单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-06-15	Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653878 PMID:40463198	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了I型干扰素（IFN-I）信号在CD19导向的CAR T细胞治疗中的关键作用，并提出了一种通过低强度IFN-I信号增强CAR T细胞疗效的新策略	首次发现低强度IFN-I信号可以增强CAR T细胞的细胞毒性和体内疗效，而高强度IFN-I信号则会产生负面影响，这一发现为改进CAR T细胞治疗提供了新思路	研究样本量较小（仅8名患者），需要在更大规模的临床试验中验证	探索提高CD19导向CAR T细胞治疗复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤（r/r DLBCL）疗效的方法	复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者和CAR T细胞	免疫治疗	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	8名r/r DLBCL患者
142	2025-06-15	ARHGDIB as a prognostic biomarker and modulator of the immunosuppressive microenvironment in glioma 2025-May-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04063-7 PMID:40372473	研究论文	本研究探讨了ARHGDIB作为胶质瘤预后生物标志物及其在免疫抑制微环境中的调节作用	首次揭示了ARHGDIB在胶质瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并证实其作为肿瘤相关巨噬细胞的新型标志物	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控机制及其预后价值	胶质瘤患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	胶质瘤	qPCR, IHC, 单细胞测序, 免疫荧光	LASSO-Cox回归	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据	公共数据库数据+自建队列样本
143	2025-06-15	Din Oversees Mesenchymal Stem Cell Homeostasis in Mouse Incisors 2025-May-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6568233/v1 PMID:40470223	research paper	该研究揭示了预测基因Din在小鼠门牙间充质干细胞（MSCs）稳态中的关键作用	通过新开发的敲除小鼠模型，首次发现Din基因对MSCs稳态的调控作用及其在干细胞特性、运动性、衰老和分化潜能中的多重影响	研究仅限于小鼠门牙模型，尚未验证在其他组织或人类中的普适性	探究维持小鼠门牙间充质干细胞稳态的分子机制	小鼠门牙中的间充质干细胞（MSCs）	干细胞生物学	NA	基因敲除模型、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学、蛋白质组学、GLISA检测	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型进行研究
144	2025-06-15	scATD: a high-throughput and interpretable framework for single-cell cancer drug resistance prediction and biomarker identification 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf268 PMID:40501071	research paper	提出了一种名为scATD的高通量、可解释的单细胞癌症耐药性预测和生物标志物识别框架	scATD框架利用大型语言模型进行高通量药物敏感性预测，无需针对不同患者单细胞数据集进行模型微调，提高了预测速度和临床适用性	未明确提及具体局限性	开发一个能够快速预测单细胞水平癌症药物敏感性的高通量框架	单细胞RNA测序数据	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing	scATD-sf, scATD-gf, scATD-sf-dist (基于scFoundation和Geneformer大型语言模型)	单细胞基因表达数据	未明确提及具体样本量
145	2025-06-15	Showcasing the Comprehensive Understanding of Cellular Profiling and Human Neurophysiology 2025-May, Journal of pharmacy & bioallied sciences DOI:10.4103/jpbs.jpbs_46_25 PMID:40511047	research paper	本文系统性地探讨了细胞分析与人神经生理学的交叉领域，旨在揭示它们在理解神经过程、细胞反应及疾病中的相互作用	采用单细胞RNA测序和电生理学方法，探索人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型，为设计高特异性治疗方案提供基础	NA	理解细胞分析与人神经生理学在神经过程和疾病中的相互作用	人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型	分子生物学与神经科学	NA	单细胞RNA测序, 电生理学方法	NA	分子数据, 电生理数据	NA
146	2025-06-14	Huangqi decoction ameliorated intestinal barrier dysfunction via regulating NF-κB signaling pathway in slow transit constipation model mice 2025-May-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i5.106000 PMID:40502512	研究论文	研究黄芪汤通过调节NF-κB信号通路改善慢传输型便秘模型小鼠的肠道屏障功能障碍	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了黄芪汤通过抑制NF-κB信号通路恢复肠道屏障功能的分子机制	研究仅在小鼠模型和LS174T细胞系中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究黄芪汤是否通过下调NF-κB信号通路和恢复肠道屏障功能来缓解慢传输型便秘	KM小鼠和LS174T细胞系	消化系统疾病研究	慢传输型便秘	单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫组织化学, Western blot	动物模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	KM小鼠分组（对照组、模型组和黄芪汤治疗组）和LS174T细胞系
147	2025-06-14	Efficacy, safety and exploratory analysis of neoadjuvant tislelizumab (a PD-1 inhibitor) plus nab-paclitaxel followed by epirubicin/cyclophosphamide for triple-negative breast cancer: a phase 2 TREND trial 2025-May-26, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02254-3 PMID:40414961	研究论文	评估tislelizumab联合nab-paclitaxel和表柔比星/环磷酰胺作为三阴性乳腺癌新辅助治疗的有效性和安全性	首次在II期TREND试验中评估tislelizumab联合化疗作为三阴性乳腺癌新辅助治疗的疗效，并进行了单细胞RNA测序等多种组学分析	单臂研究设计，缺乏对照组，样本量较小（53例患者）	确定三阴性乳腺癌患者从新辅助免疫治疗中获益的最佳化疗方案和特定人群	三阴性乳腺癌患者	肿瘤学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, TCR-seq, cyTOF, WES	NA	临床数据，组学数据	53例三阴性乳腺癌患者（44例完成治疗）
148	2025-06-14	Dissecting PTPN7-driven aggressiveness in IDH-wildtype astrocytomas: multi-omics, clinical validation, and spatial transcriptomics for prognostic insights 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02662-5 PMID:40413344	研究论文	本研究探讨了PTPN7在IDH野生型星形细胞瘤中的预后意义、空间分布及免疫相关功能，旨在阐明其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次全面评估PTPN7在胶质瘤中的预后价值和免疫调节作用，并利用空间转录组学揭示其分布特征	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证PTPN7的具体作用机制	探索PTPN7作为胶质瘤预后生物标志物和免疫治疗靶点的潜力	IDH野生型星形细胞瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化	Cox生存分析、CIBERSORT免疫去卷积	mRNA表达数据、蛋白质表达数据	TCGA和CGGA数据库样本、70例免疫组化验证病例
149	2025-06-14	Functional heterogeneity and clinical implications of CD4+ T cell subtypes in high-grade serous ovarian carcinoma 2025-May-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i5.104138 PMID:40503412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了高级别浆液性卵巢癌中CD4+ T细胞亚型的功能异质性及其临床意义	首次在高级别浆液性卵巢癌中系统描述了CD4+ T细胞亚型的空间分布特征，并鉴定出与不良预后相关的Treg3亚型	样本量相对有限（42例患者），且仅分析了附件组织和腹水样本	阐明CD4+ T细胞亚型在高级别浆液性卵巢癌中的功能异质性和组织特异性分布，寻找治疗靶点	42例高级别浆液性卵巢癌患者的附件组织和腹水样本	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	单细胞转录组数据	42例高级别浆液性卵巢癌患者
150	2025-06-14	Study on Liver Sinusoidal Endothelial Cell Fenestrations Based on Cellular Omics-Structure Integration Technology and Its Application in Metabolic Diseases 2025-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653525 PMID:40475559	研究论文	本研究开发了一种新的细胞组学-结构整合技术平台（COSI），用于在单细胞水平同时获取基因表达谱和超分辨率细胞结构信息	开发了能够同时获取单细胞基因表达谱和超分辨率荧光图像的整合技术平台，填补了现有空间组学和细胞生物学研究的空白	未明确说明技术平台在临床应用中的具体限制条件	研究肝窦内皮细胞窗孔形成的分子机制及其在代谢疾病中的应用	原代肝窦内皮细胞	细胞生物学	代谢疾病	单细胞转录组学、超分辨率荧光显微镜、电子显微镜、深度学习分辨率增强	深度学习	基因表达数据、超分辨率图像数据	未明确说明具体样本数量，但包括原代肝窦内皮细胞以及NASH和糖尿病小鼠模型
151	2025-06-14	Single-cell RNA sequencing reveals SLC31A1-mediated M2 polarization of macrophages promotes malignant progression in triple-negative breast cancer 2025-May-14, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06191-0 PMID:40360897	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示SLC31A1介导的巨噬细胞M2极化促进三阴性乳腺癌恶性进展的机制	首次发现SLC31A1在三阴性乳腺癌髓系细胞（特别是巨噬细胞亚群）中的过表达，并阐明其通过诱导巨噬细胞M2极化促进肿瘤恶性表型的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内实验验证；临床样本量有限	探究三阴性乳腺癌免疫微环境中的关键调控因子及其作用机制	三阴性乳腺癌组织样本和细胞系	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, qPCR, 流式细胞术, Transwell实验, 划痕实验, 铜离子和H2O2检测	NA	单细胞转录组数据, 分子生物学实验数据	未明确说明样本数量（三阴性乳腺癌组织）
152	2025-06-14	In situ profiling of plasma cell clonality with image-based single-cell transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653118 PMID:40463110	研究论文	本文介绍了一种名为BCR-MERFISH的图像单细胞转录组学方法，用于在组织中分析浆细胞的克隆性	开发了BCR-MERFISH技术，结合V基因使用和转录组分析，首次在组织原位区分浆细胞克隆	目前仅在细胞培养和小鼠模型中验证，尚未应用于人类样本	研究浆细胞在组织中的克隆多样性和分布模式	小鼠肠道中的浆细胞	数字病理学	NA	BCR-MERFISH（B细胞受体多重误差鲁棒荧光原位杂交）	NA	图像和转录组数据	细胞培养和小鼠肠道组织样本
153	2025-06-14	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究急性抗体介导排斥反应（AMR）中肾小球的分子特征	首次在AMR中定位了天然免疫细胞（如NK细胞和巨噬细胞）的分子特征，并揭示了HLA II类抗原在肾小球中的上调表达	样本量较小（仅1名患者的4次活检），且治疗后足细胞转录本未恢复的机制尚不明确	探究急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子变化特征	肾移植患者的活检样本（特别是肾小球）	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling（数字空间分析）	NA	空间转录组数据	1名患者的4次肾活检样本
154	2025-06-14	GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf232 PMID:40415678	研究论文	提出了一种基于重力启发图自编码器的新型框架GAEDGRN，用于从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络	GAEDGRN通过重力启发图自编码器(GIGAE)捕捉基因调控网络中的复杂有向网络拓扑结构，并设计了基因重要性评分计算方法	未明确提及具体局限性	从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络以深入了解疾病发病机制	基因调控网络(GRNs)	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图自编码器(GIGAE)	基因表达数据	三种GRN类型的七种细胞类型
155	2025-06-13	Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656371 PMID:40501538	research paper	该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用	研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制	小鼠骨折模型中的成骨细胞	骨生物学	骨折	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	多组转基因小鼠
156	2025-06-13	Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656712 PMID:40501607	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制	开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块	NA	阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制	造血干细胞和前体细胞(HSPCs)	生物医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	HemaScribe, HemaScape	基因表达数据	NA
157	2025-06-13	Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus 2025-May-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008 PMID:40419016	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例和特征	首次发现天疱疮三级淋巴结构中含有较高比例的双TCR T细胞，并鉴定出克隆扩增的双TCR CXCL13+CD4+ T细胞的独特富集	研究局限于天疱疮病理皮肤组织，未涉及其他自身免疫性疾病	探索天疱疮三级淋巴结构中淋巴细胞的起源、特征及其在发病机制中的作用	天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者和健康对照者的皮肤组织	digital pathology	pemphigus	single-cell RNA-sequencing, TCR-sequencing	NA	RNA-seq data	天疱疮、慢性特发性红皮病和健康对照者的皮肤组织样本
158	2025-06-13	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对2至3岁儿童鼻气道上皮细胞发育的联合影响	首次结合喘息表型和婴儿期RSV感染，通过单细胞RNA测序揭示气道上皮细胞的发育异常和免疫反应变化	研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅关注鼻气道上皮细胞，可能无法完全代表下呼吸道情况	阐明哮喘患者气道上皮发育异常的机制	2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞	digital pathology	asthma	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自预先设计的嵌套出生队列的四组互斥儿童（喘息/非喘息且婴儿期RSV感染/未感染）
159	2025-06-13	SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes 2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf431 PMID:40433981	research paper	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	未明确提及具体局限性	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和疾病相关的细胞身份失调	单细胞中的细胞身份基因	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	NA	genetic sequence, gene expression	human endothelial cell atlas
160	2025-06-13	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学，对儿童高级别胶质瘤（pHGG）的免疫景观进行了全面转录组分析	揭示了儿童与成人胶质瘤免疫微环境的差异，以及癌症治疗后免疫抑制环境的显著变化	研究样本可能有限，未明确提及样本数量	理解儿童高级别胶质瘤的免疫微环境变化及其对治疗反应的影响	儿童弥漫性高级别胶质瘤（HGG）或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	数字病理学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA