单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 799 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-06-14 |
The transcriptomes, connections and development of submucosal neuron classes in the mouse small intestine
2025-Jun, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01962-x
PMID:40442499
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠黏膜下神经丛中神经元的组成、连接及发育过程 | 发现了两个潜在的分泌运动神经元类别和一个先前未被识别的黏膜下内源性初级传入神经元类别，并揭示了它们与肠嗜铬细胞的意外紧密关联 | 研究仅限于小鼠模型，人类肠道神经系统的可比性尚待验证 | 阐明肠道黏膜下神经丛的神经元组成、连接模式和发育机制 | 小鼠小肠黏膜下神经丛神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序、病毒介导标记、谱系追踪 | NA | 转录组数据、形态学数据 | NA（未明确说明样本数量） |
| 502 | 2025-06-14 |
Identification and Mapping of Human Lymph Node Stromal Cell Subsets by Combining Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics
2025-Jun, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451218
PMID:40498289
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研究论文 | 该研究通过结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定了人类淋巴结基质细胞的亚型并绘制了它们的空间分布 | 首次全面定义了10种人类淋巴结基质细胞亚型的基因特征，并通过空间转录组学预测了它们在淋巴结组织中的定位 | 研究仅基于13个淋巴结供体的数据，样本量相对有限 | 揭示人类淋巴结基质细胞的异质性及其空间分布特征 | 人类淋巴结基质细胞(LNSCs) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 9267个淋巴结基质细胞，来自13个淋巴结供体 |
| 503 | 2025-06-14 |
T2T-CHM13 versus hg38: accurate identification of immunoglobulin isotypes from scRNA-seq requires a genome reference matched for ancestry
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf074
PMID:40503052
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研究论文 | 本文探讨了使用不同基因组参考（T2T-CHM13与hg38）在单细胞RNA测序中准确识别免疫球蛋白同种型的重要性 | 揭示了基因组参考的祖先匹配性对免疫球蛋白同种型准确识别的影响，并展示了T2T-CHM13在欧洲样本中的优越性能 | T2T-CHM13在东亚样本中未能满足'一个细胞一个抗体'的原则 | 研究基因组参考的祖先匹配性对单细胞RNA测序中免疫球蛋白同种型识别的影响 | B细胞和抗体分泌细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及欧洲和东亚的样本 |
| 504 | 2025-06-14 |
Grape-Derived Exosome-Like Nanovesicles Effectively Ameliorate Skin Photoaging by Protecting Epithelial Cells
2025-Jun, Journal of food science
IF:3.2Q2
DOI:10.1111/1750-3841.70309
PMID:40504599
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研究论文 | 本研究探讨了葡萄来源的外泌体样纳米颗粒（GENs）对光老化皮肤的效果及其初步作用机制 | 首次发现葡萄来源的外泌体样纳米颗粒（GENs）能有效减少紫外线对皮肤的损伤并促进皮肤修复与再生 | 研究尚未深入探讨GENs的具体分子机制及其长期使用的安全性 | 探索新型抗光老化治疗方法 | 光老化皮肤及上皮细胞 | 皮肤医学 | 皮肤光老化 | 单细胞测序 | NA | 体外和体内实验数据 | 未明确说明样本数量 |
| 505 | 2025-06-13 |
Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides
2025-Jun-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495
PMID:40163757
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析了蕈样肉芽肿（MF）进展过程中的基因特征和肿瘤微环境变化 | 首次利用CD3、CD4和CD30形态标记进行空间分辨转录组分析，揭示了MF从斑片期到斑块期再到肿瘤期进展过程中的关键基因表达变化和肿瘤微环境特征 | 样本量相对有限，且仅针对MF这一特定类型的皮肤T细胞淋巴瘤进行研究 | 探索MF进展过程中的转录组表达变化和肿瘤微环境特征，以识别早期MF患者进展的风险因素 | 蕈样肉芽肿（MF）患者 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 空间转录组学分析，免疫组织化学染色 | NA | 转录组数据，免疫组织化学数据 | 未明确说明具体样本数量，但包括不同阶段的MF患者样本 |
| 506 | 2025-06-13 |
SOAR elucidates biological insights and empowers drug discovery through spatial transcriptomics
2025-Jun-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt7450
PMID:40498826
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研究论文 | 介绍了一个名为SOAR的空间转录组学平台，该平台整合了3461个样本的数据，用于生物发现和药物研发 | SOAR平台首次系统地整合了多种空间转录组学技术的数据，揭示了巨噬细胞极性在肿瘤微环境中的作用，并发现了潜在的抗癌药物 | 未明确提及样本的多样性是否足够覆盖所有相关疾病类型或技术平台 | 通过空间转录组学数据促进生物发现和药物研发 | 3461个样本，涵盖13个物种、42种组织类型和19种空间转录组学技术 | 空间转录组学 | 肿瘤和溃疡性结肠炎 | 空间转录组学技术 | NA | 基因表达和位置数据 | 3461个样本 |
| 507 | 2025-06-13 |
NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance
2025-Jun-12, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027020
PMID:40009499
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research paper | 该研究揭示了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）发生和维持中的关键作用 | 发现了NOTCH1二聚体信号依赖的基因特征，包括HES4转录因子，并揭示了其在T-ALL细胞中的抗凋亡机制 | 研究主要基于合成模型和患者来源的异种移植模型，临床样本的直接验证有限 | 探究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发生和维持中的作用机制 | 人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL细胞 | 肿瘤生物学 | T细胞急性淋巴细胞白血病 | RNA/染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、测序数据 | 脐带血来源的HSPCs和患者来源的T-ALL异种移植模型 |
| 508 | 2025-06-13 |
Machine learning-driven construction and validation of an intra-tumoral heterogeneity-associated prognostic model for bladder urothelial carcinoma
2025-Jun-11, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2025.2516767
PMID:40500142
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研究论文 | 本研究基于肿瘤内异质性相关基因构建了膀胱尿路上皮癌的预后模型 | 结合LASSO和随机生存森林算法开发了14基因预后特征，并在多个独立验证队列中表现出强预测性能 | 研究主要依赖公共队列数据，缺乏前瞻性临床验证 | 构建膀胱尿路上皮癌的预后预测模型 | 膀胱尿路上皮癌患者 | 机器学习 | 膀胱癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序 | LASSO、随机生存森林 | 转录组数据、临床数据 | 多个公共队列数据集 |
| 509 | 2025-06-13 |
CD73 inhibitor AB680 suppresses glioblastoma in mice by inhibiting purine metabolism and promoting P2RY12+ microglia transformation
2025-Jun-11, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-025-01585-9
PMID:40500344
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研究论文 | 本研究探讨了CD73抑制剂AB680在胶质母细胞瘤(GBM)中的抗肿瘤效果及其机制 | 发现AB680通过抑制嘌呤代谢和促进P2RY12+小胶质细胞转化来抑制GBM | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探索AB680在GBM治疗中的潜在应用 | 胶质母细胞瘤(GBM)小鼠模型和人类GBM样本 | 肿瘤免疫治疗 | 胶质母细胞瘤 | 代谢组学分析、scRNA-seq、snRNA-seq | 小鼠GBM模型 | 代谢组数据、单细胞RNA测序数据 | G422-GBM小鼠模型和人类GBM样本 |
| 510 | 2025-06-13 |
Stem cell fate decisions: Substates and attractors
2025-Jun-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102532
PMID:40499510
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review | 本文综述了人类多能干细胞在基因表达异质性方面的研究，强调了它们占据不同亚稳态的能力及其对分化结果的影响 | 提出了一种新的方法来模拟荧光标记分布随时间变化的序列，认为亚稳态之间的转变可能由确定性混沌和基因表达的随机波动共同调控 | NA | 探讨干细胞命运决定的机制，特别是基因表达异质性和亚稳态的作用 | 人类多能干细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、荧光标记动态分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 511 | 2025-06-13 |
Differentiation of lung tissue-resident c-Kit+ cells into microvascular endothelial cells alleviates pulmonary vascular remodeling
2025-Jun-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.01.010
PMID:39909047
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研究论文 | 本研究探讨了肺部组织驻留的c-Kit+细胞分化为微血管内皮细胞对缓解肺血管重塑的作用 | 揭示了肺部c-Kit+细胞通过分化为成熟内皮细胞在肺血管重塑中的保护作用，并发现通过AAV增强Nr2f2表达可促进这一分化过程 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探究肺部c-Kit+细胞分化在肺血管重塑中的作用及其潜在治疗策略 | 肺部组织驻留的c-Kit+细胞及其分化的内皮细胞 | 细胞生物学 | 肺高血压 | 遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | SU5416/低氧（SuHx）诱导的肺血管重塑小鼠模型 | 基因表达数据 | SuHx诱导的小鼠模型及肺高血压患者样本 |
| 512 | 2025-06-13 |
Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011
PMID:40185093
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research paper | 该研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的机制 | 首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境会导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟 | 研究仅针对肝细胞癌，其他癌症类型中的情况尚不明确 | 探究三级淋巴结构成熟的影响因素及其与免疫治疗的关系 | 肝细胞癌(HCC)中的三级淋巴结构(TLSs) | digital pathology | liver cancer | spatial transcriptomics | NA | spatial transcriptomic data | NA |
| 513 | 2025-06-13 |
eIF5A maintains intestinal epithelial homeostasis by sustaining intestinal stem cells
2025-Jun-09, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00243-z
PMID:40488929
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研究论文 | 本文探讨了真核翻译起始因子5A（eIF5A）在维持肠道上皮稳态中的作用，特别是在肠道干细胞（ISCs）的维持方面 | 揭示了eIF5A通过调控线粒体翻译维持肠道干细胞的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和肠道类器官，人类相关性的验证尚不充分 | 阐明eIF5A在肠道上皮稳态维持中的分子机制 | 小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官 | 细胞生物学 | 肠道疾病 | 条件性基因敲除、质谱分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官 |
| 514 | 2025-06-13 |
Prognostic and immune modulatory effects of ammonia-induced cell death in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Jun-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02508-0
PMID:40490575
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research paper | 本研究探讨了氨诱导的细胞死亡（ACD）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预后意义及免疫调节作用 | 首次将氨死亡特征（ADS）确立为HNSC的新型预后生物标志物，并揭示了其与肿瘤进展和免疫抑制的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 探究ACD在HNSC中的预后价值和免疫调节机制 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSC） | digital pathology | head and neck squamous cell carcinoma | 随机生存森林（RSF）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、肿瘤免疫表型追踪（TIP）分析、单细胞RNA测序 | RSF | 转录组数据 | NA |
| 515 | 2025-06-13 |
Single-cell chromatin accessibility profiling reveals regulatory mechanisms and evolution in pig brains
2025-Jun-09, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02263-2
PMID:40490756
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研究论文 | 通过单细胞染色质可及性分析，揭示了猪脑的调控机制及其进化特征 | 首次在猪脑中进行大规模单细胞染色质可及性分析，并比较了家猪与野猪的细胞类型特异性调控景观 | 研究仅聚焦于大脑皮层和小脑，未涵盖其他脑区 | 探索猪脑的调控机制及其在进化过程中的变化 | 家猪和野猪的大脑皮层及小脑细胞 | 生物医学 | 神经退行性疾病（如阿尔茨海默病） | 单细胞染色质可及性分析、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 71,798个细胞（来自家猪和野猪的大脑皮层及小脑） |
| 516 | 2025-06-13 |
Comprehensive analysis of immunoglobulin expression in the mouse brain from embryonic to adult stages
2025-Jun-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03457-9
PMID:40490799
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据和Ig库分析，揭示了从小鼠胚胎到成年阶段大脑中免疫球蛋白（Ig）的表达谱 | 首次全面描述了Ig在大脑中从胚胎到成年阶段的表达谱，并发现小胶质细胞和第六层皮质丘脑神经元中Ig的表达模式及其对脂多糖的反应与B细胞不同 | 研究仅基于小鼠模型，尚未验证在人类大脑中的表达情况 | 阐明Ig在小鼠大脑中从胚胎到成年阶段的表达情况及其可能的非经典免疫功能 | 小鼠大脑中的免疫球蛋白（Ig）表达 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、Ig库分析 | NA | RNA测序数据 | 从小鼠胚胎到成年阶段的多个发育时期的大脑样本 |
| 517 | 2025-06-13 |
Robust self-supervised machine learning for single cell embeddings and annotations
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658097
PMID:40502088
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研究论文 | 本文提出了一种名为DR-GEM的自监督元算法，用于改进单细胞和空间基因组学研究中的降维和聚类方法 | DR-GEM结合了分布鲁棒优化和平衡共识机器学习的原理，通过自监督机制提高对稀有细胞类型和状态的检测能力，并减少技术噪声的影响 | NA | 改进单细胞基因组学中的降维和聚类方法，以更好地支持数据驱动的发现 | 单细胞和空间基因组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞分辨率空间转录组学、Perturb-seq | 自监督元算法（DR-GEM） | 单细胞组学数据 | 合成和真实世界的单细胞组学数据集 |
| 518 | 2025-06-13 |
Exploring the causal links between inflammation-related genes and atherosclerosis through Mendelian randomization analysis
2025-Jun-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042584
PMID:40489880
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析探讨炎症相关基因与动脉粥样硬化之间的因果关系 | 利用多个数据集综合分析动脉粥样硬化斑块中的基因表达谱和分子机制，并通过单细胞RNA测序数据揭示不同细胞类型中的基因表达特征 | 研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量 | 探讨炎症相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化斑块中的基因表达和分子机制 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | DESeq2, clusterProfiler, Cytoscape, TwoSampleMR | 基因表达数据 | 多个公开数据集（GSE198600, GSE120521, GSE253903, GSE224273） |
| 519 | 2025-06-13 |
Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657106
PMID:40501812
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化 | 首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者） | 确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化 | 人类肺部巨噬细胞亚群 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜 | NA | 基因表达数据 | 8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者） |
| 520 | 2025-06-13 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
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research paper | 该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰 | 提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰 | 单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因 | machine learning | NA | scRNA-seq | hypergraph learning | RNA-seq data | NA |