单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 799 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.21.655347
PMID:40501697
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统分析酒精使用障碍患者外周血单核细胞的免疫细胞比例和基因表达差异，并发现性别和剂量依赖的免疫细胞功能特征 | 研究样本量有限，仅关注外周血单核细胞，未涉及其他组织或细胞类型 | 表征酒精使用障碍中的免疫失调机制 | 酒精使用障碍患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 酒精使用障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 酒精使用障碍患者和健康对照者（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-06 |
Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma
2025-May-29, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024781
PMID:39912779
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学发现线粒体酪蛋白水解蛋白酶CLPP在多发性骨髓瘤中的过度表达及其作为治疗靶点的重要性 | 首次发现CLPP在多发性骨髓瘤进展中的关键作用，并证明其抑制剂可克服常规和新型药物耐药性 | NA | 探索多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找新的治疗靶点 | CD138+肿瘤性浆细胞与正常浆细胞的比较 | 单细胞转录组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data
2025-May-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009
PMID:39963994
|
研究论文 | 开发了一个用于评估基于参考的去卷积方法的综合工具包Deconer | 首次提供了针对基于参考的去卷积方法的全面评估工具包，包含多种模拟和真实基因表达数据集 | NA | 评估和比较基于参考的细胞类型去卷积方法 | 16种基于参考的去卷积方法 | 生物信息学 | NA | 基因表达数据分析 | NA | 基因表达数据，包括bulk测序数据和单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement
2025-May-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv1159
PMID:40378222
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研究论文 | 本研究通过比较三种刺胞动物幼虫的转录组和单细胞RNA测序数据，揭示了幼虫前端（反口端）的细胞类型特征及牛磺酸在调控幼虫附着过程中的作用 | 首次整合多种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据，发现反口端特化细胞类型中牛磺酸摄取和分解代谢基因的表达模式，并证实外源性牛磺酸抑制幼虫附着 | 研究仅涉及三种刺胞动物物种，可能无法完全代表整个刺胞动物门的多样性 | 阐明刺胞动物幼虫附着的细胞和分子调控机制 | 水母Clytia和两种珊瑚的浮浪幼虫 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 三种刺胞动物物种的浮浪幼虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-06 |
Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement
2025-May, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-025-01581-3
PMID:39893595
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析正畸牙齿移动过程中牙周韧带对机械刺激的响应机制 | 首次在单细胞水平揭示Mkx转录因子在牙周韧带机械传导中的特异性表达模式和保护作用 | 研究主要基于大鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明机械刺激下牙周韧带的基因表达变化和细胞群体动态 | 野生型大鼠牙周韧带细胞和人类牙周韧带细胞 | 单细胞基因组学 | 口腔正畸 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | NA | 基因表达数据 | 大鼠PDL在0天、1周和2周时间点的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2025-10-06 |
Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial
2025-May, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00940-3
PMID:40251398
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研究论文 | 本研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性 | 首次使用狒狒包膜假型慢病毒载体转导脐带血来源的NK细胞生成CD19-BBz CAR-NK细胞，并进行临床阶段试验 | 样本量较小（仅8名患者），为早期阶段临床试验 | 评估CAR-NK细胞疗法在B细胞淋巴瘤患者中的安全性和治疗效果 | 难治/复发性大B细胞淋巴瘤患者 | 癌症免疫治疗 | 大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序，慢病毒转导 | 临床实验 | 临床数据，基因表达数据 | 8名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612512
PMID:39314489
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因标记技术揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的机制 | 首次系统阐明了心脏成纤维细胞在发育过程中通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制 | 研究主要聚焦于发育阶段，对成年心脏中成纤维细胞功能的验证相对有限 | 探究心脏成纤维细胞在心脏发育过程中对心肌和血管系统的调控作用 | 小鼠心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心脏发育缺陷 | 单细胞mRNA测序(scRNA-seq), RNA染色, Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统 | NA | 单细胞转录组数据, 组织染色图像 | 不同发育阶段的小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia
2025-May-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115618
PMID:40279247
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研究论文 | 本研究揭示了病理α-突触核蛋白通过失调m6A甲基转移酶METTL3驱动小胶质细胞神经炎症的机制 | 首次发现METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中表达上调并发挥关键调控作用 | 未明确METTL3调控神经炎症的具体下游分子机制 | 探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制 | 人源小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者尸检组织 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 亚细胞定位研究, 功能分析 | NA | RNA测序数据, 蛋白质定位数据 | 人源细胞模型和神经退行性疾病患者尸检组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-06 |
A multi-kingdom genetic barcoding system for precise clone isolation
2025-May-21, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02649-1
PMID:40399693
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研究论文 | 开发了一种多界遗传条形码系统CloneSelect，可通过CRISPR碱基编辑实现特定表型细胞克隆的精准分离 | 首创多界遗传条形码系统，利用barcode特异性CRISPR碱基编辑触发报告基因表达来实现目标克隆分离 | NA | 开发能够从复杂细胞群体中分离特定表型细胞克隆的技术方法 | 人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞 | 生物技术 | NA | DNA条形码标记、CRISPR碱基编辑、单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据、表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-10-06 |
MALADAPTIVE IMMUNE-FIBROTIC AXIS DRIVES IMPAIRED LONG BONE REGENERATION UNDER MECHANICAL INSTABILITY
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564177
PMID:37961650
|
研究论文 | 本研究通过工程化小鼠延迟愈合模型，揭示了机械不稳定性通过免疫-纤维化轴驱动长骨再生障碍的机制 | 开发了可调节髓内钉模型模拟人类肥大性骨不连，首次建立机械不稳定性与免疫-基质细胞互作的直接联系 | 动物模型仍需进一步验证与人类临床情况的一致性 | 探究机械不稳定性对骨再生障碍的免疫学机制 | 小鼠长骨骨折模型 | 骨再生生物学 | 骨不连/骨折愈合障碍 | 空间转录组学，系统性免疫分析，生物力学测试 | 多变量建模 | 基因表达数据，免疫细胞表型数据，生物力学数据 | 未明确具体样本数量的小鼠实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 151 | 2025-10-06 |
scTsI: an effective two-stage imputation method for single-cell RNA-seq data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf298
PMID:40579791
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq数据的两阶段插补方法scTsI，有效处理丢失事件并提升下游分析性能 | 开发两阶段插补算法，第一阶段利用邻近细胞和基因信息插补零值，第二阶段通过脊回归和批量RNA-seq数据约束调整插补值，保持高表达值不变且避免引入新噪声 | 未明确说明方法在极稀疏数据或特定细胞类型中的性能限制 | 解决单细胞RNA-seq数据中丢失事件对下游分析的影响 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 脊回归 | 基因表达矩阵 | 多种模拟和真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 152 | 2025-10-06 |
DeepExDC interprets genomic compartmentalization changes in single-cell Hi-C data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf301
PMID:40581982
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研究论文 | 提出DeepExDC方法用于单细胞Hi-C数据中A/B区室差异分析 | 开发首个可解释的一维卷积神经网络，用于单细胞水平全基因组范围的染色质区室变化分析，无需分布假设和差异模式限制 | 单细胞水平区室化变化计算分析领域尚处于起步阶段 | 分析不同条件下单细胞基因组区室化变化 | 单细胞Hi-C数据中的A/B染色质区室 | 计算生物学 | NA | 单细胞Hi-C，scRNA-seq，scATAC-seq | 1D CNN | Hi-C接触矩阵 | NA | NA | 单细胞Hi-C，单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
Computational modeling of single-cell dynamics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf305
PMID:40586321
|
综述 | 本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法，重点讨论了数据分析挑战和算法进展 | 系统梳理了单细胞动态数据分析的四大关键任务，并展望了生物技术与人工智能算法融合的前景 | 作为综述文章，未涉及具体实验验证和原始数据分析 | 探讨单细胞动态数据的计算分析方法及其在生命机制研究中的应用 | 单细胞动态测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞动态测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2025-10-06 |
An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf247
PMID:40586320
|
研究论文 | 提出了一种基于单调深度学习框架的保序批次效应校正方法 | 在批次效应校正方法中首次引入保序特性，通过单调深度学习网络保持基因表达数据的原始顺序关系 | 未提及方法的具体计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现 | 开发具有保序特性的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 单调深度学习网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 155 | 2025-10-06 |
iGTP: learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf296
PMID:40551620
|
研究论文 | 提出了一种可解释的生成式转录程序框架iGTP，用于单细胞转录组数据的细胞嵌入表示和生物学机制推断 | 设计了结合转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用的可解释生成模型框架，能够同时从TP和PPI层面提供生物学见解 | NA | 开发可解释的深度学习框架用于单细胞转录组数据的生物学机制分析 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 变分自编码器, 图神经网络, 潜在扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-10-06 |
Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf277
PMID:40545244
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研究论文 | 提出Perturb-STNet框架，通过融合时空和网络模型来识别单细胞扰动中的多尺度效应 | 开发了首个基于网络的时空模型框架，能够对单细胞扰动数据中的空间和时间差异表达调控因子进行排序 | 方法在复杂多细胞/多组织系统中的验证仍需进一步扩展 | 识别驱动发育和疾病过程的时空差异表达调控因子 | 单细胞扰动数据中的调控因子、细胞和邻域相互作用 | 计算生物学 | 肺癌、黑色素瘤、结肠炎 | 单细胞成像、空间转录组学 | 网络时空模型 | 单细胞时空数据 | 合成数据、肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型、结肠炎数据 | NA | CODEX单细胞成像、MERFISH空间转录组学 | NA | CODEX单细胞成像时间序列数据、MERFISH空间转录组学时间序列数据 |
| 157 | 2025-07-02 |
Correction to: ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf337
PMID:40580031
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2025-10-06 |
ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf253
PMID:40471991
|
研究论文 | 提出一种基于图结构的细胞类型注释方法ScInfeR，能够高效注释单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据中的细胞类型和亚型 | 结合scRNA-seq参考数据和标记基因集，采用分层框架和图神经网络消息传递机制，支持加权正负标记基因，并开发了包含329种细胞类型参考数据的交互式数据库 | NA | 开发高效的细胞类型注释方法，解决单细胞和空间组学数据分析中的细胞类型识别难题 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学数据集中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序，空间转录组学 | 图神经网络 | 基因表达数据，染色质可及性数据，空间坐标信息 | 在100多个细胞类型预测任务中评估，包含28种组织类型的人类和植物数据 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-06 |
Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds
2025-May-23, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04353-9
PMID:40404962
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综述 | 本文系统阐述了植物病毒趋向性的分子与细胞决定因素及其在生殖组织与种子中的感染机制 | 整合超分辨率显微镜和单细胞组学技术揭示病毒-宿主互作新机制，提出植物病毒在靶向递送领域的应用潜力 | 未涉及具体作物品种的实证研究数据 | 解析植物病毒趋向性的分子机制及其生物技术应用 | 植物病毒在特定细胞类型、组织和宿主中的感染特性 | 植物病理学 | 植物病毒病 | 超分辨率显微镜, 单细胞转录组学, 蛋白质组学 | NA | 文献综述 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2025-10-06 |
Huanglian Jiedu Decoction Treats Ischemic Stroke by Regulating Pyroptosis: Insights from Multi-Omics and Drug-Target Relationship Analysis
2025-May-23, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18060775
PMID:40573172
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研究论文 | 本研究通过多组学和药物-靶点关系分析探讨黄连解毒汤通过调节细胞焦亡治疗缺血性中风的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和网络药理学系统揭示黄连解毒汤通过NLRP3炎症小体通路调节细胞焦亡的分子机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型，缺乏雌性动物验证；样本量相对有限 | 探究黄连解毒汤治疗缺血性中风的作用机制 | 8周龄雄性小鼠 | 多组学分析 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 分子对接, 表面等离子共振, 液相色谱-质谱联用, 分子动力学 | NA | 多组学数据, 生理学数据, 组织病理学数据 | 小鼠分为6组（假手术组、模型组、阳性药物组、黄连解毒汤低中高剂量组） | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |