单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-05-13	Mechanistic insights into EIF6 as a target of Apigenin in alleviating chondrocyte senescence 2025-May, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2025.112725 PMID:40049422	research paper	本研究探讨了芹菜素通过上调EIF6表达减轻软骨细胞衰老的机制，并评估其在膝骨关节炎治疗中的潜力	首次发现EIF6是芹菜素在膝骨关节炎中的潜在靶点，并揭示了其通过上调EIF6表达减轻软骨细胞衰老的机制	研究主要基于体外实验，需要在动物模型和临床试验中进一步验证	探究芹菜素在膝骨关节炎中的潜在靶点和作用机制	芹菜素、EIF6基因、SW1353细胞和人类软骨组织	分子生物学	膝骨关节炎	网络药理学分析、SMR分析、分子对接、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、分子对接数据	人类软骨组织单细胞RNA测序数据、体外培养的SW1353细胞
702	2025-05-13	Targeting p53 for immune modulation: Exploring its functions in tumor immunity and inflammation 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217614 PMID:40054656	review	本文综述了p53在肿瘤免疫和炎症中的双重作用及其在免疫调节中的功能	详细探讨了p53在免疫动态中的影响，包括其对多种免疫细胞的作用及其在免疫原性细胞死亡中的关键角色	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有文献综述	探索p53在肿瘤免疫和炎症中的功能及其治疗潜力	p53蛋白及其在免疫细胞（如巨噬细胞、树突状细胞、NK细胞、T细胞和B细胞）中的作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	NA	文献数据	NA
703	2025-05-13	Integration of bulk and single-cell RNA sequencing reveals dynamic changes in epidermal cells 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142601 PMID:40158578	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，研究牦牛表皮细胞在毛囊周期中的动态变化	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了牦牛毛囊周期中14种不同细胞群体的时空动态变化，并重建了表皮细胞分化的轨迹	研究仅针对牦牛，结果可能不适用于其他物种	探究毛囊周期中表皮细胞行为的分子调控机制	牦牛表皮细胞	分子生物学	NA	批量RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
704	2025-05-13	Roles of innate immune system and receptor Dectin-1 in synovium and cartilage homeostasis of osteoarthritis 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142669 PMID:40164261	研究论文	本研究探讨了先天免疫系统及其受体Dectin-1在骨关节炎（OA）滑膜和软骨稳态中的作用	揭示了先天免疫相关基因和通路在OA滑膜中的表达模式，并突出了Dectin-1在巨噬细胞中的作用	需要进一步探索先天免疫在OA中的具体机制	研究先天免疫在OA滑膜炎中的机制	OA患者的滑膜组织和软骨	生物医学	骨关节炎	RNA测序、单细胞测序、STRING数据库分析	机器学习算法（113种组合）	RNA测序数据、单细胞测序数据	NA
705	2025-05-13	Hepatic immune environment differences among common mouse strains in models of MASH and liver cancer 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101380 PMID:40342632	研究论文	该研究比较了不同小鼠品系在健康和疾病状态下的肝脏免疫环境差异，并进行了小鼠与人类的跨物种免疫比较	揭示了常见小鼠品系在健康和疾病状态下肝脏免疫环境的显著差异，并验证了小鼠模型可以部分重现人类肝脏免疫变化	研究仅涉及三种小鼠品系，可能无法完全代表所有小鼠模型的免疫差异	探究不同小鼠品系在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)和肝细胞癌(HCC)模型中的肝脏免疫环境差异	C57BL/6、BALB/c和FVB/N小鼠的肝脏免疫细胞	免疫学	肝细胞癌、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	高维光谱流式细胞术、scRNA-seq	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	每种条件4只小鼠
706	2025-05-12	Single-cell sequencing reveals alterations in the ovarian immune microenvironment regulated by 17β-estradiol in neonatal mice 2025-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.355 PMID:40343417	研究论文	通过单细胞测序技术研究17β-雌二醇对新生小鼠卵巢免疫微环境的调控作用	首次全面描述了新生小鼠卵巢免疫微环境在17β-雌二醇调控下的动态变化，揭示了雌激素对巨噬细胞表型转换的影响	研究仅针对新生小鼠模型，结果可能无法完全反映成年个体的情况	探究雌激素在卵巢免疫微环境中的调控机制	C57BL/6J新生小鼠的卵巢组织	单细胞生物学	生殖系统疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	新生小鼠卵巢组织样本
707	2025-05-12	Spatial transcriptomic applications in orthopedics 2025-May-10, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2025.2501703 PMID:40347072	综述	本文综述了空间转录组学在骨科研究中的应用，特别是在解析肌肉骨骼组织中复杂基因表达模式方面的变革性影响	强调了空间转录组学在识别新的细胞群体和细胞信号通路方面的创新应用	未提及具体的技术限制或研究中的不足	探讨空间转录组学在骨科研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜）	数字病理学	骨科疾病	10X Visium, 10X Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP	NA	空间转录组数据	29篇已发表的手稿，涉及软骨、骨、肌腱、滑膜和椎间盘
708	2025-05-12	The MYC/TXNIP axis mediates NCL-Suppressed CD8+T cell immune response in lung adenocarcinoma 2025-May-09, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01224-3 PMID:40346484	研究论文	本研究探讨了核仁蛋白NCL通过MYC/TXNIP轴调节CD8+T细胞的葡萄糖代谢和免疫功能，从而影响肺腺癌的免疫逃逸	揭示了NCL通过MYC/TXNIP轴调控CD8+T细胞葡萄糖代谢的新机制	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究NCL在T细胞葡萄糖代谢和肺腺癌免疫逃逸中的作用	CD8+T细胞和肺腺癌细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位移植小鼠模型	NA	基因表达数据、实验数据	来自GEO和TCGA的数据库数据，以及体外和小鼠实验样本
709	2025-05-12	Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies circadian rhythm disruption and cluster-specific clinical insights in colorectal tumorigenesis 2025-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02521-3 PMID:40338428	research paper	该研究通过单细胞和批量转录组测序，探讨了结直肠癌（CRC）中昼夜节律（CR）的失调，并构建了CR亚型分类器，分析了不同CR簇的预后意义、肿瘤微环境状态及对免疫检查点阻断（ICB）治疗的反应	首次在CRC中构建了CR亚型分类器和CR评分系统（CRS），揭示了CR基因与CRC预后之间的潜在联系，并识别了影响CRC预后的潜在靶基因	研究样本量有限，且未进行实验验证CR基因与CRC预后的直接因果关系	探讨昼夜节律失调在结直肠癌发生发展中的作用，并开发基于CR相关基因的预后模型	结直肠癌患者及其肿瘤组织	digital pathology	colorectal cancer	bulk and single-cell RNA sequencing	machine learning	RNA-seq data	未明确提及具体样本数量，但涉及CRC患者和正常组织的转录组数据
710	2025-05-12	Isoform-resolution single-cell RNA sequencing reveals the transcriptional panorama of adult Baoshan pig testis cells 2025-May-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11636-4 PMID:40340725	研究论文	本研究通过整合长读长（Nanopore）和短读长（Illumina）单细胞RNA测序技术，对保山猪睾丸细胞进行了转录组分析，揭示了睾丸细胞的异质性和精子发生的分子调控机制	首次在保山猪睾丸中应用长读长和短读长单细胞RNA测序技术，全面解析了睾丸细胞的转录组特征和精子发生的动态过程	研究仅针对保山猪睾丸细胞，结果可能不适用于其他物种或猪的其他品种	解析猪睾丸细胞的异质性和精子发生的分子调控机制	保山猪睾丸细胞	生殖生物学	NA	Nanopore长读长测序, Illumina短读长测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	11,520个单细胞和23,402个基因
711	2025-05-12	Single-cell multi-omics delineates the dynamics of distinct epigenetic codes coordinating mouse gastrulation 2025-May-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11619-5 PMID:40340740	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术描绘了小鼠原肠胚形成过程中不同表观遗传代码的动态变化	整合scRNA-seq和单细胞ChIP-seq分析揭示了增强子激活与基因表达之间的'时间滞后'过渡模式，并构建了以关键转录因子为中心的基因调控网络	研究仅关注H3K27ac和H3K4me1两种组蛋白修饰，可能忽略了其他重要的表观遗传调控机制	阐明表观遗传重编程在小鼠原肠胚形成过程中的分子协调机制	小鼠胚胎	表观遗传学	先天性疾病	单细胞ChIP-seq, scRNA-seq	NA	表观遗传组数据, 转录组数据	六个连续时间点收集的小鼠胚胎样本
712	2025-05-12	Transcriptome-wide analysis reveals potential roles of CFD and ANGPTL4 in fibroblasts regulating B cell lineage for extracellular matrix-driven clustering and novel avenues for immunotherapy in breast cancer 2025-May-08, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01237-y PMID:40340806	研究论文	通过转录组和基因组数据分析乳腺癌中细胞外基质（ECM）的组成模式及其生物学功能，并探索其对免疫治疗的影响	首次识别了乳腺癌中三种不同的ECM簇，并发现ANGPTL4+和CFD+成纤维细胞通过不同信号通路调控B细胞谱系，为免疫治疗提供了新的生物标志物	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏实验验证	探索乳腺癌中ECM的组成模式及其在肿瘤微环境中的作用，以及其对免疫治疗的影响	乳腺癌患者	数字病理	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、机器学习	非负矩阵分解（NMF）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	转录组数据、基因组数据	TCGA数据库中的乳腺癌患者数据，以及10个独立公共队列（共6,736例样本）
713	2025-05-12	Identification of the "Collagen-Macrophage" sub-category of patients with colorectal cancer as an extension of the CMS4 subtype with THBS2 as a therapeutic target 2025-May-08, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03918-8 PMID:40340827	research paper	该研究通过整合结肠癌转录组和单细胞转录组数据集，识别出一类富含'胶原蛋白-TAMs'的结直肠癌患者亚群，称为CM类，并发现CAF衍生的THBS2可作为潜在生物标志物	提出了一种新的结直肠癌患者分类系统CM类，作为传统CMS分类系统的扩展，并发现THBS2作为新的潜在免疫治疗联合靶点	未提及研究样本的具体数量或研究人群的详细信息	提高结直肠癌的分类准确性和治疗效果	结直肠癌患者及其肿瘤微环境	digital pathology	colorectal cancer	转录组测序, 单细胞转录组测序	NA	转录组数据, 单细胞数据	NA
714	2025-05-12	High-throughput strategies for monoclonal antibody screening: advances and challenges 2025-May-08, Journal of biological engineering IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13036-025-00513-z PMID:40340930	综述	本文综述了高通量单克隆抗体筛选策略的最新进展与挑战	介绍了抗体库展示、单B细胞抗体技术和单细胞测序等新技术，显著降低了成本并提高了抗体开发效率	未具体讨论这些新技术在实际应用中可能遇到的具体技术障碍或限制条件	探讨高通量抗体开发的最新进展及其相对于传统方法的潜在优势	单克隆抗体的高通量筛选技术	生物医学工程	NA	抗体库展示、单B细胞抗体技术、单细胞测序	NA	NA	NA
715	2025-05-12	The cancer stem cells characteristics analysis of LGR5 + cells that influence lung cancer risk by using single cell RNA-seq analysis 2025-May-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00585-3 PMID:40341189	research paper	通过单细胞RNA测序分析LGR5+细胞的癌症干细胞特性，研究其对肺癌风险的影响	首次通过单细胞RNA测序技术识别LGR5+干细胞在肺腺癌进展中的关键作用，并发现其hub基因如HLA-DPB1、CD74、CTSH和HLA-DRB5介导独特的转录状态	研究仅基于公开数据库GSE149655的数据，实验验证部分仅使用了BEAS-2B和A549细胞系，可能无法完全代表临床样本的复杂性	探索肺腺癌中癌症干细胞的特性及其在癌症进展中的作用	肺腺癌(LUAD)中的LGR5+干细胞	digital pathology	lung cancer	single cell RNA-seq, qRT-PCR, western blotting, wound healing, trans-well assays, EdU tests, flow cytometry	NA	RNA-seq数据	GSE149655数据集中的单细胞RNA-seq数据，以及BEAS-2B和A549细胞系
716	2025-05-12	Integrated analysis of MIOX gene in prognosis of clear-cell renal cell carcinoma 2025-May-08, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07698-7 PMID:40341358	研究论文	本研究通过整合分析MIOX基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后中的作用，揭示了其作为独立预后标志物的潜力	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定了MIOX在ccRCC中的特异性，并验证了其作为独立预后标志物的价值	研究主要基于TCGA数据库，缺乏外部验证队列	探索铁死亡相关基因对ccRCC患者预后的影响	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	癌症基因组学	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组分析, Lasso回归分析, Kaplan-Meier分析	NA	基因表达数据	TCGA数据库中的ccRCC样本与正常组织样本
717	2025-05-12	Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749 PMID:40287963	研究论文	通过单细胞转录组分析研究小麦叶片在PEG诱导胁迫下的细胞响应机制	首次构建小麦叶片细胞图谱，并揭示不同类型细胞在干旱胁迫下的异质性响应机制	研究仅基于PEG模拟的干旱胁迫，未涉及真实田间干旱条件	探究小麦在干旱胁迫下的细胞水平响应机制	抗旱和易旱小麦幼苗的叶片细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	抗旱和易旱小麦幼苗叶片细胞
718	2025-05-12	Angiotensin-Converting Enzyme-Dependent Intrarenal Angiotensin II Contributes to CTP: Phosphoethanolamine Cytidylyltransferase Downregulation, Mitochondrial Membranous Disruption, and Reactive Oxygen Species Overgeneration in Diabetic Tubulopathy 2025-May, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2024.0637 PMID:39495586	research paper	本研究探讨了血管紧张素转换酶（ACE）依赖的肾内血管紧张素II（AngII）在糖尿病肾小管病变（DT）中对线粒体膜破坏和活性氧（ROS）过度生成的贡献	揭示了ACE依赖的肾内AngII通过下调CTP:磷酸乙醇胺胞苷酰转移酶（PCYT2）导致线粒体膜破坏和ROS过度生成的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究ACE依赖的肾内AngII在糖尿病肾小管损伤中的作用机制	糖尿病小鼠模型和肾小管细胞	糖尿病肾病研究	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	小鼠糖尿病模型	实验数据	未明确说明样本数量，使用高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠
719	2025-05-12	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals an Aggressive Basal-Like Tumor Cell Subpopulation Associated With Poor Prognosis in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2025-May, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16915 PMID:39993788	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝内胆管癌中与不良预后相关的侵袭性基底样肿瘤细胞亚群	首次在肝内胆管癌中鉴定出一个表达基底上皮相关基因的基底样肿瘤细胞亚群，并揭示了其通过HGF-MET轴与炎症性癌症相关成纤维细胞的相互作用机制	样本量相对较小（26个肿瘤样本），且需要进一步的功能实验验证	解析肝内胆管癌的肿瘤异质性并寻找新的治疗靶点	肝内胆管癌患者的肿瘤组织和肿瘤微环境	癌症基因组学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序、免疫组化染色、多重免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、bulk RNA-seq数据	23名患者的26个肿瘤样本（scRNA-seq），6名患者的6个肿瘤切片（空间转录组）
720	2025-05-12	Centromere protein U mediates the ubiquitination and degradation of RPS3 to facilitate temozolomide resistance in glioblastoma 2025-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101214 PMID:40023134	研究论文	本研究揭示了CENPU通过介导RPS3的泛素化和降解促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的新机制	首次发现CENPU通过TRIM5α介导RPS3的K214位点多聚泛素化降解，进而激活ERK1/2通路促进DNA损伤修复，导致TMZ耐药	研究主要基于体外器官样模型和小鼠模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的分子机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤器官样模型、小鼠模型和患者样本	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	转录组测序、免疫组化、单细胞测序、免疫共沉淀、质谱分析	器官样模型、小鼠颅内/皮下移植瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、组织病理图像	患者来源的GBM器官样模型和动物模型（具体数量未明确说明）