单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-15	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序鉴定老年小鼠白色脂肪组织中具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累	首次在老年小鼠脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其表达颗粒酶M及促炎功能	研究局限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	比较衰老与高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织免疫细胞浸润的差异	年轻正常饮食小鼠、年轻高脂饮食小鼠及老年正常饮食小鼠的性腺白色脂肪组织基质血管组分	单细胞基因组学	老年性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	三组小鼠（年轻正常饮食、年轻高脂饮食、老年正常饮食）的性腺白色脂肪组织样本
2	2025-09-15	QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.15.659779 PMID:40667252	研究论文	介绍了一个名为QCatch的Python命令行工具，用于生成单细胞测序数据的交互式质量控制报告	开发了专门针对alevin-fry和simpleaf输出结果的标准化QC报告框架，提供交互式HTML报告和丰富注释的H5AD格式输出	NA	为单细胞测序数据提供质量控制和标准化报告	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	NA
3	2025-09-15	Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.658673 PMID:40747415	研究论文	提出HistoTME-v2，一种基于弱监督深度学习的框架，用于从H&E染色病理切片预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活动及空间分布	扩展为泛癌种分析工具，覆盖25种实体瘤，无需单细胞或区块级标注即可从常规H&E图像预测转录组特征并解析空间分布	性能依赖大规模数据集（内部验证7586张WSI，外部验证5657张WSI），且外部验证集相关性（0.53）略低于内部验证（0.61）	开发低成本、高通量的肿瘤微环境分析工具，推动空间生物学在常规病理工作流程中的应用	肿瘤微环境（TME）中的免疫和基质细胞类型	数字病理	肺癌（非小细胞肺癌）及多种实体瘤（共25种）	弱监督深度学习，空间转录组学（Visium），多重成像（CODEX, IHC）	深度学习框架（具体架构未明确说明）	H&E染色全切片图像（WSI）	内部验证：7586张WSI（6901名患者，24种癌症）；外部验证：5657张WSI（1775名患者，9种癌症）；空间验证：259张WSI（154名患者，7种癌症）
4	2025-09-15	Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.656791 PMID:40661354	研究论文	本研究整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中恶性转化的早期分子与细胞事件	发现一类祖细胞样群体同时激活致癌和抑癌程序，并构建了模拟侵袭性PDAC的微环境生态位	研究基于小鼠模型，人类临床适用性尚需验证	解析良性向恶性转化过程中的分子与细胞机制	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型	癌症生物学	胰腺癌	谱系追踪、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
5	2025-09-15	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.629263 PMID:40661514	研究论文	通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞类型的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群	发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病毒转录，并识别出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型	研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探究病毒-宿主细胞互作及先天免疫拮抗如何影响神经嗜性感染的细胞类型特异性转录调控	人类脑细胞共培养体系中的不同细胞类型	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	人类脑细胞共培养样本
6	2025-09-15	WNT signaling in human pluripotent stem cells promotes HDAC2-dependent epigenetic programs and development of retinoic acid-responsive mesoderm 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.06.657928 PMID:40661576	研究论文	本研究揭示了WNT信号通过HDAC2依赖的表观遗传程序促进人源多能干细胞向视黄酸响应性中胚层分化的机制	首次发现WNT信号通过HDAC2（而非E-box转录因子）调控视黄酸响应性中胚层发育，并建立了从hPSCs到KDR+ALDH1A2+中胚层的发育轨迹	E-box转录因子操作未显示明显效果，其具体作用机制仍需进一步探索	探究WNT信号在人多能干细胞向淋巴细胞分化过程中对中胚层形成的调控机制	人多能干细胞（hPSCs）及其中胚层祖细胞	干细胞生物学	NA	scRNA-seq, ATAC-seq, 基因调控网络建模, 基因敲除/过表达, 化学筛选	NA	单细胞转录组数据, 表观基因组数据	NA
7	2025-09-14	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	研究论文	本研究揭示了前庭毛细胞中动纤毛具有独特的分子特征，兼具初级纤毛和运动纤毛的特性	首次通过单细胞RNA测序发现前庭动纤毛同时富集初级纤毛和运动纤毛相关基因，并证实其具有自发运动能力	NA	阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序，免疫染色，活体成像	NA	基因表达数据，图像数据	成年牛蛙、小鼠、斑马鱼和人类的前庭毛细胞样本
8	2025-09-14	Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187381 PMID:40548376	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq分析揭示了AP-1转录因子家族在组织驻留记忆T细胞（TRM）成熟过程中的关键作用	定义了跨皮肤和小肠上皮淋巴细胞的时间性TRM特征，并首次发现AP-1转录因子在成熟TRM细胞中的特异性表达和染色质可及性	NA	阐明TRM细胞分化和效应功能启动的分子机制	CD8+ TRM细胞（来自皮肤和小肠上皮淋巴细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 循环免疫荧光（CyCIF）成像	线性模型	基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织成像数据	10个发育时间点的单细胞RNA-seq数据（包含新生成和公开数据）
9	2025-09-14	Maintenance of chronic neuroinflammation in multiple sclerosis via interferon signaling and CD8 T cell-mediated cytotoxicity 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658729 PMID:40568143	研究论文	本研究通过单细胞转录组和T细胞受体测序分析多发性硬化症患者的免疫细胞，揭示了干扰素信号和CD8 T细胞毒性在慢性神经炎症中的关键作用	首次将放射学特征（PRL）与单细胞水平的免疫表型关联，并发现B细胞清除治疗后仍持续的CD8 T细胞介导的神经炎症机制	样本量有限（34例MS患者和5例健康对照），且治疗组样本较少（仅6例接受B细胞清除治疗）	探究多发性硬化症中慢性神经炎症的维持机制及其与疾病进展的关系	多发性硬化症患者和健康成年人的脑脊液及血液免疫细胞	免疫学	多发性硬化症	scRNAseq, scTCR-seq, 流式细胞术, 蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据, 蛋白质组数据	34例多发性硬化症患者（17例未治疗，6例B细胞清除治疗）和5例健康对照
10	2025-09-14	High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins 2025-Jun-06, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09985-5 PMID:40478324	研究论文	利用高通量人血管类器官分化技术揭示脑 cavernous 畸形蛋白的共有和独特功能	结合hiPSC高通量血管类器官分化、CCM基因敲除、单细胞RNA测序和高内涵成像，首次系统比较CCM1/2/3功能差异并可视化嵌合类器官中的细胞行为	研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂微环境	探究CCM3突变为何比CCM1/2突变导致更严重表型的分子机制	人诱导多能干细胞(hiPSCs)分化的血管类器官	生物医学研究	脑血管畸形	hiPSC分化、基因敲除、单细胞RNA测序、高内涵成像	NA	基因表达数据、成像数据	96孔板格式的高通量类器官培养
11	2025-09-13	Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.661157 PMID:40667113	研究论文	本研究探讨了HSV-2生殖器脱落期间对阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响	首次结合空间转录组学和免疫荧光成像技术，揭示了活动性HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞的局部化改变和基因表达变化	研究主要基于相关性分析，未明确证明因果机制；样本虽包含232名参与者，但可能仍需更大规模验证	研究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫反应的影响，特别是病毒脱落期间免疫细胞的动态变化	232名HSV-2血清阳性和血清阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本	免疫学	生殖器疱疹	流式细胞术、免疫荧光成像、可溶性免疫因子分析、空间转录组学	NA	组织样本、血液样本、空间转录组数据、图像数据	232名参与者（包括HSV-2血清阳性和阴性个体）
12	2025-09-13	Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.08.658502 PMID:40501632	研究论文	本研究识别并表征了早期肝发育中一种先前未被认识的原始肝母细胞群体	发现并定义了表达间充质标志物的原始肝母细胞群体，揭示了其受WNT抑制和RA许可的调控机制	NA	探究早期肝发育过程中的细胞谱系异质性	小鼠和人类早期肝母细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传和功能扰动研究	NA	单细胞RNA测序数据	NA
13	2025-09-12	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	研究论文	提出一种基于贝叶斯融合模型的空间共表达分析方法SpaceBF，用于空间组学数据中分子对的空间共表达检测	首次将贝叶斯融合建模框架应用于空间共表达分析，能够同时估计局部和全局水平的分子共表达，相比现有基于地理空间指标的方法具有更高的特异性和效力	NA	开发稳健的空间共表达分析方法，以更好地理解细胞间通讯中的配体-受体等分子相互作用	空间转录组学和蛋白质组学数据集中的分子对（基因、肽段、脂质、N-聚糖等）	空间组学数据分析	多种癌症	空间转录组学、质谱成像	Bayesian fused modeling framework	空间组学数据	NA
14	2025-09-12	A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.15.531610 PMID:36993575	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间分析构建了Hydra vulgaris神经系统的分子和空间图谱	首次全面表征了Hydra神经系统的神经元类型、空间分布和基因调控网络	NA	揭示神经系统发育、稳态和再生的分子机制	Hydra vulgaris（水螅）的神经系统	发育神经科学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 轨迹推断	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NA
15	2025-09-11	Single-cell RNA profiling identifies immune cell population shifts in diabetes associated mucosal inflammation 2025-Jun-27, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.06.008 PMID:40582570	研究论文	通过单细胞RNA测序分析糖尿病牙周组织，揭示免疫细胞群体变化在糖尿病相关黏膜炎症中的作用	首次在单细胞水平鉴定糖尿病导致γ T细胞增加、Tregs减少和中性粒细胞极化增强作为牙周炎恶化的关键介质	NA	探究糖尿病加重牙周病的免疫机制	糖尿病牙周组织（小鼠和人类样本）	生物信息学	糖尿病并发症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	小鼠和人类糖尿病牙周标本
16	2025-09-11	Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation 2025-Jun-23, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00994-3 PMID:40550901	研究论文	研究先天免疫和NF-κB通路在前列腺干细胞可塑性、重编程和肿瘤起始中的调控作用	揭示了Pten缺失后基底细胞以区域化方式重编程为hillock样状态并激活先天免疫通路的机制	NA	探索前列腺基底细胞可塑性和肿瘤起始的分子调控机制	前列腺基底细胞	分子生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 原位表征	NA	基因组数据, 表观遗传数据	NA
17	2025-09-11	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究通过多组学方法系统解析B细胞激活状态，揭示免疫介导疾病的遗传机制	首次构建了涵盖24种B细胞激活状态的多组学资源，并发现激活依赖性开放染色质区域与疾病遗传风险的关联	样本仅来自26名健康女性供体，可能限制结果的普适性	阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的作用机制	人源B细胞	功能基因组学	免疫介导疾病	RNA-seq, scRNA-seq (CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组学数据、转录组数据、表观遗传数据	26名健康女性供体的B细胞样本
18	2025-09-11	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	通过空间免疫分析和多组学研究，揭示TIM-3作为肺腺癌前病变潜在拦截靶点	首次系统描绘肺腺癌前病变免疫微环境演变规律，并验证TIM-3阻断在癌前阶段的治疗潜力	研究样本量有限（人类114例，小鼠5个模型），且主要基于观察性数据	探究肿瘤微环境如何影响肺腺癌前病变演化过程	人类和小鼠的肺腺癌及癌前病变组织	数字病理	肺癌	空间免疫分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	空间多组学数据、单细胞测序数据	114例人类样本，5个小鼠模型
19	2025-09-10	Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，发现基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中持续存在并促进慢性疾病	首次证实关节相关巨噬细胞中存有复制性病毒RNA，并揭示CD4 T细胞在慢性关节炎症中的潜在作用	研究基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究甲病毒引起慢性关节疾病的机制	甲病毒感染小鼠的关节相关组织	病毒学与免疫学	病毒性关节炎	scRNA-seq, spatial transcriptomics, flow cytometry	NA	基因表达数据、细胞表型数据	甲病毒感染小鼠的关节组织样本
20	2025-09-08	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-Jun-09, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	研究论文	一项随机对照试验表明，新辅助化疗期间的运动预康复可增强食管腺癌肿瘤的免疫反应	首次通过随机对照试验证明运动预康复能显著增加肿瘤浸润淋巴细胞（尤其是CD8+ T细胞和NK细胞）并促进三级淋巴结构成熟	样本量较小（n=22），未观察到临床结局（如生存率）的显著差异	探究运动预康复是否增强新辅助化疗期间肿瘤的免疫浸润	局部晚期食管癌患者	临床医学	食管癌	多光谱免疫组化（mIHC）、NanoString空间转录组学、心肺功能测试（VO2peak）	NA	组织切片、基因表达数据、生理指标	22例患者（预康复组11人 vs 对照组11人）