单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-04-22	scRCA: A Siamese network-based pipeline for annotating cell types using noisy single-cell RNA-seq reference data 2025-May, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110068 PMID:40158457	research paper	该研究开发了一个基于Siamese网络的管道scRCA，用于在存在噪声的单细胞RNA-seq参考数据中准确注释细胞类型	提出了一种新的Siamese网络管道scRCA，能够在存在噪声的参考数据中进行细胞类型注释，并开发了解释器以评估预测的可靠性	未明确说明scRCA在处理极大规模数据集时的计算效率问题	开发一个能够在噪声参考数据中准确注释细胞类型的计算管道	单细胞RNA测序数据和细胞类型注释	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Siamese network	基因表达数据	14个数据集和4名多发性骨髓瘤患者的独立数据集
882	2025-04-22	Involvement of ryanodine receptors in the contraction of small pulmonary veins 2025-May-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00375.2024 PMID:40183687	研究论文	研究兰尼碱受体（RyRs）在小肺静脉收缩中的作用及其在钙离子调控中的机制	首次在小肺静脉平滑肌细胞中证实RyRs的表达，并揭示RyR2、RyR1和RyR3在不同刺激下的差异性参与机制	研究主要基于外植体肺切片模型，可能无法完全反映体内生理环境	阐明兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的具体作用机制	人类和大鼠肺组织中的小肺静脉平滑肌细胞	生理学	肺部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、外植体精准肺切片（PCLS）模型	NA	基因表达数据、功能实验数据	人类和大鼠肺组织样本（具体数量未明确说明）
883	2025-04-22	Single-Cell Atlas of the Peripheral Immune Response in Patients With Chronic Hepatitis B 2025-May, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70360 PMID:40255189	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了慢性乙型肝炎(CHB)患者外周血单个核细胞的免疫细胞组成和转录差异，揭示了HBV感染后淋巴和骨髓区室的表型变化	发现了一群具有免疫抑制和抗炎表型的新型CD14+CD163+VSIG4+ M2样巨噬细胞，并揭示了其在严重CHB和肝衰竭患者中的富集	研究仅基于外周血样本，未直接分析肝脏组织中的免疫反应	阐明慢性HBV感染的免疫病理特征，为免疫介导的疾病和未解决的慢性HBV感染提供新的治疗策略	慢性乙型肝炎患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞	digital pathology	hepatitis B	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	慢性乙型肝炎患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞样本
884	2025-04-21	Single-cell RNA sequencing highlights the role of proinflammatory fibroblasts, vascular endothelial cells, and immune cells in the keloid immune microenvironment 2025-May, International journal of dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/ijd.17516 PMID:39450923	研究论文	通过单细胞RNA测序分析瘢痕疙瘩和健康皮肤组织，揭示了促炎性成纤维细胞、血管内皮细胞和免疫细胞在瘢痕疙瘩免疫微环境中的作用	首次揭示了促炎性成纤维细胞和血管内皮细胞在瘢痕疙瘩免疫微环境中的关键作用，并提供了潜在的治疗靶点	样本量较小（3个瘢痕疙瘩和2个健康皮肤样本），且依赖公共数据库数据进行外部验证	探索瘢痕疙瘩免疫微环境中细胞的功能状态及其在疾病发展中的作用	瘢痕疙瘩和健康皮肤组织中的细胞	数字病理	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3个瘢痕疙瘩和2个健康皮肤样本
885	2025-04-20	Heterogeneity of the tumor immune cell microenvironment revealed by single-cell sequencing in head and neck cancer 2025-May, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104677 PMID:40023465	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示头颈癌肿瘤免疫微环境中细胞的异质性	利用单细胞测序技术深入分析头颈癌肿瘤免疫微环境的异质性，为治疗靶点和预后因素提供新见解	未提及具体样本量或实验设计的详细限制	探讨头颈癌肿瘤免疫微环境异质性及其对疾病发生发展的影响	头颈癌患者的肿瘤免疫微环境细胞	digital pathology	head and neck cancer	single-cell sequencing (SCS)	NA	gene expression data	NA
886	2025-04-20	Comprehensive characterization of T cell subtypes in lung adenocarcinoma: Prognostic, predictive, and therapeutic implications 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102332 PMID:40184717	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了一个与T细胞相关的预后标志物，用于预测肺腺癌患者的临床结果和免疫治疗反应	利用单细胞RNA测序和10种机器学习算法整合多个数据集，开发了一个新的预后标志物，并发现了CPA3基因在CD4+ T细胞中的重要作用	研究主要基于公共数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	开发肺腺癌的预后标志物并探索T细胞亚型在肿瘤免疫中的作用	肺腺癌患者和T细胞亚型	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序, 机器学习	Lasso + PLSRcox	RNA测序数据	来自TCGA、GSE31210、GSE50081和GSE68465数据集的肺腺癌样本
887	2025-04-19	Single-Cell Transcriptomics Revealed E-Cigarettes-Induced Vascular Remodeling by Enhancing Tcf21 Expression 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70183 PMID:40248042	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
888	2025-04-19	Senescent Syncytiotrophoblast Secretion During Early Onset Preeclampsia 2025-May, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.23362 PMID:39440423	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了早发型子痫前期中胎盘合体滋养层细胞的衰老相关分泌表型及其在母血中的早期预测价值	首次发现早发型子痫前期胎盘合体滋养层细胞存在衰老相关分泌表型，并鉴定出PAI-1和activin A等可在妊娠早期预测疾病的生物标志物	研究样本量有限，且需要进一步验证这些标志物在更大规模人群中的预测效能	探索早发型子痫前期的发病机制并寻找早期预测标志物	人类母胎界面单位（胎儿绒毛和母体蜕膜）	生殖医学	子痫前期	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	早发型子痫前期患者和健康对照的胎盘组织样本（具体数量未明确说明），来自多中心临床队列
889	2025-02-23	Decoding cell-cell communication using spatial transcriptomics 2025-May, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00824-3 PMID:39984677	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
890	2025-04-19	Identification of the crucial roles of BAXhigh NK cells in human derived mesenchymal stem cell therapy for chronic heart failure patients 2025-May, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155924 PMID:40174277	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，探讨了间充质干细胞治疗慢性心力衰竭患者中BAX高表达NK细胞的关键作用	首次发现BAX高表达NK细胞在心力衰竭发病机制中的作用，并揭示间充质干细胞通过抑制BAX表达改善NK细胞功能的机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	探究间充质干细胞治疗心力衰竭的分子机制	慢性心力衰竭患者的外周血单个核细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR)分析	NA	单细胞转录组数据	NA
891	2025-04-19	Identification of a cancer stem cell-like subpopulation that promotes HCC metastasis 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101302 PMID:40242316	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定并表征了肝细胞癌（HCC）中促进转移的癌症干细胞样亚群	首次在HCC中发现并表征了一个促进转移的癌症干细胞样亚群，揭示了其通过ICAM1信号通路抑制抗肿瘤免疫的新机制	样本量相对较小（19例单细胞RNA测序和12例空间转录组学样本），需要更大规模研究验证	探索癌症干细胞在HCC转移中的作用机制	肝细胞癌（HCC）中的癌症干细胞样细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学测序、生物信息学分析	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	19例HCC患者的单细胞RNA测序数据和12例HCC患者的空间转录组数据
892	2025-04-18	Mutation S139N on Zika virus prM protein shifts immune response from Asian to contemporary strain 2025-May, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.02.012 PMID:39986659	研究论文	研究Zika病毒prM蛋白上的S139N突变如何将免疫反应从亚洲株转变为当代株	首次使用单细胞测序技术系统评估三种ZIKV株（亚洲祖先株FSS13025/2010、S139N突变株FSS13025-S139N和当代株GZ01/2016）诱导的免疫反应，并发现S139N突变株的免疫谱与当代株相似	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究Zika病毒prM蛋白S139N突变对免疫反应模式的影响及其与神经损伤的关系	Zika病毒株（FSS13025/2010、FSS13025-S139N、GZ01/2016）和1日龄小鼠	病毒学	神经系统疾病	单细胞测序技术	小鼠模型	基因表达数据	三种ZIKV株感染的1日龄小鼠
893	2025-04-18	CD44+ cells enhance pro-tumor stroma in the spatial landscape of colorectal cancer leading edge 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02968-9 PMID:40069574	研究论文	本研究通过空间转录组和单细胞RNA测序技术，揭示了CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿通过PTN信号重塑肿瘤微环境的机制	首次发现CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿形成独特的环状结构，并通过PTN信号诱导CAFs表型转变	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，人类结直肠癌的普适性需要进一步验证	探究肿瘤异质性如何影响结直肠癌的空间结构并促进疾病进展	AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型和临床样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组分析(ST)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型和未明确数量的临床样本
894	2025-04-18	Single-cell profiling reveals monocyte heterogeneity and association with liver fibrosis in patients with chronic HBV 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000672 PMID:40227083	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性乙型肝炎患者中单核细胞的异质性及其与肝纤维化的关联	首次在慢性乙型肝炎患者中发现单核细胞中LMO2的高表达可能与单核细胞扩增有关，并识别了一个新的单核细胞-血小板聚集体(MPA)亚群，该亚群在肝纤维化早期可能发挥重要作用	研究样本量有限，且未探讨MPA在肝纤维化后期的潜在作用	探究慢性乙型肝炎患者中单核细胞异质性及其在肝纤维化中的作用机制	慢性乙型肝炎患者和健康对照者的循环单核细胞	单细胞组学	慢性乙型肝炎和肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	慢性乙型肝炎患者组和健康对照组(具体数量未明确)
895	2025-04-17	Regulatory role of CD177+ neutrophils in BMP signaling pathway and its implications for inflammatory bowel disease, sepsis, and intestinal tumors 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102336 PMID:40158420	研究论文	本研究探讨了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对炎症性肠病、败血症和肠道肿瘤的影响	首次揭示了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的关键调控作用，并提供了潜在的治疗靶点	需要进一步的临床验证以转化为有效的治疗策略	探索CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对疾病发生、发展和治疗的影响	炎症性肠病(IBD)、败血症和肠道肿瘤	生物信息学与分子生物学	炎症性肠病、败血症、肠道肿瘤	生物信息学分析(WGCNA、功能富集分析)、单细胞分析、体外实验(细胞培养、CCK-8、流式细胞术、qRT-PCR、平板克隆形成实验)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自GEO数据库的IBD和败血症基因表达数据，以及体外实验使用的Caco-2细胞
896	2025-04-15	Reevaluating the role of Pou3f1 in striatal development: Evidence from transgenic mouse models 2025-May, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111302 PMID:40088991	research paper	本研究通过转基因小鼠模型重新评估了Pou3f1在纹状体发育中的作用	挑战了基于人类数据的计算机预测，发现Pou3f1缺失并不显著影响MSNs的数量或亚型组成	不能完全排除Pou3f1在纹状体发育其他方面的潜在作用	重新评估Pou3f1在纹状体发育中的角色	转基因小鼠模型中的纹状体和中等多棘神经元(MSNs)	神经生物学	NA	条件性敲除(cko)技术	转基因小鼠模型	基因表达数据	NA
897	2025-04-15	Understanding the cellular and molecular heterogeneity in colorectal cancer through the use of single-cell RNA sequencing 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102374 PMID:40163910	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究结直肠癌的细胞和分子异质性	使用单细胞RNA测序技术深入解析结直肠癌的肿瘤微环境，发现新的B细胞亚型及其在免疫调节中的作用，并构建预测模型用于患者生存结果分类	样本量相对较小（51,204个细胞），且仅针对结直肠癌，结果可能不适用于其他癌症类型	揭示结直肠癌的细胞和分子异质性，为靶向治疗和个体化医疗提供新思路	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	predictive model	RNA-seq data	51,204个细胞
898	2025-04-15	TriDeNT : Triple deep network training for privileged knowledge distillation in histopathology 2025-May, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2025.103479 PMID:40174325	研究论文	提出了一种名为TriDeNT的新型自监督方法，用于利用推理时不可用的特权数据来提高计算病理学模型的性能	TriDeNT是一种创新的自监督方法，能够利用推理阶段不可获取的特权数据（如额外的免疫组化染色和空间转录组学数据）来提升模型性能	未明确提及具体限制	提高计算病理学模型的性能，特别是在处理常规输入时	免疫组化、空间转录组学和专家核注释等多种配对数据	数字病理学	NA	自监督学习	TriDeNT（三重深度网络）	图像、空间转录组数据、专家注释	未明确提及具体样本量
899	2025-04-14	Glomerular mesangial cells derived complement factor H regulates complement activation, influences cell proliferation, and maintains actin cytoskeleton 2025-May-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114544 PMID:40157080	研究论文	本研究探讨了补体因子H（CFH）在肾小球系膜细胞中的功能，包括其在补体激活调节、细胞增殖影响以及肌动蛋白细胞骨架维持中的作用	揭示了肾小球系膜细胞衍生的CFH不仅具有经典的补体激活调节功能，还具有影响细胞增殖和维持细胞骨架的非经典功能	外源性补充的CFH未能影响细胞增殖和细胞骨架，其具体机制尚不明确	研究CFH在肾小球系膜细胞中的功能及其在补体激活、细胞增殖和细胞骨架维持中的作用	原代人肾小球系膜细胞（pHGMCs）	细胞生物学	IgA肾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
900	2025-04-14	Pan-HDAC inhibitor LAQ824 inhibits the progression of pancreatic ductal adenocarcinoma and suppresses immune escape by promoting antigen presentation 2025-May-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114528 PMID:40158429	研究论文	本研究探讨了泛组蛋白去乙酰化酶抑制剂LAQ824在胰腺导管腺癌(PDAC)中的治疗潜力及其在调节免疫逃逸机制中的作用	首次揭示了LAQ824通过上调MHC-I介导的抗原提呈增强PDAC免疫原性的新机制，并确定了HDAC1是PDAC细胞中MHC-I的关键抑制因子	研究主要基于小鼠模型，尚未进行临床试验验证	评估LAQ824对PDAC的治疗效果及其免疫调节机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	IHC、流式细胞术、RNA测序、单细胞RNA测序	C57BL/6J小鼠皮下肿瘤模型	体内外实验数据	未明确说明样本数量