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当前共找到 727 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-10-06 |
Bi-level identification of governing equations for nonlinear physical systems
2025-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00804-x
PMID:40346196
|
研究论文 | 提出一种双层级方程识别框架，用于从观测数据中发现和验证非线性物理系统的控制方程 | 利用强化学习的策略梯度算法实现双层级优化，同时进行方程发现和验证 | NA | 从观测数据中识别非线性物理系统的控制方程 | 非线性物理系统，包括湍流、三体系统以及单细胞测序数据中的RNA和蛋白质速度方程 | 机器学习 | NA | 强化学习，策略梯度算法 | 双层级优化框架 | 观测数据，单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 342 | 2025-10-06 |
Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks
2025-Jun, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00809-6
PMID:40425827
|
研究论文 | 开发了一种基于空间转录组学的细胞间通讯推断工具STCase，能够识别细胞类型特异性生态位和生态位特异性细胞通讯事件 | 首次提出使用可解释的多视图图神经网络通过细胞通讯感知注意力机制，在单细胞/点位水平推断细胞间通讯，考虑生态位异质性 | 未明确说明方法在非空间转录组数据上的适用性，验证主要基于有限的组织类型 | 开发能够考虑生态位异质性的细胞间通讯推断方法 | 人类支气管腺体和口腔鳞状细胞癌组织 | 空间转录组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 多视图图神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 343 | 2025-10-06 |
Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169
PMID:40505018
|
研究论文 | 提出一种名为WISpR的机器学习算法，用于空间转录组学数据中细胞类型的稀疏反卷积 | 引入权重诱导稀疏回归算法，整合位点特异性超参数和稀疏驱动建模，在非匹配数据集中仍能保持生物学一致性 | 未明确说明算法计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性 | 开发能够准确预测空间转录组学中细胞类型分布的新方法 | 空间转录组学数据中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 权重诱导稀疏回归(WISpR) | 空间转录组学数据，单细胞参考数据 | 十个数据集 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 344 | 2025-10-06 |
Single cell sequencing and spatial multiomics of diabetic kidney segmentation insights zonation-specific therapeutic metabolic pathways
2025-Jun, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2025.100252
PMID:40547113
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研究论文 | 通过整合空间多组学和单细胞转录组学技术，揭示了糖尿病肾病肾脏区域特异性代谢失调的分子机制 | 首次建立了糖尿病肾病的空间分辨代谢图谱，将分子分区与肾脏组织解剖定位联系起来，识别了GPX3作为成纤维细胞富集的生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明糖尿病肾病中空间代谢异质性及其在疾病进展中的作用机制 | 糖尿病肾病小鼠模型和人类患者样本 | 空间多组学 | 糖尿病肾病 | 空间多组学, 单细胞转录组学, 空间代谢组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间多组学数据, 单细胞转录组数据 | 糖尿病小鼠模型和人类DN患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 345 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides
2025-Jun-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495
PMID:40163757
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析蕈样肉芽肿进展过程中的基因特征和肿瘤微环境变化 | 首次使用空间转录组学技术结合形态学标记分析MF进展过程中的转录组表达变化和肿瘤微环境动态 | 样本量有限，需要更大规模研究验证发现 | 识别早期蕈样肉芽肿患者进展至晚期的生物标志物和机制 | 蕈样肉芽肿患者组织样本 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 空间转录组学，免疫组织化学染色 | NA | 空间转录组数据，免疫组织化学图像 | 未明确具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | 使用CD3、CD4和CD30形态学标记进行空间分辨转录组分析 |
| 346 | 2025-10-06 |
Comprehensive single-cell chromatin and transcriptomic profiling of peripheral immune cells in nonsegmental vitiligo
2025-Jun-20, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf041
PMID:39888372
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研究论文 | 通过单细胞多组学方法研究非节段型白癜风患者外周免疫细胞的转录组和染色质可及性特征 | 首个对非节段型白癜风患者外周血单核细胞进行的单细胞多组学研究，整合了转录组和染色质可及性数据 | 样本量相对有限（初始队列NSV患者11例，健康对照5例） | 探究非节段型白癜风的系统性免疫失调机制 | 非节段型白癜风患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 白癜风 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 初始队列：NSV患者11例，健康对照5例；扩展队列：NSV患者16例，健康对照9例；共分析59,192个PBMCs | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 347 | 2025-10-06 |
Colorectal cancer cell line-derived organoid model with stem cell properties captures the regrowing state of residual cancer cells after neoadjuvant chemotherapy
2025-Jun-20, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02567-w
PMID:40537472
|
研究论文 | 本研究建立了结直肠癌细胞系来源的类器官再生模型，用于研究新辅助化疗后残留癌细胞的再生状态 | 首次利用具有癌症干细胞特性的患者来源细胞系建立结直肠癌类器官再生模型，并发现RNA聚合酶I抑制剂BMH-21能显著抑制肿瘤生长 | 研究仅基于单一患者来源的细胞系，需要更多样本验证结果的普适性 | 研究结直肠癌新辅助化疗后残留癌细胞的再生机制并寻找治疗靶点 | 结直肠癌细胞系来源的类器官模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 单一患者来源的细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 348 | 2025-10-06 |
Gap junction protein beta 5 interacts with Gαi3 to promote Akt activation and cervical cancer cell growth
2025-Jun-19, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07768-w
PMID:40537499
|
研究论文 | 本研究探讨了间隙连接蛋白β5在宫颈癌中的表达、功能及其通过Gαi3促进Akt信号通路激活的机制 | 首次发现GJB5与Gαi3相互作用并通过该机制激活Akt-mTOR信号通路促进宫颈癌进展 | NA | 探索GJB5在宫颈癌中的致癌作用及其分子机制 | 宫颈癌细胞系和异种移植模型 | 癌症生物学 | 宫颈癌 | shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA数据库宫颈癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 349 | 2025-10-06 |
scExtract: leveraging large language models for fully automated single-cell RNA-seq data annotation and prior-informed multi-dataset integration
2025-Jun-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03639-x
PMID:40537825
|
研究论文 | 开发了一个利用大语言模型自动化单细胞RNA测序数据分析的框架scExtract | 首次将大语言模型应用于单细胞RNA测序数据的全自动注释和先验信息引导的多数据集整合 | NA | 解决公共单细胞RNA测序数据集分析中的注释和整合挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 文本, 基因表达数据 | 44万个细胞，来自14个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 350 | 2025-10-06 |
Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics
2025-Jun-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03648-w
PMID:40533768
|
研究论文 | 开发用于Visium空间转录组学的端到端自动化图像处理工具Vispro，提升成像分析质量 | 首个专门针对10x Visium数据优化的端到端图像处理工具，包含基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和分离组织区域分割模块 | NA | 解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域干扰而质量下降的问题 | Visium空间转录组学数据中的组织学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 351 | 2025-10-06 |
Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury
2025-Jun-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503
PMID:40345206
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现急性肝损伤中同时出现两种不同的再生细胞群 | 首次揭示在相同再生过程中同时存在两种形态、分化、定位、增殖率和信号响应显著不同的再生细胞群，其中一种通过与坏死组织接触诱导产生 | 研究基于公开数据且仅使用对乙酰氨基酚处理的小鼠模型，可能无法完全代表所有类型的急性肝损伤 | 探究急性肝损伤中肝脏再生的细胞机制 | 对乙酰氨基酚诱导急性肝损伤的小鼠肝脏细胞 | 单细胞生物学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公开数据集中的对乙酰氨基酚处理小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 352 | 2025-10-06 |
Stem cell fate decisions: Substates and attractors
2025-Jun-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102532
PMID:40499510
|
综述 | 本文回顾了人类多能干细胞在基因表达异质性方面的研究，重点探讨其占据不同亚状态的能力及其对分化结果的影响 | 提出了一种建模荧光标记分布时间序列的新方法，表明亚状态间的转换可能受确定性混沌和基因表达随机波动的共同调控 | NA | 探索干细胞命运决定的动态机制和亚状态转换规律 | 人类多能干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、荧光标记动态分析 | NA | 基因表达数据、荧光标记分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 353 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics Reveals Cancer and Stromal Cell Heterogeneity Between Center and Invasive Front of Pancreatic Cancer
2025-Jun, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100726
PMID:39889965
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示胰腺癌肿瘤中心与侵袭前沿的癌细胞和癌症相关成纤维细胞的转录异质性 | 首次在空间维度上系统比较胰腺癌肿瘤中心与侵袭前沿的癌细胞和CAFs转录组差异，发现侵袭前沿细胞具有更强的应激反应、增殖、糖酵解和上皮间质转化活性 | 仅分析了4例高分化胰腺癌样本，样本量较小；仅包含常规形态学病例 | 探究胰腺导管腺癌肿瘤内部空间异质性 | 人类胰腺导管腺癌组织样本 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 数字空间分析，全转录组测序，免疫组织化学验证 | NA | 空间转录组数据，免疫组织化学图像 | 4例用于空间转录组分析的高分化PDAC，17例用于免疫组化验证的不同分化程度PDAC | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx系统 | GeoMx数字空间分析系统，全转录组检测 |
| 354 | 2025-10-06 |
New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics
2025-Jun, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13818
PMID:39902627
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，识别关键成纤维细胞亚群及其在纤维化中的作用 | 首次在瘢痕疙瘩中识别POSTN阳性间充质成纤维细胞和IGFBP2阳性成纤维细胞两个关键亚群，揭示它们在纤维化中的相反作用 | 样本量较小（仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本），需要更大规模研究验证 | 探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新的抗纤维化治疗策略 | 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 3个瘢痕疙瘩组织, 3个正常皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 355 | 2025-10-06 |
GeneDX-PBMC: An adversarial autoencoder framework for unlocking Alzheimer's disease biomarkers using blood single-cell RNA sequencing data
2025-Jun, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110283
PMID:40311462
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研究论文 | 本研究开发了一个结合自编码器和分类器的深度学习框架，通过血液单细胞RNA测序数据识别阿尔茨海默病的生物标志物 | 采用对抗自编码器框架整合差异表达基因和传统方法常忽略的细微遗传变异，首次在PBMC单细胞水平系统分析AD相关基因 | 单核细胞数据存在限制需依赖随机森林分类器处理，样本来源仅限于外周血单核细胞 | 识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点 | 阿尔茨海默病患者和认知正常对照者的外周血单核细胞 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 对抗自编码器, 随机森林 | 基因表达数据 | AD患者和正常对照的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 356 | 2025-10-06 |
Deciphering the Regulatory Networks of the Migrasome-Associated Cell Subpopulation in Heterotopic Ossification via Multi-Omics Analysis
2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500965R
PMID:40540299
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研究论文 | 通过多组学分析揭示异位骨化中迁移体相关细胞亚群的调控网络 | 首次识别出间充质谱系细胞作为关键的迁移体相关细胞亚型，并确定Ppib和Tagln为关键分子，构建了其调控网络和空间分布模式 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证可能有限 | 阐明异位骨化的关键生物分子网络和调控机制 | 异位骨化组织样本 | 生物信息学 | 异位骨化 | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序, 空间转录组测序, 多组学分析 | 高维加权基因共表达网络分析, 机器学习 | 转录组数据, 空间转录组数据 | 来自GEO数据库的多个数据集和临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 357 | 2025-10-06 |
Integrating Single-Cell and Experimental Analyses Uncover Macrophage Ferroptosis Is a Key Event in the Development of Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501120R
PMID:40542598
|
研究论文 | 通过整合单细胞测序和实验分析，揭示巨噬细胞铁死亡是慢性阻塞性肺疾病发展的关键事件 | 首次结合单细胞测序和实验验证，系统阐明香烟烟雾通过诱导巨噬细胞铁死亡促进COPD发展的机制 | 研究主要基于公共数据库和小鼠模型，需要进一步人类样本验证 | 探究香烟烟雾诱导的巨噬细胞铁死亡在COPD发病机制中的作用 | COPD患者肺组织、RAW264.7细胞系、BMDM细胞、COPD小鼠模型 | 单细胞生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 免疫组化, qRT-PCR, western blotting | NA | 单细胞测序数据, 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 公共数据库GSE171541和GSE173896的单细胞数据，体外和体内细胞系实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 358 | 2025-10-06 |
Quantitative measurement of phenotype dynamics during cancer drug resistance evolution using genetic barcoding
2025-Jun-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59479-7
PMID:40541962
|
研究论文 | 提出一种通过遗传谱系追踪和种群规模数据推断癌症耐药性动态的数学框架 | 无需直接测量耐药表型即可推断耐药性动态的数学框架 | 未直接测量耐药表型，依赖推断方法 | 理解癌症耐药性进化机制 | 结直肠癌细胞系SW620和HCT116 | 计算生物学 | 结直肠癌 | 遗传条形码技术、单细胞RNA测序、单细胞DNA测序 | 数学框架 | 遗传谱系追踪数据、种群规模数据 | 两种结直肠癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞DNA测序 | NA | NA |
| 359 | 2025-10-06 |
ISCU-p53 axis orchestrates macrophage polarization to dictate immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Jun-20, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07787-7
PMID:40541964
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示食管鳞状细胞癌中ISCU-p53轴通过调控巨噬细胞极化影响免疫治疗反应的机制 | 首次发现ISCU通过胞质滞留p53促进M2巨噬细胞极化的新机制，并证明靶向ISCU可增强抗PD-1抗体疗效 | NA | 探索食管鳞状细胞癌免疫治疗反应差异的分子机制 | 食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境细胞 | 单细胞生物学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 接受PD-1抑制剂治疗的部分缓解、疾病稳定患者及未接受术前治疗的手术患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 360 | 2025-10-06 |
The critical role of PDGFRa + Sca1 + fibroblasts in angiogenesis and vascular repair in the corpus cavernosum
2025-Jun-20, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04434-y
PMID:40542354
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了阴茎海绵体中PDGFRa+Sca1+成纤维细胞在血管生成和修复中的关键作用 | 首次发现并鉴定了一个独特的PDGFRa+Sca1+成纤维细胞亚群，该亚群具有分化为内皮细胞和平滑肌细胞的潜力，并参与血管修复过程 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类样本中得到验证 | 探究成纤维细胞在勃起功能障碍发病机制中的作用 | 糖尿病性ED和海绵体神经损伤性ED动物模型中的阴茎海绵体组织 | 单细胞生物学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | ED动物模型组织 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |