单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-06-16	Increased ocular plasma cells induce damaging α-synuclein+ microglia in autoimmune uveitis 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.007 PMID:40015479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中α-突触核蛋白阳性小胶质细胞作为受损眼细胞的主要亚群，并探讨了眼内浸润浆细胞（PCs）在疾病中的作用	首次发现α-突触核蛋白阳性小胶质细胞是AIU中受损眼细胞的主要亚群，并揭示了MUC1 PCs作为主要致病亚群的新作用，以及Rab1A在PCs生存和炎症反应中的调控机制	研究主要基于小鼠模型（EAU），虽然也在VKH患者中验证了部分发现，但人类样本量有限	阐明自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中免疫细胞亚群及其对视网膜损伤的贡献机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）患者的浆细胞	免疫学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光	EAU小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确提及具体样本数量，包括EAU小鼠和VKH患者样本
502	2025-06-16	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示热射病诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	研究发现中性粒细胞通过'Cxcr2-Cxcl2'受体-配体对增强浸润是热射病诱导肺损伤的显著特征，并揭示了Cd177+中性粒细胞在器官损伤中的关键作用及Cebpe作为其分化的关键转录调控因子	研究仅基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探索热射病诱导的多器官功能障碍（MODS）的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	数字病理学	热射病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA-seq数据	NA
503	2025-06-16	Photo-Biomodulation of the Hippocampus Using Near-Infrared Laser to Enhance Cognitive Function in Mice 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417380 PMID:40190133	研究论文	研究使用近红外激光对小鼠海马进行光生物调节以增强认知功能的效果	首次展示了808 nm近红外激光通过光生物调节显著改善小鼠的学习和记忆能力，并减轻麻醉、手术和脂多糖诱导的认知功能障碍	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索近红外激光光生物调节作为非侵入性认知功能障碍治疗方法的潜力	小鼠海马体	神经科学	认知功能障碍	单细胞RNA测序	NA	行为测试数据、电生理数据、分子生物学数据	未明确说明小鼠数量
504	2025-06-16	Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413493 PMID:40190189	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探究了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特性及免疫微环境动态	揭示了肾上腺皮质细胞亚型的基因表达模式与肿瘤发生的关联，发现Clusterin作为肾上腺皮质腺瘤的潜在生物标志物，以及MYCN阳性簇与嗜铬细胞瘤较差生存率的相关性	NA	探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特性及免疫微环境动态	肾上腺偶发瘤（包括无功能肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤）	数字病理学	肾上腺疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	302,696个细胞
505	2025-06-16	Single-Cell Sequencing-Guided Annotation of Rare Tumor Cells for Deep Learning-Based Cytopathologic Diagnosis of Early Lung Cancer 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416921 PMID:40231585	研究论文	本研究利用单细胞DNA测序技术指导罕见肿瘤细胞的标注，开发了一种基于深度学习的细胞病理学诊断模型，用于早期肺癌的诊断	首次将单细胞DNA测序技术用于生成无偏见的、准确标注的数据集，并开发了深度学习模型以提高支气管肺泡灌洗液细胞学诊断的敏感性	模型在外部验证队列中的敏感性仍有提升空间，且样本量相对有限	提高早期肺癌的诊断准确率，特别是通过支气管肺泡灌洗液细胞学检查	支气管肺泡灌洗液中的脱落肿瘤细胞和良性细胞	数字病理学	肺癌	单细胞DNA测序（scDNA-Seq）	深度学习模型	图像	训练集包含580个ETCs和1106个良性细胞，发现队列156例，验证队列158例，外部验证队列141例
506	2025-06-16	Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations 2025-Jun, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00235-1 PMID:40234712	研究论文	本研究探讨了PIK3CA驱动的难治性血管畸形的胚胎细胞起源和缺氧介导机制	揭示了Pik3ca在心脏咽中胚层(CPM)中表达导致头颈部血管异常的机制，并通过单细胞RNA测序发现Pik3ca通过HIF介导的缺氧信号上调内皮细胞中Vegf-a的表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究血管畸形的发病机制并为治疗提供新靶点	小鼠模型和人类血管畸形样本	血管生物学	血管畸形	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，包括小鼠模型和人类样本
507	2025-06-16	Single-cell transcriptomics reveals the interaction between fibroblasts and activated immune cells: an exploratory bioinformatics study of pro-inflammatory mechanisms in slow transit constipation 2025-Jun-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002415 PMID:40265474	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了成纤维细胞与激活的免疫细胞之间的相互作用，探索了慢传输型便秘中促炎机制的生物信息学研究	鉴定了STC特异性的XCL2 + CD8 + T细胞，并揭示了它们与其他免疫细胞和肠道基质细胞之间的广泛细胞间通讯	样本量较小，仅包括6例STC病例和6例对照病例	阐明STC患者免疫微环境的潜在机制	慢传输型便秘（STC）患者和对照组的肠道组织	生物信息学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6例STC病例和6例对照病例
508	2025-06-16	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	研究论文	该研究扩展了二维胃泌类器官的培养时间，以模拟人类中胚层发育	开发了一种可延长至10天的二维胃泌类器官培养模型，揭示了2至4天间高度可重复的形态发生阶段	早期协议中超过2天后组织结构会丧失，限制了观察时间	研究人类中胚层分化和形态发生的模型	人类多能干细胞衍生的二维胃泌类器官	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	二维胃泌类器官模型	转录组数据	NA
509	2025-06-16	Inhibition of SIRT1/HSF1 pathway contributes to doxorubicin-induced nephrotoxicity in ovarian tumor-bearing mice 2025-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02122-z PMID:40347321	研究论文	本研究探讨了SIRT1/HSF1通路在多柔比星(DOX)诱导的卵巢肿瘤小鼠肾毒性中的作用	首次揭示了SIRT1/HSF1信号通路在DOX介导的肾毒性中的关键作用，并发现SIRT1激动剂RSV可以逆转这一过程	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究DOX诱导肾毒性的分子机制	卵巢肿瘤小鼠模型和鼠足细胞	肿瘤药理学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，生物信息学分析	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据，生化指标数据，组织病理学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及肾脏组织和足细胞分析
510	2025-06-16	Microglial MS4A4A Protects against Epileptic Seizures in Alzheimer's Disease 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417733 PMID:40349168	研究论文	研究发现微胶质细胞中的MS4A4A基因在阿尔茨海默病中对抗癫痫发作具有保护作用	首次揭示了MS4A4A基因通过增强微胶质细胞的吞噬活性来减轻阿尔茨海默病中的癫痫发作	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索阿尔茨海默病中癫痫发作的潜在治疗靶点	阿尔茨海默病小鼠模型和癫痫患者的脑部病变组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
511	2025-06-16	Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis 2025-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738 PMID:40367638	研究论文	本研究通过建立小鼠病毒性败血症模型，探讨了H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官的机制及其导致的细胞损伤和功能障碍	揭示了H1N1流感病毒通过血液传播感染肝脾等肺外器官的机制，并比较了病毒性败血症与细菌性败血症在细胞死亡和器官功能障碍方面的差异	研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠作为模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	阐明病毒性败血症中流感病毒传播和器官损伤的病理机制	C57BL/6J雄性小鼠的肺和肝脏组织	病毒病理学	病毒性败血症	单细胞测序	小鼠感染模型	基因表达数据	多组C57BL/6J雄性小鼠在不同感染时间点的肺和肝脏组织
512	2025-06-16	Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411126 PMID:40387171	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，评估了宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了母体PGDM条件下胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体变化	研究仅关注了E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺发育，未能涵盖更广泛的发育阶段	探究母体PGDM对胎儿胰腺发育的分子机制	胎儿胰腺（E16.5和E18.5）	生物医学	糖尿病	单核RNA测序, 空间转录组学(ST)	NA	转录组数据, 空间数据	两个发育时间点（E16.5和E18.5）的胎儿胰腺样本
513	2025-06-16	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用从头细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞边界的推断速度和形态学合理性	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能需要更多平台验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型(Proseg)	空间转录组数据	肾细胞癌患者样本数据
514	2025-06-16	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	该研究开发了一个名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于批量RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到癌细胞比例预测中，使用单细胞RNA测序数据和符合性分位数回归来产生可靠的预测区间	NA	改进癌症组织中恶性细胞比例的估计方法，为癌症诊断、预后和治疗决策提供更可靠的数据	癌症组织中的恶性细胞比例	数字病理学	癌症	批量RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度神经网络, 分位数回归神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据集
