单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-21	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病自然病程中胰腺及胰腺淋巴结的炎症反应	首次在1型糖尿病胰腺和区域淋巴结中发现淋巴毒素-β特征，并整合单细胞RNA测序数据进行多尺度分析	样本来源仅限于人类组织，未涉及动物模型验证	揭示1型糖尿病发病机制中的组织特异性炎症特征	非糖尿病患者和具有高易感性的非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及胰腺淋巴结组织	数字病理学	1型糖尿病	空间转录组学(ST)，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	空间转录组数据	未明确说明具体样本数量（包含非糖尿病患者和高风险个体）
102	2025-06-21	Identification of core genes in acute kidney injury: evidence from multi-omics human transcriptomic data and in vivo models 2025-May-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2024-677 PMID:40529024	研究论文	通过整合多组学数据和实验验证，识别急性肾损伤（AKI）的核心基因并探索其机制	结合人类转录组数据和体内模型，识别出三个与AKI表型和临床肾脏参数显著相关的核心基因（EGF、VCAM1和SUGCT），并揭示了SUGCT在近端小管线粒体代谢和免疫平衡中的作用	样本量相对较小（67例AKI患者和20例对照），且仅在小鼠模型中进行了验证	识别AKI的核心基因并探索其机制，为诊断和治疗提供潜在靶点	急性肾损伤（AKI）患者和小鼠模型	生物信息学	急性肾损伤	转录组分析、WGCNA、CIBERSORT、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	nomogram模型	转录组数据	67例AKI患者和20例对照，以及小鼠模型
103	2025-06-21	Development of a prognostic model for overall survival in neuroblastoma based on Schwann cell-specific genes, clinical predictors, and MYCN amplification 2025-May-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-2048 PMID:40530123	研究论文	本研究开发了一个结合施万细胞特异性基因、临床因素和肿瘤微环境的神经母细胞瘤预后模型，以提高预测准确性和临床相关性	首次将施万细胞特异性基因与临床因素和肿瘤微环境结合，构建神经母细胞瘤预后模型	模型在测试集中的表现略低于训练集，可能需要更多数据验证	开发更准确的神经母细胞瘤总体生存预后模型	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq, WGCNA, UMAP, Cox回归分析	预后预测模型	基因表达数据, 临床数据	训练集238例, 测试集106例, 单细胞数据16例患者(160,910个细胞)
104	2025-06-21	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性及其临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗挑战的新视角	这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其影响	耳念珠菌	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
105	2025-06-21	3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.653559 PMID:40475416	研究论文	通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体	开发了一种新型3D器官样体模型，该模型同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程	未提及具体的样本量或实验重复次数	研究人脑发育和神经系统疾病中内皮细胞与神经细胞的相互作用	人iPSC衍生的胚胎体	干细胞与再生医学	神经系统疾病	scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理	3D器官样体模型	基因表达数据	NA
106	2025-06-21	Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.14.484332 PMID:40475517	研究论文	本文介绍了一种名为STORM-seq的新型单细胞总RNA测序技术，能够高效检测非编码转录本、全长RNA覆盖并解析转录本水平的复杂性	STORM-seq是一种使用标准实验室设备的随机六聚体引物、核糖体减少的单细胞总RNA测序协议，能够构建迄今为止复杂度最高的scRNA-seq文库，并准确测量单细胞中的转录异构体和临床相关基因融合	NA	开发一种高效的单细胞总RNA测序技术，以解决现有技术在检测非编码转录本、全长RNA覆盖和解析转录本复杂性方面的不足	单细胞中的总RNA，包括非编码转录本、转录异构体、基因融合、转座子元件(TEs)和增强子RNA(eRNAs)	基因组学	NA	sc-total-RNA-seq	NA	RNA测序数据	人类输卵管上皮细胞
107	2025-06-21	Pseudoassembly of k-mers 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.11.653354 PMID:40463286	研究论文	介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法	提出了一种名为klue的程序，能够将k-mers组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列	NA	识别基因组序列中的变异	小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据	基因组学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	NA	基因组序列	NA
108	2025-06-21	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-May-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系谱系，恢复能够支持黏膜愈合的巨噬细胞群体，并发现了CD患者造血干细胞（HSCs）的功能异质性	样本量较小（n=19），且研究结果主要基于小鼠异种移植模型，需进一步临床验证	理解SCT后免疫系统重建机制，探索SCT作为细胞疗法恢复免疫细胞功能的潜力	难治性克罗恩病成人患者（n=19）的血液和肠道样本及HSCs	细胞治疗	克罗恩病	CyTOF、scRNA-seq、小鼠异种移植模型	NA	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据	19例难治性CD患者
109	2025-06-21	Single-cell transcriptome atlas of spontaneous dry age-related macular degeneration in macaques 2025-May, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.028 PMID:40528953	研究论文	构建了老年非人灵长类动物自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的单细胞视网膜转录图谱，揭示了SD-AMD的分子机制	首次在非人灵长类动物模型中构建SD-AMD的单细胞转录图谱，并发现铁稳态破坏和铁死亡在SD-AMD发病中的作用	研究主要基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的分子机制	老年非人灵长类动物的视网膜组织	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	老年非人灵长类动物的视网膜组织样本
110	2025-06-20	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-May-24, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	研究论文	本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了衰老过程中细胞吞噬功能受损与COVID-19严重程度的关系	首次在老年小鼠模型中证实细胞吞噬功能受损与COVID-19严重程度相关，并揭示了相关分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究衰老如何影响COVID-19严重程度的免疫学机制	老年和年轻小鼠的肺部免疫反应	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	老年和年轻小鼠的肺部组织样本
111	2025-06-20	Exploring the immune environment of glioblastoma through single-cell RNA sequencing in humanized mouse models 2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.17.654526 PMID:40475625	研究论文	通过在人源化小鼠模型中进行单细胞RNA测序，探索胶质母细胞瘤的免疫环境	建立了一种独特的人源化胶质母细胞瘤小鼠模型，该模型利用患者来源的异种移植物（PDXs），并展示了与复发性人类胶质母细胞瘤相似的免疫细胞特征	模型仅使用了两种免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全代表所有人类免疫反应	研究胶质母细胞瘤的免疫环境，并评估新疗法，特别是免疫疗法	人源化小鼠模型中的胶质母细胞瘤患者来源的异种移植物（PDXs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	人源化小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	使用了两种免疫缺陷小鼠模型，并进行了人源化处理
112	2025-06-19	Insulin-Degrading Enzyme Regulates mRNA Processing and May Interact with the CCR4-NOT Complex 2025-05-28, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110792 PMID:40497968	研究论文	该研究探讨了胰岛素降解酶（Ide）在mRNA处理和蛋白质稳态中的潜在作用	发现Ide可能与CCR4-NOT复合体相互作用，共同调控基因表达	提出的模型是推测性的，需要进一步实验验证	阐明Ide在细胞生理学和蛋白质稳态中的更广泛功能	人和小鼠的胰岛细胞	分子生物学	NA	蛋白质组学、转录组学、邻近生物素化技术	NA	蛋白质组数据、转录组数据	NA
113	2025-06-19	Molecular Fingerprint of Endocannabinoid Signaling in the Developing Paraventricular Nucleus of the Hypothalamus as Revealed by Single-Cell RNA-Seq and In Situ Hybridization 2025-05-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110788 PMID:40497964	研究论文	通过单细胞RNA测序和原位杂交技术，揭示了小鼠下丘脑室旁核在发育过程中内源性大麻素信号传导的分子指纹	首次描述了内源性大麻素信号在下丘脑室旁核神经元发育过程中的纳米级结构，并提供了2-AG和AEA信号传导的时空图谱	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探索下丘脑室旁核在发育过程中内源性大麻素信号传导的分子机制	小鼠下丘脑室旁核的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、原位杂交、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	小鼠胎儿和出生后发育阶段的样本
114	2025-06-19	The cGAS/STING Pathway: Friend or Foe in Regulating Cardiomyopathy 2025-05-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110778 PMID:40497954	综述	本文综述了cGAS/STING信号通路在心肌病炎症调控中的关键作用及其潜在治疗靶点	整合了人类单细胞RNA测序数据和系统文献综述，识别了现有的分子干预措施并突出了有前景的治疗靶点	cGAS/STING通路在心肌病相关炎症中的精确分子机制仍不清楚且存在争议，未来研究需验证这些发现并促进其临床转化	探讨cGAS/STING信号通路在心肌病炎症调控中的作用及其潜在治疗策略	心肌病中的cGAS/STING信号通路	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	scRNA-seq数据和临床样本	公开可用的人类scRNA-seq数据和临床样本
115	2025-06-19	Dynamic Expression and Functional Implications of the Cell Polarity Gene, Dchs1, During Cardiac Development 2025-05-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110774 PMID:40497950	研究论文	本研究探讨了细胞极性基因Dchs1在心脏发育过程中的动态表达及其功能意义	首次生成了Dchs1-HA敲入小鼠模型，揭示了Dchs1在非心肌细胞系中的动态表达模式及其在细胞间通讯中的潜在作用	Dchs1在心脏发育中的具体分子机制尚未完全阐明	阐明Dchs1在心脏发育过程中的表达模式和功能	Dchs1基因及其在心脏发育中的作用	发育生物学	心血管疾病	免疫组化、Western blotting、单细胞转录组学	Dchs1-HA敲入小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织样本
116	2025-06-19	A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655666 PMID:40475598	研究论文	该研究构建了一个高分辨率的多模态人类成人肺部空间和表观基因组图谱，用于解析肺部疾病的易感空间区域	整合了单核RNA测序和染色质可及性测序技术，首次在单核分辨率下构建了人类肺部的高分辨率多模态图谱，并鉴定了新的转录调控因子	研究仅基于11名健康成年人的样本，可能无法完全代表肺部疾病的多样性	构建高分辨率的人类肺部参考图谱，以解析肺部疾病的发病机制	人类成人肺部组织	数字病理学	肺部疾病	snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光	NA	单核RNA测序数据、染色质可及性数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	49个肺部组织块，746,047个细胞核，来自11名健康成年人
117	2025-06-19	Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651101 PMID:40475445	研究论文	本研究优化了单细胞长读长测序协议，以提高胰腺胰岛中异构体的检测能力	优化了5'端文库制备协议，并展示了胰岛素转录本的靶向耗竭策略在提高信息读取检测中的效用	技术挑战包括读长不足和较高的错误率，以及高丰度转录本可能掩盖低丰度转录本的识别	优化单细胞长读长测序技术，以更准确地检测胰腺胰岛中的剪接变体	胰腺胰岛中的单细胞RNA	基因组学	糖尿病	单细胞长读长测序	NA	RNA序列数据	NA
118	2025-06-19	Tyrosinase in melanoma inhibits anti-tumor activity of PD-1 deficient T cells 2025-May-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02237-4 PMID:40375241	研究论文	该研究探讨了黑色素瘤中酪氨酸酶如何抑制PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤活性	首次发现酪氨酸酶在黑色素瘤中抑制T细胞的抗肿瘤活性，并通过CRISPR/Cas9技术敲除酪氨酸酶基因，揭示了其对肿瘤免疫微环境的影响	研究基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究黑色素瘤抵抗免疫治疗的分子机制	B16黑色素瘤模型和PD-1缺陷小鼠	肿瘤免疫学	黑色素瘤	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	B16黑色素瘤模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用小鼠模型进行研究
119	2025-06-18	Identification of an Immune-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Glioblastoma: Insights from Integrated Bulk and Single-Cell RNA Sequencing 2025-May-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111799 PMID:40507280	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并表征了与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征	开发了一个五基因特征的Macrophage-Associated Prognostic Signature (MAPS)，为胶质母细胞瘤的免疫生物学提供了新的见解，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点	研究未明确说明样本量大小及具体基因名称，可能影响结果的普适性	识别与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征	胶质母细胞瘤的免疫微环境	数字病理学	胶质母细胞瘤	批量和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
120	2025-06-18	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	本文探讨了使用条形码标记的单克隆胚胎体（EBs）作为解决嵌合体器官筛选中的混杂瓶颈问题的潜在方案	开发了一种可扩展的方案，通过单克隆来源和遗传条形码技术，提高了转录因子（TF）扰动效果的量化能力，并减少了EB分化过程中的克隆复杂性损失	研究结果在生物重复中不可重现，表明存在细胞瓶颈效应，限制了统计功效和嵌合体筛选的解释	加速基因组学与发育生物学交叉领域的发现，改进嵌合体器官筛选方法	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA