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当前共找到 721 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.03.646654
PMID:40236139
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研究论文 | 提出从胚胎尺度单细胞测序实验中推断遗传需求的统计框架 | 开发了Hooke和Platt两种软件工具，利用单细胞数据集中的统计模式来表征实验干预的直接分子和细胞后果 | NA | 建立统计框架以识别直接受遗传、化学或环境扰动影响的基因和细胞类型 | 斑马鱼胚胎的单细胞图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 数千个扰动斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-16 |
Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.656791
PMID:40661354
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研究论文 | 整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学，揭示胰腺导管腺癌起始过程中祖细胞样细胞协调的微环境如何汇聚致癌和抑癌力量，塑造早期肿瘤发生 | 首次通过多组学整合方法识别出祖细胞样群体作为致癌突变、可塑性和组织重塑的汇聚点，并揭示KRAS抑制与p53抑制对肿瘤起始微环境的相反调控作用 | 主要基于小鼠模型，其结果在人类胰腺导管腺癌中的直接适用性需进一步验证；研究聚焦于肿瘤起始阶段，对后续恶性进展的机制阐述有限 | 阐明良性向恶性转化过程中分子、细胞和组织水平事件如何促进或抑制恶性肿瘤形成的机制 | 胰腺导管腺癌小鼠模型中的Kras突变细胞、祖细胞样细胞及肿瘤微环境 | 机器学期 | 胰腺导管腺癌 | 谱系追踪, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 谱系追踪数据 | 涉及多时间点、多基因型的小鼠胰腺组织样本（具体数量未在摘要中说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium (用于单细胞测序), 10x Visium (用于空间转录组学) | 利用10x Chromium进行单细胞RNA测序分析，并使用10x Visium进行空间转录组分析 |
| 3 | 2026-05-16 |
Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01507-x
PMID:39826027
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研究论文 | 探究基质刚度如何影响人肺成纤维细胞中阿霉素诱导的衰老相关分泌表型和转录组特征 | 首次揭示了机械张力（通过底物刚度模拟）对衰老相关分泌表型和转录组特征的影响，特别是在高刚度条件下发现独特的胶原蛋白富集特征 | 研究主要基于体外细胞培养模型，体内验证仅限于小鼠模型和公共数据集分析，缺乏更直接的临床样本验证 | 研究机械环境对细胞衰老和衰老相关分泌表型的影响 | 人原代肺成纤维细胞（IMR-90细胞） | 机器学习 | 肺纤维化 | 质谱分析、转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 不同刚度底物上培养的IMR-90细胞样本；博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型组织样本；人间质性肺疾病的单细胞RNA测序公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-16 |
A multi-omic single-cell landscape of the aging mouse ovary
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01556-2
PMID:39934558
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研究论文 | 结合小鼠年轻和年老卵巢的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，构建了卵巢老化的多组学单细胞图谱，揭示了细胞类型特异的转录变化及其调控元件 | 首次结合单细胞转录组和染色质可及性数据，全面表征小鼠卵巢老化过程中七种主要细胞类型的分子特征，并鉴定调控这些转录变化的顺式和反式调控元件 | NA | 研究卵巢老化的分子机制，特别是细胞类型特异的转录变化及其调控元件 | 年轻和年老小鼠的卵巢细胞 | 单细胞组学 | 卵巢老化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 小鼠年轻和年老卵巢样本 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-16 |
Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01561-5
PMID:39976844
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响 | 首次在单细胞水平揭示紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老通过转录组改变（如下调细胞连接组装通路、上调细胞外基质重塑和炎症信号通路）导致血脑屏障功能障碍的机制 | 研究基于小鼠模型，可能需要进一步验证在人类中的适用性 | 探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何改变与血脑屏障完整性相关的基因表达模式 | 紫杉醇处理小鼠与对照组小鼠的脑毛细血管内皮细胞 | 数字病理学 | 化疗引起的认知障碍（化学脑） | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 紫杉醇处理组和对照组小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-16 |
Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes
2025-06, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016
PMID:40122457
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研究论文 | 利用肿瘤浸润免疫细胞相关基因构建模型，预测膀胱癌风险和免疫治疗效果 | 首次结合20种机器学习算法与孟德尔随机化方法，基于肿瘤浸润免疫细胞特征评分构建膀胱癌预后及免疫治疗预测模型 | 未提及明确局限性 | 开发基于肿瘤浸润免疫细胞的膀胱癌预测模型 | 膀胱癌患者 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA-seq, scRNA-seq | 机器学习集成模型（20种算法） | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 多组RNA表达数据和单细胞RNA数据（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-05-16 |
Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics
2025-Jun, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-025-10889-6
PMID:40366552
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和蛋白质组学整合分析，鉴定脂肪基质血管成分和干细胞/基质细胞中具有免疫调节功能的亚群 | 首次将单细胞RNA测序与蛋白质组学数据结合，利用Scissor算法识别出未培养SVF中存在的两种新型ASC亚群——Scissor阳性（类似细胞因子刺激的免疫调节细胞）和Scissor阴性（以细胞外基质重塑为特征） | 未明确说明局限性 | 解析脂肪组织中基质血管成分来源的ASC的异质性免疫调节潜力，为治疗策略提供依据 | 人脂肪组织来源的基质血管成分及其中的脂肪干细胞/基质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序， 蛋白质组学 | NA | 单细胞基因表达数据， 蛋白质组数据 | 培养的P2代ASC（暴露于炎症细胞因子）和未培养的P0代SVF样本 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 8 | 2025-05-22 |
Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics"
2025-Jun, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088
PMID:40393347
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2026-05-15 |
Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease
2025-Jun-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1
PMID:40678223
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和流式细胞术探究基孔肯雅病毒在小鼠关节相关组织中的持续存在及其对慢性疾病的促进作用 | 首次揭示了基孔肯雅病毒RNA在关节相关巨噬细胞中持续复制并驱动慢性关节炎症的机制，通过CD4 T细胞与巨噬细胞的相互作用阐明了慢性疾病的免疫病理学基础 | 研究主要基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化仍需进一步验证；未详细说明病毒RNA复制的具体分子机制 | 阐明甲病毒（如基孔肯雅病毒）引起慢性肌肉骨骼疼痛和炎症的持久化机制 | 感染基孔肯雅病毒或其他甲病毒的小鼠关节相关组织 | 数字病理学 | 基孔肯雅病毒病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 序列数据 | 小鼠关节相关组织样本（具体数量未在摘要中提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞转录组平台和10x Visium空间转录组平台 |
| 10 | 2026-05-15 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
|
研究论文 | 介绍QCatch，一个用于单细胞测序数据质量控制评估和生成的Python命令行工具 | 专门针对alevin-fry和simpleaf输出设计，生成交互式HTML质量控制报告，并以内附带注释的H5AD格式导出结果 | 未提及具体局限性 | 为单细胞测序数据提供标准化质量控制报告功能 | 单细胞测序数据 | 机器学习和生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-05-12 |
Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis
2025-Jun-01, JAMA dermatology
IF:11.5Q1
DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288
PMID:40172874
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研究论文 | 肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物制剂治疗抵抗的关联 | 通过空间转录组学揭示了表皮先天免疫信号和中性粒细胞活性升高与生物制剂治疗反应持久性降低的关联 | 样本量相对较小（87例患者），且为单中心横断面研究 | 阐明影响重度银屑病患者对生物制剂持续治疗反应的炎症微环境因素 | 18岁以上重度银屑病患者 | 生物信息学 | 银屑病 | 空间转录组学 | NA | 组织切片 | 87例患者（平均年龄42.2岁，24例女性，63例男性） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2026-05-08 |
TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data
2025-06-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279955.124
PMID:40210438
|
研究论文 | 提出了TFcomb，一种利用单细胞多组学数据识别重编程转录因子及其组合的计算方法 | 首次将重编程转录因子及其组合的识别建模为逆问题，并利用Tikhonov正则化保证泛化能力；设计图注意力网络增强基因调控网络 | 未提及具体限制 | 开发能够从单细胞多组学数据中识别重编程转录因子及其组合的计算方法 | 人类胚胎干细胞、小鼠毛囊发育数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 图注意力网络 | 单细胞多组学数据 | 人类胚胎干细胞数据集，小鼠毛囊发育数据集 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-08 |
Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data
2025-06-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279857.124
PMID:40262896
|
研究论文 | 提出stMLnet方法，从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路 | 首次整合空间信息和多层信号调控机制，通过扩散和质量作用模型量化空间依赖的配体-受体信号活动，并映射到细胞内靶点，识别多层CCC中的信号反馈环路 | 未提及 | 开发从空间转录组数据推断功能细胞间通讯的方法，揭示多层信号反馈环路 | 动物模型与人类组织样本 | 机器学习 | COVID-19炎症反应 | 空间转录组学（ST） | 扩散模型、质量作用模型 | 空间基因表达数据 | 多种空间转录组数据集（seqFISH+、Slide-seq v2、MERFISH、Stereo-seq） | NA | 空间转录组学 | seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | 包括不同空间分辨率和基因覆盖度的空间转录组技术平台 |
| 14 | 2026-05-08 |
STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data
2025-06-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280031.124
PMID:40355284
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研究论文 | 提出STCC共识聚类框架，整合多种空间域检测工具以提高空间转录组数据分析的准确性和稳定性 | 首次将共识策略系统性应用于空间转录组数据的空间域检测，提出四种共识策略（独热编码、平均、超图、加权非负矩阵分解）并综合评估其性能 | 对正常组织和肿瘤样本的分析表现存在差异；共识策略的选择需根据样本特征进行调整 | 开发一种可扩展且实用的空间域检测方法，通过共识聚类提升空间转录组数据聚类结果的准确性和鲁棒性 | 空间转录组数据（包含模拟数据和真实数据） | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 共识聚类 | 基因表达数据 | 模拟数据和来自不同实验平台的真实数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-05-08 |
Single-cell and spatial omics: exploring hypothalamic heterogeneity
2025-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00231
PMID:38993130
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综述 | 探讨单细胞与空间组学技术在下丘脑异质性研究中的应用与进展 | 系统总结了单细胞与空间转录组学技术在下丘脑复杂细胞类型和空间组织解析中的最新应用价值 | 单细胞/单核RNA测序可能丢失神经元网络的空间信息，且依赖细胞分离步骤 | 阐明下丘脑的细胞异质性和复杂动态细胞组织 | 下丘脑细胞类型与神经网络的分子遗传多样性 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2026-05-08 |
Identification of NETs-related genes as diagnostic biomarkers in ischemic stroke using RNA sequencing and single-cell analysis
2025-06, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10117-z
PMID:40107980
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研究论文 | 利用RNA测序和单细胞分析鉴定缺血性卒中中NETs相关基因作为诊断生物标志物 | 首次整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，系统鉴定NETs相关基因在缺血性卒中中的诊断标志物，并揭示中性粒细胞通过JAM通路与小胶质细胞和T细胞的细胞间通讯机制 | 基于动物模型（小鼠MCAO）的实验结果，尚需在人体样本中验证；单细胞数据仅证实了Tnf、Selp和Fcgr4在中性粒细胞中的表达，Ceacam3未在单细胞数据中确认 | 阐明NETs在缺血性卒中进展中的作用，并鉴定潜在的生物标志物和治疗靶点 | 小鼠MCAO模型脑组织样本及单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 缺血性卒中 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 小鼠MCAO模型脑组织样本（具体数量未说明） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-05-08 |
Comprehensive analysis of breast cancer oxidative stress related gene signature: a combination of bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2025-06, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10130-2
PMID:40274661
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研究论文 | 基于氧化应激相关基因的预后特征综合分析与乳腺癌预后及免疫状态的关系 | 结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，首次构建氧化应激相关评分（OSRS）模型，并识别出TFAP2B作为关键转录因子 | 研究依赖公共数据库，样本来源有限，需要更多独立数据集验证模型的泛化能力 | 开发基于氧化应激相关基因的预后基因特征，评估乳腺癌患者预后及免疫状态 | 乳腺癌患者样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq | Lasso回归，多变量Cox回归 | 基因表达数据，临床信息 | NA | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 从UCSC Xena和GEO数据库获取的RNA-seq数据 |
| 18 | 2026-05-06 |
Transcriptomic profiling after B cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis
2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182790
PMID:40067358
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示B细胞耗竭治疗多发性硬化症后中枢和外周免疫细胞的变化 | 首次使用单细胞RNA-Seq全面描绘B细胞耗竭治疗对多发性硬化症患者免疫景观的影响，发现细胞类型特异性的转录组变化 | 未提及 | 探索B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观 | 多发性硬化症患者的脑脊液巨噬细胞和外周血单核细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-05-05 |
Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions
2025-06, Best practice & research. Clinical haematology
DOI:10.1016/j.beha.2025.101634
PMID:40701740
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综述 | 综述异基因造血干细胞移植和CAR-T治疗后免疫重建的动态过程、决定因素及未来方向 | 综合比较了异基因造血干细胞移植和CAR-T治疗两种情境下免疫重建的动力学特征，并提出了基于先进免疫分析技术（如流式细胞术和单细胞RNA测序）的个性化监测策略 | 未涉及具体患者队列数据，可能缺乏对临床实践中复杂因素的深入量化分析 | 总结免疫重建的动力学知识，评估不同移植和CAR-T治疗方案的影响，探讨优化免疫监测和治疗的个性化策略 | 异基因造血干细胞移植和CAR-T治疗后的患者 | 机器学习 | 血液系统疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 20 | 2026-05-03 |
Stromal heterogeneity in the adult lung delineated by single-cell genomics
2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00285.2025
PMID:40353369
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综述 | 通过单细胞基因组学描绘成年肺间质细胞的异质性 | 系统总结了单细胞RNA测序研究揭示的肺间质细胞异质性及其功能特征和空间位置 | 未提及具体局限性 | 综述肺间质细胞异质性的单细胞基因组学研究进展 | 肺间质细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |