单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-06-26	Recent Neuropathology Concepts 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251320056 PMID:40079493	综述	本文总结了2024年欧洲毒理病理学会大会上关于神经病理学最新概念的讨论，涵盖了人工智能在毒理病理学中的应用、组织可视化与分析新技术以及特定病例报告	强调了人工智能和计算病理学在毒理病理学中的作用，以及新兴技术在药物筛选和开发中的当前和未来影响	NA	探讨神经病理学领域的最新概念和技术进展	毒理病理学家、神经病理学技术、药物筛选方法	数字病理学	NA	人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学	NA	组织图像、转录组数据	NA
282	2025-06-26	Blocking ITGA5 potentiates the efficacy of anti-PD-1 therapy on glioblastoma by remodeling tumor-associated macrophages 2025-Jun, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70016 PMID:40084746	研究论文	该研究探讨了阻断ITGA5如何通过重塑肿瘤相关巨噬细胞增强抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的疗效	揭示了circSDHAF2通过N-糖基化稳定ITGA5蛋白，促进MES-GBM细胞形成和SPP1+ MDMs的诱导，从而形成免疫抑制微环境的机制，并证明ITGA5阻断可增强抗PD-1疗法的抗肿瘤免疫	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，需要进一步的临床验证	解析胶质母细胞瘤中特定免疫抑制亚群驱动抗PD-1耐药的分子机制，并探索增强免疫疗法疗效的策略	胶质母细胞瘤组织、MES-GBM细胞、SPP1+ MDMs和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫共沉淀、RNA免疫沉淀和下拉实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
283	2025-06-26	Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251325204 PMID:40119776	review	这篇迷你综述探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用及其对神经退行性疾病研究的影响	综述了ST技术在提供空间分辨基因表达数据方面的革命性作用，特别是在神经退行性疾病中的应用	当前面临的挑战包括数据解释和分辨率限制	探索ST技术对CNS研究的贡献，特别是在神经退行性疾病中的应用	中枢神经系统（CNS）及神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症和肌萎缩侧索硬化症）	digital pathology	neurodegenerative disease	spatial transcriptomics (ST)	NA	gene expression data	NA
284	2025-06-26	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Jun, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前暴露于全氟辛烷磺酸（PFOS）对子代大鼠肺发育和功能的影响	首次结合形态学、功能学及单细胞RNA测序分析，揭示了PFOS暴露对肺发育的剂量依赖性影响及其分子机制	研究仅基于大鼠模型，结果外推到人类需谨慎	探究PFOS暴露对肺发育的毒性作用及其分子机制	子代大鼠的肺组织	毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	不同剂量组（0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/day）的怀孕大鼠及其子代，在出生后0、4、14、21和60天进行分析
285	2025-06-26	Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01623-8 PMID:40156736	研究论文	通过全基因组分析揭示前列腺癌中的体细胞遗传驱动因素	识别了150个与前列腺癌有因果关联的基因，其中MSMB基因在所有四种评估方法中均表现出强一致性	仅44.67%的基因在TCGA数据集中与孟德尔随机化分析结果一致	探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素	前列腺癌相关基因	基因组学	前列腺癌	eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、共定位分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	UK Biobank(9131病例和173,493对照)、PRACTICAL研究(79,148病例和61,106对照)、FinnGen队列(13,216病例和119,948对照)
286	2025-06-26	Bi-level identification of governing equations for nonlinear physical systems 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00804-x PMID:40346196	研究论文	本文介绍了BILLIE框架，一种通过分层优化策略同时发现和验证非线性物理系统控制方程的方法	利用强化学习的策略梯度算法实现双层优化，同时发现和验证方程，提高了识别控制方程的准确性	未明确提及具体的数据规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	识别非线性物理系统的控制方程，以更好地理解这些系统	非线性物理系统，如湍流和三体系统，以及单细胞测序数据中的RNA和蛋白质速度方程	机器学习	NA	强化学习的策略梯度算法	BILLIE框架	观测数据和单细胞测序数据	NA
287	2025-06-26	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通信工具STCase，能够识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	提出了一种可解释的多视图图神经网络，通过CCC感知注意力机制识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	开发一种工具来识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	细胞间通信（CCC）和空间转录组学数据	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学（ST）	多视图图神经网络	空间转录组学数据	NA
288	2025-06-26	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	提出了一种名为WISpR的机器学习算法，用于在空间转录组学中准确预测细胞类型分布	WISpR算法整合了位点特异性超参数和稀疏驱动建模，克服了现有方法忽视生物学基础约束的缺点	未明确提及具体局限性	提高空间转录组学中细胞类型分布预测的准确性	正常和癌变组织中的细胞类型分布	空间转录组学	癌症	空间转录组学	WISpR（Weight-Induced Sparse Regression）	空间转录组数据	十个数据集
289	2025-06-26	Single cell sequencing and spatial multiomics of diabetic kidney segmentation insights zonation-specific therapeutic metabolic pathways 2025-Jun, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2025.100252 PMID:40547113	研究论文	通过整合高分辨率空间多组学和单细胞转录组学，研究糖尿病肾病（DN）肾脏区域特异性代谢失调，并探索治疗代谢途径	首次绘制了糖尿病肾脏区域特异性代谢失调的空间图谱，并发现GPX3作为成纤维细胞富集的生物标志物与肾功能障碍密切相关	研究主要基于小鼠模型，临床验证仍需进一步扩展	探索糖尿病肾病肾脏区域特异性代谢失调及其治疗靶点	糖尿病肾病小鼠模型及临床患者样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序、空间多组学、空间代谢组学、空间蛋白质组学	NA	空间多组学数据、单细胞转录组数据	糖尿病小鼠模型及临床DN患者样本
290	2025-06-24	Deciphering the Regulatory Networks of the Migrasome-Associated Cell Subpopulation in Heterotopic Ossification via Multi-Omics Analysis 2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500965R PMID:40540299	研究论文	通过多组学分析解析异位骨化中迁移体相关细胞亚群的调控网络	识别了异位骨化中的关键细胞亚群和分子（Ppib和Tagln），并构建了它们的调控网络和空间分布	NA	阐明异位骨化（HO）的关键生物分子网络	异位骨化中的迁移体相关细胞亚群	多组学分析	异位骨化	单细胞转录组、批量转录组、空间转录组、hdWGCNA、机器学习	NA	转录组数据	来自GEO数据库的多个数据集和临床样本
291	2025-06-24	Integrating Single-Cell and Experimental Analyses Uncover Macrophage Ferroptosis Is a Key Event in the Development of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501120R PMID:40542598	研究论文	本文通过整合单细胞和实验分析，揭示了巨噬细胞铁死亡在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发展中的关键作用	首次发现巨噬细胞铁死亡是COPD发展的关键事件，并揭示了相关基因表达的变化	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究COPD发病机制中巨噬细胞铁死亡的作用	巨噬细胞和COPD患者及小鼠模型	生物医学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞测序、免疫荧光、免疫组化、qRT-PCR、Western blotting	小鼠COPD模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	公共数据库GSE171541和GSE173896的单细胞测序数据，RAW264.7细胞系和BMDM细胞系，COPD小鼠模型
292	2025-06-24	Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 2025-Jun-24, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002506 PMID:40434736	research paper	本研究探讨了SPHK1在结直肠癌（CRC）进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次通过生物信息学和实验分析全面评估SPHK1在CRC中的功能及其与免疫浸润和肿瘤微环境的关系	研究样本量有限（90例CRC组织），且部分机制尚未完全阐明	探究SPHK1在CRC进展中的分子机制及其临床意义	结直肠癌组织和细胞系	生物信息学与肿瘤学	结直肠癌	多组学分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）、多重荧光免疫组化	NA	基因表达数据、甲基化数据、免疫组化数据	90例CRC组织及对应正常组织
293	2025-06-24	Imbalances in adrenal hormones and their effects on bone metabolism 2025-Jun-21, Endocrine journal IF:1.3Q4 DOI:10.1507/endocrj.EJ25-0117 PMID:40545362	综述	本文综述了肾上腺激素失衡对骨代谢的影响，重点关注自主皮质醇分泌、原发性醛固酮增多症和嗜铬细胞瘤/副神经节瘤这三种病理状况	利用最新的类固醇分析和单细胞转录组分析技术，揭示了肾上腺皮质腺瘤中多种类固醇激素共同影响骨代谢，而非单一激素作用	主要基于现有文献进行综述，缺乏新的实验数据支持	探讨肾上腺激素失衡对骨代谢的影响机制	肾上腺激素及其对骨代谢的影响	内分泌学	骨质疏松症	类固醇分析、单细胞转录组分析	NA	文献数据	NA
294	2025-06-24	Comprehensive single-cell chromatin and transcriptomic profiling of peripheral immune cells in nonsegmental vitiligo 2025-Jun-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf041 PMID:39888372	research paper	该研究通过单细胞多组学方法分析了非节段性白癜风患者外周血单个核细胞的转录组和染色质可及性，揭示了系统性免疫失调的机制	首次对非节段性白癜风患者外周血单个核细胞进行单细胞多组学研究，整合了转录组和染色质可及性数据，揭示了系统性免疫失调的新机制	样本量相对较小（NSV患者11例，健康对照5例），虽然通过流式细胞术在扩展队列中进行了验证，但可能影响结果的普遍性	研究非节段性白癜风患者外周免疫细胞的系统性免疫失调机制	非节段性白癜风患者和健康对照者的外周血单个核细胞	digital pathology	autoimmune disease	scRNAseq, scATACseq, spectral flow cytometry	NA	single-cell transcriptomic data, chromatin accessibility data	初始队列：NSV患者11例，健康对照5例；验证队列：NSV患者16例，健康对照9例
295	2025-06-24	Colorectal cancer cell line-derived organoid model with stem cell properties captures the regrowing state of residual cancer cells after neoadjuvant chemotherapy 2025-Jun-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02567-w PMID:40537472	research paper	该研究建立了一种具有干细胞特性的结直肠癌细胞系衍生的类器官模型，用于模拟新辅助化疗后残留癌细胞的再生状态	通过单细胞RNA测序分析揭示了非循环细胞中的不同状态和动态变化，并识别了高表达蛋白质翻译相关基因RPL17和EEF1G的亚群	研究仅基于患者来源的细胞系建立的类器官模型，可能无法完全反映临床实际情况	探索针对耐受药物的残留癌细胞的独特治疗靶点	结直肠癌细胞系衍生的类器官模型	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	organoid model	RNA-seq data	患者来源的细胞系
296	2025-06-24	NAT10 regulates tumor progression and immune microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma via the N4-acetylated LAMB3-mediated FAK/ERK pathway 2025-Jun-20, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70045 PMID:40540648	研究论文	本研究探讨了NAT10在胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤进展和免疫微环境调控作用及其机制	首次揭示了NAT10通过N4-乙酰化修饰LAMB3激活FAK/ERK通路调控PDAC肿瘤进展和免疫微环境的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明NAT10在PDAC肿瘤恶性和肿瘤微环境中的作用机制	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和细胞系	肿瘤免疫学	胰腺癌	乙酰化RNA免疫沉淀、定量PCR、RNA免疫沉淀、Western blotting、单细胞RNA测序、多重免疫荧光、流式细胞术	小鼠皮下肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质数据、免疫细胞表型数据	PDAC组织和细胞系，小鼠模型
297	2025-06-24	Quantitative measurement of phenotype dynamics during cancer drug resistance evolution using genetic barcoding 2025-Jun-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59479-7 PMID:40541962	research paper	提出了一种数学框架，通过遗传谱系追踪和种群大小数据推断癌症耐药性动态，无需直接测量耐药表型	开发了一个无需直接测量耐药表型的数学框架，能够准确推断耐药性动态	未提及具体局限性	理解癌症耐药性机制	结直肠癌细胞系SW620和HCT116	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, scDNA-seq	mathematical framework	genetic lineage tracing, population size data	结直肠癌细胞系SW620和HCT116
298	2025-06-24	ISCU-p53 axis orchestrates macrophage polarization to dictate immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jun-20, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07787-7 PMID:40541964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境中的免疫异质性，并探讨了ISCU-p53轴在调控巨噬细胞极化及免疫治疗反应中的作用	首次发现ISCU通过p53依赖性方式促进M2巨噬细胞极化，并揭示了其在调节肿瘤微环境免疫抑制中的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内外实验验证	探索ESCC肿瘤微环境中免疫异质性的分子机制，并寻找改善免疫治疗效果的潜在靶点	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	接受PD-1抑制剂治疗的部分缓解（PR）、疾病稳定（SD）患者及未接受术前治疗的手术患者的肿瘤样本
299	2025-06-24	The critical role of PDGFRa + Sca1 + fibroblasts in angiogenesis and vascular repair in the corpus cavernosum 2025-Jun-20, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04434-y PMID:40542354	research paper	该研究探讨了PDGFRa + Sca1 + 成纤维细胞在阴茎海绵体血管生成和修复中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别并验证了PDGFRa + Sca1 + 成纤维细胞在血管生成和内皮细胞/平滑肌细胞分化中的功能	研究仅基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探索成纤维细胞在勃起功能障碍发病机制中的作用	糖尿病诱导和神经损伤诱导的勃起功能障碍动物模型	digital pathology	erectile dysfunction	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据	未明确说明样本数量（使用动物模型）
300	2025-06-24	Human induced neural progenitor cells generated from three-dimensional aggregate-based culture significantly improve post-stroke recovery in tMCAO mice 2025-Jun-20, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04433-z PMID:40542444	研究论文	开发了一种基于3D聚集体培养的高效诱导神经祖细胞(iNPCs)生产方法，并验证其在改善中风后恢复中的治疗潜力	开发了可扩展、稳定且高效的3D聚集体培养方法，避免了有害的细胞解离和重铺过程，并首次通过单细胞RNA测序探索了iNPC亚群的多效性治疗潜力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发更高效的iNPC生产方法并验证其在缺血性中风治疗中的潜力	诱导多能干细胞(iPSC)来源的神经祖细胞(iNPCs)和tMCAO小鼠模型	再生医学	缺血性脑卒中	3D聚集体培养、单细胞RNA测序	tMCAO小鼠模型	基因表达数据、行为学数据	3个iPSC细胞系产生的iNPCs