单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-17	Mechanisms of Sepsis from a Metabolic Immunology Perspective: A Bidirectional Mendelian Randomization and Single-Cell Sequencing Study of CD39+ Cells 2025-May-27, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002633 PMID:40663487	研究论文	该研究通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，探讨了CD39+细胞在脓毒症发病机制中的代谢免疫学作用	首次整合双向孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了CD39+CD8+T细胞通过代谢中间体如硫酸雄酮促进脓毒症进展的新机制	研究样本量相对有限，且仅分析了特定数据库的单细胞数据	阐明免疫表型与代谢物在脓毒症发病中的相互作用机制	脓毒症患者和对照组的免疫细胞及代谢物	代谢免疫学	脓毒症	双向孟德尔随机化(MR), 单细胞转录组测序	NA	基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据	11,643例脓毒症病例, GSE167363数据库的脓毒症与对照样本
82	2025-07-17	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652873 PMID:40463189	研究论文	本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次对中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化进行了全面研究	研究仅局限于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和中老年小鼠群体
83	2025-07-16	Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471 PMID:40333990	研究论文	该研究开发了一种名为OncoSplice的无监督计算工作流程，用于全面定义肿瘤分子景观，特别是在急性和儿童急性髓系白血病（AML）中	发现了一种在缺乏特定突变的情况下，广泛剪接失调作为异质性白血病治疗靶点的新见解	研究主要集中在AML，对其他类型癌症的适用性尚不明确	探索剪接失调在癌症中的作用，特别是在无剪接因子突变的情况下	成人和儿童急性髓系白血病（AML）	数字病理学	白血病	长读单细胞RNA测序	OncoSplice（无监督计算工作流程）	RNA测序数据	跨多个AML队列的成人和儿童样本
84	2025-07-16	Epitenon-derived cells comprise a distinct progenitor population that contributes to both fibrosis and regeneration following acute flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.30.526242 PMID:36778469	研究论文	本研究揭示了腱外膜细胞在肌腱急性损伤后的纤维化和再生过程中的重要作用	首次确定腱外膜细胞是肌腱损伤后纤维化和再生的重要细胞来源，并通过单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术进行了验证	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肌腱损伤后纤维化和再生过程中的关键细胞群体	小鼠和人类肌腱组织	组织再生	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	小鼠肌腱损伤模型	基因表达数据、组织学图像	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类瘢痕组织样本
85	2025-07-16	Single-cell and spatial analyses reveal the effect of VSIG4+S100A10+TAMs on the immunosuppression of glioblastoma and anti-PD-1 immunotherapy 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142415 PMID:40127797	研究论文	本研究通过单细胞和空间分析揭示了VSIG4+S100A10+TAMs对胶质母细胞瘤免疫抑制及抗PD-1免疫疗法的影响	首次证明VSIG4S100A10TAM是胶质母细胞瘤不良预后的独立预测指标，并在对抗PD-1免疫疗法无反应的患者中显著积累	研究样本量有限（16例患者样本），可能需要更大规模的验证	探索巨噬细胞对免疫疗法效果的影响，以改善胶质母细胞瘤的治疗效果	胶质母细胞瘤相关的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, 多重免疫荧光（mIF）	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据, 流式细胞数据, 免疫荧光图像	16例患者样本
86	2025-07-15	Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis 2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652535 PMID:40654739	研究论文	本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法，用于识别抗原特异性T细胞受体（TCR），并应用于结核病（TB）患者和健康个体的研究	开发了PDI-TCR方法，结合细胞扩增、TCR测序和统计分析，能够区分抗原特异性TCR与非特异性旁观者激活的TCR	未提及具体样本量限制或技术局限性	识别和监测抗原特异性T细胞，研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型	结核病患者和结核分枝杆菌（Mtb）致敏的健康个体的T细胞	免疫学	结核病	PDI-TCR检测、单细胞RNA测序	NA	TCR序列数据、单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
87	2025-07-15	Integrated single cell spatial multi-omics landscape of WHO grades 2-4 diffuse gliomas identifies locoregional metabolomic regulators of glioma growth 2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651361 PMID:40654923	研究论文	本研究通过整合单细胞空间多组学数据，揭示了WHO 2-4级弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢调控因子及其与肿瘤生长的关系	首次整合空间转录组学、成像质谱细胞术和质谱成像技术，揭示了胶质瘤边缘与核心区域的代谢差异及其与细胞状态的关系	样本量相对有限，且仅针对特定WHO分级的胶质瘤进行研究	探索弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢依赖性及其与肿瘤恶性行为的关系	WHO 2-4级弥漫性浸润性胶质瘤患者肿瘤组织的核心和边缘区域	数字病理学	胶质瘤	空间转录组学(stRNAseq)、成像质谱细胞术(IMC)、质谱成像(MSI)	NA	空间转录组数据、代谢组数据、蛋白质组数据	WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者(包括IDH突变型少突胶质细胞瘤和IDH野生型星形细胞瘤)
88	2025-07-15	A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.02.651907 PMID:40654841	research paper	提出一个名为SPLISOSM的计算框架，用于从空间转录组数据中检测异构体分辨率模式	SPLISOSM利用多元测试考虑点和异构体水平的依赖性，在稀疏数据上表现出稳健且理论基础的性能	未明确提及具体限制	研究转录多样性的空间协调及其调控机制	小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤	computational biology	neuropsychiatric disorders, glioblastoma	spatial transcriptomics	multivariate statistical modeling	spatial transcriptomics data	小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤样本
89	2025-07-15	INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.02.651831 PMID:40654897	研究论文	开发了一种名为INLAomics的多变量层次贝叶斯框架，用于整合空间转录组学和基于抗体的蛋白质组学数据	INLAomics通过利用组织学特征和从空间转录组数据推断的潜在空间因素，克服了现有方法忽视空间背景、可解释性差和可扩展性挑战的问题	未明确提及具体局限性	解决空间多组学数据整合中的可扩展性和可解释性问题	空间转录组学和抗体蛋白质组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学、抗体蛋白质组学	多变量层次贝叶斯框架	空间多组学数据	多样本数据集（未明确数量）
90	2025-07-15	CRISPRi perturbation screens and eQTLs provide complementary and distinct insights into GWAS target genes 2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.05.651929 PMID:40654604	研究论文	本文通过系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别与血细胞性状相关的基因调控方面的结果，揭示了这两种方法的互补性和独特性	首次系统比较了CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果，揭示了它们在基因调控研究中的互补性	研究主要关注血细胞性状相关的基因组区域，结果可能不适用于其他性状或疾病	比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果	与血细胞性状相关的数百个基因组区域	基因组学	NA	CRISPRi扰动筛选，单细胞转录组测序，eQTL分析	NA	基因组数据，转录组数据	数百个与血细胞性状相关的基因组区域
91	2025-07-15	Cross-species analysis of experimental PH at single cell resolution reveals prominent contributions Ednrb + EC and Dhcr24 + macrophage populations 2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651587 PMID:40655025	研究论文	本研究通过单细胞分辨率分析实验性肺动脉高压（PH）的跨物种关系，揭示了Ednrb+内皮细胞和Dhcr24+巨噬细胞亚群的重要贡献	发现了一种新型Dhcr24高表达巨噬细胞亚群，以及Ednrb+和Nox2+内皮细胞亚群，这些亚群在多种PH模型中一致增加，并可能通过特定信号通路参与人类疾病	研究主要基于动物模型和有限的人类数据，可能需要进一步验证这些发现在更广泛的人类PH患者中的普遍性	阐明实验性PH动物模型与人类疾病在单细胞水平上的关系	小鼠、大鼠的PH模型以及人类特发性肺动脉高压（IPAH）患者	数字病理学	肺动脉高压	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	多种PH模型动物（缺氧或Sugen/缺氧处理的小鼠、野百合碱处理的大鼠）及对照组的肺组织样本，整合了人类肺细胞图谱（HLCA）和IPAH单细胞数据集
92	2025-07-15	Overexpression of Meis factors in late-stage retinal progenitors yields complex effects on temporal patterning and neurogenesis 2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.01.651492 PMID:40654906	research paper	研究Meis1和Meis2转录因子在小鼠视网膜祖细胞晚期阶段对时间模式和神经发生的影响	揭示了Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的不同作用，尽管它们不足以完全重编程这些细胞	未能完全重编程晚期祖细胞，且对早期出生细胞类型的诱导效果有限	探究Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的作用及其对时间模式和神经发生的影响	小鼠视网膜祖细胞	发育生物学	NA	电穿孔和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
93	2025-07-15	Data standards for single-cell RNA-sequencing of paediatric cancer 2025-May, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.70033 PMID:40416408	研究论文	本文系统评估了公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集，提出了改进数据存储实践的建议框架	首次系统评估儿科癌症scRNA-seq数据的公开可用性，并提出标准化数据存储实践的建议框架	研究仅关注儿科癌症领域，未涉及其他疾病类型的scRNA-seq数据	提高公共存储库中scRNA-seq数据集的有效利用，加速儿科癌症研究	公开可用的儿科癌症scRNA-seq数据集	生物信息学	儿科癌症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	488个临床样本，超过130万个细胞
94	2025-07-15	Heterochronic transcription factor expression drives cone-dominant retina development in 13-lined ground squirrels 2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.25.650540 PMID:40654702	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了13线地松鼠锥体主导视网膜发育的分子机制	发现13线地松鼠锥体光感受器不仅来源于早期神经源性祖细胞，还来源于晚期神经源性祖细胞，这一现象由转录因子表达的异时性变化驱动	未明确说明研究中使用的样本数量，且部分转录因子名称未在摘要中完整列出	探索锥体主导视网膜发育的调控基础	13线地松鼠的视网膜发育过程	发育生物学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NA
95	2025-07-13	Insights into human melanocyte development and characteristics through pluripotent stem cells combined with single-cell sequencing 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112373 PMID:40641554	研究论文	通过多能干细胞结合单细胞测序技术，研究人类黑色素细胞的发育过程及其特性	利用人类多能干细胞和单细胞测序技术，揭示了黑色素细胞发育过程中的细胞异质性、动态变化及信号通路相互作用	研究主要依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内黑色素细胞的发育环境	探索人类黑色素细胞的发育过程及其特性，为色素相关疾病的研究提供新工具	人类多能干细胞衍生的黑色素细胞及正常人类黑色素细胞	发育生物学	色素相关疾病	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
96	2025-07-13	Humanized mouse model reveals T cell ANXA2 as a potential therapeutic target in ischemic stroke 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112302 PMID:40641552	研究论文	本研究通过建立人源化小鼠模型，探索了缺血性中风后T细胞的分子机制，并识别了潜在的治疗靶点ANXA2	首次使用人源化小鼠模型研究中风后T细胞变化，并发现ANXA2作为潜在治疗靶点	研究结果尚未在人体临床试验中得到验证	探索缺血性中风后T细胞的分子机制并寻找潜在治疗靶点	人源化小鼠模型和人类缺血性脑组织及外周血	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	人源化小鼠模型	基因表达数据	人源化小鼠模型和人类组织样本
97	2025-07-13	Integrative single-cell transcriptomics of sheep ovarian development reveals dynamic transcriptional programs relevant to reproductive traits 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112422 PMID:40641558	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组学技术，揭示了绵羊卵巢发育过程中的动态转录程序及其与生殖特性的相关性	首次在绵羊卵巢发育的关键阶段（产前、青春期前、青春期后和成年期）进行了单细胞转录组分析，并识别了九种主要细胞类型及其动态基因表达模式	研究仅基于转录组数据，未进行功能验证实验	探索绵羊卵巢发育的转录动态及其与人类生殖生物学和疾病的相关性	绵羊卵巢组织	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	61,649个单细胞转录组，覆盖产前（E90）、青春期前（M3）、青春期后（M6）和成年期（Y2, Y4）四个关键发育阶段
98	2025-07-12	Single-cell RNAseq of Angiotensin II-induced abdominal aortic tissue identifies aneurysm-associated cell clusters in C57BL/6J mice 2025-05-28, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20241235 PMID:40440080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究血管紧张素II诱导的腹主动脉组织中与动脉瘤相关的细胞群	识别出一种由内皮细胞转化的特殊细胞群（恶性ECs），并发现Cxcl12-Cxcr4/Ackr3轴可能在AAA形成中发挥作用	研究仅基于C57BL/6J小鼠模型，未在人类样本中验证	探究腹主动脉瘤（AAA）形成过程中特定细胞群的作用	C57BL/6J小鼠的腹主动脉组织	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	不同年龄和不同血管紧张素II剂量的C57BL/6J小鼠，具体数量包括14周龄（未形成AAA）、20周龄（21只中有6只形成AAA）和32周龄（7只中有4只形成AAA）
99	2025-07-11	Single-cell transcriptome analysis revealed critical causative candidates for down syndrome-related lung diseases 2025-May-30, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.05.009 PMID:40451386	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了唐氏综合征相关肺部疾病的关键致病候选因素	使用Dp16小鼠模型和单细胞转录组技术，首次揭示了APP相关相互作用增加、MHC-II信号增强等与唐氏综合征相关肺部疾病的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索21号染色体三体如何导致唐氏综合征相关的肺部疾病	Dp16小鼠模型（含有人类21号染色体同源区域的小鼠16号染色体片段重复）	基因组学	唐氏综合征相关肺部疾病	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、组织免疫荧光评估、经胸超声心动图	Dp16小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据	未明确说明具体数量，但包括雄性和雌性Dp16小鼠
100	2025-07-11	Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification 2025-May-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008 PMID:40339790	研究论文	研究PRMT5在表皮发育中的作用及其缺失对基底角质形成细胞的影响	揭示了PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的新机制	研究仅限于小鼠模型，人类皮肤中的类似机制尚未验证	探究PRMT5在表皮分层和角质形成细胞维持中的作用	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮	分子生物学	先天性皮肤疾病	单细胞RNA测序、ATAC-seq	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮组织