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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-01-02
Identification of key genes and development of an identifying machine learning model for sepsis
2025-Jun-30, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2
研究论文 本研究通过整合多器官单细胞RNA测序数据和机器学习方法,识别脓毒症的关键基因并构建了一个脓毒症识别模型 结合心脏和肺组织的单细胞RNA测序数据,识别跨器官共享的关键基因,并利用支持向量机递归特征消除构建高准确性的脓毒症识别模型 研究基于小鼠数据,人类同源基因转换后基因数量减少,且需要进一步研究验证发现 识别脓毒症的关键基因并开发机器学习模型用于脓毒症识别 小鼠心脏和肺组织以及人类基因表达数据集 机器学习 脓毒症 单细胞RNA测序 支持向量机递归特征消除 基因表达数据 多个GEO数据集(GSE207363、GSE207651、GSE185263、GSE69063、GSE134347) NA 单细胞RNA-seq NA NA
22 2025-12-31
Stc1-expressing myofibroblasts are a developmentally distinct lineage cleared through intrinsic apoptosis in the neonatal lung
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过构建Stc1谱系标记小鼠,揭示了肺肌成纤维细胞中次级嵴肌成纤维细胞(SCMF)作为一个发育上独特的谱系,其通过内在凋亡在新生儿肺中被清除 首次构建了能够特异性标记发育性短暂次级嵴肌成纤维细胞(SCMF)的小鼠品系,并证明SCMF与肺泡管肌成纤维细胞(DMF)是发育上不同的独立谱系 研究主要基于小鼠模型,人类肺发育中SCMF的清除机制是否相同尚需验证 阐明肺肌成纤维细胞中不同谱系在肺泡发育过程中的独特贡献与命运 小鼠肺组织中的次级嵴肌成纤维细胞(SCMF)和肺泡管肌成纤维细胞(DMF) 发育生物学 肺发育异常 单细胞RNA测序、胚胎谱系追踪、基因敲除 遗传小鼠模型 基因表达数据、谱系追踪数据 未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
23 2025-12-27
Combining Machine Learning and Multiplexed, In Situ Profiling to Engineer Cell Type and Behavioral Specificity
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了一个结合机器学习与多重原位分析的端到端平台ESCargoT,用于加速脊髓背角增强子的发现,以精确控制神经回路 整合机器学习引导的增强子优先排序、模块化AAV组装和多重原位筛选,实现空间分辨的多重增强子分析,加速细胞靶向工具发现 未明确说明平台在其它脑区或物种中的通用性,以及机器学习模型的泛化能力 加速脊髓背角增强子的发现,以精确控制神经回路,用于疼痛和瘙痒处理 小鼠脊髓背角神经元亚型(如兴奋性神经元、少突胶质细胞、运动神经元) 机器学习 疼痛和瘙痒相关疾病 机器学习、染色质可及性数据分析、AAV组装、原位筛选 机器学习模型 染色质可及性数据、空间原位数据 涉及27个增强子-AAV文库在小鼠体内测试 NA 空间平行报告基因检测 NA 整合新型Golden-Gate组装流程与多重原位筛选的Spatial Parallel Reporter Assay
24 2025-12-24
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了前庭毛细胞中动纤毛的分子特征,结合免疫染色和活体成像,证明了动纤毛兼具初级纤毛和运动纤毛的分子特性,并具有主动运动能力 首次通过单细胞RNA测序揭示前庭毛细胞动纤毛的分子双重身份,并证实其具有主动运动能力,填补了结构、分子组成和功能上的知识空白 NA 阐明前庭毛细胞动纤毛的结构、分子组成和功能特性 成年小鼠、斑马鱼、人类的前庭毛细胞以及牛蛙和小鼠的壶腹嵴毛细胞 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像 NA RNA测序数据、图像数据 成年小鼠、斑马鱼、人类的前庭毛细胞以及牛蛙和小鼠的壶腹嵴毛细胞样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
25 2025-12-23
Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal a Novel Mechanism of Oligodendrocyte-Neuron Interaction in Cognitive Decline After High-Altitude Cerebral Edema
2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了高原脑水肿后认知衰退中少突胶质细胞与神经元相互作用的新机制 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,在高原脑水肿模型中系统解析了少突胶质细胞与神经元间的相互作用机制,并发现了PI3K/mTOR动态变化、Rps29-bax轴及Tnfrsf21-App作为新型调控因子 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;仅观察了3天和7天两个时间点,长期效应尚不明确 探究高原脑水肿导致认知衰退的细胞与分子机制 高原脑水肿小鼠模型中的海马组织细胞 数字病理学 高原脑水肿 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
26 2025-12-19
Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes
2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序发现Sp140L是一种疱疹病毒限制因子,能抑制病毒转录并激活干扰素刺激基因 首次揭示Sp140L作为疱疹病毒限制因子,并发现其连接病毒DNA感知与转录抑制至干扰素非依赖性先天免疫反应 研究主要基于EBV感染的B细胞模型,其他细胞类型或体内环境的适用性需进一步验证 探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制,并鉴定新的宿主限制因子 EBV感染的B细胞及疱疹病毒Saimiri的ORF3蛋白 单细胞组学 病毒感染(EBV相关疾病) 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 EBNA-LP敲除(LPKO)感染的B细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
27 2025-12-17
HLA-DQB1*03:01 strongly affects age of onset of type 1 narcolepsy independently of DQA1 and ethnicity
2025-Jun-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究探讨了HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响,通过跨种族数据分析发现该等位基因独立于DQA1和种族背景,显著降低发病年龄 首次进行跨种族研究,发现HLA-DQB1*03:01对发病年龄的强烈且独立影响,并通过TCR分析揭示了其可能的作用机制 研究依赖于已收集的数据集,且尚未直接识别导致疾病的T细胞,限制了病理生理机制的深入理解 探究HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响及其与种族和DQA1的独立性 5,339例来自中国、欧洲、韩国、日本和美国的1型发作性睡病患者 遗传学与免疫学 发作性睡病 GWAS, HLA等位基因推算, TCR分析, 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 遗传数据, RNA-seq数据 5,339例患者 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
28 2025-12-17
Spatial Transcriptomics Unveils the Blueprint of Mammalian Lung Development
2025-06-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本研究构建了小鼠肺发育从早期假腺期到肺泡期的全面空间转录组图谱,揭示了基因表达的空间模式、转录因子调控网络及细胞间通讯的动态变化 首次整合空间转录组与空间表观基因组数据,识别了早期肺发育中关键的上皮祖细胞eRegulons,并揭示了胶原通路在肺泡AT1和AT2细胞空间汇聚形成初级肺泡中的作用机制 研究仅基于小鼠模型,其发现向人类肺发育的转化仍需进一步验证;空间分辨率可能不足以解析所有细胞亚型的微环境 解析哺乳动物肺发育过程中空间基因表达模式与调控机制 小鼠肺组织 空间转录组学 NA 空间转录组学,空间表观基因组学 NA 空间转录组数据,表观基因组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
29 2025-12-17
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合新数据集与已发表数据,构建了一个更新且经过空间验证的Hydractinia symbiolongicarpus体细胞单细胞图谱 整合固定细胞与活细胞数据,显著扩大了细胞数量与转录组深度,发现了新的假定免疫细胞群、神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群、一个匍匐茎特异性细胞类型,并完整解析了刺细胞的发育轨迹 未明确提及,但可能涉及样本类型(仅来自摄食息肉和匍匐茎组织)或技术整合的潜在偏差 构建一个更全面、经过空间验证的单细胞图谱,以深入理解Hydractinia symbiolongicarpus的细胞多样性和动态变化 Hydractinia symbiolongicarpus(一种用于干细胞和再生研究的刺胞动物模型)的体细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 超过47,000个细胞,来自摄食息肉和匍匐茎组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
30 2025-12-17
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了新生儿期吗啡暴露导致青少年小鼠中脑基因表达广泛改变,以及益生菌干预如何逆转这些改变 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集,揭示了益生菌对早期阿片类药物暴露的神经发育影响的逆转作用 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本,且机制探索可能不够深入 探究新生儿吗啡暴露对青少年疼痛通路的长期神经发育影响,以及益生菌干预的潜在治疗作用 青少年小鼠的中脑单细胞 单细胞转录组学 疼痛相关疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 107,427个中脑单细胞,来自新生儿期暴露于盐水、吗啡或吗啡加益生菌的青少年小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
31 2025-12-16
A pair-rule-like transcription network coordinates neural tube closure in a proto-vertebrate
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究在尾索动物中揭示了一个由转录因子调控的、类似于体节形成对规则基因网络的转录回路,该回路通过协调细胞增殖与神经褶融合来调控神经管闭合过程 首次在原始脊椎动物(尾索动物)中发现了一个调控神经管闭合的、具有对规则基因样表达模式的转录网络,揭示了从早期神经模式化到形态发生执行的转录转换机制 研究主要基于尾索动物模型,其机制在高等脊椎动物中的保守性仍需进一步验证;单细胞RNA-seq数据仅提供了转录组层面的证据,功能验证有待加强 探究神经管闭合过程中协调细胞行为的转录调控程序 尾索动物(Ciona)胚胎的神经管闭合过程 发育生物学 NA 单细胞RNA测序,高分辨率HCR原位杂交,错误表达研究 NA 基因表达数据,单细胞转录组数据,图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
32 2025-12-16
Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究结合单细胞RNA测序、Slide-seq空间转录组学和多重RNA分析,绘制了健康和发育不良结肠细胞生态系统的详细空间图谱,揭示了结直肠癌中空间定义的多细胞功能单元 创新点在于整合单细胞和空间转录组学技术,首次在结直肠癌中识别出具有特定细胞组成和功能互动的空间细胞邻域,并展示了这些特征在小鼠与人类之间的保守性 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,可能无法完全捕捉人类结直肠癌的全部异质性,且空间分辨率受Slide-seq技术限制 研究目标是表征结直肠癌中细胞生态系统的空间组织和功能互动,以理解疾病进展机制 研究对象包括诱导性遗传结直肠癌小鼠模型和人类结直肠癌样本,涵盖健康和发育不良的结肠组织 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重RNA分析 NA RNA测序数据, 空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 Slide-seq Slide-seq空间转录组学技术
33 2025-12-16
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用成像空间转录组学技术,分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺部,构建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱,以揭示肺部发育和疾病中的分子空间关系 首次创建了涵盖发育和疾病严重程度的人类婴儿肺部空间转录组图谱,并提出了基于胎龄和寿命的简化分类方案,超越了传统的“疾病vs.对照”二元比较 样本量相对有限(17例),且主要关注急性新生儿肺损伤,可能无法完全代表其他肺部疾病或更广泛的发育阶段 阐明肺部器官发生过程中的细胞转变时序和调控机制,以及疾病如何破坏这些空间分子关系 人类婴儿肺部组织 空间转录组学 新生儿肺损伤 成像空间转录组学 计算聚类方法 空间转录组数据 17个人类婴儿肺部样本 NA 空间转录组学 NA NA
34 2025-12-15
Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology
2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究揭示了雄激素通过调控巨噬细胞来调节鹿角生长的分子机制 首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用,并证明雄激素通过上调AP细胞中的CCL2表达来招募巨噬细胞 雄激素调控巨噬细胞的具体信号通路尚未完全阐明 探索雄激素调控鹿角再生的分子机制 梅花鹿(雄性及雌性)及裸鼠移植模型 发育生物学 NA bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据, 组织学图像 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
35 2025-12-15
Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression
2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 本研究通过整合代谢组学和空间转录组学分析囊性胰腺癌前病变,揭示了多胺代谢失调作为疾病进展的生物标志物 首次在胰腺癌前病变中结合囊液代谢组学与组织空间转录组学,识别出多胺代谢通路作为恶性风险的关键生物标志物 样本量相对有限(125例),且为回顾性研究,需要前瞻性验证 识别胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)恶性风险相关的代谢标志物 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者囊液及组织样本 数字病理学 胰腺癌 非靶向代谢组学,空间转录组学,单细胞转录组学 NA 代谢组数据,转录组数据 125例患者囊液样本 NA 空间转录组学,单细胞转录组学 NA NA
36 2025-12-15
Azacitidine, Venetoclax, and Magrolimab in Newly Diagnosed and Relapsed Refractory Acute Myeloid Leukemia: Phase Ib/II Study and Correlative Analysis
2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 本研究评估了阿扎胞苷、维奈托克和magrolimab三联疗法在新诊断和复发难治性急性髓系白血病患者中的安全性和疗效 首次在临床研究中评估针对CD47的macrophage检查点抑制剂magrolimab与阿扎胞苷-维奈托克联合使用的三联疗法,并进行了单细胞RNA测序的相关分析 研究为Ib/II期试验,样本量相对较小,且未与标准疗法进行直接比较,生存结果未显示出显著优势 评估三联疗法在急性髓系白血病患者中的安全性和疗效,并探索生物标志物 成人急性髓系白血病患者,包括一线治疗(不适合强化化疗)和复发/难治性患者 NA 急性髓系白血病 单细胞RNA测序 NA NA 一线队列54名患者,复发/难治队列52名患者,单细胞RNA测序分析11名TP53突变患者的27个纵向样本 NA NA NA NA
37 2025-12-13
Acquired resistance to immunotherapy by physical barriers with cancer cell-expressing collagens in non-small cell lung cancer
2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究揭示了非小细胞肺癌中肿瘤细胞通过表达胶原蛋白形成物理屏障,从而导致获得性免疫治疗耐药的新机制 首次在体内模型中完整重现了从免疫治疗响应到获得性耐药的全过程,并发现肿瘤细胞通过表达COL3A1和COL6A1形成两种不同结构的物理屏障来抵抗T细胞攻击 研究主要基于小鼠模型和肿瘤类器官,尚未在临床患者中得到直接验证 探究非小细胞肺癌获得性免疫治疗耐药的内在机制 非小细胞肺癌小鼠模型、肿瘤类器官、肿瘤细胞 肿瘤免疫学 肺癌 单细胞RNA测序、电子显微镜检测、基因敲除 小鼠肿瘤模型、肿瘤类器官移植模型 基因表达数据、显微图像数据 未明确说明具体样本数量,使用小鼠模型和系列移植实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
38 2025-12-13
Tissue-Resident CD8+ T Cells as Mediators of Protective Immunity in Breast Milk Transmission of Human Cytomegalovirus
2025-Jun-02, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1
研究论文 本研究探讨了母乳中组织驻留记忆CD8+ T细胞在预防人类巨细胞病毒母婴传播中的作用 首次描述了母乳中存在组织驻留记忆T细胞,并发现其频率与母乳HCMV病毒载量呈负相关,且非传播者母亲母乳中CD8+ Trm频率更高 样本量相对较小,未明确Trm的具体保护机制,需要进一步验证性研究 探究母乳中T细胞在预防HCMV母婴传播中的免疫保护作用 母乳样本及其中分离的T细胞 免疫学 病毒感染(人类巨细胞病毒感染) 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 HCMV传播者与非传播者母亲的母乳样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
39 2025-12-12
Super-resolution imaging informed scRNA sequencing analysis reveals the critical role of GDF15 in rejuvenating aged hematopoietic stem cells
2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究通过结合超分辨率成像与单细胞RNA测序,揭示了GDF15在调控衰老造血干细胞线粒体形态与功能中的关键作用 首次将活细胞超分辨率显微镜与单细胞RNA测序技术整合,建立了线粒体形态与分子特征之间的直接关联,并发现了GDF15在衰老造血干细胞中线粒体信号传导的新功能 研究样本量相对较小(约200个细胞),且仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 探究衰老造血干细胞中线粒体形态变化的分子机制及其对细胞命运的影响 年轻与衰老小鼠的造血干细胞 单细胞组学 衰老相关疾病 单细胞RNA测序, 超分辨率显微镜 生物信息学分析流程 图像数据, 基因表达数据 约200个来自年轻和衰老小鼠的造血干细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
40 2025-12-11
CrebA regulation of secretory capacity: Genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过DNA结合实验、表达分析和单细胞RNA测序,揭示了果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌通路组分基因来增强胚胎唾液腺分泌能力的机制,并探讨了其与哺乳动物同源蛋白的保守功能 结合全基因组转录谱分析和体内DNA结合研究,首次在单细胞水平上系统探索CrebA结合与基因调控的关系,并比较了不同方法在识别靶基因上的差异 CrebA结合大量基因但仅调控部分,功能结合与非功能结合的区分机制尚不明确;CrebA是否在所有果蝇胚胎组织中驱动SPCG表达或调控其他组织特异性功能仍需进一步研究 探究果蝇CrebA转录因子在增强分泌能力中的作用机制及其与基因调控的关联 果蝇胚胎唾液腺及多种组织中的CrebA转录因子及其靶基因 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、DNA结合实验、表达分析、结合位点诱变 NA RNA序列数据、DNA结合数据 野生型和CrebA缺失型果蝇胚胎 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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