单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 741 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-06 |
Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.20.639313
PMID:40060435
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研究论文 | 本研究通过全脑转录组分析揭示了怀孕和产后经历通过多巴胺依赖的转录机制诱导持久神经适应的分子机制 | 首次确定多巴胺是调控怀孕和产后神经适应的核心调节因子，发现H3多巴胺化这一新型组蛋白修饰在介导神经可塑性中的关键作用 | 研究主要聚焦于海马背侧形成区，其他脑区的适应性变化可能未被完全探索 | 阐明怀孕和产后经历诱导持久神经适应的分子机制 | 小鼠和人类的海马背侧形成区，特别是背侧下托 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序，全脑转录组分析，化学遗传学 | NA | 转录组数据，表观基因组数据，行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 182 | 2025-10-06 |
ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability
2025-Jun-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877
PMID:40505628
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研究论文 | 通过建立携带自闭症相关拷贝数变异的小鼠胚胎干细胞模型，揭示细胞类型特异性翻译脆弱性 | 建立了包含63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系的标准化生物资源库，首次系统揭示不同神经元类型中UPF3B表达降低的共同表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 解析自闭症谱系障碍的细胞类型特异性发病机制 | 63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，神经分化 | 小鼠胚胎干细胞模型 | 单细胞转录组数据 | 63个干细胞系，其中12个代表性细胞系进行详细分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 183 | 2025-10-06 |
DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327
PMID:40444783
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研究论文 | 开发了一种用于个体水平单细胞RNA测序数据快速差异表达分析的统计工具DiSC | 通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制错误发现率 | NA | 开发高效且统计功效强大的个体水平差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | COVID-19, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 飞行时间细胞术 | 统计模型, 置换测试 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 184 | 2025-10-06 |
Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350
PMID:40511994
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研究论文 | 提出一种基于深度学习的空间转录组学数据整合方法GSI，通过表征学习提取基因空间分布特征并消除批次效应 | 首次将基因空间分布特征与基因表达特征整合到同一特征空间，并有效解决多样本批次效应问题 | 方法主要关注空间分布特征，可能未充分利用其他空间信息如细胞邻近性 | 开发空间转录组学数据分析方法，提升多样本整合分析性能 | 人类背外侧前额叶皮层组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞分析 | 自编码器 | 空间转录组数据 | 包含样本151673和151672等多人脑组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 185 | 2025-10-06 |
SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358
PMID:40581358
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研究论文 | 开发了一个名为SeuratIntegrate的R软件包，用于扩展Seurat中的单细胞数据整合方法 | 在R环境中集成了Python方法，提供自动化Python环境管理、跨语言对象转换和整合基准测试工具 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的多数据集整合流程 | 单细胞RNA测序数据整合方法和工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 186 | 2025-10-06 |
Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration
2025-Jun, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01467-4
PMID:40490493
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研究论文 | 本研究通过时序单细胞测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在促进肌肉再生中的关键作用 | 首次发现并鉴定了一个表达Gpnmb基因的特殊巨噬细胞亚群，该亚群在肌肉再生过程中发挥关键作用 | 巨噬细胞表型多样性的理解仍不完整，特殊亚群向消退期巨噬细胞转化的机制仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞在骨骼肌修复过程中的表型多样性及其在再生中的作用机制 | 骨骼肌损伤模型中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肌肉损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据 | 不同时间点的骨骼肌单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 187 | 2025-10-06 |
Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jun-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5352
PMID:40620806
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研究论文 | 提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织的高质量单细胞RNA测序的优化组织解离方案 | 使用深共晶溶剂在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中温度和酶处理引起的转录变化 | 仅针对三种医学重要昆虫载体进行了验证，未在其他物种中测试 | 开发适用于非模式生物的高质量单细胞RNA测序组织解离方法 | 蚊子和沙蝇的中肠组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 三种医学重要昆虫载体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic insights into endosulfan-induced liver injury: Key pathways and inflammatory responses
2025-Jun, Liver research (Beijing, China)
