单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-06-22	The impact of de novo lipogenesis on predicting survival and clinical therapy: an exploration based on a multigene prognostic model in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06704-y PMID:40533802	研究论文	基于新生脂肪生成途径构建了一个六基因预后模型，用于预测肝细胞癌患者的生存和临床治疗效果	首次基于新生脂肪生成(DNL)途径构建了一个六基因预后模型，并揭示了其与免疫微环境及治疗反应的关联	样本量相对有限，需要更大规模的外部验证	探索新生脂肪生成在肝细胞癌预后预测和治疗反应中的作用	肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	LASSO-Cox回归分析、免疫组化、Western blotting、多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后风险模型	基因表达数据、临床数据	TCGA、GEO、ICGC-LIRI数据集和106例湘雅HCC队列
362	2025-06-22	Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data 2025-Jun-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98469 PMID:40511682	研究论文	介绍了一种名为SCellBOW的单细胞RNA测序分析框架，用于识别和可视化肿瘤中的细胞亚群，并评估其临床风险	SCellBOW是一种受自然语言处理领域文档嵌入技术启发的新型计算方法，能够有效识别和高质量可视化单细胞亚群，并评估其与疾病预后的关联	缺乏与肿瘤单细胞RNA测序研究相关的临床注释	开发一种能够识别肿瘤细胞亚群并评估其临床风险的计算方法	单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞亚群	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq	NLP-inspired embedding techniques	单细胞转录组数据	包括内部生成的人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞(PBMC)数据集在内的多个scRNA-seq数据集
363	2025-06-22	Human microglia in brain assembloids display region-specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids 2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657874 PMID:40501840	研究论文	本研究通过构建包含人类小胶质细胞的区域特异性脑类器官，揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的多样性及其对神经元活动的响应	首次在区域特异性脑类器官中整合人类小胶质细胞，发现六种具有区域特征的小胶质细胞亚型，并揭示了其在自闭症相关神经元过度活跃中的病理作用	研究主要基于体外类器官模型，可能与体内实际情况存在差异	探究人类大脑不同区域小胶质细胞的特性及其在神经环路中的作用	人类小胶质细胞和区域特异性脑类器官（皮质、纹状体和中脑）	神经科学	自闭症	单细胞RNA测序、化学遗传学、钙成像	脑类器官组装体模型	基因表达数据、钙信号数据	多种区域特异性脑类器官（具体数量未明确说明）
364	2025-06-22	Spatial Transcriptomics Reveals Cancer and Stromal Cell Heterogeneity Between Center and Invasive Front of Pancreatic Cancer 2025-Jun, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100726 PMID:39889965	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转录异质性	首次在PDAC中系统地比较了肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录组差异，揭示了空间异质性	样本量较小（仅4例PDAC进行空间转录组分析），且均为高分化PDAC，可能无法代表所有PDAC亚型	探究PDAC肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录组空间异质性	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤组织和其中的癌细胞及癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学（GeoMx系统），免疫组织化学	NA	转录组数据，图像数据	4例高分化PDAC进行空间转录组分析，17例不同分化程度的PDAC进行免疫组化验证
365	2025-06-22	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型	首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并建立了人类化的疾病模型	研究样本量较小（仅9名男性患者），且缺乏长期随访数据	探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制	VEXAS综合征患者和人类化的疾病模型	血液病学	VEXAS综合征	单细胞转录组学、碱基编辑	人类化疾病模型	基因表达数据、细胞表型数据	9名男性VEXAS综合征患者
366	2025-06-22	Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03625-7 PMID:40301560	研究论文	本研究通过分析多发性硬化症（MS）尸检队列，发现了一种与疾病快速进展相关的特定病变类型，即具有广泛髓样细胞边缘的病变	首次揭示了广泛髓样细胞边缘病变作为MS快速进展的生物标志物，并验证了其与疾病进展的关联	研究样本主要来自尸检队列，可能无法完全反映活体患者的疾病动态	探索多发性硬化症快速进展的潜在机制并寻找相关生物标志物	多发性硬化症患者尸检样本和独立PET研究队列	神经病理学	多发性硬化症	组织学分析、空间转录组学、18-kDa转运蛋白正电子发射断层扫描	NA	组织样本、影像数据	186例尸检样本和114例PET研究个体
367	2025-06-22	Narrowing Down Key Players in Autoimmunity via Single-Cell Multiomics 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451233 PMID:40534591	综述	本文综述了单细胞多组学技术在自身免疫性疾病研究中的应用及其对疾病机制的揭示	利用单细胞多组学技术识别疾病相关细胞状态和细胞通讯网络，包括与特定自身免疫易感基因位点相关的网络	未提及具体的技术瓶颈或研究限制	探讨自身免疫性疾病的分子机制和效应细胞	T细胞和B细胞及其抗原受体	生物医学	自身免疫性疾病	单细胞多组学技术	NA	单细胞数据	NA
368	2025-06-21	Novel Aortic Dissection Model Links Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration 2025-Jun-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326230 PMID:40365676	研究论文	通过创建一种新型的自发性主动脉夹层小鼠模型，研究内皮功能障碍和免疫浸润在主动脉夹层发病机制中的作用	首次将非综合征性家族性主动脉夹层患者的FBN1基因错义变异引入小鼠模型，揭示了内皮细胞和单核/巨噬细胞在主动脉夹层起始中的相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明主动脉夹层的分子机制	Fbn1G234D/G234D突变小鼠	心血管疾病研究	主动脉夹层	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、电子显微镜、同步辐射成像、Western blot分析	小鼠疾病模型	基因测序数据、图像数据、蛋白质印迹数据	Fbn1G234D/G234D突变小鼠群体（50%在5周龄内死亡）
369	2025-06-21	SM22α-Lineage Perivascular Stromal Cells Contribute to Abdominal Aortic Aneurysm 2025-Jun-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325750 PMID:40371535	研究论文	本文研究了SM22α谱系血管周围基质细胞在腹主动脉瘤中的作用及其机制	揭示了SM22α谱系血管周围基质细胞中PGC-1α缺乏通过调节YAP信号通路破坏脂肪生成和肌纤维生成平衡，从而促进腹主动脉瘤发展的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究血管周围脂肪组织在腹主动脉瘤发病中的作用机制	小鼠和人类血管周围基质细胞	血管生物学	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序，功能获得和缺失实验，放射组学分析	Ang II诱导和DOCA/盐诱导的小鼠AAA模型	基因表达数据，影像数据	年轻(2-3月龄)和老年(18-20月龄)小鼠，人类动脉瘤样本
370	2025-06-21	Multidimensional bioinformatics analysis of chondrosarcoma subtypes and TGF-β signaling networks using big data approaches 2025-Jun-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02931-3 PMID:40526169	研究论文	通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，研究软骨肉瘤的细胞亚型、信号网络和基因表达模式，以揭示潜在的治疗靶点	首次在软骨肉瘤中应用单细胞RNA测序技术，结合机器学习模型分析细胞亚型和信号网络	样本量相对较小，且仅针对软骨肉瘤进行研究，结果可能不适用于其他类型肿瘤	解析软骨肉瘤的分子机制并寻找新的治疗靶点	临床和实验性软骨肉瘤样本	数字病理学	软骨肉瘤	scRNA-seq, UMAP/t-SNE, GSEA	机器学习模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，包括临床和实验样本
371	2025-06-21	Exploring genetic causal relationships between spinal cord injury and glioma: a Mendelian randomization study 2025-Jun-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02919-z PMID:40526188	研究论文	本研究利用孟德尔随机化方法探索脊髓损伤与胶质瘤之间的遗传因果关系	首次应用多种孟德尔随机化统计方法结合RNA测序数据和机器学习风险分层分析这两种疾病的遗传关联	样本量有限且仅使用四个SNPs作为工具变量，可能影响统计效力	探究脊髓损伤与胶质瘤之间的潜在遗传因果关系	脊髓损伤患者与胶质瘤患者的遗传数据	遗传流行病学	胶质瘤/脊髓损伤	孟德尔随机化(MR)、RNA测序、单细胞RNA测序	MR Egger回归/逆方差加权(IVW)/加权模式	基因组数据/基因表达数据	FinnGen R11数据集和TCGA/GEO数据库样本（具体数量未明确说明）
372	2025-06-21	Roles of ACSL4/GPX4 and FSP1 in oxalate-induced acute kidney injury 2025-Jun-17, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02557-y PMID:40527896	研究论文	本研究探讨了ACSL4/GPX4和FSP1在草酸盐诱导的急性肾损伤（AKI）中的作用及其调控机制	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了草酸盐诱导的AKI小鼠模型中肾小管细胞的铁死亡现象，并明确了ACSL4和FSP1在其中的调控作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床样本中验证	探究草酸盐诱导的急性肾损伤中铁死亡的关键调控基因及其机制	草酸盐诱导的急性肾损伤小鼠模型和鼠肾小管上皮细胞系（MTECs）	生物医学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	NA
373	2025-06-21	Pathway-based cancer transcriptome deciphers a high-resolution intrinsic heterogeneity within bladder cancer classification 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06682-1 PMID:40528211	研究论文	本研究通过基于通路的癌症转录组分析，揭示了膀胱癌内在异质性，并识别出四种具有不同分子、功能和表型特征的内在亚型	首次在膀胱癌中识别出四种内在亚型，这些亚型与现有转录分类重叠有限，并展现出前所未有的预测和预后价值	研究主要基于转录组数据，可能忽略了其他层面的异质性（如表观遗传或蛋白质组）	探索癌症内在基因表达谱对膀胱癌分类和预后的贡献程度及机制	膀胱癌患者样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组测序	机器学习算法	转录组数据	GSE135337和TCGA BLCA数据集中的样本
374	2025-06-21	Decoding hippocampal subfield and glial responses in ischemia using single-cell transcriptomics 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06738-2 PMID:40528218	研究论文	通过单细胞转录组学解码缺血条件下海马亚区和胶质细胞的反应	揭示了全球脑缺血条件下海马CA1和CA3-DG亚区胶质细胞和血管细胞的分子特征和功能差异，发现了一种在缺血后海马中出现的独特少突胶质细胞亚型	研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠模型，结果可能不能完全反映人类中风的情况	了解缺血前后海马不同区域的细胞和分子变化，以深入理解中风病理和恢复机制	Sprague-Dawley大鼠的海马CA1和CA3-DG区域	神经科学	中风	单细胞RNA测序	四血管闭塞(4-VO)手术模型	RNA测序数据	Sprague-Dawley大鼠（具体数量未提及）
375	2025-06-21	Mechanical tension-induced Dalrd3 elevation enhances osteogenic differentiation of bone suture stem cells by upregulating Id3 translation 2025-Jun-17, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04380-9 PMID:40528244	研究论文	本研究探讨了机械张力通过上调Dalrd3表达及其相关的tRNA m3C修饰，增强骨缝干细胞（SuSCs）成骨分化的机制	揭示了机械张力激活的SuSCs中Dalrd3通过上调Id3翻译促进成骨分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床中进行验证	探究机械张力如何通过Dalrd3调控SuSCs的成骨分化	骨缝干细胞（SuSCs）	骨生物学	颅面畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠快速上颌扩张（RME）模型	RNA测序数据	NA
376	2025-06-21	Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal MAZ(+) NPC-like clusters as key role contributing to glioma recurrence and drug resistance 2025-Jun-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06706-w PMID:40524155	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示MAZ(+) NPC样簇在胶质瘤复发和耐药性中的关键作用	首次在单细胞和空间转录组水平上鉴定出MAZ(+) NPC样簇是胶质瘤耐药的关键因素，并提出了联合用药策略	研究样本量有限，且未进行体内实验验证	探索胶质瘤对替莫唑胺耐药的分子机制并寻找潜在治疗策略	胶质瘤细胞	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、空间转录组测序、批量RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
377	2025-06-21	The high efficacy of claudin18.2-targeted CAR-T cell therapy in advanced pancreatic cancer with an antibody-dependent safety strategy 2025-Jun-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.012 PMID:39797399	研究论文	本研究报道了使用表达tEGFR的claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗3例晚期胰腺癌患者的高效性及抗体依赖性安全策略	首次展示了claudin18.2靶向CAR-T细胞在胰腺癌中的强大抗肿瘤活性，并提出了使用抗体依赖性安全开关策略控制CAR-T细胞引起的脱靶毒性	研究样本量较小（仅3例患者），且观察到胃黏膜损伤等脱靶毒性	评估claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗晚期胰腺癌的疗效和安全性	晚期胰腺癌患者	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	CAR-T细胞疗法、单细胞转录组测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、测序数据	3例晚期胰腺癌患者
378	2025-06-21	The release of NETs during SFTSV infection downregulates the specific inflammatory factors that lead to liver and spleen damage 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf053 PMID:40275780	研究论文	本文研究了严重发热伴血小板减少综合征病毒感染过程中中性粒细胞胞外诱捕网的释放如何下调特定炎症因子，从而导致肝脏和脾脏损伤	揭示了严重发热伴血小板减少综合征病毒触发NETosis的机制，并发现中性粒细胞胞外诱捕网通过下调特定炎症因子阻碍免疫反应和器官修复过程	研究结果基于细胞和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨严重发热伴血小板减少综合征病毒感染导致组织损伤的分子机制	严重发热伴血小板减少综合征患者、细胞模型（Thp-1细胞）和动物模型	免疫学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞测序、转录组测序	NA	测序数据、组织样本	NA
379	2025-06-21	Single-Cell Analysis Reveals Fibroblast-Derived Migrasomes as CXCL12 Carriers Promoting Skin Wound Repair 2025-Jun, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70112 PMID:40527746	research paper	该研究揭示了成纤维细胞来源的迁移体作为CXCL12载体促进皮肤伤口修复的机制	首次报道迁移体在组织修复中的作用，并发现其通过传递CXCL12促进伤口愈合	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索迁移体在皮肤伤口修复中的作用及其机制	人类和大鼠皮肤、口腔黏膜的成纤维细胞、HaCaT细胞、角质形成细胞和内皮细胞	细胞生物学	皮肤创伤	超分辨率共聚焦显微镜、聚焦离子束扫描电子显微镜、多重免疫荧光染色、活细胞成像、单细胞测序	NA	图像、测序数据	人类和大鼠皮肤及口腔黏膜样本
380	2025-06-20	The bone marrow NK-cell profile predicts MRD negativity in patients with multiple myeloma treated with daratumumab-based therapy 2025-Jun-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026455 PMID:40019438	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、流式细胞术和功能实验，探讨了多发性骨髓瘤患者骨髓中NK细胞的特征及其与治疗效果的关系	揭示了骨髓中CD16+ NK细胞比例与达雷妥尤单抗治疗效果的相关性，为多发性骨髓瘤免疫治疗提供了新的生物标志物	研究样本来自特定临床试验(CASSIOPEIA)，结果可能不适用于其他治疗方案	探究骨髓NK细胞特征对多发性骨髓瘤免疫治疗效果的影响	多发性骨髓瘤患者	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学, 流式细胞术, 功能实验	NA	转录组数据, 流式细胞数据	CASSIOPEIA临床试验中的患者样本