单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202506-202506] [清除筛选条件]
当前共找到 736 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-02-11
Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages
2025-Jun-19, Research square
研究论文 本研究开发了一种包含高级别浆液性卵巢癌(HGSC)细胞、癌相关成纤维细胞和巨噬细胞的异质性三组分肿瘤球模型,用于模拟肿瘤微环境并研究其表型 创建了首个包含HGSC细胞、原代间充质干细胞和M2样巨噬细胞的异质性三组分肿瘤球模型,能够复现临床相关的化疗耐药、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和上皮-间质转化等关键表型 模型中使用的是细胞系(如OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8)和U937来源的巨噬细胞,而非原代肿瘤细胞,可能无法完全反映患者肿瘤的异质性 研究高级别浆液性卵巢癌(HGSC)肿瘤微环境中不同细胞组分间的复杂信号交互及其对化疗耐药、癌症干细胞特性、迁移和侵袭的影响 高级别浆液性卵巢癌(HGSC)细胞(OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8)、原代间充质干细胞(MSCs)、U937来源的M2样巨噬细胞(M2-AAM) 肿瘤生物学 卵巢癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、条件培养基实验、侵袭实验 3D肿瘤球模型(肿瘤球) 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、迁移和侵袭实验数据 使用了多种细胞系(OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8)和原代细胞(MSCs、U937巨噬细胞)进行模型构建,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2 2026-02-09
Maintenance of chronic neuroinflammation in multiple sclerosis via interferon signaling and CD8 T cell-mediated cytotoxicity
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体测序,揭示了多发性硬化症中慢性神经炎症的维持机制,特别是干扰素信号和CD8 T细胞介导的细胞毒性作用 首次将放射学特征(PRL)与单细胞水平的免疫特征相关联,揭示了B细胞耗竭治疗后仍持续的CD8 T细胞介导的神经炎症机制,并提名了潜在治疗靶点 样本量相对有限(34名MS患者),且研究主要关注白质病变,未全面评估灰质或整个中枢神经系统的炎症情况 探究多发性硬化症中慢性神经炎症的分子和细胞机制,并寻找疾病进展的生物标志物和治疗靶点 多发性硬化症患者的脑脊液和血液免疫细胞,重点关注慢性活动性白质病变(CAL/PRL)相关的免疫特征 数字病理学 多发性硬化症 单细胞转录组测序(scRNAseq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)、蛋白质组学、流式细胞术 NA 单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 34名经放射学特征表征的多发性硬化症成人患者(17名未治疗,6名接受B细胞耗竭治疗)和5名健康对照 NA 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 NA NA
3 2026-02-05
Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组和染色质可及性分析,揭示了小鼠跟腱成熟过程中肌腱干细胞/祖细胞的分子特征,并鉴定了新的表面抗原标记物CD55和CD248 首次结合单细胞RNA测序与单核RNA及ATAC测序分析,识别出CD55和CD248作为TSPCs的新表面抗原标记物,并验证了其功能特性 研究仅基于小鼠模型,样本量有限(2周和6周龄),且未在人类组织或更广泛的年龄范围进行验证 探索肌腱干细胞/祖细胞的分子特征,以改善肌腱损伤后的功能恢复 小鼠跟腱细胞,特别是肌腱干细胞/祖细胞 单细胞组学 肌腱和韧带损伤 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, ATAC测序 NA 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 2周和6周龄小鼠的跟腱细胞 NA 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, ATAC-seq NA NA
4 2026-01-30
Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment
2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 本研究探讨了先锋因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制替代谱系承诺,从而保护内皮细胞规格化的机制 揭示了ETV2作为先锋因子招募抑制因子REST来抑制非内皮谱系基因的创新机制,提供了单细胞分辨率下的内皮细胞规格化分子分析 未明确提及具体样本数量或实验重复次数,可能限制结果的普适性 研究ETV2过表达在人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞中高效指定内皮细胞的机制 人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞和内皮细胞分化过程 发育生物学与再生医学 NA CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq NA 单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
5 2026-01-28
SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架,用于在空间组学数据中分析分子间的空间共表达模式 开发了首个基于贝叶斯融合方法的框架,能够同时估计局部(位置特异性)和全局(组织范围)的分子共表达,相比现有主要依赖地理空间指标(如双变量Moran's和Lee's)的方法具有更高的特异性和检测能力 NA 解决空间组学数据中分子对空间共表达检测方法不足的问题,以更好地理解细胞间通讯 空间组学数据中的分子对(包括基因、肽、脂质、N-聚糖等) 空间转录组学 癌症 空间转录组学,质谱成像 贝叶斯融合模型 空间组学数据 NA NA 空间转录组学,质谱成像 NA NA
6 2026-01-27
DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue
2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文介绍了一种名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型,用于基于bulk RNA-seq数据估计恶性细胞分数的预测区间 DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到恶性细胞分数预测中,利用单细胞RNA测序数据和保形化分位数回归生成可靠的预测区间 未明确提及具体局限性,但可能依赖于scRNA-seq数据的质量和可用性 开发一种能够量化预测不确定性的恶性细胞分数估计方法,以改进癌症诊断、预后和治疗决策 癌症组织中的恶性细胞分数 机器学习 癌症 bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 深度神经网络, 分位数回归神经网络 基因表达数据 模拟和真实癌症数据集,具体数量未明确 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
7 2026-01-26
Aberrant single-cell phenotype and clinical implications of genotypically defined polyclonal plasma cells in myeloma
2025-Jun-26, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和B细胞受体分析,探讨了多发性骨髓瘤中基因型定义的多克隆浆细胞的异常表型及其临床意义 首次在单细胞水平上基因型识别多克隆浆细胞,并揭示其在疾病进展中的频率变化、表型异常以及与肿瘤微环境的相互作用失调 样本量相对有限(46例患者样本和21例健康供体),且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证 研究多发性骨髓瘤中残留多克隆浆细胞是否被破坏,及其对疾病病理和临床结局的影响 多发性骨髓瘤患者和健康供体的浆细胞,包括克隆性和多克隆性浆细胞 单细胞组学 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序,单细胞B细胞受体分析 NA 单细胞转录组数据,B细胞受体序列数据 46例浆细胞异常样本和21例健康供体,共分析234,789个浆细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
8 2026-01-26
NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance
2025-Jun-12, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究揭示了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)发生和维持中的关键作用 首次系统阐明NOTCH1二聚体信号通过HES4转录因子调控Δ133p53亚型和BCL2L1表达,促进白血病细胞存活的新机制 研究主要基于体外模型和患者来源异种移植模型,临床转化效果需进一步验证 探究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发病机制中的具体作用 人类造血干细胞/祖细胞、T-ALL细胞系、原发性T-ALL样本 肿瘤生物学 T细胞急性淋巴细胞白血病 RNA测序、染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、表观遗传数据、单细胞转录组数据 脐带血来源的造血干细胞/祖细胞、患者来源异种移植模型、原发性T-ALL样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
9 2026-01-24
WISP2/CCN5 revealed as a potential diagnostic biomarker for endometriosis based on machine learning and single-cell transcriptomic analysis
2025-Jun-19, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 本研究通过机器学习算法和单细胞转录组分析,揭示了WISP2/CCN5作为子宫内膜异位症潜在诊断生物标志物的可能性 首次结合机器学习与单细胞转录组学技术,识别并验证了WISP2/CCN5在子宫内膜异位症诊断中的潜在生物标志物作用,并探索了其表达调控机制 未明确说明样本的具体数量或来源,且研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证的详细描述 开发子宫内膜异位症的非侵入性诊断生物标志物,以缩短诊断延迟并实现早期筛查 子宫内膜组织(包括正常、在位和异位子宫内膜) 机器学习 子宫内膜异位症 单细胞转录组测序 机器学习算法(具体未指定,但使用了三种算法) 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
10 2026-01-24
Integrated muti-omics data and machine learning reveal CD151 as a key biomarker inducing chemoresistance in metabolic syndrome-related early-onset left-sided colorectal cancer
2025-Jun-09, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了CD151是代谢综合征相关的早发性左侧结直肠癌中诱导化疗耐药的关键生物标志物 首次将代谢综合征与早发性左侧结直肠癌联系起来,并利用机器学习算法从多组学数据中识别出CD151作为关键生物标志物,揭示了其在基质重塑和化疗耐药中的作用 研究主要基于院内队列和生物信息学分析,虽然进行了体外实验验证,但缺乏大规模前瞻性临床队列的验证 识别和表征与代谢综合征相关的早发性左侧结直肠癌进展和治疗反应相关的关键生物标志物 早发性左侧结直肠癌患者,特别是与代谢综合征相关的亚型 机器学习 结直肠癌 单细胞RNA测序,定量实时PCR,Western blotting,免疫组织化学染色,分子对接 随机森林,支持向量机-递归特征消除 多组学数据,基因表达数据,单细胞RNA测序数据 院内队列的早发性结直肠癌患者(具体数量未在摘要中明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
11 2026-01-24
Analyzing the potential targets and mechanism of per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) on breast cancer by integrating network toxicology, single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and molecular simulation
2025-Jun-04, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 本研究通过整合网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟,分析了PFAS对乳腺癌的潜在靶点和作用机制 首次将网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟相结合,系统揭示PFAS在乳腺癌发展中的分子机制,并识别了六个核心基因 研究主要基于计算和模拟方法,缺乏体内或体外实验验证,且PFAS的具体暴露剂量和长期效应未详细探讨 探究PFAS如何促进乳腺癌发展的分子机制,以评估环境污染物在癌症风险中的作用 PFAS(特别是PFOA和PFOS)及其对乳腺癌的影响 计算生物学 乳腺癌 网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学、分子模拟 蛋白质-蛋白质相互作用网络、分子模拟模型 基因表达数据、空间转录组数据、分子结构数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
12 2026-01-14
Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞功能和成骨分化中的关键作用 首次发现SLC6A6表达在MSCs中富集,并证明牛磺酸摄取通过Wnt/β-catenin信号通路和氧化磷酸化调节MSC的维持和成骨命运决定 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类MSCs数据有限,且未深入探讨牛磺酸在其他细胞类型中的间接效应 探究牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞功能和骨组织发育中的作用机制 小鼠和人类原代间充质基质细胞,以及TauT基因敲除小鼠模型 单细胞转录组学 骨骼疾病 单细胞RNA测序,RNA测序,shRNA敲低 遗传功能丧失模型 单细胞RNA测序数据,RNA测序数据 小鼠非免疫骨和骨髓单细胞RNA测序数据集,原代人类MSCs NA 单细胞RNA测序 NA NA
13 2026-01-14
Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞转录组学揭示了母体多氯联苯暴露通过内质网应激途径,对雌性后代肝脏造成细胞类型特异性的代谢与免疫功能损伤 首次在单细胞分辨率下系统揭示了环境相关多氯联苯混合物对发育期肝脏的细胞类型特异性转录重编程效应,并明确了内质网应激通路的关键介导作用 研究仅针对雌性后代且观察时间点为出生后28天,未评估长期效应及性别差异;机制验证主要依赖转录组数据 探究母体多氯联苯暴露对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 围产期暴露于多氯联苯的雌性小鼠肝脏组织 单细胞组学 代谢紊乱 单细胞RNA测序,RT-qPCR NA 单细胞转录组数据,基因表达数据 出生后28天雌性小鼠肝脏组织(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-01-12
Spatial Transcriptomics in Lung Cancer and Pulmonary Diseases: A Comprehensive Review
2025-Jun-09, Cancers IF:4.5Q1
综述 本文全面综述了空间转录组学在肺癌及其他肺部疾病研究中的应用与进展 系统总结了空间转录组学如何揭示传统测序方法无法捕获的肺部组织空间基因表达模式、局部免疫微环境、疾病相关转录“热点”以及药物在组织内的作用位点信息 作为一篇综述文章,未提出新的实验数据或分析方法,主要基于现有文献进行归纳总结 阐述空间转录组学技术在呼吸系统疾病研究中的新兴作用及其临床应用潜力 肺癌、慢性阻塞性肺疾病、哮喘、特发性肺纤维化等肺部疾病 空间转录组学 肺癌 空间转录组学 NA 空间基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
15 2026-01-11
IDENTIFICATION OF DISEASE-SPECIFIC VULNERABILITY STATES AT THE SINGLE-CELL LEVEL
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过整合单细胞转录组数据和CRISPR功能缺失筛选,识别了胶质母细胞瘤中的三种单细胞脆弱性状态,并评估了它们对癌症药物的敏感性 开发了一种新颖的计算流程,首次在单细胞水平上整合CRISPR筛选数据和scRNA-seq数据来识别肿瘤内的脆弱性状态,为患者分层和药物发现提供了新策略 研究主要基于体外细胞系数据,可能无法完全反映体内肿瘤微环境的复杂性;样本量相对有限(49个肿瘤) 识别胶质母细胞瘤中的疾病特异性脆弱性状态,以指导靶向治疗和患者分层 胶质母细胞瘤肿瘤细胞 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序,空间转录组学,CRISPR功能缺失筛选 迭代层次聚类 转录组数据 49个胶质母细胞瘤肿瘤 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
16 2026-01-09
Spatial Transcriptomics Analysis Uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje Cells Underlying Alcohol-induced Cerebellar Vulnerability in Mice
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过构建小脑浦肯野细胞特异性MANF敲除小鼠模型,结合空间转录组学分析,揭示了MANF缺失通过性别特异性方式加剧酒精诱导的内质网应激,从而导致小脑浦肯野细胞易损性的机制 首次在浦肯野细胞特异性MANF敲除模型中揭示性别差异的酒精神经毒性机制,并应用空间转录组学技术解析细胞类型特异性转录组变化 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;机制研究尚未完全阐明MANF调控ER应激的具体分子通路 探究MANF在保护小脑浦肯野细胞免受酒精诱导内质网应激和神经退行性变中的作用 小脑浦肯野细胞特异性MANF敲除小鼠 空间转录组学 酒精性神经毒性 空间转录组学,高通量原位分析,行为学测试 基因敲除小鼠模型 空间转录组数据,行为数据,免疫组化数据 PC特异性MANF敲除小鼠(性别分组:雌性和雄性) NA 空间转录组学 NA NA
17 2026-01-09
Understanding Enzalutamide-Resistance Based on a Functional Single-Cell Approach
2025-Jun, The Prostate
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验,揭示了前列腺癌细胞中AR低表达亚群在恩杂鲁胺耐药性中的关键作用 首次在单细胞水平上结合转录组学和功能验证,提出恩杂鲁胺耐药性的克隆选择与扩增模型,并发现治疗前AR低表达亚群是耐药性的来源 研究主要基于细胞系和异种移植模型,未涉及患者样本,且耐药机制可能受其他因素影响 探究恩杂鲁胺耐药性的机制,以理解前列腺癌从雄激素依赖性向去势抵抗性转变的过程 前列腺癌细胞系LNCaP及其亚群,包括AR高表达和AR低表达细胞 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序,单细胞/克隆培养,异种移植模型,单核RNA测序 NA RNA测序数据,基因表达数据 LNCaP细胞系及其亚群,未指定具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
18 2026-01-08
Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jun-24, ACS nano IF:15.8Q1
研究论文 本文介绍了一种名为nanocoding的新技术,利用脂质纳米颗粒(LNPs)进行高密度条形码标记,用于多重单细胞RNA测序 采用脂质纳米颗粒作为条形码载体,通过多种可控的细胞摄取方式,将条形码负载量提高10-100倍,并能在细胞裂解时提供保护和高效释放 NA 开发一种高效、稳定的样本多重标记技术,以降低单细胞RNA测序的成本并减少批次效应 培养细胞系、组织消化物中的异质性细胞(如脾脏和肥胖啮齿动物脂肪组织) 单细胞测序技术 肥胖相关疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA测序数据 涉及培养细胞系、脾脏消化物(6重条形码样本)和肥胖啮齿动物脂肪组织样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
19 2026-01-06
Spatial Transcriptome Analysis of B7-H4 in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: A Novel Therapeutic Target for Anti-Immune Checkpoint Inhibitors
2025-Jun-30, Head and neck pathology
研究论文 本研究通过免疫组化和空间转录组学分析,探讨了B7-H4在头颈部鳞状细胞癌中的表达模式及其作为免疫检查点抑制剂耐药治疗靶点的潜力 揭示了B7-H4与PD-L1在肿瘤细胞中的互斥表达模式,并首次结合空间转录组学证实了B7-H4蛋白与VTCN1 mRNA的共定位,为ICI耐药患者提供了新的治疗靶点 样本量相对较小(空间转录组学仅分析6例),且未进行功能性验证实验 评估B7-H4在头颈部鳞状细胞癌中的表达及其作为免疫检查点抑制剂替代治疗靶点的可行性 头颈部鳞状细胞癌患者组织样本,包括肿瘤组织、相邻鳞状上皮内瘤变和正常口腔黏膜 数字病理学 头颈部鳞状细胞癌 免疫组化,空间转录组学 NA 组织图像,空间转录组数据 组织微阵列包含94例HNSCC、94例相邻SIN和69例相邻NOM样本;空间转录组学分析6例HNSCC及其配对的SIN和NOM NA 空间转录组学 NA NA
20 2026-01-03
Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了HSV-2感染期间生殖器疱疹脱落对阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响 首次结合空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像,系统分析了HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞的局部变化 研究样本量有限(232名参与者),且未详细探讨长期免疫后果或与其他性传播感染的交互作用 研究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫的影响,特别是病毒脱落期间的免疫细胞动态 HSV-2血清阳性和阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 数字病理学 生殖器疱疹 流式细胞术、免疫荧光成像、可溶性免疫因子分析、空间转录组学 NA 组织样本、血液样本、图像数据、转录组数据 232名参与者(包括HSV-2血清阳性和阴性个体) NA 空间转录组学 NA NA
回到顶部