主要基于小鼠模型，结果在人类NSCLC中的适用性需要进一步验证	探究Trp53和Pten肿瘤抑制基因在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的作用	小鼠模型中的非小细胞肺癌（NSCLC）细胞	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠遗传模型	基因表达数据	多种遗传背景的小鼠模型（SNL、SNL-Trp53、SNL-Pten、LN2A）
43	2025-07-06	Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187381 PMID:40548376	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq分析，揭示了AP-1转录因子家族成员在组织驻留记忆T细胞（TRM）发育和功能中的关键作用	定义了跨皮肤和小肠上皮内淋巴细胞的TRM时间特征，并首次揭示了AP-1转录因子家族在成熟TRM中的重要作用	研究主要关注CD8+ TRM细胞，未涵盖其他类型的TRM细胞	阐明TRM细胞分化和效应功能启动的分子机制	皮肤和小肠上皮内淋巴细胞中的CD8+ TRM细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 循环免疫荧光(CyCIF)	线性模型	基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织成像数据	10个发育时间点的单细胞RNA测序数据
44	2025-07-06	Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages 2025-Jun-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1 PMID:40585272	研究论文	该研究开发了一种异质性三组分肿瘤模型，模拟了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的关键临床表型	开发了包含HGSC细胞、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞的异质性三组分肿瘤模型，能够模拟HGSC的化疗耐药性、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和EMT等关键表型	模型仅包含三种主要细胞类型，可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性	研究HGSC肿瘤微环境中不同细胞类型的相互作用及其对癌症表型的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）细胞、癌相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	3D肿瘤模型	基因表达数据、荧光标记图像	使用OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8三种HGSC细胞系、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞
45	2025-07-06	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Jun-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	研究论文	介绍了一种名为STAMP的新方法，用于通过成像平台进行单细胞转录组学分析和多模态分析	STAMP方法通过结合转录组学和蛋白质组学成像平台，消除了测序成本，实现了数百万细胞的高效单细胞基因组学分析，并支持多模态（RNA、蛋白质和H&E）分析，同时保留细胞结构和形态	NA	克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	单细胞基因组学	NA	转录组学和蛋白质组学成像	NA	RNA、蛋白质和H&E图像数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
46	2025-07-06	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	研究论文	本研究利用单细胞技术探讨了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用	首次在单细胞水平揭示了3/4组髓母细胞瘤中大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件，而单基因致癌事件发生在晚期并通常为亚克隆	研究仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例	阐明3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用机制	3/4组髓母细胞瘤患者样本	数字病理学	髓母细胞瘤	单核RNA测序(snRNA-seq)、单核转座酶可及染色质高通量测序(snATAC-seq)和空间转录组学	NA	单细胞测序数据和空间转录组数据	一组已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例
47	2025-07-05	Mosaic loss of chromosome Y in blood is associated with male susceptibility for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00966-9 PMID:40581694	研究论文	探讨男性血液中Y染色体嵌合缺失（mLOY）与特发性肺纤维化（IPF）易感性之间的关系	首次在人类中证实mLOY通过上调促纤维化基因和增强TGF-β信号传导加剧IPF，解释了IPF中显著的性别偏见	研究主要基于流行病学和临床数据集，缺乏直接的实验验证	研究mLOY是否在人类中促进纤维化疾病进程，特别是在IPF中	男性特发性肺纤维化患者	医学遗传学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	流行病学数据、临床数据和scRNAseq数据	UK Biobank数据集和两个队列中的男性患者
48	2025-07-05	Chromatin accessibility module identified by single-cell sequencing underlies the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i6.107329 PMID:40606924	研究论文	通过单细胞测序技术研究肝细胞癌（HCC）中染色质可及性模块的诊断和预后价值	结合单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了HCC中多层染色质重编程如何通过肿瘤-基质相互作用和DGAT1相关致癌转录维持肿瘤进展	研究主要基于特定队列数据，可能需要更多独立验证	解析多层染色质调控如何维持HCC的致癌转录和肿瘤-基质相互作用	肝细胞癌（HCC）样本	数字病理	肝癌	单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）、批量RNA测序	ArchR	单细胞测序数据、批量RNA测序数据	来自The Cancer Genome Atlas、Liver Cancer Institute和GSE25907队列的HCC样本
49	2025-07-05	Elevated Stanniocalcin-1 Expression in Uveal Melanoma Predicts Poor Patient Prognosis 2025-Jun-26, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3 DOI:10.21873/cgp.20526 PMID:40571316	研究论文	本研究探讨了Stanniocalcin-1 (STC-1)在葡萄膜黑色素瘤(UVM)中的表达及其与患者预后的关系	首次揭示了STC-1在UVM中的预后意义及其在肿瘤微环境中的细胞来源	样本量较小(特别是IV期肿瘤仅4例)，且未进行实验验证STC-1的功能机制	探索UVM的预后生物标志物和潜在治疗靶点	葡萄膜黑色素瘤患者	肿瘤学	葡萄膜黑色素瘤	转录组数据分析(GEPIA2和UALCAN)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	40例UVM肿瘤样本(36例III期和4例IV期)
50	2025-07-05	IL-1β signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188724 PMID:40392614	研究论文	本研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中T滤泡辅助细胞(Tfh)和T滤泡调节细胞(Tfr)中的作用及其与自身免疫疾病的关系	首次在人类淋巴组织中揭示了IL-1β信号通过IL-1R1和IL-1R2受体调节Tfh和Tfr细胞的机制，并发现了一种具有Treg和GC-Tfh特征的独特激活Tfr亚群	研究主要基于体外实验和相关性分析，需要进一步的体内实验验证IL-1β信号调节的具体机制	阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中对Tfh和Tfr细胞的调节作用及其与自身免疫疾病的关联	人类次级淋巴器官(扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结)中的Tfh和Tfr细胞	免疫学	自身免疫疾病	流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养	NA	细胞表型数据、基因表达数据	人类次级淋巴器官样本及自身免疫患者样本
51	2025-07-05	Type 2 diabetes alters quiescent pancreatic stellate cells to tumor-prone state 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187424 PMID:40548381	research paper	该研究探讨了2型糖尿病如何改变静止的胰腺星状细胞，使其转变为易发肿瘤的状态	揭示了2型糖尿病中静止胰腺星状细胞亚群的变化，并发现了一种可能促进肿瘤免疫和血管生成的新亚群tapPafs	研究样本主要来自小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	研究2型糖尿病对胰腺星状细胞亚群的影响及其与胰腺导管腺癌的关系	胰腺星状细胞和胰腺导管腺癌细胞	digital pathology	pancreatic ductal adenocarcinoma	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	C57BL/6J小鼠和糖尿病db/db小鼠的胰腺星状细胞
52	2025-07-05	Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf600 PMID:40598893	研究论文	本文研究了一种脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA）在脑脊液中注射后在大脑中的传输途径及细胞类型依赖性基因沉默效果	开发了一种新型脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA），能够在脑脊液中有效传输并在大脑特定区域和细胞类型中实现长期基因沉默	研究主要基于小鼠和大鼠模型，人类应用效果尚需进一步验证	探索脂质-siRNA共轭物在大脑中的传输机制和基因沉默效果，为中枢神经系统疾病治疗提供新方法	小鼠和大鼠的大脑组织及细胞	神经科学	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	动物模型（小鼠和大鼠）	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠和大鼠实验
53	2025-07-05	Multi-omics Analysis Reveals Molecular Subtype of Mitochondrial Oxidative Stress and Prognostic Model Development in Sepsis 2025-Jun-20, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL38957 PMID:40613299	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了线粒体氧化应激的分子亚型，并开发了脓毒症的预后模型	识别了三个与脓毒症相关的线粒体氧化应激关键基因（RNASE2、CX3CR1和EPHX2），并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了RNASE2在调节线粒体氧化应激中的关键作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索脓毒症的分子机制并开发预后模型	脓毒症患者和正常样本	生物信息学	脓毒症	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析、LASSO分析、单细胞RNA测序	预后风险模型	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集（GSE54514、GSE65682和GSE95233）
54	2025-07-05	Decoding Cellular Landscapes: Unravelling Periodontitis and Periapical Periodontitis at the Single-Cell Frontier 2025-Jun-18, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100851 PMID:40554261	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，揭示牙周炎和根尖周炎在关键基因表达和细胞异质性方面的差异	首次在单细胞水平上比较牙周炎和根尖周炎的关键基因表达及细胞异质性，并识别出疾病特异性关键基因和关键细胞类型	研究仅基于公开数据库的测序数据，未进行更大规模的独立验证	阐明牙周炎和根尖周炎在分子和细胞水平的差异	牙周炎和根尖周炎患者的牙槽骨组织	单细胞组学	牙周疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)	SingleR(细胞类型注释工具)	基因表达数据	来自GEO数据库的两个数据集(GSE171213和GSE181688)
55	2025-07-05	Single-cell transcriptome analysis reveals abnormal angiogenesis and placentation by loss of imprinted glutaminyl-peptide cyclotransferase 2025-Jun-15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2400099 PMID:40571662	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了母源印记基因谷氨酰肽环转移酶缺失导致的小鼠胎盘和胚胎异常血管生成和胎盘形成	首次鉴定谷氨酰肽环转移酶为调控小鼠胎盘形成的新型抗血管生成因子，并利用单细胞转录组技术揭示了其缺失导致的促血管生成基因全局上调机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类胎盘组织验证	探究印记基因谷氨酰肽环转移酶在胎盘血管生成和胚胎发育中的调控作用	谷氨酰肽环转移酶基因敲除小鼠及其胎盘组织	发育生物学	胎盘功能障碍	CRISPR/Cas9基因编辑、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	32,309个细胞（来自野生型和敲除型小鼠胎盘）
56	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2025-Jun-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6797967/v1 PMID:40585209	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了早期和晚期妊娠绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在妊娠早期胎盘的不同区域（基底板和绒毛膜板）发现细胞滋养层细胞（CTB）存在不同的状态，并确定了TSC与EVT前体细胞的相似性	研究仅基于6-14周妊娠的胎盘样本，未涵盖更广泛的妊娠期	探究早期妊娠胎盘绒毛细胞滋养层细胞的转录多样性与滋养层干细胞的起源关系	早期和晚期妊娠胎盘的绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）及滋养层干细胞（TSC）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、GeoMx空间转录组学、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	早期（6-8周）和晚期（12-14周）妊娠胎盘绒毛组织、三个TSC细胞系
57	2025-07-05	Fibroblasts-The emerging therapeutic target of the cardiovascular system? 2025-Jun-05, Pharmacological reviews IF:19.3Q1 DOI:10.1016/j.pharmr.2025.100072 PMID:40609323	综述	本文综述了成纤维细胞在心血管系统中的异质性和可塑性，及其在健康和疾病状态下的多样作用	揭示了成纤维细胞亚群的异质性及其在心血管系统中的治疗潜力	缺乏对成纤维细胞亚型的共识命名法，且血管干预研究有限	探讨成纤维细胞在心血管系统中的多样性和治疗潜力	成纤维细胞在心血管系统中的异质性和功能	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
58	2025-07-04	Diversity of mast cell subpopulations in the tumor microenvironment of colorectal cancer and their prognostic implications 2025-Jun-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04119-8 PMID:40586903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关系	首次揭示了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的功能异质性及其在肿瘤进展中的不同作用，并鉴定了亚群特异性标记基因	样本量相对较小（40例CRC肿瘤样本），且未进行实验验证	探索结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其预后意义	结直肠癌肿瘤微环境中的肥大细胞亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、生物信息学分析	非负矩阵分解（NMF）	RNA测序数据	40例CRC肿瘤样本（单细胞数据）及HMU、GEO和TCGA队列的批量RNA-seq数据
59	2025-07-04	Spatial Transcriptome Analysis of B7-H4 in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: A Novel Therapeutic Target for Anti-Immune Checkpoint Inhibitors 2025-Jun-30, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01815-w PMID:40586978	研究论文	本研究通过免疫组化和空间转录组学分析，探讨了B7-H4在头颈部鳞状细胞癌中的治疗潜力	发现B7-H4与PD-L1在肿瘤细胞中呈现互斥表达模式，并证实B7-H4与低CD8+ T细胞浸润显著相关	样本量较小（空间转录组学仅分析6例HNSCC），且未进行功能验证实验	探索头颈部鳞状细胞癌中B7-H4作为免疫检查点抑制剂耐药治疗靶点的潜力	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）组织样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组化（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织微阵列图像、空间转录组数据	94例HNSCC、94例相邻鳞状上皮内瘤变、69例正常口腔黏膜（IHC）；6例HNSCC及其配对的瘤变和正常组织（ST）
60	2025-07-04	Low-dose radiotherapy enhances the efficacy of PD-L1 blockade and induces the abscopal effect 2025-Jun-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011487 PMID:40588370	research paper	该研究探讨了低剂量放疗（RT）如何增强PD-L1阻断的疗效并诱导远隔效应	研究发现低剂量RT与抗PD-L1联合治疗在远隔未照射肿瘤中产生与高剂量RT相当的远隔效应，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在此过程中的关键作用	研究仅在免疫健全小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索低剂量RT与免疫检查点抑制剂联合治疗在癌症治疗中的优化策略	携带MC38或CT26小鼠肿瘤模型的免疫健全小鼠	癌症治疗	癌症	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据	使用不同剂量RT处理的小鼠肿瘤模型