单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-05-15	Mapping the molecular signature of ABA-regulated gene expression in germinating barley embryos 2025-May-10, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-06654-z PMID:40348990	研究论文	本研究通过整合转录组学、代谢组学和空间转录组学技术，揭示了ABA在发芽大麦胚胎中调控基因表达的分子特征	首次在植物组织中成功应用空间转录组学技术，实现了对胚胎不同区域基因表达的精确定位	空间转录组学技术在植物组织中的应用仍存在技术挑战	探究ABA调控大麦种子发芽的分子机制	ABA处理的大麦(Hordeum vulgare)胚胎	植物分子生物学	NA	Visium Spatial Transcriptomics (10× Genomics), RNA-seq	NA	转录组数据, 代谢组数据	六个胚胎区域
662	2025-05-15	Thioredoxin: a key factor in cold tumor formation and a promising biomarker for immunotherapy resistance in NSCLC 2025-May-10, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03259-w PMID:40349025	研究论文	该研究探讨了硫氧还蛋白（TXN）在非小细胞肺癌（NSCLC）中作为免疫治疗耐药性生物标志物的作用及其在冷肿瘤形成中的关键影响	发现TXN在NSCLC患者中高表达并与冷肿瘤特征相关，揭示了TXN通过调节CD40促进肿瘤免疫逃逸的新机制	研究主要基于体外细胞实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内动物模型的验证	探究TXN在NSCLC免疫治疗耐药性中的作用及其分子机制	非小细胞肺癌（NSCLC）患者组织样本及A549和SK-MES-1细胞系	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NSCLC患者组织样本及两种肺癌细胞系（A549和SK-MES-1）
663	2025-05-15	Blocking LIF and PD-L1 enhances the antitumor efficacy of SBRT in murine PDAC models 2025-May-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010820 PMID:40341024	研究论文	研究探讨了在鼠胰腺导管腺癌模型中，通过阻断LIF和PD-L1增强立体定向体部放疗（SBRT）的抗肿瘤效果	首次展示了LIF和PD-L1同时抑制与SBRT联合治疗的显著协同效应，并深入分析了其免疫调节机制	研究仅在鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索胰腺导管腺癌的新型联合治疗方案	鼠胰腺导管腺癌模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	流式细胞术、Luminex检测、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	鼠原位胰腺肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	多个鼠胰腺肿瘤模型
664	2025-05-15	NEUROD1 efficiently converts peripheral blood cells into neurons with partial reprogramming by pluripotency factors 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401387122 PMID:40299704	研究论文	本研究介绍了一种优化的方法，通过外周血细胞将体细胞转化为神经元，避免了诱导多能干细胞（iPSC）中间步骤	使用NEUROD1和四种Yamanaka重编程因子的独特组合，在3周内生成谷氨酸能神经元，提供了一种非侵入性、高效、快速且便捷的方法	虽然外周血细胞提供了潜在的替代方案，但其在神经元重编程中的广泛应用仍需进一步验证	开发一种非侵入性、高效、快速且便捷的方法，将外周血细胞转化为神经元，用于神经系统疾病建模和药物发现	外周血细胞	细胞重编程	神经系统疾病	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序、Cre-LoxP系统谱系追踪	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
665	2025-05-15	Induced B cell receptor diversity predicts PD-1 blockade immunotherapy response 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501269122 PMID:40314973	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学等方法，分析了接受抗PD-1治疗的基底细胞癌患者，发现B细胞受体（BCR）克隆多样性的诱导与PD-1抑制治疗的成功反应相关	揭示了B细胞受体克隆多样性在PD-1阻断免疫治疗反应中的动态作用，并开发了基于基线肿瘤RNA测序的机器学习模型来预测PD-1诱导的BCR克隆多样性	研究样本量有限，且需要进一步验证机器学习模型在其他癌症类型中的普适性	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	digital pathology	basal cell carcinoma, glioblastoma, melanoma, head and neck squamous cell carcinoma	单细胞RNA测序, 高清空间转录组学, 空间免疫受体分析	machine learning model	RNA测序数据, 空间转录组数据	一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大规模的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列
666	2025-05-15	Vagus nerve modulates acute-on-chronic liver failure progression via CXCL9 2025-May-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003104 PMID:38945689	research paper	该研究揭示了迷走神经通过调控CXCL9表达在急性-慢性肝衰竭（ACLF）发展中的作用机制	首次发现迷走神经-巨噬细胞-CXCL9轴的神经免疫通讯机制在ACLF发展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，临床转化需要进一步验证	阐明迷走神经调控ACLF发展的分子机制	急性-慢性肝衰竭（ACLF）小鼠模型和患者样本	神经免疫学	肝病	蛋白质组学分析、scRNA-seq、流式细胞术、免疫组化/免疫荧光染色、CRISPR/Cas9技术	小鼠ACLF模型	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据、组织图像数据	ACLF小鼠模型和患者样本（具体数量未明确说明）
667	2025-05-15	Comprehensive single-cell profiling of T and B cell subsets in mice reveals impacts on memory immune responses in FMDV infection 2025-May, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2025.110496 PMID:40090183	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了FMDV感染对小鼠T和B细胞亚群记忆免疫反应的影响	首次全面分析了FMDV感染对记忆免疫细胞亚群的影响，并揭示了Fos相关基因的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他动物模型中验证	探究FMDV感染对记忆免疫反应的影响机制	小鼠脾脏中的T和B细胞亚群	免疫学	口蹄疫	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明的小鼠脾脏细胞样本
668	2025-05-15	Single-Cell Transcriptomics Identifies a Prominent Role for the MIF-CD74 Axis in Myasthenia Gravis Thymus 2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200384 PMID:40117520	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了MIF-CD74轴在重症肌无力胸腺中的重要作用	首次构建了EOMG患者胸腺淋巴细胞的单细胞转录组图谱，并揭示了MIF-CD74轴在B细胞存活信号传导中的关键作用	样本量较小(仅11例未接受免疫治疗的患者)，且仅针对早期发病的AChR抗体阳性MG患者	探究重症肌无力胸腺中B细胞增殖和存活的分子机制	11例未接受免疫治疗的早期发病AChR抗体阳性重症肌无力患者的胸腺组织	单细胞转录组学	重症肌无力	单细胞转录组测序、多重组织学染色、ELISA	NA	单细胞转录组数据、组织学图像、蛋白质浓度数据	11例EOMG患者的胸腺样本
669	2025-05-15	BDNF-GABA signaling in astrocytes: enhancing neural repair after SCI through MSC therapies 2025-May, Spinal cord IF:2.1Q1 DOI:10.1038/s41393-025-01077-x PMID:40229538	研究论文	本研究通过生物信息学分析探索星形胶质细胞在脊髓损伤（SCI）后的变化，揭示BDNF调控的GABA信号在神经元再生中的关键作用，并评估hUC-MSCs和iPS来源的MSCs在促进神经修复中的潜力	揭示了BDNF调控的GABA信号在星形胶质细胞中对神经元再生的关键作用，并评估了hUC-MSCs和iPS-MSCs通过激活该通路促进神经修复的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索SCI后星形胶质细胞的变化及其在神经修复中的作用，评估MSCs治疗的潜力	星形胶质细胞、hUC-MSCs、iPS来源的MSCs	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq、空间转录组学、bulk RNA-seq、GSEA	NA	转录组数据	来自GEO数据库的scRNA-seq、空间转录组学和bulk RNA-seq数据
670	2025-05-14	Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403195R PMID:40322970	研究论文	本文研究了遗传学和脂质代谢物与严重SARS-CoV-2感染的关系，通过RNA-seq和脂肪酸分析揭示了特定脂质介质和DNA损伤通路与疾病严重程度的相关性	首次发现特定脂质介质（如AA和EPA）及其合成基因与SARS-CoV-2感染严重程度显著相关，并揭示了DNA损伤通路在疾病进程中的作用	样本量较小（仅10名感染者和10名未感染者），且未考虑其他潜在影响因素	探究遗传学和脂质代谢物在严重SARS-CoV-2感染中的作用机制	SARS-CoV-2感染患者的外周血单核细胞（PBMCs）和血浆样本，以及鼻咽拭子样本	生物医学	COVID-19	bulk RNA-seq, 脂肪酸面板分析, scRNA-seq数据分析	NA	RNA-seq数据, 脂质代谢数据, 单细胞转录组数据	20名患者（10名感染者和10名未感染者）的PBMCs和血浆样本，58名健康与COVID-19参与者的鼻咽拭子样本
671	2025-05-14	Epigenetic dynamics and molecular mechanisms in oncogenesis, tumor progression, and therapy resistance 2025-May-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04217-5 PMID:40358685	综述	本文综述了癌症进展中遗传、表观遗传和分子机制的动态相互作用，重点关注致癌基因和肿瘤抑制基因的遗传改变、表观遗传修饰及其对肿瘤发生、发展和治疗抵抗的影响	整合了分子、遗传和表观遗传视角，强调了创新靶向治疗方法的必要性，并探讨了CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑和单细胞RNA测序等前沿技术在癌症研究中的应用	作为综述文章，未提出新的实验数据或临床验证	探讨癌症发生、发展和治疗抵抗的分子机制，为开发更有效的治疗方法提供理论基础	癌症细胞及其微环境	肿瘤生物学	癌症	CRISPR-Cas9介导的表观基因组编辑、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
672	2025-05-14	Multi-omics Analysis Reveals the Propagation Mechanism of Ferroptosis in Acute Kidney Injury 2025-May-13, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02311-7 PMID:40358793	研究论文	通过多组学分析揭示了急性肾损伤中铁死亡的传播机制	首次揭示了GPX4、FTH1和FTL基因在急性肾损伤中铁死亡传播中的关键作用，并发现KLF6作为铁死亡相关基因的抑制因子	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本数据，需要在更大规模的人类研究中验证	探究急性肾损伤中铁死亡的传播机制	急性肾损伤患者的肾脏组织和双侧肾缺血再灌注损伤小鼠模型	生物医学	急性肾损伤	snRNA-seq、空间转录组学、染色质可及性分析	小鼠模型	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，包括AKI患者和健康人的肾脏组织以及小鼠模型
673	2025-05-14	Inhibition of DOCK1 suppresses Notch signalling pathway and impairs leukaemogenesis 2025-May-12, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.20140 PMID:40355246	研究论文	本研究探讨了DOCK1在急性髓系白血病(AML)中的临床和致病作用，并验证了其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了DOCK1在AML中的病理作用及其通过Notch信号通路促进白血病发生的机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本数量有限(341例)	探究DOCK1在AML发生发展中的作用及其分子机制	急性髓系白血病(AML)患者样本、细胞系、异种移植模型和Dock1条件性敲除小鼠	肿瘤生物学	急性髓系白血病	转录组分析、单细胞RNA测序	Dock1条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、临床数据	341例新发非M3型AML患者样本、细胞系和小鼠模型
674	2025-05-14	Upregulation of YY1/EZH2 and MLH1 as Therapeutic Targets for Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma 2025-May-12, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70095 PMID:40355804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了YY1/EZH2和MLH1在成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）中的调控作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	首次在ATLL中鉴定出YY1/EZH2表观遗传调控轴，并发现MLH1的下调与YY1/EZH2抑制相关，为治疗侵袭性ATLL提供了新策略	研究主要基于体外实验和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证这些发现	探索ATLL的表观遗传调控机制并寻找新的治疗靶点	成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）细胞	肿瘤生物学	白血病/淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、计算机启动子分析（in silico promoter analysis）	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	原发性ATLL细胞和ATLL细胞系
675	2025-05-14	Anti-Müllerian hormone signalling sustains circadian homeostasis in zebrafish 2025-May-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59528-1 PMID:40348785	研究论文	该研究揭示了抗穆勒氏管激素（Amh）信号在维持斑马鱼昼夜节律稳态中的重要作用	首次发现Amh信号通路通过激活Smad1/5/9磷酸化来调控昼夜节律基因表达，揭示了新的激素信号通路在昼夜节律稳态中的作用	研究仅基于斑马鱼模型，尚未在高等生物中验证	探索维持昼夜节律稳态的关键信号通路	斑马鱼的昼夜节律系统	生物节律研究	NA	基因敲除、单细胞转录组分析	斑马鱼模型	基因表达数据、行为数据	NA
676	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for clustering and hidden driver inference from single-cell transcriptomics data 2025-May-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59620-6 PMID:40341143	研究论文	介绍了一个基于互信息的框架scMINER，用于单细胞转录组数据的聚类和隐藏驱动因子推断	scMINER在细胞聚类和网络推断方面表现出更高的准确性，特别是在区分密切相关的细胞群和揭示关键转录因子驱动因子方面优于现有方法	NA	解决单细胞转录组数据由于固有的随机性和稀疏性带来的聚类和网络推断挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	互信息框架	单细胞转录组数据	NA
677	2025-05-14	Patient-derived models of UBA5-associated encephalopathy identify defects in neurodevelopment and highlight potential therapeutic avenues 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8417 PMID:40333994	研究论文	本研究开发了患者来源的皮质类器官模型，用于研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗途径	首次建立了人类神经元模型研究UBA5致病变异的细胞和分子后果，并评估了两种潜在治疗方式	研究仅基于两名患者的样本，样本量较小	研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗方法	UBA5相关脑病患者来源的皮质类器官	神经科学	脑病	单细胞RNA测序、CRISPRa、SINEUP	皮质类器官模型	RNA测序数据	两名患者的皮质类器官
678	2025-05-14	Proximal Tubule Cells Contribute to the Thin Descending Limb of the Loop of Henle during Mouse Kidney Development 2025-May-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000721 PMID:40327839	研究论文	本研究通过整合小鼠肾脏发育的单细胞RNA测序数据，揭示了近端小管细胞在肾单位薄壁降支形成中的作用，并发现转录因子Hnf4a对此过程的关键调控	首次证实近端小管细胞可发育为薄壁降支细胞，并揭示Hnf4a转录因子在调控这一过程中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究肾单位薄壁降支细胞的发育起源及其调控机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和薄壁降支细胞	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集
679	2025-05-14	Huoxue Tongluo tablet enhances atherosclerosis efferocytosis by promoting the differentiation of Trem2+ macrophages via PPARγ signaling pathway 2025-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156579 PMID:40068297	研究论文	本研究探讨了活血通络片通过PPARγ信号通路促进Trem2+巨噬细胞分化，从而增强动脉粥样硬化中巨噬细胞的胞葬作用	首次揭示了活血通络片对巨噬细胞亚群的调控作用及其促进胞葬活性的机制	研究主要基于动物模型，未涉及人体临床试验	评估活血通络片在单细胞水平上治疗动脉粥样硬化的效果和机制	ApoE⁻/⁻小鼠和巨噬细胞	心血管疾病	动脉粥样硬化	UPLC-MS/MS，单细胞测序，免疫组化，qPCR，流式细胞术，免疫荧光染色，Western blotting	动物模型	转录组数据，蛋白质表达数据	ApoE⁻/⁻小鼠（具体数量未提及）
680	2025-05-14	Irreversible electroporation combined with PD-L1/IL-6 dual blockade promotes anti-tumor immunity via cDC2/CD4+T cell axis in MHC-I deficient pancreatic cancer 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217620 PMID:40068706	research paper	研究探讨了不可逆电穿孔（IRE）联合PD-L1/IL-6双阻断如何通过cDC2/CD4+T细胞轴在MHC-I缺陷型胰腺癌中促进抗肿瘤免疫	揭示了IRE疗法后PD-L1阻断激活cDC2-CD4T细胞轴的机制，并提出PD-L1/IL-6双阻断联合消融治疗作为MHC-I缺陷型肿瘤的新治疗策略	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究MHC-I缺陷型胰腺癌中CD4T细胞的补偿性免疫反应机制及增强抗肿瘤免疫的新方法	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	scRNA-seq, 流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据, 流式细胞数据	临床样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）