单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-06-12	Histone deacetylases facilitate Th17-cell differentiation and pathogenicity in autoimmune uveitis via CDK6/ID2 axis 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.029 PMID:39107200	研究论文	本文研究了组蛋白去乙酰化酶（HDACs）在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中通过CDK6/ID2轴促进Th17细胞分化和致病性的机制	揭示了HDACs通过CDK6/ID2轴调控Th17细胞分化和致病性的新机制，并提出了潜在的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究HDACs在AU发病机制中的作用及其下游分子机制	自身免疫性葡萄膜炎（AU）患者和小鼠模型	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、siRNA、特异性抑制剂和过继转移实验	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	AU患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和EAU小鼠的免疫细胞
542	2025-06-12	ST6GALNAC1-mediated sialylation in uterine endometrial epithelium facilitates the epithelium-embryo attachment 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.021 PMID:39111624	research paper	研究ST6GALNAC1介导的子宫子宫内膜上皮细胞唾液酸化在胚胎-上皮细胞附着中的作用	首次揭示了ST6GALNAC1/sTn-Siglecs轴在胚胎植入中的关键作用，并鉴定了CD44作为sTn的载体	研究主要基于体外模型和小鼠实验，人类体内应用的直接证据有限	探究ST6GALNAC1/sTn-Siglecs轴在胚胎植入过程中的功能	人类和小鼠的子宫内膜及胚胎	生殖生物学	生殖系统疾病	免疫组化、体外植入模型、免疫沉淀结合质谱分析、scRNA-seq、蛋白互作实验	体外细胞模型和小鼠模型	蛋白质组学数据、RNA-seq数据、图像数据	人类子宫内膜样本和小鼠模型
543	2025-06-12	Generation and long-term culture of human cerebellar organoids from pluripotent stem cells 2025-Jun, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01093-w PMID:39623220	research paper	开发了一种从人多能干细胞生成和长期培养人类小脑类器官（hCerO）的方案，模拟了胎儿小脑的细胞多样性和功能特征	首次成功复制了人类小脑的细胞多样性和部分独特的细胞结构特征，并实现了Purkinje细胞的长期健康存活和成熟	未提及具体局限性	探索人类小脑发育和疾病的研究平台	人类小脑类器官（hCerO）	发育神经生物学	小脑疾病	单细胞转录组学、免疫组织化学、钙动力学和电生理特性研究	人类小脑类器官（hCerO）模型	细胞培养数据	未提及具体样本数量
544	2025-06-12	Interrogating mediators of single-cell transcriptional changes in the acute damaged cerebral cortex: Insights into endothelial-astrocyte interactions 2025-Jun, Molecular and cellular neurosciences DOI:10.1016/j.mcn.2025.104003 PMID:40090391	研究论文	研究探讨了内皮细胞EphA4在创伤性脑损伤后大脑皮层细胞特异性转录组变化中的作用	首次揭示了内皮细胞EphA4敲除对星形胶质细胞基因表达的显著影响，并发现新的Sox9+细胞簇	研究仅基于实验性创伤性脑损伤模型，临床相关性有待验证	阐明创伤性脑损伤后细胞特异性转录变化的机制	内皮细胞和星形胶质细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	EphA4基因敲除小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量，使用实验性创伤性脑损伤模型
545	2025-06-12	Comprehensive analysis based on IFN-γ and SASP related genes, bulk RNA and single-cell sequencing to evaluate the prognosis and immune landscape of stomach adenocarcinoma 2025-Jun, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01646-7 PMID:40293675	research paper	基于IFN-γ和SASP相关基因、批量RNA和单细胞测序的综合分析，评估胃腺癌的预后和免疫景观	利用IFN-γ和SASP相关基因对STAD进行分子亚型分类，并开发了一个风险预后模型，用于预测患者生存、肿瘤免疫微环境和药物反应	研究依赖于TCGA数据库的数据，可能受限于数据的质量和样本量	识别STAD的分子亚型并开发预后模型，以改善临床决策和免疫治疗策略	胃腺癌（STAD）患者	digital pathology	stomach adenocarcinoma	bulk RNA sequencing, single-cell sequencing	Cox regression, LASSO regression, NMF	genomic data, clinical data	TCGA数据库中的STAD患者数据
546	2025-06-12	One probe fits all: a highly customizable modular RNA in situ hybridization platform expanding the application of SABER DNA probes 2025-Jun-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204775 PMID:40446186	研究论文	介绍了一种高度可定制的模块化RNA原位杂交平台OneSABER，扩展了SABER DNA探针的应用	OneSABER平台统一了多种常用的单重和多重、比色和荧光ISH方法，使用单一类型的DNA探针	NA	开发一个统一的开放平台，简化RNA原位杂交过程并降低成本	再生扁虫Macrostomum lignano和Schmidtea mediterranea的整体样本，以及福尔马林固定、石蜡包埋的小鼠肠道切片	分子生物学	NA	RNA原位杂交(ISH)，信号放大交换反应(SABER)	NA	NA	NA
547	2025-06-12	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Defines N7-Methylguanosine (m7G)-Mediated Modifications' Role in Prognosis and the Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jun, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70992 PMID:40485623	research paper	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究N7-甲基鸟苷（m7G）修饰在肝细胞癌预后和肿瘤免疫微环境中的作用	首次系统地分析了m7G修饰在肝细胞癌中的临床特征、预后、肿瘤免疫微环境及免疫治疗敏感性中的作用，并开发了m7Gscore评分系统	研究主要依赖于公共数据库和生物信息学分析，实验验证样本量有限	探究m7G修饰在肝细胞癌中的生物学意义及其对预后和免疫治疗的影响	肝细胞癌患者及其肿瘤组织	digital pathology	hepatocellular carcinoma	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, GSVA, PCA, RT-qPCR, western blot, immunohistochemistry	unsupervised clustering, PCA	RNA sequencing data, protein expression data	来自GEO、TCGA、ICGC数据库的多个数据集，以及实验验证的HCC和正常样本
548	2025-06-12	Long Noncoding RNA Interleukin 6 Antisense RNA 1 Promotes Inflammatory Effects in Lung Macrophages via Exosomes Through the S100A9/TLR4 Pathway in Chronic Obstructive Pulmonary Disease Progression 2025-Jun, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70204 PMID:40487749	研究论文	本研究探讨了长链非编码RNA IL6-AS1在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的作用及其通过外泌体介导的S100A9/TLR4通路促进肺部炎症的机制	首次揭示了IL6-AS1通过外泌体介导的S100A9/TLR4通路促进成纤维细胞与巨噬细胞间的串扰，加剧COPD肺部炎症	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类患者中验证	阐明IL6-AS1在COPD发病机制中的作用及其分子机制	小鼠COPD模型、COPD患者样本、肺成纤维细胞-巨噬细胞共培养系统	分子生物学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、AAV转染	小鼠COPD模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
549	2025-06-12	scEVE: a single-cell RNA-seq ensemble clustering algorithm capitalizing on the differences of predictions between multiple clustering methods 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf073 PMID:40491972	研究论文	本文提出了一种名为scEVE的单细胞RNA测序集成聚类算法，该算法通过利用多种聚类方法预测之间的差异来改进细胞群体的识别	scEVE算法通过描述聚类结果之间的差异而非最小化这些差异，解决了现有集成算法未能生成带有不确定性值和多分辨率聚类结果的概念性挑战	NA	开发一种能够处理单细胞RNA测序数据集成聚类的新算法，解决现有方法在不确定性和多分辨率方面的不足	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成聚类算法	RNA测序数据	15个实验数据集和最多1200个合成数据集
550	2025-06-11	The glia-immune network: Astrocytes and oligodendrocytes as microglial co-ordinators in health and disease 2025-Jun-10, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287015 PMID:40492604	综述	本文探讨了星形胶质细胞和少突胶质细胞作为小胶质细胞协调者在健康和疾病中的作用，特别是在中枢神经系统免疫系统中的功能	强调了巨胶质细胞（星形胶质细胞和少突胶质细胞）在免疫信号通路中的参与，挑战了传统认为免疫功能仅限于免疫细胞的观点	需要进一步研究以阐明胶质细胞之间具体的分子对话机制	探讨巨胶质细胞来源的免疫信号及其在健康和疾病中的相关性	星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
551	2025-06-11	Tumor microenvironment heterogeneity and progression mechanisms in intrahepatic cholangiocarcinoma: A study based on single-cell and spatial transcriptomic sequencing 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001423 PMID:40489753	研究论文	基于单细胞和空间转录组测序研究肝内胆管癌肿瘤微环境异质性及进展机制	揭示了肝内胆管癌肿瘤微环境的异质性，鉴定了ASPH作为侵袭亚型的标志基因，并发现CEP作为ASPH抑制剂可有效抑制肿瘤进展	样本量相对较小（12例单细胞测序样本和4例空间转录组样本），验证队列虽较大（87例RNA-seq样本），但仍需更大规模研究验证	探索肝内胆管癌的发病和进展机制	肝内胆管癌患者样本（肿瘤组织、淋巴转移灶）及小鼠模型	数字病理	肝内胆管癌	单细胞测序、空间转录组测序、RNA-seq、多重免疫荧光	小鼠模型、类器官模型	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	12例单细胞测序样本、4例空间转录组样本、87例RNA-seq验证样本
552	2025-06-11	KRT5high TP63-expressing urothelial basal cells act as a driver to bladder urothelium regeneration in rabbit 2025-Jun-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04417-z PMID:40483513	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了一组具有干细胞特性的KRT5高表达TP63阳性基底细胞，这些细胞在兔膀胱粘膜全层切除后能够激活并分化为中间层和表层伞状细胞，为膀胱组织工程提供了理想的种子细胞	首次鉴定并验证了KRT5high TP63-expressing基底细胞亚群在膀胱尿路上皮再生中的驱动作用，并开发了基于胶囊血管床的生物工程尿路上皮构建策略	研究仅在兔模型中进行，尚未验证在人类或其他大型动物模型中的适用性	探索膀胱尿路上皮再生的细胞机制并开发组织工程新策略	兔膀胱尿路上皮基底细胞	组织工程	膀胱疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞片移植技术	NA	基因表达数据、组织形态学数据	兔膀胱粘膜样本(具体数量未明确说明)
553	2025-06-11	Heterogeneous characteristics of γδ T cells in peripheral blood of diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jun-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00795-x PMID:40483533	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者外周血中γδ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次在DLBCL患者中鉴定出6种不同的γδ T细胞亚群，并发现TIGIT高表达的γδ T细胞亚群与不良预后显著相关	样本量较小(6例患者和3例健康对照)，需要更大规模的队列验证	探究DLBCL患者外周血中γδ T细胞的异质性及其临床意义	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者和健康个体的外周血样本	肿瘤免疫学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	9例血液样本(6例DLBCL患者和3例健康个体)
554	2025-06-11	Cholangiocytes contribute to hepatocyte regeneration after partial liver injury during growth spurt in zebrafish 2025-Jun-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60334-y PMID:40480975	research paper	该研究探讨了斑马鱼在快速生长期部分肝脏损伤后，胆管细胞如何参与肝细胞再生的机制	揭示了快速生长期胆管细胞向肝细胞转分化的主要再生机制，并发现mTORC1信号在胆管细胞可塑性增强中的调控作用	研究仅在斑马鱼模型中进行，尚未在哺乳动物或人类中验证	阐明快速生长期肝脏再生的细胞来源和分子机制	斑马鱼肝脏	发育生物学	肝脏疾病	单细胞转录组学、谱系追踪、基因组编辑	斑马鱼模型	基因表达数据	两种部分肝脏损伤模型的斑马鱼
555	2025-06-11	RAN potentiates nuclear export of phosphorylated AMPK, reshaping lipid metabolism and impairing immune efficacy in lung adenocarcinoma 2025-Jun-06, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00977-8 PMID:40481101	研究论文	本文研究了RAN在肺腺癌中通过调节磷酸化AMPK的核输出，重塑脂质代谢并影响免疫治疗效果的作用机制	揭示了RAN通过调节p-AMPK的核输出影响脂质代谢和免疫逃逸的新机制，并提出了Selinexor与免疫治疗联合的新策略	样本量较小（n=15），且机制研究主要在细胞水平进行	探究肺腺癌中代谢重编程与免疫治疗抵抗的分子机制	肺腺癌患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例接受抗PD-1治疗的肺癌患者
556	2025-06-11	Identification of immune-associated genes and single-cell sequencing analysis in diagnosing Behçet's disease 2025-Jun-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05086-x PMID:40481130	研究论文	本研究通过分析Behçet病(BD)的批量测序和单细胞测序数据，探讨了BD的免疫浸润景观，并发现了单核细胞可能是BD发生和发展的触发细胞，同时鉴定了5个新的潜在诊断生物标志物	首次在单细胞分辨率下探讨了BD的免疫浸润景观，并通过机器学习筛选出5个新的潜在诊断生物标志物	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型	探索BD的免疫机制并寻找新的诊断生物标志物	Behçet病(BD)患者和小鼠模型	生物信息学	Behçet病	批量测序(bulk-seq), 单细胞测序(single-cell seq), qRT-PCR	LASSO(最小绝对收缩和选择算子)	基因表达数据	来自GEO数据库的BD测序数据和小鼠模型
557	2025-06-11	BNT162b2 COVID-19 vaccination elicits the expansion of CD16+CD8+ T cells endowed with natural killer cell features 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.024 PMID:39894227	研究论文	研究BNT162b2 COVID-19疫苗接种后引发的CD16+CD8+ T细胞亚群的扩增及其自然杀伤细胞特征	揭示了BNT162b2 mRNA疫苗能诱导CD16+CD8+ T细胞的扩增，这些细胞具有自然杀伤细胞的功能特征，并能通过抗体依赖性细胞毒性(ADCC)对抗更广泛的疾病	研究样本量较小（30名健康个体），且未探讨这些细胞在长期免疫保护中的作用	表征BNT162b2 mRNA疫苗接种后出现的非常规T细胞亚群	30名接受BNT162b2 mRNA疫苗接种的健康个体的外周血T细胞	免疫学	COVID-19	多参数流式细胞术和单细胞转录组分析	NA	外周血样本	30名健康个体
558	2025-06-11	Kinesin family member 4 a drives Cancer stem cell characteristics in breast Cancer: Insights from scRNA-Seq and experimental validation 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144308 PMID:40383330	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，识别了乳腺癌中的癌症干细胞标记基因，并验证了其功能	通过单细胞RNA测序和实验验证，确定了驱动蛋白家族成员4A等基因在乳腺癌干细胞特性中的核心作用	研究主要基于特定数据集（GSE180286和TCGA乳腺癌数据集），可能不适用于所有乳腺癌亚型	识别乳腺癌中的癌症干细胞标记基因并验证其功能	乳腺癌干细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, WGCNA	NA	RNA测序数据	GSE180286数据集和TCGA乳腺癌数据集中的样本
559	2025-06-11	Integrative genome-wide association studies, proteome-wide Mendelian randomization, and single-cell RNA sequencing identify interleukin-6 receptor protein as a therapeutic target in aortic aneurysm 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144380 PMID:40409638	research paper	该研究通过整合全基因组关联研究、蛋白质组孟德尔随机化和单细胞RNA测序数据，识别出白细胞介素-6受体蛋白作为主动脉瘤的治疗靶点	整合多种组学数据识别新的生物标志物和治疗靶点，特别是IL6R在主动脉瘤中的潜在作用	靶向IL6R的药物可能存在副作用，需要进一步考虑	识别主动脉瘤的新生物标志物和治疗靶点	主动脉瘤患者和对照组的遗传数据	基因组学和蛋白质组学	心血管疾病	GWAS, PW-MR, 单细胞RNA测序	NA	遗传数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	8125名主动脉瘤患者和381,977名对照
560	2025-06-10	CD44 Deficiency Induces Combinatory NRF2 Inhibition and Endoplasmic Reticulum Stress-Associated Dyserythropoiesis 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500228R PMID:40488748	research paper	本研究探讨了CD44在终末红细胞生成中的作用及其功能机制，发现CD44缺失会导致骨髓红细胞生成异常并加剧苯肼诱导的溶血性贫血	揭示了CD44通过调节PI3K/AKT/NRF2和p62/NRF2通路维持红细胞生成过程中的氧化还原稳态和蛋白质稳态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类红细胞生成中的CD44功能需要进一步验证	阐明CD44在终末红细胞生成中的具体作用和分子机制	CD44敲除小鼠和其红细胞前体细胞	分子生物学	溶血性贫血	单细胞测序分析	CD44敲除小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	CD44敲除小鼠及其红细胞前体细胞