单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-11	CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β 2025-Jun-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01299-2 PMID:40461701	研究论文	本研究揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制	发现了单核细胞通过膜结合TGF-β和Smad信号通路促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制	研究主要关注脾脏中的CD8 T细胞分化，其他组织中的情况尚不明确	探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间机制	CD8 T细胞和单核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
22	2025-07-11	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究探讨了妊娠和产后经历如何通过多巴胺依赖的神经转录组重塑引起持久的神经适应	揭示了多巴胺在妊娠和产后神经适应中的核心调控作用，并发现了H3多巴胺化这一新的表观遗传机制	研究主要聚焦于海马背侧区，其他脑区的适应性变化尚未完全阐明	阐明妊娠和产后经历引起持久神经适应的分子机制	雌性小鼠和人类背侧海马区	神经科学	NA	单细胞RNA测序、化学遗传学	小鼠模型	转录组数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类组织样本
23	2025-07-10	Guanylate-Binding Proteins Promote Host Defense Against Leishmania major by Balancing iNOS/Arg-1 in Myeloid Cells 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.26.661809 PMID:40631203	research paper	该研究探讨了鸟苷酸结合蛋白（GBPs）在宿主防御利什曼原虫（Leishmania major）感染中的作用，特别是在调节iNOS/Arg-1平衡中的关键角色	首次揭示了GBPs在皮肤利什曼病（CL）中的免疫调节作用，特别是通过平衡iNOS和Arg-1的表达来影响寄生虫的控制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证，且GBPs的具体作用机制仍需进一步探索	探究GBPs在宿主防御利什曼原虫感染中的免疫调节作用	C57Bl/6小鼠及其GBPChr3敲除（KO）模型的骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和单核细胞	免疫学	皮肤利什曼病	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq	GBPChr3 KO小鼠模型	RNA测序数据	C57Bl/6小鼠及其GBPChr3 KO模型的骨髓来源巨噬细胞和单核细胞
24	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究老年小鼠白色脂肪组织中Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累及其细胞毒性和炎症潜能	首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其具有调节、细胞毒性和炎症潜能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	比较生理性衰老与高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织炎症的影响，寻找独特的调控靶点	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织（gWAT）	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织
25	2025-07-10	ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability 2025-Jun-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877 PMID:40505628	研究论文	本研究通过建立63个基因修饰的小鼠胚胎干细胞系作为自闭症谱系障碍(ASD)的遗传模型，揭示了细胞类型特异的易感通路和翻译机器功能障碍	建立了首个包含63个ASD相关CNV遗传修饰ESC模型库，并发现谷氨酸能和GABA能神经元中Upf3b表达降低这一共同表型	研究主要基于小鼠ESC模型，与人类ASD患者可能存在物种差异	解析ASD相关CNV的细胞类型特异性致病机制	63个基因修饰的小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物	神经发育疾病研究	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠ESC模型	单细胞转录组数据	63个基因修饰ESC系(其中12个代表性细胞系进行神经分化)
26	2025-07-10	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制假发现率，提高了统计功效和计算效率	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据中的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 流式细胞术	统计模型	单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据	多个个体的外周血单核细胞和神经细胞
27	2025-07-10	Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本研究提出了一种名为基因空间整合(GSI)的深度学习方法，用于增强空间转录组学数据分析，并解决批次效应问题	利用自编码器网络提取空间嵌入，将空间特征投影到基因表达特征空间，实现了多样本的无缝整合，显著提升了分析工具的性能	方法主要关注基因分布的空间方面，可能未充分利用其他空间信息如细胞/点邻近性和维度性	开发一种深度学习方法，用于整合和分析多组空间转录组数据，以更好地理解组织特性	人类背外侧前额叶皮层数据集	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)	自编码器网络	空间转录组数据	人类背外侧前额叶皮层数据集(具体样本包括151673和151672)
28	2025-07-10	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户在单细胞RNA测序数据分析中的整合方法	提供了更多的整合方法选择，包括基于Python的方法，并提供了集成性能评估工具和自动化Python环境管理	未提及具体的性能比较结果或用户反馈	提升单细胞RNA测序数据整合的灵活性和效率	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
29	2025-07-10	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	通过时序单细胞测序分析揭示表达GPNMB的巨噬细胞增强肌肉再生	发现了一种表达高水平Gpnmb的巨噬细胞亚群，该亚群共表达参与巨噬细胞介导的肌肉再生的关键因子，如Igf1、Mertk和Nr1h3	未明确说明样本量及实验设计的潜在局限性	研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的表型多样性及其向消退期巨噬细胞的转变	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
30	2025-07-09	Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5352 PMID:40620806	研究论文	提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织解离的优化方案，以提高单细胞RNA测序的质量	使用深共晶溶剂（Vivophix, Rapid Labs）在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中由温度和酶处理引起的转录变化及RNase活性	仅针对蚊子和沙蝇的中肠组织进行了验证，未涉及其他组织或物种	优化非模式生物组织解离方案，以提高单细胞RNA测序的质量	蚊子和沙蝇的中肠组织	分子细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种医学上重要的昆虫载体
31	2025-07-09	Single-cell transcriptomic insights into endosulfan-induced liver injury: Key pathways and inflammatory responses 2025-Jun, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.05.002 PMID:40620502	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了硫丹（ENDO）诱导肝损伤的细胞和分子机制	首次在单细胞水平上解析硫丹诱导肝损伤的关键通路和炎症反应，揭示了细胞间通讯和炎症微环境的变化	研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本中的发现	阐明硫丹诱导肝毒性的细胞和分子机制	C57BL/6小鼠的肝脏细胞	单细胞转录组学	肝损伤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
32	2025-07-08	Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans 2025-Jun, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03472-y PMID:40272718	研究论文	本研究通过全外显子测序和生物信息学分析，确定了CFAP221基因变异与人类弱畸精子症之间的致病联系	首次发现CFAP221基因是男性不育的新致病基因，并揭示了其在精子鞭毛发育中的关键作用	研究样本仅来自两个无关的中国家庭，样本量较小	探索与男性不育相关的弱畸精子症的新遗传病因	两个无关的中国不育家庭	遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES)、Sanger测序、扫描电子显微镜(SEM)、透射电子显微镜(TEM)、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、显微镜图像数据	两个不育家庭的成员
33	2025-07-07	Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression 2025-Jun-30, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639 PMID:40602581	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析发现ETS2是促进骨关节炎（OA）进展中破骨细胞（OC）分化的关键基因，并揭示了ETS2通过靶向CEBPB调控OC分化的机制	首次发现ETS2通过靶向CEBPB调控破骨细胞分化，并验证了ETS2敲低可缓解OA进展	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	揭示骨关节炎进展中破骨细胞分化的分子机制	破骨细胞（OC）和骨关节炎（OA）	生物医学	骨关节炎	scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag	DMM小鼠模型	基因表达数据	DMM模型小鼠
34	2025-07-07	Spatial Transcriptomics Unveils Regional Heterogeneity and Subclonal Dynamics in the Lung Adenocarcinoma Microenvironment 2025-Jun-30, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108929 PMID:40617150	研究论文	本研究利用空间转录组学揭示了肺腺癌微环境中的区域异质性和亚克隆动态	通过空间转录组学技术，克服了单细胞转录组学缺乏空间信息的局限，全面解析了肺腺癌的细胞景观	研究仅基于一个空间转录组学样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌微环境的空间功能和异质性	肺腺癌组织及其微环境	数字病理学	肺腺癌	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	125,203个单细胞和3,990个空间转录组学spots
35	2025-07-07	Regulatory mechanisms of the Hippo/YAP axis by G-protein coupled estrogen receptor in gastric signet-ring cell carcinoma 2025-Jun-23, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101199 PMID:40554953	研究论文	本研究探讨了G蛋白偶联雌激素受体（GPER）在胃印戒细胞癌（GSRC）中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的机制	首次揭示了GPER通过竞争性结合ARRB2抑制LATS1介导的YAP磷酸化，从而增强YAP活性，并发现YAP与GPER启动子结合形成正反馈循环	研究主要基于体外细胞实验和裸鼠移植瘤模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明GPER在GSRC中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的分子机制	胃印戒细胞癌（GSRC）细胞系和裸鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序、体外细胞功能实验、裸鼠移植瘤模型	NA	分子生物学数据、细胞实验数据、动物实验数据	未明确说明具体样本数量，涉及GSRC细胞系和裸鼠模型
36	2025-07-07	SOX11 and GLIS2: Novel Biomarkers for Understanding the Progression of Oral Leukoplakia 2025-Jun-20, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100872 PMID:40543136	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，探讨了口腔白斑病（LP）的转录调控机制，并鉴定了SOX11和GLIS2作为LP特异性分子标志物	首次将SOX11和GLIS2鉴定为口腔白斑病的特异性分子标志物，并揭示其通过调控EMT和血管生成影响病变发展的机制	研究样本量有限，且未进行功能性实验验证SOX11和GLIS2的具体作用机制	探索口腔白斑病进展的分子机制并鉴定相关生物标志物	口腔白斑病组织和口腔鳞状细胞癌（OSCC）样本	分子生物学	口腔癌	单细胞RNA测序，大块RNA测序，免疫组化染色	NA	RNA测序数据，临床生存数据，免疫组化数据	口腔白斑病组织样本和TCGA数据库中的OSCC样本
37	2025-07-07	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Jun-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了R6/2亨廷顿病小鼠脑部在不同时间和区域的分子模式变化	整合了10× Genomics Visium空间转录组学和匹配的单核RNA测序数据，揭示了亨廷顿病小鼠脑部的区域、时间和细胞类型特异性调控通路	研究仅针对R6/2小鼠模型，可能不完全反映人类亨廷顿病的所有特征	理解亨廷顿病的分子机制和细胞调控通路	R6/2亨廷顿病小鼠脑部	生物信息学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑部在出生后第0天 (P0)、4周和12周的时间点
38	2025-07-07	Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09071-2 PMID:40468066	研究论文	本文研究了Y染色体缺失(LOY)在癌症和T细胞中的并发影响及其与患者预后的关系	首次建立了免疫细胞LOY与恶性细胞LOY之间的联系模型，解释了PBMCs中LOY与癌症死亡率增加的关系	研究主要基于RNA测序数据，需要进一步实验验证机制	探究PBMCs中LOY驱动癌症死亡率的机制以及LOY在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系	29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据，以及自体和同源小鼠模型	癌症基因组学	上皮癌	bulk RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29种人类肿瘤类型的数据及小鼠模型
39	2025-07-06	The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages 2025-Jun-27, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661 PMID:40582585	研究论文	本研究探讨了NF-κB/LY6E轴在口腔鳞状细胞癌（OSCC）干细胞特性中的作用及其与巨噬细胞相互作用的机制	揭示了NF-κB/LY6E轴作为巨噬细胞与OSCC细胞相互作用的关键信号枢纽，促进癌症干细胞特性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证不足	探索调控OSCC癌症干细胞特性的关键信号轴及其与免疫细胞的相互作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）细胞和巨噬细胞	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CytoTRACE分析	NA	基因表达数据	NA
40	2025-07-06	Developmental cues from epicardial cells simultaneously promote cardiomyocyte proliferation and electrochemical maturation 2025-Jun-25, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102572 PMID:40614731	研究论文	研究探讨心外膜细胞如何同时促进心肌细胞增殖和电化学成熟	通过共培养hiPSC-CM与EPCs及EPD-FBs，揭示了心肌细胞增殖与成熟之间的新关系	3D-EHTs中的增殖效果有限，且研究未涉及体内环境验证	探究心外膜细胞对心肌细胞增殖和成熟的影响	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(hiPSC-CMs)和心外膜细胞(EPCs)	细胞生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、2D共培养、3D工程心脏组织(EHTs)	NA	基因表达数据、电生理数据	NA