单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-04	Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.20.594981 PMID:38826475	研究论文	利用单细胞转录组学数据，通过细胞类型特异性网络分析，识别与人类骨矿物质密度GWAS关联的潜在因果基因	结合单细胞转录组学数据和GWAS结果，识别出21个网络驱动基因，这些基因可能通过间充质谱系细胞分化调控骨矿物质密度	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析骨矿物质密度GWAS关联的潜在因果基因及其功能背景	Diversity Outbred小鼠的骨髓基质细胞（BMSC-OBs）	基因组学	骨质疏松症	scRNA-seq, eQTL/sQTL分析	NA	单细胞转录组数据	NA
42	2025-07-04	Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612512 PMID:39314489	研究论文	本研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的功能	首次系统研究了心脏成纤维细胞与心肌细胞、血管内皮细胞在发育过程中的相互作用，并确定了胶原信号通路的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育可能存在差异；长期成纤维细胞消融的补偿机制需要进一步研究	探究心脏成纤维细胞在心肌和冠状血管发育中的作用机制	小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, RNA染色, Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统	NA	单细胞转录组数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织样本
43	2025-07-04	Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115618 PMID:40279247	研究论文	本文研究了m6A甲基转移酶复合物中的METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的作用	揭示了METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的新功能，并发现其在阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者中的上调	研究主要基于体外和动物模型，人类组织样本的验证仍需进一步扩大	探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制	人类小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者的死后组织	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病, 路易体痴呆	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	人类死后组织样本及体外细胞模型
44	2025-07-04	A multi-kingdom genetic barcoding system for precise clone isolation 2025-May-21, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02649-1 PMID:40399693	研究论文	介绍了一种多界遗传条形码系统CloneSelect，用于从复杂细胞群中精确分离目标克隆	开发了CloneSelect系统，通过CRISPR碱基编辑技术触发目标克隆表达报告基因以实现分离，适用于多种细胞类型	未提及该系统在临床应用中的效果或可能存在的技术障碍	开发一种能够从复杂细胞群中精确分离目标克隆的技术	人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞	基因工程	NA	CRISPR碱基编辑、单细胞RNA测序	NA	遗传数据	多种细胞类型（人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞）
45	2025-07-04	MALADAPTIVE IMMUNE-FIBROTIC AXIS DRIVES IMPAIRED LONG BONE REGENERATION UNDER MECHANICAL INSTABILITY 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.26.564177 PMID:37961650	research paper	该研究通过工程化小鼠延迟愈合模型，探讨了机械不稳定性如何通过免疫-纤维化轴影响长骨再生	开发了一种可调谐髓内钉小鼠模型，模拟人类肥大性骨不连，揭示了机械不稳定性如何通过免疫-基质细胞相互作用驱动病理过程	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究机械不稳定性对骨折愈合的影响及其免疫学机制	小鼠长骨骨折模型	骨再生医学	骨折愈合障碍	空间转录组学、系统免疫分析	多变量建模	基因表达数据、生物力学数据	未明确说明具体样本量的小鼠实验
46	2025-07-04	scTsI: an effective two-stage imputation method for single-cell RNA-seq data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf298 PMID:40579791	research paper	提出了一种名为scTsI的两阶段插补方法，用于处理单细胞RNA-seq数据中的丢失事件	scTsI通过两阶段插补算法，保持高表达值不变，避免引入新噪声，并支持稀疏矩阵输入以加速插补过程	在处理高丢失率数据、不同类型数据及针对各种下游分析时，现有方法性能可能低于预期	减轻单细胞RNA-seq数据中丢失事件对下游分析的影响	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	ridge regression	基因表达数据	多种模拟和真实数据
47	2025-07-02	Correction to: ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf337 PMID:40580031	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
48	2025-07-04	DeepExDC interprets genomic compartmentalization changes in single-cell Hi-C data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf301 PMID:40581982	研究论文	提出了一种名为DeepExDC的可解释一维卷积神经网络，用于在单细胞Hi-C数据中进行基因组区室差异分析	DeepExDC无需任何分布假设和差异模式限制，能够解释跨多个条件的基因组区室变化，且在模拟和实验数据中显示出更高的准确性	单细胞水平上的区室化变化计算分析领域尚处于起步阶段	开发一种方法用于单细胞Hi-C数据中的基因组区室差异分析	单细胞Hi-C数据	基因组学	NA	scHi-C, scRNA-seq, scATAC-seq	1D CNN	基因组数据	模拟和实验scHi-C数据
49	2025-07-04	Computational modeling of single-cell dynamics data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf305 PMID:40586321	综述	本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法及其在理解生命机制和疾病治疗中的应用	概述了单细胞动态数据整合与分析的最新算法进展，并讨论了生物技术和人工智能算法在探索复杂生命过程中的前沿发展	未提及具体算法的性能比较或实际应用中的具体限制	探讨单细胞动态数据的计算建模方法及其在生物医学研究中的应用	单细胞动态数据	计算生物学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞动态数据	NA
50	2025-07-04	An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf247 PMID:40586320	研究论文	本文提出了一种基于单调深度学习框架的保留顺序的批次效应校正方法	该方法首次在批次效应校正中引入了保留顺序的特性，通过单调深度学习网络实现	未提及具体的计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现	开发一种能够保留基因表达顺序的批次效应校正方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	单调深度学习网络	基因表达数据	NA
51	2025-07-03	iGTP: learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf296 PMID:40551620	研究论文	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架能够建模转录程序空间的重要性以及不同生物状态间的蛋白质-蛋白质相互作用，提供了生物意义明确的潜在空间表示	未明确提及具体限制	开发可解释的深度学习模型以揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	变分自编码器(VAE), 图神经网络(GNN), 潜在扩散模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
52	2025-07-02	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	研究论文	本文展示了一种通过工程化病毒蛋白激活STAT5以增强T细胞功能的方法	利用工程化的疱疹病毒蛋白TIP非经典激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	解决T细胞疗法中JAK-STAT信号通路失调导致的功能障碍问题	CD8+ T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
53	2025-07-02	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特化的分子机制	首次结合MERFISH技术和深度学习核分割，在空间单细胞分辨率水平解析人类胎儿皮层发育的分子、细胞及结构特征，并发现两种不同的皮层区域特化模式	研究仅涵盖胎儿发育期的七个时间点，未涉及出生后皮层发育过程	探究人类大脑皮层分层和区域特化的时空发育规律	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重抗误差荧光原位杂交）、单核RNA测序、深度学习核分割	深度学习	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	超过1800万个单细胞，覆盖7个发育时间点的8个皮层区域
54	2025-07-02	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	本研究探讨了人类特异性增强子HARE5如何通过调控神经前体细胞的增殖和神经生成能力来精细调节大脑皮层的发育和连接	揭示了HARE5通过放大经典WNT信号通路促进前体细胞增殖的新机制，阐明了HARs作为关键调控元件对人类大脑皮层扩展和复杂性的重要作用	研究主要基于小鼠和灵长类动物模型，人类大脑发育的复杂性可能未被完全模拟	探索人类特异性增强子HARE5在皮层发育中的功能机制	基因组编辑的小鼠、灵长类动物模型、人类和黑猩猩神经前体细胞及皮层类器官	神经发育生物学	NA	基因组编辑、单细胞RNA测序、固定和活体成像、谱系分析	NA	基因组数据、成像数据、转录组数据	多种动物模型和细胞系（具体数量未明确说明）
55	2025-07-02	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统性地描绘了白血病进展过程中基质细胞信号的时间动态变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调控因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	癌症生物学	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，CRISPR筛选，多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据，CRISPR筛选数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
56	2025-07-02	Potential Key Genes for Giant Cell Arteritis Revealed Based on Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization Analysis 2025-May-09, International archives of allergy and immunology IF:2.5Q3 DOI:10.1159/000546323 PMID:40349694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别了与巨细胞动脉炎(GCA)相关的三个关键基因，并探讨了其潜在致病机制	首次整合单细胞RNA测序、表达数量性状位点和全基因组关联研究数据，采用两样本孟德尔随机化方法探索CD4+ T细胞中标记基因对GCA发展的因果效应	研究结果需要进一步实验验证，且样本量和种族多样性可能有限	识别与GCA相关的关键基因并探索潜在致病机制	巨细胞动脉炎(GCA)患者	生物信息学	巨细胞动脉炎	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 表达数量性状位点分析, 全基因组关联研究	两样本孟德尔随机化模型	基因组数据, 转录组数据	未明确说明样本数量
57	2025-07-02	Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf277 PMID:40545244	研究论文	本文提出了一种名为Perturb-STNet的新框架，用于识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络	Perturb-STNet结合了基于网络的时空模型，能够量化复杂多细胞或多组织系统中的动态影响，特别是在具有时空分辨率的单细胞数据中	NA	识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络	单细胞数据，包括上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据以及结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 结肠炎	CODEX单细胞成像, MERFISH空间转录组	网络模型, 时空模型	单细胞数据, 时空数据	合成数据、上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据、结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据
58	2025-07-01	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用分层框架和图神经网络的消息传递层，支持跨多种数据类型的细胞注释，并引入加权正负标记	未明确提及方法在低质量数据或极端批次效应下的性能表现	解决单细胞和空间组学分析中细胞类型注释的挑战	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间转录组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学	图神经网络(GNN)	单细胞测序数据、空间组学数据	涵盖28种组织类型的329种细胞类型、2497个基因标记的人类和植物数据
59	2025-06-30	Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds 2025-May-23, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04353-9 PMID:40404962	综述	本文综述了植物病毒趋向性的分子和细胞决定因素，包括病毒如何针对生殖器官、分生组织和种子，以及宿主因素如何影响病毒分布	探讨了超分辨率显微镜、单细胞转录组学和蛋白质组学在解析病毒-宿主相互作用中的新应用，揭示了病毒积累的新机制	NA	理解植物病毒趋向性的分子和细胞机制，以改善作物抗性和设计综合疾病管理策略，并探索植物病毒在靶向传递和生物技术应用中的潜力	植物病毒及其在特定细胞类型、组织或宿主中的感染和复制能力	植物病理学	植物病毒感染	超分辨率显微镜、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	NA	NA
60	2025-06-30	Huanglian Jiedu Decoction Treats Ischemic Stroke by Regulating Pyroptosis: Insights from Multi-Omics and Drug-Target Relationship Analysis 2025-May-23, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18060775 PMID:40573172	research paper	该研究探讨了黄连解毒汤通过调节细胞焦亡治疗缺血性卒中的机制，并利用多组学和药物-靶点关系分析提供了深入见解	首次结合多组学分析和网络药理学方法，揭示了黄连解毒汤通过调节NLRP3介导的细胞焦亡途径减轻缺血性卒中损伤的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验验证	探究黄连解毒汤治疗缺血性卒中的分子机制	8周龄雄性小鼠	中医药研究	缺血性卒中	多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、网络药理学、分子对接、表面等离子体共振(SPR)、液相色谱-质谱联用(LC-MS)、分子动力学模拟	小鼠缺血性卒中模型	多组学数据、生理指标、组织病理学数据、分子生物学数据	6组小鼠(假手术组、模型组、阳性药物组和低、中、高剂量黄连解毒汤组)