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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-23 |
D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.19.537364
PMID:37131803
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研究论文 | 介绍D-SPIN计算框架,利用多重单细胞RNA测序数据构建基因调控网络模型,揭示细胞扰动响应的组织原理 | 提出D-SPIN框架,能从数千种不同扰动条件下收集的单细胞mRNA测序数据中生成基因调控网络的定量模型,并揭示细胞命运决定的关键调控因子和药物响应机制 | 未明确提及 | 利用单细胞RNA测序数据构建基因调控网络定量模型,揭示细胞信息处理和生理控制原理 | 受扰动后的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 概率模型 | 基因表达数据 | 大规模Perturb-seq和药物响应数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2026-05-23 |
Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence
2025-May-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101260
PMID:40215972
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研究论文 | 利用单细胞测序技术分析嵌合抗原受体(CAR)信号域库,揭示不同信号架构对T细胞体内持久性和功能的影响 | 首次利用单细胞测序系统性地将不同的CAR细胞内信号域(ICD)架构与转录输出进行映射,并发现特定ICD架构能够驱动T细胞在液体肿瘤中产生独特的强直信号特征,从而增强体内持久性和疗效 | 该研究仅限于液体肿瘤模型,未证实相同ICD架构在实体肿瘤中的有效性,且基于文库的体外分析可能未能完全模拟体内复杂的微环境 | 解码CAR信号设计原理,通过系统分析ICD架构与T细胞功能的关系,为下一代ICD的理性设计提供依据 | 表达不同CAR信号域架构的工程化T细胞 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞测序,NGS | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2026-05-22 |
Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction
2025-May-20, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 揭示髓系脂肪酸代谢通过激活邻近造血干细胞促进射血分数保留的心力衰竭的机制 | 首次发现心肌代谢性HFpEF患者外周血造血干细胞升高,并阐明了髓系脂肪酸代谢通过Vcam1信号调控造血干细胞微环境的新机制 | NA | 阐明射血分数保留的心力衰竭(HFpEF)中先天性免疫反应及其因果机制 | 患者样本、小鼠模型中的造血干细胞、骨髓细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 质谱分析, 碳标记 | NA | 单细胞基因表达数据, 流式细胞术数据, 代谢数据 | 患者样本和小鼠模型(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2026-05-21 |
CO-Releasing Polyoxometalates Nanozyme with Gut Mucosal Immunity and Microbiota Homeostasis Remodeling Effects for Restoring Intestinal Barrier Integrity
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500116
PMID:40079617
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研究论文 | 本研究介绍了一种一氧化碳释放的多金属氧酸盐纳米酶(PMC),通过协同调节肠道黏膜免疫和微生物群稳态修复肠道屏障,用于治疗炎症性肠病 | 首次将一氧化碳释放与多金属氧酸盐纳米酶结合,实现靶向积累、活性氧清除及响应性一氧化碳释放的多重治疗效果,并通过单细胞RNA测序揭示其调控巨噬细胞极化和肠道干细胞Notch通路的机制 | 未提及具体局限性 | 开发一种具有肠道屏障修复能力的多功能纳米酶用于炎症性肠病治疗 | 炎症性肠病患者及溃疡性结肠炎模型小鼠 | 机器学习 | 炎症性肠病,溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序 | 10x Chromium, NA | NA |
| 45 | 2026-05-20 |
Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure
2025-May-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095
PMID:40315846
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,解析儿童高级别胶质瘤的免疫景观,揭示治疗压力下细胞状态的变化 | 首次全面分析儿童高级别胶质瘤的免疫微环境,比较成人与儿童之间的差异,并探索化疗/放疗和免疫检查点抑制治疗后的免疫微环境变化 | 未提供具体局限性信息 | 分析儿童高级别胶质瘤的免疫景观,探究治疗压力下免疫细胞状态变化 | 儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞 | 数字病理学 | 儿童高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 来自儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的配对样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, 空间转录组学分析 |
| 46 | 2026-05-20 |
Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653878
PMID:40463198
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示I型干扰素信号强度对CAR T细胞治疗效果的影响,并提出低强度IFN-I信号增强治疗的新策略 | 首次发现低强度I型干扰素信号可增强CAR T细胞细胞毒性和体内疗效,且与共刺激域类型无关,具有临床转化可行性 | 研究样本量较小(8例患者),且未在其他淋巴瘤亚型或实体瘤中进行验证 | 探索影响CAR T细胞治疗弥漫大B细胞淋巴瘤疗效的分子决定因素,并开发增强策略 | 8例复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例患者的输注产品 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'测序平台 |
| 47 | 2026-05-19 |
Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing
2025-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040
PMID:40139473
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示健康人膝关节不同部位韧带的成纤维细胞异质性 | 首次建立健康人膝关节不同部位韧带的全面细胞图谱,并发现与解剖位置相关的三种成纤维细胞亚群及FTH1/FTL_SCARA5信号通路 | 未明确提及局限性 | 研究健康膝关节不同部位韧带的细胞组成和成纤维细胞异质性 | 15名健康受试者膝关节不同部位的韧带组织 | 单细胞组学 | 膝关节韧带疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 15名健康受试者,约106,077个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2026-05-17 |
Engineering sonogenetic EchoBack-CAR T cells
2025-May-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.035
PMID:40179881
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研究论文 | 利用超声遗传学技术构建EchoBack-CAR T细胞,通过聚焦超声刺激实现CAR的持续表达,用于实体肿瘤治疗 | 首次设计超声响应型EchoBack-CAR T细胞,利用超灵敏热休克启动子和CAR信号正反馈回路实现长效表达,并通过聚焦超声刺激精准调控 | 未提及 | 开发一种通用、高效且安全的实体肿瘤治疗策略 | EchoBack-CAR T细胞及其靶向GD2或PSMA的变体 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤,前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 49 | 2026-05-17 |
Rorγt-positive dendritic cells are required for the induction of peripheral regulatory T cells in response to oral antigens
2025-May-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.03.020
PMID:40185101
|
研究论文 | 本文通过开发一种特异性删除Rorc基因顺式调控元件的小鼠,发现RORγt阳性树突状细胞对于口服抗原诱导外周调节性T细胞是必需的,而ILC3则无此作用 | 首次通过基因编辑手段特异性缺失RORγt阳性树突状细胞,明确区分了其在pTreg诱导中的独特作用,并发现RORγt DC与ILC3共享淋巴样起源 | 未明确指出局限性 | 阐明RORγt抗原呈递细胞在外周调节性T细胞诱导及口服耐受维持中的作用 | RORγt阳性树突状细胞和3型固有淋巴样细胞 | 机器学习和数字病理不适用,应归类为免疫学或细胞生物学 | 食物过敏、炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、谱系追踪 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 基因修饰小鼠模型,具体数目未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序平台,具体配置未详述 |
| 50 | 2026-05-17 |
Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection
2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202403195R
PMID:40322970
|
研究论文 | 通过血浆脂质代谢物分析和PBMCs转录组测序,揭示脂质介质与DNA损伤通路在SARS-CoV-2感染严重程度中的相关性 | 首次系统揭示花生四烯酸(AA)和二十碳五烯酸(EPA)等促炎脂质介质与WHO疾病严重程度评分的正相关关系,并发现EPA水平与高评分患者细胞周期和DNA损伤通路的激活相关 | 样本量较小(10例感染和10例未感染患者),需要更大样本验证;鼻拭子scRNA-seq数据集为已有公开数据,可能未完全匹配本研究的患者群体 | 探究遗传因素和脂质代谢物与重型SARS-CoV-2感染之间的关联机制 | COVID-19患者和健康对照者的血浆、PBMCs和鼻拭子样本 | 自然语言处理 | 呼吸道病毒感染 | bulk RNA-seq、总脂肪酸面板分析、Mann-Whitney U检验、Ontology/KEGG/Reactome通路分析 | NA | 基因表达数据、脂质代谢物数据 | 10例感染和10例未感染患者用于RNA-seq和脂质分析;58例健康与COVID-19参与者用于鼻拭子基因表达研究 | NA | bulk RNA-seq、scRNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-05-17 |
Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting
2025-May-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011
PMID:40378829
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综述 | 综述了RNA聚合酶II通过再起始和爆发式转录调控的最新研究进展 | 整合活细胞成像和单细胞转录组学数据,提出RNAPII再起始和爆发式转录作为基因调控的普遍现象,并聚焦于分子机制和未解问题 | 未提供具体实验数据,主要基于现有文献总结,可能忽略某些研究细节 | 探讨RNAPII爆发式转录的调控策略及其在健康和疾病中的意义 | 真核细胞中RNA聚合酶II的转录调控过程 | 自然语言处理 | NA | 活细胞成像、单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2026-05-17 |
Angiotensin-Converting Enzyme-Dependent Intrarenal Angiotensin II Contributes to CTP: Phosphoethanolamine Cytidylyltransferase Downregulation, Mitochondrial Membranous Disruption, and Reactive Oxygen Species Overgeneration in Diabetic Tubulopathy
2025-05, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1089/ars.2024.0637
PMID:39495586
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研究论文 | 该研究探讨了血管紧张素转换酶依赖性肾内血管紧张素II在糖尿病肾小管病变中导致线粒体膜破坏、活性氧过度生成和CTP:磷酸乙醇胺胞苷酰转移酶下调的作用 | 首次揭示了ACE依赖性肾内AngII通过破坏线粒体膜稳态和下调PCYT2导致糖尿病肾小管损伤的新机制,为ACEI联合治疗提供新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类样本中验证;仅部分改善效果,未完全逆转损伤 | 探究ACE依赖性肾内AngII在糖尿病肾小管病变中对线粒体膜稳态和ROS生成的影响 | 高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠模型 | 生物信息学 | 糖尿病肾病, 肾小管病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | 小鼠模型,具体数量未在标题和摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于肾小管单细胞RNA测序分析PCYT2富集 |
| 53 | 2026-05-16 |
Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning
2025-05-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae537
PMID:39361430
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研究论文 | 通过机器学习探索系统性红斑狼疮合并EB病毒感染患者的遗传和免疫细胞动态变化 | 首次利用机器学习识别出IFI27作为SLE合并EBV感染的关键基因,并结合单细胞RNA测序揭示其在CD4 CTL和B细胞亚群中的表达模式 | 未提供具体局限性信息 | 识别SLE合并EBV感染患者中的关键基因和免疫细胞 | 系统性红斑狼疮合并EB病毒感染患者 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来源于GEO数据库的多个数据集(GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918) | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2026-05-16 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies APOC1 as a biomarker and therapeutic target for G0/G1 cell cycle arrest in cholangiocarcinoma
2025-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111028
PMID:40064358
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research paper | 通过整合单细胞和批量RNA测序,确定了APOC1作为胆管癌G0/G1细胞周期阻滞的生物标志物和治疗靶点 | 首次识别APOC1为胆管癌G0/G1期阻滞的特征基因,并利用单细胞RNA测序验证其表达峰与细胞周期的关联 | NA | 探索胆管癌中诱导G0/G1期阻滞的分子机制以及鉴定G0/G1期特征生物标志物 | 胆管癌细胞 | machine learning | 胆管癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2026-05-15 |
Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease
2025-May-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019
PMID:40311614
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研究论文 | 通过直接替换小胶质细胞,揭示脑巨噬细胞在单基因神经系统疾病中的病理和治疗作用 | 首次通过单细胞测序揭示Krabbe病中干扰素反应特征和小胶质细胞失调,并利用直接CNS单核细胞注射实现高效小胶质细胞替换,证明该疗法可显著改善疾病 | 主要在动物模型中进行,临床转化需进一步验证安全性和有效性 | 阐明巨噬细胞在Krabbe病病理和治疗中的具体角色,探索直接小胶质细胞替换的潜在治疗价值 | Krabbe病(球细胞脑白质营养不良)模型小鼠(twitcher小鼠)及人类脑标本 | 机器学习 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 动物模型(twitcher小鼠)及人类脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 56 | 2026-05-15 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 通过时空剖析揭示卡路里限制对哺乳动物大脑衰老的影响 | 利用高可扩展单核基因组学和空间转录组学平台,首次在区域和细胞类型特异性分辨率下解析卡路里限制抗衰老的分子和细胞机制 | 未明确提及,但可能包括仅在小鼠模型中验证,且卡路里限制对人类大脑衰老的转化应用需进一步研究 | 阐明卡路里限制对衰老大脑的分子和细胞保护机制,特别是区域特异性效应 | 小鼠大脑(来自36只小鼠,3个年龄组,超过50万个细胞),以及来自卡路里限制和对照条件下老年小鼠的12个脑切片进行空间转录组分析 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单核基因组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 36只小鼠大脑、12个脑切片、超过50万个细胞 | 10x Genomics | 单核RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单核3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 57 | 2026-05-12 |
Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator
2025-05-05, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001
PMID:40195115
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研究论文 | 通过比较空间转录组学揭示旱稻根部干旱适应机制及HMGB1作为关键调控因子 | 首次构建了旱稻与水稻节间和根尖的空间转录组图谱,并鉴定了HMGB1作为促进旱稻根系伸长和增厚从而增强抗旱能力的关键转录调控因子 | NA | 揭示旱稻根部适应干旱的分子和发育机制,为培育抗旱水稻提供遗传资源 | 旱稻和水稻的根部 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 节间和根尖样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 58 | 2026-05-10 |
High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas
2025-May-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17101681
PMID:40427178
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研究论文 | 本研究发现了肺腺癌中KYNU基因的双峰表达与患者预后不良相关,并揭示了其与KEAP1/STK11突变及免疫抑制代谢的关系 | 首次揭示KYNU在肺腺癌患者来源肿瘤中与KEAP1/STK11共突变相关且具有免疫抑制代谢表型,而在小鼠模型中表达模式与人类不一致,凸显了物种差异 | 小鼠肺腺癌模型无法忠实再现人类KYNU的表达模式,给临床前模型研究带来挑战 | 发现肺腺癌中与预后相关的双峰表达基因,揭示其潜在致癌基因型及新的治疗见解 | 肺腺癌患者肿瘤样本及其对应的免疫微环境、代谢状态和小鼠模型 | 机器学习 | 肺腺癌, 胰腺癌, 肾癌, 黑色素瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | 聚类模型 | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 代谢组数据 | 多个肺腺癌数据集,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 59 | 2026-05-10 |
Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease
2025-May-08, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025337
PMID:39977705
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研究论文 | 通过单细胞测序技术在慢性移植物抗宿主病中定义致病性IL-17和CSF-1基因表达特征 | 利用信息丰富的临床前慢性移植物抗宿主病模型,通过单细胞测序“逆向工程”定义小鼠血液中可随时间变化的IL-17和CSF-1特征,用于评估患者 | 靶向治疗仅对部分患者有效,且费用高昂、美国以外地区难以获取,目前依赖试错法使用 | 定义致病性IL-17和CSF-1基因表达特征,以促进选择合适治疗和识别高危个体进行预防性治疗 | 慢性移植物抗宿主病(cGVHD)患者和临床前模型小鼠 | 机器学习 | 慢性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 70%的cGVHD诊断患者和一半移植后100天发展为cGVHD的患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |
| 60 | 2026-05-10 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals efferocytosis signature predicting immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2025-05, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.dld.2025.01.196
PMID:39904693
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析开发了与胞葬作用相关的基因签名(ER.Sig),用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次结合单细胞和bulk转录组数据,利用十种机器学习算法构建胞葬作用相关基因签名,并多组学验证其在预测免疫治疗反应中的价值 | 数据来源于公共数据库,缺乏独立的外部验证队列;研究仅基于转录组水平,未进行功能实验验证 | 开发胞葬作用相关基因签名以预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 肝细胞癌患者 | 机器学习和数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序和bulk RNA测序 | 随机生存森林模型(与其他九种算法比较后选择) | 转录组数据(单细胞和bulk层面) | 多个公共数据集,包括肝细胞癌患者样本和IMvigor210免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |