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当前共找到 798 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-05-15 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 通过时空剖析揭示卡路里限制对哺乳动物大脑衰老的影响 | 利用高可扩展单核基因组学和空间转录组学平台，首次在区域和细胞类型特异性分辨率下解析卡路里限制抗衰老的分子和细胞机制 | 未明确提及，但可能包括仅在小鼠模型中验证，且卡路里限制对人类大脑衰老的转化应用需进一步研究 | 阐明卡路里限制对衰老大脑的分子和细胞保护机制，特别是区域特异性效应 | 小鼠大脑（来自36只小鼠，3个年龄组，超过50万个细胞），以及来自卡路里限制和对照条件下老年小鼠的12个脑切片进行空间转录组分析 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单核基因组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 36只小鼠大脑、12个脑切片、超过50万个细胞 | 10x Genomics | 单核RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单核3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 122 | 2026-05-12 |
Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator
2025-05-05, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001
PMID:40195115
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研究论文 | 通过比较空间转录组学揭示旱稻根部干旱适应机制及HMGB1作为关键调控因子 | 首次构建了旱稻与水稻节间和根尖的空间转录组图谱，并鉴定了HMGB1作为促进旱稻根系伸长和增厚从而增强抗旱能力的关键转录调控因子 | NA | 揭示旱稻根部适应干旱的分子和发育机制，为培育抗旱水稻提供遗传资源 | 旱稻和水稻的根部 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 节间和根尖样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 123 | 2026-05-10 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals efferocytosis signature predicting immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2025-05, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.dld.2025.01.196
PMID:39904693
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析开发了与胞葬作用相关的基因签名（ER.Sig），用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次结合单细胞和bulk转录组数据，利用十种机器学习算法构建胞葬作用相关基因签名，并多组学验证其在预测免疫治疗反应中的价值 | 数据来源于公共数据库，缺乏独立的外部验证队列；研究仅基于转录组水平，未进行功能实验验证 | 开发胞葬作用相关基因签名以预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 肝细胞癌患者 | 机器学习和数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序和bulk RNA测序 | 随机生存森林模型（与其他九种算法比较后选择） | 转录组数据（单细胞和bulk层面） | 多个公共数据集，包括肝细胞癌患者样本和IMvigor210免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2026-05-08 |
Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2
2025-May-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637
PMID:40310723
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和RARα DNA结合谱分析，揭示了脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch和Sox2信号促进神经发生的分子机制 | 首次阐明了脑膜来源的RA通过结合Sox2ot启动子、抑制Notch信号通路和Sox2表达来协调新皮质发育的此前未知机制 | 未提及明显局限性 | 探究脑膜来源的视黄酸在端脑神经祖细胞中促进神经发生的分子机制 | Foxc1突变胚胎小鼠的端脑神经祖细胞 | 机器学习 | 神经发育障碍 | 空间转录组学、RARα DNA结合谱分析、宫内电穿孔 | NA | 转录组数据 | Foxc1突变胚胎小鼠样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 用于空间转录组学的平台未具体说明 |
| 125 | 2026-05-06 |
Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.653860
PMID:40463072
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研究论文 | 选择性抑制GSK3α可促进不同干细胞状态的自我更新，并建立一种基于BRD0705/IWR1的通用培养系统 | 发现选择性抑制GSK3α（而非泛抑制GSK3α/β）能独立于β-catenin信号促进多种干细胞（ESC、EpiSC、NSC）的长期自我更新；联合IWR1构建的BRD0705/IWR1培养体系可维持多种多能干细胞状态并支持共培养 | 未提及具体限制 | 研究选择性GSK3α抑制对干细胞自我更新的调控作用，并开发一种能维持不同干细胞状态的培养系统 | 小鼠胚胎干细胞（ESC）、上胚层干细胞（EpiSC）、神经干细胞（NSC）及形成性多能干细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序、表观基因组分析、功能分析 | NA | 转录组数据、表观基因组数据 | 多种小鼠干细胞系（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 126 | 2026-05-05 |
Divergent Plastid Genomes in the Deepest-Branching Apicomplexan Parasites
2025-05-30, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf117
PMID:40476362
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研究论文 | 利用单细胞测序技术解析了最深分支顶复门寄生虫中质体基因组的多样性与进化 | 首次获取了所有四个已知古簇虫谱系中未培养代表的质体基因组数据，填补了顶复门质体基因组进化中的关键空白 | 未提及光合作用相关基因，且样本来自未培养的物种，可能限制基因组完整性的评估 | 研究顶复门寄生虫中质体（apicoplast）基因组的起源与进化 | 古簇虫谱系（archigregarines）中未培养代表的质体基因组 | 生物信息学 | 疟疾等相关寄生虫疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组序列 | 所有4个已知古簇虫谱系中未培养的代表性样本 | NA | NA | NA | NA |
| 127 | 2026-05-03 |
A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01432-0
PMID:39690246
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研究论文 | 通过蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，发现GMPS介导的STT3A依赖性PD-L1糖基化修饰驱动肝细胞癌的免疫逃逸 | 首次揭示GMPS作为补充模块连接Sec61通道复合物和STT3A，增强PD-L1糖基化修饰，从而促进HCC免疫逃逸的新机制 | 主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚需更多临床样本验证；仅关注GMPS对PD-L1的作用，可能忽略其他免疫逃逸相关分子 | 探索肝细胞癌快速进展和免疫逃逸的分子机制 | 肝细胞癌组织及CD8+ T细胞 | 计算机视觉 | 肝细胞癌 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 晚期HCC组织样本（具体数量未在摘要中说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 128 | 2026-05-03 |
Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement
2025-May, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-025-01581-3
PMID:39893595
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示机械力传导对大鼠牙周膜在正畸牙移动过程中基因表达变化的影响，并探讨Mkx转录因子的作用 | 首次通过单细胞RNA测序描绘了正畸牙移动过程中大鼠牙周膜的细胞图谱，明确了Mkx和Scx在不同细胞群中的表达模式，揭示了Mkx在机械刺激下的保护性作用 | 文章未明确提及研究局限性，例如样本量较小、仅使用了动物模型而未验证人体组织等 | 阐明机械力传导对牙周膜在正畸牙移动过程中基因表达变化的影响，以及Mkx转录因子在该过程中的功能 | 大鼠牙周膜细胞和人类牙周膜细胞 | 单细胞组学 | 口腔疾病（正畸相关） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR | NA | 测序数据，基因表达数据 | 大鼠牙周膜样本（0天、1周、2周时间点） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2026-05-03 |
Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants
2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110460
PMID:39993695
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研究论文 | 通过数字空间分析技术研究肾移植中急性抗体介导排斥反应的肾小球中心空间转录组 | 首次在单患者系列活检中利用数字空间分析技术以空间分辨率定位肾小球内与抗体介导排斥反应相关的先天免疫细胞分子特征，并揭示足细胞损伤与持续肾小球炎的关系 | 基于单一患者的系列活检样本，样本量小，可能限制结果的普适性 | 揭示肾移植中急性抗体介导排斥反应期间肾小球的空间转录组变化 | 一名肾移植患者的连续四次活检组织（排斥反应前后及治疗期间） | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | 数字空间分析（DSP） | NA | 转录组数据 | 4份活检样本来自一名患者 | NA | 空间转录组学 | Digital Spatial Profiling | 数字空间分析（DSP）技术用于定位肾小球内转录本 |
| 130 | 2026-05-03 |
Murine Aortic Valve Cell Heterogeneity at Birth
2025-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322280
PMID:40079140
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析新生小鼠主动脉瓣的细胞异质性，揭示新的内皮细胞亚群和间质细胞亚群及其在出生后成熟过程中的时空轨迹 | 首次在出生后第1天小鼠主动脉瓣中鉴定出一个新的瓣膜内皮细胞亚群和三个先前未描述的瓣膜间质细胞亚群（原始型、重塑型和生物活性型） | 机制方面对瓣膜结构-功能关系建立的理解仍不充分，结论主要基于小鼠模型 | 阐明瓣膜出生后成熟过程中细胞异质性与结构功能关系建立的机制 | 新生小鼠主动脉瓣结构 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 出生后第1天小鼠主动脉瓣样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3‘端测序平台 |
| 131 | 2026-05-03 |
Chemokine (C-C Motif) Ligand 2 Expressing Adventitial Fibroblast Expansion During Loeys-Dietz Syndrome Aortic Aneurysm Formation
2025-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322069
PMID:40109260
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示Loeys-Dietz综合征主动脉瘤形成中外膜成纤维细胞中趋化因子（C-C基序）配体2的表达与扩增 | 首次发现LDS主动脉瘤中转录组变化主要发生在外膜成纤维细胞而非血管平滑肌细胞，并表明LDS与马凡综合征在细胞和分子机制上存在显著差异 | NA | 研究LDS主动脉瘤发病机制中细胞状态转变的作用，特别是外膜成纤维细胞的病理角色 | 小鼠LDS模型（Tgfbr2G357W/+）和人类LDS手术标本的主动脉根/升主动脉组织 | 数字病理学 | Loeys-Dietz综合征 | 单细胞RNA测序，RNA原位杂交，免疫荧光，免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠LDS模型在8周和24周龄时取样，人类LDS手术标本（n=5 LDS）和供体对照（n=2），共超过30000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2026-05-03 |
Human skeletal development and regeneration are shaped by functional diversity of stem cells across skeletal sites
2025-May-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.02.013
PMID:40118065
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研究论文 | 通过整合来自十个人体骨骼部位的骨骼干细胞分离、功能实验和单细胞RNA测序分析，揭示了骨骼干细胞在发育和再生中的功能多样性 | 首次系统描绘了来自10个不同骨骼位点的人类骨骼干细胞亚型组成及其克隆动态，并发现年龄相关的骨形成障碍源于干细胞的病理成纤维化转变 | 未明确提及研究局限性 | 探索人类骨骼干细胞在不同骨骼位点的功能多样性及其在骨骼发育和再生中的作用 | 来自十个人体骨骼部位的人类骨骼干细胞 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序 | 布尔算法模型 | 单细胞测序数据 | 10个人体骨骼部位的样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 133 | 2026-05-03 |
Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses
2025-May-01, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002
PMID:40273915
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研究论文 | 开发了一种对内源蛋白进行池式标记和疏水靶向的方法，用于无偏映射未折叠蛋白响应 | 首次实现高通量可视化与扰动结合的内源蛋白池式标记系统，揭示不同细胞区室对蛋白错误折叠的互斥而非协作响应 | 未明确说明局限性，但可能依赖HaloTag标记效率及细胞系特异性 | 系统解析蛋白质组组织、调节和功能，特别是蛋白质质量控制响应机制 | 内源蛋白（HaloTag标记的蛋白质）及未折叠蛋白响应相关基因 | 机器学习和组学分析结合 | NA | 池式成像、原位条形码测序、单细胞RNA测序、配体诱导蛋白错误折叠 | NA | 图像、转录组测序数据 | 复杂细胞池（具体数量未在摘要中给出） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2026-05-03 |
Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01441-z
PMID:39779909
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研究论文 | 通过高分辨率单细胞RNA测序分析发现GSK3β的Ser389磷酸化失活阻止胸腺细胞坏死，影响T细胞受体库多样性 | 首次揭示GSK3β通过坏死而非凋亡促进胸腺细胞死亡，以及其失活对TCR库多样性的调控作用 | 未提供 | 阐明胸腺细胞在V(D)J重组过程中细胞周期检查点和生存通路的机制 | 小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 单个分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 高分辨率单细胞RNA测序 |
| 135 | 2026-05-03 |
A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401199
PMID:40411819
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研究论文 | 提出一种基于核的稳健工作流，用于生态位轨迹分析，无需细胞类型注释即可建模组织微环境的空间连续变化 | 通过将生态位结构组成建模为基因表达空间中的连续函数，避免了传统方法对细胞类型注释的需求，并结合细胞类型去卷积分析扩展至任意空间分辨率的数据集 | 未明确说明，但可能包括对高分辨率空间转录组数据的依赖以及连续函数建模的计算复杂性 | 开发一种无需细胞类型注释的稳健生态位轨迹分析方法，以提升空间转录组数据分析的准确性和鲁棒性 | 空间转录组数据集中的组织微环境生态位结构 | 机器学习 | 损伤或疾病相关组织微环境变化 | 空间转录组学 | 基于核的连续函数模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 136 | 2026-05-03 |
scDILT: A Model-Based and Constrained Deep Learning Framework for Single-Cell Data Integration, Label Transferring, and Clustering
2025 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3553068
PMID:40811359
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研究论文 | 提出一种名为scDILT的新工具，利用条件自编码器和深度嵌入聚类来整合单细胞RNA测序数据，同时保留参考数据集的细胞类型模式 | 提出scDILT框架，通过同质约束保持参考数据集中的细胞类型/聚类模式，同时利用异质约束将新数据集中的细胞映射到已注释的细胞簇，实现数据整合、标签转移和聚类的一体化 | 未明确说明局限性 | 开发一种能够同时实现单细胞数据整合、标签转移和聚类的工具，确保整合新数据时不会改变旧/参考数据集中的细胞簇定义 | 单细胞RNA测序数据，包括模拟和真实数据集，以及多组学单细胞数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 条件自编码器、深度嵌入聚类 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2026-05-02 |
scRNA-seq and scATAC-seq reveal that Sertoli cell mediates spermatogenesis disorders through stage-specific communications in non-obstructive azoospermia
2025-05-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97958
PMID:40371706
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示支持细胞通过阶段特异性通讯介导非阻塞性无精子症的生殖障碍 | 首次在非阻塞性无精子症中鉴定出三种新型支持细胞亚型表型（SC4/未成熟、SC7/成熟、SC8/进一步成熟），并发现生殖细胞亚型与支持细胞亚型之间的阶段特异性匹配交互模式，由Notch1/2/3信号通路调控 | NA | 探究非阻塞性无精子症中生殖障碍的细胞类型特异性异常机制 | 阻塞性无精子症和非阻塞性无精子症患者的睾丸组织 | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 138 | 2026-05-01 |
POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652741
PMID:40462963
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研究论文 | 提出了一种名为Popari的概率图模型，用于多样本空间转录组数据的因子分解，捕获样本间的空间组织变化 | 引入差异先验以正则化空间一致性，并采用空间下采样实现多分辨率层次分析 | 需要进一步验证在不同平台和组织类型中的泛化能力 | 开发适用于多样本空间转录组数据的分析方法以探索条件特异性空间组织变化 | 小鼠大脑（STARmap PLUS）、胸腺（Slide-TCR-seq）和卵巢癌（CosMx）组织样本 | 机器学习 | 卵巢癌 | 空间转录组学，概率图模型 | 概率图模型 | 空间基因表达数据 | 多样本数据集（具体数量未提及） | NA | 空间转录组学 | STARmap PLUS，Slide-TCR-seq，CosMx | NA |
| 139 | 2026-05-01 |
General and individualized changes in T cell immunity during aging
2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkae033
PMID:40073079
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综述 | 探讨衰老过程中T细胞免疫的普遍性和个体化变化，包括幼稚T细胞减少、记忆T细胞积累和TCR库缩减 | 结合单细胞测序技术揭示T细胞亚群、转录组和TCR库在衰老中的个体化差异，强调生活暴露对免疫衰老的影响 | 未提供具体实验数据或量化分析，主要基于已有文献综述，缺乏原创实验验证 | 理解T细胞免疫在衰老过程中的普遍性和个体化变化机制 | 人类T细胞亚群、转录组和TCR库在衰老过程中的变化 | 机器学习 | 老年病 | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 140 | 2026-04-30 |
SlideCNA: spatial copy number alteration detection from Slide-seq-like spatial transcriptomics data
2025-May-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03573-y
PMID:40317049
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研究论文 | SlideCNA是一种从Slide-seq类空间转录组数据中检测空间拷贝数变异（CNA）的计算工具 | 利用表达感知的空间分箱方法克服数据稀疏性，从近单细胞分辨率的空间转录组数据中提取拷贝数变异信号，实现空间亚克隆检测 | 未提及具体局限性 | 开发从稀疏空间转录组数据中检测拷贝数变异的方法，以揭示实体瘤的遗传空间异质性 | 模拟数据和真实Slide-seq数据（转移性乳腺癌样本） | 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学, RNA-seq | 分箱算法 | 空间基因表达数据 | 模拟数据和真实乳腺癌数据 | 未指定平台公司 | 空间转录组学（Slide-seq类） | Slide-seq | 近单细胞分辨率的空间转录组数据 |