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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-03-14 |
Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung
2025-05-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012
PMID:40118721
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,构建了小鼠肺发育从E12.5到P0期的时空转录组图谱 | 首次报道了发育中肺的全面时空转录组图谱,结合空间和单细胞数据识别了10个关键空间域和谱系轨迹 | 研究仅基于小鼠模型,未直接验证人类肺发育,且未进行功能实验验证关键基因如Angpt2和Epha3的具体作用 | 旨在理解哺乳动物肺功能发育的复杂过程,包括分支形态发生和肺泡生成 | 小鼠肺组织,涵盖胚胎期E12.5到出生后P0的发育阶段 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 小鼠肺组织样本,覆盖E12.5至P0多个时间点 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2026-03-14 |
An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution
2025-05-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043
PMID:40157887
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研究论文 | 本研究构建了最大的人类T细胞参考数据库,并开发了名为STCAT的自动注释工具,用于单细胞RNA测序数据中T细胞亚型和状态的精准注释 | 构建了包含134.8万个T细胞、涵盖35种条件和16种组织的最大人类T细胞参考数据库;开发了基于分层模型和标记物校正的新型自动注释工具STCAT,其准确率比现有工具提高28%;首次系统揭示了CD4 Treg细胞在肿瘤样本中的富集现象以及CD8 naive相关细胞在健康个体中的丰度特征 | 参考数据库主要基于现有公开数据集构建,可能无法涵盖所有疾病状态和组织类型;工具验证仅在六个独立数据集上进行,需要更广泛的临床验证 | 开发T细胞亚型和状态的自动注释工具及参考数据库,以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究 | 人类T细胞(包括CD4和CD8 T细胞) | 单细胞组学 | 肺癌、COVID-19、卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 分层模型 | 单细胞转录组数据 | 1,348,268个T细胞,来自35种条件和16种组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-03-14 |
Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594981
PMID:38826475
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研究论文 | 本研究利用多样性远交小鼠的单细胞转录组数据,构建细胞类型特异性网络,以解析人类骨密度GWAS关联基因的潜在因果作用 | 首次结合单细胞转录组轨迹分析与网络驱动基因识别,从细胞状态动态变化角度揭示骨密度调控新机制 | 研究基于小鼠模型数据,在人类中的直接验证尚需进一步实验 | 解析骨密度GWAS关联基因的细胞类型特异性功能与因果机制 | 骨髓来源基质细胞在成骨条件下的分化过程 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | 网络分析 | 单细胞转录组数据 | 多样性远交小鼠的骨髓基质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-03-14 |
The impact of breast radiotherapy on the tumor genome and immune ecosystem
2025-May-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115703
PMID:40378044
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研究论文 | 本研究探讨了放疗对雌激素受体阳性乳腺癌患者肿瘤基因组和免疫微环境的影响 | 首次结合单细胞DNA测序和单细胞RNA测序技术,在放疗前后时间点分析乳腺癌肿瘤的克隆选择和免疫细胞动态变化 | 样本量较小(20名患者),仅针对雌激素受体阳性乳腺癌,且随访时间较短(放疗后7天) | 阐明放疗如何调节乳腺癌肿瘤微环境,特别是对肿瘤基因组和免疫生态系统的影响 | 20名接受新辅助放疗的雌激素受体阳性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 20名患者,其中8名进行scDNA-seq,11名进行scRNA-seq,在放疗前和放疗后7天采集肿瘤活检样本 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2026-03-14 |
EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses
2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf004
PMID:40073167
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶EZH2在调控记忆B细胞(MBC)编程和回忆应答中的关键作用 | 首次在流感感染模型中系统阐明了EZH2如何调控MBC的形成、表型维持和功能潜能,并发现EZH2缺失导致MBC库向非生发中心型IgM+亚群偏移 | EZH2敲除不完全,可能存在残留活性影响表型解读;研究主要聚焦流感感染模型,在其他病原体感染中的普适性需进一步验证 | 探究表观遗传酶EZH2在记忆B细胞分化与功能调控中的作用机制 | 小鼠(Mus musculus)记忆B细胞及其亚群 | 免疫学 | 传染病(流感) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量(使用抗原特异性MBC进行scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2026-03-13 |