515	2025-06-15	Refinement of histologic subtypes and identification of biomarkers linked to unfavorable prognosis in cholangiocarcinoma: The ENSCCA registries' framework for digital twin advancement 2025-Jun-16, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001425 PMID:40513068	研究论文	研究胆管癌的组织学亚型细化及与不良预后相关的生物标志物，通过建立欧洲胆管癌组织学注册表框架推进数字孪生技术	通过多中心数字化欧洲胆管癌组织学注册表，识别了PASHIGH LBD iCCA亚型作为独立的不良预后预测因子，并展示了该亚型在空间转录组学和免疫组化中的特定分子特征	样本量相对有限（293例患者），且仅选择了18例进行空间转录组学分析	研究胆管癌的组织学异质性及其临床相关性，识别与不良预后相关的组织生物标志物	胆管癌患者（293例）及其组织样本、CT扫描数据和血清学数据	数字病理学	胆管癌	免疫组化、CT扫描、形态学和放射组学技术、空间转录组学分析	NA	组织样本、CT图像、血清学数据	293例胆管癌患者（其中112例有CT扫描数据，18例进行空间转录组学分析）
516	2025-06-15	Endothelial CLEC5A drives barrier dysfunction and vascular leakage responsible for lung injury in bacterial pneumonia and sepsis 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7589 PMID:40498836	研究论文	研究揭示了CLEC5A在调节内皮屏障功能中的重要性，并指出内皮CLEC5A可作为肺炎或败血症细菌感染的治疗靶点	首次发现内皮CLEC5A在驱动屏障功能障碍和血管渗漏中的作用，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CLEC5A在内皮屏障功能障碍和血管损伤中的作用	小鼠模型中的内皮细胞和CLEC5A基因	分子生物学	肺炎, 败血症	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	CLEC5A缺陷小鼠和野生型小鼠
517	2025-06-15	Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression 2025-Jun-12, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae057 PMID:39777529	research paper	该研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型，定义了骨髓中共同髓系祖细胞（CMPs）内miR-144/451表达对红细胞早期分化的标志作用	首次利用miR-144/451-eGFP报告基因系统揭示CMPs中红细胞定向祖细胞的早期分化特征，并发现CD53表达缺失与红细胞谱系定向相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类造血系统中的保守性	阐明红细胞谱系定向祖细胞在髓系发育早期的分子特征	miR-144/451-eGFP敲入小鼠的骨髓祖细胞	造血发育生物学	红细胞发育相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲入模型	转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明数量的miR-144/451-eGFP+祖细胞
518	2025-06-15	Spatial organization, chromatin accessibility and gene-regulatory programs defining mouse sensory neurons 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08315-1 PMID:40500276	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学技术，揭示了小鼠感觉神经元的空间组织、染色质可及性及其基因调控程序	首次提供了包含超过44,000个神经元的综合图谱，发现了先前未被识别的神经元类型，并揭示了神经元和非神经元细胞的空间分区	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析感觉神经元异质性的调控机制	小鼠背根神经节神经元	基因组学	NA	scRNA-seq, MERSCOPE空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	超过44,000个神经元
519	2025-06-15	Loss of LAPTM4A inhibits M2 polarization of tumor-associated macrophages in glioblastoma, promoting immune activation and enhancing anti-PD1 therapy 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08147-z PMID:40500284	研究论文	本研究探讨了LAPTM4A缺失对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化的影响及其在调节抗肿瘤免疫中的作用	发现LAPTM4A促进TAMs的M2极化，而LAPTM4A缺失则导致M1巨噬细胞表型转变，增强免疫激活和对PD-1治疗的敏感性	研究仅使用了C57BL/6雄性小鼠模型，可能限制了结果在人类或其他性别中的适用性	探索LAPTM4A在调节TAMs极化和抗肿瘤免疫中的作用，以改善胶质母细胞瘤的治疗	胶质母细胞瘤和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外共培养系统和体内抗PD-1治疗实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	C57BL/6雄性小鼠建立的胶质瘤模型
520	2025-06-15	Mechanisms of organotropism in breast cancer and predicting metastasis to distant organs using deep learning 2025-Jun-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02905-5 PMID:40500539	研究论文	本研究探讨了乳腺癌的器官趋向性机制，并利用深度学习预测乳腺癌向远处器官转移	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq数据和深度学习技术，开发了深度神经网络模型识别器官特异性转移基因	研究仅关注了乳腺癌向骨、脑、肝和肺四种器官的转移，未涵盖其他可能的转移部位	探索乳腺癌器官趋向性机制并预测转移风险	乳腺癌及其向骨、脑、肝和肺的转移	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq、深度学习	DNN	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本数量