单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-15	Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa 2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants14131948 PMID:40647957	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和AspWood数据库的交叉分析，识别了杨树中潜在的木质部纤维主导表达基因，并验证了这些基因启动子在转基因杨树中的组织表达活性	首次在杨树中鉴定并验证了木质部纤维主导表达的基因启动子，为林木育种中特定基因在木材纤维中的表达提供了新工具	研究仅针对杨树(Populus trichocarpa)进行，结果在其他树种中的适用性需要进一步验证	开发适用于林木育种的纤维特异性基因表达工具	杨树(Populus trichocarpa)的木质部纤维	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、激光捕获显微切割技术、RT-qPCR、启动子-GUS报告系统	NA	基因表达数据	32个候选基因(最终验证9个基因的启动子)
2	2025-07-15	Cellular senescence and its association with aldose reductase promote cyst growth in autosomal dominant polycystic kidney disease 2025-Jun-25, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.05.027 PMID:40578685	研究论文	本研究探讨了细胞衰老及其与醛糖还原酶的关联在常染色体显性多囊肾病(ADPKD)中促进囊肿生长的作用	首次揭示了细胞衰老在ADPKD中的直接促囊肿作用，并鉴定AKR1B1(醛糖还原酶)作为Pkd1基因突变相关的SASP因子	研究主要基于小鼠模型，人类ADPKD肾脏样本验证有限	探究细胞衰老在ADPKD发病机制中的作用并开发潜在治疗策略	Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏	肾脏病学	常染色体显性多囊肾病(ADPKD)	单细胞RNA测序	INK-ATTAC转基因小鼠模型	基因表达数据	Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏样本
3	2025-07-15	The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782 PMID:40478737	研究论文	本研究探索了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并揭示了抑制性神经元在此过程中的作用	首次揭示了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并确定抑制性神经元是驱动这一差异的主要因素	研究仅在大鼠中进行，结果是否适用于其他物种尚不清楚	探索玩耍行为性别差异的分子机制	幼年大鼠的内侧杏仁核	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	新生和幼年大鼠
4	2025-07-15	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本文研究了肝细胞载脂蛋白J（ApoJ）通过激活STAT3信号通路加速肝纤维化的机制	揭示了ApoJ通过RanBP2介导的STAT3 SUMO化促进肝纤维化的新机制，并提出了针对ApoJ/STAT3/RanBP2轴的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要在人类患者中进行进一步验证	探究肝细胞ApoJ如何通过STAT3通路调控肝星状细胞激活从而介导肝纤维化	肝细胞、肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化过程	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达小鼠模型	基因修饰小鼠模型	RNA测序数据、组织病理学数据	肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型
5	2025-07-15	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	该研究评估了单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，以提高DEGs的预测能力	开发了基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank，显著提高了差异表达基因的预测能力	研究中AD和SCZ数据集的基因预测能力较差，可能影响部分结果的可靠性	评估单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因的可重复性，并开发改进的元分析方法	阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、亨廷顿病（HD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, snATAC-seq	SumRank	基因表达数据	多个已发表研究的单细胞转录组数据集
6	2025-07-15	OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212 PMID:40577399	研究论文	提出了一种名为OrgaCCC的正交图自编码器方法，用于基于空间转录组数据构建细胞间通讯网络	利用两个正交耦合的变分图自编码器在细胞/点和基因维度上捕获特征，并通过最大化重建特征之间的相似性来结合它们	依赖于基因表达谱、空间位置和配体-受体关系的信息，可能受限于这些数据的质量和覆盖范围	提高细胞间通讯推断的准确性和可靠性	空间转录组数据中的细胞间通讯网络	计算生物学	NA	空间转录组学(ST)	正交图自编码器(OrgaCCC), 变分图自编码器	基因表达谱, 空间位置数据, 配体-受体关系数据	五个ST数据集
7	2025-07-14	Defining Keypoints to Align H&E Images and Xenium DAPI-Stained Images Automatically 2025-Jun-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14131000 PMID:40643521	research paper	提出了一种名为Xenium-Align的关键点识别方法，用于自动生成Xenium Explorer软件中图像配准所需的关键点文件	开发了自动生成关键点文件的方法，减少了人工标注的工作量	方法的运行效率和可用性有待进一步优化	实现H&E图像和Xenium DAPI染色图像的自动对齐	人类肾脏样本和皮肤样本	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	NA	image	14个人类肾脏样本和1个人类皮肤样本
8	2025-07-14	GPX1 and RCN1 as New Endoplasmic Reticulum Stress-Related Biomarkers in Multiple Sclerosis Brain Tissue and Their Involvement in the APP-CD74 Pathway: An Integrated Study Combining Machine Learning and Multi-Omics 2025-Jun-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136286 PMID:40650067	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析、单细胞测序和动物模型验证，鉴定了13个与多发性硬化症（MS）相关的内质网应激（ERS）生物标志物，并探讨了它们在APP-CD74通路中的作用	首次结合机器学习与多组学方法鉴定了MS中新的ERS相关生物标志物GPX1和RCN1，并揭示了它们在APP-CD74通路中的参与机制	研究结果主要基于生物信息学分析和动物模型，需要进一步临床验证	探索多发性硬化症中内质网应激相关生物标志物的作用机制及其诊断治疗潜力	多发性硬化症患者脑组织和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型	生物信息学	多发性硬化症	加权基因共表达网络分析、机器学习算法、单细胞测序	机器学习	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及MS患者和EAE小鼠模型
9	2025-07-14	Identification of Potential Therapeutic Targets for Coronary Atherosclerosis from an Inflammatory Perspective Through Integrated Proteomics and Single-Cell Omics 2025-Jun-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136201 PMID:40649979	research paper	通过整合蛋白质组学和单细胞组学，从炎症角度识别冠状动脉粥样硬化的潜在治疗靶点	首次通过整合蛋白质组学和单细胞组学数据，识别出与冠状动脉粥样硬化相关的11种蛋白质，并确认其中5种基因在平滑肌细胞中的特异性表达	研究主要基于欧洲人群数据，可能在其他种族中的适用性有限	识别冠状动脉粥样硬化的炎症相关治疗靶点	冠状动脉粥样硬化患者和健康人群的蛋白质组学数据	生物信息学	心血管疾病	Mendelian randomization (MR), 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析	NA	蛋白质组学数据, 单细胞RNA测序数据	UK-PPP队列(54,219参与者, 2,923蛋白质), 冰岛队列(35,559参与者, 4,907蛋白质)
10	2025-07-14	Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies 2025-Jun-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136163 PMID:40649940	综述	本文综述了空间转录组学在兽医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略	首次全面评估空间转录组技术在兽医学中的应用现状及未来潜力	兽医领域相关研究数量有限，存在疾病、物种、器官和地理偏倚	评估空间转录组学在人类和动物健康研究中的当前应用情况	2016年至2025年初发表的1398项相关研究	兽医学	NA	空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring GeoMx/CosMX, MERFISH）	NA	基因表达数据	1398项符合条件的研究
11	2025-07-14	Immunosuppressive Tumor Microenvironment of Osteosarcoma 2025-Jun-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132117 PMID:40647416	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析了骨肉瘤的免疫微环境，揭示了其免疫抑制特性	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术深入分析骨肉瘤的免疫微环境，并识别出关键的免疫抑制细胞类型及其相互作用机制	样本量较小（仅12个肿瘤活检样本），可能限制结果的普遍性	深入了解骨肉瘤的免疫微环境特性及其对治疗的影响	骨肉瘤肿瘤活检样本	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	细胞间通讯模型	RNA测序数据	12个骨肉瘤肿瘤活检样本（6个新测序+6个已发表数据）
12	2025-07-13	PhytoCluster: a generative deep learning model for clustering plant single-cell RNA-seq data 2025-Jun, aBIOTECH IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s42994-025-00196-6 PMID:40641652	研究论文	介绍了一种名为PhytoCluster的无监督深度学习算法，用于聚类植物单细胞RNA测序数据	提出了一种新的无监督深度学习算法PhytoCluster，能够有效处理高维度、稀疏性和生物噪声的单细胞RNA测序数据，并在聚类准确性、噪声去除和信号保留方面优于其他方法	未提及具体局限性	开发一种能够有效聚类植物单细胞RNA测序数据的算法	植物单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习	单细胞RNA测序数据	四个模拟数据集和五个真实scRNA-seq数据集
13	2025-07-12	Investigating the dynamic signaling pathways involved in the specialization and differentiation of epiblast cells in early human embryos 2025-Jun-26, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.05.014 PMID:40581241	研究论文	研究人类胚胎早期外胚层细胞特化和分化过程中涉及的动态信号通路	通过单细胞RNA测序数据分析了胚胎植入前、植入后、原肠胚形成前和早期原肠胚形成阶段的信号通路，揭示了外胚层细胞发育的潜在调控机制	需要进一步的蛋白质水平和功能验证	探究胚胎外组织如何影响外胚层(EPI)的发育	人类胚胎早期发育阶段的外胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涵盖人类胚胎的多个发育阶段
14	2025-07-12	[Analysis of the number, type, and functional heterogeneity of senescent cells in the radiation-induced skin wounds in mice] 2025-Jun-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20240604-00209 PMID:40588406	研究论文	本研究通过实验和生物信息学分析，探讨了辐射诱导小鼠皮肤伤口中衰老细胞的数量、类型和功能异质性	揭示了辐射剂量和时间对衰老细胞积累的依赖性，以及不同类型衰老细胞在功能和SASP表达谱上的明显差异	研究仅针对小鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	研究辐射诱导皮肤损伤中衰老细胞的特性和功能	p16转基因小鼠的皮肤组织	生物医学	皮肤损伤	免疫荧光法、流式细胞术、生物信息学分析	NA	实验数据、单细胞转录组测序数据	49只p16转基因小鼠（40只用于主要实验，9只用于补充实验）
15	2025-07-12	Transcriptomic profiling of vitiligo patients shows polar immune dysregulation in involved and uninvolved skin 2025-Jun-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.002 PMID:40513622	研究论文	通过转录组分析揭示白癜风患者病变和非病变皮肤的免疫失调特征	发现白癜风皮肤免疫失调不仅涉及TH1/干扰素轴，还包括TH2和TH17/22轴的激活，且非病变皮肤已出现免疫异常	样本量较小（15例白癜风患者和14例健康对照）	全面了解白癜风皮肤病变的免疫学特征	白癜风患者的病变和非病变皮肤组织	皮肤病学	白癜风	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、实时PCR、免疫组织化学	NA	转录组数据	15例白癜风患者的病变和非病变皮肤样本，14例匹配的健康对照
16	2025-07-11	Automated denoising of CITE-seq data with ThresholdR 2025-Jun-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101088 PMID:40633544	研究论文	本文介绍了一种名为ThresholdR的自动化工具，用于去噪CITE-seq数据中的抗体衍生标签（ADT）信号	ThresholdR是一种基于R的自动化工具，能够可靠且系统地找到每个抗体的信号与噪声之间的阈值，解决了DSB和CellBender方法的高假阴性率问题	NA	改进CITE-seq数据中的ADT信号去噪，以提升细胞类型注释和下游分析的准确性	CITE-seq数据中的抗体衍生标签（ADT）信号	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	NA	测序数据	多个数据集和平台
17	2025-07-11	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Jun-24, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	本文探讨了TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强的吞噬作用减缓阿尔茨海默病（AD）进展的机制	揭示了TET2突变克隆造血（CH）与晚发性AD风险降低47%的关联，并阐明了TET2突变特异性保护作用的细胞机制	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据仍需进一步验证	探究克隆造血与阿尔茨海默病病理的相互作用机制	TET2突变髓系细胞、AD小鼠模型、人类iPSC衍生小胶质细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、骨髓移植实验	AD小鼠模型、iPSC衍生细胞模型	基因测序数据、行为学数据、病理学数据	UK Biobank人群数据（未明确数量）、实验小鼠（未明确数量）
18	2025-07-11	Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression 2025-Jun-20, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.004 PMID:40578359	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析，揭示卵巢交界性肿瘤及其侵袭性进展的分子景观	整合细胞类型分辨的空间蛋白质组学和转录组学，阐明从SBT到LGSC及其转移的演变过程，并验证了16个药物靶点	未提及样本量或研究的具体局限性	研究卵巢交界性肿瘤（SBT）向低级别浆液性癌（LGSC）的转变机制	上皮性浆液性交界性肿瘤（SBT）及其向低级别浆液性癌（LGSC）的转变	数字病理学	卵巢癌	空间蛋白质组学和转录组学	NA	蛋白质组和转录组数据	NA
19	2025-07-11	Macrophages-derived NRG-1 promotes angiogenesis after ischemic stroke via the Akt-mTOR pathway 2025-Jun-19, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01323 PMID:40537024	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞衍生的NRG-1在缺血性中风后通过Akt-mTOR途径促进血管生成的作用	首次发现外周巨噬细胞是中风后NRG-1的来源，并揭示了NRG-1通过Akt/mTOR/VEGF依赖的信号通路促进血管生成的神经保护机制	研究样本量有限，且机制研究主要在动物模型中进行，需要进一步临床验证	探究NRG-1在缺血性中风中的来源及其神经保护作用的分子机制	急性缺血性中风患者和短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型	神经科学	缺血性中风	单细胞测序	短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型	血液样本和动物模型数据	急性缺血性中风患者的配对血栓和外周血样本及小鼠模型
20	2025-07-11	The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs 2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.16.658716 PMID:40611896	研究论文	本文介绍了人类解剖空间图谱（SAHA），这是首个跨多个器官系统的健康成人组织的多模态亚细胞分辨率参考	首次整合空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征，构建跨器官系统的亚细胞分辨率参考图谱	样本来源仅限于健康成人组织，未涵盖发育或衰老过程中的组织变化	构建一个全面的健康人类组织图谱，为空间诊断和下一代精准医学提供基础框架	健康成人组织的多器官系统	数字病理学	NA	空间转录组学（CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP）、单核RNA测序（single-nucleus RNA-seq）	NA	多模态数据（空间转录组、蛋白质组、组织学特征）	超过15百万个细胞，来自100多名捐赠者