单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-07-01	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用分层框架和图神经网络的消息传递层，支持跨多种数据类型的细胞注释，并引入加权正负标记	未明确提及方法在低质量数据或极端批次效应下的性能表现	解决单细胞和空间组学分析中细胞类型注释的挑战	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间转录组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学	图神经网络(GNN)	单细胞测序数据、空间组学数据	涵盖28种组织类型的329种细胞类型、2497个基因标记的人类和植物数据
122	2025-06-30	Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds 2025-May-23, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04353-9 PMID:40404962	综述	本文综述了植物病毒趋向性的分子和细胞决定因素，包括病毒如何针对生殖器官、分生组织和种子，以及宿主因素如何影响病毒分布	探讨了超分辨率显微镜、单细胞转录组学和蛋白质组学在解析病毒-宿主相互作用中的新应用，揭示了病毒积累的新机制	NA	理解植物病毒趋向性的分子和细胞机制，以改善作物抗性和设计综合疾病管理策略，并探索植物病毒在靶向传递和生物技术应用中的潜力	植物病毒及其在特定细胞类型、组织或宿主中的感染和复制能力	植物病理学	植物病毒感染	超分辨率显微镜、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	NA	NA
123	2025-06-30	Huanglian Jiedu Decoction Treats Ischemic Stroke by Regulating Pyroptosis: Insights from Multi-Omics and Drug-Target Relationship Analysis 2025-May-23, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18060775 PMID:40573172	research paper	该研究探讨了黄连解毒汤通过调节细胞焦亡治疗缺血性卒中的机制，并利用多组学和药物-靶点关系分析提供了深入见解	首次结合多组学分析和网络药理学方法，揭示了黄连解毒汤通过调节NLRP3介导的细胞焦亡途径减轻缺血性卒中损伤的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验验证	探究黄连解毒汤治疗缺血性卒中的分子机制	8周龄雄性小鼠	中医药研究	缺血性卒中	多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、网络药理学、分子对接、表面等离子体共振(SPR)、液相色谱-质谱联用(LC-MS)、分子动力学模拟	小鼠缺血性卒中模型	多组学数据、生理指标、组织病理学数据、分子生物学数据	6组小鼠(假手术组、模型组、阳性药物组和低、中、高剂量黄连解毒汤组)
124	2025-06-30	Decoding the resistin-CAP1 pathway in intermediate monocytes mediating liver allograft rejection 2025-May-08, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.04.037 PMID:40345627	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了中间单核细胞通过resistin-CAP1通路在肝移植排斥反应中的关键作用	首次在肝移植中应用空间转录组学技术，发现中间单核细胞通过resistin-CAP1信号轴参与T细胞介导的急性排斥反应，并利用纳米金-siRNA技术靶向该通路有效减轻排斥反应	研究样本量较小（24例大鼠移植肝脏和外周血单核细胞样本），且主要在动物模型中进行验证	探索肝移植排斥反应的新型免疫治疗靶点	大鼠移植肝脏和外周血单核细胞样本	digital pathology	liver transplantation rejection	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, flow cytometry, nanogold-siRNA technology	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	24 rat transplanted liver and peripheral blood mononuclear cell samples
125	2025-06-30	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02163-9 PMID:40240879	研究论文	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨了这些突变如何通过微环境影响黑色素瘤细胞增殖	首次揭示桥粒基因突变在皮肤黑色素瘤中的高频率，并证明这些突变通过改变角质形成细胞的微环境促进黑色素瘤细胞增殖	研究主要关注原发性黑色素瘤，未深入探讨转移性黑色素瘤中桥粒突变的影响	探究桥粒基因突变在癌症发生发展中的作用机制	人类皮肤黑色素瘤组织样本和角质形成细胞	癌症生物学	皮肤黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但涉及人类黑色素瘤活检组织和细胞共培养实验
126	2025-06-30	Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf280 PMID:40536815	综述	本文全面回顾了细胞间通讯推断领域的工具、资源和未来发展方向	提供了关于细胞间通讯推断的全面报告，并创建了CCC-Catalog作为集中式网络平台	未提及具体工具或资源的性能比较结果	总结细胞间通讯分析的现状，探讨当前限制和未解决问题	细胞间通讯推断的工具和资源	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
127	2025-06-30	Evaluating discrepancies in dimensionality reduction for time-series single-cell RNA-sequencing data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf287 PMID:40576031	research paper	本文评估了时间序列单细胞RNA测序数据降维技术中的差异，并提出了一种基于合成数据的分析方法	提出了一种基于变分自编码器生成的合成时间序列scRNA-seq数据的方法，用于评估不同降维技术在捕捉动态模式时的差异	研究结果未发现任何一种技术始终优于其他技术，且单独使用时可能无法可靠地表示动态模式	评估不同降维技术在时间序列单细胞RNA测序数据中捕捉动态模式时的差异	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 变分自编码器	变分自编码器(VAE)	单细胞RNA测序数据	NA
128	2025-06-27	Divergent Plastid Genomes in the Deepest-Branching Apicomplexan Parasites 2025-May-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf117 PMID:40476362	研究论文	该研究通过单细胞测序技术，对最深分支的顶复门寄生虫——古簇虫的质体基因组进行了特征分析，填补了顶复门质体基因组多样性中的关键空白	首次对古簇虫的质体基因组进行了测序和特征分析，揭示了其与其他顶复门质体基因组的显著差异	研究仅针对4种已知古簇虫谱系的未培养代表进行分析，样本范围有限	探究顶复门寄生虫质体基因组的起源和进化	顶复门寄生虫中最深分支的古簇虫	寄生虫学	寄生虫感染	单细胞测序	NA	基因组数据	4种已知古簇虫谱系的未培养代表
129	2025-06-27	Multi-Omics and Experimental Validation Identify GPX7 and Glutathione-Associated Oxidative Stress as Potential Biomarkers in Ischemic Stroke 2025-May-30, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox14060665 PMID:40563300	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，确定了GPX7和谷胱甘肽相关氧化应激作为缺血性卒中的潜在生物标志物	首次通过多组学方法结合实验验证，系统分析了氧化应激相关基因在缺血性卒中中的功能和意义，并确定了GPX7作为特征基因	研究结果仍需在更大规模的临床样本中进一步验证	系统分析氧化应激相关基因在缺血性卒中中的功能和意义	缺血性卒中相关的基因表达数据集和氧化应激相关基因	生物信息学	缺血性卒中	多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接分析	机器学习算法	基因表达数据	Wistar大鼠大脑中动脉闭塞模型
130	2025-06-27	Advances in Genitourinary Tumor Genomics and Immunotherapy 2025-May-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16060667 PMID:40565559	综述	本文全面概述了当前用于免疫监测的技术和前沿的免疫调节方法，并探讨了个性化治疗、实时监测系统和人工智能如何塑造免疫治疗的未来	探讨了生物材料激活免疫细胞和基因工程细胞疗法等前沿免疫调节方法，以及人工智能在免疫治疗中的应用	需要进一步研究以克服现有技术的局限性	推动更安全、更有效的癌症治疗	泌尿生殖系统肿瘤的基因组学和免疫治疗	免疫学与生物工程	泌尿生殖系统肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、多重细胞因子分析	NA	NA	NA
131	2025-06-27	Beyond Transposons: TIGD1 as a Pan-Cancer Biomarker and Immune Modulator 2025-May-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16060674 PMID:40565566	研究论文	本研究对TIGD1进行了全面的泛癌分析，评估了其表达模式、诊断效用、预后价值以及与免疫治疗反应和耐药性的关联	首次将TIGD1作为泛癌生物标志物和免疫调节因子进行系统性分析，揭示了其在肿瘤免疫微环境中的关键作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	评估TIGD1作为癌症生物标志物的潜力及其在免疫调节中的作用	多种癌症类型	生物信息学	泛癌(包括结肠癌、胃癌、肝癌和肺癌等)	转录组分析、单细胞测序、基因集富集分析	NA	转录组数据和临床数据	来自TCGA和GTEx数据库的大量样本
132	2025-06-27	Single-Cell Transcriptomics Unveils the Mechanistic Role of FOSL1 in Cutaneous Wound Healing 2025-May-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13061330 PMID:40564048	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了转录因子FOSL1在皮肤伤口愈合中的机制作用	首次将FOSL1确定为皮肤伤口愈合的关键调节因子，并揭示了其通过MAPK和EGFR信号通路调控的分子机制	研究主要基于生物信息学分析和动物模型，尚未进行临床验证	探究FOSL1在皮肤伤口愈合中的作用及其作为治疗靶点的潜力	皮肤伤口愈合过程及相关分子机制	生物信息学	皮肤损伤	单细胞转录组学、Western blot分析、机器学习算法	机器学习算法	基因表达数据	GEO数据库数据集及动物组织样本
133	2025-06-27	Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.24.655962 PMID:40501545	研究论文	通过时空单细胞分析揭示人类移植物抗宿主病中T细胞克隆动态和表型可塑性	开发了新的计算工具DecompTCR用于纵向TCR分析，揭示了与GVHD严重程度相关的克隆扩增程序和TCR特征	样本量相对较小（27名alloHCT受者），可能限制结果的普遍性	解析异基因造血细胞移植后T细胞介导的复杂病理机制	27名异基因造血细胞移植受者的T细胞	单细胞分析	移植物抗宿主病	混合淋巴细胞反应克隆'指纹识别'、TCR克隆分型、单细胞RNA/TCR测序、空间转录组学	DecompTCR	单细胞RNA测序数据、TCR测序数据、空间转录组数据	27名异基因造血细胞移植受者
134	2025-06-27	Correction: Desterke et al. Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma. Biomolecules 2024, 14, 1394 2025-May-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15060769 PMID:40563546	correction	对已发表文章中关于单细胞RNA测序分析链接DNMT3B和PFKFB4转录谱与肝母细胞瘤转移特性的更正	NA	NA	NA	NA	NA	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
135	2025-06-27	Multi-Transcriptomic Analysis Reveals GSC-Driven MES-Like Differentiation via EMT in GBM Cell-Cell Communication 2025-May-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13061304 PMID:40564022	研究论文	通过多转录组分析揭示了胶质母细胞瘤中胶质瘤干细胞通过EMT模式驱动MES样分化的细胞间通讯机制	首次利用多转录组分析结合scRNA-seq数据，揭示了GSCs通过EMT模式促进GBM进展的细胞通讯机制，并发现EMT相关基因驱动GSCs向MES样表型分化	研究主要基于转录组数据分析，缺乏体内实验验证EMT通路靶向治疗GBM的效果	探索胶质母细胞瘤中胶质瘤干细胞的细胞间通讯模式及其对肿瘤进展的影响	胶质母细胞瘤中的胶质瘤干细胞（GSCs）及其与其他细胞的通讯	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, GSEA, ssGSEA, 空间转录组	CellChat	单细胞转录组数据	未明确说明样本量（基于公共scRNA-seq数据库）
136	2025-06-27	Evaluation of the Effects of the Quaternary Ammonium Silane K21 on Zebrafish Viability, Toxicity, Growth, and Development 2025-May-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13061267 PMID:40563986	研究论文	本研究评估了季铵硅烷K21对斑马鱼生存、毒性、生长和发育的影响，并探讨其在人类健康保护和疾病治疗中的潜在应用	首次在斑马鱼模型中系统评估K21的多代发育影响，并发现其具有抗炎特性和促进生长的潜在新通路	研究主要基于斑马鱼模型，人类应用潜力需要进一步验证	评估K21的生物相容性及在健康领域的应用潜力	斑马鱼（野生型、Casper突变体和转基因品系）和丰年虾	生物医学	炎症性疾病	单细胞RNA测序	斑马鱼动物模型	生物发育数据、基因表达数据	多代斑马鱼（F1-F3）和丰年虾孵化实验
137	2025-06-27	Mapping Inherited Genetic Variation with Opposite Effects on Autoimmune Disease and Four Cancer Types Identifies Candidate Drug Targets Associated with the Anti-Tumor Immune Response 2025-May-14, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050575 PMID:40428397	research paper	该研究通过基因组关联分析，识别出与自身免疫性疾病和四种癌症风险相反的遗传变异，并提出了潜在的癌症免疫治疗靶点	系统地搜索具有自身免疫性疾病和癌症风险相反效应的遗传变异，并利用人类遗传学方法识别潜在的癌症免疫治疗靶点	研究依赖于GWAS数据，可能受到样本量和统计方法的限制	识别与自身免疫性疾病和癌症风险相反的遗传变异，以发现潜在的癌症免疫治疗靶点	乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者以及七种自身免疫/自身炎症性疾病患者	genetics	breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, autoimmune/autoinflammatory diseases	GWAS, RNA-Seq, single-cell RNA-Seq	meta-analysis	genomic data, RNA-Seq data	240,540 癌症病例/317,000 对照，112,631 自身免疫/自身炎症病例/895,386 对照
138	2025-06-27	Integrative single-cell RNA sequencing and mendelian randomization analysis reveal the potential role of synaptic vesicle cycling-related genes in Alzheimer's disease 2025-May, The journal of prevention of Alzheimer's disease DOI:10.1016/j.tjpad.2025.100097 PMID:40021385	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，研究了突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用	首次通过孟德尔随机化方法识别出四个突触小泡循环相关基因作为阿尔茨海默病的保护因素，并揭示了它们在免疫细胞浸润和神经元损伤中的潜在机制	研究数据完全来自公共数据库，缺乏实验验证	探索突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用及其机制	阿尔茨海默病患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR)	NA	基因表达数据	公共数据库中的数据集
139	2025-06-26	Secreted Phosphoprotein 1 in Lung Diseases 2025-May-30, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15060365 PMID:40559389	review	本文综述了分泌磷蛋白1（SPP1）在肺部疾病中的作用及其潜在的治疗靶点	重点探讨了SPP1在间质性肺疾病（ILDs）中的表达及其在纤维化过程中的作用，结合了单细胞RNA测序的最新数据	主要基于现有文献综述，缺乏新的实验数据支持	探讨SPP1在肺部疾病中的病理机制及其作为治疗靶点的潜力	SPP1及其在肺部疾病中的表达和作用	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
140	2025-06-26	Exploring the Role of Bifenthrin in Recurrent Implantation Failure and Pregnancy Loss Through Network Toxicology and Molecular Docking 2025-May-29, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13060454 PMID:40559927	研究论文	本研究探讨了双酚菊酯（BF）通过网络毒理学和分子对接在复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）中的潜在作用	首次通过整合网络毒理学和分子对接方法，识别了BF与RIF和RPL相关的四个枢纽基因，并构建了诊断模型	缺乏体内和体外实验证据，需要进一步研究阐明BF导致RIF和RPL的具体机制	探究双酚菊酯（BF）与复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）的潜在关联	双酚菊酯（BF）及其潜在靶点，复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）患者	网络毒理学	生殖系统疾病	RNA-seq, 分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的RIF和RPL队列数据