单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-05-03	Harnessing omics data for drug discovery and development in ovarian aging 2025-May-01, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmaf002 PMID:39977580	综述	本文综述了多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	整合了基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组等多组学数据，从组织和单细胞层面探索卵巢衰老的分子机制和药物靶点	仅限于截至2024年9月的英文文献，可能遗漏其他语言的重要研究	探索多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	卵巢衰老相关的多组学数据	生物信息学	卵巢衰老	基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、微生物组学、单细胞技术、空间转录组学	机器学习、人工智能、深度学习	多组学数据	NA
782	2025-05-03	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	research paper	该研究通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，分析了结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）的蛋白异质性	鉴定了正常组织和肿瘤组织中ECM蛋白的差异细胞来源，并建立了细胞-基质组数据库，定义了与特定成纤维细胞亚型相关的间充质亚型特异性分子	样本量较小（24个组织样本来自21名患者），可能影响结果的普遍性	理解结直肠癌肿瘤微环境中ECM的蛋白异质性及其与疾病进展的关系	结直肠癌患者的肿瘤组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	TMT质谱分析、scRNA-Seq、bulk RNA-Seq	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	24个组织样本（来自21名CRC患者）
783	2025-05-03	Macrophage-mediated IL-6 signaling drives ryanodine receptor-2 calcium leak in postoperative atrial fibrillation 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI187711 PMID:40048254	研究论文	本研究探讨了术后心房颤动(poAF)的细胞和分子机制，特别是巨噬细胞介导的IL-6信号在RyR2钙泄漏中的作用	首次揭示了巨噬细胞通过IL-6-STAT3-CaMKII信号通路驱动RyR2-S2814磷酸化，从而导致poAF的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明术后心房颤动的发病机制	小鼠和人类心脏手术后的心房组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、假时间轨迹分析、共聚焦成像	条件性基因敲除小鼠模型(cKO)	单细胞转录组数据、生化数据、功能数据	小鼠模型和人类心包液样本(具体数量未明确说明)
784	2025-05-03	Claudin18.2-positive gastric cancer-specific changes in neoadjuvant chemotherapy-driven immunosuppressive tumor microenvironment 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02981-y PMID:40128286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，分析了37例胃癌样本，探讨了新辅助化疗驱动的CLDN18.2阳性胃癌肿瘤微环境的免疫抑制变化	揭示了化疗在CLDN18.2阳性胃癌中驱动免疫抑制性肿瘤微环境变化的特异性机制	样本量较小（37例GC样本，其中11例CLDN18.2阳性）	探究CLDN18.2阳性胃癌中新辅助化疗驱动的肿瘤微环境变化	胃癌样本（特别是CLDN18.2阳性病例）	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据	37例胃癌样本（11例CLDN18.2阳性）
785	2025-05-03	Dissecting the Single-Cell Diversity and Heterogeneity Underlying Cervical Precancerous Lesions and Cancer Tissues 2025-May, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-024-01695-5 PMID:39354287	研究论文	研究从宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌(CSCC)的细胞多样性和异质性	整合四个单细胞数据集，利用scCODA揭示细胞类型组成变化，并通过ATAC-seq分析将表观遗传改变与基因表达谱相关联，识别出与CSCC进展相关的关键转录因子	NA	探索宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌的细胞多样性和异质性	正常组织、癌旁组织、癌前病变和宫颈肿瘤	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、RT-qPCR、免疫组化(IHC)	logistic回归模型	单细胞测序数据、表观遗传数据、基因表达数据	四个单细胞数据集(具体样本数量未明确说明)
786	2025-05-03	Restoring mitochondrial function promotes hematopoietic reconstitution from cord blood following cryopreservation-related functional decline 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183607 PMID:40036065	研究论文	研究探讨了冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响，并提出了一种恢复线粒体功能的策略	首次构建了冷冻保存脐带血造血干细胞的单细胞转录组图谱，并发现冷冻保存导致线粒体功能异常，提出使用萝卜硫素（SF）改善这一现象	研究仅基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中验证SF的效果	探究冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响及可能的改善策略	脐带血中的CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及单核细胞（MNCs）	再生医学	造血系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	冷冻保存1、5、10和19年的脐带血样本
787	2025-05-02	Single-cell transcriptomics in a child with coenzyme Q10 nephropathy: potential of single-cell RNA sequencing in pediatric kidney disease 2025-May, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06611-2 PMID:39805995	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了一名辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检样本，揭示了该疾病在细胞水平上的基因表达变化	首次在辅酶Q10肾病中应用单细胞RNA测序技术，揭示了跨细胞类型的线粒体基因表达下调特征	研究仅基于单个病例样本，结果需要更大样本验证	阐明辅酶Q10肾病在单个细胞水平的基因表达变异	5岁男性辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	1例患儿肾脏活检样本
788	2025-05-02	Single-cell transcriptomic analysis reveals distinct plasma cell populations in chronic thromboembolic pulmonary hypertension 2025-May, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH IF:5.5Q1 DOI:10.1016/j.jtha.2025.02.010 PMID:39965671	research paper	通过单细胞转录组分析揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）中浆细胞的不同群体	识别了CTEPH中浆细胞的改变表型和分化模式，发现了新的浆细胞亚群（AHNAK和IGLC3）	样本量相对较小（5例CTEPH患者和6例正常肺动脉），且仅关注了浆细胞	研究CTEPH中浆细胞的表型和分化模式	CTEPH患者的肺动脉组织和血清免疫球蛋白	单细胞转录组学	慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和蛋白电泳	NA	RNA测序数据和蛋白质数据	5例CTEPH患者和6例正常肺动脉组织，273例CTEPH患者、259例IPAH患者和251例健康对照的血清样本
789	2025-05-02	Micro-region transcriptomics profiling of cerebral organoids using a capillary-based microdissection system 2025-May-01, Analytical methods : advancing methods and applications IF:2.7Q1 DOI:10.1039/d5ay00277j PMID:40211824	研究论文	本文介绍了一种基于毛细管的组织微切割系统（CMS），用于高效获取培养的脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序（CMS-seq），以研究空间转录组学	开发了一种新型的毛细管组织微切割系统（CMS），能够高效获取脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序，并构建了mROIs的细胞类型空间注释图	未提及样本量是否足够大，以及该方法在其他类型组织中的适用性	研究脑类器官中细胞命运的空间转录组学	培养的脑类器官中的微区域（mROIs）	空间转录组学	NA	mRNA测序（CMS-seq），基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析	NA	mRNA测序数据	未明确提及具体样本量，但涉及20天和60天的脑类器官样本
790	2025-05-01	Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Molecular Features Underlying the Disrupted Neurogenesis Following Traumatic Brain Injury 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24671 PMID:39760225	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示创伤性脑损伤后神经发生中断的分子特征	首次在单细胞水平上揭示了创伤性脑损伤后神经干细胞倾向于分化为胶质细胞的分子机制，并发现转录因子Dlx2在调控神经干细胞向神经元分化中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究创伤性脑损伤后神经发生中断的分子机制	小鼠脑室下区神经干细胞及其衍生细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	大规模小鼠神经干细胞样本
791	2025-05-01	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Developmental Landscape of Wheat Roots 2025-May, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15321 PMID:39763237	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示小麦根尖细胞的转录组异质性和细胞类型组成	首次报道了小麦中国春品种根尖单细胞的scRNA-seq转录组，定义了细胞类型特异性标记基因，并重构了发育轨迹	仅针对小麦中国春品种进行研究，未涵盖其他小麦品种	解析小麦根尖细胞的转录组特征和发育轨迹	小麦中国春品种根尖单细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	小麦中国春品种根尖单细胞
792	2025-05-01	Myeloid deficiency of Z-DNA binding protein 1 restricts septic cardiomyopathy via promoting macrophage polarisation towards the M2-subtype 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70315 PMID:40289345	研究论文	本研究揭示了Z-DNA结合蛋白1（ZBP1）在脓毒症心肌病中的作用及其通过STAT1-ZBP1轴促进巨噬细胞M2亚型极化的机制	首次发现STAT1-ZBP1轴在巨噬细胞中促进脓毒症心肌病的作用，并证实ZBP1缺失可促进巨噬细胞向M2亚型极化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究ZBP1在脓毒症心肌病中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	LPS处理的小鼠心肌组织、内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞	心血管疾病	脓毒症心肌病	scRNA-seq、snRNA-seq、免疫荧光、超声心动图	小鼠模型	mRNA测序数据、影像数据	LPS处理的小鼠心肌组织样本
793	2025-05-01	cGAS/STING signalling in macrophages aggravates obliterative bronchiolitis via an IFN-α-dependent mechanism after orthotopic tracheal transplantation in mice 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70323 PMID:40292672	research paper	研究揭示了cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性机制在巨噬细胞中加剧小鼠原位气管移植后的闭塞性细支气管炎	首次阐明cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性机制在巨噬细胞中促进闭塞性细支气管炎的进展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究cGAS/STING信号通路在闭塞性细支气管炎发病机制中的作用	小鼠原位气管移植模型和巨噬细胞	免疫学	闭塞性细支气管炎	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本量的小鼠实验
794	2025-05-01	Deciphering of intra-tumoural heterogeneity and the interplay between metastasis-associated meta-program and myofibroblasts in gastric cancer 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70319 PMID:40292733	研究论文	通过单细胞和空间转录组学解析胃癌的肿瘤内异质性，并揭示转移相关元程序与肌成纤维细胞的相互作用机制	鉴定了胃癌中的七个元程序（MP1-MP7），特别是MP7与肌成纤维细胞（myCAFs）的相互作用机制及其在免疫逃逸中的作用，为胃癌治疗提供了新的靶点	研究主要基于单细胞和空间转录组学数据，临床样本验证仍需进一步扩大样本量	解析胃癌的肿瘤内异质性及其与肿瘤微环境中肌成纤维细胞的相互作用	胃癌细胞、肌成纤维细胞（myCAFs）、CD8 T细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验、临床样本分析、患者来源类器官模型（PDOs）	NA	转录组数据、临床数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本和PDOs模型
795	2025-05-01	Elevated KIF2C Expression Drives Osteosarcoma Progression by Modulating the Wnt/β-Catenin Signaling Pathway and Contributing to an Immunosuppressive Tumor Microenvironment 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70915 PMID:40292920	研究论文	研究KIF2C在骨肉瘤(OS)中的作用及其对肿瘤微环境的影响	首次揭示KIF2C通过调节Wnt/β-catenin信号通路和促进免疫抑制性肿瘤微环境来驱动骨肉瘤进展	研究主要基于公共数据集和体外/体内实验，需要进一步临床验证	探究KIF2C在骨肉瘤发生发展中的作用机制	骨肉瘤细胞和肿瘤微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	KEGG富集分析、GSVA、ssGSEA、ESTIMATE算法、单细胞测序、分子对接和分子动力学	体外细胞模型和体内动物模型	基因表达数据和蛋白质相互作用数据	公共数据集中的骨肉瘤样本和实验模型
796	2025-04-29	ScRNA-Seq reveals T cell immunity in COVID-19 patients and implications for immunotherapy 2025-May-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114663 PMID:40233451	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示COVID-19患者T细胞免疫异质性及其对免疫治疗影响方面的应用	利用scRNA-seq技术揭示了COVID-19患者中T细胞的异质性和功能障碍，为免疫治疗和疫苗开发提供了新见解	当前针对T细胞的治疗策略效果不一致，需要组合方法	阐明T细胞异质性如何影响COVID-19疾病严重程度	COVID-19患者的T细胞，包括常规T细胞（CD8、CD4 T细胞）和非常规T细胞（NKT细胞、MAIT细胞和γδT细胞）	生物医学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
797	2025-04-29	Therapeutic and prognostic values of ferroptosis signature in glioblastoma 2025-May-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114597 PMID:40239336	research paper	探讨铁死亡特征在胶质母细胞瘤中的治疗和预后价值	利用单细胞RNA测序揭示胶质母细胞瘤的分子特征及其肿瘤微环境，引入铁死亡相关生物标志物通路和耐药机制	铁死亡与GBM免疫景观的关系复杂，可能产生积极或消极影响	研究铁死亡在胶质母细胞瘤中的影响，以提供肿瘤生物学和潜在治疗策略的重要知识	胶质母细胞瘤细胞及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
798	2025-04-29	Characterization of the Biochemical Recurrence Prediction Ability and Progression Correlation of Peroxiredoxins Family in Prostate Cancer Based on Integrating Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Cohorts 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70855 PMID:40281661	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，探讨了过氧化物还原酶家族（PRDXs）在前列腺癌（PCa）中的预后和治疗反应预测能力	首次发现PRDX5与前列腺癌进展密切相关，并开发了一个整合PRDX5表达与临床特征的列线图，用于预测PCa患者的临床结果，优于30个已发表的签名	研究主要基于公共数据集，需要进一步实验验证PRDX5在前列腺癌中的具体作用机制	探讨PRDXs家族在前列腺癌预后和治疗反应中的潜在作用	前列腺癌患者和去势抵抗性前列腺癌（CRPC）细胞系	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、大规模RNA测序（bulk RNA-seq）、免疫组织化学、体外细胞增殖实验、ROS测定实验、凋亡实验	NA	RNA测序数据、临床数据、细胞实验数据	2个单细胞RNA数据集和8个大规模RNA数据集
799	2025-04-29	Role of different Lyl1 transcripts in zebrafish primitive hematopoiesis 2025-May, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-288 PMID:40287790	research paper	本研究探讨了斑马鱼原始造血过程中不同Lyl1转录本的作用	发现了斑马鱼和人类中存在Lyl1的长短转录本，并揭示了它们在原始髓系造血中的不同调控作用	未深入探讨长短转录本调控造血的具体分子机制	阐明Lyl1不同转录本在原始造血过程中的功能差异	斑马鱼原始造血细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, 5'RACE, Morpholino敲低	NA	单细胞RNA测序数据	斑马鱼造血干细胞/祖细胞
800	2025-04-27	Metabolic alterations and immune heterogeneity in gastric cancer metastasis 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112296 PMID:40276776	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌及其转移灶中的代谢变化和免疫异质性	首次发现线粒体ATP合成酶亚基ATP5MC2在胃癌早期转移中的独特改变，并构建了与胃癌转移相关的单细胞图谱	样本量相对较小(11个胃癌样本和8个转移灶)，且未涉及其他癌症类型的验证	探究胃癌转移过程中的代谢重编程和免疫微环境变化	胃癌细胞、基质细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	11个胃癌样本和8个转移灶，共92,842个细胞