单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-05-17	The immunological age prediction of monocytes indicates that gestational diabetes mellitus accelerates the aging of monocytes in offspring 2025-May-13, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-025-00513-z PMID:40361109	research paper	该研究通过单细胞测序技术探索了妊娠期糖尿病（GDM）对子代单核细胞衰老的影响	首次在单细胞水平上揭示了GDM加速子代单核细胞衰老的转录组特征，并建立了预测单核细胞免疫年龄的随机森林模型	样本量相对有限，且部分数据来自公开数据库	探究GDM对子代免疫细胞衰老的影响	56名健康个体（0-100岁）的单核细胞，包括GDM母亲子代的单核细胞	生物医学	妊娠期糖尿病	单细胞测序，随机森林模型	随机森林	单细胞转录组数据	56个样本（6个自测样本+50个GEO公开数据）
622	2025-05-17	Recent advances in multimodal approaches for investigating placental development and related diseases 2025-May-09, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.05.004 PMID:40374418	综述	本文总结了多模态方法在研究胎盘发育及相关疾病中的最新进展	整合了先进成像、单细胞和空间组学以及人工智能（AI）的多模态方法，提供了对胎盘发育和疾病的全面分析	数据标准化、AI模型的可解释性以及伦理问题	推进对胎盘相关疾病的科学理解和临床管理	胎盘发育及相关疾病	数字病理学	妊娠相关疾病	超声、MRI、单细胞转录组学、空间分析、AI预测模型	AI	图像、分子数据	NA
623	2025-05-17	Piezo1 regulates fibrocartilage stem cell in cartilage growth and osteoarthritis 2025-May-08, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	research paper	本研究探讨了机械敏感离子通道Piezo1在颞下颌关节（TMJ）软骨生长和骨关节炎中的作用	首次揭示了Piezo1在调节纤维软骨干细胞（FCSC）分化和维持颞下颌关节稳态中的关键作用，并发现其在骨关节炎病理条件下的保护性作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究Piezo1在颞下颌关节发育和骨关节炎中的作用机制	人类TMJ样本和小鼠模型	骨科学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）、组织学和免疫组化分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl 条件敲除小鼠	基因表达数据、组织学图像	人类TMJ样本和小鼠模型（具体数量未提及）
624	2025-05-17	Transcriptomic Plasticity of Human Alveolar Macrophages Revealed by Single-Cell RNA Sequencing Following Drug Exposure: Implications for Therapeutic Development 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094439 PMID:40362676	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究药物暴露后人类肺泡巨噬细胞的转录组可塑性，为治疗开发提供新见解	揭示了肺泡巨噬细胞转录程序的可塑性，并证实药物可以重编程这些细胞的表型	研究仅基于体外实验，未在体内模型中验证	探讨肺泡巨噬细胞的转录可塑性及其在肺纤维化治疗中的潜在应用	人类肺泡巨噬细胞	单细胞转录组学	肺纤维化	scRNA-seq, qPCR	NA	RNA测序数据	NA
625	2025-05-17	Single-Cell Transcriptomics Reveals Stem Cell-Derived Exosomes Attenuate Inflammatory Gene Expression in Pulmonary Oxygen Toxicity 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094462 PMID:40362698	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了干细胞来源的外泌体在减轻肺氧毒性炎症基因表达中的作用	首次报道了外泌体在肺氧毒性中的作用及机制，并整合了单细胞RNA测序和批量分析技术	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究干细胞外泌体保护肺组织的机制及潜在分子调控网络	小鼠肺氧毒性模型	单细胞转录组学	肺氧毒性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠模型
626	2025-05-17	A Transfer Learning Framework for Predicting and Interpreting Drug Responses via Single-Cell RNA-Seq Data 2025-May-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094365 PMID:40362602	research paper	提出一个基于迁移学习的框架，通过单细胞RNA测序数据预测和解释药物反应	设计了一个共享编码器将批量和单细胞测序数据投影到统一的潜在空间进行药物反应预测，并通过先验生物知识引导的稀疏解码器增强可解释性	临床样本获取有限，且单细胞RNA测序药物反应数据的系统收集和利用仍有限	提高药物反应预测的性能和可解释性，理解药物反应的分子机制	单细胞RNA测序药物反应数据集	machine learning	cancer	scRNA-seq	transfer learning	RNA sequencing data	五个精选的单细胞RNA测序数据集
627	2025-05-17	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation 2025-May, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005 PMID:40118698	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示颅外动静脉畸形中转录细胞谱系的异质性	首次在单细胞水平上描绘了颅外动静脉畸形（eAVMs）的分子图谱，鉴定了MAFB+ nidus内皮细胞的存在，并揭示了血管周围细胞和免疫细胞之间的转录变异和失调的细胞间相互作用	样本量较小（9例eAVMs样本和2例非病变组织对照），且空间转录组分析仅在一个eAVM样本上进行	在单细胞水平上生成eAVMs的分子信息概览	颅外动静脉畸形（eAVMs）的组织样本	单细胞转录组学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq），10x Visium空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	9例eAVMs样本和2例非病变组织对照
628	2025-05-17	Neuronal activity modulates the expression of secretagogin, a Ca2+ sensor protein, during mammalian forebrain development 2025-May, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.70031 PMID:40165367	研究论文	研究揭示了分泌钙蛋白（secretagogin）在哺乳动物前脑发育过程中受神经元活动调节的表达模式	首次系统揭示了分泌钙蛋白表达受神经元活动动态调控的特性，并发现其在唐氏综合征胎儿中的表达延迟现象	研究主要集中于前脑区域，其他脑区的调控机制尚未完全阐明	阐明分泌钙蛋白作为神经元标记物的表达调控机制及其与神经元活动的关系	人类胎儿前脑、小鼠皮层神经元、SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞	神经科学	唐氏综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、体外神经元培养	Scgn-iCre::Ai9转基因小鼠模型	基因表达数据、组织切片图像	人类胎儿样本（含唐氏综合征病例）、转基因小鼠、体外培养细胞
629	2025-05-17	Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV 2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000935 PMID:40178436	review	探讨急性HIV感染期间表观遗传机制如何驱动免疫失调，重点关注HIV如何利用宿主表观遗传机制建立病毒持久性和逃避免疫清除	利用全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学和染色质可及性测定等新技术，揭示了HIV如何利用宿主表观基因组逃避免疫监视和促进病毒持久性的关键机制	NA	研究急性HIV感染期间表观遗传重编程对病毒持久性和免疫功能障碍的影响	宿主免疫系统在急性HIV感染期间的表观遗传变化	表观遗传学	HIV感染	全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学、染色质可及性测定	NA	表观遗传数据、转录组数据	NA
630	2025-05-17	Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02155-9 PMID:40200121	研究论文	本研究通过整合大量RNA测序数据和全基因组序列，构建了鸡28种组织的调控变异图谱	首次系统地描述了鸡基因组上的功能变异，揭示了调控变异的分子机制及其在复杂性状解释中的应用	研究仅基于鸡的基因组数据，未涉及其他非哺乳动物羊膜动物的比较	理解鸡基因组的基因调控机制及其在复杂性状中的作用	鸡的28种组织	基因组学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	7,015个RNA-seq样本, 127,598个单细胞, 2,869个全基因组序列
631	2025-05-17	Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08852-z PMID:40205047	研究论文	本研究探讨了免疫检查点分子TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	揭示了TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态的新机制，并提出了靶向小胶质细胞TIM-3治疗阿尔茨海默病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探究TIM-3在小胶质细胞中的功能及其与阿尔茨海默病的关系	小胶质细胞和阿尔茨海默病小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序、单细胞RNA测序	5×FAD转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，使用5×FAD小鼠模型
632	2025-05-17	Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02157-7 PMID:40247051	review	本文综述了环状RNA（circRNA）的发现、表征和功能分析算法的最新突破，并探讨了整合大规模circRNA测序数据的挑战及人工智能驱动算法的未来发展潜力	结合长读长和单细胞RNA测序技术与深度学习算法，以前所未有的分辨率和规模研究circRNA	circRNA的低表达水平和高序列相似性给检测和表征带来挑战	探索circRNA在基因调控和疾病发病机制中的作用	环状RNA（circRNA）	生物信息学	NA	长读长测序、单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	NA
633	2025-05-16	PINK1 link mitochondria-ER contacts controls deposition of intramuscular fat in pigs 2025-May-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151672 PMID:40138759	研究论文	本研究探讨了PINK1如何通过调节线粒体-内质网相互作用来调控猪肌肉内脂肪沉积	揭示了PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的新作用，特别是其通过线粒体-内质网接触调控脂肪沉积的机制	研究主要基于猪模型，结果在人类或其他动物中的适用性尚不明确	探究PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的作用及其分子机制	猪的肌肉内脂肪沉积	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个猪品种的肌肉组织样本
634	2025-05-16	Unraveling the Heterogeneity of CD8+ T-Cell Subsets in Liver Cirrhosis: Implications for Disease Progression 2025-May-15, Gut and liver IF:3.4Q2 DOI:10.5009/gnl230345 PMID:38623058	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序数据分析了肝硬化中CD8+ T细胞的异质性及其对疾病进展的影响	揭示了肝硬化中CD8+ T细胞的八种亚型，特别是效应记忆T细胞（Tem）和耗竭T细胞（Tex），并发现CXCL13+ Tex细胞与疾病严重程度和预后不良相关	研究未涉及这些细胞亚型在肝硬化治疗中的具体应用	阐明CD8+ T细胞在肝硬化中的分子机制及其对疾病进展的影响	肝硬化患者的CD8+ T细胞	免疫学	肝硬化	转录组测序、单细胞测序	NA	RNA-seq数据、单细胞数据	未明确说明样本数量
635	2025-05-16	Pdgfrβ marks distinct mesenchymal and pericyte populations within the periosteum with overlapping cellular features 2025-May-15, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf020 PMID:40237625	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和转基因小鼠模型，探讨了骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性及其在骨修复中的作用	揭示了骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的不同亚群，包括间充质细胞和周细胞，并分析了它们的增殖、迁移和成骨能力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探讨骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性及其在骨修复中的作用	小鼠长骨骨膜中的Pdgfrβ阳性细胞	细胞生物学	骨疾病	单细胞RNA测序，转基因小鼠模型	Pdgfrβ-CreERT2-mT/mG报告小鼠	基因表达数据，组织学数据	转基因小鼠模型中的Pdgfrβ阳性细胞
636	2025-05-16	IAP dependency of T-cell prolymphocytic leukemia identified by high-throughput drug screening 2025-May-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027171 PMID:39869826	研究论文	通过高通量药物筛选发现T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）对IAP抑制剂的依赖性	首次报道T-PLL对自噬靶向药物、核输出抑制剂和IAP抑制剂的敏感性，并揭示IAP抑制剂诱导的细胞死亡主要为坏死性凋亡且依赖TNF-α	研究样本量较小（30例原代患者样本），且仅限于体外实验	发现T-PLL的新治疗靶点	T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）细胞	血液肿瘤学	T细胞前淋巴细胞白血病	高通量药物筛选、RNA测序（bulk和单细胞）、光谱流式细胞术	NA	药物敏感性数据、RNA测序数据、流式细胞术数据	30例原代T-PLL患者样本
637	2025-05-16	Zn-Based Multi-Active Framework Nanoparticles TSA-CAN-Zn Inhibit Skin Glycation via Dual Blockade of HMGB1/RAGE and AGEs/RAGE Pathways 2025-May-15, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202500664 PMID:40370206	研究论文	本研究设计了一种基于锌的多活性框架纳米颗粒TSA-CAN-Zn，通过双重阻断HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE通路来抑制皮肤糖基化损伤	首次将Theasinensin A (TSA)和L-肌肽(CAN)结合到锌基纳米颗粒中，同时抑制HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE两条通路	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发一种新型纳米材料来减轻糖基化引起的皮肤损伤	皮肤糖基化损伤机制及治疗	纳米医学	皮肤疾病	分子对接、单细胞RNA测序	小鼠皮肤糖基化模型	体外实验数据、测序数据	HaCaT细胞系和小鼠模型
638	2025-05-16	Evidence of secondary Notch signaling within the rat small intestine 2025-May-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204277 PMID:40371707	research paper	该研究探讨了大鼠小肠中一种罕见的上皮细胞群体CFTR高表达细胞（CHEs）的特定形成机制	揭示了CHEs通过Notch信号通路的二次激活从其他分泌细胞中分化出来的新机制	研究主要基于大鼠模型，未在小鼠中发现CHEs，可能限制结果的普遍性	理解小肠分泌细胞谱系的多样性形成机制	大鼠小肠中的CFTR高表达细胞（CHEs）	分子生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），假时间轨迹分析	NA	基因表达数据	NA
639	2025-05-16	Microglia Single-Cell RNA-Seq Enables Robust and Applicable Markers of Biological Aging 2025-May-15, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70095 PMID:40371813	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术开发了基于小胶质细胞的生物年龄标记物	利用单细胞RNA测序数据开发了新的生物年龄计算模型，相比传统批量分析方法能更精确地反映个体生物年龄	研究主要基于小鼠和人类的小胶质细胞数据，可能不适用于其他细胞类型	开发基于小胶质细胞单细胞转录组数据的生物年龄预测模型	人类和小鼠的小胶质细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq	无监督频率汇总模型	单细胞转录组数据	三个不同的单细胞数据集
640	2025-05-16	Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome 2025-May-15, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf252 PMID:40372706	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了白塞氏综合征患者主动脉组织中细胞和分子的变化	首次在单细胞水平上分析了白塞氏综合征患者主动脉组织的转录组特征，揭示了细胞亚群分布、功能及细胞间通讯的差异	样本量较小（仅6例参与者），且仅来自单一医疗中心	分析白塞氏综合征患者主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯	白塞氏综合征患者和动脉粥样硬化患者的主动脉组织	数字病理学	白塞氏综合征	单细胞RNA测序	Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1	转录组数据	6例参与者（3例白塞氏综合征患者和3例动脉粥样硬化患者）