单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-06-27	Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.01.657261 PMID:40501776	研究论文	该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源	通过配对flox等位基因和催化失活的敲入等位基因，克服了胚胎致死性，并模拟了患者相关的复合杂合致病变异	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性仍需进一步验证	探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制	小鼠模型和PMM2-CDG患者	神经遗传学	先天性糖基化障碍(PMM2-CDG)	多组学分析(代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学)	基因修饰小鼠模型	多组学数据	小鼠模型和患者死后小脑组织
282	2025-06-27	Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657034 PMID:40502161	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了益生菌逆转新生儿吗啡暴露引起的青少年疼痛过敏的基因表达变化	首次提供了新生儿吗啡暴露和益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对转录组变化的缓解作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究新生儿吗啡暴露对青少年疼痛通路的长期神经发育影响及益生菌的干预效果	青少年小鼠的中脑细胞	神经科学	疼痛过敏	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	107,427个中脑单细胞
283	2025-06-27	Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657070 PMID:40502055	研究论文	介绍了一种轻量级工具Synthbar，用于在测序读取中添加合成条形码，以便与期望存在细胞条形码的计算工具兼容	填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码的空白，支持用户自定义条形码并修改读取结构	未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果	开发一种工具，使不包含细胞条形码的单细胞测序数据能够与需要细胞条形码的计算工具兼容	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	测序数据	NA
284	2025-06-27	NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial 2025-Jun, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO-24-01818 PMID:40179324	research paper	该研究通过基因组分析和转录组测序，探索了NOTCH1突变作为替雷利珠单抗在晚期或转移性食管鳞状细胞癌中生存获益的预测生物标志物	首次发现NOTCH1突变与替雷利珠单抗治疗的长期生存显著相关，并揭示了其潜在的分子机制	研究样本来源于单一临床试验，需进一步验证	寻找食管鳞状细胞癌免疫治疗的预测生物标志物	晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	RATIONALE-302研究中的患者样本
285	2025-06-27	RIDDEN: Data-driven inference of receptor activity from transcriptomic data 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013188 PMID:40522999	研究论文	本文介绍了一种名为RIDDEN的计算工具，用于从受体调节的基因表达谱中预测受体活性，而非基于配体和受体基因的表达	RIDDEN是首个直接从受体调节的基因表达谱预测受体活性的计算工具，避免了传统方法依赖配体和受体基因共表达的局限性	NA	开发一种能够准确推断受体活性的计算工具，以促进细胞间通讯的研究	受体活性的系统水平分析	生物信息学	NA	转录组数据分析	RIDDEN模型	转录组数据	14463个扰动基因表达谱，涉及229种不同受体
286	2025-06-27	Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal a Novel Mechanism of Oligodendrocyte-Neuron Interaction in Cognitive Decline After High-Altitude Cerebral Edema 2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70485 PMID:40546220	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了高原脑水肿后认知下降中少突胶质细胞与神经元相互作用的新机制	发现了PI3K/mTOR动态变化、Rps29-bax轴和Tnfrsf21-App作为新型调节因子，为潜在治疗靶点提供了新见解	研究仅基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究高原脑水肿导致认知下降的细胞和分子机制	高原脑水肿小鼠模型中的海马组织	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq, ST	mouse model	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	未明确说明样本数量，但包含3天和7天两个时间点的分析
287	2025-06-27	A Temporal Single-Cell Multi-Omics Atlas of Murine Pancreatic Islet Remodeling During Hyperglycaemia Progression 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.29.656754 PMID:40568114	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序和ATAC测序技术，揭示了高脂饮食诱导的小鼠胰岛重塑过程中的细胞组成和转录状态动态变化	首次构建了高血糖进展过程中小鼠胰岛细胞重塑的时序单细胞多组学图谱，揭示了β细胞的应激重编程和免疫细胞扩增等关键发现	研究仅使用C57BL/6小鼠模型，可能无法完全反映人类糖尿病病理变化的复杂性	探究肥胖诱导的胰岛素抵抗过程中胰岛细胞重塑的分子机制	C57BL/6小鼠的胰岛细胞	单细胞组学	2型糖尿病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	高脂饮食喂养8、16和24周的C57BL/6小鼠胰岛细胞，以及年龄匹配的对照组
288	2025-06-26	Acceleration of Calvarial Bone Regeneration by Stem Cell Recruitment with a Multifunctional Hydrogel 2025-Jun-25, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202501452 PMID:40556603	研究论文	本研究开发了一种多功能物理交联水凝胶（CHMgel），用于促进颅骨再生	通过整合羧甲基纤维素（CMC）框架与镁和羟基磷灰石（HAP），形成强分子间氢键，赋予水凝胶注射性、高粘附性、自愈能力、适度机械强度、良好生物降解性和优异生物相容性	未提及临床应用的长期效果和潜在副作用	开发一种简单有效的多功能水凝胶，用于促进骨再生	颅骨再生中的干细胞招募和骨形成	生物材料	骨缺损	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
289	2025-06-26	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-24, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c02111 PMID:40489257	研究论文	本文介绍了一种名为nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高密度条形码标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行条形码标记，提高了标记密度和稳定性，解决了现有DNA标记方法在异质细胞群体中的局限性	未明确提及技术的具体局限性，但可能包括对特定细胞类型的适用性或实验条件的优化需求	开发一种高效、稳定的样本多重标记技术，以降低scRNA-seq的成本并减少批次效应	培养细胞系、组织消化物中的异质细胞，特别是肥胖啮齿动物脂肪组织中的细胞	单细胞测序技术	肥胖相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化物（6-plex条形码样本）、肥胖啮齿动物脂肪组织样本
290	2025-06-26	Ectopic expression of GDF15 in cancer-associated fibroblasts enhances melanoma immunosuppression via the GFRAL/RET cascade 2025-Jun-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011036 PMID:40555562	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞(CAFs)通过GDF15/GFRAL/RET级联反应促进黑色素瘤免疫抑制微环境的机制	首次发现CAFs中GDF15的异位表达通过GFRAL/RET信号轴诱导巨噬细胞M2极化和肿瘤干细胞性增加	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他癌症类型中的类似机制尚未验证	阐明CAFs在黑色素瘤免疫微环境中的关键作用机制	黑色素瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、分子动力学模拟、流式细胞术、基因敲除小鼠模型	Cre-loxP系统小鼠模型	RNA-seq数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本数量，但使用了多种实验模型包括细胞系和小鼠模型
291	2025-06-26	A novel mesothelioma molecular classification based on malignant cell differentiation 2025-Jun-24, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03816-9 PMID:40555979	研究论文	该研究基于恶性细胞分化状态，提出了一种新的间皮瘤分子分类系统	首次基于肿瘤细胞分化状态对间皮瘤进行分子分类，并构建了预后预测模型	研究样本可能不足以代表所有间皮瘤亚型	开发间皮瘤的分子分类系统以改善患者管理	间皮瘤肿瘤细胞	数字病理学	间皮瘤	单细胞RNA测序、多组学分析	预测模型	基因表达数据	GEO数据库中的单细胞RNA测序数据
292	2025-06-26	scGANSL: Graph Attention Network with Subspace Learning for scRNA-seq Data Clustering 2025-Jun-23, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c00731 PMID:40468846	研究论文	本文提出了一种名为scGANSL的新聚类方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析	结合了多视图共享图自编码器、ZINB模型和图注意力机制，以更有效地学习潜在表示并提高聚类性能	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决scRNA-seq数据聚类中的高维度和噪声问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, PCA, ZINB模型	图注意力网络（GAT）, 自编码器	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（未明确数量）
293	2025-06-26	Breaking ground: Resolving root growth on soil at the cellular level 2025-Jun-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.002 PMID:40555175	research paper	研究土壤环境如何通过单细胞转录组学影响水稻根细胞形态	揭示了脱落酸信号传导如何诱导细胞壁修饰以响应土壤压实	NA	探究土壤环境对水稻根细胞形态的影响机制	水稻根细胞	植物生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
294	2025-06-26	CD51 Promotes Gastric Cancer Stemness via Blocking Numb-Mediated Notch1 Degradation 2025-Jun-22, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217886 PMID:40555320	研究论文	本研究揭示了CD51通过阻止Numb介导的Notch1降解促进胃癌干性，为胃癌治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点	首次发现CD51作为胃癌干性和恶性进展的关键调控因子，并揭示了其通过干扰Numb介导的Notch1降解来激活Notch信号通路的分子机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索胃癌干细胞(CSC)驱动转移、复发和化疗耐药的分子机制，并寻找新的治疗靶点	胃癌组织和癌细胞	肿瘤生物学	胃癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序、功能实验、患者来源的类器官和异种移植模型	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的胃癌组织样本、患者来源的类器官和异种移植模型
295	2025-06-26	Protocol to identify proteins as regulators of gene expression noise 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103763 PMID:40220303	研究论文	本文提出了一种识别基因表达噪声调控蛋白的协议	该协议结合单细胞RNA测序和LC-MS/MS技术，整合已知调控因子-靶标相互作用数据，用于识别新的噪声调控蛋白候选物	协议的应用范围限于可培养的细胞系	识别调控基因表达噪声的蛋白质	细胞系中的蛋白质	分子生物学	NA	单细胞RNA测序, LC-MS/MS	NA	RNA测序数据, 质谱数据	适用于任何细胞系
296	2025-06-26	Protocol for characterizing craniopharyngioma subtypes and their microenvironments using single-cell RNA sequencing and immunohistochemistry 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103760 PMID:40238632	研究论文	本文提出了一种全面的单细胞RNA测序和免疫组化方案，用于分析颅咽管瘤亚型及其肿瘤微环境	使用单细胞分辨率技术详细描述颅咽管瘤亚型的细胞组成、免疫细胞网络和分子特征	未提及样本量或实验结果的统计显著性	开发一种分析颅咽管瘤亚型及其微环境的综合方案	颅咽管瘤组织及其微环境	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序, 免疫组化	NA	RNA测序数据, 免疫组化图像	NA
297	2025-06-26	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种制备新鲜冷冻大豆组织用于空间转录组学的方案	针对植物组织在空间转录组学应用中的组织制备难题，提出了专门针对大豆组织的解决方案	方案仅针对大豆组织，未验证在其他植物组织上的适用性	开发适用于植物组织的空间转录组学样本制备方法	大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
298	2025-06-26	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推断单细胞基因表达轨迹的方法	通过计算步骤（降维、转移概率矩阵计算、样条插值和反卷积）推断单细胞基因表达轨迹，用于研究异质性刺激响应	方法依赖于时间序列scRNA-seq数据，可能受数据质量和时间点密度的影响	开发一种计算协议以推断单细胞基因表达轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
299	2025-06-26	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文提出了一种定制化的流程，用于通过流式细胞术和单细胞转录组学分离和表征人类玻璃体中的免疫细胞浸润	开发了一种新的手术修改和样本收集方法，以最大化从人类玻璃体样本中获取免疫细胞的产量	未提及样本量大小或具体实验结果	优化人类玻璃体免疫细胞浸润的分离和表征方法	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	NA	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	NA
300	2025-06-26	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了一种优化的TARGET-seq+协议，用于在单细胞水平结合RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型	开发了TARGET-seq+，提高了单细胞RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型的灵敏度	未提及具体的局限性	优化单细胞水平的RNA测序、蛋白表达分析和基因分型技术，以研究体细胞突变在癌前和癌组织中的影响	单细胞	基因组学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA序列数据、蛋白表达数据、基因型数据	未提及具体样本数量