单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 813 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
A multi-kingdom genetic barcoding system for precise clone isolation
2025-May-21, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02649-1
PMID:40399693
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研究论文 | 开发了一种多界遗传条形码系统CloneSelect，可通过CRISPR碱基编辑实现特定表型细胞克隆的精准分离 | 首创多界遗传条形码系统，利用barcode特异性CRISPR碱基编辑触发报告基因表达来实现目标克隆分离 | NA | 开发能够从复杂细胞群体中分离特定表型细胞克隆的技术方法 | 人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞 | 生物技术 | NA | DNA条形码标记、CRISPR碱基编辑、单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据、表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-06 |
MALADAPTIVE IMMUNE-FIBROTIC AXIS DRIVES IMPAIRED LONG BONE REGENERATION UNDER MECHANICAL INSTABILITY
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564177
PMID:37961650
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研究论文 | 本研究通过工程化小鼠延迟愈合模型，揭示了机械不稳定性通过免疫-纤维化轴驱动长骨再生障碍的机制 | 开发了可调节髓内钉模型模拟人类肥大性骨不连，首次建立机械不稳定性与免疫-基质细胞互作的直接联系 | 动物模型仍需进一步验证与人类临床情况的一致性 | 探究机械不稳定性对骨再生障碍的免疫学机制 | 小鼠长骨骨折模型 | 骨再生生物学 | 骨不连/骨折愈合障碍 | 空间转录组学，系统性免疫分析，生物力学测试 | 多变量建模 | 基因表达数据，免疫细胞表型数据，生物力学数据 | 未明确具体样本数量的小鼠实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
scTsI: an effective two-stage imputation method for single-cell RNA-seq data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf298
PMID:40579791
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq数据的两阶段插补方法scTsI，有效处理丢失事件并提升下游分析性能 | 开发两阶段插补算法，第一阶段利用邻近细胞和基因信息插补零值，第二阶段通过脊回归和批量RNA-seq数据约束调整插补值，保持高表达值不变且避免引入新噪声 | 未明确说明方法在极稀疏数据或特定细胞类型中的性能限制 | 解决单细胞RNA-seq数据中丢失事件对下游分析的影响 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 脊回归 | 基因表达矩阵 | 多种模拟和真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
DeepExDC interprets genomic compartmentalization changes in single-cell Hi-C data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf301
PMID:40581982
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研究论文 | 提出DeepExDC方法用于单细胞Hi-C数据中A/B区室差异分析 | 开发首个可解释的一维卷积神经网络，用于单细胞水平全基因组范围的染色质区室变化分析，无需分布假设和差异模式限制 | 单细胞水平区室化变化计算分析领域尚处于起步阶段 | 分析不同条件下单细胞基因组区室化变化 | 单细胞Hi-C数据中的A/B染色质区室 | 计算生物学 | NA | 单细胞Hi-C，scRNA-seq，scATAC-seq | 1D CNN | Hi-C接触矩阵 | NA | NA | 单细胞Hi-C，单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 145 | 2025-10-06 |
Computational modeling of single-cell dynamics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf305
PMID:40586321
|
综述 | 本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法，重点讨论了数据分析挑战和算法进展 | 系统梳理了单细胞动态数据分析的四大关键任务，并展望了生物技术与人工智能算法融合的前景 | 作为综述文章，未涉及具体实验验证和原始数据分析 | 探讨单细胞动态数据的计算分析方法及其在生命机制研究中的应用 | 单细胞动态测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞动态测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2025-10-06 |
An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf247
PMID:40586320
|
研究论文 | 提出了一种基于单调深度学习框架的保序批次效应校正方法 | 在批次效应校正方法中首次引入保序特性，通过单调深度学习网络保持基因表达数据的原始顺序关系 | 未提及方法的具体计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现 | 开发具有保序特性的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 单调深度学习网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
iGTP: learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf296
PMID:40551620
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研究论文 | 提出了一种可解释的生成式转录程序框架iGTP，用于单细胞转录组数据的细胞嵌入表示和生物学机制推断 | 设计了结合转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用的可解释生成模型框架，能够同时从TP和PPI层面提供生物学见解 | NA | 开发可解释的深度学习框架用于单细胞转录组数据的生物学机制分析 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 变分自编码器, 图神经网络, 潜在扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
Potential Key Genes for Giant Cell Arteritis Revealed Based on Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization Analysis
2025-May-09, International archives of allergy and immunology
IF:2.5Q3
DOI:10.1159/000546323
PMID:40349694
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别出与巨细胞动脉炎发病风险相关的三个关键基因 | 首次结合单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法探索CD4+ T细胞中标志性基因对GCA的因果效应 | 研究结果需要进一步实验验证，样本来源和规模可能存在限制 | 识别与巨细胞动脉炎相关的关键基因并探索潜在致病机制 | 巨细胞动脉炎患者和CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 巨细胞动脉炎 | 单细胞RNA测序, 表达数量性状位点分析, 全基因组关联研究, 孟德尔随机化分析 | 两样本孟德尔随机化模型 | 基因表达数据, 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-06 |
Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf277
PMID:40545244
|
研究论文 | 提出Perturb-STNet框架，通过融合时空和网络模型来识别单细胞扰动中的多尺度效应 | 开发了首个基于网络的时空模型框架，能够对单细胞扰动数据中的空间和时间差异表达调控因子进行排序 | 方法在复杂多细胞/多组织系统中的验证仍需进一步扩展 | 识别驱动发育和疾病过程的时空差异表达调控因子 | 单细胞扰动数据中的调控因子、细胞和邻域相互作用 | 计算生物学 | 肺癌、黑色素瘤、结肠炎 | 单细胞成像、空间转录组学 | 网络时空模型 | 单细胞时空数据 | 合成数据、肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型、结肠炎数据 | NA | CODEX单细胞成像、MERFISH空间转录组学 | NA | CODEX单细胞成像时间序列数据、MERFISH空间转录组学时间序列数据 |
| 150 | 2025-07-02 |
Correction to: ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf337
PMID:40580031
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 151 | 2025-10-06 |
ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf253
PMID:40471991
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研究论文 | 提出一种基于图结构的细胞类型注释方法ScInfeR，能够高效注释单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据中的细胞类型和亚型 | 结合scRNA-seq参考数据和标记基因集，采用分层框架和图神经网络消息传递机制，支持加权正负标记基因，并开发了包含329种细胞类型参考数据的交互式数据库 | NA | 开发高效的细胞类型注释方法，解决单细胞和空间组学数据分析中的细胞类型识别难题 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学数据集中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序，空间转录组学 | 图神经网络 | 基因表达数据，染色质可及性数据，空间坐标信息 | 在100多个细胞类型预测任务中评估，包含28种组织类型的人类和植物数据 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-06 |
Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds
2025-May-23, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04353-9
PMID:40404962
|
综述 | 本文系统阐述了植物病毒趋向性的分子与细胞决定因素及其在生殖组织与种子中的感染机制 | 整合超分辨率显微镜和单细胞组学技术揭示病毒-宿主互作新机制，提出植物病毒在靶向递送领域的应用潜力 | 未涉及具体作物品种的实证研究数据 | 解析植物病毒趋向性的分子机制及其生物技术应用 | 植物病毒在特定细胞类型、组织和宿主中的感染特性 | 植物病理学 | 植物病毒病 | 超分辨率显微镜, 单细胞转录组学, 蛋白质组学 | NA | 文献综述 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
Huanglian Jiedu Decoction Treats Ischemic Stroke by Regulating Pyroptosis: Insights from Multi-Omics and Drug-Target Relationship Analysis
2025-May-23, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18060775
PMID:40573172
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研究论文 | 本研究通过多组学和药物-靶点关系分析探讨黄连解毒汤通过调节细胞焦亡治疗缺血性中风的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和网络药理学系统揭示黄连解毒汤通过NLRP3炎症小体通路调节细胞焦亡的分子机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型，缺乏雌性动物验证；样本量相对有限 | 探究黄连解毒汤治疗缺血性中风的作用机制 | 8周龄雄性小鼠 | 多组学分析 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 分子对接, 表面等离子共振, 液相色谱-质谱联用, 分子动力学 | NA | 多组学数据, 生理学数据, 组织病理学数据 | 小鼠分为6组（假手术组、模型组、阳性药物组、黄连解毒汤低中高剂量组） | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-06 |
Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation
2025-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02163-9
PMID:40240879
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研究论文 | 本研究揭示了桥粒基因突变通过改变肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖的新机制 | 首次发现桥粒基因在人类癌症中的高频突变，并证明这些突变通过影响角质形成细胞间接促进黑色素瘤增殖 | 研究主要基于原发性和转移性黑色素瘤活检样本，需要进一步验证其他癌症类型 | 探究桥粒基因突变在黑色素瘤发生发展中的作用机制 | 人类黑色素瘤样本和角质形成细胞 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲低、共培养实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质定位数据、细胞增殖数据 | 人类原发性和转移性黑色素瘤活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-06 |
Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf280
PMID:40536815
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综述 | 本文全面回顾了基于单细胞和空间转录组数据的细胞间通讯推断工具、资源及未来发展方向 | 系统整合了100多种生物信息学工具和近50种资源，创建了集中式网络平台CCC-Catalog | 未开发新的计算方法，主要侧重于现有工具和资源的系统性评述 | 评估细胞间通讯推断领域的现状、挑战和未来方向 | 细胞间通讯推断工具、配体-受体数据库和相关资源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 156 | 2025-10-06 |
Evaluating discrepancies in dimensionality reduction for time-series single-cell RNA-sequencing data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf287
PMID:40576031
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研究论文 | 评估时间序列单细胞RNA测序数据降维中不同技术产生的差异 | 提出基于变分自编码器生成合成时间序列scRNA-seq数据的方法来评估降维技术差异 | 研究中使用的合成数据可能无法完全代表真实生物系统的复杂性 | 评估不同降维技术在时间序列单细胞RNA测序数据分析中的一致性和可靠性 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, PCA, t-SNE, UMAP, scVI | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2025-10-06 |
Divergent Plastid Genomes in the Deepest-Branching Apicomplexan Parasites
2025-May-30, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf117
PMID:40476362
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了最早期分支顶复门寄生虫中高度分化的质体基因组特征 | 首次系统表征了所有4个已知古簇虫谱系的质体基因组，填补了顶复门质体基因组多样性研究的关键空白 | 研究样本来自未培养的古簇虫代表种，可能限制了对更多遗传变异的全面分析 | 探究最早期分支顶复门寄生虫质体基因组的进化特征 | 顶复门寄生虫中的古簇虫亚群 | 基因组学 | 寄生虫感染 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 所有4个已知古簇虫谱系的未培养代表种 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 158 | 2025-10-06 |
Secreted Phosphoprotein 1 in Lung Diseases
2025-May-30, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo15060365
PMID:40559389
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综述 | 本文综述了分泌磷蛋白1(SPP1)在多种肺部疾病中的作用机制和临床意义 | 系统总结了SPP1在间质性肺病等多种肺部疾病中的最新研究进展，特别关注了单细胞RNA测序技术带来的新发现 | 作为综述文章，主要基于现有文献分析，缺乏原始实验数据验证 | 探讨SPP1在肺部疾病发生发展中的作用机制和潜在治疗靶点价值 | 分泌磷蛋白1(SPP1)及其在肺部疾病中的表达和功能 | 病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 159 | 2025-10-06 |
Exploring the Role of Bifenthrin in Recurrent Implantation Failure and Pregnancy Loss Through Network Toxicology and Molecular Docking
2025-May-29, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics13060454
PMID:40559927
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研究论文 | 通过网络毒理学和分子对接研究联苯菊酯在复发性种植失败和复发性流产中的潜在作用机制 | 首次将网络毒理学与分子对接方法结合，系统研究联苯菊酯与生殖障碍疾病的关联，并构建基于枢纽基因的诊断模型 | 缺乏体内和体外实验证据验证，需要进一步研究阐明具体机制 | 探索联苯菊酯与复发性种植失败和复发性流产的潜在关联 | 联苯菊酯及其潜在靶点基因，复发性种植失败和复发性流产患者样本 | 生物信息学 | 生殖系统疾病 | 网络毒理学，分子对接，RNA-seq分析，功能富集分析 | 诊断模型 | 基因表达数据，蛋白质结构数据 | 来自GEO数据库的bulk RNA-seq数据集和单细胞RNA-seq数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-10-06 |
A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment
2025-May-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687
PMID:40343798
|
研究论文 | 本研究揭示了视黄酸与YAP1信号轴协同调控心脏祖细胞向心房谱系分化的机制 | 首次发现Hippo效应因子YAP1与视黄酸信号协同整合于心房转录因子增强子网络，调控心房谱系特化 | 研究主要基于体外hESC模型和小鼠胚胎，人类体内验证尚需进一步研究 | 探究视黄酸信号调控心房谱系特化的下游效应机制 | 人类胚胎干细胞来源的心脏祖细胞、小鼠胚胎、模式化心脏类器官 | 发育生物学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, snATAC-seq, 功能基因组学 | NA | 单细胞转录组数据、单细胞染色质可及性数据 | 未处理与RA处理的人类胚胎干细胞来源CPCs | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |