单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-06-24	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	研究低剂量白细胞介素-2（IL-2）在急性冠状动脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节性T细胞克隆扩增的机制	结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示IL-2在急性冠状动脉综合征患者中克隆扩增效应T细胞的作用，并发现BACH2作为T效应程序的抑制因子	研究未涉及IL-2治疗对其他免疫细胞类型的影响，且样本量有限	探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力	急性冠状动脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	转录组数据、T细胞受体序列	急性冠状动脉综合征患者样本
322	2025-06-24	scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656649 PMID:40501593	research paper	介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析	scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，支持本地运行或服务器部署，提供广泛的绘图定制选项，并能无缝处理多模式数据	虽然scExploreR为非程序员提供了分析单细胞数据的工具，但对于复杂的分析任务，编程经验可能仍是必要的	开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学和计算科学之间的沟通鸿沟	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	R Shiny	单细胞数据	NA
323	2025-06-24	Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656486 PMID:40501968	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul区别于其他scRNA-seq分析包的特点在于其易用性、分析全长RNA测序数据的能力以及对批次校正的支持	现有分析工具未提供专门的异构体水平分析或可变剪接检测工具	开发一个便于研究人员无需编程经验即可分析全长scRNA-seq数据的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
324	2025-06-24	NKG7 is a Stable Marker of Cytotoxicity Across Immune Contexts and Within the Tumor Microenvironment 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202551885 PMID:40538191	研究论文	该研究通过大规模单细胞RNA测序图谱，全面分析了免疫亚群和组织中的细胞毒性，发现NKG7是细胞毒性的稳定标记物	发现NKG7作为细胞毒性的新标记物，其表达与细胞毒性活动高度相关（r = 0.97），且比传统标记物如颗粒酶B和穿孔素更可靠	其他人类颗粒酶和细胞毒性成分的作用尚未充分探索	评估NKG7作为细胞毒性标记物的表达模式和功能	免疫亚群和组织中的细胞毒性	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大规模公开可用的单细胞RNA测序图谱
325	2025-06-23	TSC22 domain family member 3 links natural killer cells to CD8+ T cell-mediated drug hypersensitivity 2025-Jun-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02300-0 PMID:40544157	research paper	该研究探讨了TSC22D3在自然杀伤细胞（NK细胞）与CD8+ T细胞介导的药物过敏反应中的关键作用	揭示了TSC22D3通过调控NK细胞功能，影响CD8+ T细胞介导的免疫反应，为药物过敏反应提供了新的机制解释	研究主要基于DHS患者和小鼠模型，结果在其他类型的SCARs中的普适性尚待验证	探索药物过敏反应（特别是DHS）的免疫学机制	DHS患者、dapsone耐受个体及小鼠模型	免疫学	药物过敏反应	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	DHS患者与dapsone耐受个体的比较研究
326	2025-06-23	Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases 2025-Jun-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065 PMID:40516911	研究论文	本研究构建了一个跨物种整合模型，研究血管平滑肌细胞（VSMC）在动脉疾病中的表型转换，并验证了细胞骨架相关基因在维持VSMC收缩表型及防止病理重塑中的关键作用	首次揭示了细胞骨架相关基因（Fblim1、Tns1和Synpo2）作为VSMC表型转换的检查点，在动脉病理重塑中的关键作用	研究主要依赖于公共单细胞RNA-seq数据集和动物模型，尚未在人类临床样本中进行验证	探究VSMC表型转换的分子机制，为动脉疾病提供新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMC）	分子生物学	动脉疾病（包括动脉粥样硬化和主动脉瘤）	单细胞RNA-seq、siRNA介导的基因敲除、腺病毒介导的基因过表达	跨物种整合模型	RNA-seq数据	公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本和PDGF-BB处理的VSMCs
327	2025-06-23	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2025-Jun-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03648-w PMID:40533768	研究论文	介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，用于优化10× Visium数据的空间转录组学图像分析	Vispro通过包括基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和断开组织区域分割等模块，提高了图像质量，从而提升了下游分析的准确性和性能	NA	解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域而退化的问题	10× Visium数据的空间转录组学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
328	2025-06-23	A single-cell transposable element atlas of human cell identity 2025-Jun-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101086 PMID:40543500	研究论文	开发了一种名为Stellarscope的计算工具，用于单细胞转座因子（TE）位点水平的分析，并构建了人类PBMCs中TE表达的图谱	首次在单细胞水平上量化了位点特异性TE表达，并揭示了TE表达在细胞类型和亚群中的新作用	TE的重复序列内容和注释不完善可能影响分析的准确性	研究转座因子在人类生物学中的影响	人类PBMCs（外周血单个核细胞）	生物信息学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	期望最大化算法	RNA测序数据	NA
329	2025-06-23	A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica 2025-Jun-17, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05392-z PMID:40527908	研究论文	本文提供了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱，为深海管虫的单细胞分辨率分析提供了基础	首次对深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物进行单细胞转录组分析，揭示了六种细胞簇及其相关基因	研究仅针对一种深海管虫的羽状物，可能无法完全代表其他深海管虫或不同组织	研究深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组，以了解其代谢交换机制	深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞分析
330	2025-06-23	Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200 PMID:40543508	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱，揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLSs）的特征，并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉（IFN-HEVs），这些结构与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的产生相关	发现了IFN-HEVs与CXCL9分泌的关联，并开发了一个预测免疫检查点阻断（ICB）治疗效果的评分系统CTRscore	研究主要聚焦于鼻咽癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤三级淋巴结构的形成机制及其在免疫治疗中的作用	鼻咽癌患者的三级淋巴结构和干扰素反应性高内皮小静脉	肿瘤免疫学	鼻咽癌	空间转录组学、泛癌单细胞图谱分析	NA	转录组数据、单细胞数据	三个独立的鼻咽癌队列
331	2025-06-23	Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection 2025-Jun-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944 PMID:40527360	研究论文	本研究通过识别与乳酸化相关的枢纽基因，探索了其在胸主动脉夹层（TAD）中的潜在治疗和诊断价值	首次揭示了乳酸化在TAD中的关键作用，并鉴定了12个乳酸化相关枢纽基因（LRHGs），其中LDHA抑制剂在小鼠模型中显著降低了死亡率	研究主要基于小鼠模型和有限的人类主动脉组织样本，未涉及大规模临床验证	探索乳酸化在胸主动脉夹层（TAD）发病机制中的作用，并寻找潜在的治疗靶点和诊断标志物	小鼠模型和人类主动脉组织	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA分析、ROC分析	β-氨基丙腈（BAPN）诱导的小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，但使用了小鼠模型和人类主动脉组织样本
332	2025-06-23	Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation 2025-Jun-09, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010 PMID:40499782	研究论文	该研究探讨了在小鼠肾脏中删除Folliculin（FLCN）基因如何通过异常的TFEB激活导致Henle环的囊性形成	揭示了FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的关键作用，特别是在Henle环中，为Birt-Hogg-Dubé综合征的发病机制提供了新的见解	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究FLCN基因在肾单位发育中的具体作用及其与TFEB激活的关系	小鼠肾脏中的肾单位，特别是Henle环	分子生物学	Birt-Hogg-Dubé综合征	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	基因敲除小鼠及其对照组
333	2025-06-23	Formononetin enhances cisplatin chemotherapy sensitivity in osteosarcoma by inducing ferroptosis and reconstructing the immune microenvironment 2025-Jun-09, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156960 PMID:40543234	研究论文	本研究探讨了生物活性化合物芒柄花素（formononetin）在增强骨肉瘤细胞对顺铂化疗敏感性中的作用	首次证明芒柄花素通过抑制MAZ/GPX4轴诱导铁死亡并重塑肿瘤免疫微环境来增强顺铂敏感性	研究仅基于PDX模型，尚未进行临床验证	探索增强骨肉瘤对顺铂化疗敏感性的新策略	骨肉瘤细胞和肿瘤免疫微环境	肿瘤学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	PDX模型	测序数据	7216个人源骨肉瘤细胞和89,558个小鼠源细胞
334	2025-06-23	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，开发了一个基于深度学习的结直肠癌肝转移病理组学模型，用于预测结直肠癌患者的肝转移风险	识别了一种触发肝转移的恶性细胞类型（LMTMCs），并通过多组学细胞通讯分析揭示了成纤维细胞与LMTMCs之间的相互作用机制，开发了无需人工标注的弱监督学习模型	模型在外部验证集中的AUC值存在差异（0.72-0.89），可能需要进一步优化和验证	提高结直肠癌肝转移风险的早期识别和预测能力	结直肠癌患者和肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序	ResNet18	全切片图像、转录组数据	TCGA-CRC组织图像内部测试集和两个外部独立验证队列（西南医科大学附属医院和附属中医医院）
335	2025-06-23	BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.59 PMID:40530920	研究论文	研究探讨了BCAT1在糖尿病视网膜病变中如何重塑支链氨基酸代谢并通过表观遗传机制促进炎症	揭示了BCAT1在糖尿病视网膜病变中的新作用机制，包括其对支链氨基酸代谢的重塑和通过表观遗传学调控炎症基因的表达	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本的验证不足	探究支链氨基酸代谢重塑及其在糖尿病视网膜病变进展中的作用	糖尿病视网膜病变中的Müller细胞和小鼠模型	代谢组学与表观遗传学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、靶向代谢组学、染色质免疫沉淀(ChIP)、RNA测序、激酶筛选实验	NA	测序数据、代谢组数据、免疫荧光图像	糖尿病小鼠模型和高糖处理的Müller细胞
336	2025-06-23	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，揭示了水稻根部细胞如何适应不同的土壤条件	首次在单细胞分辨率下揭示了根部组织如何通过细胞间通讯和基因表达变化适应土壤压力	研究仅针对水稻，其他植物物种的适应性机制可能不同	探究根部组织在单细胞尺度上适应不同土壤条件的分子机制	水稻根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	不同生长条件(凝胶与土壤)下的水稻根部细胞
337	2025-06-23	Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08986-0 PMID:40399682	研究论文	本文通过多代单细胞追踪技术，研究了DNA复制和遗传性DNA损伤如何导致细胞异质性	结合内源性标记蛋白和定制计算工具，首次实现了多代细胞中DNA复制模式和遗传性DNA损伤的同时追踪	研究仅限于最多四代细胞的追踪，可能无法完全反映长期细胞演化过程	解析致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性	异步生长的细胞系	单细胞生物学	癌症	双CRISPR基因组编辑、单细胞转录组学、迭代染色	NA	单细胞追踪数据、转录组数据	多代细胞系（最多四代）
338	2025-06-22	Integrated spatial omics of metabolic reprogramming and the tumor microenvironment in pancreatic cancer 2025-Jun-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112681 PMID:40538442	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学，揭示了胰腺癌中代谢重编程与肿瘤微环境的空间共定位关系	首次在胰腺癌中实现了多组学空间整合分析，揭示了代谢异质性与细胞间相互作用的动态特征	样本量有限，未进行功能性验证实验	探究胰腺癌代谢重编程与肿瘤微环境的相互作用机制	胰腺癌肿瘤样本	空间多组学	胰腺癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)、空间转录组学、空间代谢组学成像	伪时间轨迹分析(pseudotime trajectory)、scMetabolism分析	单细胞基因表达数据、空间基因表达数据、代谢物成像数据	未明确说明具体样本数量（人类胰腺癌组织样本）
339	2025-06-22	Loss of BAP1 defines a unique subtype of TP53-mutated de novo AML and confers sensitivity to BCL-xL inhibitors 2025-Jun-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026417 PMID:40540751	研究论文	该研究确定了BAP1缺失在TP53突变型急性髓系白血病（AML）中的独特亚型，并揭示了其对BCL-xL抑制剂的敏感性	发现BAP1缺失与TP53突变共同存在于AML患者中，且与不良预后相关，揭示了BAP1在AML中的新作用机制及其对BCL-xL抑制剂的敏感性	研究样本量有限，且BAP1缺失在AML中的具体作用机制仍需进一步验证	探究TP53突变型AML中BAP1缺失的作用及其治疗潜力	TP53突变型AML患者及小鼠模型	肿瘤学	急性髓系白血病（AML）	RNA-seq, ChIP-seq	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	TP53突变型AML患者及Bap1KO小鼠
340	2025-06-22	A deep generative model for deciphering cellular dynamics and in silico drug discovery in complex diseases 2025-Jun-20, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-025-01423-7 PMID:40542107	研究论文	介绍了一种名为UNAGI的深度生成神经网络，用于分析时间序列单细胞转录组数据，以揭示疾病进展的复杂细胞动态并促进药物干预的计算机模拟	开发了UNAGI这一深度生成模型，能够捕捉疾病进展中的复杂细胞动态，增强药物扰动建模和筛选能力	虽然展示了在特发性肺纤维化和COVID等疾病中的应用，但未提及对其他类型疾病的适用性验证	开发计算工具以详细分析疾病进展并进行靶向计算机模拟药物干预	特发性肺纤维化患者和COVID患者的单细胞转录组数据	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞转录组学	深度生成神经网络	时间序列单细胞转录组数据	NA