单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2026-09-21	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-06-01, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	该研究通过横断面分析87例重度斑块型银屑病患者，结合空间转录组学和免疫荧光，揭示了肥胖及表皮固有免疫（尤其是中性粒细胞相关通路）与生物制剂治疗抵抗之间的关联	首次将肥胖与表皮固有免疫信号（中性粒细胞相关基因和IL-36家族）同生物制剂治疗抵抗联系起来，发现表皮固有免疫失调可能是生物制剂疗效不可持续的关键原因	横断面研究设计无法确定因果关系，样本量较小（87例），单中心研究，未进行机制验证实验	阐明影响重度银屑病患者生物制剂持续治疗反应的炎症微环境因素	2012年1月至2022年12月就诊于Gachon大学Gil医疗中心皮肤科的重度斑块型银屑病患者，年龄≥18岁，PASI>10，BSA>10%，传统治疗（环孢素、甲氨蝶呤、阿维A和光疗）超过3个月无效，且接受生物制剂治疗至少24个月	数字病理学	银屑病	空间转录组学，免疫荧光	NA	图像，文本	87例患者（24例女性，63例男性；平均年龄42.2±12.5岁），其中16例因早期疗效丧失而更换生物制剂	NA	空间转录组学	NA	NA
2	2026-09-18	SOAR elucidates biological insights and empowers drug discovery through spatial transcriptomics 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7450 PMID:40498826	研究论文	该论文介绍了空间转录组学分析资源SOAR平台，整合了13个物种、42种组织类型、19种空间转录组学技术的3461个样本，用于生物学发现和药物发现	构建了首个跨13个物种、42种组织类型、19种空间转录组学技术的综合性空间转录组学分析平台SOAR，统一处理了3461个样本，并揭示了肿瘤微环境中免疫细胞极性的协调机制，发现了西罗莫司、曲古抑菌素A等潜在抗癌药物和JAK/STAT抑制剂用于溃疡性结肠炎治疗	摘要中未明确提及该研究的局限性	构建综合性的空间转录组学分析平台，支持生物学发现和药物发现，促进分子功能、疾病机制和潜在治疗靶点的发现	来自13个物种、42种组织类型、19种空间转录组学技术的3461个空间转录组学样本	空间转录组学	肿瘤、溃疡性结肠炎	空间转录组学	NA	空间基因表达数据、图像	3461个空间转录组学样本，涵盖13个物种、42种组织类型	10x Genomics, NanoString, Illumina, BGI, MGI等	空间转录组学	10x Visium, NanoString GeoMx, Slide-seq等	整合了19种不同的空间转录组学技术平台
3	2026-09-18	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2025-06, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003204 PMID:40550000	研究论文	该研究通过先进成像技术和激光捕获显微切割技术，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞的独特转录组特征及其在免疫和降解相关功能中的作用	首次通过激光捕获显微切割技术定义了卵巢多核巨细胞的独特转录组，发现其具有高Gpnmb表达和独特的免疫与降解相关分子特征，并揭示了其与T细胞的密切相互作用	多核巨细胞的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术的分离和分析	定义卵巢多核巨细胞的存在、转录组特征及其在卵巢衰老中的功能	小鼠和非人灵长类动物的卵巢组织	数字病理学	NA	激光捕获显微切割，先进成像技术	NA	图像，转录组数据	NA	NA	NA	NA	NA
4	2026-09-13	OrthologAL: a Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2025-06-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311 PMID:40392208	研究论文	该文章介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据（如单细胞、单核和空间转录组数据）进行质量感知的人类直系同源基因转换	开发了OrthologAL，一个基于Shiny的图形用户界面应用程序，无需用户编写代码即可通过BioMart接口访问Ensembl数据库进行直系同源基因转换，同时保留原始非人类表达数据的维度结构，使药物转录组学数据库能够应用于临床前研究模型	摘要中未明确提及该工具的局限性	促进非人类转录组的人类直系同源转换，并使药物转录组学数据库能够应用于临床前研究模型	非人类物种的单细胞、单核和空间转录组基因表达数据，包括髓母细胞瘤患者来源原位异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型	机器学习	髓母细胞瘤	单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	髓母细胞瘤患者来源原位异种移植模型（GSE129730）、髓母细胞瘤PDX小鼠模型的10X Visium数据（E-MTAB-11720）、大鼠和小鼠脊髓损伤单细胞及单核转录组数据（GSE213240和GSE234774）	10x Genomics	single-cell RNA-seq, single-nuclei RNA-seq, spatial transcriptomics	10x Visium	10X Visium空间转录组学平台用于髓母细胞瘤PDX小鼠模型
5	2026-09-13	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究通过免疫表型分析和单细胞转录组学揭示了VEXAS综合征中克隆优势的机制，并利用碱基编辑构建了人源化疾病模型	首次揭示了VEXAS综合征中克隆优势的致病机制，即突变HSPC通过获得衰老样状态抵抗炎症环境，而野生型HSPC逐渐耗竭，最终导致骨髓衰竭；同时利用碱基编辑技术成功构建了VEXAS综合征人源化模型	研究队列仅包含九名男性患者，样本量较小，且缺乏更长期的临床随访数据	探究VEXAS综合征中驱动克隆优势的致病机制，并建立疾病模型以促进治疗策略的开发	九名VEXAS综合征男性患者的造血干祖细胞及通过碱基编辑构建的人源化VEXAS综合征模型	单细胞组学	自身炎症性疾病	单细胞转录组学，碱基编辑	NA	单细胞转录组数据，图像	九名男性VEXAS综合征患者的造血干祖细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
6	2026-09-13	Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03625-7 PMID:40301560	研究论文	该研究通过分析多发性硬化症尸检队列和PET影像队列，发现具有广泛髓系细胞边缘的病变（广泛边缘病变）与疾病快速进展相关，可作为病理和影像生物标志物	首次识别并定义了广泛边缘病变这一新型MS病变类型，结合空间转录组学和独立PET验证，揭示了其与快速疾病进展的关联	样本来自特定脑库队列，可能存在选择偏倚；未明确描述空间转录组学的具体平台细节；PET研究样本量相对有限	探究多发性硬化症疾病进展的潜在机制，并寻找预测快速进展的生物标志物	多发性硬化症患者尸检脑组织样本和PET影像受试者	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学、组织学、正电子发射断层扫描（PET）	NA	图像、文本	186例尸检个体和114例PET研究个体	NA	空间转录组学	NA	NA
7	2026-09-13	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage-Endothelial Cell Crosstalk in Viral Myocarditis 2025-06, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70440 PMID:40525609	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示病毒性心肌炎中小鼠心脏巨噬细胞与内皮细胞的相互作用及巨噬细胞来源VEGFA促进血管生成的保护作用	首次在CVB3诱导的病毒性心肌炎小鼠模型中利用scRNA-seq系统描绘感染心脏和PBMC的免疫图谱，发现Trem2巨噬细胞和tip细胞为扩增亚群，并通过巨噬细胞清除和VEGFR抑制实验验证巨噬细胞-内皮细胞crosstalk及巨噬细胞来源VEGFA的促血管生成保护作用	仅基于小鼠模型，结果向人类病毒性心肌炎的转化需进一步验证；未详细说明scRNA-seq的具体平台和样本量	阐明病毒性心肌炎中免疫细胞浸润以及免疫细胞与基质细胞（内皮细胞）之间的相互作用，探索巨噬细胞驱动血管生成在疾病进展中的作用	CVB3诱导的病毒性心肌炎小鼠模型的心脏组织和外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞组学	病毒性心肌炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
8	2026-09-10	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-06-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	research paper	通过单细胞RNA测序分析，识别出一个偏向红细胞生成的多能祖细胞亚群FOShi MPP，它有助于适应慢性缺氧，并发现CD47阻断和IFNα治疗可缓解HAPC小鼠的红细胞增多症	首次鉴定出在慢性缺氧条件下扩张的、对干扰素信号响应的FOShi MPP亚群，并揭示其记忆功能通过维持红细胞生成相关基因的低甲基化来加速再适应；同时发现CD47高表达阻止红细胞吞噬，提出CD47阻断和IFNα治疗作为HAPC的潜在策略	研究基于小鼠模型，可能不完全适用于人类；未详细探讨FOShi MPP在长期适应中的具体分子机制；未进行临床验证	阐明慢性缺氧适应和适应不良的细胞及分子机制，特别是造血干祖细胞和红细胞的变化	高海拔多血红细胞增多症（HAPC）小鼠模型的造血干祖细胞和红细胞	单细胞转录组学	高原红细胞增多症	单细胞RNA测序	无特定模型	单细胞转录组数据	小鼠模型，具体数量未提供	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
9	2026-09-10	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-06-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	研究论文	利用空间转录组学对完整的人类卡内基第9期胚胎进行三维重建，揭示早期身体规划的分子和空间细节	首次对完整的人类CS9胚胎进行空间转录组学和三维数字重建，识别出多种细胞类型，并发现中脑-后脑边界处的峡部组织者及神经中胚层祖细胞的双层结构等新特征	基于单一胚胎样本，可能限制研究结果的普适性；空间转录组学技术分辨率有限，无法捕捉单细胞级别的异质性	探究人类原肠胚形成结束和早期器官发生开始阶段的身体规划形成机制	一个完整的人类卡内基第9期胚胎	空间转录组学	不适用	空间转录组学	不适用	空间转录组数据、图像数据	1个人类CS9胚胎，75个横向冷冻切片	不适用	空间转录组学	不适用	不适用
10	2026-09-10	Single-cell profiling in ovarian germ cell and sex cord-stromal tumours 2025-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03012-6 PMID:40269311	研究论文	通过单细胞RNA测序构建罕见卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的微环境蓝图，揭示不同亚型的免疫和基质特征	首次对卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤进行单细胞水平分析，描绘了肿瘤微环境的细胞组成和状态，发现未成熟畸胎瘤和成年颗粒细胞瘤的不同免疫特征	分析基于有限的样本量（12例新鲜肿瘤，共66,919个细胞），验证实验基于额外的样本，但具体局限性未在摘要中提及	通过单细胞RNA测序探索罕见卵巢肿瘤（OGCT和SCST）的免疫和基质微环境，以理解其免疫景观的调节因素	七例成年颗粒细胞瘤、一例幼年颗粒细胞瘤、一例支持-间质细胞瘤、两例未成熟畸胎瘤和一例无性细胞瘤的新鲜肿瘤样本，以及配对的批量RNA测序数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	单细胞转录组数据、批量转录组数据	12个新鲜肿瘤样本（共66,919个细胞），批量RNA测序的32个样本	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	NA
11	2026-09-10	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	利用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道上皮壁的细胞空间图谱，并发现促炎性细胞生态系统及其相互作用	首次提供气道壁高分辨率的单细胞空间图谱，识别出在健康和哮喘中离散空间生态位内的促炎性细胞生态系统，并揭示如ACKR1受体和表达双调蛋白的肥大细胞在其中的作用机制	未明确说明研究的局限性	揭示健康和哮喘状态下气道上皮壁的细胞空间组织及其相互作用，为治疗干预提供新靶点	健康和哮喘患者的气道壁组织样本	空间转录组学，数字病理学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据（空间转录组）	未明确说明样本数量	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	10x Visium空间转录组平台，可能包括FFPE样本处理
12	2026-09-09	Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics 2025-06, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104527 PMID:40203595	研究论文	通过生物信息学分析，识别与子痫前期相关的线粒体相关基因，并探讨其与免疫细胞浸润的相关性	首次系统分析子痫前期中线粒体相关基因与免疫微环境的关系，并发现CYP11A1作为HELLP综合征的潜在生物标志物	研究主要基于公开数据集，可能受样本异质性影响；功能验证仅限于胎盘组织，缺乏更广泛的临床验证	识别子痫前期中关键的线粒体相关基因及其潜在调控机制，并探索其诊断价值和免疫相关性	子痫前期胎盘组织中的线粒体相关基因表达及免疫细胞浸润情况	生物信息学	子痫前期	转录组测序、单细胞测序、LASSO回归、ROC曲线分析、免疫荧光染色	LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞转录组数据、临床特征数据	未明确，涉及GEO数据集GSE114691、GSE190971、GSE75010、GSE25906	未明确	转录组测序、单细胞RNA测序	未明确	未明确
13	2026-09-09	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	介绍DeepDeconUQ，一种基于bulk RNA-seq数据预测恶性肿瘤细胞分数区间估计的深度神经网络模型	将不确定性量化整合到癌症细胞分数预测中，通过共形分位数回归提供可靠的预测区间，并校准区间保证统计有效性和判别力	未提及明确的局限性	改进恶性肿瘤细胞分数的估计方法，提供带预测区间的估计以支持临床和研究应用	模拟和真实癌症数据集中的组织样本	机器学习	癌症	RNA-seq, scRNA-seq	深度神经网络，分位数回归	基因表达谱数据	未明确说明具体样本数量	NA	bulk RNA-seq	NA	NA
14	2026-09-09	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	介绍WISpR算法，一种基于稀疏回归的空间转录组学细胞类型反卷积方法，以改善细胞分布预测的准确性	引入斑点特异性超参数和稀疏驱动建模，保留生物学一致性，优于五种现有方法	未提及	开发一种能准确预测空间转录组数据中细胞类型分布，同时保持生物学相关性的机器学习算法	空间转录组数据中的细胞类型分布，包括正常和癌性组织	机器学习	癌症	空间转录组学	稀疏回归模型	空间转录组数据	十个数据集	NA	空间转录组学	NA	NA
15	2026-09-09	RIDDEN: Data-driven inference of receptor activity from transcriptomic data 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013188 PMID:40522999	研究论文	开发了RIDDEN，一个基于转录组数据推断受体活性的计算工具，它利用受体调控的基因表达谱而非配体和受体的表达水平预测受体活性	首次直接关注受体侧活动，利用受体调控的基因表达谱而非配体和受体的共表达来推断活性，并构建了包含14463个扰动表达谱和229个受体的大型训练模型	摘要中未提及明显局限性	开发一种直接从转录组数据推断受体活性的计算工具，以识别细胞和疾病特异性受体活性变化并促进细胞间通信研究	受体活性推断模型，用于免疫检查点阻断治疗的癌症患者队列以及体外和体内受体扰动数据	机器学习	癌症	转录组测序	机器学习模型	基因表达谱	使用14463个扰动基因表达谱（用于229种受体）以及独立的体外和体内受体扰动数据集和免疫检查点阻断治疗的癌症患者队列	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
16	2026-09-09	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013090 PMID:40549685	研究论文	介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于从单细胞测序数据中准确识别线粒体突变并推断细胞谱系。	MitoTracer能够自动识别信息丰富的线粒体突变，并在多个平台上表现出优于现有方法的高敏感性和特异性。	未在摘要中明确提及，可能包括对特定数据类型依赖或计算复杂度等。	开发一种工具，以精确识别信息丰富的线粒体突变，用于基于单细胞测序数据的谱系重建。	线粒体突变和单细胞测序数据（scRNA-seq和scATAC-seq样本）。	计算生物学、生物信息学	癌症（如BRAF突变黑色素瘤）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	算法（MitoTracer，可能基于统计或机器学习方法）	单细胞测序数据、基因表达数据、染色质开放性数据	未明确提及，但涉及癌症进化数据集和实验谱系测序数据	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	NA
17	2026-09-09	scRepertoire 2: Enhanced and efficient toolkit for single-cell immune profiling 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012760 PMID:40577285	研究论文	本文介绍了scRepertoire 2，一个用于单细胞免疫谱分析R包的重大更新，增强了克隆型追踪、多样性度量和可视化模块，并与Seurat等框架集成，同时大幅提升性能	引入了改进的克隆型追踪工作流、新颖的可视化模块以支持纵向和比较研究，并实现了85.1%的速度提升和91.9%的内存减少	未提及限制	提供高效且全面的单细胞免疫受体数据分析工具，以支持免疫反应研究	单细胞免疫受体数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、单细胞适应性免疫受体库测序	NA	文本和测序数据	未指定，但用于基准测试的多种库大小范围	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
18	2026-09-09	OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212 PMID:40577399	研究论文	提出OrgaCCC，一种基于正交图自编码器的方法，用于从空间转录组数据中推断细胞-细胞通讯网络	利用正交耦合变分图自编码器，同时捕获细胞/点和基因特征，并通过最大化重建细胞/点特征的相似性进行整合，不依赖有限的文献基因列表	摘要未提及明显的局限性	开发一种深度学习方法来准确推断空间转录组数据中的细胞通讯	空间转录组数据中的细胞通讯推断	机器学习, 空间转录组学	NA	空间转录组测序	变分图自编码器	空间转录组数据	五个空间转录组数据集	NA	空间转录组学	NA	NA
19	2026-09-08	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Jun-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究通过小鼠模型和人类样本，证明脾脏CD169+Tim4+边缘金属嗜巨噬细胞在心肌梗死后的伤口愈合中发挥关键作用，并探讨其治疗潜力	首次揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属嗜巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复中的关键作用，并表明其可通过肝脏X受体α激动剂扩增以改善心脏重构	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过流式细胞术检测循环细胞，未进行功能验证	确定脾脏CD169+Tim4+边缘金属嗜巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的作用及其潜在治疗价值	小鼠脾脏CD169+Tim4+边缘金属嗜巨噬细胞、心脏巨噬细胞、人类循环CD169+Tim4+单核细胞	免疫学、心血管研究	心肌梗死、心力衰竭	单细胞RNA测序、流式细胞术、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、异种共生、细胞过继转移	NA	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠模型（具体数量未明确）；人类ST段抬高型心肌梗死患者及稳定型冠心病对照参与者（具体数量未明确）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
20	2026-09-07	Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression 2025-06-12, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae057 PMID:39777529	研究论文	本研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了在共同髓系祖细胞中由miR-144/451表达定义的定向红系细胞早期分化过程	首次利用miR-144/451表达作为标记，在共同髓系祖细胞水平上定义了红系定向细胞的早期分化，并通过单细胞RNA测序揭示其分化特征及与巨核系和其他髓系谱系的分离	摘要中未提及明确的局限性	阐明定向红系细胞在共同髓系祖细胞发育过程中的早期分化机制	miR-144/451-eGFP敲入小鼠的骨髓造血干细胞及祖细胞	单细胞测序	不适用	单细胞RNA测序	不适用	单细胞转录组数据	不适用（未提供具体数量）	不适用	单细胞RNA测序	不适用	不适用