Kindlin-2-Mediated Hematopoiesis Remodeling Regulates Triple-Negative Breast Cancer Immune Evasion
2025-May-02, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0698
PMID:39918417
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研究论文 | 本研究揭示了接头蛋白Kindlin-2通过重塑造血过程和调节PD-L1表达,在三阴性乳腺癌免疫逃逸中的关键作用 | 首次阐明Kindlin-2通过系统性调节造血过程(促进髓系细胞扩增)和肿瘤PD-L1表达,驱动三阴性乳腺癌免疫逃逸的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;未详细探讨Kindlin-2调控造血和PD-L1表达的具体下游信号通路 | 探究Kindlin-2在三阴性乳腺癌免疫逃逸中的作用机制,并评估其作为免疫治疗联合靶点的潜力 | 三阴性乳腺癌肿瘤模型、荷瘤小鼠的造血系统及肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫组化、基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据、免疫组化图像 | 未明确说明具体样本数量,但涉及荷瘤小鼠模型及多种测序分析 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2026-03-06 |
Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones
2025-May-19, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040
PMID:40250431
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,研究了鸟类视网膜中光感受器的进化关系,特别是双锥细胞的起源 | 首次系统性地探索了鸟类光感受器与其他脊椎动物类群的细胞类型同源性,并揭示了双锥细胞的两个组成部分(DC-P和DC-A)分别起源于祖先的红锥和蓝锥 | 研究主要基于新孵化的鸡视网膜,可能未涵盖所有鸟类或发育阶段,且进化推断依赖于转录因子表达模式,需进一步功能验证 | 追踪鸟类光感受器与其他脊椎动物物种的细胞类型同源性,并阐明双锥细胞的进化起源 | 鸟类(鸡)和绿安乐蜥(Anolis carolinensis)的视网膜光感受器细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),CRISPR介导的基因敲除,顺式调控分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 新孵化的鸡视网膜细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2026-03-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals a reprogramming of hepatic immune cells and a protective role for B cells in MASH-driven HCC
2025-May-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000668
PMID:40257356
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎驱动的肝细胞癌中肝内免疫细胞的重编程,并强调了B细胞在肝癌中的保护作用 | 首次在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎驱动的肝细胞癌模型中,利用单细胞RNA测序全面解析肝内免疫细胞的异质性和转录重编程,并发现B细胞通过增强T细胞反应发挥抗肿瘤免疫作用 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的直接适用性需进一步验证;单细胞测序样本量有限,可能未完全捕获所有免疫细胞亚群 | 探究代谢功能障碍相关脂肪性肝炎驱动的肝细胞癌中免疫细胞的重编程机制及B细胞的抗肿瘤作用 | 高脂高碳水化合物饮食喂养的MUP-uPA小鼠模型中的肝内免疫细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但使用小鼠模型进行单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2026-03-04 |
GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652497
PMID:40654835
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研究论文 | 本文提出使用平均重叠度量来指导单细胞RNA测序中的聚类和注释,以提高细胞类型识别的准确性和生物学意义 | 引入平均重叠度量来比较差异表达基因的排名列表,从而更精确地评估单细胞聚类结果,特别是在高度相似的细胞群体中 | 方法主要基于转录组相似性,可能未考虑其他生物学因素,且在未知细胞身份的数据集中验证有限 | 开发一种新方法来改进单细胞RNA测序数据中细胞聚类的比较和注释,以更准确地识别细胞类型和亚群 | 单细胞RNA测序数据,包括已知T细胞群体和未分选小鼠胸腺细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类算法 | 转录组数据 | 包括已知T细胞群体和未分选小鼠胸腺细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-03-02 |
Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice
2025-May-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-00103-5
PMID:40442182
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研究论文 | 本研究探讨了早产如何增加雄性小鼠在高血糖条件下发生肾小球和肾小管损伤的易感性 | 首次研究了早产对糖尿病肾病进展的影响,并利用单细胞RNA测序揭示了早产糖尿病小鼠内皮细胞与足细胞相互作用的特异性改变 | 研究仅使用雄性小鼠,未探讨性别差异;样本量未明确说明;研究结果基于动物模型,需在人类中进一步验证 | 确定早产对暴露于高血糖后肾脏健康的影响 | CD-1品系的早产(19天受孕后)和足月产(20天受孕后)雄性小鼠 | NA | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析,分子技术,成像技术 | NA | 基因表达数据,组织图像,生理指标数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2026-03-02 |
Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology
2025-May, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006
PMID:39503694
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综述 | 本文综述了新兴的空间多组学技术的基本原理及其在皮肤病学研究中的应用 | 介绍了空间多组学技术如何同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质,并在单细胞分辨率下保留空间背景,为皮肤病研究提供新视角 | NA | 概述空间多组学技术的原理、优势、局限性及其在皮肤病学中的研究潜力 | 皮肤组织切片 | 数字病理学 | 皮肤病 | 空间多组学技术 | NA | 基因组、蛋白质组、表观基因组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间多组学 | NA | NA |
| 72 | 2026-03-02 |
Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413253
PMID:40087815
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研究论文 | 本文发现PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65的R171位点调控巨噬细胞极化,并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略,用于治疗铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤 | 首次鉴定出NF-κB p65的R171瓜氨酸化位点及其在巨噬细胞极化中的作用,并创新性地设计了靶向M1巨噬细胞的纳米药物治疗策略 | 研究主要聚焦于PA诱导的ALI模型,其他病原体或损伤类型中的适用性未验证,纳米药物的长期安全性和临床转化潜力需进一步评估 | 探究PAD2介导的瓜氨酸化在巨噬细胞极化中的作用机制,并开发针对急性肺损伤的靶向治疗策略 | 巨噬细胞极化过程、NF-κB p65蛋白、铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤小鼠模型 | 生物医学研究 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序、基于质谱的蛋白质组学、纳米药物递送 | NA | RNA测序数据、蛋白质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2026-02-25 |
sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.28.635153
PMID:40501921
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研究论文 | 提出了一种名为sciLaMA的新型单细胞表示学习框架,通过整合多模态大语言模型的静态基因嵌入与单细胞RNA测序数据,以提升下游任务性能 | 首创性地将多模态大语言模型的基因嵌入与单细胞RNA测序数据通过配对变分自编码器架构相结合,生成上下文感知的细胞和基因表示 | 未在摘要中明确说明 | 解决单细胞RNA测序数据分析中整合外部生物知识、计算效率和可解释性的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器,大语言模型 | 基因表达表格数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-02-25 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法,用于从人类血液中识别抗原特异性T细胞受体,并应用于结核病研究 | 开发了PDI-TCR方法,通过比较非重叠肽池的响应,能够区分真正的抗原特异性TCR克隆型与非特异性旁观者激活相关的TCR | NA | 识别和监测抗原特异性T细胞,以研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型 | 结核病患者、结核分枝杆菌致敏的健康个体(IGRA+)的血液样本 | 免疫学 | 结核病 | 肽池扩增、批量TCR测序、单细胞RNA测序 | NA | 序列数据、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-02-24 |
Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.06.561193
PMID:38370853
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用,并发现了调控该过程的关键分子通路 | 发现了神经肌肉接头重塑过程中一种新型的终末雪旺细胞亚型,并确定了SPP1信号通路作为调控雪旺细胞增殖和肌肉再神经支配的关键调节因子 | 研究主要基于小鼠模型,其在人类疾病中的直接适用性尚需进一步验证 | 阐明肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的细胞动力学和分子机制 | 肌肉驻留雪旺细胞及其在稳定神经支配、部分去神经支配和完全去神经支配再神经支配模型中的亚型 | 单细胞组学 | 神经肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2026-02-15 |
Transcriptomic Signature-Guided Depletion of Intermediate Alveolar Epithelial Cells Ameliorates Pulmonary Fibrosis in Mice
2025-May-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6623390/v1
PMID:40470235
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,识别了肺纤维化中的中间肺泡上皮细胞,并开发了一种RNA感知依赖的蛋白质翻译技术,选择性靶向并清除这些细胞,从而减轻小鼠模型中的肺纤维化 | 引入了新型RNA感知依赖的蛋白质翻译技术,用于选择性靶向和功能研究中间肺泡上皮细胞,并首次利用Sprr1a作为特异性标记来区分这些细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类应用需进一步验证;技术特异性可能受限于标记基因的表达动态 | 探究中间肺泡上皮细胞在肺纤维化中的具体贡献,并开发靶向治疗策略 | 小鼠模型中的Krt8+ ADI细胞和人类KRT5-/KRT17+异常基底样细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, RNA感知依赖的蛋白质翻译技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2026-02-07 |
DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells
2025-May, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00215-5
PMID:40119174
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研究论文 | 本研究通过分析COVID-19患者急性期鼻细胞的DNA甲基化组和单细胞RNA测序数据,揭示了与长期转录失调相关的表观遗传变化 | 首次将急性COVID-19期间的DNA甲基化变化与患者气道上皮细胞长达12个月的长期转录失调联系起来,并发现纤毛功能基因的持续抑制与症状相关 | 样本量相对较小(急性期n=19,随访样本更少),且为观察性研究,无法确定甲基化变化与长期症状之间的因果关系 | 探究SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制,特别是表观遗传调控在长期转录失调中的作用 | COVID-19患者和对照组的鼻细胞(气道上皮细胞) | 表观遗传学 | COVID-19 | 酶促DNA甲基化组测序,单细胞RNA测序 | NA | DNA甲基化数据,单细胞转录组数据 | 急性期:COVID-19患者19人(其中14人进行scRNA-seq),对照组14人(其中10人进行scRNA-seq);随访:感染后3个月7人,12个月5人;独立验证队列:感染后6个月15人 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2026-02-05 |
An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression
2025-05-23, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633
PMID:40408430
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研究论文 | 本研究通过工程化改造疱疹病毒蛋白TIP,使其能够招募LCK激酶直接激活T细胞中的STAT5蛋白,从而在无细胞因子的情况下维持CD8+ T细胞的存活和功能,并增强其在实体瘤中的抗肿瘤效果 | 首次利用工程化的病毒蛋白TIP作为平台,强制招募LCK激酶至STAT蛋白,实现了细胞因子非依赖性的靶向STAT激活,并重编程了T细胞内的信号通路 | 研究主要基于体外和动物模型,其临床转化效果和长期安全性尚未在人体中得到验证 | 旨在克服T细胞疗法中因JAK-STAT信号失调导致的功能受损问题,增强T细胞在实体瘤中的持久性和功能性 | 工程化病毒蛋白TIP、LCK激酶、STAT5蛋白、CD8+ T细胞、实体瘤模型 | 免疫工程、合成生物学 | 实体瘤 | 单细胞转录组学、蛋白质工程、体内肿瘤模型 | NA | 基因表达数据、功能实验数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2026-01-21 |
Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656393
PMID:40502193
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了唐氏综合征患者中肝脏代谢的改变,特别是胆汁酸水平升高和肝功能异常蛋白标志物 | 首次在唐氏综合征中系统报道了广泛的代谢变化,并利用小鼠模型和单细胞转录组学验证了胆汁酸代谢紊乱与肝脏病理的关联 | 研究样本量相对有限,且主要基于血浆分析,未深入探讨其他组织或长期临床影响 | 探究唐氏综合征中肝脏代谢的改变及其潜在机制 | 唐氏综合征患者和小鼠模型 | 代谢组学 | 唐氏综合征 | 多组学分析、bulk RNA-seq、单细胞转录组学 | Dp16小鼠模型 | 血浆、RNA序列数据 | 超过400人 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2026-01-21 |
Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.19.572477
PMID:38187622
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研究论文 | 本文提出了一种名为scLANE的可解释轨迹推断方法,用于单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态分析 | scLANE测试基于可解释的广义线性模型,通过经验选择的基样条处理非线性,并扩展至估计方程和混合模型,以支持复杂实验设计下的可靠轨迹测试 | NA | 开发一种可解释的轨迹推断方法,以识别与生物轨迹进展显著相关的基因表达变化 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 广义线性模型(GLM)、基样条、估计方程、混合模型 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |