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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-10-06 |
Regulation of cGAS-STING pathway with inhalable nanozyme in acute lung injury
2025-Jun-20, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种可吸入的纳米酶材料,通过调节cGAS-STING通路缓解急性肺损伤 | 首次发现CAL纳米片能与受损DNA结合并有效抑制cGAS-STING通路介导的炎症反应 | NA | 开发针对急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征的新型治疗方法 | 急性肺损伤和急性呼吸窘迫综合征的病理机制 | NA | 急性肺损伤 | 转录组分析,单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell sequencing | NA | NA |
| 402 | 2025-10-06 |
Integrated Multiomics Analysis and Machine Learning Approaches in Bladder Cancer: Unveiling the Impact of Immunogenic Cell Death and Its Key Gene SLC2A3 on Prognosis and Personalized Treatment Strategies
2025-Jun-17, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c01496
PMID:40547707
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和机器学习方法,揭示了免疫原性细胞死亡在膀胱癌中的作用,并识别出关键基因SLC2A3作为预后标志和治疗靶点 | 首次构建基于免疫原性细胞死亡的风险特征,并通过101种组合机器学习算法识别出关键基因SLC2A3在癌症相关成纤维细胞中的高表达 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 探索免疫原性细胞死亡在膀胱癌中的作用机制,开发预后标志物和个性化治疗策略 | 膀胱癌患者样本和正常对照样本 | 机器学习 | 膀胱癌 | 多组学分析,单细胞测序 | 组合机器学习算法,单机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的膀胱癌和正常样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 403 | 2025-10-06 |
Liver metastasis or peritoneal metastasis: single-cell RNA sequencing reveals the organotropism in colorectal cancer is driven by distinct partial-EMT processes
2025-Jun-17, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217880
PMID:40553883
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示结直肠癌肝转移和腹膜转移中不同的部分上皮间质转化状态驱动器官趋向性 | 首次在单细胞水平比较结直肠癌肝转移和腹膜转移的肿瘤细胞部分上皮间质转化状态差异 | 未明确验证这些差异如何具体导致器官特异性转移 | 探索结直肠癌转移器官趋向性的分子机制 | 结直肠癌肝转移和腹膜转移患者的肿瘤样本 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 404 | 2025-10-06 |
Application of single-cell sequencing in the study of immune cell infiltration in inflammatory bowel disease and colorectal cancer
2025-Jun-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i6.107382
PMID:40547160
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在炎症性肠病与结直肠癌免疫细胞浸润研究中的应用 | 利用单细胞测序技术揭示肠道微环境中免疫细胞的浸润模式及其在疾病进展中的作用 | NA | 探讨炎症性肠病与结直肠癌之间的相互关系及免疫细胞浸润特征 | 炎症性肠病和结直肠癌中的免疫细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 405 | 2025-10-06 |
Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657745
PMID:40502146
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研究论文 | 开发了一种高灵敏度和可扩展的时间分辨单细胞RNA测序方法scNT-seq2 | 通过系统优化第二链cDNA合成步骤,显著提高了读段比对率、降低了背景突变并增强了文库复杂性 | NA | 解析单细胞分辨率下新合成RNA与预存在RNA池的基因表达动态 | 4sU标记的K562细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 时间分辨单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | scNT-seq2 | 时间分辨单细胞RNA测序技术,优化了第二链cDNA合成步骤 |
| 406 | 2025-10-06 |
SenSkin™: a human skin-specific cellular senescence gene set
2025-Jun, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01568-y
PMID:39998731
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研究论文 | 开发并验证了一个人类皮肤特异性衰老基因集SenSkin™ | 创建了首个专门针对人类皮肤的衰老基因集,解决了现有通用衰老基因集在皮肤组织中敏感性和特异性不足的问题 | 研究主要基于文献回顾和现有数据集验证,缺乏实验验证 | 开发组织特异性衰老基因集以提高皮肤衰老细胞检测的准确性 | 人类皮肤组织及皮肤细胞类型 | 生物信息学 | 皮肤衰老 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个RNA-seq数据集(包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 407 | 2025-10-06 |
Recent Neuropathology Concepts
2025-Jun, Toxicologic pathology
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/01926233251320056
PMID:40079493
|
综述 | 介绍2024年欧洲毒理病理学会大会上关于神经病理学新概念的专题会议内容 | 聚焦人工智能在毒理病理学中的应用、新型组织可视化分析技术以及特定病例报告 | 仅涵盖会议报告内容,未涉及原始研究数据 | 探讨新兴技术对药物筛选和开发的当前及潜在影响 | 毒理病理学家、神经病理学技术、临床前物种 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学 | NA | 组织图像、转录组数据、病例报告 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 408 | 2025-10-06 |
Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System
2025-Jun, Toxicologic pathology
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/01926233251325204
PMID:40119776
|
综述 | 本微型综述探讨空间转录组学在中枢神经系统研究中的应用与影响 | 系统评述空间转录组学如何通过提供空间分辨的基因表达数据革新对中枢神经系统的理解 | 面临数据解读和分辨率限制等挑战 | 探索空间转录组学对中枢神经系统研究的影响 | 中枢神经系统及神经退行性疾病(阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症、肌萎缩侧索硬化症) | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 409 | 2025-10-06 |
Bi-level identification of governing equations for nonlinear physical systems
2025-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00804-x
PMID:40346196
|
研究论文 | 提出一种双层级方程识别框架,用于从观测数据中发现和验证非线性物理系统的控制方程 | 利用强化学习的策略梯度算法实现双层级优化,同时进行方程发现和验证 | NA | 从观测数据中识别非线性物理系统的控制方程 | 非线性物理系统,包括湍流、三体系统以及单细胞测序数据中的RNA和蛋白质速度方程 | 机器学习 | NA | 强化学习,策略梯度算法 | 双层级优化框架 | 观测数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 410 | 2025-10-06 |
Single cell sequencing and spatial multiomics of diabetic kidney segmentation insights zonation-specific therapeutic metabolic pathways
2025-Jun, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2025.100252
PMID:40547113
|
研究论文 | 通过整合空间多组学和单细胞转录组学技术,揭示了糖尿病肾病肾脏区域特异性代谢失调的分子机制 | 首次建立了糖尿病肾病的空间分辨代谢图谱,将分子分区与肾脏组织解剖定位联系起来,识别了GPX3作为成纤维细胞富集的生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明糖尿病肾病中空间代谢异质性及其在疾病进展中的作用机制 | 糖尿病肾病小鼠模型和人类患者样本 | 空间多组学 | 糖尿病肾病 | 空间多组学, 单细胞转录组学, 空间代谢组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间多组学数据, 单细胞转录组数据 | 糖尿病小鼠模型和人类DN患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 411 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides
2025-Jun-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495
PMID:40163757
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析蕈样肉芽肿进展过程中的基因特征和肿瘤微环境变化 | 首次使用空间转录组学技术结合形态学标记分析MF进展过程中的转录组表达变化和肿瘤微环境动态 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 识别早期蕈样肉芽肿患者进展至晚期的生物标志物和机制 | 蕈样肉芽肿患者组织样本 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 空间转录组学,免疫组织化学染色 | NA | 空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 未明确具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | 使用CD3、CD4和CD30形态学标记进行空间分辨转录组分析 |
| 412 | 2025-10-06 |
Comprehensive single-cell chromatin and transcriptomic profiling of peripheral immune cells in nonsegmental vitiligo
2025-Jun-20, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf041
PMID:39888372
|
研究论文 | 通过单细胞多组学方法研究非节段型白癜风患者外周免疫细胞的转录组和染色质可及性特征 | 首个对非节段型白癜风患者外周血单核细胞进行的单细胞多组学研究,整合了转录组和染色质可及性数据 | 样本量相对有限(初始队列NSV患者11例,健康对照5例) | 探究非节段型白癜风的系统性免疫失调机制 | 非节段型白癜风患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 白癜风 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 初始队列:NSV患者11例,健康对照5例;扩展队列:NSV患者16例,健康对照9例;共分析59,192个PBMCs | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 413 | 2025-10-06 |
Colorectal cancer cell line-derived organoid model with stem cell properties captures the regrowing state of residual cancer cells after neoadjuvant chemotherapy
2025-Jun-20, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02567-w
PMID:40537472
|
研究论文 | 本研究建立了结直肠癌细胞系来源的类器官再生模型,用于研究新辅助化疗后残留癌细胞的再生状态 | 首次利用具有癌症干细胞特性的患者来源细胞系建立结直肠癌类器官再生模型,并发现RNA聚合酶I抑制剂BMH-21能显著抑制肿瘤生长 | 研究仅基于单一患者来源的细胞系,需要更多样本验证结果的普适性 | 研究结直肠癌新辅助化疗后残留癌细胞的再生机制并寻找治疗靶点 | 结直肠癌细胞系来源的类器官模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 单一患者来源的细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 414 | 2025-10-06 |
Gap junction protein beta 5 interacts with Gαi3 to promote Akt activation and cervical cancer cell growth
2025-Jun-19, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07768-w
PMID:40537499
|
研究论文 | 本研究探讨了间隙连接蛋白β5在宫颈癌中的表达、功能及其通过Gαi3促进Akt信号通路激活的机制 | 首次发现GJB5与Gαi3相互作用并通过该机制激活Akt-mTOR信号通路促进宫颈癌进展 | NA | 探索GJB5在宫颈癌中的致癌作用及其分子机制 | 宫颈癌细胞系和异种移植模型 | 癌症生物学 | 宫颈癌 | shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA数据库宫颈癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 415 | 2025-10-06 |
scExtract: leveraging large language models for fully automated single-cell RNA-seq data annotation and prior-informed multi-dataset integration
2025-Jun-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03639-x
PMID:40537825
|
研究论文 | 开发了一个利用大语言模型自动化单细胞RNA测序数据分析的框架scExtract | 首次将大语言模型应用于单细胞RNA测序数据的全自动注释和先验信息引导的多数据集整合 | NA | 解决公共单细胞RNA测序数据集分析中的注释和整合挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 文本, 基因表达数据 | 44万个细胞,来自14个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 416 | 2025-10-06 |
Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics
2025-Jun-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03648-w
PMID:40533768
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研究论文 | 开发用于Visium空间转录组学的端到端自动化图像处理工具Vispro,提升成像分析质量 | 首个专门针对10x Visium数据优化的端到端图像处理工具,包含基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和分离组织区域分割模块 | NA | 解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域干扰而质量下降的问题 | Visium空间转录组学数据中的组织学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 417 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics Reveals Cancer and Stromal Cell Heterogeneity Between Center and Invasive Front of Pancreatic Cancer
2025-Jun, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100726
PMID:39889965
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示胰腺癌肿瘤中心与侵袭前沿的癌细胞和癌症相关成纤维细胞的转录异质性 | 首次在空间维度上系统比较胰腺癌肿瘤中心与侵袭前沿的癌细胞和CAFs转录组差异,发现侵袭前沿细胞具有更强的应激反应、增殖、糖酵解和上皮间质转化活性 | 仅分析了4例高分化胰腺癌样本,样本量较小;仅包含常规形态学病例 | 探究胰腺导管腺癌肿瘤内部空间异质性 | 人类胰腺导管腺癌组织样本 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 数字空间分析,全转录组测序,免疫组织化学验证 | NA | 空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 4例用于空间转录组分析的高分化PDAC,17例用于免疫组化验证的不同分化程度PDAC | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx系统 | GeoMx数字空间分析系统,全转录组检测 |
| 418 | 2025-10-06 |
New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics
2025-Jun, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13818
PMID:39902627
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制,识别关键成纤维细胞亚群及其在纤维化中的作用 | 首次在瘢痕疙瘩中识别POSTN阳性间充质成纤维细胞和IGFBP2阳性成纤维细胞两个关键亚群,揭示它们在纤维化中的相反作用 | 样本量较小(仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本),需要更大规模研究验证 | 探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新的抗纤维化治疗策略 | 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 3个瘢痕疙瘩组织, 3个正常皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 419 | 2025-10-06 |
GeneDX-PBMC: An adversarial autoencoder framework for unlocking Alzheimer's disease biomarkers using blood single-cell RNA sequencing data
2025-Jun, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110283
PMID:40311462
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研究论文 | 本研究开发了一个结合自编码器和分类器的深度学习框架,通过血液单细胞RNA测序数据识别阿尔茨海默病的生物标志物 | 采用对抗自编码器框架整合差异表达基因和传统方法常忽略的细微遗传变异,首次在PBMC单细胞水平系统分析AD相关基因 | 单核细胞数据存在限制需依赖随机森林分类器处理,样本来源仅限于外周血单核细胞 | 识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点 | 阿尔茨海默病患者和认知正常对照者的外周血单核细胞 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 对抗自编码器, 随机森林 | 基因表达数据 | AD患者和正常对照的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 420 | 2025-10-06 |
Deciphering the Regulatory Networks of the Migrasome-Associated Cell Subpopulation in Heterotopic Ossification via Multi-Omics Analysis
2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500965R
PMID:40540299
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研究论文 | 通过多组学分析揭示异位骨化中迁移体相关细胞亚群的调控网络 | 首次识别出间充质谱系细胞作为关键的迁移体相关细胞亚型,并确定Ppib和Tagln为关键分子,构建了其调控网络和空间分布模式 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证可能有限 | 阐明异位骨化的关键生物分子网络和调控机制 | 异位骨化组织样本 | 生物信息学 | 异位骨化 | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序, 空间转录组测序, 多组学分析 | 高维加权基因共表达网络分析, 机器学习 | 转录组数据, 空间转录组数据 | 来自GEO数据库的多个数据集和临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |