单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-06-16	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	研究论文	该研究扩展了二维胃泌类器官的培养时间，以模拟人类中胚层发育	开发了一种可延长至10天的二维胃泌类器官培养模型，揭示了2至4天间高度可重复的形态发生阶段	早期协议中超过2天后组织结构会丧失，限制了观察时间	研究人类中胚层分化和形态发生的模型	人类多能干细胞衍生的二维胃泌类器官	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	二维胃泌类器官模型	转录组数据	NA
462	2025-06-16	Inhibition of SIRT1/HSF1 pathway contributes to doxorubicin-induced nephrotoxicity in ovarian tumor-bearing mice 2025-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02122-z PMID:40347321	研究论文	本研究探讨了SIRT1/HSF1通路在多柔比星(DOX)诱导的卵巢肿瘤小鼠肾毒性中的作用	首次揭示了SIRT1/HSF1信号通路在DOX介导的肾毒性中的关键作用，并发现SIRT1激动剂RSV可以逆转这一过程	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究DOX诱导肾毒性的分子机制	卵巢肿瘤小鼠模型和鼠足细胞	肿瘤药理学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，生物信息学分析	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据，生化指标数据，组织病理学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及肾脏组织和足细胞分析
463	2025-06-16	Microglial MS4A4A Protects against Epileptic Seizures in Alzheimer's Disease 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417733 PMID:40349168	研究论文	研究发现微胶质细胞中的MS4A4A基因在阿尔茨海默病中对抗癫痫发作具有保护作用	首次揭示了MS4A4A基因通过增强微胶质细胞的吞噬活性来减轻阿尔茨海默病中的癫痫发作	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索阿尔茨海默病中癫痫发作的潜在治疗靶点	阿尔茨海默病小鼠模型和癫痫患者的脑部病变组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
464	2025-06-16	Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis 2025-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738 PMID:40367638	研究论文	本研究通过建立小鼠病毒性败血症模型，探讨了H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官的机制及其导致的细胞损伤和功能障碍	揭示了H1N1流感病毒通过血液传播感染肝脾等肺外器官的机制，并比较了病毒性败血症与细菌性败血症在细胞死亡和器官功能障碍方面的差异	研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠作为模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	阐明病毒性败血症中流感病毒传播和器官损伤的病理机制	C57BL/6J雄性小鼠的肺和肝脏组织	病毒病理学	病毒性败血症	单细胞测序	小鼠感染模型	基因表达数据	多组C57BL/6J雄性小鼠在不同感染时间点的肺和肝脏组织
465	2025-06-16	Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411126 PMID:40387171	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，评估了宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了母体PGDM条件下胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体变化	研究仅关注了E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺发育，未能涵盖更广泛的发育阶段	探究母体PGDM对胎儿胰腺发育的分子机制	胎儿胰腺（E16.5和E18.5）	生物医学	糖尿病	单核RNA测序, 空间转录组学(ST)	NA	转录组数据, 空间数据	两个发育时间点（E16.5和E18.5）的胎儿胰腺样本
466	2025-06-16	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	该研究开发了一个名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于批量RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到癌细胞比例预测中，使用单细胞RNA测序数据和符合性分位数回归来产生可靠的预测区间	NA	改进癌症组织中恶性细胞比例的估计方法，为癌症诊断、预后和治疗决策提供更可靠的数据	癌症组织中的恶性细胞比例	数字病理学	癌症	批量RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度神经网络, 分位数回归神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据集
467	2025-06-15	Refinement of histologic subtypes and identification of biomarkers linked to unfavorable prognosis in cholangiocarcinoma: The ENSCCA registries' framework for digital twin advancement 2025-Jun-16, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001425 PMID:40513068	研究论文	研究胆管癌的组织学亚型细化及与不良预后相关的生物标志物，通过建立欧洲胆管癌组织学注册表框架推进数字孪生技术	通过多中心数字化欧洲胆管癌组织学注册表，识别了PASHIGH LBD iCCA亚型作为独立的不良预后预测因子，并展示了该亚型在空间转录组学和免疫组化中的特定分子特征	样本量相对有限（293例患者），且仅选择了18例进行空间转录组学分析	研究胆管癌的组织学异质性及其临床相关性，识别与不良预后相关的组织生物标志物	胆管癌患者（293例）及其组织样本、CT扫描数据和血清学数据	数字病理学	胆管癌	免疫组化、CT扫描、形态学和放射组学技术、空间转录组学分析	NA	组织样本、CT图像、血清学数据	293例胆管癌患者（其中112例有CT扫描数据，18例进行空间转录组学分析）
468	2025-06-15	Endothelial CLEC5A drives barrier dysfunction and vascular leakage responsible for lung injury in bacterial pneumonia and sepsis 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7589 PMID:40498836	研究论文	研究揭示了CLEC5A在调节内皮屏障功能中的重要性，并指出内皮CLEC5A可作为肺炎或败血症细菌感染的治疗靶点	首次发现内皮CLEC5A在驱动屏障功能障碍和血管渗漏中的作用，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CLEC5A在内皮屏障功能障碍和血管损伤中的作用	小鼠模型中的内皮细胞和CLEC5A基因	分子生物学	肺炎, 败血症	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	CLEC5A缺陷小鼠和野生型小鼠
469	2025-06-15	Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression 2025-Jun-12, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae057 PMID:39777529	research paper	该研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型，定义了骨髓中共同髓系祖细胞（CMPs）内miR-144/451表达对红细胞早期分化的标志作用	首次利用miR-144/451-eGFP报告基因系统揭示CMPs中红细胞定向祖细胞的早期分化特征，并发现CD53表达缺失与红细胞谱系定向相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类造血系统中的保守性	阐明红细胞谱系定向祖细胞在髓系发育早期的分子特征	miR-144/451-eGFP敲入小鼠的骨髓祖细胞	造血发育生物学	红细胞发育相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲入模型	转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明数量的miR-144/451-eGFP+祖细胞
470	2025-06-15	Spatial organization, chromatin accessibility and gene-regulatory programs defining mouse sensory neurons 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08315-1 PMID:40500276	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学技术，揭示了小鼠感觉神经元的空间组织、染色质可及性及其基因调控程序	首次提供了包含超过44,000个神经元的综合图谱，发现了先前未被识别的神经元类型，并揭示了神经元和非神经元细胞的空间分区	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析感觉神经元异质性的调控机制	小鼠背根神经节神经元	基因组学	NA	scRNA-seq, MERSCOPE空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	超过44,000个神经元
471	2025-06-15	Loss of LAPTM4A inhibits M2 polarization of tumor-associated macrophages in glioblastoma, promoting immune activation and enhancing anti-PD1 therapy 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08147-z PMID:40500284	研究论文	本研究探讨了LAPTM4A缺失对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化的影响及其在调节抗肿瘤免疫中的作用	发现LAPTM4A促进TAMs的M2极化，而LAPTM4A缺失则导致M1巨噬细胞表型转变，增强免疫激活和对PD-1治疗的敏感性	研究仅使用了C57BL/6雄性小鼠模型，可能限制了结果在人类或其他性别中的适用性	探索LAPTM4A在调节TAMs极化和抗肿瘤免疫中的作用，以改善胶质母细胞瘤的治疗	胶质母细胞瘤和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外共培养系统和体内抗PD-1治疗实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	C57BL/6雄性小鼠建立的胶质瘤模型
472	2025-06-15	Mechanisms of organotropism in breast cancer and predicting metastasis to distant organs using deep learning 2025-Jun-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02905-5 PMID:40500539	研究论文	本研究探讨了乳腺癌的器官趋向性机制，并利用深度学习预测乳腺癌向远处器官转移	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq数据和深度学习技术，开发了深度神经网络模型识别器官特异性转移基因	研究仅关注了乳腺癌向骨、脑、肝和肺四种器官的转移，未涵盖其他可能的转移部位	探索乳腺癌器官趋向性机制并预测转移风险	乳腺癌及其向骨、脑、肝和肺的转移	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq、深度学习	DNN	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本数量
473	2025-06-15	Single-cell transcriptome reveals the reprogramming of immune microenvironment during the transition from MASH to HCC 2025-Jun-11, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02370-2 PMID:40500691	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了免疫微环境在MASH向HCC转变过程中的重编程机制	首次详细描绘了MASH驱动HCC过程中的免疫景观变化，并发现ApoE在MASH相关HCC中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明MASH向HCC转变过程中的免疫微环境变化及关键致病基因	MASH驱动HCC小鼠模型中的CD45+免疫细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 多重免疫组化	STAM小鼠模型	单细胞转录组数据	31,822个细胞（来自正常饮食、MASH和HCC小鼠的肝脏组织）
474	2025-06-15	OTUD1 exacerbates sepsis-associated encephalopathy by promoting HK2 mitochondrial release to drive microglia pyroptosis 2025-Jun-11, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03480-w PMID:40500776	research paper	该研究揭示了OTUD1通过促进HK2从线粒体释放来驱动小胶质细胞焦亡，从而加剧脓毒症相关脑病的机制	首次阐明了OTUD1-HK2轴作为SAE的新型调控通路，为脓毒症相关认知障碍提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证相对有限	探究OTUD1在脓毒症相关脑病(SAE)发病机制中的作用	小胶质细胞、HK2蛋白、OTUD1去泛素化酶	神经免疫学	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序、分子对接、3D共聚焦显微镜、免疫共沉淀	OTUD1基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、行为学数据	实验小鼠（野生型和OTUD1敲除型）、原代小胶质细胞和BV2细胞系、临床样本
475	2025-06-15	C5a/C5aR pathway blocking promoted CuS-mediated cancer therapy effect by inhibiting cuproptosis resistance 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011472 PMID:40484643	研究论文	本研究探讨了C5a/C5aR通路在乳腺癌铜死亡抵抗中的作用，并提出了结合CuS纳米颗粒和C5a受体拮抗剂的新型治疗策略	首次证明C5a/C5aR通路通过Wnt/β-catenin通路上调ATP7B表达介导铜死亡抵抗，并提出CuS纳米颗粒联合C5aRA的协同治疗方案	研究主要聚焦于乳腺癌，其他癌症类型的适用性需要进一步验证	探究铜死亡抵抗机制并开发新型癌症联合治疗策略	乳腺癌细胞及小鼠移植瘤模型	癌症治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序、RNA测序、生物信息学分析、免疫组化、流式细胞术、ELISA	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确说明具体样本数量（包含体外细胞实验和小鼠模型）
476	2025-06-15	Targeting TBK1 potentiates oncolytic virotherapy via amplifying ICAM1-mediated NK cell immunity in chemo-resistant colorectal cancer 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011455 PMID:40484646	research paper	该研究探讨了化疗耐药性结直肠癌（CRC）对溶瘤病毒（OVs）治疗的敏感性，并发现TBK1抑制剂（TBK1i）与OVs联合使用可增强NK细胞的抗肿瘤免疫反应	揭示了TBK1在化疗耐药性CRC中的异常激活及其对OVs疗效的影响，并首次提出TBK1i与OVs联合治疗可通过ICAM1介导的NK细胞免疫增强抗肿瘤效果	研究主要基于体外、体内和患者来源的类器官模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索化疗耐药性CRC对OVs治疗的敏感性及TBK1i的增效机制	化疗耐药性结直肠癌（CRC）	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	RNA测序分析、免疫组化、单细胞RNA测序、流式细胞术、体内中和实验	NA	RNA测序数据、免疫组化数据、流式细胞数据	NA
477	2025-06-15	Preclinical and clinical evaluation of intratumoral injection of an IL-12 expressing SKV-012 oncolytic virus for advanced solid tumors 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011642 PMID:40484644	研究论文	评估表达IL-12的溶瘤病毒SKV-012在晚期实体瘤中的临床前和临床效果	SKV-012是一种新型工程化溶瘤病毒，结合了IL-12的免疫刺激作用和溶瘤疱疹病毒的肿瘤特异性复制能力，能够重塑肿瘤微环境	样本量较小，仅为I期临床试验结果	评估SKV-012在晚期实体瘤中的安全性和有效性	晚期实体瘤患者	肿瘤免疫治疗	实体瘤	多路免疫组化、单细胞转录组分析	NA	临床数据、实验数据	临床前模型和6名患者（I期临床试验）
478	2025-06-15	Single-cell RNA sequencing analysis reveals a lack of CXCL13+ T cell subsets associated with the recurrence of cervical squamous cell carcinoma following concurrent chemoradiotherapy 2025-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04083-3 PMID:40464813	research paper	通过单细胞RNA测序分析，研究宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的机制，发现CXCL13+ T细胞亚群的缺失与复发相关	首次构建了宫颈鳞状细胞癌患者在同步放化疗前的肿瘤微环境细胞图谱，并揭示了CXCL13+ T细胞亚群在非复发肿瘤中的重要作用	样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普遍性	探索宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的细胞和分子机制	宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境细胞	digital pathology	cervical cancer	single-cell RNA sequencing, 10×单细胞测序	random forest	单细胞RNA测序数据	6名宫颈鳞状细胞癌患者（3名复发，3名未复发）
479	2025-06-15	OrthologAL: a Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311 PMID:40392208	research paper	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据进行质量感知的人类化转换	OrthologAL通过与BioMart接口访问Ensembl数据库中的不同基因集，无需用户生成代码即可实现直系同源转换，便于将非人类转录组数据应用于药物转录组学数据库	NA	促进非人类转录组的人类直系同源转换，并将药物转录组学数据库应用于临床前研究模型	单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型	生物信息学	髓母细胞瘤, 脊髓损伤	单细胞转录组学, 空间转录组学	Shiny应用程序, Seurat对象	基因表达数据	包括来自GSE129730、GSE213240、GSE234774和E-MTAB-11720等多个数据集的样本
480	2025-06-15	Combined spatially resolved metabolomics and spatial transcriptomics reveal the mechanism of RACK1-mediated fatty acid synthesis 2025-Jun, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13752 PMID:39425259	研究论文	该研究通过结合空间分辨代谢组学和空间转录组学，揭示了RACK1通过AKT/mTOR/SREBP1信号通路促进脂肪酸合成，从而推动宫颈癌细胞生长的机制	首次整合空间分辨代谢组学和空间转录组学技术，揭示了RACK1在宫颈癌脂肪酸合成中的调控作用及其分子机制	研究仅针对宫颈癌细胞，未在其他类型癌症中验证RACK1的作用	探究RACK1在宫颈癌细胞脂肪酸合成中的调控机制	宫颈癌细胞	癌症代谢研究	宫颈癌	空间分辨代谢组学、空间转录组学、染色质免疫沉淀、免疫共沉淀、Western blotting	NA	代谢组数据、转录组数据	NA