单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-06-20	Pollutant Distribution in Vertebrates Across Scales: Organs, Cells, and Organelles 2025-Jun-16, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.126680 PMID:40532810	综述	本文系统回顾了脊椎动物中环境污染物在器官、细胞和亚细胞水平的多尺度分布研究进展	强调了污染物生物转化带来的不确定性，并比较了纳米材料与传统污染物在分布特性上的差异	大多数研究集中在血液、肠道、肝脏和鳃/肺中污染物的细胞分布，亚细胞水平的研究较为有限	通过连接宏观积累与微观毒性机制，推进环境健康风险评估和靶向干预	脊椎动物中的环境污染物	环境健康	NA	单细胞测序等高分率技术	NA	NA	NA
422	2025-06-20	Single-cell resolution uncovers neighboring cell subtypes that share steroidogenic capacity during fetal testis development 2025-Jun-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501392122 PMID:40460128	研究论文	利用单细胞技术揭示胎儿睾丸发育过程中类固醇生成能力的细胞亚型及其空间分布	通过单分子荧光原位杂交和单细胞RNA测序技术，首次揭示了胎儿Leydig细胞在类固醇生成中的异质性和空间分布变化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的验证	探究胎儿睾丸发育过程中单个和集体Leydig细胞对雄激素产生的贡献	小鼠胎儿睾丸中的Leydig细胞及其他间质细胞	发育生物学	NA	sm-FISH, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 空间分布数据	从小鼠胚胎期13天到围产期的睾丸样本
423	2025-06-20	Exploring the role of LFNG in hepatoblastoma using multiomics and raise a query in proof link 2025-Jun-09, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149604 PMID:40499700	研究论文	本研究通过多组学分析探讨LFNG在肝母细胞瘤中的作用，并验证其对肿瘤免疫微环境的影响	首次结合单细胞转录组数据揭示LFNG作为细胞间通讯靶点促进肝母细胞瘤发展的机制	研究仅基于两个数据集和HUH6细胞系，样本来源有限	鉴定肝母细胞瘤中异常表达的基因并探索影响肿瘤免疫微环境的细胞间通讯靶点	肝母细胞瘤组织及HUH6细胞系	肿瘤基因组学	肝母细胞瘤	多组学分析（包括GO/KEGG富集分析、PPI网络构建、单细胞转录组分析）	NA	基因表达数据（来自GSE133039和GSE180664数据集）	两个肝母细胞瘤数据集（具体样本量未明确说明）+ HUH6细胞系
424	2025-06-20	scMetaIntegrator: a meta-analysis approach to paired single-cell differential expression analysis 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657898 PMID:40501846	研究论文	提出了一种新的元分析方法scMetaIntegrator，用于配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析	该方法考虑了生物学重复和细胞变异性，解决了传统方法在配对scRNA-seq数据分析中的高假阳性率和假阴性率问题	未明确提及具体局限性	改进配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法	配对单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	元分析方法	单细胞RNA测序数据	使用了真实和合成数据集（具体数量未提及）
425	2025-06-20	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-Jun-03, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	research paper	该研究探讨了在新辅助化疗期间进行预康复运动训练对食管腺癌患者肿瘤免疫反应的影响	首次通过随机对照试验证明预康复运动训练能增强食管腺癌肿瘤中的免疫反应，特别是CD8+淋巴细胞和自然杀伤细胞的浸润	样本量较小（n=22），且未观察到临床结局（如生存率）的显著差异	评估预康复运动训练作为新辅助化疗期间免疫佐剂的潜在效果	局部晚期食管癌患者	肿瘤免疫学	食管腺癌	高分辨率多光谱免疫组化（mIHC）和NanoString空间转录组学	NA	组织样本和心肺功能数据	22名患者（预康复组11人，对照组11人）
426	2025-06-20	Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis 2025-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70056 PMID:40126044	研究论文	本研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌非侵入性诊断标志物的潜力及其在胃癌发病机制中的作用	首次揭示了外泌体PKM2通过激活巨噬细胞中SREBP1相关脂质合成途径促进胃癌发展的机制	研究样本量相对有限(216例)，且机制研究主要在体外进行	评估外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力并阐明其促癌机制	胃癌患者和健康捐赠者的血浆样本及肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物标志物研究	胃癌	单细胞转录组测序分析	NA	血液样本数据	216份血液样本(来自胃癌患者和健康捐赠者)
427	2025-06-20	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Jun-01, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	探讨肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物疗法耐药性的关联	首次揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物疗法治疗效果持续降低的原因	样本量较小（87例患者），且为横断面研究，无法确定因果关系	阐明影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、基因表达数据	87例患者（24名女性，63名男性）
428	2025-06-20	Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples 2025-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202500481 PMID:40200683	研究论文	本文介绍了一种名为smGel-seq的高通量单微生物RNA测序方法，用于临床微生物组样本，通过水凝胶珠封装单个微生物以减少微生物损失和输入需求	smGel-seq采用新型微通道阵列装置封装单个微生物于可溶解水凝胶珠中，并结合优化的自动化微流控平台，显著提高了微生物回收率并降低了输入需求	NA	开发一种适用于临床微生物组样本的高通量单微生物RNA测序方法	临床微生物组样本中的单个微生物	微生物组学	NA	单细胞RNA测序（mscRNA-seq），微流控技术	NA	RNA测序数据	肠道微生物组样本和临床痰液微生物组样本
429	2025-06-20	Perinatal Exposure to Lead or Diethylhexyl Phthalate in Mice: Sex-Specific Effects on Cardiac DNA Methylation and Gene Expression across Time 2025-Jun, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP15503 PMID:40315424	研究论文	研究围产期暴露于铅或邻苯二甲酸二乙基己酯对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的性别特异性影响	首次研究了心脏转录组和表观基因组在雄性和雌性小鼠生命周期中的变化，以及早期化学暴露对这种编程的影响	需要进一步研究表观遗传和转录差异如何影响心血管健康，特别是在老年心血管疾病风险显著增加时	研究围产期暴露于铅或DEHP对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的影响	小鼠心脏	表观遗传学	心血管疾病	ERRBS, RNA-Seq, MuSiC算法	NA	DNA甲基化数据, 基因表达数据	每组至少5只雄性和5只雌性小鼠，分别在3周、5个月和10个月龄时采集心脏样本
430	2025-06-20	Single-Cell Profiling of the Microenvironment in High-Risk Neuroblastoma 2025-Jun, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70029 PMID:40536225	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高风险神经母细胞瘤（HR-NB）的肿瘤微环境（TME），揭示了特定的免疫抑制细胞群和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平上揭示了HR-NB的TME景观，并确定了多个具有免疫抑制或促进肿瘤进展作用的TME细胞群	样本量较小（16个NB样本），可能影响结果的普遍性	深入理解HR-NB的复杂TME，寻找新的免疫治疗靶点和预后标志物	高风险神经母细胞瘤（HR-NB）患者的肿瘤微环境	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	SCENIC分析	RNA测序数据	16个神经母细胞瘤样本（11例HR-NB患者和5例中/低风险NB患者）
431	2025-06-19	[Integrating single-cell analysis and epharmalib reverse virtual screening to predict novel vascular endothelial cell targets of dapagliflozin in treating diabetic cardiomyopathy] 2025-Jun-24, Zhonghua xin xue guan bing za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn112148-20250213-00102 PMID:40528600	研究论文	本研究通过整合单细胞分析和ePharmaLib反向虚拟筛选技术，预测达格列净在治疗糖尿病心肌病中的血管内皮细胞新靶点	结合单细胞RNA测序和反向虚拟筛选技术，首次系统性地探索了达格列净在糖尿病心肌病中对内皮细胞异质性的影响及其潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性需要进一步验证	探究糖尿病心肌病中内皮细胞异质性并鉴定达格列净在心脏血管内皮细胞中的潜在治疗靶点	糖尿病心肌病小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、ePharmaLib反向虚拟筛选、微阵列芯片分析、Western blot、实时逆转录聚合酶链反应	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	野生型小鼠和db/db小鼠（糖尿病心肌病模型）的单细胞RNA测序数据，高脂饮食并接受达格列净治疗的小鼠心脏组织芯片数据，人脐静脉内皮细胞体外实验
432	2025-06-19	Ginsenoside Compound K Mitigates Mitochondrial Fission Through Bile Acid Receptors/YAP Signaling to Counteract Podocyte Injury in Lupus Nephritis 2025-Jun-18, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8492 PMID:40528637	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过胆汁酸受体/YAP信号通路减轻线粒体分裂，从而对抗狼疮性肾炎中的足细胞损伤	揭示了CK通过调节胆汁酸受体-YAP轴来抑制线粒体过度分裂的新机制，为狼疮性肾炎提供了潜在的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探究CK在狼疮性肾炎中保护足细胞的分子机制	MRL/lpr小鼠和体外培养的足细胞	分子生物学与肾脏病学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、代谢组学分析、体外实验	NA	基因表达数据、代谢物数据	MRL/lpr小鼠（具体数量未明确说明）和体外培养的足细胞
433	2025-06-19	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Jun-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次证明脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后促消退和修复反应的必要性，并展示了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环单核细胞的观察	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞及其在心肌梗死后的功能	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、功能表征数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者与稳定型冠心病对照组的血液样本
434	2025-06-19	Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics 2025-Jun-17, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01082-5 PMID:40526246	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组分析，识别了B细胞亚群及其相关的癌症亚型，并揭示了这些亚群在临床和分子特征上的差异	整合了14个单细胞RNA测序数据集，识别了8个B细胞亚群，并构建了预测癌症预后和免疫治疗反应的模型	研究仅基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他功能实验验证	研究B细胞亚群在泛癌中的临床和分子特征及其对癌症预后和免疫治疗反应的影响	B细胞亚群及其相关的癌症亚型	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组分析	预测模型	转录组数据	102,504个细胞来自424名患者，涵盖15种癌症类型
435	2025-06-19	Identification of an immunomodulatory lncRNA signature associated with immune cell reprogramming in high-grade glioma 2025-Jun-17, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00919-3 PMID:40527978	研究论文	本研究通过分析两种小鼠模型中的长链非编码RNA（lncRNA），揭示了其在高级别胶质瘤免疫微环境中的调控作用	首次鉴定出与高级别胶质瘤免疫抑制和促炎微环境相关的lncRNA特征，并揭示了这些lncRNA在免疫细胞中的空间分布	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证这些发现	探索lncRNA在高级别胶质瘤免疫微环境重塑中的作用	高级别胶质瘤及其免疫微环境	肿瘤免疫学	高级别胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	RCAS-PDGFb和RCAS-BRAF V600E小鼠模型	转录组数据	两种小鼠模型和GBM患者样本
436	2025-06-19	Clonal sharing of CD8+ T-cells links skin and joint inflammation in psoriatic arthritis 2025-Jun-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43286 PMID:40528683	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了银屑病关节炎（PsA）患者皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的表型和克隆性联系	首次揭示了皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的克隆共享现象，并发现这些细胞在两个部位具有相似的细胞毒性和组织驻留表型	样本量较小（仅6例皮肤样本和5例配对滑膜组织/滑液样本），且空间转录组学数据仅来自1例配对样本	验证银屑病关节炎患者皮肤和关节炎症在CD8+ T细胞表型和克隆性方面存在联系的假设	银屑病关节炎患者的皮肤和关节组织中的CD8+ T细胞	免疫学	银屑病关节炎	scRNAseq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	6例皮肤样本，5例配对滑膜组织/滑液样本，1例配对皮肤和滑膜活检样本，4例非配对活检样本
437	2025-06-19	Targeting the cholinergic-astrocyte axis: A novel strategy for brain metastasis prevention in lung adenocarcinoma 2025-Jun-16, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217870 PMID:40516905	研究论文	本研究探讨了胆碱能代谢在肺腺癌脑转移中的作用，并提出了针对胆碱能-星形胶质细胞轴的新预防策略	首次揭示了胆碱能代谢通过双重促转移机制（免疫抑制和血脑屏障破坏）促进脑转移，并发现AChE抑制剂多奈哌齐具有显著的预防效果	研究样本量相对有限（875例RNA测序数据和280例组织微阵列验证），且机制研究主要基于体外实验	探索肺腺癌脑转移的发病机制并开发预防策略	肺腺癌患者及其脑转移病灶	肿瘤学	肺腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、组织微阵列	NA	基因表达数据、组织样本	875例RNA测序病例和280例组织微阵列验证病例，以及26个脑转移灶和8个正常脑样本的单细胞RNA测序
438	2025-06-19	Single-cell multi-omics reveals that FABP1 + renal cell carcinoma drive tumor angiogenesis through the PLG-PLAT axis under fatty acid reprogramming 2025-Jun-16, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02377-9 PMID:40518526	research paper	该研究通过单细胞多组学分析揭示了FABP1+肾细胞癌通过PLG-PLAT轴在脂肪酸重编程下驱动肿瘤血管生成的机制	发现了FABP1+肿瘤亚群通过PLG-PLAT功能轴促进血管生成的新机制，并提出了靶向该轴可能增强酪氨酸激酶抑制剂治疗敏感性的潜在策略	研究结果主要基于单细胞和空间转录组学分析，需要更多体内外实验验证	探究肾细胞癌中脂肪酸代谢重编程与肿瘤血管生成的关系	FABP1+肾细胞癌亚群及其与内皮细胞的相互作用	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞多组学分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，涉及肾细胞癌患者样本和临床前模型
439	2025-06-19	Role of local complement activation in kidney fibrosis and repair 2025-Jun-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI188345 PMID:40519169	review	本文综述了局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	强调了局部补体激活在肾脏疾病中的致病作用及其作为治疗靶点的潜力	主要基于动物模型研究，人类临床数据有限	探讨局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	肾脏疾病（肾小球和肾小管间质疾病）	NA	慢性肾脏病（CKD）	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	NA	动物模型和人类肾脏活检样本
440	2025-06-19	From inserts to chips: microfluidic culture and 3D astrocyte co-culture drive functional and transcriptomic changes in hiPSC-derived endothelial cells 2025-Jun-16, Fluids and barriers of the CNS IF:5.9Q1 DOI:10.1186/s12987-025-00672-7 PMID:40524169	research paper	该研究探讨了不同培养平台如何改变hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）的功能和转录组表型	使用微流控BBB芯片平台（AKITA plate）和hiPSC衍生的星形胶质细胞共培养系统，研究了其对ECs功能和转录组的影响	需要进一步研究这些复杂细胞培养系统的特性	改进疾病模型和药物开发平台	hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）和星形胶质细胞	生物医学工程	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	微流控BBB芯片平台（AKITA plate）	转录组数据	NA