单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-06-10	Loss of ARNTL Enhances ER Stress and Apoptosis in CKD Through Disruption of NRF2 Signaling 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403398RRR PMID:40489010	研究论文	本研究揭示了ARNTL通过调控NRF2信号通路在慢性肾病(CKD)中对抗内质网(ER)应激和细胞凋亡的关键保护作用	首次发现ARNTL-NRF2轴在肾小管细胞中的保护机制，并证实其可作为CKD治疗的潜在靶点	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体进行临床验证	探究CKD中ER应激导致肾小管细胞凋亡的分子机制	慢性肾病患者和小鼠模型的肾小管细胞	分子病理学	慢性肾病	单细胞测序、蛋白质相互作用分析	HK2细胞系和小鼠CKD模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	CKD患者样本和CKD模型小鼠
562	2025-06-10	Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal Functional and Spatial Heterogeneity of Atrial and Ventricular Cardiomyocytes in the Heart 2025-Jun-09, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01443-3 PMID:40488964	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了心房和心室心肌细胞在心脏中的功能和空间异质性	首次结合scRNA-seq和空间转录组学技术，系统解析了心房和心室心肌细胞的空间分布及细胞间通讯网络	研究主要基于小鼠模型，结果在人类心脏中的适用性需要进一步验证	探究心脏中心房和心室心肌细胞的空间分布特征及其细胞间通讯机制	心房心肌细胞(aCM)和心室心肌细胞(vCM)	空间转录组学	心血管疾病	scRNA-seq, 空间转录组学	t-SNE聚类分析	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量，使用分离的心脏细胞
563	2025-06-10	A spatially organized Cd24a+/Pax9+ stem cell core governs postnatal tooth establishment 2025-Jun-06, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu5653 PMID:40479070	research paper	本研究揭示了Cd24a+/Pax9+干细胞核心在哺乳动物牙齿后生建立中的空间组织作用	发现了Cd24a+/Pax9+干细胞核心在牙齿发育过程中的空间组织模式及其对牙根形成的调控作用	未详细探讨Cd24a+/Pax9+干细胞核心在其他矿化组织中的作用	探究牙齿后生建立过程中干细胞的空间组织模式及其调控机制	小鼠和人类的牙齿发育过程	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CUT&Tag, 空间定位分析	NA	基因表达数据, 空间定位数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠和人类牙齿组织
564	2025-06-10	Cathepsin C correlates with M2 macrophage infiltration and regulates the tumor growth and metastasis in non-small cell lung cancer 2025-Jun-05, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14341-3 PMID:40474091	研究论文	探讨组织蛋白酶C（CTSC）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用及其与M2巨噬细胞浸润的关系	首次系统分析了CTSC在NSCLC中的表达及其与M2巨噬细胞浸润的关联，并验证了CTSC对肿瘤生长和转移的调控作用	研究主要基于体外和动物实验，临床样本验证仍需进一步扩大	阐明CTSC在NSCLC进展和转移中的分子机制及其潜在治疗价值	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞系、临床样本及动物模型	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、基因集富集分析（GSEA）	NA	基因表达数据、临床样本数据	临床NSCLC队列（具体数量未明确说明）及体外细胞系实验
565	2025-06-10	Targeting CD39 boosts PD-1 blockade antitumor therapeutic efficacy via strengthening CD8 + TILs function and recruiting B cells in cervical cancer 2025-Jun-03, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03500-0 PMID:40462160	research paper	该研究探讨了靶向CD39如何通过增强CD8+TILs功能和招募B细胞来提高PD-1阻断在宫颈癌中的抗肿瘤疗效	发现CD39在耗竭的CD8+T细胞中高表达，并验证了CD39抑制不仅能增强CD8+TILs的细胞毒性，还能通过增加CXCL13分泌促进B细胞浸润，从而放大PD-1阻断的抗肿瘤免疫	样本量较小（仅10名宫颈癌患者），且研究主要基于体外实验和皮下肿瘤模型，未涉及临床试验	寻找增强免疫检查点阻断（ICBs）对宫颈癌患者疗效的新型联合治疗策略	宫颈癌患者和皮下肿瘤模型	肿瘤免疫治疗	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据和临床数据	10名宫颈癌患者及TCGA数据库中的队列
566	2025-06-10	PSMB10 maintains the stemness of chemotherapeutic drug-resistant leukemia cells by inhibiting senescence and cytotoxic T lymphocyte-mediated killing in a ubiquitinated degradation manner 2025-Jun-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03420-9 PMID:40462177	研究论文	本文研究了PSMB10在化疗耐药白血病细胞中通过抑制衰老和细胞毒性T淋巴细胞介导的杀伤作用来维持其干性的机制	首次揭示了PSMB10通过泛素化降解方式调控耐药白血病干细胞的干性维持，并提出了PSMB10作为消除耐药白血病干细胞的新靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	探索耐药白血病干细胞通过衰老和免疫调控维持干性的分子机制	急性髓系白血病(AML)患者样本、人AML异种移植模型和PSMB10敲除同源小鼠骨髓移植模型	肿瘤生物学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、RT-qPCR、流式细胞术、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测、多核糖体分析、定量蛋白质组学等	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	AML患者临床样本、人AML细胞系和小鼠模型
567	2025-06-10	A resource for whole-body gene expression map of human tissues based on integration of single cell and bulk transcriptomics 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03616-4 PMID:40462185	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组学数据，提供了人体各主要组织和器官中蛋白质编码基因的全基因组表达图谱	结合单细胞和批量转录组学数据，首次实现了对人体各主要组织和器官中蛋白质编码基因的全基因组表达图谱的扩展分析	研究仅关注了蛋白质编码基因，未涉及非编码RNA等其他基因类型	构建人体各组织和器官的全基因组基因表达图谱	人体31种主要组织和器官	基因组学	NA	单细胞转录组学、批量转录组学、抗体标记分析	NA	转录组数据	31种人体组织
568	2025-06-10	Transcriptional landscape of aniridia-associated keratopathy through single-cell RNA sequencing 2025-Jun-03, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.05.008 PMID:40473205	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示无虹膜相关角膜病变的转录组景观	首次使用单细胞RNA测序技术分析无虹膜相关角膜病变患者的角膜上皮细胞基因表达谱	研究仅基于一个病例样本，结果可能不具有普遍性	阐明无虹膜相关角膜病变的分子机制	先天性无虹膜患者的角膜上皮细胞	数字病理学	角膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例48岁女性先天性无虹膜患者的角膜上皮组织
569	2025-06-10	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	research paper	该研究揭示了表观遗传调节因子CBX5在肺纤维化中的作用，通过调控成纤维细胞的代谢重编程影响纤维化进程	首次发现CBX5在肺纤维化中作为连接表观遗传改变与代谢异常的关键调节因子，并证明其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究CBX5在肺纤维化发病机制中的作用及其作为治疗靶点的可能性	肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)组织	分子病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫组织化学分析、RNA测序分析	NA	基因表达数据、组织样本	IPF患者肺组织样本和体外培养的成纤维细胞
570	2025-06-10	Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology 2025-Jun, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012 PMID:39755534	research paper	本研究通过网络药理学分析确定了非瑟酮治疗牙周炎的分子靶点，并在动物模型和体外实验中验证了其治疗效果，同时利用单细胞和空间转录组学技术鉴定了牙周炎中的关键细胞群及其空间分布	首次结合网络药理学、动物模型、体外实验以及单细胞和空间转录组学技术，全面探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制	研究尚未在临床环境中验证非瑟酮的疗效	探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制及其潜在治疗效果	牙周炎动物模型和人牙周膜成纤维细胞(PDLFs)	分子生物学与药理学	牙周炎	网络药理学分析、单细胞转录组学、空间转录组学	动物模型	转录组数据	NA
571	2025-06-10	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本文报道了一种高灵敏度的单细胞RNA测序方法，用于研究非洲锥虫抗原表达层次的基因组决定因素	开发了一种高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了抗原转换过程中单个细胞内发生的基因组重排	研究仅针对模型原生动物寄生虫Trypanosoma brucei，结果可能不适用于其他病原体	揭示非洲锥虫抗原表达层次的基因组决定因素	Trypanosoma brucei寄生虫	基因组学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个细胞水平的研究
572	2025-06-10	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了鼻咽癌细胞在EBV裂解诱导下的不同反应状态，特别是发现了一种与癌症干细胞相似的抗诱导细胞状态	首次在单细胞水平上鉴定了EBV裂解诱导不敏感的细胞状态，并发现SOX2和NTRK2在这一状态中的关键作用	研究仅使用了NPC43细胞系，未在更多临床样本或体内模型中验证	探究鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导疗法的不同反应机制	EBV阳性的鼻咽癌细胞系NPC43	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞转录组学	体外细胞模型	基因表达数据	NPC43细胞系
573	2025-06-10	sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03356-6 PMID:40155530	研究论文	该研究揭示了sEV介导的MGAT4A高表达与低表达肿瘤细胞间通过HOTAIRM1/miR-196b-5p轴促进CTCL中凋亡抗性的机制	首次发现HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中的调控作用，并开发了工程化sEVs用于靶向治疗	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探究CTCL中凋亡抗性的分子机制并开发靶向治疗策略	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)细胞和良性CD4+T细胞	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤	全转录组测序、scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
574	2025-06-10	Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics 2025-Jun, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104527 PMID:40203595	研究论文	通过生物信息学方法研究线粒体相关基因与子痫前期（PE）的关联及其与免疫细胞浸润的相关性	识别了五个关键线粒体相关基因（MOCS1、CYP11A1、GATM、SFXN3和BCL2L11），并发现它们与PE的诊断准确性及免疫细胞浸润相关，其中CYP11A1可能是HELLP综合征的潜在生物标志物	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受限于样本量和数据质量	探索线粒体相关基因在子痫前期中的作用及其调控机制	子痫前期（PE）患者及其胎盘组织	生物信息学	子痫前期	LASSO回归分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞测序分析、免疫荧光染色	LASSO回归	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE114691、GSE190971、GSE75010、GSE25906）
575	2025-05-10	Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025-Jun, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103564 PMID:40339430	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
576	2025-06-10	Spatial Transcriptomics Shows a Distinctive Tumour Microenvironment in the Invasive Versus Premalignant Portion of Early Cutaneous Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70125 PMID:40462294	研究论文	通过空间转录组学技术研究早期皮肤鳞状细胞癌（SCC）侵袭部分与前恶性部分的肿瘤微环境差异	首次使用NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）技术对早期皮肤SCC的侵袭和前恶性部分的基因表达模式进行空间转录组学比较	样本量较小（17例患者），且为回顾性研究	探究皮肤SCC从前期病变（AK）向恶性转变过程中肿瘤微环境的基因表达变化	早期皮肤SCC组织样本中的肿瘤细胞、免疫细胞和成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学（NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	17例早期皮肤SCC患者的组织样本
577	2025-06-10	DDR2-mediated autophagy inhibition contributes to angiotensin II-induced adventitial remodeling 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70361 PMID:40468620	研究论文	研究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中通过抑制自噬促进成纤维细胞表型转换的作用	揭示了DDR2通过PI3K/Akt/mTOR通路抑制自噬，进而促进成纤维细胞表型转换和外膜重塑的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中的作用机制	血管外膜成纤维细胞(AFs)	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	野生型小鼠(具体数量未明确说明)
578	2025-06-09	Multi-omic analyses of the development of obesity-related depression linked to the gut microbe Anaerotruncus colihominis and its metabolite glutamate 2025-Jun-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.04.010 PMID:40274437	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了与肥胖相关抑郁症（OD）相关的肠道微生物Anaerotruncus colihominis及其代谢产物谷氨酸的作用机制	首次发现A. colihominis通过谷氨酸代谢影响肠道屏障功能和海马神经元亚型间的细胞通讯，从而加剧抑郁样行为	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究肥胖相关抑郁症的肠道微生物机制	肥胖相关抑郁症患者和健康个体的微生物及转录组特征，高脂饮食小鼠模型	微生物组学	肥胖相关抑郁症	粪便微生物移植（FMT）、单细胞RNA测序、工程菌验证	高脂饮食小鼠模型	微生物组数据、转录组数据、行为学数据	临床患者与健康对照样本（具体数量未说明）、高脂饮食小鼠模型
579	2025-06-09	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations 2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	研究论文	提出了一种结合解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）空间代谢组学和Visium空间转录组学的新方法，用于同一组织切片上的RNA-代谢物相关性研究	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI和Visium空间转录组学技术，克服了传统相邻切片间变异性的问题	研究仅应用于人类乳腺癌和肺癌组织，尚未验证在其他癌症类型中的适用性	开发整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解生物问题	人类乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人类乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未提及）
580	2025-06-09	Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148 PMID:39832892	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞反应，探索了基于新抗原的T细胞受体（TCR）分离在HCC免疫治疗中的潜力	首次在HCC免疫抑制微环境中鉴定出新抗原反应性T细胞，并发现肝冲洗液和引流淋巴结中的T细胞可作为免疫治疗的潜在来源	研究样本量较小（仅7名患者），且未进行体内功能验证	探索HCC微环境中新抗原反应性T细胞的特征及其在免疫治疗中的应用潜力	肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤组织、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、T细胞受体（TCR）测序、共培养实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据	7名HCC患者的临床样本