单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 909 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-06-24 |
Single-Cell Transcriptome Patterns of Transposable Elements in Alzheimer's Disease
2025-Jun-19, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05140-9
PMID:40537665
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研究论文 | 本研究通过单细胞核RNA测序技术分析了阿尔茨海默病患者前额叶皮层样本中可转座元件的转录模式 | 首次报道了阿尔茨海默病不同脑细胞类型中可转座元件转录的特异性模式 | 研究仅基于前额叶皮层样本，未涵盖其他脑区 | 探究可转座元件转录在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 阿尔茨海默病患者前额叶皮层细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞核RNA测序(sc/snRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 143,951个细胞 |
| 342 | 2025-06-24 |
Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses
2025-Jun-19, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-025-01916-5
PMID:40537735
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研究论文 | 探讨防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症中的作用，通过基因表达和单细胞RNA测序分析揭示其与疾病发病机制的关系 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析非梗阻性无精子症中免疫相关基因的表达模式，并发现多个关键基因的异常表达 | 研究主要基于基因表达数据，缺乏功能实验验证这些基因在疾病中的具体作用机制 | 研究非梗阻性无精子症的发病机制，特别是免疫失调在其中的作用 | 非梗阻性无精子症患者 | 生殖医学 | 男性不育症 | 基因表达分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个数据集的分析，具体样本数量未明确说明 |
| 343 | 2025-06-24 |
Sequence Diversity and Encoded Enzymatic Differences of Monocistronic L1 ORF2 mRNA Variants in the Aged Normal and Alzheimer's Disease Brain
2025-Jun-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025
PMID:40368603
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research paper | 该研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31例阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑皮层样本中的内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性 | 研究发现大脑中存在大量单顺反子ORF2 mRNA序列变异，其编码的RT和EN活性范围广泛，支持了这些变异在人类大脑中的内源性功能能力 | 研究样本量相对较小（31例），且主要关注大脑皮层，可能无法全面反映其他脑区的状况 | 探究正常衰老和阿尔茨海默病大脑中单顺反子L1 ORF2 mRNA变异的序列多样性及其编码的酶活性差异 | 31例阿尔茨海默病和非疾病人类大脑皮层样本 | 分子生物学 | 阿尔茨海默病 | PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学、酶功能测定 | NA | RNA序列数据、酶活性数据 | 31例人类大脑样本（包括AD和ND） |
| 344 | 2025-06-24 |
In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate
2025-Jun-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96152
PMID:40531183
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研究论文 | 研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 揭示了特定气味体验能选择性‘放大’特定嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能 | 研究仅在小鼠中进行，未涉及其他哺乳动物 | 探究嗅觉刺激如何及为何加速某些嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率 | 小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs） | 神经科学 | NA | scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期测定 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 |
| 345 | 2025-06-24 |
Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657944
PMID:40501930
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了母体暴露于环境相关Fox River多氯联苯混合物对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示了母体PCB暴露如何通过内质网应激介导的途径，特异性影响雌性后代肝脏中不同细胞类型的转录组重编程 | 研究仅关注了雌性后代且仅在出生后第28天进行观察，未探讨性别差异和更长期的影响 | 探究母体PCB暴露对后代肝脏发育的细胞特异性影响机制 | 围产期暴露于PCB的雌性小鼠的肝脏组织 | 毒理学 | 代谢紊乱 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | 出生后第28天的雌性小鼠肝脏组织 |
| 346 | 2025-06-24 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657738
PMID:40502179
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research paper | 该研究通过整合新的固定细胞数据集与已发表的活细胞数据，更新了Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞单细胞图谱，揭示了细胞类型和发育过程的新见解 | 发现了新的假定免疫细胞群体、先前未描述的神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群体、一个茎部特异性细胞类型，以及完整的刺细胞发育轨迹 | 之前的图谱在细胞数量和转录组深度上有限，且细胞类型分配主要基于推测 | 推进对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态的理解 | Hydractinia symbiolongicarpus的喂养多足体和茎部组织 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过47,000个细胞 |
| 347 | 2025-06-24 |
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.656433
PMID:40502191
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research paper | 利用基于成像的空间转录组学分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱 | 首次创建了人类婴儿肺发育和损伤的空间转录组图谱，揭示了组织结构和分子空间关系在发育过程中的协调及疾病中的破坏 | 样本量相对有限（17例），且主要关注急性新生儿肺损伤 | 阐明肺器官发育过程中细胞转变的时序和调控机制 | 17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织 | 空间转录组学 | 新生儿肺损伤 | 成像基空间转录组学 | 计算聚类方法 | 空间转录组数据 | 17例人类婴儿肺组织，约120万个细胞 |
| 348 | 2025-06-24 |
New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics
2025-Jun, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13818
PMID:39902627
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，发现两种成纤维细胞亚群在纤维化过程中的不同作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术鉴定瘢痕疙瘩中POSTN阳性间充质成纤维细胞和IGFBP2阳性成纤维细胞的差异及其在纤维化中的相反作用 | 样本量较小（仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本），需要更大规模的研究验证 | 探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新型抗纤维化治疗策略 | 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 | 单细胞多组学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本 |
| 349 | 2025-06-24 |
The spatial and single-cell landscape of skin: Charting the multiscale regulation of skin immune function
2025-06, Seminars in immunology
IF:7.4Q1
DOI:10.1016/j.smim.2025.101958
PMID:40267702
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在揭示皮肤免疫系统多层次异质性中的应用 | 利用scRNA-seq和ST技术系统性地研究了皮肤免疫功能的分子和细胞特征，揭示了细胞类型在维持稳态和疾病中的相互作用 | NA | 探讨皮肤免疫系统的多层次异质性及其在疾病中的作用 | 皮肤免疫细胞及其空间组织 | 生物医学 | 皮肤疾病 | scRNA-seq, ST | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA |
| 350 | 2025-06-24 |
Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08945-9
PMID:40307543
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研究论文 | 该研究探讨了通过抑制基质机械感知来抑制心脏纤维化的新策略 | 发现SRC激酶作为成纤维细胞富集的机械传感器，可通过药物抑制模拟基质软化效果，并与TGFβ抑制协同抑制纤维化 | 研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，人类临床应用的可行性尚需验证 | 探索治疗心血管纤维化的新方法 | 心脏成纤维细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | 小鼠模型和工程化心脏组织 | 基因表达数据 | 公共人类和小鼠单细胞测序数据集 |
| 351 | 2025-06-24 |
Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome
2025-Jun, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00652-y
PMID:40461772
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研究论文 | 研究低剂量白细胞介素-2（IL-2）在急性冠状动脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节性T细胞克隆扩增的机制 | 结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示IL-2在急性冠状动脉综合征患者中克隆扩增效应T细胞的作用，并发现BACH2作为T效应程序的抑制因子 | 研究未涉及IL-2治疗对其他免疫细胞类型的影响，且样本量有限 | 探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力 | 急性冠状动脉综合征患者的T细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、T细胞受体分析 | NA | 转录组数据、T细胞受体序列 | 急性冠状动脉综合征患者样本 |
| 352 | 2025-06-24 |
scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656649
PMID:40501593
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research paper | 介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析 | scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，支持本地运行或服务器部署，提供广泛的绘图定制选项，并能无缝处理多模式数据 | 虽然scExploreR为非程序员提供了分析单细胞数据的工具，但对于复杂的分析任务，编程经验可能仍是必要的 | 开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学和计算科学之间的沟通鸿沟 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | R Shiny | 单细胞数据 | NA |
| 353 | 2025-06-24 |
Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656486
PMID:40501968
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研究论文 | 介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | Chevreul区别于其他scRNA-seq分析包的特点在于其易用性、分析全长RNA测序数据的能力以及对批次校正的支持 | 现有分析工具未提供专门的异构体水平分析或可变剪接检测工具 | 开发一个便于研究人员无需编程经验即可分析全长scRNA-seq数据的工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 354 | 2025-06-24 |
NKG7 is a Stable Marker of Cytotoxicity Across Immune Contexts and Within the Tumor Microenvironment
2025-Jun, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202551885
PMID:40538191
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研究论文 | 该研究通过大规模单细胞RNA测序图谱，全面分析了免疫亚群和组织中的细胞毒性，发现NKG7是细胞毒性的稳定标记物 | 发现NKG7作为细胞毒性的新标记物，其表达与细胞毒性活动高度相关（r = 0.97），且比传统标记物如颗粒酶B和穿孔素更可靠 | 其他人类颗粒酶和细胞毒性成分的作用尚未充分探索 | 评估NKG7作为细胞毒性标记物的表达模式和功能 | 免疫亚群和组织中的细胞毒性 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 大规模公开可用的单细胞RNA测序图谱 |
| 355 | 2025-06-23 |
TSC22 domain family member 3 links natural killer cells to CD8+ T cell-mediated drug hypersensitivity
2025-Jun-21, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02300-0
PMID:40544157
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research paper | 该研究探讨了TSC22D3在自然杀伤细胞（NK细胞）与CD8+ T细胞介导的药物过敏反应中的关键作用 | 揭示了TSC22D3通过调控NK细胞功能，影响CD8+ T细胞介导的免疫反应，为药物过敏反应提供了新的机制解释 | 研究主要基于DHS患者和小鼠模型，结果在其他类型的SCARs中的普适性尚待验证 | 探索药物过敏反应（特别是DHS）的免疫学机制 | DHS患者、dapsone耐受个体及小鼠模型 | 免疫学 | 药物过敏反应 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | DHS患者与dapsone耐受个体的比较研究 |
| 356 | 2025-06-23 |
Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases
2025-Jun-20, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065
PMID:40516911
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研究论文 | 本研究构建了一个跨物种整合模型，研究血管平滑肌细胞（VSMC）在动脉疾病中的表型转换，并验证了细胞骨架相关基因在维持VSMC收缩表型及防止病理重塑中的关键作用 | 首次揭示了细胞骨架相关基因（Fblim1、Tns1和Synpo2）作为VSMC表型转换的检查点，在动脉病理重塑中的关键作用 | 研究主要依赖于公共单细胞RNA-seq数据集和动物模型，尚未在人类临床样本中进行验证 | 探究VSMC表型转换的分子机制，为动脉疾病提供新的治疗策略 | 血管平滑肌细胞（VSMC） | 分子生物学 | 动脉疾病（包括动脉粥样硬化和主动脉瘤） | 单细胞RNA-seq、siRNA介导的基因敲除、腺病毒介导的基因过表达 | 跨物种整合模型 | RNA-seq数据 | 公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本和PDGF-BB处理的VSMCs |
| 357 | 2025-06-23 |
Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics
2025-Jun-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03648-w
PMID:40533768
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研究论文 | 介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，用于优化10× Visium数据的空间转录组学图像分析 | Vispro通过包括基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和断开组织区域分割等模块，提高了图像质量，从而提升了下游分析的准确性和性能 | NA | 解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域而退化的问题 | 10× Visium数据的空间转录组学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 358 | 2025-06-23 |
A single-cell transposable element atlas of human cell identity
2025-Jun-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101086
PMID:40543500
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研究论文 | 开发了一种名为Stellarscope的计算工具，用于单细胞转座因子（TE）位点水平的分析，并构建了人类PBMCs中TE表达的图谱 | 首次在单细胞水平上量化了位点特异性TE表达，并揭示了TE表达在细胞类型和亚群中的新作用 | TE的重复序列内容和注释不完善可能影响分析的准确性 | 研究转座因子在人类生物学中的影响 | 人类PBMCs（外周血单个核细胞） | 生物信息学 | NA | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | 期望最大化算法 | RNA测序数据 | NA |
| 359 | 2025-06-23 |
A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica
2025-Jun-17, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05392-z
PMID:40527908
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研究论文 | 本文提供了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱，为深海管虫的单细胞分辨率分析提供了基础 | 首次对深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物进行单细胞转录组分析，揭示了六种细胞簇及其相关基因 | 研究仅针对一种深海管虫的羽状物，可能无法完全代表其他深海管虫或不同组织 | 研究深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组，以了解其代谢交换机制 | 深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量，但研究涉及Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞分析 |
| 360 | 2025-06-23 |
Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma
2025-Jun-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200
PMID:40543508
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研究论文 | 该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱，揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLSs）的特征，并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉（IFN-HEVs），这些结构与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的产生相关 | 发现了IFN-HEVs与CXCL9分泌的关联，并开发了一个预测免疫检查点阻断（ICB）治疗效果的评分系统CTRscore | 研究主要聚焦于鼻咽癌，未涉及其他癌症类型 | 探索肿瘤三级淋巴结构的形成机制及其在免疫治疗中的作用 | 鼻咽癌患者的三级淋巴结构和干扰素反应性高内皮小静脉 | 肿瘤免疫学 | 鼻咽癌 | 空间转录组学、泛癌单细胞图谱分析 | NA | 转录组数据、单细胞数据 | 三个独立的鼻咽癌队列 |