单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2025-05-12	Characterising Shared and Specific Cell-Cell Communication in Cardiomyopathy Subtypes From Single-Cell Transcriptomics Data 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70554 PMID:40344498	研究论文	通过单细胞转录组数据分析心肌病亚型中细胞间通讯的共同和特异性特征	揭示了心肌病亚型中细胞间通讯的共同和特异性通路，为靶向治疗提供了新见解	研究仅基于转录组数据，未考虑蛋白质水平和功能验证	解析心肌病亚型中细胞间通讯的分子机制	心律失常性心肌病(ACM)、扩张型心肌病(DCM)、肥厚型心肌病(HCM)和缺血性心肌病(ICM)患者的单细胞转录组数据	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	来自ACM、DCM、HCM、ICM患者和健康供体的心室区域样本
682	2025-05-12	Single-Cell Profiling of Mononuclear Cells Identifies Transcriptomics Signatures Differentiating Prostate Cancer From Benign Prostatic Hyperplasia 2025-May, Genes, chromosomes & cancer DOI:10.1002/gcc.70051 PMID:40346907	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析前列腺癌和良性前列腺增生患者的单核细胞转录组特征，揭示两者在免疫微环境和转录异质性上的差异	首次使用单细胞RNA测序技术比较前列腺癌和良性前列腺增生患者的单核细胞转录组特征，并鉴定出与肿瘤进展相关的差异表达基因	样本量较小（4例前列腺癌和3例良性前列腺增生患者），可能影响结果的普遍性	探索前列腺癌和良性前列腺增生在免疫微环境和转录组水平的差异	前列腺癌和良性前列腺增生患者的单核细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	4例前列腺癌患者和3例良性前列腺增生患者
683	2025-05-11	Identification of novel biomarkers and drug targets for frailty-related skeletal muscle aging: a multi-omics study 2025-May-09, QJM : monthly journal of the Association of Physicians DOI:10.1093/qjmed/hcaf108 PMID:40343466	研究论文	通过多组学研究识别与衰弱相关骨骼肌衰老的新型生物标志物和药物靶点	首次发现24个生物标志物基因，并构建了基于转录组特征的预测模型，揭示了内皮细胞在肌肉退化中的关键作用	研究结果需要在更大样本中进行验证，且药物靶点的临床转化效果尚不明确	识别早期检测和治疗干预衰弱相关骨骼肌衰老的生物标志物和药物靶点	人类骨骼肌衰老过程	生物信息学	老年疾病	转录组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、贝叶斯共定位分析	机器学习预测模型	转录组数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量
684	2025-05-11	Mature tertiary lymphoid structures evoke intra-tumoral T and B cell responses via progenitor exhausted CD4+ T cells in head and neck cancer 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59341-w PMID:40335494	research paper	研究头颈癌中成熟三级淋巴结构（mTLS）通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞促进肿瘤内T和B细胞反应的机制	揭示了mTLS通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞激活B细胞和DC-LAMP树突状细胞，从而支持CD8+ T细胞活化的新机制	研究仅针对头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者，未涉及其他癌症类型	探究mTLS在肿瘤免疫中的作用机制及其对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的影响	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的肿瘤组织	肿瘤免疫学	头颈癌	单细胞RNA测序、抗原受体测序和空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者肿瘤组织样本（具体数量未提及）
685	2025-05-11	Spatial transcriptomics reveals tumor microenvironment heterogeneity in EBV positive diffuse large B cell lymphoma 2025-May-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00410-x PMID:40335578	研究论文	通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境异质性及其与预后的关系	首次整合10X Visium空间转录组学和scRNA-seq技术，揭示EBV+DLBCL中PD-1/PD-L1信号通路的免疫抑制特性，并验证PD-1/PD-L1抑制剂BMS202的治疗潜力	研究样本量未明确说明，且功能验证仅限于EBV+Farage细胞系	探究EBV+DLBCL肿瘤微环境异质性及其对患者生存的影响	EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤（EBV+DLBCL）	数字病理学	淋巴瘤	10X Visium空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
686	2025-05-11	Immunodynamic axis of fibroblast-driven neutrophil infiltration in acute pancreatitis: NF-κB-HIF-1α-CXCL1 2025-May-07, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00734-6 PMID:40335899	研究论文	本研究揭示了成纤维细胞通过NF-κB-HIF-1α-CXCL1信号轴驱动中性粒细胞浸润在急性胰腺炎中的免疫动力学机制	首次证明成纤维细胞激活是中性粒细胞浸润的免疫驱动因素之一，并阐明NF-κB-HIF-1α通路驱动的糖酵解是成纤维细胞分泌CXCL1趋化中性粒细胞的内在分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证不足	阐明急性胰腺炎中成纤维细胞驱动中性粒细胞过度浸润的分子机制	C57BL/6J小鼠模型和人类胰腺星状细胞	免疫学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞迁移实验、细胞转染、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、共免疫沉淀(co-IP)	小鼠急性胰腺炎模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，使用C57BL/6J小鼠和人类胰腺星状细胞
687	2025-05-11	Surgery/anesthesia may cause monocytes to promote tumor development 2025-May-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01213-6 PMID:40335909	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探讨了手术/麻醉对围手术期外周血单个核细胞的影响	首次在围手术期使用单细胞测序技术深入分析手术/麻醉对免疫细胞的影响，特别是发现单核细胞可能促进肿瘤发展	样本量较小（仅4名患者），观察时间较短（仅48小时）	研究手术/麻醉对围手术期患者免疫系统的影响	接受大手术患者的围手术期外周血单个核细胞	免疫学	肿瘤	单细胞测序, RT-PCR	NA	单细胞RNA测序数据	4名手术患者
688	2025-05-11	PAQR5 drives the malignant progression and shapes the immunosuppressive microenvironment of hepatocellular carcinoma by activating the NF-κB signaling 2025-May-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00785-z PMID:40336138	研究论文	本研究揭示了PAQR5通过激活NF-κB信号通路促进肝细胞癌（HCC）恶性进展和免疫抑制微环境形成的分子机制	首次系统阐明了PAQR5在HCC中的致癌作用机制，并通过多组学分析和实验验证揭示了其通过ERK/NF-κB信号轴驱动肿瘤进展的新机制	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明PAQR5在肝细胞癌进展中的作用机制及其对肿瘤免疫微环境的调控	肝细胞癌组织和细胞系	肿瘤生物学	肝细胞癌	多组学分析（包括bulk转录组、单细胞转录组和空间转录组）、体外实验和体内实验	NA	转录组数据、实验数据	未明确说明具体样本量，但涉及多个转录组队列和实验模型
689	2025-05-11	Temporal transcriptomic changes in the THY-Tau22 mouse model of tauopathy display cell type- and sex-specific differences 2025-May-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02013-z PMID:40336141	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了THY-Tau22小鼠模型中不同细胞类型和性别的转录组变化，揭示了tauopathy中性别特异性和年龄依赖性的分子机制	首次在THY-Tau22小鼠模型中系统研究了性别特异性和性别二态性转录组变化，并揭示了这些变化在年龄增长过程中的演变规律	研究仅基于小鼠模型，虽然与人类AD数据进行了比较，但仍需进一步验证这些发现在人类中的适用性	理解AD相关tauopathy中性别特异性和性别二态性转录组变化的细胞类型特异性和年龄依赖性	THY-Tau22转基因小鼠和野生型小鼠的皮质组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	THY-Tau22小鼠模型	转录组数据	17月龄和7月龄的THY-Tau22和野生型小鼠皮质组织
690	2025-05-11	Key genes linking gut microbiota, immune cells, and osteoporosis: A multi-omics approach 2025-May, Microbial pathogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.micpath.2025.107412 PMID:39993547	研究论文	通过多组学方法探索肠道微生物群、免疫细胞与骨质疏松症之间的因果关系	整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了肠道微生物群通过免疫细胞调节影响骨质疏松症的新机制	研究结果主要基于观察性数据，需要进一步的实验验证	探索骨质疏松症的分子机制，寻找新的治疗靶点	肠道微生物群、免疫细胞和骨质疏松症	生物信息学	骨质疏松症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析	NA	基因组数据、表达数据	UK Biobank和芬兰队列的数据
691	2025-05-11	Timestamp calibration for time-series single cell RNA-seq expression data 2025-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169021 PMID:40010431	research paper	本文提出了一种名为ScPace的新型时间戳校准模型，用于处理带噪声标记的时间序列单细胞RNA测序数据	ScPace模型通过引入潜在变量指示器而非概率采样来有效检测噪声样本，显著提升了时间戳自动注释的性能	当前方法倾向于选择不太关键的去噪样本进行时间戳校准，可能影响校准效果	开发一种有效的时间戳校准方法，以提高时间序列单细胞RNA测序数据分析的准确性	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ScPace	基因表达数据	模拟和真实时间序列单细胞RNA测序数据集
692	2025-05-11	Organoid-Guided Precision Medicine: From Bench to Bedside 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70195 PMID:40321594	综述	本文系统综述了类器官技术在精准医学中的应用，从实验室研究到临床实践的转化过程	强调了类器官技术在个性化医疗中的多面应用，包括药物效力和毒性筛选、疾病发病机制研究以及患者定制诊断	存在标准化、血管化和伦理问题等挑战	推动精准医学的发展，从分子层面到患者特异性治疗	类器官技术及其在精准医学中的应用	生物技术	肿瘤	3D培养系统、CRISPR功能筛选	NA	NA	NA
693	2025-05-11	Systematic Ocular Phenotyping of Knockout Mouse Lines Identifies Genes Associated With Age-Related Corneal Dystrophies 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.7 PMID:40323269	研究论文	本研究通过系统性地分析敲除小鼠品系的眼部表型，识别出与年龄相关性角膜营养不良相关的基因	发现了12个与角膜生物学相关的新基因，这些基因可能成为治疗人类角膜疾病的潜在靶点	研究结果基于小鼠模型，需要在人类中进行进一步验证	探究导致小鼠晚期角膜营养不良的基因，并评估其在人类角膜疾病中的潜在作用	8901个敲除小鼠品系的数据，重点关注49周龄以上的小鼠	遗传学	角膜营养不良	基因敲除、单细胞转录组学、蛋白互作分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	8901个敲除小鼠品系
694	2025-05-10	Single circulating tumor cell sequencing based on improved high-porosity membranes and nanoporous microchambers 2025-May-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2025.117263 PMID:39978235	研究论文	本研究开发了两种新型纳米设备——高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，用于分离单个循环肿瘤细胞(CTCs)，并建立了一个高效、自动化的单细胞测序工作流程	开发了高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，改进了单细胞测序技术，并解决了细胞粘附和细胞活力对测序结果的影响	研究主要基于NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs，样本来源和数量可能有限	探索肿瘤进展、异质性和耐药机制	循环肿瘤细胞(CTCs)	数字病理学	肿瘤	单细胞测序(SCS), 纳米孔技术	NA	基因组数据	NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs
695	2025-05-10	Loss of ADAP1/CentA1 Protects Against Autoimmune Demyelination 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403078R PMID:40326762	研究论文	本文研究了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的作用，发现其缺失可以部分抵抗实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发展	揭示了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的新功能，特别是在调节Tregs、单核细胞和NK细胞功能方面的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚不充分	探究ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫疾病中的机制作用	ADAP1/CentA1缺陷小鼠和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型	神经免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
696	2025-05-10	Integrated bioinformatics and experimental verification to dissect the mechanisms and bioactive ingredients of Radix Rehmanniae in treating multiple sclerosis 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151790 PMID:40233432	研究论文	本研究通过整合生物信息学和实验验证，揭示了地黄治疗多发性硬化症的作用机制和生物活性成分	首次采用网络药理学和单细胞RNA测序技术，结合体外实验验证，系统解析了地黄治疗多发性硬化症的多成分-多靶点作用模式，并鉴定出Echinacoside和Acteoside为主要活性成分	研究主要基于体外实验和生物信息学预测，缺乏体内实验验证	阐明地黄治疗多发性硬化症的机制并鉴定其活性成分	地黄及其活性成分Echinacoside和Acteoside	生物信息学	多发性硬化症	网络药理学、单细胞RNA测序、分子对接	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	基于GSE数据库的转录组和单细胞RNA测序数据
697	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals the mechanisms of lung injury induced by galt gene editing in mouse 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151780 PMID:40233430	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了GALT基因编辑在小鼠中引起的肺损伤机制	首次使用CRISPR/Cas9技术构建Galt c.847 + 1G > T突变小鼠模型，并结合单细胞RNA测序技术分析肺组织细胞组成和信号通路变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Galt c.847 + 1G > T突变对肺组织的影响及其分子机制	GALT基因编辑小鼠的肺组织	分子生物学	半乳糖血症	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、PCR、Western blotting	小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	基因编辑小鼠的肺组织样本
698	2025-05-10	Allometry of cell types in planarians by single-cell transcriptomics 2025-May-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7042 PMID:40333969	research paper	研究通过单细胞RNA测序技术探索了涡虫中细胞类型的异速生长关系	首次利用scRNA-seq技术研究涡虫细胞类型的异速生长，揭示了不同大小涡虫中细胞类型比例的变化及其与能量储存的关系	研究仅针对无性繁殖的涡虫，结果可能不适用于其他生物	探索细胞类型异速生长的分子和细胞机制	无性繁殖的涡虫	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	不同大小的涡虫样本
699	2025-05-10	Impaired ketogenesis in Leydig Cells drives testicular aging 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59591-8 PMID:40328805	研究论文	该研究揭示了睾丸衰老过程中Leydig细胞酮生成受损的关键作用及其机制	首次发现Leydig细胞中酮生成关键酶Hmgcs2表达随年龄下降，并阐明β-羟基丁酸通过Foxo3a延缓细胞衰老的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类睾丸衰老的类似机制仍需验证	探究睾丸衰老的分子机制并寻找潜在治疗靶点	年轻与老年小鼠的Leydig细胞	生殖生物学	睾丸功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠衰老模型	基因表达数据、代谢物浓度数据	年轻与老年小鼠睾丸组织及Leydig细胞
700	2025-05-10	Integrative bioinformatics and machine learning identify key crosstalk genes and immune interactions in head and neck cancer and Hodgkin lymphoma 2025-May-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99017-5 PMID:40328901	research paper	该研究通过整合生物信息学和机器学习技术，识别头颈癌和霍奇金淋巴瘤中的关键交叉基因和免疫相互作用	首次探索头颈癌和霍奇金淋巴瘤之间的分子交叉作用，并利用机器学习算法筛选关键生物标志物	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明头颈癌和霍奇金淋巴瘤的共享分子机制，识别潜在诊断生物标志物和治疗靶点	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)和霍奇金淋巴瘤(HL)	生物信息学	头颈癌, 霍奇金淋巴瘤	RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA)	LASSO回归, 随机森林, SVM-RFE	RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据	NA