单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-06-26	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	research paper	该研究揭示了视黄酸（RA）与YAP1信号轴在心脏祖细胞（CPCs）中调控心房谱系基因表达和心房细胞命运的作用机制	首次发现Hippo效应因子YAP1与TEAD4整合到心房转录因子增强子网络中，并证实YAP1激活CPCs中的RA增强子，揭示了YAP1与RA信号协同诱导心脏发生中心房谱系的新机制	研究主要基于hESC来源的CPCs和小鼠胚胎模型，人类心脏发育的复杂性可能需要更多体内模型验证	阐明视黄酸信号通路调控心脏祖细胞心房谱系分化的分子机制	人类胚胎干细胞来源的心脏祖细胞（hESC-CPCs）和小鼠胚胎第二心区CPCs	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, snATAC-seq（单核染色质可及性测序）	人类胚胎干细胞分化模型、小鼠基因敲除模型、心脏类器官模型	基因组学数据、单细胞转录组数据、表观遗传数据	未明确样本量（使用hESC-CPCs和小鼠胚胎模型）
142	2025-06-26	Integrative Spatial Proteomics and Single-Cell RNA Sequencing Unveil Molecular Complexity in Rheumatoid Arthritis for Novel Therapeutic Targeting 2025-May-22, Proteomes IF:4.0Q2 DOI:10.3390/proteomes13020017 PMID:40559990	研究论文	本研究通过整合空间蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎(RA)的分子复杂性，并提出了新的治疗靶点	结合激光捕获显微切割(LCM)与质谱蛋白质组学及单细胞RNA测序技术，首次在空间和蛋白质水平上解析了RA滑膜组织的异质性	研究样本量有限，且仅针对滑膜组织进行分析，未考虑其他可能受影响的组织	深入理解RA的分子机制并发现新的治疗靶点	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	生物医学研究	类风湿性关节炎	激光捕获显微切割(LCM)、质谱蛋白质组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包括患病和健康对照的滑膜组织样本
143	2025-06-26	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2与腹主动脉瘤的发病机制联系起来，并验证了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床试验尚未进行	寻找腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	腹主动脉瘤患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序、单细胞/单核RNA测序、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、RNA测序数据	NA
144	2025-06-26	Candidate Biomarkers for Hard-to-Heal Wounds Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Wound Fluid in Murine Wound Models 2025 May-Jun, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70038 PMID:40444294	研究论文	通过小鼠伤口模型中的伤口液单细胞RNA测序，揭示了难愈性伤口的候选生物标志物	首次使用伤口液中的细胞进行单细胞RNA测序，探索不同病理延迟伤口模型中的共同基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，结果尚未在临床环境中验证	探索不依赖于单一病理的难愈性伤口治疗靶点	小鼠伤口模型中的伤口液细胞	数字病理	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	三种代表性延迟伤口模型(老年、糖尿病和脂多糖诱导的炎症伤口模型)与正常年轻小鼠的比较
145	2025-06-24	White and Brown Adipose Tissue Share a Common Fibro-Adipogenic Progenitor Population 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656577 PMID:40501707	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了白色和棕色前脂肪细胞，揭示了它们共有的纤维-脂肪祖细胞群	发现了棕色脂肪组织中存在纤维-脂肪祖细胞样细胞（FAPLs），扩展了祖细胞群的已知范围	研究仅基于体外培养的细胞模型，可能无法完全反映体内情况	研究脂肪组织异质性及其在生理和病理生理学中的功能	白色和棕色前脂肪细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	培养的原代白色和棕色前脂肪细胞
146	2025-06-24	Identification of Synovial Lymphatics in the TMJ and their Roles in Arthritis and Pain 2025-May-30, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6683299/v1 PMID:40502768	研究论文	本研究首次识别了颞下颌关节（TMJ）中的滑膜淋巴系统，并揭示了其在关节炎和疼痛中的作用	首次发现TMJ中的滑膜淋巴系统，并证明淋巴功能障碍会驱动TMJ关节炎和疼痛	研究主要基于小鼠模型和人类组织，可能需要进一步验证在人类中的适用性	探索TMJ关节炎中淋巴系统的调控和功能	颞下颌关节（TMJ）的淋巴系统	生物医学研究	关节炎	基因报告小鼠、组织透明化、3D体积成像、功能遗传学、scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据、影像数据	基因报告小鼠和人类组织
147	2025-06-24	sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.28.635153 PMID:40501921	研究论文	提出了一种名为sciLaMA的单细胞表示学习框架，通过整合多模态大型语言模型的静态基因嵌入与scRNA-seq表格数据，提升单细胞数据分析的性能	sciLaMA通过结合多模态大型语言模型的基因嵌入与单细胞RNA测序数据，解决了现有方法在整合外部生物知识方面的不足，同时保持了计算效率	NA	开发一个高效且统一的单细胞数据分析框架，用于提升下游任务的性能，如批次效应校正、细胞聚类和基因模块识别	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	配对变分自编码器（paired-VAE）	表格基因表达数据	NA
148	2025-06-24	MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656468 PMID:40502104	研究论文	介绍了一种名为MIC-Drop-seq的新技术，用于在斑马鱼胚胎中进行大规模单细胞表型分析	结合了高通量基因破坏和多重单细胞RNA测序技术，实现了在脊椎动物发育中大规模基因功能图谱的绘制	技术目前仅应用于斑马鱼胚胎，尚未在其他生物体或更复杂的系统中验证	开发一种可扩展的平台，用于在脊椎动物发育中以细胞分辨率绘制基因功能	斑马鱼胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)、多重混合CRISPR液滴技术	NA	基因表达数据	1000个斑马鱼胚胎，靶向50个转录调节因子
149	2025-06-24	Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655632 PMID:40501660	research paper	该研究通过多模式单细胞测序和刺激实验，定义了人类巨噬细胞在不同组织中的特征	揭示了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性基因和蛋白质特征，这些特征与小鼠巨噬细胞具有同源性	研究样本来源于器官捐赠者，可能无法完全代表所有人群的巨噬细胞特征	研究人类巨噬细胞在不同组织中的转录特征及其在稳态和激活状态下的变化	人类巨噬细胞，包括来自肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结的样本	免疫学	NA	多模式单细胞测序，刺激实验	NA	单细胞测序数据	来自多个器官捐赠者的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结样本
150	2025-06-24	Spatiotemporal transcriptomic analysis during cold ischemic injury to the murine kidney reveals compartment-specific changes 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.25.654911 PMID:40501673	研究论文	利用空间转录组学技术对小鼠肾脏冷缺血损伤进行时空转录组分析，揭示特定区域的分子变化	首次使用空间转录组学技术全面表征冷缺血损伤的时空转录组变化，并开发了计算工作流程以识别特定区域的病理生理变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	揭示冷缺血损伤对肾脏移植预后的分子机制	小鼠肾脏	空间转录组学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠肾脏样本（冷缺血损伤0-48小时）
151	2025-06-24	Multitissue single-cell analysis reveals differential cellular and molecular sensitivity between fructose and high-fat high-sucrose diets 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115690 PMID:40349341	研究论文	通过多组织单细胞分析揭示了果糖和高脂高糖饮食在细胞和分子敏感性上的差异	首次在单细胞水平上比较了高脂高糖饮食与果糖饮食对不同组织细胞类型的影响，并发现mt-Rnr2作为共同调节因子可减轻饮食诱导的代谢综合征	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明不同饮食条件下各组织和细胞类型在代谢综合征中的作用	小鼠的下丘脑、肝脏、脂肪组织和小肠	单细胞组学	代谢综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	多种小鼠组织样本（具体数量未明确说明）
152	2025-06-24	Single-cell sequencing reveals shared clonal signatures in nonmalignant B and tumor cells in T-prolymphocytic leukemia 2025-May, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2025.100076 PMID:40453149	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）中非恶性B细胞和肿瘤细胞共有的克隆特征	首次在T-PLL中发现非恶性B细胞和克隆性T细胞共有的突变特征，并揭示了诊断与复发间克隆演变的多样性模式	样本量较小（16例患者），且仅对19个基因进行了测序	阐明T-PLL的克隆起源和进化动力学	16名T-PLL患者的非恶性细胞和肿瘤细胞	基因组学	白血病	靶向NGS、液滴数字PCR、单细胞多组学分析（Mission Bio Tapestri Platform）	NA	基因组DNA数据	16名T-PLL患者的配对诊断和复发样本
153	2025-06-23	NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes 2025-May-08, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206 PMID:40345585	研究论文	本研究探讨了NOTCH2信号在软骨细胞中对转录组和细胞群体的影响，特别是在炎症反应和骨关节炎中的作用	揭示了NOTCH2通过改变软骨细胞和关节滑膜成纤维细胞的转录组，增强炎症相关通路的活动	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病	探究NOTCH2信号如何修改转录组和细胞群体，及其在骨关节炎中的作用	小鼠的软骨细胞和关节滑膜成纤维细胞	分子生物学	骨关节炎	RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	转录组数据	两种功能获得性突变小鼠模型的原代骺细胞
154	2025-06-22	Apoptosis inhibition reprograms alveolar myofibroblasts toward ductal myofibroblasts 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.26.654588 PMID:40492191	研究论文	研究通过抑制肺泡肌成纤维细胞（AMFs）的凋亡，揭示了其向导管肌成纤维细胞（DMFs）的转化过程	首次通过诱导BCL2过表达抑制AMFs凋亡，发现AMFs能够成熟为DMFs，并展示了肺间充质细胞的命运可塑性和病理生理趋同性	缺乏直接的实验证据证明AMFs的凋亡清除机制	探究肺泡肌成纤维细胞的凋亡抑制对其命运和功能的影响	肺泡肌成纤维细胞（AMFs）和导管肌成纤维细胞（DMFs）	细胞生物学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	使用三种独立的Cre驱动小鼠模型
155	2025-06-22	Bridging Large Language Models and Single-Cell Transcriptomics in Dissecting Selective Motor Neuron Vulnerability 2025-May-12, ArXiv PMID:40463696	research paper	提出了一种利用大语言模型和单细胞转录组学数据生成生物上下文细胞嵌入的新框架	结合NCBI基因数据库的基因特异性文本注释和大语言模型，生成生物上下文细胞嵌入，提高了细胞类型聚类、细胞脆弱性分析和轨迹推断的可解释性	未提及具体的数据集验证效果或模型性能的局限性	通过单细胞水平测序数据理解细胞身份和功能	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集中的细胞	computational biology	NA	scRNA-seq, LLMs	text-embedding-ada-002, textembedding-3-small, text-embedding-3-large, BioBERT, SciBERT	单细胞RNA测序数据和NCBI基因描述文本	未提及具体样本数量
156	2025-06-21	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病自然病程中胰腺及胰腺淋巴结的炎症反应	首次在1型糖尿病胰腺和区域淋巴结中发现淋巴毒素-β特征，并整合单细胞RNA测序数据进行多尺度分析	样本来源仅限于人类组织，未涉及动物模型验证	揭示1型糖尿病发病机制中的组织特异性炎症特征	非糖尿病患者和具有高易感性的非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及胰腺淋巴结组织	数字病理学	1型糖尿病	空间转录组学(ST)，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	空间转录组数据	未明确说明具体样本数量（包含非糖尿病患者和高风险个体）
157	2025-06-21	Identification of core genes in acute kidney injury: evidence from multi-omics human transcriptomic data and in vivo models 2025-May-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2024-677 PMID:40529024	研究论文	通过整合多组学数据和实验验证，识别急性肾损伤（AKI）的核心基因并探索其机制	结合人类转录组数据和体内模型，识别出三个与AKI表型和临床肾脏参数显著相关的核心基因（EGF、VCAM1和SUGCT），并揭示了SUGCT在近端小管线粒体代谢和免疫平衡中的作用	样本量相对较小（67例AKI患者和20例对照），且仅在小鼠模型中进行了验证	识别AKI的核心基因并探索其机制，为诊断和治疗提供潜在靶点	急性肾损伤（AKI）患者和小鼠模型	生物信息学	急性肾损伤	转录组分析、WGCNA、CIBERSORT、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	nomogram模型	转录组数据	67例AKI患者和20例对照，以及小鼠模型
158	2025-06-21	Development of a prognostic model for overall survival in neuroblastoma based on Schwann cell-specific genes, clinical predictors, and MYCN amplification 2025-May-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-2048 PMID:40530123	研究论文	本研究开发了一个结合施万细胞特异性基因、临床因素和肿瘤微环境的神经母细胞瘤预后模型，以提高预测准确性和临床相关性	首次将施万细胞特异性基因与临床因素和肿瘤微环境结合，构建神经母细胞瘤预后模型	模型在测试集中的表现略低于训练集，可能需要更多数据验证	开发更准确的神经母细胞瘤总体生存预后模型	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq, WGCNA, UMAP, Cox回归分析	预后预测模型	基因表达数据, 临床数据	训练集238例, 测试集106例, 单细胞数据16例患者(160,910个细胞)
159	2025-06-21	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性及其临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗挑战的新视角	这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其影响	耳念珠菌	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
160	2025-06-21	3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.653559 PMID:40475416	研究论文	通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体	开发了一种新型3D器官样体模型，该模型同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程	未提及具体的样本量或实验重复次数	研究人脑发育和神经系统疾病中内皮细胞与神经细胞的相互作用	人iPSC衍生的胚胎体	干细胞与再生医学	神经系统疾病	scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理	3D器官样体模型	基因表达数据	NA