本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-06 |
Spatial characterization of interface dermatitis in cutaneous lupus reveals novel chemokine ligand-receptor pairs that drive disease
2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574422
PMID:38260617
|
研究论文 | 本研究通过空间多组学技术揭示了皮肤红斑狼疮界面皮炎中角质细胞损伤驱动淋巴细胞募集的分子机制 | 首次系统描绘了皮肤红斑狼疮界面皮炎中角质细胞损伤到免疫细胞募集的完整信号通路,并鉴定出AIM2-Casp8-IL-18-CXCL6/CXCR1和CCL8/CCR2等新型趋化因子配体-受体对 | 样本量相对有限,研究主要聚焦于特定临床亚型 | 阐明皮肤红斑狼疮界面皮炎的免疫发病机制 | 皮肤红斑狼疮患者的水疱活检组织和穿刺活检组织 | 数字病理学 | 皮肤红斑狼疮 | 光谱流式细胞术, 96重免疫分析靶向蛋白质组学, 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 数字空间分析 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 流式细胞数据 | 皮肤红斑狼疮患者和健康供者的活检样本 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 靶向蛋白质组学 | 数字空间分析技术 | 96重免疫分析靶向蛋白质组学检测皮肤间质液中184种蛋白质分析物 |
| 102 | 2025-10-06 |
Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones
2025-May-19, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040
PMID:40250431
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究鸟类光感受器的进化关系,发现双锥细胞的两个组成部分分别起源于祖先红色和蓝色视锥细胞 | 首次系统探索鸟类光感受器与其他脊椎动物的同源关系,提出双锥细胞两个组成部分分别起源于不同祖先视锥细胞的新假说 | 研究主要基于新孵化鸡的视网膜,可能无法完全代表所有鸟类物种 | 追溯鸟类光感受器细胞类型在物种间的进化同源关系 | 鸟类(鸡)和绿安乐蜥的光感受器细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | 新孵化鸡的视网膜细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas
2025-May-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17101681
PMID:40427178
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现KYNU基因在肺腺癌中的双峰表达模式与患者预后不良相关,并揭示了其在免疫抑制代谢中的作用 | 首次系统揭示KYNU在肺腺癌中的双峰表达特征及其与KEAP1/STK11共突变的关联,发现其在人类与小鼠模型中表达模式的物种特异性差异 | 人类与小鼠模型中KYNU表达模式存在显著差异,这为临床前建模带来挑战 | 发现与肺腺癌患者预后相关的双峰表达基因,揭示其潜在的致癌基因型和治疗靶点 | 肺腺癌患者样本和鼠类肺腺癌模型 | 癌症基因组学 | 肺腺癌 | 单细胞转录组学、代谢组学、批量转录组分析 | 模型聚类分析 | 基因表达数据、突变数据、代谢物数据 | 多个肺腺癌数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2025-10-06 |
Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease
2025-May-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019
PMID:40311614
|
研究论文 | 本研究通过直接替换小胶质细胞揭示了脑巨噬细胞在单基因神经疾病中的病理和治疗作用 | 首次通过直接小胶质细胞替换证明CNS限制性巨噬细胞替换可改善单基因神经退行性疾病 | 研究主要使用小鼠模型,人类临床应用仍需进一步验证 | 探究巨噬细胞在GLD疾病病理和HSCT治疗中的作用机制 | Krabbe疾病(GLD)小鼠模型和人类脑标本 | 神经科学 | 单基因神经退行性疾病 | 单细胞测序, 基因消融, 直接微胶质细胞替换 | twitcher (Galc) 小鼠模型 | 单细胞测序数据, 组织病理学数据 | 小鼠模型和人类脑标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-06 |
Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease
2025-May-08, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025337
PMID:39977705
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序定义了慢性移植物抗宿主病中IL-17和CSF-1的致病性基因表达特征 | 利用小鼠模型反向工程推导出可在患者血液单核细胞中检测到的非直观IL-17和CSF-1特征 | 研究基于临床前模型,需要在临床研究中进一步前瞻性验证 | 开发识别慢性移植物抗宿主病患者中可药物治疗的免疫失调标志物 | 小鼠模型和异基因造血细胞移植患者 | 生物医学研究 | 慢性移植物抗宿主病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 70%的确诊患者和50%移植后100天患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2025-10-06 |
Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.630541
PMID:40654890
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析性别共享神经系统中神经元水平的分子二态性 | 首次在单神经元分辨率揭示性别共享神经系统的广泛分子二态性,发现神经肽和信号相关基因的强烈性别偏好表达 | 研究仅针对成年雄性和雌雄同体线虫,未涵盖其他发育阶段或物种 | 探究遗传性别如何在单神经元水平塑造神经系统的分子结构 | 成年雄性和雌雄同体线虫的性别共享神经元 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年雄性和雌雄同体线虫的神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2025-10-06 |
CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity
2025-May-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182709
PMID:40309773
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现淋巴结中CXCL12高表达的成纤维网状细胞通过调节T细胞介导的同种免疫反应促进移植耐受 | 首次鉴定出淋巴结中特定的CXCL12hi FRCs亚群,并证明其在调节移植免疫耐受中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步深入 | 探究特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用机制 | 小鼠和人类淋巴结中的成纤维网状细胞及T细胞 | 免疫学 | 移植免疫 | 单细胞RNA测序, 遗传缺失技术, 纳米递送技术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 心脏移植小鼠的初始和引流淋巴结, 人类淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals targeted modulation of inflammatory repertoire by SOCE blockers
2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.28.651042
PMID:40654653
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示SOCE阻断剂对免疫细胞炎症反应的靶向调控作用 | 首次在单细胞水平系统揭示SOCE阻断剂对不同免疫细胞亚群的差异化调控机制 | 研究仅使用体外刺激的正常人PBMCs,未涉及疾病模型或体内验证 | 探究SOCE阻断剂对免疫细胞功能的特异性调控机制 | 正常人外周血单个核细胞(PBMCs) | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常人PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 多重单细胞RNA测序 |
| 109 | 2025-10-06 |
Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence
2025-May-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101260
PMID:40215972
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析CAR信号传导,揭示了驱动体内持久性的关键因素 | 首次系统性地将多样化的CAR信号输入与转录输出进行单细胞水平映射,识别出与体内持久性相关的独特强直信号特征 | 识别出的强直信号特征在实体瘤中无效,研究结果可能不适用于所有肿瘤类型 | 解码CAR信号传导设计原则,为优化下一代细胞内信号域架构提供指导 | 工程化表达嵌合抗原受体的T细胞 | 单细胞分析 | 液体肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2025-10-06 |
Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics
2025-May-12, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297
PMID:40045576
|
研究论文 | 通过单细胞转录组技术研究甘蔗花叶病毒早期系统侵染玉米的基因调控机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示甘蔗花叶病毒早期系统侵染过程中病毒积累与宿主基因表达的共变异模式 | 研究仅关注早期系统侵染阶段(症状显现前),未涉及后期感染过程 | 探究甘蔗花叶病毒早期系统侵染玉米的分子机制和宿主-病毒相互作用 | 甘蔗花叶病毒感染的玉米叶片细胞 | 植物病理学 | 病毒病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | SCMV感染的玉米叶片细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2025-10-06 |
Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.06.561193
PMID:38370853
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术解析肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用 | 发现了一种新型终末雪旺细胞亚型,并确定SPP1信号通路是神经肌肉接头动态的关键调节因子 | 研究仅限于特定神经损伤模型,未涉及其他病理条件 | 阐明雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的分子机制 | 肌肉驻留雪旺细胞和神经肌肉接头 | 单细胞生物学 | 神经肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 稳定神经支配与部分/完全去神经支配再神经支配模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2025-10-06 |
Reactivation of CTLA4-expressing T cells accelerates resolution of lung fibrosis in a humanized mouse model
2025-May-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI181775
PMID:40100323
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术,揭示了CTLA4阳性T细胞在肺纤维化消退过程中的关键作用 | 首次发现CTLA4在CD8+ T细胞上的表达与纤维化区域相邻,并证明靶向CTLA4的治疗可加速肺上皮再生和纤维化消退 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用的直接转化仍需进一步验证 | 探究免疫检查点蛋白CTLA4在肺纤维化消退过程中的作用机制 | 人源化CTLA4敲入小鼠模型、人类特发性肺纤维化组织 | 空间转录组学 | 肺纤维化 | 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 人源化小鼠模型和人类肺纤维化组织样本 | NA | 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 113 | 2025-10-06 |
[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia]
2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析T细胞大颗粒淋巴细胞白血病患者的免疫谱系特征 | 首次在单细胞水平揭示T-LGLL的免疫谱系特征,发现效应CD8+ T细胞异常扩增、Treg细胞减少及功能异常等关键免疫失衡特征 | 样本量较小(5例患者和3例健康对照),单中心研究 | 研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病的免疫谱系改变及其致病机制 | T-LGLL患者和健康对照者的外周血免疫细胞 | 单细胞组学 | 白血病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 5例T-LGLL患者(治疗前后配对样本)和3例健康对照 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞转录组测序技术 |
| 114 | 2025-10-06 |
POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652741
PMID:40462963
|
研究论文 | 提出Popari概率图模型用于多样本空间转录组数据的因子分解分析 | 引入差异先验正则化空间一致性和空间下采样实现多分辨率层次分析 | 未明确说明模型计算复杂度和可扩展性限制 | 开发多样本空间转录组数据整合分析方法 | 空间转录组数据集 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病, 卵巢癌 | 空间转录组学 | 概率图模型 | 空间基因表达数据 | 多个生物样本(小鼠大脑、胸腺、卵巢癌) | NA | 空间转录组学 | STARmap PLUS, Slide-TCR-seq, CosMx | NA |
| 115 | 2025-10-06 |
A single cell atlas of the mouse seminal vesicle
2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkaf045
PMID:40036847
|
研究论文 | 本研究构建了首个小鼠精囊的单细胞转录组图谱,揭示了该组织的细胞组成和功能特征 | 首次创建小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱,系统定义了该组织的细胞类型和转录组特征 | 研究仅基于小鼠模型,结果向人类推演需谨慎;样本数量相对有限 | 解析精囊组织的细胞组成和功能,理解精液形成的分子基础 | 小鼠精囊组织 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 23只不同年龄和饮食条件的小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2025-10-06 |
Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology
2025-May, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006
PMID:39503694
|
综述 | 本文综述了空间多组学技术的基本原理及其在皮肤病学研究中的应用前景 | 介绍了能够同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质的空间多组学新技术,突破了传统空间转录组学的局限 | 作为综述文章,未涉及具体实验验证和数据分析 | 探讨空间多组学技术在皮肤病学研究中的原理、优势和局限性 | 皮肤组织的空间分子特征 | 空间生物学 | 皮肤病 | 空间多组学技术 | NA | 基因组、表观基因组、蛋白质组空间数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间多组学 | NA | NA |
| 117 | 2025-10-06 |
Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.19.572477
PMID:38187622
|
研究论文 | 提出了一种用于单细胞RNA-seq数据的可解释轨迹推断方法scLANE测试 | 使用可解释的广义线性模型处理基因表达非线性变化,通过经验选择的基样条和扩展到估计方程与混合模型支持复杂实验设计 | NA | 开发可解释的轨迹差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型,基样条 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2025-10-06 |
Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652873
PMID:40463189
|
研究论文 | 本研究通过比较年轻和中年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学变化,揭示了年龄对脊髓损伤修复机制的影响 | 首次对中年小鼠脊髓损伤病理生物学进行全面的转录组学研究,填补了该年龄段研究空白 | 研究仅关注急性期变化,未评估长期修复过程;样本量相对有限 | 探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响 | 年轻(2-4个月)和中年(10-12个月)小鼠 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,行为数据,组织病理学数据 | 年轻和中年小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 119 | 2025-10-06 |
Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias
2025-May-07, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471
PMID:40333990
|
研究论文 | 开发OncoSplice计算方法分析白血病剪接调控动态并发现新的治疗靶点 | 开发无监督计算方法OncoSplice,在无剪接因子突变情况下发现新的白血病分子亚型,并验证PRMT5抑制剂对白血病剪接异常的治疗效果 | 未明确说明样本量的具体数字和研究队列的详细特征 | 研究剪接调控在白血病中的作用机制并探索治疗策略 | 成人和儿童急性髓系白血病(AML) | 生物信息学 | 白血病 | 长读长单细胞RNA测序 | 无监督计算方法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2025-10-06 |
Epitenon-derived cells comprise a distinct progenitor population that contributes to both fibrosis and regeneration following acute flexor tendon injury in a spatially-dependent manner
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.30.526242
PMID:36778469
|
研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了腱外膜来源细胞在肌腱损伤后同时参与纤维化和再生过程的空间依赖性作用 | 首次明确鉴定腱外膜作为重要的祖细胞群来源,这些细胞在肌腱损伤后同时参与纤维化和再生过程,具有空间依赖性特征 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索肌腱损伤后参与纤维化和再生过程的细胞群体及其作用机制 | 小鼠肌腱损伤模型和人类腱周瘢痕组织 | 单细胞生物学 | 肌腱损伤 | 遗传谱系追踪, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 小鼠肌腱损伤模型和人类瘢痕组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |