单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-06-24	Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657944 PMID:40501930	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了母体暴露于环境相关Fox River多氯联苯混合物对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响	首次在单细胞分辨率下揭示了母体PCB暴露如何通过内质网应激介导的途径，特异性影响雌性后代肝脏中不同细胞类型的转录组重编程	研究仅关注了雌性后代且仅在出生后第28天进行观察，未探讨性别差异和更长期的影响	探究母体PCB暴露对后代肝脏发育的细胞特异性影响机制	围产期暴露于PCB的雌性小鼠的肝脏组织	毒理学	代谢紊乱	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	出生后第28天的雌性小鼠肝脏组织
342	2025-06-24	An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657738 PMID:40502179	research paper	该研究通过整合新的固定细胞数据集与已发表的活细胞数据，更新了Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞单细胞图谱，揭示了细胞类型和发育过程的新见解	发现了新的假定免疫细胞群体、先前未描述的神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群体、一个茎部特异性细胞类型，以及完整的刺细胞发育轨迹	之前的图谱在细胞数量和转录组深度上有限，且细胞类型分配主要基于推测	推进对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态的理解	Hydractinia symbiolongicarpus的喂养多足体和茎部组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过47,000个细胞
343	2025-06-24	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Jun, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，发现两种成纤维细胞亚群在纤维化过程中的不同作用	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定瘢痕疙瘩中POSTN阳性间充质成纤维细胞和IGFBP2阳性成纤维细胞的差异及其在纤维化中的相反作用	样本量较小（仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本），需要更大规模的研究验证	探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新型抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织	单细胞多组学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本
344	2025-06-24	The spatial and single-cell landscape of skin: Charting the multiscale regulation of skin immune function 2025-06, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2025.101958 PMID:40267702	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在揭示皮肤免疫系统多层次异质性中的应用	利用scRNA-seq和ST技术系统性地研究了皮肤免疫功能的分子和细胞特征，揭示了细胞类型在维持稳态和疾病中的相互作用	NA	探讨皮肤免疫系统的多层次异质性及其在疾病中的作用	皮肤免疫细胞及其空间组织	生物医学	皮肤疾病	scRNA-seq, ST	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
345	2025-06-24	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	该研究探讨了通过抑制基质机械感知来抑制心脏纤维化的新策略	发现SRC激酶作为成纤维细胞富集的机械传感器，可通过药物抑制模拟基质软化效果，并与TGFβ抑制协同抑制纤维化	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，人类临床应用的可行性尚需验证	探索治疗心血管纤维化的新方法	心脏成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型和工程化心脏组织	基因表达数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集
346	2025-06-24	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	研究低剂量白细胞介素-2（IL-2）在急性冠状动脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节性T细胞克隆扩增的机制	结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示IL-2在急性冠状动脉综合征患者中克隆扩增效应T细胞的作用，并发现BACH2作为T效应程序的抑制因子	研究未涉及IL-2治疗对其他免疫细胞类型的影响，且样本量有限	探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力	急性冠状动脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	转录组数据、T细胞受体序列	急性冠状动脉综合征患者样本
347	2025-06-24	scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656649 PMID:40501593	research paper	介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析	scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，支持本地运行或服务器部署，提供广泛的绘图定制选项，并能无缝处理多模式数据	虽然scExploreR为非程序员提供了分析单细胞数据的工具，但对于复杂的分析任务，编程经验可能仍是必要的	开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学和计算科学之间的沟通鸿沟	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	R Shiny	单细胞数据	NA
348	2025-06-24	NKG7 is a Stable Marker of Cytotoxicity Across Immune Contexts and Within the Tumor Microenvironment 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202551885 PMID:40538191	研究论文	该研究通过大规模单细胞RNA测序图谱，全面分析了免疫亚群和组织中的细胞毒性，发现NKG7是细胞毒性的稳定标记物	发现NKG7作为细胞毒性的新标记物，其表达与细胞毒性活动高度相关（r = 0.97），且比传统标记物如颗粒酶B和穿孔素更可靠	其他人类颗粒酶和细胞毒性成分的作用尚未充分探索	评估NKG7作为细胞毒性标记物的表达模式和功能	免疫亚群和组织中的细胞毒性	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大规模公开可用的单细胞RNA测序图谱
349	2025-06-23	TSC22 domain family member 3 links natural killer cells to CD8+ T cell-mediated drug hypersensitivity 2025-Jun-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02300-0 PMID:40544157	research paper	该研究探讨了TSC22D3在自然杀伤细胞（NK细胞）与CD8+ T细胞介导的药物过敏反应中的关键作用	揭示了TSC22D3通过调控NK细胞功能，影响CD8+ T细胞介导的免疫反应，为药物过敏反应提供了新的机制解释	研究主要基于DHS患者和小鼠模型，结果在其他类型的SCARs中的普适性尚待验证	探索药物过敏反应（特别是DHS）的免疫学机制	DHS患者、dapsone耐受个体及小鼠模型	免疫学	药物过敏反应	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	DHS患者与dapsone耐受个体的比较研究
350	2025-06-23	Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases 2025-Jun-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065 PMID:40516911	研究论文	本研究构建了一个跨物种整合模型，研究血管平滑肌细胞（VSMC）在动脉疾病中的表型转换，并验证了细胞骨架相关基因在维持VSMC收缩表型及防止病理重塑中的关键作用	首次揭示了细胞骨架相关基因（Fblim1、Tns1和Synpo2）作为VSMC表型转换的检查点，在动脉病理重塑中的关键作用	研究主要依赖于公共单细胞RNA-seq数据集和动物模型，尚未在人类临床样本中进行验证	探究VSMC表型转换的分子机制，为动脉疾病提供新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMC）	分子生物学	动脉疾病（包括动脉粥样硬化和主动脉瘤）	单细胞RNA-seq、siRNA介导的基因敲除、腺病毒介导的基因过表达	跨物种整合模型	RNA-seq数据	公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本和PDGF-BB处理的VSMCs
351	2025-06-23	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2025-Jun-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03648-w PMID:40533768	研究论文	介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，用于优化10× Visium数据的空间转录组学图像分析	Vispro通过包括基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和断开组织区域分割等模块，提高了图像质量，从而提升了下游分析的准确性和性能	NA	解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域而退化的问题	10× Visium数据的空间转录组学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
352	2025-06-23	A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica 2025-Jun-17, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05392-z PMID:40527908	研究论文	本文提供了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱，为深海管虫的单细胞分辨率分析提供了基础	首次对深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物进行单细胞转录组分析，揭示了六种细胞簇及其相关基因	研究仅针对一种深海管虫的羽状物，可能无法完全代表其他深海管虫或不同组织	研究深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组，以了解其代谢交换机制	深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞分析
353	2025-06-23	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，开发了一个基于深度学习的结直肠癌肝转移病理组学模型，用于预测结直肠癌患者的肝转移风险	识别了一种触发肝转移的恶性细胞类型（LMTMCs），并通过多组学细胞通讯分析揭示了成纤维细胞与LMTMCs之间的相互作用机制，开发了无需人工标注的弱监督学习模型	模型在外部验证集中的AUC值存在差异（0.72-0.89），可能需要进一步优化和验证	提高结直肠癌肝转移风险的早期识别和预测能力	结直肠癌患者和肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序	ResNet18	全切片图像、转录组数据	TCGA-CRC组织图像内部测试集和两个外部独立验证队列（西南医科大学附属医院和附属中医医院）
354	2025-06-23	BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.59 PMID:40530920	研究论文	研究探讨了BCAT1在糖尿病视网膜病变中如何重塑支链氨基酸代谢并通过表观遗传机制促进炎症	揭示了BCAT1在糖尿病视网膜病变中的新作用机制，包括其对支链氨基酸代谢的重塑和通过表观遗传学调控炎症基因的表达	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本的验证不足	探究支链氨基酸代谢重塑及其在糖尿病视网膜病变进展中的作用	糖尿病视网膜病变中的Müller细胞和小鼠模型	代谢组学与表观遗传学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、靶向代谢组学、染色质免疫沉淀(ChIP)、RNA测序、激酶筛选实验	NA	测序数据、代谢组数据、免疫荧光图像	糖尿病小鼠模型和高糖处理的Müller细胞
355	2025-06-23	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，揭示了水稻根部细胞如何适应不同的土壤条件	首次在单细胞分辨率下揭示了根部组织如何通过细胞间通讯和基因表达变化适应土壤压力	研究仅针对水稻，其他植物物种的适应性机制可能不同	探究根部组织在单细胞尺度上适应不同土壤条件的分子机制	水稻根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	不同生长条件(凝胶与土壤)下的水稻根部细胞
356	2025-06-23	Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08986-0 PMID:40399682	研究论文	本文通过多代单细胞追踪技术，研究了DNA复制和遗传性DNA损伤如何导致细胞异质性	结合内源性标记蛋白和定制计算工具，首次实现了多代细胞中DNA复制模式和遗传性DNA损伤的同时追踪	研究仅限于最多四代细胞的追踪，可能无法完全反映长期细胞演化过程	解析致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性	异步生长的细胞系	单细胞生物学	癌症	双CRISPR基因组编辑、单细胞转录组学、迭代染色	NA	单细胞追踪数据、转录组数据	多代细胞系（最多四代）
357	2025-06-22	Integrated spatial omics of metabolic reprogramming and the tumor microenvironment in pancreatic cancer 2025-Jun-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112681 PMID:40538442	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学，揭示了胰腺癌中代谢重编程与肿瘤微环境的空间共定位关系	首次在胰腺癌中实现了多组学空间整合分析，揭示了代谢异质性与细胞间相互作用的动态特征	样本量有限，未进行功能性验证实验	探究胰腺癌代谢重编程与肿瘤微环境的相互作用机制	胰腺癌肿瘤样本	空间多组学	胰腺癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)、空间转录组学、空间代谢组学成像	伪时间轨迹分析(pseudotime trajectory)、scMetabolism分析	单细胞基因表达数据、空间基因表达数据、代谢物成像数据	未明确说明具体样本数量（人类胰腺癌组织样本）
358	2025-06-22	Loss of BAP1 defines a unique subtype of TP53-mutated de novo AML and confers sensitivity to BCL-xL inhibitors 2025-Jun-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026417 PMID:40540751	研究论文	该研究确定了BAP1缺失在TP53突变型急性髓系白血病（AML）中的独特亚型，并揭示了其对BCL-xL抑制剂的敏感性	发现BAP1缺失与TP53突变共同存在于AML患者中，且与不良预后相关，揭示了BAP1在AML中的新作用机制及其对BCL-xL抑制剂的敏感性	研究样本量有限，且BAP1缺失在AML中的具体作用机制仍需进一步验证	探究TP53突变型AML中BAP1缺失的作用及其治疗潜力	TP53突变型AML患者及小鼠模型	肿瘤学	急性髓系白血病（AML）	RNA-seq, ChIP-seq	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	TP53突变型AML患者及Bap1KO小鼠
359	2025-06-22	A deep generative model for deciphering cellular dynamics and in silico drug discovery in complex diseases 2025-Jun-20, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-025-01423-7 PMID:40542107	研究论文	介绍了一种名为UNAGI的深度生成神经网络，用于分析时间序列单细胞转录组数据，以揭示疾病进展的复杂细胞动态并促进药物干预的计算机模拟	开发了UNAGI这一深度生成模型，能够捕捉疾病进展中的复杂细胞动态，增强药物扰动建模和筛选能力	虽然展示了在特发性肺纤维化和COVID等疾病中的应用，但未提及对其他类型疾病的适用性验证	开发计算工具以详细分析疾病进展并进行靶向计算机模拟药物干预	特发性肺纤维化患者和COVID患者的单细胞转录组数据	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞转录组学	深度生成神经网络	时间序列单细胞转录组数据	NA
360	2025-06-22	Comparison of spatial transcriptomics technologies using tumor cryosections 2025-Jun-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03624-4 PMID:40542418	研究论文	比较四种基于成像的空间转录组学技术和一种基于测序的方法在肿瘤冷冻切片上的应用	首次系统比较不同空间转录组学技术在特定肿瘤类型（MBEN）中的应用，并提出改进细胞分割和整合多组学数据的策略	研究仅针对一种特定肿瘤类型（MBEN），结果可能不适用于其他肿瘤类型	评估不同空间转录组学技术的性能并指导方法选择	髓母细胞瘤广泛结节型（MBEN）的冷冻切片	空间转录组学	髓母细胞瘤	RNAscope HiPlex, Molecular Cartography, Merscope, Xenium, Visium	NA	空间转录组数据	MBEN肿瘤冷冻切片（具体数量未明确说明）