单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 736 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-06 |
OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212
PMID:40577399
|
研究论文 | 提出一种基于正交图自编码器的空间转录组数据细胞间通讯网络构建方法 | 使用两个正交耦合的变分图自编码器分别捕获细胞/点和基因维度特征，并通过最大化重建特征相似性进行整合 | NA | 从空间转录组数据推断细胞间通讯网络 | 细胞间通讯机制 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 变分图自编码器 | 基因表达谱，空间位置数据 | 五个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 182 | 2025-10-06 |
Deciphering cholangiocarcinoma heterogeneity and specific progenitor cell niche of extrahepatic cholangiocarcinoma at single-cell resolution
2025-Jun-23, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01716-z
PMID:40551145
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学方法揭示胆管癌的分子异质性及肝外胆管癌特异性祖细胞生态位 | 首次在单细胞分辨率下系统比较肝内和肝外胆管癌的肿瘤生态系统差异，发现肝外胆管癌特有的LY6D+基底样癌细胞亚群及其ISG15富集的微环境 | 样本量相对有限（28个样本），需要更大规模研究验证发现 | 解析胆管癌异质性并识别肝外胆管癌特异性祖细胞生态位 | 胆管癌患者组织样本（包括慢性胆道炎症和不同解剖部位胆管癌） | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,空间RNA原位测序,多组学分析,组织微阵列,患者来源类器官,小鼠模型 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,多组学数据 | 109,071个单细胞来自28个样本（7个慢性胆道炎症,21个胆管癌） | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 183 | 2025-10-06 |
[Biological characteristics of liver zonation and its role in disease and aging]
2025-Jun-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
|
综述 | 本文总结了肝脏分区代谢特征在维持肝功能中的重要作用及其与疾病和衰老的关系 | 整合单细胞基因组学和空间转录组学新技术揭示肝脏分区在疾病与衰老中的作用机制 | NA | 探讨肝脏分区的生物学特性及其在疾病和衰老过程中的作用 | 肝脏细胞沿门静脉-中央静脉轴的异质性 | 空间转录组学 | 肝脏疾病 | 单细胞基因组学, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 184 | 2025-10-06 |
Two Specialized Intrinsic Cardiac Neuron Types Safeguard Heart Homeostasis and Stress Resilience
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659555
PMID:40661461
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研究论文 | 通过单细胞转录组学等技术发现心脏内存在两种分子特征不同的神经元亚型，分别负责维持心脏稳态和应激韧性 | 首次在分子水平识别出两种功能特化的心脏内神经元亚型，并阐明其各自在维持冠状动脉灌注和心脏电稳定性中的独特作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类心脏中验证 | 探索心脏内在神经系统的分子和功能组织 | 小鼠心脏内在神经元 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、高分辨率成像、细胞特异性遗传工具 | NA | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2025-10-06 |
ASXL1 truncating mutations drive leukemic resistance to T cell attack
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.29.656798
PMID:40661385
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研究论文 | 本研究通过整合分子分析和免疫功能研究，揭示了ASXL1截断突变通过抑制HLA-I表达驱动白血病对T细胞攻击产生耐药性的新机制 | 首次发现ASXL1截断突变是DLI耐药性的遗传基础，并阐明其通过Polycomb非依赖性机制抑制HLA-I表达的免疫逃逸通路 | 研究主要基于白血病细胞系K562和有限的患者队列，需要在更广泛的样本中验证 | 鉴定驱动白血病对供体淋巴细胞输注(DLI)产生耐药性的分子机制 | 接受DLI治疗的白血病患者和K562白血病细胞系 | 癌症免疫学 | 白血病 | 全外显子组测序, 靶向突变panel测序, 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, CRISPR基因编辑 | NA | 基因组测序数据, 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | 138,152个骨髓单个髓系细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 186 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-omic analysis of mesenchymal cells reveals molecular signatures and putative regulators of lung allograft fibrosis
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625698
PMID:40661599
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术分析肺移植受体间充质细胞的分子特征，揭示肺移植物纤维化的调控机制 | 首次结合单细胞转录组和染色质可及性分析揭示CEBPD作为CLAD相关间充质细胞的关键调控因子 | 样本量有限，早期时间点差异不明显，需要更大队列验证 | 探索肺移植后慢性移植物功能障碍的分子机制 | 肺移植受体的支气管肺泡灌洗液中的间充质细胞 | 单细胞多组学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞多组学测序, siRNA敲低, 染色质可及性分析 | 逻辑回归模型 | 单细胞RNA测序数据, 染色质可及性数据 | 肺移植受体支气管肺泡灌洗液样本（含CLAD和非CLAD对照组） | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 187 | 2025-10-06 |
Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa
2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14131948
PMID:40647957
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和AspWood数据库，鉴定并验证了毛果杨中木质部纤维优势表达基因的启动子 | 首次通过整合单细胞RNA测序和AspWood数据库系统鉴定毛果杨木质部纤维优势表达基因启动子，并创建了启动子::GUS转基因杨树进行功能验证 | 研究仅针对毛果杨这一树种，未在其他树种中验证启动子的保守性和功能 | 鉴定和验证适用于林木育种的木质部纤维特异性基因启动子 | 毛果杨（Populus trichocarpa）的基因启动子和转基因植株 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 激光捕获显微切割, RT-qPCR, 组织化学GUS染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 32个候选基因，最终验证9个基因启动子 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2025-10-06 |
A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618577
PMID:39463993
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荟萃分析 | 开发了一种专注于可重复性的单细胞转录组病例对照研究荟萃分析方法，用于识别稳健的差异表达基因 | 提出基于跨数据集相对差异表达排序可重复性的非参数荟萃分析方法SumRank | 依赖已发表研究的质量和一致性，可能受原始实验设计差异影响 | 评估单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性并开发改进的识别方法 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、精神分裂症和COVID-19的单细胞RNA测序研究数据 | 生物信息学 | 神经退行性疾病,精神疾病,传染病 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 非参数荟萃分析模型 | 基因表达数据 | 多个已发表研究的汇总数据 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 189 | 2025-10-06 |
Defining Keypoints to Align H&E Images and Xenium DAPI-Stained Images Automatically
2025-Jun-30, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14131000
PMID:40643521
|
研究论文 | 开发了一种自动生成关键点文件的方法Xenium-Align，用于在Xenium Explorer软件中实现H&E图像和Xenium DAPI染色图像的对齐 | 提出了首个自动生成关键点的方法，替代了需要领域专家手动标记关键点的传统流程 | 方法运行时间效率有待优化，可用性需要进一步提升 | 开发自动图像配准方法，用于空间转录组学研究中的图像对齐 | 人类肾脏样本和皮肤样本，包括健康和疾病状态 | 空间转录组学 | 肾脏疾病,皮肤疾病 | 图像配准,关键点识别 | NA | H&E图像,Xenium DAPI染色图像 | 14个人类肾脏样本和1个人类皮肤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 10x Xenium原位空间转录组平台 |
| 190 | 2025-10-06 |
PhytoCluster: a generative deep learning model for clustering plant single-cell RNA-seq data
2025-Jun, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-025-00196-6
PMID:40641652
|
研究论文 | 提出了一种名为PhytoCluster的无监督深度学习算法，用于聚类植物单细胞RNA测序数据 | 开发了专门针对植物单细胞RNA测序数据的生成式深度学习聚类模型，在聚类准确性、噪声去除和信号保留方面优于现有方法 | NA | 解决植物单细胞RNA测序数据的高维度、稀疏性和生物噪声等计算挑战 | 植物单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成式深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 4个模拟数据集和5个真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 191 | 2025-10-06 |
[Analysis of the number, type, and functional heterogeneity of senescent cells in the radiation-induced skin wounds in mice]
2025-Jun-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi
|
研究论文 | 本研究通过实验和生物信息学分析探讨了辐射诱导小鼠皮肤伤口中衰老细胞的数量、类型和功能异质性 | 首次系统揭示了辐射诱导皮肤损伤中多种细胞类型的衰老特征及其功能异质性，发现了衰老细胞积累的剂量和时间依赖性规律 | 研究样本量有限，仅使用转基因小鼠模型，未验证其他动物模型或人类样本 | 探究辐射诱导皮肤伤口中衰老细胞的特征和功能异质性 | p16-diphtheria toxin receptor-tdTomato转基因小鼠和公开的大鼠单细胞转录组数据 | 细胞生物学 | 放射性皮肤损伤 | 免疫荧光法、流式细胞术、单细胞转录组测序、生物信息学分析 | NA | 实验数据、单细胞转录组数据 | 49只转基因小鼠（40只用于主要实验，9只用于流式分析）和公开的大鼠单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2025-10-06 |
Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression
2025-Jun-20, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.004
PMID:40578359
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研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组-转录组联合分析揭示了卵巢交界性肿瘤的分子景观及其向侵袭性进展的机制 | 首次整合细胞类型分辨的空间蛋白质组学和转录组学技术，系统解析卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌的演进过程 | 样本量有限，需要更大规模研究验证发现 | 阐明卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌侵袭性进展的分子机制 | 卵巢浆液性交界性肿瘤(SBT)和低级别浆液性癌(LGSC)患者组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 193 | 2025-10-06 |
Macrophages-derived NRG-1 promotes angiogenesis after ischemic stroke via the Akt-mTOR pathway
2025-Jun-19, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01323
PMID:40537024
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研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞来源的神经调节蛋白-1在缺血性脑卒中后通过Akt-mTOR通路促进血管生成的作用机制 | 首次发现外周血巨噬细胞是脑卒中后神经调节蛋白-1的来源，并阐明其通过Akt/mTOR/VEGF信号通路促进血管生成的神经保护机制 | NA | 探究神经调节蛋白-1在缺血性脑卒中中的来源、功能及分子机制 | 急性缺血性脑卒中患者和短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞测序 | NA | 临床样本数据、动物实验数据 | 急性缺血性脑卒中患者的配对血栓和外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 194 | 2025-10-06 |
Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.20.639313
PMID:40060435
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研究论文 | 本研究通过全脑转录组分析揭示了怀孕和产后经历通过多巴胺依赖的转录机制诱导持久神经适应的分子机制 | 首次确定多巴胺是调控怀孕和产后神经适应的核心调节因子，发现H3多巴胺化这一新型组蛋白修饰在介导神经可塑性中的关键作用 | 研究主要聚焦于海马背侧形成区，其他脑区的适应性变化可能未被完全探索 | 阐明怀孕和产后经历诱导持久神经适应的分子机制 | 小鼠和人类的海马背侧形成区，特别是背侧下托 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序，全脑转录组分析，化学遗传学 | NA | 转录组数据，表观基因组数据，行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 195 | 2025-10-06 |
ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability
2025-Jun-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877
PMID:40505628
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研究论文 | 通过建立携带自闭症相关拷贝数变异的小鼠胚胎干细胞模型，揭示细胞类型特异性翻译脆弱性 | 建立了包含63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系的标准化生物资源库，首次系统揭示不同神经元类型中UPF3B表达降低的共同表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 解析自闭症谱系障碍的细胞类型特异性发病机制 | 63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，神经分化 | 小鼠胚胎干细胞模型 | 单细胞转录组数据 | 63个干细胞系，其中12个代表性细胞系进行详细分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 196 | 2025-10-06 |
DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327
PMID:40444783
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研究论文 | 开发了一种用于个体水平单细胞RNA测序数据快速差异表达分析的统计工具DiSC | 通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制错误发现率 | NA | 开发高效且统计功效强大的个体水平差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | COVID-19, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 飞行时间细胞术 | 统计模型, 置换测试 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 197 | 2025-10-06 |
Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350
PMID:40511994
|
研究论文 | 提出一种基于深度学习的空间转录组学数据整合方法GSI，通过表征学习提取基因空间分布特征并消除批次效应 | 首次将基因空间分布特征与基因表达特征整合到同一特征空间，并有效解决多样本批次效应问题 | 方法主要关注空间分布特征，可能未充分利用其他空间信息如细胞邻近性 | 开发空间转录组学数据分析方法，提升多样本整合分析性能 | 人类背外侧前额叶皮层组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞分析 | 自编码器 | 空间转录组数据 | 包含样本151673和151672等多人脑组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 198 | 2025-10-06 |
SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358
PMID:40581358
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研究论文 | 开发了一个名为SeuratIntegrate的R软件包，用于扩展Seurat中的单细胞数据整合方法 | 在R环境中集成了Python方法，提供自动化Python环境管理、跨语言对象转换和整合基准测试工具 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的多数据集整合流程 | 单细胞RNA测序数据整合方法和工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 199 | 2025-10-06 |
Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration
2025-Jun, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01467-4
PMID:40490493
|
研究论文 | 本研究通过时序单细胞测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在促进肌肉再生中的关键作用 | 首次发现并鉴定了一个表达Gpnmb基因的特殊巨噬细胞亚群，该亚群在肌肉再生过程中发挥关键作用 | 巨噬细胞表型多样性的理解仍不完整，特殊亚群向消退期巨噬细胞转化的机制仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞在骨骼肌修复过程中的表型多样性及其在再生中的作用机制 | 骨骼肌损伤模型中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肌肉损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据 | 不同时间点的骨骼肌单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 200 | 2025-10-06 |
Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jun-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5352
PMID:40620806
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研究论文 | 提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织的高质量单细胞RNA测序的优化组织解离方案 | 使用深共晶溶剂在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中温度和酶处理引起的转录变化 | 仅针对三种医学重要昆虫载体进行了验证，未在其他物种中测试 | 开发适用于非模式生物的高质量单细胞RNA测序组织解离方法 | 蚊子和沙蝇的中肠组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 三种医学重要昆虫载体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |