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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-10-06 |
Id2 levels determine the development of effector vs. exhausted tissue-resident memory CD8+ T cells during CNS chronic infection
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115861
PMID:40531616
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了转录调节因子Id2在慢性中枢神经系统感染期间调控CD8+组织驻留记忆T细胞向效应或耗竭表型分化的分子机制 | 首次发现Id2表达水平决定CD8+ Trm细胞在慢性感染中向效应表型或耗竭表型分化的命运 | 研究仅限于弓形虫感染的小鼠模型,未验证其他慢性感染模型 | 探究组织驻留记忆T细胞异质性的分子调控机制 | 慢性弓形虫感染小鼠脑组织中的CD8+ T细胞 | 单细胞转录组学 | 中枢神经系统慢性感染 | 单细胞转录组测序,混合骨髓嵌合体实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性弓形虫感染小鼠脑组织CD8 T细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 262 | 2025-10-06 |
Endothelial Cell Phenotypic Plasticity in Cardiovascular Physiology and Disease: Mechanisms and Therapeutic Prospects
2025-Jun-16, American journal of hypertension
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/ajh/hpaf027
PMID:39989120
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综述 | 本文综述了内皮细胞表型可塑性在心血管生理和疾病中的作用机制及治疗前景 | 系统阐述了内皮细胞通过EndMT、EndHT、EndOT和EndICLT等表型转换适应不同生理病理状态的机制,并探讨了基于细胞重编程的新兴治疗策略 | 主要基于现有文献综述,缺乏原始实验数据验证 | 探讨内皮细胞异质性和可塑性在心血管疾病中的作用及治疗潜力 | 内皮细胞及其表型转换过程 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 263 | 2025-10-06 |
Robust self-supervised machine learning for single cell embeddings and annotations
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658097
PMID:40502088
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研究论文 | 开发了一种用于单细胞数据降维和聚类的自监督元算法DR-GEM | 结合分布鲁棒优化与平衡共识机器学习原理,通过重建误差识别关注不良嵌入样本,使用平衡共识学习提高鲁棒性 | 未明确说明算法在特定数据类型或规模下的性能限制 | 解决单细胞基因组学中现有降维和聚类方法对主要模式过拟合、忽略稀有细胞类型及对技术噪声敏感的问题 | 单细胞组学数据、单细胞分辨率空间转录组数据和Perturb-seq数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,Perturb-seq | 自监督机器学习,元算法 | 单细胞组学数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
| 264 | 2025-10-06 |
Baseline total lesion glycolysis identifies high-risk patients with immunosuppressive signatures in early-stage natural killer/T-cell lymphoma
2025-Jun-04, The oncologist
DOI:10.1093/oncolo/oyaf164
PMID:40492497
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研究论文 | 本研究探讨基线总病灶糖酵解作为早期NK/T细胞淋巴瘤高风险患者的生物标志物 | 首次发现基线总病灶糖酵解可识别具有免疫抑制特征的早期NK/T细胞淋巴瘤高风险患者 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 评估基线PET/CT放射组学标志物在早期NK/T细胞淋巴瘤预后预测中的价值 | 早期NK/T细胞淋巴瘤患者 | 医学影像分析 | NK/T细胞淋巴瘤 | 18F-FDG PET/CT, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 医学影像, 基因表达数据 | 192例患者(训练队列127例,验证队列65例),其中10例进行单细胞RNA测序,65例进行批量RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 265 | 2025-10-06 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
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研究论文 | 提出一种基于机器学习的SigXTalk方法,利用单细胞转录组数据分析细胞间通讯诱导的信号通路串扰 | 首次从信号通路串扰角度系统分析细胞间通讯,引入信号保真度和特异性两个关键指标量化串扰效应 | NA | 分析细胞间通讯过程中不同配体-受体对激活通路之间的串扰现象 | 细胞间通讯网络中的受体、转录因子和靶基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 超图学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 266 | 2025-10-06 |
Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa
2025-Jun, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008
PMID:40057307
|
研究论文 | 本研究揭示了炎症性肠病结肠黏膜中空间位置不同的中性粒细胞具有截然不同的功能特性 | 首次证明结肠黏膜中不同空间定位的中性粒细胞(上皮相关中性粒细胞和固有层中性粒细胞)具有独特的功能特性 | NA | 探究炎症性肠病中不同空间定位中性粒细胞的功能特性和临床意义 | 炎症性肠病患者和小鼠结肠炎模型中的中性粒细胞 | 单细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序, 空间RNA转录组学, 实时活体成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 人类患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 267 | 2025-10-06 |
Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410745
PMID:40397381
|
研究论文 | 提出metaTF计算框架,用于从单细胞转录组数据推断转录因子活性以解析细胞身份 | 开发了优于现有方法的转录因子活性推断框架,能识别乳腺癌中神经调节T细胞新亚群 | NA | 通过推断转录因子活性来解析细胞身份和功能 | 小鼠造血干细胞、乳腺癌上皮细胞、肿瘤免疫微环境中的T细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 268 | 2025-10-06 |
Nanomedicine and Spleen-Targeting Strategies for Precision Immunomodulation: Advances, Challenges, and Future Perspectives
2025-Jun-27, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c04836
PMID:40576399
|
综述 | 本文综述了基于纳米药物的脾脏靶向策略在精准免疫调节中的进展、挑战与未来前景 | 系统整合了脾脏靶向纳米策略与系统免疫学方法(包括空间转录组学)的协同应用 | NA | 探讨脾脏靶向纳米药物在免疫调节治疗中的潜力 | 脾脏免疫细胞及纳米药物递送系统 | 纳米医学 | 肿瘤、自身免疫疾病 | 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 269 | 2025-10-06 |
Anticancer Treatment Influences TREM2 in Tumor-Associated Macrophages in Lung Cancer
2025-Jun-23, Cancer research and treatment
IF:4.1Q2
DOI:10.4143/crt.2024.1245
PMID:40575951
|
研究论文 | 本研究探讨抗癌治疗对肺腺癌肿瘤微环境中TREM2表达巨噬细胞的影响 | 首次系统研究化疗药物对肿瘤相关巨噬细胞中TREM2表达的影响及其在肿瘤微环境重塑中的作用 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,需要进一步实验验证具体机制 | 探究抗癌治疗如何影响肺腺癌肿瘤微环境中TREM2表达巨噬细胞 | 人类和小鼠肺癌组织、THP-1细胞系 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 配对正常肺组织和肿瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 270 | 2025-10-06 |
Integrated transcriptome analysis and combinatorial machine learning to construct a homeostatic model of acetylation for ccRCC and validate the key gene GCNT4
2025-Jun-25, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03837-4
PMID:40563096
|
研究论文 | 通过整合转录组分析和组合机器学习构建ccRCC乙酰化稳态模型并验证关键基因GCNT4 | 首次从乙酰化角度构建ccRCC稳态模型,使用10种机器学习算法的101种组合进行预后分析,发现GCNT4通过调节O-GlcNAc修饰影响乙酰化的新机制 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 探索ccRCC中乙酰化的潜在生物学机制并构建预后风险模型 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者组织和肾癌细胞 | 机器学习 | 肾癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, GSEA, 细胞实验 | LASSO+RSF组合模型, 机器学习算法组合 | RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据, 临床信息 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的ccRCC样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 271 | 2025-10-06 |
Ectopic expression of GDF15 in cancer-associated fibroblasts enhances melanoma immunosuppression via the GFRAL/RET cascade
2025-Jun-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011036
PMID:40555562
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研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞通过异位表达GDF15促进黑色素瘤免疫抑制微环境形成的分子机制 | 首次发现CAFs通过GDF15/GFRAL/RET信号级联诱导巨噬细胞M2极化和肿瘤干细胞性增强 | NA | 阐明CAFs在黑色素瘤免疫微环境中的关键作用机制 | 黑色素瘤、癌症相关成纤维细胞、巨噬细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,分子动力学模拟,免疫共沉淀,染色质免疫沉淀,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 272 | 2025-10-06 |
A novel mesothelioma molecular classification based on malignant cell differentiation
2025-Jun-24, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03816-9
PMID:40555979
|
研究论文 | 基于恶性细胞分化状态开发了一种新的间皮瘤分子分型系统和预后预测模型 | 首次基于肿瘤细胞分化状态对间皮瘤进行分子分型,识别了8种恶性细胞亚型和3种临床相关亚型 | 研究基于公共数据库数据,需要更多临床样本验证 | 建立间皮瘤的分子分型系统和预后预测模型 | 间皮瘤肿瘤细胞 | 生物信息学 | 间皮瘤 | 单细胞RNA测序,多组学分析,调控网络构建 | 降维分析,聚类分析,预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的间皮瘤单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 273 | 2025-10-06 |
Molecular and genetic characterization of sex-linked orange coat color in the domestic cat
2025-Jun-23, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2025.04.055
PMID:40378841
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研究论文 | 本研究揭示了家猫性连锁橙色被毛颜色的分子遗传机制 | 首次发现性连锁橙色突变由5-kb缺失引起,导致Arhgap36基因在黑色素细胞中异位表达,并证实其通过抑制PKA催化亚基影响毛色形成 | 研究主要基于胎儿猫皮肤样本,成年猫中的机制可能需要进一步验证 | 解析家猫性连锁橙色被毛颜色的遗传和分子机制 | 家猫(特别是玳瑁猫和三花猫)的毛色形成机制 | 遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胎儿猫皮肤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 274 | 2025-10-06 |
Preclinical and first-in-human of purinostat mesylate, a novel selective HDAC I/IIb inhibitor, in relapsed/refractory multiple myeloma and lymphoma
2025-Jun-23, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02285-w
PMID:40562746
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研究论文 | 评估新型选择性HDAC I/IIb抑制剂嘌呤司他甲磺酸盐在复发/难治性多发性骨髓瘤和淋巴瘤中的临床前研究及首次人体试验 | 开发了高选择性HDAC I/IIb抑制剂,相比泛HDAC抑制剂具有更优的抗肿瘤活性和独特的免疫调节机制 | 样本量较小(N=29),需要更大规模的临床试验验证疗效 | 评估嘌呤司他甲磺酸盐在血液恶性肿瘤中的安全性和有效性 | 复发/难治性多发性骨髓瘤和淋巴瘤患者 | 肿瘤学 | 多发性骨髓瘤, 淋巴瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据, 临床数据 | 29例患者(11例MM, 18例淋巴瘤) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 275 | 2025-10-06 |
High glucose burden disrupts the glucose responsiveness of human pancreatic beta cells encapsulated in alginate fibers during Long-Term culture
2025-Jun-20, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149639
PMID:40544971
|
研究论文 | 本研究通过藻酸盐封装技术长期培养人胰岛细胞,揭示了高葡萄糖负荷破坏β细胞葡萄糖响应性的分子机制 | 首次利用藻酸盐封装技术实现人胰岛细胞长期功能维持,并通过多组学分析鉴定出导致β细胞功能障碍的关键基因 | 研究仅使用两个批次的样本,样本量有限;体外培养模型可能无法完全模拟体内环境 | 探究高葡萄糖负荷下人胰腺β细胞功能障碍的分子机制 | 藻酸盐封装的人胰岛细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个不同批次的培养样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 276 | 2025-10-06 |
Distinct transcriptomic signatures in pulmonary tissue resident and vascular resident-like T cells in nonhuman primates
2025-Jun-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112745
PMID:40546965
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术研究非人灵长类动物肺组织中血管相关T细胞与间质T细胞的转录组特征差异 | 首次在非人灵长类动物中通过血管内染色技术区分肺血管相关T细胞与间质T细胞,发现血管相关T细胞是具有独特功能的'驻留样'细胞群 | 研究样本仅限于非人灵长类动物,人类中的适用性需要进一步验证 | 探索肺组织中不同空间定位T细胞的转录组特征和免疫功能 | 恒河猴肺组织中的血管相关(ivs+)和间质(ivs-)CD8 T细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,血管内染色 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 恒河猴肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 277 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics in Thyroid Cancer: Applications, Limitations, and Future Perspectives
2025-Jun-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14120936
PMID:40558562
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在甲状腺癌研究中的应用、局限性与未来展望 | 系统整合了空间转录组学在解析甲状腺癌空间异质性方面的最新应用进展 | 存在分辨率低、测序深度不足、样本质量要求高和数据处理复杂等技术局限 | 探讨空间转录组学在甲状腺癌研究中的潜力与挑战 | 甲状腺癌肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 278 | 2025-10-06 |
Muscle Spatial Transcriptomic Reveals Heterogeneous Profiles in Juvenile Dermatomyositis and Persistence of Abnormal Signature After Remission
2025-Jun-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14120939
PMID:40558566
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了幼年皮肌炎患者肌肉组织的分子特征空间异质性及其在缓解期后的持续存在 | 首次在JDM肌肉中发现ANKRD1和FSLT1等新相关基因,并揭示病理特征在临床缓解后仍持续存在 | 样本量较小,仅为初步研究 | 研究幼年皮肌炎患者治疗前后肌肉分子特征的空间异质性 | 幼年皮肌炎患者肌肉活检组织 | 空间转录组学 | 幼年皮肌炎 | 空间转录组学,标准化形态计量学 | 无监督参考解卷积 | 空间转录组数据 | 4例JDM肌肉活检(来自不同患者,包含治疗前后对比) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 279 | 2025-10-06 |
A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica
2025-Jun-17, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05392-z
PMID:40527908
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研究论文 | 本研究构建了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱 | 首次对深海管虫羽状物进行单细胞分辨率分析,鉴定出六种细胞类型并表征免疫和转运相关基因 | NA | 解析深海管虫羽状物的细胞组成和功能特征 | Paraescarpia echinospica管虫的羽状物组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 280 | 2025-10-06 |
Patterning Defects in Mice with Defective Ventricular Wall Maturation and Cardiomyopathy
2025-Jun-12, Journal of cardiovascular development and disease
IF:2.4Q2
DOI:10.3390/jcdd12060224
PMID:40558659
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研究论文 | 本研究通过比较小鼠和人类胎儿心室发育过程中的基因表达模式,揭示了心室壁成熟缺陷与心肌病的关系 | 首次在小鼠LVNC模型中系统分析心室区域特异性基因表达模式的变化 | 研究仅基于小鼠模型,与人类心脏发育存在物种差异 | 探究心室壁成熟过程中基因表达的空间调控机制及其在心肌病发病中的作用 | 小鼠心室发育过程及左心室非致密化心肌病模型 | 发育生物学 | 心肌病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学,原位杂交 | NA | 基因表达数据,空间表达模式 | 正常和LVNC模型小鼠心室组织 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |