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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-10-06 |
TSC22 domain family member 3 links natural killer cells to CD8+ T cell-mediated drug hypersensitivity
2025-Jun-21, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02300-0
PMID:40544157
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示TSC22D3调控的自然杀伤细胞在药物超敏反应中的关键作用 | 首次发现TSC22D3缺陷通过增强NK细胞效应功能,将免疫应答从CD4+T细胞转向CD8+T细胞功能 | 研究主要基于DHS患者和小鼠模型,需在其他SCARs类型中验证 | 探索自然杀伤细胞在严重皮肤药物不良反应发病机制中的作用 | DHS患者、dapsone耐受个体和小鼠模型 | 免疫学 | 药物超敏反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | DHS患者与dapsone耐受个体的血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 362 | 2025-10-06 |
BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy
2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.6.59
PMID:40530920
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研究论文 | 本研究探讨了BCAT1激活如何重编程支链氨基酸代谢并通过表观遗传机制促进糖尿病视网膜病变中的炎症反应 | 首次揭示BCAT1在糖尿病条件下通过调节α-酮戊二酸水平影响组蛋白甲基化状态,从而表观遗传调控炎症基因表达的新机制 | 研究主要聚焦于Müller细胞,其他视网膜细胞类型的作用尚未完全阐明 | 研究支链氨基酸代谢重编程及其在糖尿病视网膜病变进展中的贡献 | 糖尿病小鼠模型和Müller细胞 | 代谢组学与表观遗传学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞测序, 靶向代谢组学, 染色质免疫沉淀, RNA测序, 激酶筛选 | 糖尿病小鼠模型 | 基因表达数据, 代谢物数据, 表观遗传数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 363 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08941-z
PMID:40307555
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示了水稻根部组织如何适应土壤胁迫的细胞机制 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了根部不同组织对土壤胁迫的转录响应机制,特别是发现了韧皮部细胞释放脱落酸调控根部组织适应土壤紧实胁迫的新机制 | 研究主要聚焦于水稻模型,在其他植物物种中的普适性需要进一步验证 | 探究植物根部组织在单细胞水平上如何适应不同土壤条件和环境胁迫 | 水稻根部组织细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组 | NA | NA |
| 364 | 2025-10-06 |
Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08986-0
PMID:40399682
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研究论文 | 通过多代单细胞追踪技术研究DNA复制模式和可遗传DNA损伤如何导致细胞异质性 | 开发了基于内源性标记蛋白的多代单细胞追踪方法,结合CRISPR基因组编辑同时追踪DNA复制模式和可遗传DNA损伤 | 研究仅限于异步生长的细胞,最多追踪四代细胞 | 阐明致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性 | 哺乳动物细胞系 | 单细胞分析 | 癌症 | CRISPR基因组编辑, 单细胞转录组测序, 迭代染色 | 自定义计算工具 | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 365 | 2025-10-06 |
Integrated spatial omics of metabolic reprogramming and the tumor microenvironment in pancreatic cancer
2025-Jun-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112681
PMID:40538442
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学,研究胰腺癌中代谢重编程与肿瘤微环境的空间关系 | 首次将单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学整合分析,可视化代谢物与基因表达的空间共定位 | NA | 探索胰腺癌代谢重编程与肿瘤微环境的相互作用机制 | 胰腺癌肿瘤样本 | 空间多组学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 空间代谢组学, 伪时间轨迹分析 | scMetabolism | 转录组数据, 代谢组数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 366 | 2025-10-06 |
Comparison of spatial transcriptomics technologies using tumor cryosections
2025-Jun-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03624-4
PMID:40542418
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研究论文 | 比较五种空间转录组技术在髓母细胞瘤冰冻切片中的应用性能 | 首次系统比较四种成像技术和一种测序技术的空间转录组方法,并开发了重成像策略提高细胞分割准确性 | 仅使用一种肿瘤类型(MBEN)进行评估,可能不适用于其他肿瘤类型 | 评估不同空间转录组技术的性能差异,为方法选择提供指导 | 髓母细胞瘤伴广泛结节性(MBEN)的冰冻切片 | 空间转录组学 | 髓母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | NA | 10x Genomics, NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Visium, RNAscope HiPlex, Molecular Cartography, Merscope, Xenium | Visium(测序基础方法),四种成像基础方法:RNAscope HiPlex、Molecular Cartography、Merscope和Xenium |
| 367 | 2025-10-06 |
The impact of de novo lipogenesis on predicting survival and clinical therapy: an exploration based on a multigene prognostic model in hepatocellular carcinoma
2025-Jun-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06704-y
PMID:40533802
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研究论文 | 基于从头脂质生成相关基因构建肝细胞癌预后风险模型并探索其与免疫微环境和治疗反应的关系 | 首次基于从头脂质生成通路构建包含六个特征基因的肝细胞癌预后模型,并系统分析风险分型与免疫细胞浸润模式及治疗反应的关联 | 样本量相对有限,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 开发肝细胞癌预后预测模型并探索从头脂质生成在肿瘤进展中的作用机制 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | LASSO-Cox回归分析,免疫组织化学,Western blotting,多重免疫荧光染色,单细胞RNA测序 | 预后风险模型 | 基因表达数据,临床数据,单细胞测序数据 | TCGA、GEO、ICGC-LIRI数据集及湘雅队列106例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 368 | 2025-10-06 |
Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data
2025-Jun-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98469
PMID:40511682
|
研究论文 | 提出一种基于NLP文档嵌入技术的单细胞RNA测序分析框架SCellBOW,用于肿瘤表型分层和风险评估 | 首次将自然语言处理中的文档嵌入技术应用于单细胞转录组数据分析,能够识别具有临床意义的肿瘤亚群并评估其侵袭风险 | 缺乏与临床注释的直接关联,肿瘤表型空间复杂性带来的分析挑战 | 开发计算框架用于肿瘤表型异质性分析和风险分层 | 单细胞转录组数据中的恶性与非恶性细胞亚型 | 自然语言处理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 文档嵌入模型 | 单细胞转录组数据 | 人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 369 | 2025-10-06 |
Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome
2025-Jun, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-03623-9
PMID:40195449
|
研究论文 | 本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制,并通过单细胞转录组学和人源化模型阐明了UBA1基因突变导致克隆优势的病理过程 | 首次通过碱基编辑技术构建VEXAS综合征人源化模型,揭示了突变细胞通过获得衰老样状态在炎症环境中具有竞争优势的机制 | 研究样本量较小(仅9例男性患者),需要更大规模研究验证发现 | 探究VEXAS综合征中造血克隆优势的驱动机制 | VEXAS综合征患者造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 单细胞组学 | 自身炎症性疾病 | 单细胞转录组学,碱基编辑,竞争性移植 | 人源化疾病模型 | 单细胞转录组数据,免疫表型数据 | 9例男性VEXAS综合征患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 370 | 2025-10-06 |
Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis
2025-Jun, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-03625-7
PMID:40301560
|
研究论文 | 本研究通过组织学和空间转录组学分析发现广泛髓样细胞边缘病变是多发性硬化快速疾病进展的新型生物标志物 | 首次发现具有广泛髓样细胞边缘的特定MS病变类型与快速疾病进展相关,并利用独立PET研究验证了这一关联 | 研究基于尸检队列,可能无法完全反映活体患者的动态疾病过程 | 探索多发性硬化疾病进展的潜在机制并寻找相关生物标志物 | 多发性硬化患者尸检脑组织和活体患者PET影像数据 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 组织学分析, 空间转录组学, PET成像 | NA | 组织图像, 基因表达数据, 医学影像 | 尸检队列186人,PET研究114人 | NA | 空间转录组学, PET成像 | NA | NA |
| 371 | 2025-10-06 |
Narrowing Down Key Players in Autoimmunity via Single-Cell Multiomics
2025-Jun, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451233
PMID:40534591
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综述 | 本文探讨单细胞多组学技术如何揭示自身免疫疾病的机制,包括疾病相关细胞状态和细胞通讯网络 | 通过单细胞多组学技术以前所未有的分辨率绘制自身反应性淋巴细胞图谱,并关联特定自身免疫易感基因位点 | NA | 阐明自身免疫疾病的分子机制和效应细胞 | 健康组织和患者组织中的T细胞和B细胞 | 单细胞多组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 372 | 2025-10-06 |
Novel Aortic Dissection Model Links Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration
2025-Jun-20, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326230
PMID:40365676
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9技术构建了携带FBN1基因新型错义突变的自发性主动脉夹层小鼠模型,揭示了内皮功能障碍与免疫细胞浸润在疾病发生中的关键作用 | 首次将非综合征性家族性主动脉夹层患者中发现的FBN1 p.G234D突变引入小鼠模型,并系统阐明了该突变导致TGFβ信号下调及免疫细胞浸润的分子机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类患者中验证相关发现;样本量相对有限 | 探究主动脉夹层的分子触发机制和病理进展过程 | 携带Fbn1G234D/G234D突变的基因编辑小鼠 | 分子病理学 | 主动脉夹层 | CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 电子显微镜, 同步辐射成像, Western blot | 基因编辑小鼠模型 | 基因测序数据, 组织图像, 蛋白质印迹数据 | Fbn1G234D/G234D突变小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 373 | 2025-10-06 |
SM22α-Lineage Perivascular Stromal Cells Contribute to Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Jun-20, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325750
PMID:40371535
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研究论文 | 本研究揭示了SM22α谱系血管周围基质细胞通过PGC-1α/YAP信号通路调控腹主动脉瘤发展的机制 | 首次发现SM22α谱系血管周围基质细胞在腹主动脉瘤中的作用机制,并证实PGC-1α通过调控YAP信号通路影响细胞分化平衡 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究血管周围脂肪组织在腹主动脉瘤发病机制中的作用 | 年轻和老年小鼠的血管周围基质细胞、人类动脉瘤样本 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,功能获得和缺失实验,转录组分析 | NA | 基因表达数据,影像数据 | 年轻(2-3月)和老年(18-20月)小鼠,人类动脉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,放射组学分析 | NA | NA |
| 374 | 2025-10-06 |
Multidimensional bioinformatics analysis of chondrosarcoma subtypes and TGF-β signaling networks using big data approaches
2025-Jun-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02931-3
PMID:40526169
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和生物信息学方法分析软骨肉瘤的细胞亚型及TGF-β信号网络 | 首次在软骨肉瘤中应用单细胞RNA测序技术揭示细胞异质性,重建细胞间相互作用网络,并利用机器学习模型进行基因表达模式分类 | 未提及样本数量限制或技术验证的局限性 | 解析软骨肉瘤的分子机制并识别潜在治疗靶点 | 临床和实验软骨肉瘤样本 | 生物信息学 | 软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 机器学习模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 375 | 2025-10-06 |
Exploring genetic causal relationships between spinal cord injury and glioma: a Mendelian randomization study
2025-Jun-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02919-z
PMID:40526188
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研究论文 | 使用孟德尔随机化方法探索脊髓损伤与胶质瘤之间的遗传因果关系 | 首次采用孟德尔随机化方法系统研究脊髓损伤与胶质瘤之间的遗传因果关系,并结合多种数据分析方法进行验证 | 研究结果显示无显著因果关系,存在中度异质性,样本量有限 | 探究脊髓损伤与胶质瘤之间的潜在遗传因果关系 | 脊髓损伤和胶质瘤患者 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 孟德尔随机化,RNA测序,单细胞RNA测序,机器学习 | MR Egger回归,逆方差加权,加权模式 | 遗传数据,基因表达数据 | FinnGen R11发布数据集,TCGA和GEO数据库数据,GSE131928单细胞RNA测序数据 | NA | RNA-seq,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 376 | 2025-10-06 |
Roles of ACSL4/GPX4 and FSP1 in oxalate-induced acute kidney injury
2025-Jun-17, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02557-y
PMID:40527896
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了草酸盐诱导急性肾损伤中铁死亡的关键调控机制 | 首次在草酸盐诱导的急性肾损伤模型中证实ACSL4/GPX4和FSP1在肾小管细胞铁死亡中的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究铁死亡关键基因在草酸盐诱导急性肾损伤中的调控作用和机制 | 小鼠急性肾损伤模型和鼠肾小管上皮细胞系(MTECs) | 单细胞测序分析 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 377 | 2025-10-06 |
Pathway-based cancer transcriptome deciphers a high-resolution intrinsic heterogeneity within bladder cancer classification
2025-Jun-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06682-1
PMID:40528211
|
研究论文 | 本研究通过基于通路的癌症转录组分析,揭示了膀胱癌内在异质性并建立了新的分子分型系统 | 首次利用单细胞转录组数据识别纯肿瘤细胞,建立了不受肿瘤微环境干扰的膀胱癌内在分子分型系统 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证分型的临床适用性 | 探索膀胱癌内在基因表达谱对患者分类和预后的贡献程度及机制 | 膀胱癌患者样本 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法 | 多种机器学习算法 | 单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据 | GSE135337和TCGA膀胱癌数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 378 | 2025-10-06 |
Decoding hippocampal subfield and glial responses in ischemia using single-cell transcriptomics
2025-Jun-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06738-2
PMID:40528218
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组技术解析缺血条件下海马不同亚区和胶质细胞的分子响应特征 | 首次在单细胞水平揭示海马CA1和CA3-DG区域在缺血后胶质细胞和血管细胞的异质性响应,发现新的少突胶质细胞亚型及区域特异性周细胞变化 | 研究仅使用大鼠模型,样本量有限,且未验证功能机制 | 探究全脑缺血条件下海马不同亚区的细胞分子变化机制 | Sprague-Dawley大鼠海马CA1和CA3-DG区域细胞 | 单细胞组学 | 脑缺血 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 四血管阻塞模型大鼠与正常对照大鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 379 | 2025-10-06 |
Mechanical tension-induced Dalrd3 elevation enhances osteogenic differentiation of bone suture stem cells by upregulating Id3 translation
2025-Jun-17, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04380-9
PMID:40528244
|
研究论文 | 本研究揭示了机械张力通过上调Dalrd3表达增强骨缝干细胞成骨分化的分子机制 | 首次发现机械张力通过Dalrd3调控tRNA m3C修饰进而促进Id3翻译激活骨缝干细胞成骨分化 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究机械张力调控颅颌面骨缝重塑的分子机制 | 小鼠骨缝干细胞 | 单细胞生物学 | 颅面畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠快速上颌扩张模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 380 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal MAZ(+) NPC-like clusters as key role contributing to glioma recurrence and drug resistance
2025-Jun-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06706-w
PMID:40524155
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析揭示MAZ(+) NPC样细胞簇在胶质瘤复发和耐药中的关键作用 | 首次在单细胞和空间转录组水平系统揭示MAZ(+) NPC样细胞簇是胶质瘤替莫唑胺耐药的关键细胞群体,并阐明MAZ通过上调FOXM1增强干细胞特性和DNA修复能力的分子机制 | 研究样本量有限,需要更大规模队列验证;机制研究主要在细胞水平,缺乏动物模型验证 | 探究胶质瘤替莫唑胺耐药的细胞异质性机制和潜在治疗策略 | 胶质瘤患者肿瘤样本(替莫唑胺治疗前后) | 数字病理 | 胶质瘤 | 单细胞测序, 空间转录组, 批量RNA测序 | 细胞聚类分析, 转录因子活性分析, 药物敏感性分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据 | 替莫唑胺治疗前后的胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |