单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 867 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-07-08 |
Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.21.655347
PMID:40501697
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面分析酒精使用障碍患者的免疫细胞比例和基因表达差异，并强调了性别和剂量依赖的免疫细胞功能改变 | 研究仅针对外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型 | 更好地表征酒精使用障碍中的免疫失调 | 酒精使用障碍患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 酒精使用障碍 | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 酒精使用障碍患者和健康对照者的PBMCs样本 |
| 102 | 2025-07-07 |
Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656393
PMID:40502193
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研究论文 | 该研究通过多组学分析揭示了唐氏综合征患者肝脏代谢的广泛变化 | 首次在唐氏综合征中发现胆汁酸水平升高和肝脏功能障碍的蛋白质特征，并通过小鼠模型验证了这些发现 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证需要进一步扩大 | 探究唐氏综合征对肝脏代谢的影响 | 唐氏综合征患者和小鼠模型 | 代谢组学 | 唐氏综合征 | 多组学分析、RNA测序、单细胞转录组学 | Dp16小鼠模型 | 血浆样本、RNA测序数据 | 400多人的血浆样本和小鼠模型 |
| 103 | 2025-07-07 |
Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma
2025-May-29, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024781
PMID:39912779
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学鉴定了线粒体酪蛋白水解蛋白酶（CLPP）在多发性骨髓瘤中的过度表达及其与不良预后的关联，并探讨了CLPP抑制剂的治疗潜力 | 首次发现CLPP在多发性骨髓瘤中的关键作用，并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证 | 探索多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找新的治疗靶点 | CD138+肿瘤性浆细胞与正常浆细胞的比较 | 肿瘤生物学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量，但包括新诊断和复发/难治性患者样本 |
| 104 | 2025-07-07 |
Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data
2025-May-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009
PMID:39963994
|
研究论文 | 介绍了一个名为Deconer的全面评估工具包，用于评估基于参考的去卷积方法在基因表达数据中的应用 | 提供了首个全面的评估工具包Deconer，用于系统比较16种基于参考的去卷积方法，并提供了多种可视化界面和数据集 | 未提及具体的局限性 | 评估和改进基于参考的去卷积方法在细胞类型去卷积分析中的性能 | 基因表达数据，包括批量测序和单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 |
| 105 | 2025-07-06 |
High-Resolution Spatial Map of the Human Facial Sebaceous Gland Reveals Marker Genes and Decodes Sebocyte Differentiation
2025-May-29, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.041
PMID:40449655
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研究论文 | 本研究通过整合Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序和多重误差稳健FISH验证，对人类皮脂腺进行了全面的分子分析，揭示了皮脂细胞分化的四个不同阶段及其独特的基因标记 | 首次提供了人类皮脂腺的高分辨率空间图谱，揭示了皮脂细胞分化的动态复杂过程以及之前未报道的基因标记 | 研究主要基于人类样本，但未涉及与其他物种（如小鼠）的直接比较，可能限制了对物种间差异的理解 | 深入理解人类皮脂腺的细胞和分子机制，为皮脂腺相关疾病（如痤疮）的治疗提供理论基础 | 人类皮脂腺及其皮脂细胞分化过程 | 空间转录组学 | 痤疮、脂溢性皮炎、脱发 | Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序、多重误差稳健FISH | NA | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA |
| 106 | 2025-07-06 |
Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement
2025-May-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv1159
PMID:40378222
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research paper | 该研究通过比较三种刺胞动物幼虫的转录组和单细胞RNA测序数据，揭示了幼虫前端（aboral）细胞类型的共同特征和谱系特异性，并发现牛磺酸在调控幼虫定居中的抑制作用 | 首次整合多物种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据，鉴定aboral端保守细胞类型特征，并发现牛磺酸代谢在定居调控中的新功能 | 研究仅涵盖三种刺胞动物物种，结论在其他类群中的普适性有待验证 | 解析刺胞动物幼虫定居行为的细胞与分子调控机制 | 水母（Clytia）和珊瑚（Acropora、Pocillopora）的浮浪幼虫 | evolutionary developmental biology | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析 | NA | RNA测序数据 | 三种刺胞动物幼虫样本 |
| 107 | 2025-07-06 |
Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement
2025-May, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-025-01581-3
PMID:39893595
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研究论文 | 研究机械转导对正畸牙齿移动过程中牙周韧带基因表达变化的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了Mkx在牙周韧带中的表达及其在机械刺激下的功能 | 研究主要基于大鼠模型，人类样本数据较少 | 探讨Mkx在牙周韧带机械转导中的作用及其对骨重塑的影响 | 大鼠和人类牙周韧带细胞 | 分子生物学 | 牙科疾病 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | NA | 基因表达数据 | 野生型大鼠牙周韧带细胞及人类牙周韧带细胞 |
| 108 | 2025-07-05 |
Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial
2025-May, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00940-3
PMID:40251398
|
research paper | 该研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性 | 首次在临床试验中使用4-1BB和CD3ζ信号内域的CD19特异性CAR-NK细胞治疗B细胞淋巴瘤，并展示了其安全性和治疗效果 | 样本量较小（8名患者），且未达到最大耐受剂量 | 评估CD19-BBz CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和治疗效果 | 难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者 | 癌症免疫治疗 | 大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序分析 | CAR-NK细胞疗法 | 临床数据 | 8名患者 |
| 109 | 2025-07-04 |
Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612512
PMID:39314489
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研究论文 | 本研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的功能 | 首次系统研究了心脏成纤维细胞与心肌细胞、血管内皮细胞在发育过程中的相互作用，并确定了胶原信号通路的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育可能存在差异；长期成纤维细胞消融的补偿机制需要进一步研究 | 探究心脏成纤维细胞在心肌和冠状血管发育中的作用机制 | 小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, RNA染色, Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同发育阶段的小鼠心脏组织样本 |
| 110 | 2025-07-04 |
Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia
2025-May-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115618
PMID:40279247
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研究论文 | 本文研究了m6A甲基转移酶复合物中的METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的作用 | 揭示了METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的新功能，并发现其在阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者中的上调 | 研究主要基于体外和动物模型，人类组织样本的验证仍需进一步扩大 | 探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制 | 人类小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者的死后组织 | 神经科学 | 阿尔茨海默病, 帕金森病, 路易体痴呆 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 人类死后组织样本及体外细胞模型 |
| 111 | 2025-07-04 |
A multi-kingdom genetic barcoding system for precise clone isolation
2025-May-21, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02649-1
PMID:40399693
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研究论文 | 介绍了一种多界遗传条形码系统CloneSelect，用于从复杂细胞群中精确分离目标克隆 | 开发了CloneSelect系统，通过CRISPR碱基编辑技术触发目标克隆表达报告基因以实现分离，适用于多种细胞类型 | 未提及该系统在临床应用中的效果或可能存在的技术障碍 | 开发一种能够从复杂细胞群中精确分离目标克隆的技术 | 人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞 | 基因工程 | NA | CRISPR碱基编辑、单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据 | 多种细胞类型（人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞） |
| 112 | 2025-07-04 |
MALADAPTIVE IMMUNE-FIBROTIC AXIS DRIVES IMPAIRED LONG BONE REGENERATION UNDER MECHANICAL INSTABILITY
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564177
PMID:37961650
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research paper | 该研究通过工程化小鼠延迟愈合模型，探讨了机械不稳定性如何通过免疫-纤维化轴影响长骨再生 | 开发了一种可调谐髓内钉小鼠模型，模拟人类肥大性骨不连，揭示了机械不稳定性如何通过免疫-基质细胞相互作用驱动病理过程 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究机械不稳定性对骨折愈合的影响及其免疫学机制 | 小鼠长骨骨折模型 | 骨再生医学 | 骨折愈合障碍 | 空间转录组学、系统免疫分析 | 多变量建模 | 基因表达数据、生物力学数据 | 未明确说明具体样本量的小鼠实验 |
| 113 | 2025-07-04 |
scTsI: an effective two-stage imputation method for single-cell RNA-seq data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf298
PMID:40579791
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research paper | 提出了一种名为scTsI的两阶段插补方法，用于处理单细胞RNA-seq数据中的丢失事件 | scTsI通过两阶段插补算法，保持高表达值不变，避免引入新噪声，并支持稀疏矩阵输入以加速插补过程 | 在处理高丢失率数据、不同类型数据及针对各种下游分析时，现有方法性能可能低于预期 | 减轻单细胞RNA-seq数据中丢失事件对下游分析的影响 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | ridge regression | 基因表达数据 | 多种模拟和真实数据 |
| 114 | 2025-07-02 |
Correction to: ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf337
PMID:40580031
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 115 | 2025-07-04 |
DeepExDC interprets genomic compartmentalization changes in single-cell Hi-C data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf301
PMID:40581982
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研究论文 | 提出了一种名为DeepExDC的可解释一维卷积神经网络，用于在单细胞Hi-C数据中进行基因组区室差异分析 | DeepExDC无需任何分布假设和差异模式限制，能够解释跨多个条件的基因组区室变化，且在模拟和实验数据中显示出更高的准确性 | 单细胞水平上的区室化变化计算分析领域尚处于起步阶段 | 开发一种方法用于单细胞Hi-C数据中的基因组区室差异分析 | 单细胞Hi-C数据 | 基因组学 | NA | scHi-C, scRNA-seq, scATAC-seq | 1D CNN | 基因组数据 | 模拟和实验scHi-C数据 |
| 116 | 2025-07-04 |
Computational modeling of single-cell dynamics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf305
PMID:40586321
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综述 | 本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法及其在理解生命机制和疾病治疗中的应用 | 概述了单细胞动态数据整合与分析的最新算法进展，并讨论了生物技术和人工智能算法在探索复杂生命过程中的前沿发展 | 未提及具体算法的性能比较或实际应用中的具体限制 | 探讨单细胞动态数据的计算建模方法及其在生物医学研究中的应用 | 单细胞动态数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞动态数据 | NA |
| 117 | 2025-07-04 |
An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf247
PMID:40586320
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研究论文 | 本文提出了一种基于单调深度学习框架的保留顺序的批次效应校正方法 | 该方法首次在批次效应校正中引入了保留顺序的特性，通过单调深度学习网络实现 | 未提及具体的计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现 | 开发一种能够保留基因表达顺序的批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 单调深度学习网络 | 基因表达数据 | NA |
| 118 | 2025-07-03 |
iGTP: learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf296
PMID:40551620
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研究论文 | 本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制 | iGTP框架能够建模转录程序空间的重要性以及不同生物状态间的蛋白质-蛋白质相互作用，提供了生物意义明确的潜在空间表示 | 未明确提及具体限制 | 开发可解释的深度学习模型以揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 变分自编码器(VAE), 图神经网络(GNN), 潜在扩散模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 119 | 2025-07-02 |
Potential Key Genes for Giant Cell Arteritis Revealed Based on Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization Analysis
2025-May-09, International archives of allergy and immunology
IF:2.5Q3
DOI:10.1159/000546323
PMID:40349694
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别了与巨细胞动脉炎(GCA)相关的三个关键基因，并探讨了其潜在致病机制 | 首次整合单细胞RNA测序、表达数量性状位点和全基因组关联研究数据，采用两样本孟德尔随机化方法探索CD4+ T细胞中标记基因对GCA发展的因果效应 | 研究结果需要进一步实验验证，且样本量和种族多样性可能有限 | 识别与GCA相关的关键基因并探索潜在致病机制 | 巨细胞动脉炎(GCA)患者 | 生物信息学 | 巨细胞动脉炎 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 表达数量性状位点分析, 全基因组关联研究 | 两样本孟德尔随机化模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 未明确说明样本数量 |
| 120 | 2025-07-02 |
Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf277
PMID:40545244
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研究论文 | 本文提出了一种名为Perturb-STNet的新框架，用于识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络 | Perturb-STNet结合了基于网络的时空模型，能够量化复杂多细胞或多组织系统中的动态影响，特别是在具有时空分辨率的单细胞数据中 | NA | 识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络 | 单细胞数据，包括上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据以及结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据 | 数字病理学 | 肺癌, 黑色素瘤, 结肠炎 | CODEX单细胞成像, MERFISH空间转录组 | 网络模型, 时空模型 | 单细胞数据, 时空数据 | 合成数据、上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据、结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据 |