单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 867 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-06-21 |
Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.03.14.484332
PMID:40475517
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STORM-seq的新型单细胞总RNA测序技术，能够高效检测非编码转录本、全长RNA覆盖并解析转录本水平的复杂性 | STORM-seq是一种使用标准实验室设备的随机六聚体引物、核糖体减少的单细胞总RNA测序协议，能够构建迄今为止复杂度最高的scRNA-seq文库，并准确测量单细胞中的转录异构体和临床相关基因融合 | NA | 开发一种高效的单细胞总RNA测序技术，以解决现有技术在检测非编码转录本、全长RNA覆盖和解析转录本复杂性方面的不足 | 单细胞中的总RNA，包括非编码转录本、转录异构体、基因融合、转座子元件(TEs)和增强子RNA(eRNAs) | 基因组学 | NA | sc-total-RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 人类输卵管上皮细胞 |
| 162 | 2025-06-21 |
Pseudoassembly of k-mers
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.11.653354
PMID:40463286
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研究论文 | 介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法 | 提出了一种名为klue的程序，能够将k-mers组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列 | NA | 识别基因组序列中的变异 | 小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据 | 基因组学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因组序列 | NA |
| 163 | 2025-06-21 |
Single-cell transcriptome atlas of spontaneous dry age-related macular degeneration in macaques
2025-May, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.028
PMID:40528953
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研究论文 | 构建了老年非人灵长类动物自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的单细胞视网膜转录图谱，揭示了SD-AMD的分子机制 | 首次在非人灵长类动物模型中构建SD-AMD的单细胞转录图谱，并发现铁稳态破坏和铁死亡在SD-AMD发病中的作用 | 研究主要基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的分子机制 | 老年非人灵长类动物的视网膜组织 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 老年非人灵长类动物的视网膜组织样本 |
| 164 | 2025-06-19 |
Insulin-Degrading Enzyme Regulates mRNA Processing and May Interact with the CCR4-NOT Complex
2025-05-28, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14110792
PMID:40497968
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研究论文 | 该研究探讨了胰岛素降解酶（Ide）在mRNA处理和蛋白质稳态中的潜在作用 | 发现Ide可能与CCR4-NOT复合体相互作用，共同调控基因表达 | 提出的模型是推测性的，需要进一步实验验证 | 阐明Ide在细胞生理学和蛋白质稳态中的更广泛功能 | 人和小鼠的胰岛细胞 | 分子生物学 | NA | 蛋白质组学、转录组学、邻近生物素化技术 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据 | NA |
| 165 | 2025-06-19 |
Molecular Fingerprint of Endocannabinoid Signaling in the Developing Paraventricular Nucleus of the Hypothalamus as Revealed by Single-Cell RNA-Seq and In Situ Hybridization
2025-05-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14110788
PMID:40497964
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和原位杂交技术，揭示了小鼠下丘脑室旁核在发育过程中内源性大麻素信号传导的分子指纹 | 首次描述了内源性大麻素信号在下丘脑室旁核神经元发育过程中的纳米级结构，并提供了2-AG和AEA信号传导的时空图谱 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证 | 探索下丘脑室旁核在发育过程中内源性大麻素信号传导的分子机制 | 小鼠下丘脑室旁核的神经元和星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、原位杂交、免疫组织化学 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 小鼠胎儿和出生后发育阶段的样本 |
| 166 | 2025-06-19 |
The cGAS/STING Pathway: Friend or Foe in Regulating Cardiomyopathy
2025-05-25, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14110778
PMID:40497954
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综述 | 本文综述了cGAS/STING信号通路在心肌病炎症调控中的关键作用及其潜在治疗靶点 | 整合了人类单细胞RNA测序数据和系统文献综述，识别了现有的分子干预措施并突出了有前景的治疗靶点 | cGAS/STING通路在心肌病相关炎症中的精确分子机制仍不清楚且存在争议，未来研究需验证这些发现并促进其临床转化 | 探讨cGAS/STING信号通路在心肌病炎症调控中的作用及其潜在治疗策略 | 心肌病中的cGAS/STING信号通路 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | scRNA-seq数据和临床样本 | 公开可用的人类scRNA-seq数据和临床样本 |
| 167 | 2025-06-19 |
Dynamic Expression and Functional Implications of the Cell Polarity Gene, Dchs1, During Cardiac Development
2025-05-24, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14110774
PMID:40497950
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研究论文 | 本研究探讨了细胞极性基因Dchs1在心脏发育过程中的动态表达及其功能意义 | 首次生成了Dchs1-HA敲入小鼠模型，揭示了Dchs1在非心肌细胞系中的动态表达模式及其在细胞间通讯中的潜在作用 | Dchs1在心脏发育中的具体分子机制尚未完全阐明 | 阐明Dchs1在心脏发育过程中的表达模式和功能 | Dchs1基因及其在心脏发育中的作用 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 免疫组化、Western blotting、单细胞转录组学 | Dchs1-HA敲入小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 不同发育阶段的小鼠心脏组织样本 |
| 168 | 2025-06-19 |
Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651101
PMID:40475445
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研究论文 | 本研究优化了单细胞长读长测序协议，以提高胰腺胰岛中异构体的检测能力 | 优化了5'端文库制备协议，并展示了胰岛素转录本的靶向耗竭策略在提高信息读取检测中的效用 | 技术挑战包括读长不足和较高的错误率，以及高丰度转录本可能掩盖低丰度转录本的识别 | 优化单细胞长读长测序技术，以更准确地检测胰腺胰岛中的剪接变体 | 胰腺胰岛中的单细胞RNA | 基因组学 | 糖尿病 | 单细胞长读长测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 169 | 2025-06-19 |
Tyrosinase in melanoma inhibits anti-tumor activity of PD-1 deficient T cells
2025-May-15, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02237-4
PMID:40375241
|
研究论文 | 该研究探讨了黑色素瘤中酪氨酸酶如何抑制PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤活性 | 首次发现酪氨酸酶在黑色素瘤中抑制T细胞的抗肿瘤活性，并通过CRISPR/Cas9技术敲除酪氨酸酶基因，揭示了其对肿瘤免疫微环境的影响 | 研究基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探究黑色素瘤抵抗免疫治疗的分子机制 | B16黑色素瘤模型和PD-1缺陷小鼠 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序 | B16黑色素瘤模型 | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量，使用小鼠模型进行研究 |
| 170 | 2025-06-18 |
Identification of an Immune-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Glioblastoma: Insights from Integrated Bulk and Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111799
PMID:40507280
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并表征了与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征 | 开发了一个五基因特征的Macrophage-Associated Prognostic Signature (MAPS)，为胶质母细胞瘤的免疫生物学提供了新的见解，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点 | 研究未明确说明样本量大小及具体基因名称，可能影响结果的普适性 | 识别与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征 | 胶质母细胞瘤的免疫微环境 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 批量和单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 171 | 2025-06-18 |
TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice
2025-05-21, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxaf005
PMID:40401698
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研究论文 | 本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展 | 揭示了TLR7信号通过促进肾小球巨噬细胞中IL-1β的产生和狼疮相关基因的表达，加速肾小球肾炎的进展 | 研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未在人类患者中进行验证 | 探究巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎中的作用机制 | NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞 |
| 172 | 2025-06-18 |
Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654622
PMID:40475635
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜髓系细胞在人类神经元移植后的微胶质细胞激活可逆性 | 首次展示了视网膜髓系细胞在移植后的双向激活轨迹，揭示了微胶质细胞激活的可逆性 | 研究仅观察了移植后3天的短期反应，缺乏长期追踪数据 | 探究视网膜移植后宿主微胶质细胞/巨噬细胞的激活机制和异质性 | 人类胚胎干细胞分化的视网膜神经节细胞(RGC)和宿主视网膜髓系细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)，10X Genomics Chromium平台，RNA Velocity分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 每样本多达10,000个活细胞，使用3-6月龄knock-in小鼠 |
| 173 | 2025-06-18 |
Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421421122
PMID:40339128
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研究论文 | 研究探讨了生物钟调控细胞周期进程对小鼠舌头味觉细胞更新的影响 | 揭示了生物钟通过调控细胞周期影响味觉细胞更新的机制，并发现味觉敏感性的时间依赖性变化 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探索生物钟调控细胞周期对味觉细胞更新的影响及其生理意义 | 小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官 |
| 174 | 2025-06-18 |
scValue: value-based subsampling of large-scale single-cell transcriptomic data for machine and deep learning tasks
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf279
PMID:40515392
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scValue的新方法，用于大规模单细胞转录组数据的基于价值的子采样，以优化机器学习和深度学习任务的表现 | scValue通过随机森林模型的袋外估计对单个细胞进行'数据价值'排名，优先考虑高价值细胞，并更有效地保留子样本中的关键生物信号 | NA | 优化大规模单细胞RNA测序数据的子采样方法，以提高下游机器学习和深度学习任务的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 16个公共数据集，从数万到数百万个细胞不等 |
| 175 | 2025-06-17 |
Longitudinal single-cell analysis reveals RUNX1T1 as an early driver in treatment-induced neuroendocrine transdifferentiation
2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.653660
PMID:40463134
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研究论文 | 通过纵向单细胞分析揭示了RUNX1T1作为治疗诱导神经内分泌转分化的早期驱动因素 | 首次在患者来源的异种移植模型中识别出一个新的早期中间过渡细胞状态，并发现RUNX1T1作为神经内分泌转分化的关键转录调节因子 | 研究仅基于单一患者来源的异种移植模型，可能限制了结果的普适性 | 探索治疗诱导神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)发展过程中的时间动态和分子驱动因素 | 前列腺腺癌向神经内分泌癌转分化过程 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | 患者来源的异种移植模型(PDX) | 单细胞转录组数据 | 7个时间点的样本(从去势前到复发NEPC) |
| 176 | 2025-06-17 |
Spatial transcriptomics highlights B cells as key contributors to a complete and durable response to chemo-immunotherapy in a patient with resectable NSCLC
2025-May-11, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011563
PMID:40350207
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research paper | 该研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示B细胞在可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应中的关键作用 | 利用空间转录组学结合单细胞RNA测序和血清蛋白质组分析，首次揭示了B细胞在不同成熟状态下的关键作用，并观察到治疗后原发肿瘤中三级淋巴结构的形成 | 研究仅基于一个病例，样本量有限，需要更大规模的研究验证结果 | 探索可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应的分子机制 | 一名可切除非小细胞肺癌伴同步脑转移的患者 | digital pathology | lung cancer | spatial transcriptomics, single-cell RNA-sequencing, serum proteomic profiling | NA | transcriptomic data, proteomic data | 1名患者（包括治疗前脑转移灶和治疗后原发肺肿瘤组织） |
| 177 | 2025-06-17 |
Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications
2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001386
PMID:40338161
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综述 | 本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其功能 | 整合了单细胞测序、空间转录组学及临床前和临床数据，提供了对HSC异质性的最新理解 | NA | 探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力 | 肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用 | NA | 肝病 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 178 | 2025-06-17 |
Revolutionizing cancer treatment: Navigating the intricate landscape of cellular signaling networks
2025-May, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/205024
PMID:40418208
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研究论文 | 探讨癌症治疗中细胞信号网络的动态重连及其对治疗抵抗的影响 | 利用单细胞多组学、空间转录组学和AI驱动的网络建模等创新技术解析癌症的适应性机制 | 未提及具体研究样本大小或数据类型的限制 | 通过整合系统生物学与计算和实验方法，设计能够克服癌症进化适应性的适应性疗法 | 肿瘤细胞、非编码基因组和微环境之间的动态交互 | 系统生物学 | 癌症 | 单细胞多组学、空间转录组学、AI驱动的网络建模 | AI-powered network modeling | 多组学数据 | NA |
| 179 | 2025-06-16 |
scDown: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Downstream Analysis
2025-May-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26115297
PMID:40508102
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research paper | 介绍了一个名为scDown的单细胞RNA测序下游分析流程，用于自动化细胞分化和通讯分析 | 开发了一个集成多种分析工具（如细胞比例差异分析、细胞间通讯分析、伪时间分析和RNA速度分析）的R包，支持Seurat和Scanpy注释的数据，并在一个罕见遗传性神经发育障碍数据集中发现了新的神经元炎症信号特征 | 未明确说明流程的计算效率或在大规模数据集上的适用性 | 开发一个自动化单细胞RNA测序下游分析流程，以促进细胞分化和通讯研究 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 一个已发表的数据集（具体样本量未说明） |
| 180 | 2025-06-16 |
Modeling the Transitional Phase of Epithelial Cells Reveals Prognostic and Therapeutic Targets in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-May-29, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111813
PMID:40507294
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中上皮细胞过渡阶段的特征，并构建了一个基于基因的风险评分模型 | 识别了PDAC进展中高度增殖的上皮细胞过渡亚群，构建了基因风险评分模型，并揭示了肿瘤微环境中特定成纤维细胞亚群与过渡上皮细胞间的相互作用 | 研究样本量未明确说明，且模型验证仅限于qPCR，缺乏更广泛的临床验证 | 寻找PDAC从早期阶段向侵袭性阶段转变的生物标志物，以改善临床管理 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者的上皮细胞和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR | Lasso Cox回归模型 | 基因表达数据 | NA |