单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-05-08	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells From Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24657 PMID:39916387	研究论文	研究伊布地司特在兴奋性毒性视网膜损伤模型中对视网膜神经元的保护作用及其激活mTOR通路的机制	首次发现伊布地司特通过抑制PDE和激活mTOR通路保护视网膜双极细胞，并揭示了双极细胞与Müller胶质细胞之间的旁分泌信号通路在神经保护中的作用	研究仅使用鸡的视网膜损伤模型，未在哺乳动物或人类中进行验证，且mTOR抑制剂雷帕霉素未能减少细胞死亡	探究伊布地司特对视网膜神经元的保护机制及其潜在临床应用价值	鸡视网膜神经元（特别是双极细胞）和Müller胶质细胞	神经保护	视网膜损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱域光学相干断层扫描（SD-OCT）、视网膜电图	兴奋性毒性视网膜损伤模型	基因表达数据、影像数据、电生理数据	未明确说明样本数量，使用鸡视网膜模型
782	2025-05-08	Integrating microbial GWAS and single-cell transcriptomics reveals associations between host cell populations and the gut microbiome 2025-May, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-01978-w PMID:40195537	研究论文	该研究通过整合微生物GWAS和单细胞转录组学，揭示了宿主细胞群与肠道微生物组之间的关联	开发了计算框架scBPS，首次系统地整合微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，识别与肠道微生物相关的宿主组织和细胞类型	研究依赖于现有的GWAS和单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探索宿主遗传、肠道微生物组与特定细胞环境之间的联系	人类24个器官的微生物组和254种宿主细胞类型	计算生物学	NA	单细胞RNA测序、微生物GWAS	scBPS	单细胞RNA测序数据、GWAS数据	207种微生物分类群和254种宿主细胞类型
783	2025-05-07	Effects of Bacterial Infections under Heatwaves on Chinese Soft-Shelled Turtles and Their Single-Cell Transcriptomic Landscapes 2025-May-06, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c09111 PMID:40274607	研究论文	本研究探讨了细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响，通过单细胞转录组、行为和生理指标的综合分析	首次整合单细胞转录组、行为和生理指标，研究中华鳖在细菌感染和热浪双重压力下的免疫反应	研究仅针对中华鳖，结果可能不适用于其他物种	探究细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响及其免疫反应机制	中华鳖	生态学与免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据、行为数据、生理指标	四组中华鳖（基于温度与感染状态分组）
784	2025-05-07	Astaxanthin promotes in vitro maturation of mouse oocytes by regulating mitochondrial functions and protein homeostasis 2025-May-05, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf107 PMID:40324205	研究论文	研究虾青素通过调节线粒体功能和蛋白质稳态促进小鼠卵母细胞体外成熟的作用	首次报道虾青素在小鼠卵母细胞体外成熟(IVM)中的作用，并揭示其通过增强线粒体活性和调节蛋白质稳态来提高成熟率	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或临床前研究	探究虾青素对小鼠卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育的影响	小鼠卵母细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组测序、微蛋白质组学、透明带激光打孔辅助体外受精(IVF)	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明具体数量的小鼠卵母细胞
785	2025-05-07	Single-cell RNA Sequencing Identifies Prognostic Biomarkers in Extramedullary Multiple Myeloma 2025-May-05, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673352012250414100227 PMID:40326029	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术识别了髓外多发性骨髓瘤的预后生物标志物	利用LASSO方法开发预后特征，并通过外部MM队列验证其效能，揭示了CD4+ T细胞作为与MM进展相关的主要免疫细胞类型	研究依赖于公共数据库的转录组数据，可能受限于数据的质量和样本量	研究与髓外进展相关的多发性骨髓瘤克隆进化特征，识别新的预后生物标志物	多发性骨髓瘤（MM）患者	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, LASSO	risk score model	transcriptomic profiles, scRNA-seq data	126 DEGs identified, external MM cohorts for validation
786	2025-05-07	Identifying the Pattern Characteristics of Anoikis-Related Genes in Keloid 2025-May, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0027 PMID:38775414	research paper	该研究首次全面分析了anoikis相关基因(ARGs)在瘢痕疙瘩(KD)中的作用，并鉴定了六个核心ARGs	首次研究ARGs在KD中的潜在价值，并鉴定了六个核心ARGs及其与KD免疫浸润的关联	研究仅基于三个KF RNA-seq数据集，样本量有限	探究ARGs在KD中的表达特征及其分子机制	瘢痕疙瘩(KD)和anoikis相关基因(ARGs)	生物信息学	瘢痕疙瘩	RNA-seq, 单细胞测序, LASSO-Cox回归分析	LASSO回归模型	基因表达数据	三个KF RNA-seq数据集
787	2025-05-07	Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning 2025-May-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae537 PMID:39361430	research paper	本研究通过机器学习方法探索系统性红斑狼疮（SLE）患者与EB病毒感染相关的关键基因和免疫细胞动态	首次识别出IFI27作为SLE患者EBV感染的关键基因，并揭示了其对CD4 CTL和B细胞亚型的影响	研究样本量有限，且仅基于公开数据集分析	阐明SLE患者EBV感染的分子机制并寻找潜在诊断和治疗靶点	系统性红斑狼疮患者与EB病毒感染	machine learning	systemic lupus erythematosus	RNA-seq, single-cell RNA sequencing, CIBERSORTx	machine-learning algorithms	gene expression data	多个GEO数据集（GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918）
788	2025-05-07	KanCell: dissecting cellular heterogeneity in biological tissues through integrated single-cell and spatial transcriptomics 2025-May, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.11.009 PMID:39577768	research paper	KanCell是一种基于Kolmogorov-Arnold网络（KAN）的深度学习模型，旨在通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学（ST）数据来增强细胞异质性分析	KanCell利用KAN有效捕捉非线性关系并优化计算效率，为ST提供了准确高效的工具	NA	通过整合单细胞和空间转录组学数据，增强细胞异质性分析，揭示疾病微环境并识别治疗靶点	人类淋巴结、心脏、黑色素瘤、乳腺癌、背外侧前额叶皮层和小鼠胚胎大脑	digital pathology	melanoma, breast cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics (ST)	Kolmogorov-Arnold networks (KAN)	gene expression data	模拟和真实数据集，包括STARmap、Slide-seq、Visium和Spatial Transcriptomics技术的数据
789	2025-05-07	Single-cell multiomics reveals a gene regulatory circuit driving leukemia cell differentiation 2025-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03309-z PMID:39984714	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了ATRA诱导白血病细胞分化的基因调控回路	整合单细胞染色质可及性和转录组分析，发现SPI1和CEBPE组成的正反馈基因调控回路驱动白血病细胞分化	研究主要基于NB4细胞系，在其他白血病细胞类型中的普适性需要进一步验证	探索ATRA诱导急性早幼粒细胞白血病细胞分化的调控机制	PML/RARα急性早幼粒细胞白血病(APL)细胞系NB4，以及非APL白血病细胞系HL60和K562	单细胞多组学	急性早幼粒细胞白血病	单细胞染色质可及性分析，单细胞转录组分析	NA	单细胞多组学数据	NB4、HL60和K562白血病细胞系
790	2025-05-07	FK506-binding proteins: Emerging target and therapeutic opportunity in multiple tumors 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141914 PMID:40064252	review	本文综述了FK506结合蛋白（FKBP）家族在多种肿瘤中的关键作用及其作为潜在诊断和预后生物标志物的可能性	总结了FKBP家族成员在不同类型肿瘤中促进或抑制肿瘤发生的双重功能，并探讨了其作为诊断和预后生物标志物的潜力	需要结合单细胞测序技术解决FKBP异构体的空间分布问题，并开展临床验证以促进从分子机制到精准治疗的转化	探讨FKBP家族在肿瘤中的作用及其作为诊断和预后生物标志物的潜力	FK506结合蛋白（FKBP）家族及其在肿瘤中的作用	肿瘤生物学	多种肿瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
791	2025-05-06	Identification of Multi-Landscape and Cell Interactions in the Tumor Microenvironment Through High-Coverage Single-Cell Sequencing 2025-May-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500241 PMID:40320868	research paper	该研究开发了一种创新的Chigene单细胞RNA测序技术，能够在单细胞水平识别基因表达、突变和RNA剪接景观	结合oligo-dT引物和随机桥接共标记RNA测序技术，开发了Chigene scRNA-seq平台，具有高RNA覆盖率和低双联体率	未提及具体的技术成本或操作复杂性	开发一种能够全面分析临床样本不同遗传信息水平的scRNA-seq平台	单细胞RNA测序技术及其在肿瘤微环境中的应用	digital pathology	urothelial carcinoma	scRNA-seq, Random Bridging Co-labeling (RBCL) RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	临床样本（具体数量未提及）
792	2025-05-06	TREM2+ macrophages accumulate in childhood IgA nephropathy and soluble TREM2 represents a reliable non-invasive biomarker 2025-May-05, Experimental physiology IF:2.6Q2 DOI:10.1113/EP092716 PMID:40321057	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和血液样本分析，揭示了儿童IgA肾病中TREM2+巨噬细胞的积累及其可溶性形式sTREM2作为非侵入性生物标志物的潜力	首次在儿童IgA肾病中发现TREM2+巨噬细胞亚群的积累，并证实血浆sTREM2水平与疾病严重程度相关	样本量较小（38例患者），且缺乏长期随访数据验证sTREM2的预后价值	探索儿童IgA肾病的发病机制并寻找有效的非侵入性生物标志物	儿童IgA肾病患者（38例）的肾脏组织和血液样本	数字病理学	IgA肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、临床生化数据	38例儿童IgA肾病患者+健康对照组
793	2025-05-06	Single-cell transcriptomics of human skin reveals age-associated specificity of distinct cell populations 2025-May-05, Archives of dermatological research IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s00403-025-04222-x PMID:40323328	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类皮肤细胞在衰老过程中的特异性变化	首次在避光区域皮肤中详细描述了衰老对皮肤细胞功能和相互作用的影响	研究样本仅来自健康供体，未考虑疾病状态对皮肤衰老的影响	阐明皮肤细胞群体在衰老过程中的分子和功能变化	人类皮肤细胞（包括成纤维细胞、角质形成细胞和免疫细胞）	单细胞组学	皮肤衰老	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	超过5,000个细胞
794	2025-05-06	TREM2 Impedes Recovery After Spinal Cord Injury by Regulating Microglial Lysosomal Membrane Permeabilization-Mediated Autophagy 2025-May-04, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70047 PMID:40320759	research paper	该研究探讨了TREM2在脊髓损伤后通过调节小胶质细胞溶酶体膜通透性介导的自噬影响恢复过程的机制	首次揭示了TREM2通过Syk磷酸化-TFEB核转位通路调控溶酶体膜通透性介导的自噬过程，并提出了基于基因治疗的临床转化策略	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化效果仍需进一步验证	探究TREM2在脊髓损伤恢复中的具体作用机制	野生型和Trem2敲除小鼠的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞测序、免疫荧光、3D步态分析、运动诱发电位实验、H&E染色、Masson染色	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、行为学数据、电生理数据、组织学数据	野生型和Trem2敲除小鼠在脊髓损伤前后的样本
795	2025-05-06	Exome and Transcriptome Analysis Links Calcium Channel Pathway Aberrations to Botox Resistance in Hailey-Hailey Disease 2025-May-03, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf112 PMID:40317184	research paper	该研究通过多组学方法探讨了钙通道通路异常与Hailey-Hailey病患者对Botox治疗反应差异的关联	首次发现ORAI1/SOCE通路上调可能与Botox治疗抵抗相关，并可作为预测患者治疗反应的生物标志物	样本量较小（仅12例患者），需要更大规模研究验证发现	阐明Hailey-Hailey病患者对Botox治疗反应差异的潜在机制	Hailey-Hailey病患者	生物医学研究	Hailey-Hailey病	全外显子测序(WES)、RNA测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化(IHC)	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	12例Hailey-Hailey病患者
796	2025-05-06	Heterogeneous Responses to High-Dose Testosterone in Castration-Resistant Prostate Cancer Tumors with Mixed Rb-Proficient and Rb-Deficient Cells 2025-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0716 PMID:40116305	研究论文	研究高剂量睾酮对混合Rb功能正常和缺失的去势抵抗性前列腺癌肿瘤的异质性反应	揭示了Rb家族蛋白在高剂量睾酮治疗反应中的作用，并提出通过抑制缺氧诱导因子-1α来恢复Rb缺失细胞对治疗的敏感性	研究基于患者来源的异种移植模型和细胞系，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	探索高剂量睾酮治疗去势抵抗性前列腺癌的分子机制及提高治疗效果的新策略	去势抵抗性前列腺癌肿瘤细胞	肿瘤学	前列腺癌	单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	包含Rb功能正常和缺失细胞群的CRPC患者来源的异种移植模型
797	2025-05-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals gut microbiota-immunotherapy synergy through modulating tumor microenvironment 2025-May-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02226-7 PMID:40312419	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肠道微生物群与免疫疗法通过调节肿瘤微环境产生的协同作用	在单细胞分辨率下揭示了肠道微生物群与免疫检查点抑制剂（ICI）协同作用的机制，提出了γδ T细胞-APC-CD8 T细胞轴的概念	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究肠道微生物群如何调节免疫检查点抑制剂的疗效	小鼠模型中的肿瘤微环境（TME）和免疫细胞	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
798	2025-05-06	Targeting HMGB2 acts as dual immunomodulator by bolstering CD8+ T cell function and inhibiting tumor growth in hepatocellular carcinoma 2025-May-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads8597 PMID:40315321	研究论文	本文探讨了HMGB2在肝细胞癌中对CD8+ T细胞功能和肿瘤生长的双重调节作用	发现HMGB2作为免疫耗竭相关分子，通过单细胞RNA测序揭示了其在CD8 T细胞和肿瘤细胞中的新机制	研究未涉及HMGB2抑制剂在其他癌症类型中的适用性	探索HMGB2在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌中的CD8+ T细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
799	2025-05-06	Single-cell profiling unveils a geroprotective role of Procyanidin C1 in hematopoietic immune system via senolytic and senomorphic effects 2025-May-02, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-025-00222-3 PMID:40316527	研究论文	研究发现原花青素C1（PCC1）通过其抗衰老和模拟衰老的特性，对造血免疫系统具有保护作用，能够改善衰老相关的变化	揭示了PCC1通过抑制衰老相关标志物和恢复正常免疫过程，对造血免疫系统具有广泛的抗衰老保护作用，特别是在B细胞和造血干细胞中	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究PCC1对造血免疫系统衰老的影响及其潜在的治疗作用	小鼠的骨髓和脾脏组织	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序、机器学习、基因集富集分析	NA	RNA测序数据	小鼠骨髓和脾脏组织的单细胞数据
800	2025-05-06	Identification of leukemia-enriched signature through the development of a comprehensive pediatric single-cell atlas 2025-May-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59362-5 PMID:40316535	研究论文	该研究通过开发一个全面的儿科单细胞图谱，识别了白血病富集的基因特征	构建了包含超过54万个细胞的儿科白血病单细胞图谱，并识别出9个白血病富集的基因特征	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未涵盖所有白血病亚型的分子特征	识别儿科白血病中的特异性基因特征并构建单细胞图谱	儿科急性白血病（髓系、淋巴系、混合表型）和健康骨髓样本	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA-seq数据	159个儿科白血病和健康骨髓样本，超过54万个细胞