本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-10-06 |
Molecular mechanisms of diquat-induced brain injury: Insights from network toxicology and single-cell RNA sequencing
2025-Jun-30, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118597
PMID:40592154
|
研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术,探讨了敌草快诱导脑损伤的分子机制 | 首次结合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术系统研究敌草快脑毒性机制,识别出五个核心靶点并验证其结合亲和力 | 研究主要基于数据库预测和计算分析,缺乏实验验证 | 阐明敌草快诱导脑损伤的分子机制 | 敌草快靶向基因和脑损伤相关基因 | 生物信息学 | 脑损伤 | 网络毒理学, 单细胞RNA测序, 分子对接 | PPI网络分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 262 | 2025-10-06 |
Targeting Annexin A2 to reactivate tumor-associated antigens presentation and relieve immune tolerance in liver cancer
2025-Jun-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011716
PMID:40571481
|
研究论文 | 本研究通过靶向膜联蛋白A2恢复肿瘤相关抗原呈递并改善肝癌免疫耐受 | 首次揭示膜联蛋白A2通过结合HSP90调控肿瘤相关抗原呈递的分子机制,并证明其可作为癌症免疫治疗的新靶点 | 研究主要聚焦于肝癌模型,在其他癌症类型中的普适性需进一步验证 | 探索肿瘤细胞通过调控抗原呈递逃逸免疫监视的分子机制及干预策略 | 肝癌细胞、CD8+ T细胞、原发性和原位移植肝癌模型 | 癌症免疫学 | 肝癌 | CRISPR-Cas9基因敲除、单细胞测序、免疫共沉淀-液相色谱-串联质谱联用 | NA | 单细胞测序数据、质谱数据、细胞实验数据 | 多种肝癌模型(化学诱导、遗传诱导、原位移植) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 263 | 2025-10-06 |
Cell-specific nanoengineering strategy to disrupt tolerogenic signaling from myeloid-derived suppressor cells and invigorate antitumor immunity in pancreatic cancer
2025-Jun-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04096-y
PMID:40549154
|
研究论文 | 开发了一种针对胰腺癌中PMN-MDSCs的细胞特异性纳米工程策略,通过CXCR2靶向纳米颗粒递送JAK2/STAT3抑制剂,破坏免疫抑制信号并增强抗肿瘤免疫 | 首次开发了CXCR2靶向纳米颗粒,能够特异性靶向PMN-MDSCs而不影响中性粒细胞存活,避免了传统系统性抑制导致的粒细胞缺乏症 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 克服胰腺癌中髓源性抑制细胞介导的免疫抑制,增强抗肿瘤免疫反应 | 胰腺导管腺癌(PDAC)中的多形核髓源性抑制细胞(PMN-MDSCs) | 癌症免疫治疗 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,纳米工程技术 | NA | 基因表达数据,细胞成像数据,体内治疗效果数据 | 人类和小鼠PDAC样本,治疗初治PDAC患者外周血细胞,KPC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 264 | 2025-10-06 |
Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages
2025-Jun-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08387-z
PMID:40550904
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠和人类多个组织中的脂质相关巨噬细胞,定义了其保守和组织特异性的转录特征 | 首次系统性地描绘了脂质相关巨噬细胞在不同组织和炎症条件下的转录组多样性,并鉴定了跨物种保守的LAM特征基因 | 研究主要基于现有单细胞RNA测序数据集,可能受限于数据质量和样本覆盖范围 | 阐明脂质相关巨噬细胞在不同组织和炎症条件下的转录组特征及其保守性 | 小鼠和人类多个组织中的脂质相关巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 代谢相关疾病(动脉粥样硬化、肥胖、代谢功能障碍相关脂肪性肝病) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个组织来源的小鼠和人类单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 265 | 2025-10-06 |
Spatial and genomic profiling of residual breast cancer after neoadjuvant chemotherapy unveil divergent fates for each breast cancer subtype
2025-Jun-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102164
PMID:40482645
|
研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学和基因组分析,揭示了新辅助化疗后残留乳腺癌在不同亚型中的不同命运机制 | 首次结合空间转录组学和基因组分析,系统揭示了不同乳腺癌亚型在新辅助化疗后残留肿瘤的异质性机制 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;空间分析技术分辨率可能限制细胞互作机制的深入解析 | 探索新辅助化疗后残留乳腺癌的分子机制和预后差异 | 新辅助化疗后残留的乳腺癌组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞空间转录组学,基因组分析 | NA | 空间转录组数据,基因组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 266 | 2025-10-06 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2025-Jun-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188
PMID:40499545
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌原发和转移阶段的细胞状态与微环境特征 | 首次在食管腺癌中整合单核转录组、染色质可及性测序和空间分析,识别五种恶性细胞程序及其空间定位 | 样本量相对有限,需在更大队列中验证发现 | 解析食管腺癌疾病进展和治疗反应的细胞机制 | 原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单核RNA测序, 染色质可及性测序, 空间转录组 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间数据 | 原发和转移性EAC肿瘤队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单核多组学 | NA | NA |
| 267 | 2025-10-06 |
EZH2 inhibition and 5-azacytidine enhance antitumor immunity in PTEN-deficient glioblastoma by activation viral mimicry response
2025-Jun-13, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011650
PMID:40514071
|
研究论文 | 本研究揭示了PTEN缺陷胶质母细胞瘤通过抑制ERV-MAVS-IFN轴逃避免疫监视的机制,并发现EZH2抑制剂联合5-氮杂胞苷可恢复病毒模拟反应增强抗肿瘤免疫 | 首次阐明PTEN缺陷胶质母细胞瘤中ERV-MAVS-IFN通路失调导致免疫抑制的机制,并开发EZH2i联合5-AZA的协同治疗策略 | 研究主要聚焦于PTEN缺陷型胶质母细胞瘤,其他亚型的适用性需要进一步验证 | 探索PTEN缺陷胶质母细胞瘤免疫逃避机制并开发联合治疗策略 | PTEN缺陷胶质母细胞瘤模型及其肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、表观遗传学分析 | NA | 单细胞转录组数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 268 | 2025-10-06 |
A single-cell RNA-seq dataset of synovial fluid from rheumatoid arthritis treated with TNF-α/JAK inhibitor
2025-Jun-10, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05339-4
PMID:40494845
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析类风湿关节炎患者滑膜液在TNF-α和JAK抑制剂治疗前后的细胞组成和分子变化 | 首次在滑膜液中进行配对的治疗前后单细胞分析,系统揭示TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎的单细胞水平影响 | 研究仅针对滑膜液样本,未包含滑膜组织分析 | 阐明TNF-α和JAK抑制剂在类风湿关节炎治疗中的作用机制,推动精准医疗发展 | 接受托法替尼或阿达木单抗治疗的类风湿关节炎患者的滑膜液样本 | 单细胞组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 100,387个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 269 | 2025-10-06 |
MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013090
PMID:40549685
|
研究论文 | 开发了一种名为MitoTracer的开源计算算法,用于从单细胞测序数据中准确识别信息性线粒体突变并进行谱系重建 | 首次提出专门用于自动识别信息性线粒体突变的计算工具,在灵敏度和特异性方面优于现有方法 | NA | 解决基于线粒体突变的谱系追踪中信息性突变自动识别的关键挑战 | 单细胞RNA测序或单细胞ATAC测序样本中的线粒体突变 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 计算算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 270 | 2025-10-06 |
Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures
2025-Jun, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003204
PMID:40550000
|
研究论文 | 本研究揭示了多核巨细胞在卵巢衰老过程中的特征及其独特的免疫和降解相关分子特征 | 首次通过先进成像技术和激光捕获显微切割定义了卵巢多核巨细胞的转录组特征,发现其形成复杂互连网络并随年龄增长 | 多核巨细胞体积较大限制了通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析 | 研究卵巢衰老过程中多核巨细胞的功能和分子特征 | 小鼠和非人灵长类动物的卵巢多核巨细胞 | 生物医学研究 | 卵巢衰老 | 先进成像技术、激光捕获显微切割、转录组分析 | NA | 图像数据、转录组数据 | 小鼠和非人灵长类动物卵巢样本 | NA | 转录组分析 | NA | NA |
| 271 | 2025-10-06 |
A benchmarking study of copy number variation inference methods using single-cell RNA-sequencing data
2025-Jun, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbaf011
PMID:40584741
|
研究论文 | 本研究对五种单细胞RNA测序拷贝数变异推断方法进行了系统性基准测试 | 首次系统性地评估了五种常用scCNV推断方法在不同单细胞RNA测序平台上的性能表现 | 测试数据集规模有限,未涵盖所有可能的肿瘤类型和实验条件 | 评估单细胞RNA测序拷贝数变异推断方法的准确性和可靠性 | 人类肺腺癌细胞系和小细胞肺癌患者组织样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | HoneyBADGER, CopyKAT, CaSpER, inferCNV, sciCNV | 单细胞RNA测序数据 | 五个肺腺癌细胞系混合样本和一个小细胞肺癌患者组织样本 | 多种平台(具体未明确说明) | 单细胞RNA测序 | NA | 四种不同的单细胞RNA测序平台 |
| 272 | 2025-10-06 |
Differential cellular communication inference framework for large-scale single-cell RNA-sequencing data
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf084
PMID:40585304
|
研究论文 | 提出一个可推广的计算框架scSeqCommDiff,用于从大规模单细胞转录组数据中推断和分析两种实验条件下的差异细胞通讯 | 开发了统计和网络计算方法,能够快速且内存高效地表征改变的细胞间通讯,并提供了用户友好的交互式分析工具CClens | 未明确说明框架在特定实验设计或数据类型的适用性限制 | 开发计算框架以支持大规模单细胞RNA测序数据中的差异细胞通讯分析 | 单细胞转录组数据,包括细胞图谱和肌萎缩侧索硬化症患者与健康受试者的单核转录组数据 | 生物信息学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,单核转录组学 | 统计模型,网络分析方法 | 单细胞转录组数据 | 大规模数据集,包括细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 273 | 2025-10-06 |
Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis
2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfae292
PMID:39694817
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示ANCA相关性肾小球肾炎中经典单核细胞来源巨噬细胞和SPP1脂质相关巨噬细胞介导炎症和纤维化的机制 | 首次在ANCA相关性肾小球肾炎中鉴定出四种主要巨噬细胞亚群,特别是发现经典单核细胞来源巨噬细胞和SPP1脂质相关巨噬细胞分别介导炎症和纤维化过程 | 样本量较小(仅5名活动期AGN患者),缺乏纵向随访数据 | 探究ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | ANCA相关性肾小球肾炎患者、狼疮性肾炎患者和肾切除对照者的肾脏CD45+免疫细胞 | 单细胞转录组学 | ANCA相关性肾小球肾炎 | 单细胞RNA测序, 免疫染色, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫组织化学数据, 流式细胞数据 | 25,485个新鲜获取的未冻存高质量肾脏CD45+免疫细胞,来自5名活动期AGN患者、1名狼疮性肾炎患者和1名肾切除对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 274 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing has revealed the palmitoylation landscape in lung adenocarcinoma and identified ABHD17C as a novel biomarker
2025-Jun-27, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024
PMID:40582697
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化修饰景观,并鉴定出ABHD17C作为新型生物标志物 | 首次在单细胞水平系统描绘肺腺癌棕榈酰化修饰图谱,发现C4上皮亚型与肿瘤转移相关,鉴定ABHD17C为关键调控因子 | NA | 探索肺腺癌中蛋白质棕榈酰化修饰的异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 肺腺癌上皮细胞 | 单细胞生物学 | 肺腺癌 | 单细胞测序,拷贝数变异分析,伪时间分析,富集分析,细胞间通讯分析 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 275 | 2025-10-06 |
Uncovering minimal pathways in melanoma initiation
2025-Jun-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60742-0
PMID:40571713
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了黑色素瘤起始的最小通路,发现仅携带Braf突变的裸鼠也能产生缓慢生长的肿瘤 | 发现仅Braf单突变即可诱导黑色素瘤形成,并鉴定出神经嵴样细胞作为恶性前体细胞 | 无法找到解释大多数肿瘤发生的从头突变或结构变异 | 探索黑色素瘤起始的最小遗传通路 | 小鼠黑色素瘤模型 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 276 | 2025-10-06 |
Direct single cell-type gene expression analysis in peripheral blood: novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for detection of bacterial infection
2025-Jun-23, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaf103
PMID:40581066
|
研究论文 | 开发了一种无需细胞分选的单细胞类型基因表达分析方法DIRECT LS-TA,用于检测细菌感染 | 提出了基于比例的生物标志物方法,使用PSAP和CTSS作为新型单核细胞参考基因,可直接从外周血量化单核细胞特异性基因表达 | NA | 开发无需细胞分选的单细胞类型基因表达分析方法用于细菌感染检测 | 外周血单核细胞基因表达 | 基因表达分析 | 细菌感染 | 单细胞类型基因表达分析,比例生物标志物方法 | 数学细胞混合基因表达模型 | 基因表达数据 | 多个数据集验证 | NA | 基因表达分析 | NA | NA |
| 277 | 2025-10-06 |
Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer
2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304
PMID:40358364
|
研究论文 | 本研究探讨奥拉帕尼联合或不联合地加瑞克在新诊断前列腺癌中的疗效及生物学机制 | 首次在无同源重组修复基因突变的前列腺癌患者中研究PARP抑制剂联合雄激素阻断的疗效机制 | 样本量有限,为单中心研究 | 研究PARP抑制剂和雄激素阻断联合治疗对原发性前列腺癌的生物学效应 | 前列腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,免疫组化,基因测序 | NA | 组织样本,基因表达数据 | 未明确样本数量的前列腺癌患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 278 | 2025-10-06 |
Dissection of the immune landscape in psoriatic arthritis defines immunoproteasome up-regulation in treatment resistance
2025-06-06, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adu0284
PMID:40478933
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者滑膜液免疫图谱,发现免疫蛋白酶体上调与治疗耐药性相关 | 首次在银屑病关节炎耐药患者中发现免疫蛋白酶体和MHC I类基因表达上调,并通过功能实验验证其治疗潜力 | 样本量相对有限(41例PsA患者和9例OA对照),需要更大规模研究验证 | 探索银屑病关节炎治疗耐药性的免疫学机制 | 银屑病关节炎患者和骨关节炎对照患者的滑膜液免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 41例银屑病关节炎患者和9例骨关节炎对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 279 | 2025-10-06 |
Role of stem-like cells in chemotherapy resistance and relapse in pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia
2025-Jun-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61222-1
PMID:40579412
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究儿童T细胞急性淋巴细胞白血病中干细胞样细胞在化疗耐药和复发中的作用 | 首次在T-ALL中通过纵向单细胞研究鉴定出具有干细胞特征的耐药细胞亚群 | 样本量相对有限(13对匹配样本+5例非复发患者) | 探究T-ALL复发和化疗耐药的机制 | 儿童T细胞急性淋巴细胞白血病患者样本 | 单细胞测序分析 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例样本(13对匹配诊断-复发样本+5例非复发诊断样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 280 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial analyses of the GDF family in tumors, with a focus on the prognostic and biological role of GDF15 in hepatocellular carcinoma
2025-Jun-27, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01431-9
PMID:40579699
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析GDF家族在肿瘤中的作用,重点关注GDF15在肝细胞癌中的预后和生物学功能 | 首次基于单细胞和空间转录组对GDF亚家族进行系统性泛癌分析,揭示了GDF15在肝细胞癌肿瘤微环境中的新作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证部分仅限于肝细胞癌细胞系 | 系统分析GDF亚家族在多种癌症中的表达特征及其临床意义 | 33种癌症类型,重点关注肝细胞癌 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 功能获得和缺失实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 细胞系实验数据 | 33种癌症类型的数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |