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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-06 |
The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy
2025-Jun-30, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01498-6
PMID:40588764
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研究论文 | 本研究探讨CXCL16/CXCR6轴在CAR-T细胞疗法相关神经毒性中的作用机制 | 首次发现CXCR6+细胞毒性T细胞在ICANS脑脊液中富集,并揭示CXCL16/CXCR6轴与神经毒性严重程度的相关性 | 样本量较小(n=11),且严重病例数量有限 | 阐明CAR-T细胞疗法中免疫效应细胞相关神经毒性综合征的发病机制 | 接受CAR-T细胞治疗并发生ICANS的患者外周血和脑脊液样本,以及尸检脉络丛和脑组织 | 单细胞生物学 | 神经毒性综合征 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 多模态空间转录组学, 免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 11例ICANS患者(分级:1级3例,2级4例,3级1例,4级3例) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 182 | 2025-10-06 |
Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain
2025-Jun, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01561-5
PMID:39976844
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析紫杉醇诱导的小鼠脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响 | 首次在单细胞水平揭示紫杉醇诱导的内皮细胞衰老通过改变细胞连接组装和细胞外基质重塑相关基因表达导致血脑屏障功能障碍 | 研究仅基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何影响血脑屏障完整性的基因表达模式 | 紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 化疗相关认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 紫杉醇处理组和对照组小鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 183 | 2025-10-06 |
Identification of Prognostic Biomarkers in Gene Expression Profile of Neuroblastoma Via Machine Learning
2025-Jun, Pediatric discovery
DOI:10.1002/pdi3.70009
PMID:40666234
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研究论文 | 通过机器学习方法识别神经母细胞瘤基因表达谱中的预后生物标志物 | 提出了一种基于网络的整合机器学习方法,结合bulk和单细胞RNA测序数据发现神经母细胞瘤预后相关生物标志物 | NA | 识别神经母细胞瘤的预后生物标志物和治疗靶点 | 神经母细胞瘤基因表达数据 | 机器学习 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 支持向量机 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 184 | 2025-10-06 |
GPX1 and RCN1 as New Endoplasmic Reticulum Stress-Related Biomarkers in Multiple Sclerosis Brain Tissue and Their Involvement in the APP-CD74 Pathway: An Integrated Study Combining Machine Learning and Multi-Omics
2025-Jun-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26136286
PMID:40650067
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和单细胞测序技术,鉴定出13个与多发性硬化相关的内质网应激生物标志物,并揭示了它们在APP-CD74通路中的作用机制 | 首次结合机器学习算法和多组学方法系统鉴定多发性硬化中内质网应激相关生物标志物,并发现GPX1和RCN1的诊断价值 | 研究结果仍需在更大规模的人群中验证,动物模型与人类疾病的差异可能影响结果的普适性 | 探索内质网应激相关生物标志物在多发性硬化发病机制中的作用 | 多发性硬化患者脑组织和实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠模型 | 机器学习 | 多发性硬化 | 单细胞测序,加权基因共表达网络分析,机器学习算法,孟德尔随机化分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2025-10-06 |
Identification of Potential Therapeutic Targets for Coronary Atherosclerosis from an Inflammatory Perspective Through Integrated Proteomics and Single-Cell Omics
2025-Jun-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26136201
PMID:40649979
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研究论文 | 通过整合蛋白质组学和单细胞组学方法,从炎症角度识别冠状动脉粥样硬化的潜在治疗靶点 | 首次将蛋白质组范围的孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序相结合,从炎症角度系统识别冠状动脉粥样硬化的治疗靶点 | 研究主要基于欧洲人群数据,需要在其他人群中验证 | 识别冠状动脉粥样硬化的炎症相关蛋白治疗靶点 | 冠状动脉粥样硬化患者及相关蛋白质靶点 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | 孟德尔随机化模型 | 蛋白质组数据, 基因组数据, 单细胞转录组数据 | UK-PPP队列54,219名参与者(2,923种蛋白质), 冰岛队列35,559名参与者(4,907种蛋白质) | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 186 | 2025-10-06 |
Personalized Gut-Liver Microphysiological System Maps Donor-Specific Tissue-Resident Immunity and Reveals a Conserved Metabolic Crosstalk
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.05.652244
PMID:40667172
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研究论文 | 构建个性化肠道-肝脏微生理系统以重现组织驻留免疫特征并揭示保守的代谢互作 | 首次建立包含自体免疫细胞的个性化多器官微生理系统,揭示代谢对话与个体免疫特征的共存关系 | 仅使用两名供者的样本,样本规模有限 | 探索组织驻留免疫的个体差异及其与代谢互作的关系 | 原代结肠上皮细胞、肝细胞和自体CD45⁺组织驻留免疫细胞 | 生物医学工程 | 免疫代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | 微生理系统 | 单细胞转录组数据 | 2名供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 187 | 2025-10-06 |
Stiffness sensing fuels matrix-driven metabolic reboot for kidney repair and regeneration
2025-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.22.660927
PMID:40667238
|
研究论文 | 本研究揭示了Mfap2通过调控细胞外基质硬度和机械信号传导,促进肾脏修复所需的代谢重编程机制 | 首次发现Mfap2作为核心基质蛋白通过Esr2-Lats1轴连接组织硬度感知与代谢重编程,为肾脏修复提供新机制 | 研究主要基于基因工程和药理学模型,临床转化潜力需进一步验证 | 探索细胞外基质驱动的肾脏修复机制 | 急性肾损伤后的肾脏修复过程 | 组织工程与再生医学 | 急性肾损伤 | 组织工程、多组学分析、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、空间转录组学 | 基因敲除模型、药理学模型 | 蛋白质组数据、转录组数据、空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,蛋白质组学 | NA | NA |
| 188 | 2025-10-06 |
Tumor Cells Enriched for Interferon and Inflammatory Programs Pre-Exist in High Grade Serous Ovarian Cancer and are Proportionately Significantly Increased Post Chemotherapy
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661404
PMID:40667229
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析化疗前后高级别浆液性卵巢癌肿瘤细胞的转录组变化 | 发现化疗后显著富集表达干扰素和炎症基因特征的肿瘤细胞群,并揭示LINE1去抑制与先天免疫激活的关联 | 样本量相对较小(7对匹配肿瘤),需要更大队列验证 | 定义可逆耐药细胞的脆弱性并探索化疗对肿瘤微环境的影响 | 高级别浆液性卵巢癌患者化疗前后的肿瘤样本 | 单细胞基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光成像 | NA | 单细胞转录组数据,影像数据 | 7对匹配的化疗前后肿瘤样本,>130个初治肿瘤的跨队列分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 189 | 2025-10-06 |
A spatial atlas of chemoradiation therapy in pancreatic cancer identifies cellular and microenvironmental determinants of persister populations
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660757
PMID:40667350
|
研究论文 | 本研究构建了胰腺癌放化疗的空间图谱,揭示了耐受性细胞群体的细胞和微环境决定因素 | 开发了新型统计方法SpaCCI解析空间细胞互作,首次发现CXCL12/TGFβ驱动的耐受细胞生态位及其对铁死亡和铜死亡途径的抵抗机制 | 样本量相对有限(50例患者样本),空间转录组数据存在细胞类型混合的技术局限 | 阐明胰腺导管腺癌对放疗的适应性机制和细胞间相互作用 | 胰腺导管腺癌患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | SpaCCI统计模型 | 转录组数据, 空间数据 | 50例患者样本(16例纵向匹配单细胞RNA测序,34例空间转录组样本) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 190 | 2025-10-06 |
The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782
PMID:40478737
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了幼年大鼠内侧杏仁核中游戏行为的性别差异转录组特征 | 首次揭示了游戏行为相关转录组在内侧杏仁核中的性别特异性表达模式,并确定抑制性神经元是驱动这种性别差异的关键细胞类型 | 研究仅针对大鼠模型,结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探索游戏行为在内侧杏仁核中的分子机制和性别差异基础 | 幼年大鼠的内侧杏仁核组织 | 神经科学, 转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 整合生物信息学分析 | NA | 转录组数据 | 新生和幼年大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 191 | 2025-10-06 |
Immunosuppressive Tumor Microenvironment of Osteosarcoma
2025-Jun-24, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17132117
PMID:40647416
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析骨肉瘤的免疫微环境特征 | 首次在骨肉瘤中系统鉴定免疫抑制细胞群体并揭示MDSCs通过NF-κB通路促进免疫抑制微环境的机制 | 样本量较小(12个单细胞RNA测序样本),需要更大队列验证 | 解析骨肉瘤免疫微环境的组成和功能 | 骨肉瘤肿瘤活检样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 细胞-细胞通讯模型 | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 12个骨肉瘤活检样本(6个新测序+6个已发表) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 192 | 2025-10-06 |
Developmental Plasticity and Stromal Co-option Shape a Pituitary Neuroendocrine Tumor Transcriptional Continuum
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.18.659743
PMID:40666832
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学解析垂体神经内分泌肿瘤的发育可塑性和微环境相互作用 | 发现垂体神经内分泌肿瘤存在跨越亚型的转录连续谱,挑战传统离散分类;揭示肿瘤细胞共用了正常成体神经内分泌细胞的细胞通讯网络 | 样本来源仅限于人类正常垂体和垂体神经内分泌肿瘤,未涉及其他物种或更广泛的肿瘤类型 | 解析垂体神经内分泌肿瘤的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用 | 人类正常垂体和垂体神经内分泌肿瘤组织 | 数字病理学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 419,874个细胞 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 193 | 2025-10-06 |
Cerebellum metastasis model of HER2-positive breast cancer unveils key role of IL34-induced Arg1+ macrophages
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.17.660224
PMID:40666928
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研究论文 | 本研究通过建立HER2阳性乳腺癌小脑转移模型,揭示了IL34诱导的Arg1+巨噬细胞在脑转移中的关键作用 | 首次开发了免疫活性小鼠的HER2阳性乳腺癌小脑转移模型,并发现癌细胞产生的IL34通过诱导Arg1+巨噬细胞促进脑转移生长 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探究HER2阳性乳腺癌小脑转移的分子机制及治疗策略 | HER2阳性乳腺癌小鼠模型和小脑转移灶 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学,MRI,光学成像 | 小鼠移植瘤模型 | 基因表达数据,影像数据 | 未明确说明 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 194 | 2025-10-06 |
The Human LRRK2-R1441G Mutation Drives Age-Dependent Oxidative Stress and Mitochondrial Dysfunction in Dopaminergic Neurons
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.660029
PMID:40667152
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研究论文 | 本研究探讨LRRK2-R1441G突变如何通过年龄依赖性方式导致多巴胺神经元线粒体功能障碍和氧化应激 | 首次结合BAC转基因小鼠模型和线粒体靶向氧化还原成像技术,揭示LRRK2突变引起年龄依赖性线粒体功能衰退的机制 | 研究基于转基因小鼠模型,与人类帕金森病存在物种差异 | 探究LRRK2-R1441G突变对中脑多巴胺神经元线粒体功能的影响 | BAC转基因小鼠模型中的中脑多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 双光子成像、空间转录组学、线粒体靶向氧化还原成像 | BAC转基因小鼠模型 | 图像、基因表达数据 | 3、6、10月龄小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx数字空间分析仪 |
| 195 | 2025-10-06 |
OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212
PMID:40577399
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研究论文 | 提出一种基于正交图自编码器的空间转录组数据细胞间通讯网络构建方法 | 使用两个正交耦合的变分图自编码器分别捕获细胞/点和基因维度特征,并通过最大化重建特征相似性进行整合 | NA | 从空间转录组数据推断细胞间通讯网络 | 细胞间通讯机制 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 变分图自编码器 | 基因表达谱,空间位置数据 | 五个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 196 | 2025-10-06 |
Deciphering cholangiocarcinoma heterogeneity and specific progenitor cell niche of extrahepatic cholangiocarcinoma at single-cell resolution
2025-Jun-23, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01716-z
PMID:40551145
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学方法揭示胆管癌的分子异质性及肝外胆管癌特异性祖细胞生态位 | 首次在单细胞分辨率下系统比较肝内和肝外胆管癌的肿瘤生态系统差异,发现肝外胆管癌特有的LY6D+基底样癌细胞亚群及其ISG15富集的微环境 | 样本量相对有限(28个样本),需要更大规模研究验证发现 | 解析胆管癌异质性并识别肝外胆管癌特异性祖细胞生态位 | 胆管癌患者组织样本(包括慢性胆道炎症和不同解剖部位胆管癌) | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,空间RNA原位测序,多组学分析,组织微阵列,患者来源类器官,小鼠模型 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,多组学数据 | 109,071个单细胞来自28个样本(7个慢性胆道炎症,21个胆管癌) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 197 | 2025-10-06 |
Two Specialized Intrinsic Cardiac Neuron Types Safeguard Heart Homeostasis and Stress Resilience
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659555
PMID:40661461
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研究论文 | 通过单细胞转录组学等技术发现心脏内存在两种分子特征不同的神经元亚型,分别负责维持心脏稳态和应激韧性 | 首次在分子水平识别出两种功能特化的心脏内神经元亚型,并阐明其各自在维持冠状动脉灌注和心脏电稳定性中的独特作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类心脏中验证 | 探索心脏内在神经系统的分子和功能组织 | 小鼠心脏内在神经元 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、高分辨率成像、细胞特异性遗传工具 | NA | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 198 | 2025-10-06 |
ASXL1 truncating mutations drive leukemic resistance to T cell attack
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.29.656798
PMID:40661385
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研究论文 | 本研究通过整合分子分析和免疫功能研究,揭示了ASXL1截断突变通过抑制HLA-I表达驱动白血病对T细胞攻击产生耐药性的新机制 | 首次发现ASXL1截断突变是DLI耐药性的遗传基础,并阐明其通过Polycomb非依赖性机制抑制HLA-I表达的免疫逃逸通路 | 研究主要基于白血病细胞系K562和有限的患者队列,需要在更广泛的样本中验证 | 鉴定驱动白血病对供体淋巴细胞输注(DLI)产生耐药性的分子机制 | 接受DLI治疗的白血病患者和K562白血病细胞系 | 癌症免疫学 | 白血病 | 全外显子组测序, 靶向突变panel测序, 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, CRISPR基因编辑 | NA | 基因组测序数据, 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | 138,152个骨髓单个髓系细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 199 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-omic analysis of mesenchymal cells reveals molecular signatures and putative regulators of lung allograft fibrosis
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625698
PMID:40661599
|
研究论文 | 通过单细胞多组学技术分析肺移植受体间充质细胞的分子特征,揭示肺移植物纤维化的调控机制 | 首次结合单细胞转录组和染色质可及性分析揭示CEBPD作为CLAD相关间充质细胞的关键调控因子 | 样本量有限,早期时间点差异不明显,需要更大队列验证 | 探索肺移植后慢性移植物功能障碍的分子机制 | 肺移植受体的支气管肺泡灌洗液中的间充质细胞 | 单细胞多组学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞多组学测序, siRNA敲低, 染色质可及性分析 | 逻辑回归模型 | 单细胞RNA测序数据, 染色质可及性数据 | 肺移植受体支气管肺泡灌洗液样本(含CLAD和非CLAD对照组) | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 200 | 2025-10-06 |
Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa
2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14131948
PMID:40647957
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和AspWood数据库,鉴定并验证了毛果杨中木质部纤维优势表达基因的启动子 | 首次通过整合单细胞RNA测序和AspWood数据库系统鉴定毛果杨木质部纤维优势表达基因启动子,并创建了启动子::GUS转基因杨树进行功能验证 | 研究仅针对毛果杨这一树种,未在其他树种中验证启动子的保守性和功能 | 鉴定和验证适用于林木育种的木质部纤维特异性基因启动子 | 毛果杨(Populus trichocarpa)的基因启动子和转基因植株 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 激光捕获显微切割, RT-qPCR, 组织化学GUS染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 32个候选基因,最终验证9个基因启动子 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |