单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-13	POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652741 PMID:40462963	research paper	介绍Popari，一种用于多样本空间转录组学数据建模的概率图模型	Popari通过差异先验和空间降采样实现多分辨率层次分析，能够捕捉条件特异性空间组织变化	未明确提及具体限制	开发针对多样本空间转录组学数据分析的方法	空间转录组学数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 卵巢癌	空间转录组学	概率图模型	基因表达数据	涉及小鼠大脑、胸腺和卵巢癌等多个真实数据集
162	2025-06-13	CellTypeAgent: Trustworthy cell type annotation with Large Language Models 2025-May-13, ArXiv PMID:40463689	research paper	介绍了一种名为CellTypeAgent的可信大语言模型代理，用于单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释	结合大语言模型和相关数据库验证，提高了注释准确性并减少了幻觉现象	NA	提高单细胞RNA测序分析中细胞类型注释的效率和可靠性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	LLM（大语言模型）	RNA测序数据	9个真实数据集，涉及36个组织的303种细胞类型
163	2025-06-13	Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status 2025-May, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513 PMID:40203764	研究论文	比较pembrolizumab单独使用或与低剂量化疗联合治疗非小细胞肺癌且体能状态较差患者的随机2期临床试验	首次在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中比较pembrolizumab单独使用与联合低剂量化疗的疗效	样本量较小（43例患者），且仅20例患者可评估反应	评估pembrolizumab单独或联合低剂量化疗在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中的疗效和安全性	非小细胞肺癌且体能状态较差（ECOG PS 2）的患者	临床肿瘤学	非小细胞肺癌	流式细胞术、单细胞测序	NA	临床数据、血液样本	43例患者（20例可评估反应）
164	2025-06-12	BPIFB1 is a prognostic biomarker and mediated collagen synthesis in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-30, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042671 PMID:40441200	research paper	该研究探讨了BPIFB1在特发性肺纤维化(IPF)中的表达及其与肺功能和预后的关系	首次发现BPIFB1在IPF中高表达，并证实其与肺功能下降和不良预后相关，揭示了BPIFB1可能通过调节肺成纤维细胞分化和胶原蛋白合成参与IPF发病机制	血液中BPIFB1表达水平在对照组和IPF患者中无显著差异，限制了其作为血液生物标志物的应用	探究BPIFB1在特发性肺纤维化中的分子作用及其临床意义	特发性肺纤维化患者和对照组的基因表达数据	digital pathology	lung cancer	单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用了Gene Expression Omnibus数据库中的数据和临床样本
165	2025-06-12	scRNA-seq reveals an immune microenvironment and JUN-mediated NK cell exhaustion in relapsed T-ALL 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102098 PMID:40306275	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了复发T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）中的免疫微环境及JUN介导的NK细胞耗竭	首次通过单细胞转录组分析详细描述了T-ALL患者的骨髓免疫微环境，并发现JUN在NK细胞耗竭和T-ALL增殖中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本数量有限，需进一步验证	探究T-ALL复发的免疫微环境机制及潜在治疗靶点	T-ALL患者的骨髓免疫微环境及NK细胞	数字病理学	白血病	scRNA-seq	CDX, PDX, NOTCH1突变小鼠模型	单细胞转录组数据	T-ALL患者样本及多种模型（未明确具体数量）
166	2025-06-12	Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102101 PMID:40315845	研究论文	本研究探讨了膀胱癌患者T细胞受体（TCR）多样性的临床意义及其与预后的关系	首次全面纵向分析了膀胱癌患者TCR多样性，揭示了低TCR多样性与不良预后的关联，并发现TCR多样性可作为潜在的生物标志物	研究样本量未明确说明，且仅针对膀胱癌患者，结果可能不适用于其他癌症类型	评估TCR多样性在膀胱癌患者中的临床意义及其作为预后生物标志物的潜力	膀胱癌患者的T细胞受体（TCR）多样性	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞测序	NA	测序数据	NA
167	2025-06-12	Targeting mitochondrial complex I of CD177+ neutrophils alleviates lung ischemia-reperfusion injury 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102140 PMID:40398393	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学研究了肺缺血再灌注损伤模型中的中性粒细胞亚型，发现CD177+中性粒细胞是导致肺损伤的关键亚群，并可作为预测严重原发性移植物功能障碍的早期生物标志物	首次识别CD177+中性粒细胞作为肺缺血再灌注损伤中的关键炎症驱动亚群，并证明靶向线粒体复合物I可减轻其活化和肺损伤	研究主要基于小鼠和大鼠模型，人类临床应用的转化效果需要进一步验证	探究中性粒细胞亚群在肺缺血再灌注损伤中的作用机制并寻找治疗靶点	CD177+中性粒细胞在肺缺血再灌注损伤中的作用	NA	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠IRI模型和大鼠左肺移植模型
168	2025-06-12	Simvastatin inhibits proliferation and migration, promotes oxidative stress and ferroptosis in colon cancer 2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.104522 PMID:40487942	研究论文	本研究探讨了辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其潜在机制	发现辛伐他汀通过下调SERPINE1和激活cGMP/PKG通路抑制结肠癌细胞增殖和迁移，并提出了一种新的治疗策略	研究仅基于体外实验，未进行体内验证	研究辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其潜在机制	结肠癌细胞系NCM460、HCT-116和SW620	癌症研究	结肠癌	细胞计数试剂盒-8、集落形成实验、Transwell实验、流式细胞术、实时聚合酶链反应、Western blotting	NA	细胞实验数据	三种结肠癌细胞系
169	2025-06-12	Exploring the potential function of high expression of ANAPC1 in regulating ubiquitination in hepatocellular carcinoma 2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.103594 PMID:40487972	research paper	本研究探讨了ANAPC1在肝细胞癌（HCC）中通过泛素化相关通路调控细胞周期和代谢水平的潜在功能	首次全面研究了ANAPC1在HCC中的表达及其通过泛素化相关机制调控疾病进展的作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	阐明ANAPC1在HCC中的表达及其与泛素化相关的潜在调控机制	肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝细胞癌	RNA测序、微阵列、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR分析	NA	RNA测序数据、微阵列数据、免疫组化组织样本、单细胞RNA测序数据	包括批量RNA样本、IHC组织样本和恶性肝细胞样本，具体数量未明确说明
170	2025-06-12	Expression of Immune-Related Genes and Possible Regulatory Mechanisms in Chronic Antibody-Mediated Rejection after Kidney Transplantation 2025-May, Archivos espanoles de urologia IF:0.6Q4 DOI:10.56434/j.arch.esp.urol.20257804.66 PMID:40495508	研究论文	本研究通过分析慢性抗体介导排斥反应（cABMR）患者的外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞RNA测序数据，探讨了免疫相关基因（IRGs）的表达模式及其潜在调控机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了cABMR患者PBMCs中免疫相关基因的表达模式，并鉴定了与这些基因表达相关的关键转录因子（STAT1、IRF1和FOS）	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证，且样本来源仅限于PBMCs和肾脏组织	阐明cABMR患者中免疫相关基因的表达模式及其调控机制	慢性抗体介导排斥反应（cABMR）患者的外周血单核细胞（PBMCs）和肾脏组织	生物信息学	肾脏移植排斥反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
171	2025-06-11	Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer 2025-05-13, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00366-8 PMID:40360503	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学揭示了微波热化疗治疗唇癌中具有抗肿瘤活性的中性粒细胞亚群	发现微波热化疗（MTC）能促进具有抗肿瘤活性的MNDA TANs（N1表型）浸润，并揭示了这些TANs通过IL1B-IL1R激活T&NK细胞和成纤维细胞的机制	需要进一步验证MX2作为N1-TANs标记物在临床中的实用性	探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的分子机制	唇鳞状细胞癌（LSCC）患者样本	数字病理学	唇癌	scRNA-seq, ST, 深度学习	深度学习	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, H&E染色图像	NA
172	2025-06-11	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	本研究评估了TNF抑制剂依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果，通过观察性分析发现依那西普能改善临床指标并缓解自身免疫样表现	首次在老年COVID-19患者中评估依那西普的疗效，发现其对自身免疫样表现的治疗潜力，并通过单细胞测序揭示了治疗敏感细胞类型	样本量较小（7名治疗患者），且为观察性研究而非随机对照试验	评估依那西普对老年COVID-19患者的治疗效果	老年COVID-19患者	临床医学	COVID-19	单细胞测序、分子对接	NA	临床指标数据、单细胞转录组数据	7名接受依那西普治疗的COVID-19患者和2名未感染个体
173	2025-06-10	Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation 2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05079-5 PMID:40425564	研究论文	本研究通过从携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者诱导多能干细胞(iPSCs)生成视网膜类器官，并进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)，以研究Stargardt病的发病机制	使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并进行纵向scRNA-seq分析，为研究Stargardt病提供了新的模型和数据集	研究仅针对中国STGD患者中最常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有突变类型	研究Stargardt病(ABCA4基因突变相关)的发病机制和视网膜发育过程	从患者iPSCs生成的视网膜类器官	遗传病研究	Stargardt病(遗传性视网膜变性)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 诱导多能干细胞(iPSCs)技术	视网膜类器官模型	单细胞转录组数据	多个发育阶段(40, 90, 150, 200和260天)的视网膜类器官样本
174	2025-06-10	Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653860 PMID:40463072	研究论文	本文研究了选择性抑制GSK3α如何通过BRD0705促进不同类型干细胞（包括小鼠胚胎干细胞、外胚层干细胞和神经干细胞）的长期自我更新	发现选择性抑制GSK3α（而非泛GSK3α/β抑制）能独立于β-catenin信号通路促进干细胞的自我更新，并开发了一种BRD0705/IWR1混合培养系统，可稳定共培养多种多能干细胞状态	研究主要基于小鼠干细胞模型，尚未在人类干细胞中验证	探索GSK3α选择性抑制对干细胞自我更新的调控机制	小鼠胚胎干细胞（ESCs）、外胚层干细胞（EpiSCs）和神经干细胞（NSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验	NA	转录组数据、表观基因组数据	多种小鼠干细胞系
175	2025-06-10	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	research paper	通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	发现了基于扩增的CD8克隆的响应特征，能够区分响应者与非响应者，并揭示了克隆转录状态与患者响应之间的差异	研究仅涉及6种癌症类型，样本量虽大但可能不足以覆盖所有癌症类型的T细胞克隆动态	探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	767,606个T细胞，来自460个样本，涵盖6种癌症类型	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, T cell receptor sequencing	NA	RNA-seq data	767,606个T细胞，460个样本，6种癌症类型
176	2025-06-10	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	research paper	该研究通过构建首个以免疫为重点的猕猴单细胞多组织图谱（RIRA），对比转录谱与免疫谱系，揭示了单细胞RNA测序在免疫细胞分类中的优势和局限性	首次构建猕猴免疫参考图谱（RIRA），并识别了具有高判别/诊断价值的基因程序，包括模拟T/NK细胞成熟的多基因特征	无监督聚类在功能不同的T细胞和NK细胞亚群中可能导致系统性混合，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记基因	准确解读单细胞RNA测序数据，理解其与免疫细胞功能和谱系定义的差异和限制	猕猴免疫细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多组织猕猴样本（具体数量未提及）
177	2025-06-10	Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653038 PMID:40463045	research paper	提出了一种名为scCellFie的计算框架，用于从人和小鼠的转录组数据中推断单细胞和空间分辨率的代谢活动	开发了scCellFie框架，能够从转录组数据中推断代谢活动，填补了直接测量单细胞和空间分辨率代谢活动的技术空白	依赖于转录组数据推断代谢活动，可能无法完全反映实际的代谢状态	开发一种计算工具，用于从转录组数据中推断代谢活动，以研究细胞功能和通讯	人和小鼠的细胞	computational biology	endometriosis, endometrial carcinoma	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	scCellFie	transcriptomic data	约3000万个细胞图谱
178	2025-06-10	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652873 PMID:40463189	research paper	该研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次全面研究中老年小鼠脊髓损伤的转录组学特征，揭示了细胞亚群的变化可能影响修复机制	研究仅关注了中老年小鼠，未涵盖更老龄的动物模型	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和中老年小鼠群体
179	2025-06-10	Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653730 PMID:40463227	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了化疗后转录组水平上不同的衰老类型和静止-衰老连续体	结合时间推移成像和单细胞RNA测序技术，区分了静止和衰老状态，并发现了两种不同的衰老途径	研究仅基于etoposide处理后的细胞，可能不适用于其他化疗药物	区分化疗后细胞的静止和衰老状态，并研究其转录组特征	化疗处理后的细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序, 时间推移成像	伪时间轨迹分析	转录组数据, 图像数据	NA
180	2025-06-10	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-05-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	research paper	研究通过诱导系统将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并揭示了重编程过程中的基因调控网络	开发了通过表达SCL和LMO2转录因子诱导成纤维细胞重编程为造血祖细胞的系统，并识别了影响重编程效率的关键转录因子和信号通路	重编程过程的随机性限制了其效率，且研究仅针对特定转录因子和信号通路	提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA