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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-05-30 |
Spatial transcriptomics highlights B cells as key contributors to a complete and durable response to chemo-immunotherapy in a patient with resectable NSCLC
2025-May-11, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011563
PMID:40350207
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研究论文 | 通过空间转录组学和多组学分析,揭示B细胞在可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫治疗完全持久应答中的关键作用 | 首次利用空间转录组学结合单细胞RNA测序和血清蛋白质组学,深入剖析单个患者的肿瘤免疫微环境,发现不同成熟状态的B细胞在肿瘤清除中的关键作用,并观察到三级淋巴结构的形成 | 该研究为单个病例报告,样本量有限,结论的普适性需更大规模研究验证 | 探索可切除非小细胞肺癌患者对新辅助化疗免疫治疗产生完全病理应答和持久无事件生存的分子机制 | 一名可切除非小细胞肺癌伴孤立同步脑转移患者的治疗前脑转移组织和治疗后原发肺肿瘤组织 | 数字病理学, 机器学习 | 非小细胞肺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 血清蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 1例患者的2个组织样本(治疗前脑转移组织和治疗后原发肺肿瘤组织)及血清样本 | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium空间转录组学平台, Illumina NovaSeq测序平台用于单细胞RNA测序 |
| 102 | 2026-05-30 |
Blocking LIF and PD-L1 enhances the antitumor efficacy of SBRT in murine PDAC models
2025-May-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010820
PMID:40341024
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research paper | 研究在胰腺导管腺癌模型中阻断LIF和PD-L1联合立体定向放射治疗(SBRT)的抗肿瘤效果 | 首次在胰腺癌模型中评估同时阻断LIF和PD-L1与SBRT三联疗法的抗肿瘤效应,并揭示其通过免疫刺激微环境增强CD8+ T细胞浸润和激活的机制 | 该研究仅基于小鼠原位胰腺肿瘤模型,缺乏对人类患者的验证;且未深入探讨长期系统性抗肿瘤记忆的维持机制 | 探讨LIF阻断联合标准治疗方案(如放疗和免疫检查点抑制剂)的潜力,重点评估三联疗法(SBRT+抗LIF+抗PD-L1)对胰腺肿瘤的疗效及免疫机制 | 小鼠原位胰腺肿瘤模型及肝再攻击模型中的肿瘤组织和免疫细胞 | machine learning | 胰腺导管腺癌(胰腺癌) | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, Luminex检测 | NA | 基因表达数据,免疫细胞图谱 | 多个小鼠原位胰腺肿瘤模型和肝再攻击模型 | Illumina, 10x Genomics | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | bulk RNA测序使用Illumina平台;单细胞RNA测序使用10x Chromium系统 |
| 103 | 2026-05-30 |
Combination of HDAC inhibition and cytokine enhances therapeutic HPV vaccine therapy
2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011074
PMID:40316302
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研究论文 | 评估HDAC抑制剂恩替诺特与免疫细胞因子NHS-IL12联合HPV疫苗PDS0101在HPV16阳性肿瘤模型中的抗肿瘤疗效 | 首次发现恩替诺特三联疗法(HPV疫苗+NHS-IL12+恩替诺特)在抗PD-1难治性HPV16阳性肿瘤模型中优于抗PD-1联合方案,并揭示其通过增强CD8+ T细胞浸润、细胞毒性和促进肿瘤相关巨噬细胞向M1样促炎表型分化的双重机制 | 该研究仅限于小鼠模型,缺乏临床患者数据验证;恩替诺特三联疗法的最佳剂量和给药方案尚未优化 | 探索HPV16特异性治疗性疫苗PDS0101联合肿瘤靶向免疫细胞因子NHS-IL12及HDAC抑制剂恩替诺特在HPV相关恶性肿瘤中的治疗潜力 | HPV16阳性、抗PD-1难治的TC-1和mEER小鼠肿瘤模型 | 机器学习 | HPV相关恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序、T细胞受体富集 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肿瘤样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序结合TCR富集 |
| 104 | 2026-05-29 |
MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656468
PMID:40502104
|
research paper | 提出了MIC-Drop-seq方法,将高通量基因破坏与多重单细胞RNA测序结合,用于斑马鱼胚胎的大规模表型分析 | 通过Multiplexed Intermixed CRISPR Droplets技术同时破坏50个转录调控因子,结合多重scRNAseq实现单细胞水平的大规模遗传筛选,能捕获细胞外效应并发现新功能 | NA | 开发可扩展的单细胞表型分析方法,用于大规模绘制脊椎动物胚胎基因功能图谱 | 斑马鱼胚胎中的50个转录调控因子突变体 | machine learning | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序(scRNAseq), 液滴微流控 | NA | RNA测序数据 | 1000个斑马鱼胚胎 | Illumina | 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 多重单细胞RNA测序与液滴微流控系统结合 |
| 105 | 2026-05-27 |
scE2EGAE: enhancing single-cell RNA-Seq data analysis through an end-to-end cell-graph-learnable graph autoencoder with differentiable edge sampling
2025-05-27, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00616-z
PMID:40426257
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研究论文 | 提出了一种名为scE2EGAE的端到端细胞图可学习图自编码器,通过可微分的边采样增强单细胞RNA-Seq数据分析 | 首次在训练过程中学习细胞图而非使用固定k近邻图,通过直通估计器和Gumbel-Softmax实现可微分边采样 | 未明确说明局限性 | 通过可学习的细胞图构建提升单细胞RNA-Seq数据下游分析性能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞关系和基因表达 | 机器学习 | NA | scRNA-Seq | 图自编码器(GAE) | 基因表达数据 | 八个公开的scRNA-Seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2026-05-27 |
Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease
2025-05-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558
PMID:39961646
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研究论文 | 探讨自体造血干细胞移植作为难治性克罗恩病细胞疗法的免疫修复后果 | 首次揭示造血干细胞移植通过作用于髓系细胞尤其是巨噬细胞来修复难治性克罗恩病患者的免疫系统,并发现克罗恩病中造血干细胞亚群存在未被认知的功能异质性 | 样本量较小(n=19),且为单中心研究,可能影响结果的普遍性 | 理解造血干细胞移植后免疫系统重建机制及其作为细胞疗法修复免疫细胞群体的潜力 | 难治性克罗恩病成人患者 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | 小鼠异种移植模型 | 单细胞转录组数据,细胞表型数据 | 19名活动性临床和内镜疾病且对现有治疗无效的克罗恩病成人患者 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞质谱流式 | NA | NA |
| 107 | 2026-05-23 |
D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.19.537364
PMID:37131803
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研究论文 | 介绍D-SPIN计算框架,利用多重单细胞RNA测序数据构建基因调控网络模型,揭示细胞扰动响应的组织原理 | 提出D-SPIN框架,能从数千种不同扰动条件下收集的单细胞mRNA测序数据中生成基因调控网络的定量模型,并揭示细胞命运决定的关键调控因子和药物响应机制 | 未明确提及 | 利用单细胞RNA测序数据构建基因调控网络定量模型,揭示细胞信息处理和生理控制原理 | 受扰动后的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 概率模型 | 基因表达数据 | 大规模Perturb-seq和药物响应数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2026-05-22 |
Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction
2025-May-20, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 揭示髓系脂肪酸代谢通过激活邻近造血干细胞促进射血分数保留的心力衰竭的机制 | 首次发现心肌代谢性HFpEF患者外周血造血干细胞升高,并阐明了髓系脂肪酸代谢通过Vcam1信号调控造血干细胞微环境的新机制 | NA | 阐明射血分数保留的心力衰竭(HFpEF)中先天性免疫反应及其因果机制 | 患者样本、小鼠模型中的造血干细胞、骨髓细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 质谱分析, 碳标记 | NA | 单细胞基因表达数据, 流式细胞术数据, 代谢数据 | 患者样本和小鼠模型(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2026-05-21 |
CO-Releasing Polyoxometalates Nanozyme with Gut Mucosal Immunity and Microbiota Homeostasis Remodeling Effects for Restoring Intestinal Barrier Integrity
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500116
PMID:40079617
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研究论文 | 本研究介绍了一种一氧化碳释放的多金属氧酸盐纳米酶(PMC),通过协同调节肠道黏膜免疫和微生物群稳态修复肠道屏障,用于治疗炎症性肠病 | 首次将一氧化碳释放与多金属氧酸盐纳米酶结合,实现靶向积累、活性氧清除及响应性一氧化碳释放的多重治疗效果,并通过单细胞RNA测序揭示其调控巨噬细胞极化和肠道干细胞Notch通路的机制 | 未提及具体局限性 | 开发一种具有肠道屏障修复能力的多功能纳米酶用于炎症性肠病治疗 | 炎症性肠病患者及溃疡性结肠炎模型小鼠 | 机器学习 | 炎症性肠病,溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序 | 10x Chromium, NA | NA |
| 110 | 2026-05-20 |
Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure
2025-May-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095
PMID:40315846
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,解析儿童高级别胶质瘤的免疫景观,揭示治疗压力下细胞状态的变化 | 首次全面分析儿童高级别胶质瘤的免疫微环境,比较成人与儿童之间的差异,并探索化疗/放疗和免疫检查点抑制治疗后的免疫微环境变化 | 未提供具体局限性信息 | 分析儿童高级别胶质瘤的免疫景观,探究治疗压力下免疫细胞状态变化 | 儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞 | 数字病理学 | 儿童高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 来自儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的配对样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, 空间转录组学分析 |
| 111 | 2026-05-20 |
Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653878
PMID:40463198
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示I型干扰素信号强度对CAR T细胞治疗效果的影响,并提出低强度IFN-I信号增强治疗的新策略 | 首次发现低强度I型干扰素信号可增强CAR T细胞细胞毒性和体内疗效,且与共刺激域类型无关,具有临床转化可行性 | 研究样本量较小(8例患者),且未在其他淋巴瘤亚型或实体瘤中进行验证 | 探索影响CAR T细胞治疗弥漫大B细胞淋巴瘤疗效的分子决定因素,并开发增强策略 | 8例复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例患者的输注产品 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'测序平台 |
| 112 | 2026-05-19 |
Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing
2025-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040
PMID:40139473
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示健康人膝关节不同部位韧带的成纤维细胞异质性 | 首次建立健康人膝关节不同部位韧带的全面细胞图谱,并发现与解剖位置相关的三种成纤维细胞亚群及FTH1/FTL_SCARA5信号通路 | 未明确提及局限性 | 研究健康膝关节不同部位韧带的细胞组成和成纤维细胞异质性 | 15名健康受试者膝关节不同部位的韧带组织 | 单细胞组学 | 膝关节韧带疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 15名健康受试者,约106,077个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2026-05-17 |
Engineering sonogenetic EchoBack-CAR T cells
2025-May-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.035
PMID:40179881
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研究论文 | 利用超声遗传学技术构建EchoBack-CAR T细胞,通过聚焦超声刺激实现CAR的持续表达,用于实体肿瘤治疗 | 首次设计超声响应型EchoBack-CAR T细胞,利用超灵敏热休克启动子和CAR信号正反馈回路实现长效表达,并通过聚焦超声刺激精准调控 | 未提及 | 开发一种通用、高效且安全的实体肿瘤治疗策略 | EchoBack-CAR T细胞及其靶向GD2或PSMA的变体 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤,前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 114 | 2026-05-17 |
Rorγt-positive dendritic cells are required for the induction of peripheral regulatory T cells in response to oral antigens
2025-May-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.03.020
PMID:40185101
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研究论文 | 本文通过开发一种特异性删除Rorc基因顺式调控元件的小鼠,发现RORγt阳性树突状细胞对于口服抗原诱导外周调节性T细胞是必需的,而ILC3则无此作用 | 首次通过基因编辑手段特异性缺失RORγt阳性树突状细胞,明确区分了其在pTreg诱导中的独特作用,并发现RORγt DC与ILC3共享淋巴样起源 | 未明确指出局限性 | 阐明RORγt抗原呈递细胞在外周调节性T细胞诱导及口服耐受维持中的作用 | RORγt阳性树突状细胞和3型固有淋巴样细胞 | 机器学习和数字病理不适用,应归类为免疫学或细胞生物学 | 食物过敏、炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、谱系追踪 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 基因修饰小鼠模型,具体数目未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序平台,具体配置未详述 |
| 115 | 2026-05-17 |
Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection
2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202403195R
PMID:40322970
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研究论文 | 通过血浆脂质代谢物分析和PBMCs转录组测序,揭示脂质介质与DNA损伤通路在SARS-CoV-2感染严重程度中的相关性 | 首次系统揭示花生四烯酸(AA)和二十碳五烯酸(EPA)等促炎脂质介质与WHO疾病严重程度评分的正相关关系,并发现EPA水平与高评分患者细胞周期和DNA损伤通路的激活相关 | 样本量较小(10例感染和10例未感染患者),需要更大样本验证;鼻拭子scRNA-seq数据集为已有公开数据,可能未完全匹配本研究的患者群体 | 探究遗传因素和脂质代谢物与重型SARS-CoV-2感染之间的关联机制 | COVID-19患者和健康对照者的血浆、PBMCs和鼻拭子样本 | 自然语言处理 | 呼吸道病毒感染 | bulk RNA-seq、总脂肪酸面板分析、Mann-Whitney U检验、Ontology/KEGG/Reactome通路分析 | NA | 基因表达数据、脂质代谢物数据 | 10例感染和10例未感染患者用于RNA-seq和脂质分析;58例健康与COVID-19参与者用于鼻拭子基因表达研究 | NA | bulk RNA-seq、scRNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2026-05-17 |
Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting
2025-May-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011
PMID:40378829
|
综述 | 综述了RNA聚合酶II通过再起始和爆发式转录调控的最新研究进展 | 整合活细胞成像和单细胞转录组学数据,提出RNAPII再起始和爆发式转录作为基因调控的普遍现象,并聚焦于分子机制和未解问题 | 未提供具体实验数据,主要基于现有文献总结,可能忽略某些研究细节 | 探讨RNAPII爆发式转录的调控策略及其在健康和疾病中的意义 | 真核细胞中RNA聚合酶II的转录调控过程 | 自然语言处理 | NA | 活细胞成像、单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2026-05-17 |
Angiotensin-Converting Enzyme-Dependent Intrarenal Angiotensin II Contributes to CTP: Phosphoethanolamine Cytidylyltransferase Downregulation, Mitochondrial Membranous Disruption, and Reactive Oxygen Species Overgeneration in Diabetic Tubulopathy
2025-05, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1089/ars.2024.0637
PMID:39495586
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研究论文 | 该研究探讨了血管紧张素转换酶依赖性肾内血管紧张素II在糖尿病肾小管病变中导致线粒体膜破坏、活性氧过度生成和CTP:磷酸乙醇胺胞苷酰转移酶下调的作用 | 首次揭示了ACE依赖性肾内AngII通过破坏线粒体膜稳态和下调PCYT2导致糖尿病肾小管损伤的新机制,为ACEI联合治疗提供新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类样本中验证;仅部分改善效果,未完全逆转损伤 | 探究ACE依赖性肾内AngII在糖尿病肾小管病变中对线粒体膜稳态和ROS生成的影响 | 高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠模型 | 生物信息学 | 糖尿病肾病, 肾小管病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | 小鼠模型,具体数量未在标题和摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于肾小管单细胞RNA测序分析PCYT2富集 |
| 118 | 2026-05-16 |
Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning
2025-05-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae537
PMID:39361430
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研究论文 | 通过机器学习探索系统性红斑狼疮合并EB病毒感染患者的遗传和免疫细胞动态变化 | 首次利用机器学习识别出IFI27作为SLE合并EBV感染的关键基因,并结合单细胞RNA测序揭示其在CD4 CTL和B细胞亚群中的表达模式 | 未提供具体局限性信息 | 识别SLE合并EBV感染患者中的关键基因和免疫细胞 | 系统性红斑狼疮合并EB病毒感染患者 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来源于GEO数据库的多个数据集(GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918) | NA | NA | NA | NA |
| 119 | 2026-05-16 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies APOC1 as a biomarker and therapeutic target for G0/G1 cell cycle arrest in cholangiocarcinoma
2025-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111028
PMID:40064358
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research paper | 通过整合单细胞和批量RNA测序,确定了APOC1作为胆管癌G0/G1细胞周期阻滞的生物标志物和治疗靶点 | 首次识别APOC1为胆管癌G0/G1期阻滞的特征基因,并利用单细胞RNA测序验证其表达峰与细胞周期的关联 | NA | 探索胆管癌中诱导G0/G1期阻滞的分子机制以及鉴定G0/G1期特征生物标志物 | 胆管癌细胞 | machine learning | 胆管癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2026-05-15 |
Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease
2025-May-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019
PMID:40311614
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研究论文 | 通过直接替换小胶质细胞,揭示脑巨噬细胞在单基因神经系统疾病中的病理和治疗作用 | 首次通过单细胞测序揭示Krabbe病中干扰素反应特征和小胶质细胞失调,并利用直接CNS单核细胞注射实现高效小胶质细胞替换,证明该疗法可显著改善疾病 | 主要在动物模型中进行,临床转化需进一步验证安全性和有效性 | 阐明巨噬细胞在Krabbe病病理和治疗中的具体角色,探索直接小胶质细胞替换的潜在治疗价值 | Krabbe病(球细胞脑白质营养不良)模型小鼠(twitcher小鼠)及人类脑标本 | 机器学习 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 动物模型(twitcher小鼠)及人类脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |