单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-05-04	Inhibition of DKK-1 by WAY262611 Inhibits Osteosarcoma Metastasis 2025-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0744 PMID:39781890	research paper	该研究探讨了通过抑制DKK-1来阻止骨肉瘤转移的效果	首次展示了小分子抑制剂WAY262611在体外和体内对DKK-1的抑制作用及其对骨肉瘤转移的预防效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索DKK-1作为骨肉瘤治疗靶点的潜力	骨肉瘤细胞系和小鼠模型	癌症研究	骨肉瘤	单细胞RNA测序	小鼠原位植入/截肢模型	体外和体内实验数据	骨肉瘤细胞系和患者来源的异种移植模型
822	2025-05-04	GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data 2025-May, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753 PMID:38896510	研究论文	本文介绍了一种名为GRACE的新型图因果自编码器框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	结合结构因果模型和图神经网络，明确建模基因间的因果关系，提高了基因调控网络和基因因果推理的准确性	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	基因调控网络和基因因果关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图神经网络(GNN)和因果自编码器	基因表达数据	七个基准数据集和人类外周血单个核细胞(PBMC)样本
823	2025-05-04	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Squamous Cell Carcinoma Arising From Ovarian Mature Teratoma 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70022 PMID:39948701	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，分析了卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）的分子病理学特征，并探索了潜在的治疗靶点	首次应用单核RNA测序和空间转录组学技术全面解析SCC-MT的分子特征，并发现KLF5基因在肿瘤发展中的关键作用	研究样本量有限，且功能验证仅在一个细胞系中进行	阐明SCC-MT的分子病理学特征并探索新的治疗靶点	卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）	数字病理学	卵巢癌	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	临床SCC-MT样本和一个细胞系（NOSCC-1）
824	2025-05-04	Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States 2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529 PMID:39969959	研究论文	通过空间转录组学研究导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN），揭示了惰性和恶性状态的分化	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次在IPMN中定义了三种不同的上皮转录组状态，并与癌症风险相关联	样本量较小（10个IPMN标本），可能影响结果的广泛适用性	提高对IPMN恶性转化风险的预测能力，改善风险分层	导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）标本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA），全转录组分析	NA	RNA表达数据	10个IPMN标本，涵盖从正常导管到癌症的发育不良变化谱
825	2025-05-04	Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70028 PMID:39989140	research paper	该研究通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境	首次提出CHI3L1相关血管表型分类，并构建了血管相关风险(VR)评分，为胶质瘤的治疗策略优化提供了新见解	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用	胶质瘤及其微环境	digital pathology	glioma	bulk and single-cell transcriptome, genomics, digital pathology	machine learning algorithms	transcriptome, genomics, digital pathology, clinical data	多个数据集（具体样本量未明确说明）
826	2025-05-04	The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation 2025-May, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) DOI:10.1016/j.tube.2025.102614 PMID:39999566	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证揭示了免疫特征与肺结核肉芽肿病理变化之间的相关性	首次结合单细胞转录组和微环境空间特征分析免疫细胞对肉芽肿扩展的贡献，并通过机器学习筛选出6种与肉芽肿大小相关的细胞因子	研究结果需要在更大规模的队列中进行进一步验证	探究免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用	肺结核肉芽肿和患者外周血免疫细胞	生物信息学	肺结核	单细胞转录组测序、免疫荧光、流式细胞术	机器学习	转录组数据、图像数据	已发表的Mtb感染患者和健康对照的外周血转录组数据，以及本地队列的验证数据
827	2025-05-04	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-May, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	research paper	该研究探讨了Prader-Willi综合征(PWS)患者下丘脑视交叉上核(SCN)中精氨酸加压素(AVP)神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元数量增加和星形胶质细胞减少的特定变化	研究样本来自尸检组织，可能存在死后变化影响结果	探究PWS患者昼夜节律紊乱的神经生物学基础	PWS患者和匹配对照的下丘脑视交叉上核组织	神经生物学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织图像数据	PWS患者和对照的尸检下丘脑组织样本(具体数量未明确说明)
828	2025-05-04	Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation 2025-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00397-1 PMID:40065099	研究论文	本文揭示了线粒体脂肪酸氧化（FAO）在卫星细胞完整性和功能中的作用	发现脂肪酸氧化通过调节代谢流和蛋白质乙酰化控制卫星细胞功能	未探讨其他能量来源对卫星细胞代谢的影响	研究卫星细胞代谢调控机制	成年肌肉干细胞（卫星细胞）	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
829	2025-05-04	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-May, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	研究论文	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ作为潜在治疗选项	发现了一种炎症性单核细胞样亚群infMono，并揭示了IFNβ在恢复I型干扰素反应和促炎细胞因子产生中的作用	研究主要基于LPS诱导的模型，虽然在细菌性败血症和COVID-19患者中也有所发现，但需要更多临床验证	探究系统性炎症条件下急性高炎症期和晚期免疫抑制期的分子机制	人类系统性炎症模型及患者队列（细菌性败血症和COVID-19患者）	免疫学	细菌性败血症, 冠状病毒病	单细胞RNA测序	LPS诱导的系统性炎症模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
830	2025-05-04	Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14089-w PMID:40307726	研究论文	开发了一个名为DOCexpress_fastqc的docker化工具包和mySORT网络应用，用于从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞的组成	提出了一个简化的两步工作流程，整合了hisat2-stringtie管道和定制脚本，并通过mySORT应用使用反卷积算法解析21种免疫细胞亚类	虽然验证了合成伪批量数据，但可能仍需进一步在真实临床数据中验证	提高从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞组成的准确性，以推进癌症免疫治疗策略	肿瘤浸润白细胞的组成	生物信息学	黑色素瘤,头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	反卷积算法	转录组数据	使用来自黑色素瘤和头颈癌患者的scRNA-seq数据集生成的合成伪批量数据进行验证
831	2025-05-04	CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182709 PMID:40309773	research paper	研究探讨了淋巴结中CXCL12高表达的纤维网状细胞（FRCs）在通过调节T细胞介导的同种免疫反应促进免疫耐受中的作用	首次揭示了CXCL12hi FRCs在淋巴结微环境中通过表达免疫调节基因促进心脏移植耐受的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类淋巴结数据有限，需要进一步验证	探究特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用及其机制	小鼠和人类淋巴结中的CXCL12hi FRCs	免疫学	器官移植	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类淋巴结样本
832	2025-05-03	Single-cell sequencing reveals a regulatory role of WT1 in mast cell proliferation in endometrial polyps 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500116R PMID:40304994	研究论文	通过单细胞测序技术研究子宫内膜息肉中WT1在肥大细胞增殖中的调控作用	首次在单细胞水平上揭示了WT1作为关键转录调节因子在子宫内膜息肉肥大细胞增殖中的作用	研究样本量有限，需要更大规模的验证	探究子宫内膜息肉的细胞异质性和分子机制	子宫内膜息肉(EPs)及邻近正常子宫内膜组织(EUs)	单细胞测序	子宫内膜息肉	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	子宫内膜息肉和邻近正常子宫内膜组织样本
833	2025-05-03	CCN5 suppresses injury-induced vascular restenosis by inhibiting smooth muscle cell proliferation and facilitating endothelial repair via thymosin β4 and Cd9 pathway 2025-May-02, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehae911 PMID:39873228	研究论文	本研究探讨了CCN5在抑制血管损伤后再狭窄中的作用及其机制	揭示了CCN5通过胸腺素β4和Cd9通路抑制平滑肌细胞增殖并促进内皮修复的双重保护作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CCN5在预防支架内再狭窄(ISR)中的作用机制	猪冠状动脉和小鼠股动脉的血管细胞	心血管疾病	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 质谱分析, 免疫共沉淀	NA	基因表达数据, 蛋白质相互作用数据	支架植入猪冠状动脉和小鼠损伤诱导的股动脉新生内膜样本
834	2025-05-03	Kindlin-2-Mediated Hematopoiesis Remodeling Regulates Triple-Negative Breast Cancer Immune Evasion 2025-May-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0698 PMID:39918417	研究论文	研究探讨了kindlin-2在三阴性乳腺癌（TNBC）免疫逃逸中的作用及其通过造血重塑调节免疫反应的机制	揭示了kindlin-2通过调节造血过程和PD-L1表达促进TNBC免疫逃逸的新机制，并提出了kindlin-2作为联合免疫检查点阻断治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索kindlin-2在TNBC免疫逃逸中的作用及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌（TNBC）及其免疫微环境	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组织化学（IHC）	基因敲除（KO）小鼠模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	未明确说明样本数量，但使用了TNBC肿瘤小鼠模型
835	2025-05-03	Denosumab Enhances Antitumor Immunity by Suppressing SPP1 and Boosting Cytotoxic T Cells 2025-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-1094 PMID:40009710	研究论文	本研究探讨了denosumab通过抑制SPP1基因表达和增强细胞毒性T细胞活性来增强抗肿瘤免疫的新作用	揭示了denosumab在抗肿瘤免疫中的新机制，即通过抑制SPP1表达和增加细胞毒性T细胞数量来增强免疫反应	研究样本量较小，仅包括9例GCTB患者，且pan-cancer分析为相关性研究，未进行机制验证	探索denosumab在抗肿瘤免疫中的作用及其机制	人类巨细胞瘤(GCTB)患者样本和34种不同类型的癌症数据	肿瘤免疫学	巨细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9例GCTB患者样本(6例未治疗，3例仅接受denosumab治疗)和34种癌症的pan-cancer数据
836	2025-05-03	Charting the Single-Cell and Spatial Landscape of IDH-Wildtype Glioblastoma with GBmap 2025-May-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf113 PMID:40312969	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据，构建了GBmap，一个全面的单细胞和空间图谱，以揭示IDH野生型胶质母细胞瘤的细胞异质性和空间结构	构建了GBmap，一个统一的单细胞图谱，并开发了肿瘤结构评分（TSS）来量化肿瘤组织，揭示了缺氧依赖性肿瘤微环境与不良预后的关联	研究依赖于已有数据集，可能受限于数据质量和样本多样性	揭示IDH野生型胶质母细胞瘤的细胞异质性、空间结构及其临床相关性	IDH野生型胶质母细胞瘤的肿瘤微环境和空间组织	digital pathology	glioblastoma	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	240名患者的110万个细胞
837	2025-05-03	T-type calcium channels regulate medulloblastoma and can be targeted for therapy 2025-May, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-04967-5 PMID:39961940	研究论文	本研究探讨了T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次对T型钙通道在髓母细胞瘤中的多组学特征进行了全面表征，并提供了将米贝地尔重新用作治疗策略的临床前数据	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	研究T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其治疗靶点潜力	髓母细胞瘤肿瘤细胞和动物模型	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RPPA, hdWGCNA	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	公开可用的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集，以及动物模型
838	2025-05-03	Harnessing omics data for drug discovery and development in ovarian aging 2025-May-01, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmaf002 PMID:39977580	综述	本文综述了多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	整合了基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组等多组学数据，从组织和单细胞层面探索卵巢衰老的分子机制和药物靶点	仅限于截至2024年9月的英文文献，可能遗漏其他语言的重要研究	探索多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	卵巢衰老相关的多组学数据	生物信息学	卵巢衰老	基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、微生物组学、单细胞技术、空间转录组学	机器学习、人工智能、深度学习	多组学数据	NA
839	2025-05-03	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	research paper	该研究通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，分析了结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）的蛋白异质性	鉴定了正常组织和肿瘤组织中ECM蛋白的差异细胞来源，并建立了细胞-基质组数据库，定义了与特定成纤维细胞亚型相关的间充质亚型特异性分子	样本量较小（24个组织样本来自21名患者），可能影响结果的普遍性	理解结直肠癌肿瘤微环境中ECM的蛋白异质性及其与疾病进展的关系	结直肠癌患者的肿瘤组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	TMT质谱分析、scRNA-Seq、bulk RNA-Seq	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	24个组织样本（来自21名CRC患者）
840	2025-05-03	Macrophage-mediated IL-6 signaling drives ryanodine receptor-2 calcium leak in postoperative atrial fibrillation 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI187711 PMID:40048254	研究论文	本研究探讨了术后心房颤动(poAF)的细胞和分子机制，特别是巨噬细胞介导的IL-6信号在RyR2钙泄漏中的作用	首次揭示了巨噬细胞通过IL-6-STAT3-CaMKII信号通路驱动RyR2-S2814磷酸化，从而导致poAF的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明术后心房颤动的发病机制	小鼠和人类心脏手术后的心房组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、假时间轨迹分析、共聚焦成像	条件性基因敲除小鼠模型(cKO)	单细胞转录组数据、生化数据、功能数据	小鼠模型和人类心包液样本(具体数量未明确说明)