DOI:10.1016/j.livres.2025.05.002
PMID:40620502
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示硫丹诱导肝损伤的关键通路和炎症反应机制 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示硫丹诱导肝损伤的细胞分子机制，发现肝星状细胞与CD8+ T细胞间相互作用的关键作用 | 研究仅使用小鼠模型，未在人类样本中验证；暴露时间较短（两周） | 阐明硫丹诱导肝毒性的细胞和分子机制 | C57BL/6小鼠肝脏细胞 | 单细胞组学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肝脏样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 189 | 2025-10-06 |
Inference of single cell profiles from histology stains with the Single Cell omics from Histology Analysis Framework (SCHAF)
2025-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.21.533680
PMID:36993643
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研究论文 | 开发了从H&E组织学染色图像推断单细胞转录组图谱的计算框架SCHAF | 首次利用视觉变换器和对抗深度学习从常规H&E染色图像生成空间分辨的单细胞全转录组数据 | 存在一些局限性，但未在摘要中具体说明 | 从组织学染色图像推断单细胞分子图谱 | 肺癌、转移性乳腺癌、胎盘和整只小鼠幼崽等多种组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、H&E染色 | 视觉变换器、对抗深度学习 | 图像、转录组数据 | 多种组织的匹配样本 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 190 | 2025-10-06 |
Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans
2025-Jun, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03472-y
PMID:40272718
|
研究论文 | 本研究通过基因测序和功能分析确定了CFAP221基因变异与人类弱畸精子症之间的因果关系 | 首次发现CFAP221基因是男性不育的新致病基因，并揭示了其在精子鞭毛发育中的关键作用 | 研究仅基于两个中国家庭的病例，样本量较小 | 探索男性不育症中弱畸精子症的遗传病因 | 两个无血缘关系的中国不育男性家庭 | 生殖医学 | 男性不育症 | 全外显子组测序,桑格测序,扫描电镜,透射电镜,免疫荧光染色,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 基因组数据,图像数据,转录组数据 | 2个不育患者家庭 | NA | 单细胞RNA测序,全外显子组测序 | NA | NA |
| 191 | 2025-10-06 |
Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09071-2
PMID:40468066
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研究论文 | 通过泛癌分析揭示Y染色体丢失在癌细胞和T细胞中的共存现象及其对患者预后的影响 | 首次建立免疫细胞Y染色体丢失与恶性细胞Y染色体丢失之间的关联模型，发现上皮细胞和T细胞同时发生Y染色体丢失的患者预后最差 | 研究基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证机制 | 探究Y染色体丢失在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系及其临床意义 | 29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据，以及自体移植和同系小鼠模型 | 癌症基因组学 | 上皮癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 29种人类肿瘤类型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2025-10-06 |
The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages
2025-Jun-27, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661
PMID:40582585
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研究论文 | 本研究揭示了NF-κB/LY6E信号轴通过响应巨噬细胞与口腔鳞癌细胞的相互作用促进癌症干性的机制 | 首次发现LY6E是NF-κB驱动的增强子调控基因，并阐明巨噬细胞通过TNFα激活NF-κB/LY6E轴促进口腔鳞癌干性的新机制 | 未明确LY6E在其它类型癌症干性中的作用，且临床样本验证不足 | 探索调控口腔鳞癌干性的肿瘤-免疫细胞相互作用关键信号轴 | 口腔鳞状细胞癌细胞 | 单细胞转录组学 | 口腔鳞癌 | 单细胞RNA测序 | CytoTRACE分析 | 单细胞RNA测序数据 | GEO数据库中的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 193 | 2025-10-06 |
Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes
2025-Jun-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188543
PMID:40359016
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析发现多发性硬化症早期活动与TBX21+CD21loCXCR3+ B细胞扩增相关，其表型类似于EB病毒诱导的B细胞 | 首次将EBV相关的非典型B细胞表型与多发性硬化症早期活动相关联，并发现这类细胞具有独特的炎症因子表达特征 | 未检测到EBV直接感染非典型B细胞，且样本量相对有限 | 探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的作用 | 早期多发性硬化症患者的外周B细胞 | 单细胞生物学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据,蛋白质表达数据 | 免疫耐受网络STAyCIS试验中纵向收集的早期多发性硬化症患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 194 | 2025-10-06 |
Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages
2025-Jun-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1
PMID:40585272
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研究论文 | 开发了一种三组分肿瘤球模型，模拟高级别浆液性卵巢癌的肿瘤微环境 | 创建了包含癌细胞、间充质干细胞和巨噬细胞的异质性三维肿瘤球模型，重现了HGSC的关键临床表型 | 模型中使用的是细胞系而非原代肿瘤细胞，可能无法完全代表患者肿瘤的异质性 | 研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中不同细胞类型的相互作用及其对治疗反应的影响 | 高级别浆液性卵巢癌细胞(OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8)、原代间充质干细胞、U937来源的M2样巨噬细胞 | 肿瘤生物学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 侵袭实验, 迁移实验 | 三维肿瘤球模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 多种细胞系组成的肿瘤球模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 195 | 2025-10-06 |
Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08973-5
PMID:40335697
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研究论文 | 本研究利用单细胞技术揭示了髓母细胞瘤中大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件，而单基因致癌事件是晚期亚克隆事件 | 首次在单细胞水平揭示髓母细胞瘤中大规模染色体畸变与单基因致癌事件在肿瘤发生发展中的时序关系 | 研究样本量有限，仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6改变的特定亚型 | 解析髓母细胞瘤肿瘤异质性和致癌基因畸变在肿瘤进化中的作用 | 3/4组髓母细胞瘤患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | 群体遗传学模型 | 单细胞测序数据, 空间转录组数据 | 一组已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤队列 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 196 | 2025-10-06 |
Chromatin accessibility module identified by single-cell sequencing underlies the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma
2025-Jun-27, World journal of hepatology
IF:2.5Q2
DOI:10.4254/wjh.v17.i6.107329
PMID:40606924
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研究论文 | 通过单细胞测序识别染色质可及性模块，揭示其在肝细胞癌诊断和预后中的作用机制 | 首次整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据解析HCC中多层染色质调控网络，发现DGAT1作为染色质可及性核心调控基因 | 样本来源有限，功能验证主要基于体外实验，需要更多临床样本验证 | 解析多层染色质调控如何维持致癌转录和肿瘤-基质相互作用 | 肝细胞癌样本 | 单细胞多组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 批量RNA测序 | ArchR, 共可及性网络分析 | 单细胞测序数据, 批量测序数据 | 多个队列（TCGA、肝癌研究所、GSE25907） | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 197 | 2025-10-06 |
Elevated Stanniocalcin-1 Expression in Uveal Melanoma Predicts Poor Patient Prognosis
2025-Jun-26, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20526
PMID:40571316
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研究论文 | 本研究探讨了STC-1在葡萄膜黑色素瘤中的表达及其与患者预后的关系 | 首次揭示了STC-1在葡萄膜黑色素瘤中的预后价值及其在肿瘤微环境中的细胞来源 | 样本量较小（阶段IV仅4例），需要进一步实验验证机制 | 评估STC-1在葡萄膜黑色素瘤中的预后意义和生物学作用 | 葡萄膜黑色素瘤患者和肿瘤组织 | 生物信息学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 转录组分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 阶段III 36例，阶段IV 4例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 198 | 2025-10-06 |
IL-1β signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues
2025-Jun-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188724
PMID:40392614
|
研究论文 | 本研究揭示了IL-1β信号通过调节人类淋巴组织中滤泡辅助T细胞和滤泡调节性T细胞的平衡影响自身免疫反应 | 首次在人类淋巴组织中证实IL-1β信号通过IL-1R1/IL-1R2受体比例调控Tfh/Tfr细胞分化和功能，发现具有Treg和GC-Tfh特征的独特活化Tfr亚群 | 研究主要基于体外实验和表型分析，需要进一步体内功能验证 | 阐明IL-1β信号在人类滤泡T细胞稳态调控中的作用机制 | 人类次级淋巴器官（扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结）中的Tfh和Tfr细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养 | NA | 细胞表型数据、基因表达数据 | 人类淋巴组织样本和自身免疫患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 199 | 2025-10-06 |
Type 2 diabetes alters quiescent pancreatic stellate cells to tumor-prone state
2025-Jun-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187424
PMID:40548381
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了2型糖尿病如何改变静息胰腺星状细胞的亚群分布，促进胰腺导管腺癌发展 | 首次在单细胞水平鉴定出静息胰腺星状细胞中具有肿瘤免疫和血管生成促进功能的新亚群tapPafs，并发现2型糖尿病从癌前阶段就改变了这些亚群的比例 | 研究样本量相对较小，主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究2型糖尿病对静息胰腺星状细胞亚群的影响及其在胰腺癌发生中的作用 | 小鼠胰腺星状细胞和人类2型糖尿病患者的胰腺组织 | 单细胞生物学 | 胰腺癌、2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | C57BL/6J小鼠和db/db糖尿病小鼠的胰腺星状细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 200 | 2025-10-06 |
Multi-omics Analysis Reveals Molecular Subtype of Mitochondrial Oxidative Stress and Prognostic Model Development in Sepsis
2025-Jun-20, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL38957
PMID:40613299
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研究论文 | 通过多组学分析识别脓毒症中线粒体氧化应激相关基因特征并构建预后风险模型 | 首次结合WGCNA和差异表达分析识别脓毒症中线粒体氧化应激相关基因特征，并通过单细胞RNA测序和体外实验验证RNASE2的关键作用 | 数据来源于公共数据库，样本量有限，需要进一步临床验证 | 探索脓毒症中线粒体氧化应激的分子亚型并开发预后模型 | 脓毒症患者样本和正常对照样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, LASSO分析, Cox回归分析, ESTIMATE, ssGSEA | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库三个数据集(GSE54514, GSE65682, GSE95233)的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |