单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-06-18	Single-cell transcriptomics identify a chemotherapy-resistance related cluster overexpressed CLIC3 in ovarian cancer 2025-Jun-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02882-9 PMID:40515890	研究论文	通过单细胞转录组学识别卵巢癌中与化疗耐药相关的细胞亚群及其关键基因CLIC3	首次在卵巢癌中识别出一个与化疗耐药和不良预后相关的特定上皮细胞亚群c3，并确定CLIC3为其关键标记基因	样本量较小（仅5个卵巢癌样本）	探索卵巢癌化疗耐药机制	卵巢癌患者样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	GSVA分析、细胞通讯分析、加权基因共表达网络分析	单细胞转录组数据	5个卵巢癌样本（3个耐药，2个敏感）
462	2025-06-18	Single-cell and bulk RNA analysis identifies EMT-associated CAF signatures and prognostic model in lung adenocarcinoma 2025-Jun-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02951-z PMID:40517220	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，识别与上皮-间质转化(EMT)相关的癌症相关成纤维细胞(CAFs)特征基因，并构建了肺腺癌(LUAD)的预后模型	整合单细胞和批量转录组数据识别EMT-CAF相关基因，构建具有临床价值的预后风险评分模型	需要进一步研究验证这些发现的临床适用性和生物学机制	理解CAFs在LUAD中的分子机制及其临床意义	肺腺癌(LUAD)患者	digital pathology	lung cancer	RNA-seq	LASSO regression	RNA sequencing data	来自TCGA和GEO数据库的LUAD患者RNA测序数据和临床信息
463	2025-06-18	Enhanced cytotoxicity of aging associated NKG2C + CD8 + T cells in ankylosing spondylitis via HLA-B27 2025-Jun-14, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03585-w PMID:40517268	研究论文	本研究探讨了衰老与强直性脊柱炎(AS)发病机制之间的共同机制，并确定了潜在的治疗靶点	发现HLA-B27通过激活PI3K‒Akt信号通路驱动衰老相关的NKG2C+ CD8+ T细胞的细胞毒性，提出NKG2C抑制可能作为AS的新型治疗策略	样本量相对较小(87例AS患者)，且部分机制验证依赖于小鼠模型	探索衰老与强直性脊柱炎发病机制的联系并寻找治疗靶点	强直性脊柱炎患者和小鼠模型	免疫学	强直性脊柱炎	多维流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序	HLA-B27转基因小鼠模型	流式细胞数据、RNA测序数据	87例AS患者及匹配对照
464	2025-06-18	Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets 2025-Jun-13, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izaf021 PMID:39977234	研究论文	本研究探索了克罗恩病纤维狭窄性回肠病变的转录组特征，以全面描述肠道纤维化的生物学和细胞机制	发现了81个差异表达基因，并利用机器学习分析和单细胞RNA测序技术鉴定了与纤维狭窄相关的特异性基因和细胞亚群	样本量较小（仅9名患者），且仅针对手术切除样本进行研究	探索克罗恩病纤维狭窄性回肠病变的转录组特征及其潜在治疗靶点	克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织	数字病理学	克罗恩病	RNA测序（bulk RNA-seq和scRNA-seq）、qPCR	随机森林模型	RNA测序数据	9名克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织样本
465	2025-06-18	Exercise alters transcriptional profiles of senescence and gut barrier integrity in intestinal crypts of aging mice 2025-Jun-13, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-025-00242-z PMID:40514364	research paper	研究探讨了运动如何通过影响衰老小鼠肠道隐窝中的转录组来延缓肠道干细胞衰老并改善肠道屏障功能	首次在衰老小鼠模型中系统揭示了运动通过调控DNA复制、细胞周期及Wnt信号通路等多途径抑制肠道干细胞衰老的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究运动对衰老过程中肠道干细胞功能维持的影响机制	衰老小鼠的肠道隐窝细胞（包括肠道干细胞、过渡扩增细胞和潘氏细胞）	衰老生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	衰老小鼠模型（具体数量未明确说明）
466	2025-06-18	Resolving spatial subclonal genomic heterogeneity of loss of heterozygosity and extrachromosomal DNA in gliomas 2025-Jun-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59805-z PMID:40514380	研究论文	该研究通过整合空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序和批量RNA测序技术，解析了胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织	开发了一个综合框架来识别胶质瘤中染色体外DNA（ecDNA）的局部扩增和亚克隆肿瘤异质性，揭示了ecDNA在快速扩增癌基因和增强肿瘤适应性中的作用	样本量较小（初始队列11例胶质瘤，复制队列6例高级别胶质母细胞瘤），可能限制结果的普遍性	解析胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织，以理解驱动发病机制的分子和细胞过程	胶质瘤（包括不同病理类型的11例初始队列和6例高级别胶质母细胞瘤复制队列）	基因组学	胶质瘤	空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序、批量RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	初始队列11例胶质瘤，复制队列6例高级别胶质母细胞瘤
467	2025-06-18	Gαi3: a crucial biomarker and therapeutic target in bladder cancer 2025-Jun-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00989-4 PMID:40514424	研究论文	本研究探讨了Gαi3在膀胱癌中的表达、功能及其机制，揭示了其作为生物标志物和治疗靶点的重要性	首次发现Gαi3在膀胱癌中过度表达，并通过单细胞测序数据确认其在膀胱癌上皮细胞中的表达，同时揭示了Gαi3通过Akt-mTOR通路促进癌症进展的机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探究Gαi3在膀胱癌中的作用及其潜在的治疗应用	膀胱癌细胞和组织	癌症研究	膀胱癌	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA沉默	NA	基因表达数据、蛋白质活性数据	多种膀胱癌细胞系和裸鼠异种移植模型
468	2025-06-18	Identification of biomarkers associated with exhausted CD8 + T cells in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma based on Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Jun-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02970-w PMID:40514625	research paper	本研究通过多种生物信息学方法识别与肝内胆管癌肿瘤微环境中耗竭CD8+T细胞相关的生物标志物	整合BayesPrism去卷积、WGCNA和SMR方法，结合单细胞RNA测序数据，发现与耗竭CD8+T细胞相关的关键基因	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量未明确说明	寻找肝内胆管癌肿瘤微环境中的生物标志物和治疗靶点	肝内胆管癌肿瘤微环境中的细胞亚群，特别是耗竭CD8+T细胞	生物信息学	肝内胆管癌	scRNA-seq, WGCNA, Mendelian randomization, BayesPrism	NA	基因表达数据	NA
469	2025-06-18	Development of a circadian-related prognostic signature highlights RBM17 as a stemness regulator in liver cancer 2025-Jun-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03843-6 PMID:40514677	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了肝癌中肝脏昼夜节律基因的广泛失调，并开发了一个基于四个关键基因的预后预测模型	首次将昼夜节律基因失调与肝癌进展联系起来，并发现RBM17通过促进癌症干细胞表型影响肝癌进展和顺铂耐药性	未明确说明样本量大小，且机制研究可能还不够全面	阐明昼夜节律失调影响肝癌进展的分子机制，并开发预后预测模型	肝癌及其与昼夜节律基因的关系	癌症研究	肝癌	多组学分析、单细胞转录组、空间转录组、机器学习算法	预后预测模型	转录组数据	NA
470	2025-06-18	TORC: Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03614-6 PMID:40495172	research paper	本文提出了一种名为TORC的策略，用于构建单细胞RNA测序（scRNA-seq）监督细胞类型识别的参考数据	开发了目标导向的参考数据构建方法（TORC），解决了参考数据与目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异问题	未提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟和真实数据分析
471	2025-06-18	UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02586-y PMID:39833568	research paper	介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，通过液滴微流控技术提升单细胞多模态测序的通量和适应性	UDA-seq通过后索引步骤增强通量，并系统性地适配现有的基于液滴的单细胞多模态方法，解决了现有方法需要针对单个模态定制协议的问题	NA	开发一种通用的单细胞多模态测序工作流程，以平衡成本、可扩展性、鲁棒性和可访问性	各种组织和细胞类型，包括临床活检标本	单细胞测序	癌症	液滴微流控技术，单细胞多模态测序	NA	单细胞RNA、VDJ、染色质和CRISPR扰动数据	超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本
472	2025-06-18	Exploring the Mechanisms of Microenergy Acoustic Pulse Therapy for the Treatment of Female Stress Urinary Incontinence-Part II 2025-Jun, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.70048 PMID:40338807	研究论文	本研究探讨了微能量声脉冲（MAP）疗法在阴道分娩损伤诱导的压力性尿失禁（SUI）大鼠模型中的治疗机制	首次在单细胞分辨率下探索MAP疗法对SUI的治疗机制，揭示了其对细胞增殖、肌肉再神经支配及细胞衰老的调控作用	研究基于动物模型，结果可能无法直接外推到人类	探索MAP疗法治疗SUI的分子机制	阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型	生物医学	压力性尿失禁	单细胞测序、漏尿点压力测量、肌电图、电生理研究	SUI大鼠模型	单细胞转录组数据、生理功能数据	未明确说明样本数量（SUI大鼠模型）
473	2025-06-18	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00660-y PMID:40495012	research paper	本研究探讨了ETV2在人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞中高效指定内皮细胞的机制	揭示了ETV2通过招募转录抑制因子REST来抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制	研究主要基于体外实验，未涉及体内验证	阐明内皮细胞谱系定向分化的分子机制	人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	developmental biology	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
474	2025-06-16	Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq dissects immune microenvironment in fatty liver regeneration 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70365 PMID:40515443	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
475	2025-06-18	[Single-cell transcriptomics combined with bioinformatics for comprehensive analysis of macrophage subpopulations and hub genes in ischemic stroke] 2025-Jun, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology PMID:40525338	研究论文	通过单细胞RNA测序和生物信息学方法分析缺血性卒中中巨噬细胞亚群及其关键基因	首次结合scRNA-seq和hdWGCNA技术鉴定缺血性卒中特异性巨噬细胞亚群(MSM)，并发现CCL6-CCR1信号轴在神经炎症中的潜在作用	未进行实验验证关键基因的功能机制，样本来源和数量未明确说明	探究缺血性卒中后巨噬细胞亚群的特征及其在疾病中的作用	缺血性卒中患者的巨噬细胞亚群	生物信息学	缺血性卒中	scRNA-seq, hdWGCNA, 细胞间通讯分析, 伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据, 微阵列数据	NA
476	2025-06-17	Plaque erosion risk and JAK2 V617F variant 2025-Jun-16, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf114 PMID:40053703	research paper	该研究探讨了JAK2 V617F变异与心肌梗塞（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	首次明确了JAK2 V617F变异与斑块侵蚀风险之间的显著关联，并通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞激活的潜在机制	研究样本主要来自单一中心，可能限制结果的普遍性	探究JAK2 V617F变异与心肌梗塞不同机制之间的关联	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体	心血管疾病研究	心血管疾病	数字滴PCR、单细胞RNA测序	逻辑回归分析	基因测序数据、临床数据	728例侵蚀病例、919例破裂病例和804例对照
477	2025-06-17	Decoding meningioma prognosis with multi-omics: macrophage diversity, immune-CNV interplay, and novel SPP1-targeted strategies 2025-Jun-16, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-05116-8 PMID:40522564	研究论文	通过多组学方法解码脑膜瘤预后，探索巨噬细胞多样性、免疫-CNV相互作用及新型SPP1靶向策略	首次结合DNA甲基化和单细胞转录组学对脑膜瘤进行分子分型，揭示了SPP1在巨噬细胞功能和预后中的关键调控作用	样本量相对有限（302对样本），且需要进一步实验验证SPP1靶向治疗的效果	探索脑膜瘤的分子分型及其与预后的关系，寻找潜在治疗靶点	302对脑膜瘤样本	数字病理	脑膜瘤	DNA甲基化测序、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq(scRNA-seq)	SCISSOR、scRank	基因组数据、转录组数据	302对脑膜瘤样本
478	2025-06-17	Multiomics identifies tumor-intrinsic SREBP1 driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011537 PMID:40518290	研究论文	通过多组学分析鉴定出肝细胞癌中肿瘤内在的SREBP1驱动免疫排斥	发现SREBP1作为免疫排斥的中心调控因子，并通过脂质生物合成途径影响肿瘤微环境	研究样本量虽大，但实验验证主要基于体外模型，临床前研究需进一步验证	寻找克服肝细胞癌免疫检查点抑制剂耐药的新治疗靶点	肝细胞癌患者样本及体外培养的肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA-seq, 蛋白质组学, 单细胞RNA-seq, 成像质谱细胞术, 空间脂质组学	3D共培养模型	多组学数据（转录组、蛋白质组、单细胞转录组、脂质组）	900+人类样本（RNA-seq, 蛋白质组学）, 31个肿瘤单细胞RNA-seq样本
479	2025-06-17	Identification of potential drug targets for erectile dysfunction with single-cell RNA sequencing: A Mendelian randomization study 2025-Jun-15, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70082 PMID:40518741	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，识别了勃起功能障碍（ED）的潜在药物靶点	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，发现了两个新的ED药物靶点，并验证了它们在特定细胞类型中的表达	研究依赖于现有的eQTL数据和ED统计摘要，可能受到样本来源和数量的限制	识别勃起功能障碍的新药物靶点，以改善当前治疗效果不佳的问题	勃起功能障碍患者	生物医学研究	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、分子对接	NA	基因表达数据、SNP数据	eQTLGen Consortium的31,684个体；两个ED队列共325,158个体（7,329 ED病例，317,829对照）
480	2025-06-17	Advances in single-cell omics: Transformative applications in basic and clinical research 2025-Jun-14, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102548 PMID:40517461	综述	本文综述了单细胞组学技术在基础和临床研究中的变革性应用	展示了单细胞组学技术在揭示细胞互作、疾病机制和治疗反应中的新见解，特别是在癌症和神经发育障碍等异质性疾病中	NA	探讨单细胞组学技术在生物学和临床应用中的关键作用	单细胞RNA测序、空间转录组学和多组学整合技术在复杂组织解析中的应用	生物信息学	癌症、神经发育障碍	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学整合	NA	单细胞组学数据	NA