单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 800 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-10 |
Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421421122
PMID:40339128
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠舌上皮细胞类型的昼夜节律变化，发现生物钟调控的细胞周期进程驱动味觉细胞群体的时间依赖性变化 | 首次发现味觉细胞群体存在昼夜节律性变化，并证明这种变化由生物钟调控的细胞周期进程驱动，且影响味觉敏感性的时间依赖性变化 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他物种中验证 | 探究生物钟如何通过调控细胞更新影响味觉敏感性的时间依赖性变化 | 小鼠舌上皮细胞，特别是II型味觉细胞和味蕾干细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，味蕾类器官培养，基因敲低，味觉测试 | NA | 单细胞RNA测序数据，行为学数据 | 小鼠舌上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2025-11-09 |
Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2502256122
PMID:40333757
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白去乙酰化酶1在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因子的关键作用 | 首次发现Hdac1特异性调控抗原特异性中间耗竭T细胞的形成，并揭示其通过染色质可及性调控耗竭程序基因的双重功能 | T细胞亚群分化的表观遗传决定因素仍未完全阐明 | 探索慢性病毒感染中CD8+ T细胞耗竭亚群分化的表观遗传调控机制 | 慢性病毒感染模型中的CD8+ T细胞亚群 | 免疫学 | 慢性病毒感染 | 单细胞转录组测序,染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-11-09 |
Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2422236122
PMID:40333758
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研究论文 | 本研究通过黄热病疫苗接种模型，揭示了树突状细胞和单核细胞早期干扰素激活状态与抗体反应的相关性 | 首次在单细胞水平系统描绘黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的早期先天免疫应答动态，并发现SIGLEC1/CD169作为敏感的生物标志物 | 研究仅关注早期免疫反应（28天内），未评估长期免疫记忆；样本时间点有限 | 阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与保护性 immunity 生成的关系 | 人类血液树突状细胞和单核细胞亚群 | 免疫学 | 传染病 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 大型疫苗接种者队列 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 64 | 2025-11-06 |
Macrophage sensitivity to bexmarilimab-induced reprogramming is shaped by the tumor microenvironment
2025-May-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011292
PMID:40379271
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研究论文 | 本研究通过乳腺癌患者来源的外植体培养模型，探索了肿瘤微环境对bexmarilimab诱导的巨噬细胞重编程敏感性的影响 | 首次使用患者来源的外植体培养模型系统评估bexmarilimab的治疗反应，并揭示了肿瘤微环境炎症状态是治疗敏感性的主要决定因素 | 研究基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的肿瘤微环境相互作用 | 探索肿瘤微环境对巨噬细胞重编程治疗bexmarilimab敏感性的影响机制 | 乳腺癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重细胞因子分析,条件培养基处理 | 患者来源的外植体培养模型 | RNA测序数据,细胞因子谱数据,空间转录组数据 | 乳腺癌患者肿瘤和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-11-05 |
Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.17.613579
PMID:39345494
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研究论文 | 通过695个脑样本的跨表达元分析，揭示空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 提出跨表达分析新方法，避免基因列表筛选或细胞类型注释，直接从空间相邻细胞中发现协调表达的基因对 | NA | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 成年小鼠脑组织样本 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 约2500万个细胞，695个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 8种不同技术平台 |
| 66 | 2025-11-05 |
Inhibition of DKK-1 by WAY262611 Inhibits Osteosarcoma Metastasis
2025-May-02, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0744
PMID:39781890
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研究论文 | 本研究验证小分子抑制剂WAY262611通过抑制DKK-1激活Wnt信号通路，从而抑制骨肉瘤转移 | 首次证明小分子DKK-1抑制剂在体内外均能抑制骨肉瘤转移并诱导成骨分化 | NA | 评估DKK-1抑制剂对骨肉瘤转移的抑制作用 | 骨肉瘤细胞系和患者来源的骨肉瘤异种移植模型 | NA | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-11-04 |
Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.653038
PMID:40463045
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研究论文 | 开发了一个名为scCellFie的计算框架，用于从单细胞和空间转录组数据推断代谢活动 | 提出了首个能够从转录组数据系统推断代谢活动的计算框架，并应用于约3000万个细胞图谱分析 | 基于转录组数据间接推断代谢活动，而非直接测量代谢物 | 开发计算工具从转录组数据推断细胞代谢功能 | 人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症,子宫内膜癌 | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 计算框架 | 转录组数据 | 约3000万个细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2025-11-04 |
A 3D Self-Assembly Platform Integrating Decellularized Matrix Recapitulates In Vivo Tumor Phenotypes and Heterogeneity
2025-May-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1954
PMID:39888317
|
研究论文 | 开发了一种无水凝胶自组装平台MatriSpheres，用于建立富含细胞外基质的3D肿瘤模型 | 使用脱细胞小肠粘膜下层ECM构建水凝胶自由的3D自组装平台，能够更好地模拟体内肿瘤表型和异质性 | NA | 研究肿瘤微环境中细胞外基质对肿瘤生物学的影响 | 小鼠和人类结直肠癌细胞 | 组织工程 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 3D细胞培养模型 | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-11-04 |
Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States
2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529
PMID:39969959
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析导管内乳头状黏液性肿瘤，揭示了惰性和恶性状态的不同转录组特征 | 首次在IPMN中发现三种不同的上皮转录组状态，并将其与胰腺导管腺癌的分子亚型相关联 | 样本量较小(10个标本)，需要更大规模研究验证 | 探索IPMN的转录组特征以改进风险分层 | 导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 数字空间RNA分析(DSP-RNA), 全转录组分析 | NA | 空间转录组数据, 基因表达数据 | 10个IPMN标本 | NA | 空间转录组学 | NA | 数字空间RNA分析(DSP-RNA) |
| 70 | 2025-11-04 |
Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease
2025-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08852-z
PMID:40205047
|
研究论文 | 本研究揭示了免疫检查点分子TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态，并探索其在阿尔茨海默病中的治疗潜力 | 首次发现TIM-3通过其羧基末端与SMAD2和TGFBR2相互作用，增强TGFβ信号传导，从而维持小胶质细胞稳态 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究TIM-3在小胶质细胞中的具体功能及其在阿尔茨海默病中的作用机制 | 小鼠小胶质细胞和5×FAD转基因阿尔茨海默病模型小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单核RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2025-11-03 |
CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data
2025-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02148-8
PMID:40195561
|
研究论文 | 提出CHOIR方法通过随机森林分类器和置换测试优化单细胞数据聚类，提高细胞类型和状态检测的统计显著性 | 首次将随机森林分类器和置换测试框架应用于层次聚类树，统计确定代表不同细胞群体的聚类 | NA | 解决单细胞数据聚类中过聚类或欠聚类的问题，提高细胞类型识别的有效性 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、空间转录组和多组学数据集 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 空间转录组学, 多组学 | 随机森林, 层次聚类 | 单细胞数据 | 230个模拟数据集和5个真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 72 | 2025-10-31 |
NEUROD1 efficiently converts peripheral blood cells into neurons with partial reprogramming by pluripotency factors
2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401387122
PMID:40299704
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研究论文 | 本研究开发了一种通过NEUROD1和四种山中因子将外周血细胞直接重编程为神经元的高效方法 | 首次使用外周血细胞替代成纤维细胞，通过五种关键转录因子组合在3周内实现谷氨酸能神经元直接重编程，无需iPSC中间阶段 | 未明确说明重编程效率的具体数值和神经元功能的全面验证 | 开发一种非侵入性、高效快速的神经元直接重编程方法 | 外周血细胞 | 细胞重编程 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组亚硫酸氢盐测序, Cre-LoxP谱系追踪 | NA | 基因表达数据, 甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-26 |
Angiotensin-Converting Enzyme-Dependent Intrarenal Angiotensin II Contributes to CTP: Phosphoethanolamine Cytidylyltransferase Downregulation, Mitochondrial Membranous Disruption, and Reactive Oxygen Species Overgeneration in Diabetic Tubulopathy
2025-May, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1089/ars.2024.0637
PMID:39495586
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研究论文 | 本研究揭示了血管紧张素转换酶依赖性肾内血管紧张素II在糖尿病肾小管病变中导致PCYT2下调、线粒体膜破坏和活性氧过度生成的关键作用 | 首次发现ACE依赖性肾内AngII通过下调PCYT2破坏肾小管线粒体膜稳态并导致ROS过度生成的机制 | 研究主要基于动物模型，需要进一步临床验证；ACE抑制剂仅能部分改善肾小管损伤 | 探讨ACE依赖性肾内AngII在糖尿病肾小管损伤中的作用机制 | 2型糖尿病小鼠模型和肾小管细胞 | 肾脏病学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序，肾动脉注射，酶活性检测 | NA | 基因表达数据，生化指标数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-15 |
T cell-mediated SIV dissemination into the CNS: a single-cell transcriptomic analysis
2025-May-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6537361/v1
PMID:40386405
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示CD4+细胞毒性样T细胞在SIV病毒进入中枢神经系统的关键作用 | 首次在急性SIV感染期发现同时表达髓系和淋巴系基因的独特脑细胞簇，并鉴定CD4+细胞毒性样T细胞是病毒进入中枢神经系统的主要媒介 | 研究仅基于三只急性感染猕猴，样本量较小，且为动物模型研究 | 表征急性感染期间脑淋巴细胞的作用及CD4+T细胞表型在SIV传播至中枢神经系统中的功能 | 急性SIV感染的恒河猴脑部和血液细胞 | 单细胞转录组学 | HIV/SIV感染 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析，体外共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 三只急性SIV感染恒河猴的脑部和血液细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-08 |
AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation
2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.28.640907
PMID:40093069
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研究论文 | 通过AI驱动的单细胞RNA测序分析揭示视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态 | 首次使用AI辅助工具SCassist系统分析Müller细胞亚群功能，发现活化Müller细胞表达免疫检查点分子调控Th1细胞活性的新机制 | 研究基于Aire-/-小鼠模型，结果在人类视网膜中的适用性需要进一步验证 | 探究视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能特性和与T细胞的相互作用 | Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞 | 单细胞转录组学 | 视网膜自身免疫炎症 | 单细胞RNA测序 | AI辅助分析工作流 | 单细胞转录组数据 | Aire-/-小鼠视网膜scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-05 |
Deep learning inference of cell type-specific gene expression from breast tumor histopathology
2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652089
PMID:41030996
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研究论文 | 开发了一种从乳腺癌组织病理学全玻片图像直接预测细胞类型特异性基因表达的深度学习工具 | 首次实现直接从常规组织病理学图像预测细胞类型特异性基因表达，无需进行单细胞或批量RNA测序 | 在9种细胞类型中仅对癌症相关成纤维细胞、癌细胞和髓系细胞的预测效果最佳 | 开发低成本、快速的细胞类型特异性基因表达推断方法 | 乳腺癌组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 深度学习，单细胞RNA测序，批量RNA测序 | 深度学习模型 | 全玻片图像，基因表达数据 | TCGA乳腺癌队列和160例独立队列 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex
2025-May, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01933-2
PMID:40259073
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研究论文 | 通过整合分析人类皮层发育和成年的单细胞转录组图谱，揭示了驱动皮层细胞亚型特化的基因共表达网络模块 | 首次通过平行元分析生成500多个基因共表达网络，识别出具有细胞亚型特异性的发育元模块，并通过人皮层嵌合体实验验证FEZF2和TSHZ3在深层神经元特化中的功能 | 研究主要基于已有数据集的分析，实验验证仅限于特定模块 | 解析人类大脑皮层发育过程中细胞亚型特化的分子机制 | 人类皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组测序，基因共表达网络分析 | 基因共表达网络 | 单细胞RNA测序数据 | 发育期7个数据集，成年期16个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 通过时空分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制 | 首次整合单细胞核基因组学与空间转录组学技术，在区域特异性和细胞类型特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证；样本量相对有限（36个大脑） | 阐明热量限制对大脑衰老的分子和细胞作用机制 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞核基因组学, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 空间转录组数据 | 36个小鼠大脑（超过500,000个细胞），12个脑切片 | NA | 单细胞核基因组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-05 |
Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics
2025-May-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004
PMID:40154487
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研究论文 | 通过单细胞空间多组学技术揭示癌症相关成纤维细胞在多种癌症类型中保守的空间亚型和细胞邻域结构 | 首次在10种癌症类型中鉴定出四种保守的空间CAF亚型，这些亚型具有跨癌症类型和空间组学平台的普适性 | 研究涉及多种平台和技术，可能存在技术偏差；样本来源的癌症类型有限 | 探索癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的空间组织特征和相互作用网络 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs)及其在肿瘤微环境中的空间分布 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 超过1400万个细胞，涵盖10种癌症类型 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单细胞多组学 | 7种空间组学平台 | 7种不同的空间转录组学和蛋白质组学平台技术 |
| 80 | 2025-10-05 |
Cutting-edge tools for unveiling the dynamics of plasmid-host interactions
2025-May, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.12.013
PMID:39843314
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综述 | 本文探讨了用于揭示质粒-宿主相互作用动态的前沿技术工具 | 批判性评估单细胞测序、荧光技术和Hi-C等先进方法在质粒-宿主相互作用研究中的应用，并探讨CRISPR-based噬菌体工程等新兴技术的潜力 | NA | 研究抗生素抗性基因在复杂微生物组中的质粒介导传播机制 | 质粒-宿主相互作用和抗生素抗性基因传播动态 | 微生物组学 | 抗生素耐药性 | 单细胞测序,荧光技术,高通量染色质构象捕获,CRISPR-based噬菌体工程 | NA | 基因组数据,染色质构象数据 | NA | NA | 单细胞测序,Hi-C | NA | NA |