单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-06-20	scMetaIntegrator: a meta-analysis approach to paired single-cell differential expression analysis 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657898 PMID:40501846	研究论文	提出了一种新的元分析方法scMetaIntegrator，用于配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析	该方法考虑了生物学重复和细胞变异性，解决了传统方法在配对scRNA-seq数据分析中的高假阳性率和假阴性率问题	未明确提及具体局限性	改进配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法	配对单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	元分析方法	单细胞RNA测序数据	使用了真实和合成数据集（具体数量未提及）
402	2025-06-20	Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis 2025-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70056 PMID:40126044	研究论文	本研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌非侵入性诊断标志物的潜力及其在胃癌发病机制中的作用	首次揭示了外泌体PKM2通过激活巨噬细胞中SREBP1相关脂质合成途径促进胃癌发展的机制	研究样本量相对有限(216例)，且机制研究主要在体外进行	评估外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力并阐明其促癌机制	胃癌患者和健康捐赠者的血浆样本及肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物标志物研究	胃癌	单细胞转录组测序分析	NA	血液样本数据	216份血液样本(来自胃癌患者和健康捐赠者)
403	2025-06-20	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Jun-01, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	探讨肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物疗法耐药性的关联	首次揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物疗法治疗效果持续降低的原因	样本量较小（87例患者），且为横断面研究，无法确定因果关系	阐明影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、基因表达数据	87例患者（24名女性，63名男性）
404	2025-06-20	Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples 2025-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202500481 PMID:40200683	研究论文	本文介绍了一种名为smGel-seq的高通量单微生物RNA测序方法，用于临床微生物组样本，通过水凝胶珠封装单个微生物以减少微生物损失和输入需求	smGel-seq采用新型微通道阵列装置封装单个微生物于可溶解水凝胶珠中，并结合优化的自动化微流控平台，显著提高了微生物回收率并降低了输入需求	NA	开发一种适用于临床微生物组样本的高通量单微生物RNA测序方法	临床微生物组样本中的单个微生物	微生物组学	NA	单细胞RNA测序（mscRNA-seq），微流控技术	NA	RNA测序数据	肠道微生物组样本和临床痰液微生物组样本
405	2025-06-20	Perinatal Exposure to Lead or Diethylhexyl Phthalate in Mice: Sex-Specific Effects on Cardiac DNA Methylation and Gene Expression across Time 2025-Jun, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP15503 PMID:40315424	研究论文	研究围产期暴露于铅或邻苯二甲酸二乙基己酯对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的性别特异性影响	首次研究了心脏转录组和表观基因组在雄性和雌性小鼠生命周期中的变化，以及早期化学暴露对这种编程的影响	需要进一步研究表观遗传和转录差异如何影响心血管健康，特别是在老年心血管疾病风险显著增加时	研究围产期暴露于铅或DEHP对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的影响	小鼠心脏	表观遗传学	心血管疾病	ERRBS, RNA-Seq, MuSiC算法	NA	DNA甲基化数据, 基因表达数据	每组至少5只雄性和5只雌性小鼠，分别在3周、5个月和10个月龄时采集心脏样本
406	2025-06-20	Single-Cell Profiling of the Microenvironment in High-Risk Neuroblastoma 2025-Jun, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70029 PMID:40536225	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高风险神经母细胞瘤（HR-NB）的肿瘤微环境（TME），揭示了特定的免疫抑制细胞群和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平上揭示了HR-NB的TME景观，并确定了多个具有免疫抑制或促进肿瘤进展作用的TME细胞群	样本量较小（16个NB样本），可能影响结果的普遍性	深入理解HR-NB的复杂TME，寻找新的免疫治疗靶点和预后标志物	高风险神经母细胞瘤（HR-NB）患者的肿瘤微环境	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	SCENIC分析	RNA测序数据	16个神经母细胞瘤样本（11例HR-NB患者和5例中/低风险NB患者）
407	2025-06-19	[Integrating single-cell analysis and epharmalib reverse virtual screening to predict novel vascular endothelial cell targets of dapagliflozin in treating diabetic cardiomyopathy] 2025-Jun-24, Zhonghua xin xue guan bing za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn112148-20250213-00102 PMID:40528600	研究论文	本研究通过整合单细胞分析和ePharmaLib反向虚拟筛选技术，预测达格列净在治疗糖尿病心肌病中的血管内皮细胞新靶点	结合单细胞RNA测序和反向虚拟筛选技术，首次系统性地探索了达格列净在糖尿病心肌病中对内皮细胞异质性的影响及其潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性需要进一步验证	探究糖尿病心肌病中内皮细胞异质性并鉴定达格列净在心脏血管内皮细胞中的潜在治疗靶点	糖尿病心肌病小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、ePharmaLib反向虚拟筛选、微阵列芯片分析、Western blot、实时逆转录聚合酶链反应	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	野生型小鼠和db/db小鼠（糖尿病心肌病模型）的单细胞RNA测序数据，高脂饮食并接受达格列净治疗的小鼠心脏组织芯片数据，人脐静脉内皮细胞体外实验
408	2025-06-19	Ginsenoside Compound K Mitigates Mitochondrial Fission Through Bile Acid Receptors/YAP Signaling to Counteract Podocyte Injury in Lupus Nephritis 2025-Jun-18, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8492 PMID:40528637	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过胆汁酸受体/YAP信号通路减轻线粒体分裂，从而对抗狼疮性肾炎中的足细胞损伤	揭示了CK通过调节胆汁酸受体-YAP轴来抑制线粒体过度分裂的新机制，为狼疮性肾炎提供了潜在的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探究CK在狼疮性肾炎中保护足细胞的分子机制	MRL/lpr小鼠和体外培养的足细胞	分子生物学与肾脏病学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、代谢组学分析、体外实验	NA	基因表达数据、代谢物数据	MRL/lpr小鼠（具体数量未明确说明）和体外培养的足细胞
409	2025-06-19	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Jun-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次证明脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后促消退和修复反应的必要性，并展示了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环单核细胞的观察	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞及其在心肌梗死后的功能	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、功能表征数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者与稳定型冠心病对照组的血液样本
410	2025-06-19	Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics 2025-Jun-17, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01082-5 PMID:40526246	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组分析，识别了B细胞亚群及其相关的癌症亚型，并揭示了这些亚群在临床和分子特征上的差异	整合了14个单细胞RNA测序数据集，识别了8个B细胞亚群，并构建了预测癌症预后和免疫治疗反应的模型	研究仅基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他功能实验验证	研究B细胞亚群在泛癌中的临床和分子特征及其对癌症预后和免疫治疗反应的影响	B细胞亚群及其相关的癌症亚型	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组分析	预测模型	转录组数据	102,504个细胞来自424名患者，涵盖15种癌症类型
411	2025-06-19	Clonal sharing of CD8+ T-cells links skin and joint inflammation in psoriatic arthritis 2025-Jun-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43286 PMID:40528683	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了银屑病关节炎（PsA）患者皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的表型和克隆性联系	首次揭示了皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的克隆共享现象，并发现这些细胞在两个部位具有相似的细胞毒性和组织驻留表型	样本量较小（仅6例皮肤样本和5例配对滑膜组织/滑液样本），且空间转录组学数据仅来自1例配对样本	验证银屑病关节炎患者皮肤和关节炎症在CD8+ T细胞表型和克隆性方面存在联系的假设	银屑病关节炎患者的皮肤和关节组织中的CD8+ T细胞	免疫学	银屑病关节炎	scRNAseq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	6例皮肤样本，5例配对滑膜组织/滑液样本，1例配对皮肤和滑膜活检样本，4例非配对活检样本
412	2025-06-19	Single-cell multi-omics reveals that FABP1 + renal cell carcinoma drive tumor angiogenesis through the PLG-PLAT axis under fatty acid reprogramming 2025-Jun-16, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02377-9 PMID:40518526	research paper	该研究通过单细胞多组学分析揭示了FABP1+肾细胞癌通过PLG-PLAT轴在脂肪酸重编程下驱动肿瘤血管生成的机制	发现了FABP1+肿瘤亚群通过PLG-PLAT功能轴促进血管生成的新机制，并提出了靶向该轴可能增强酪氨酸激酶抑制剂治疗敏感性的潜在策略	研究结果主要基于单细胞和空间转录组学分析，需要更多体内外实验验证	探究肾细胞癌中脂肪酸代谢重编程与肿瘤血管生成的关系	FABP1+肾细胞癌亚群及其与内皮细胞的相互作用	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞多组学分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，涉及肾细胞癌患者样本和临床前模型
413	2025-06-19	Role of local complement activation in kidney fibrosis and repair 2025-Jun-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI188345 PMID:40519169	review	本文综述了局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	强调了局部补体激活在肾脏疾病中的致病作用及其作为治疗靶点的潜力	主要基于动物模型研究，人类临床数据有限	探讨局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	肾脏疾病（肾小球和肾小管间质疾病）	NA	慢性肾脏病（CKD）	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	NA	动物模型和人类肾脏活检样本
414	2025-06-19	From inserts to chips: microfluidic culture and 3D astrocyte co-culture drive functional and transcriptomic changes in hiPSC-derived endothelial cells 2025-Jun-16, Fluids and barriers of the CNS IF:5.9Q1 DOI:10.1186/s12987-025-00672-7 PMID:40524169	research paper	该研究探讨了不同培养平台如何改变hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）的功能和转录组表型	使用微流控BBB芯片平台（AKITA plate）和hiPSC衍生的星形胶质细胞共培养系统，研究了其对ECs功能和转录组的影响	需要进一步研究这些复杂细胞培养系统的特性	改进疾病模型和药物开发平台	hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）和星形胶质细胞	生物医学工程	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	微流控BBB芯片平台（AKITA plate）	转录组数据	NA
415	2025-06-19	Exploring T-cell metabolism in tuberculosis: development of a diagnostic model using metabolic genes 2025-Jun-16, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02768-0 PMID:40524207	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结核病患者外周血单个核细胞，开发基于代谢基因的诊断模型	首次利用T细胞相关代谢差异表达基因构建结核病诊断模型，并揭示免疫代谢重编程在结核病进展中的关键作用	样本量较小（仅7人），需要更大规模验证	阐明活动性结核与潜伏感染免疫调控机制，开发新型诊断方法	结核病患者外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理	结核病	scRNA-seq	XGBoost, SVM-RFE, Boruta	RNA测序数据	7人（2健康对照+2潜伏感染+3活动性结核）
416	2025-06-19	Cancer-associated fibroblasts promote drug resistance in ALK-driven lung adenocarcinoma cells by upregulating lipid biosynthesis 2025-Jun-16, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00400-7 PMID:40524253	research paper	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过上调脂质生物合成促进ALK驱动的肺腺癌细胞对药物产生耐药的机制	揭示了CAFs通过重编程脂质代谢促进ALK-TKIs耐药的分子网络，并提出通过靶向脂质代谢或诱导铁死亡来克服耐药的新治疗策略	研究主要基于3D球体共培养模型，尚未在体内模型或临床样本中验证	探究CAFs驱动的分子网络如何影响ALK驱动肺腺癌细胞的治疗敏感性	ALK重排肺腺癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境	肺腺癌	单细胞RNA测序，3D球体共培养	3D球体共培养模型	基因表达数据	NA
417	2025-06-19	Elevated CD14 in B cells associates with reduced ovarian cancer risk via CD80 + dendritic cell interaction: a multi-omics study 2025-Jun-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02956-8 PMID:40517355	研究论文	通过多组学研究探讨B细胞中CD14升高通过CD80+树突状细胞相互作用降低卵巢癌风险的机制	首次揭示了CD14在B细胞中的表达与卵巢癌风险降低的关联，并发现CD80在髓系树突状细胞中作为中介分子	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	探究B细胞及免疫分子对卵巢癌风险的影响机制	卵巢癌患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞(PBMCs)	多组学分析	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、中介分析	NA	单细胞转录组数据、eQTL和pQTL数据库数据	NA
418	2025-06-19	A Prognostic Lysine Crotonylation Signature Shapes the Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jun-13, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673381518250529110617 PMID:40525440	研究论文	本研究通过分析赖氨酸巴豆酰化相关基因（CRGs）在肝细胞癌（HCC）中的表达，建立了一个8基因风险评分模型，用于预测HCC患者的预后和免疫微环境特征	首次揭示了CRGs在HCC中的预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联，并开发了一个结合风险评分和列线图的预测模型	需要开发标准化的巴豆酰化测量方法，并在不同病因的HCC中进行验证，同时需要进一步研究巴豆酰化调节剂的功能影响	探索CRGs在HCC中的预后和治疗相关性	肝细胞癌（HCC）患者	肿瘤学	肝细胞癌	转录组分析、单细胞测序、CIBERSORT、OncoPredict	Cox和LASSO回归分析	转录组和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的HCC患者数据
419	2025-06-19	Systematic Pan-Cancer Analysis of the Oncogenic and Immunological Function of Stanniocalcin-1 (STC1) 2025-Jun-13, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673358794250531003706 PMID:40525442	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，系统性分析了STC1在泛癌中的致癌和免疫学功能	首次系统性揭示了STC1作为新型泛癌因子的双重作用：既通过EMT和干性调控促进肿瘤进展，又参与免疫微环境重塑	实验验证部分仅针对胃腺癌(STAD)进行了组织芯片和细胞系验证，其他癌症类型的实验证据不足	确立STC1的泛癌预后意义并阐明其与免疫特征的关联	33种癌症类型(TCGA泛癌数据集)和胃腺癌(STAD)组织样本	癌症基因组学	泛癌研究(重点关注胃腺癌)	多组学分析(UALCAN/cBioPortal/HPA/GTA)、多重荧光染色、Western blot、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质组数据、组织芯片图像数据	TCGA泛癌数据集+30例STAD组织芯片+STAD细胞系
420	2025-06-19	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	research paper	本文报告了一例因FOXN1突变导致先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后的长期临床和免疫学结果	首次报道了同种异体胸腺移植后19年的长期随访结果，揭示了移植胸腺中T细胞的独特生物学特性	仅为一例个案研究，样本量有限	评估先天性无胸腺症患者胸腺移植后的长期免疫重建效果	一名R255X纯合FOXN1突变导致的先天性无胸腺症成年患者	免疫学	先天性免疫缺陷	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、免疫学数据、测序数据	1例患者+年龄匹配对照