单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-24	D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.19.537364 PMID:37131803	research paper	介绍了一种名为D-SPIN的计算框架，用于从单细胞mRNA测序数据中构建基因调控网络模型	D-SPIN能够从数千种不同扰动条件下的单细胞mRNA测序数据中构建基因调控网络的定量模型，揭示细胞对扰动的响应机制	未明确提及具体局限性	揭示细胞信息处理和生理控制的原则	单细胞mRNA测序数据	computational biology	NA	scRNA-seq	D-SPIN	gene expression data	数千种不同扰动条件下的数据
42	2025-07-24	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-May-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	该研究通过工程化血管系统，促进了多能干细胞来源的胰岛类器官的功能成熟	首次在非灌注模型和微流体装置中构建了三维血管化的SC-胰岛类器官，揭示了血管化对SC-β细胞功能成熟的关键作用	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索血管化对多能干细胞来源胰岛类器官功能成熟的影响	人多能干细胞来源的胰岛类器官(SC-islets)、人原代内皮细胞(ECs)和成纤维细胞	组织工程	糖尿病	scRNA-seq、微流体技术	NA	基因表达数据、生理功能数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外培养的细胞和小鼠模型
43	2025-07-24	Quantification of single cell-type-specific alternative transcript initiation 2025-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.29.651292 PMID:40654755	研究论文	开发了一种新的生物信息学方法TSRdetector，用于检测不同组织、细胞类型或疾病中基因转录起始区域（TSR）的显著使用变化	TSRdetector是一种专门设计用于检测基因TSR在不同条件下使用变化的新方法，能够处理单细胞RNA测序和批量RNA测序数据	未明确提及方法的局限性	探索基因转录起始区域（TSR）在不同组织和细胞类型中的选择性激活机制	人类健康与糖尿病肾脏、小鼠B细胞分化、人类胚胎干细胞多能性转变	生物信息学	糖尿病	scRNA-seq, bulk-RNA-seq, Smart-seq2	NA	RNA-seq数据	10X snRNA-seq数据集、Smart-seq2数据集、批量RNA-seq数据集
44	2025-07-24	Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta 2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.28.651085 PMID:40654768	研究论文	该研究揭示了神经肽tachykinin与经典Wnt信号通路在调控脊索动物模型心肌祖细胞增殖中的作用	首次阐明了神经肽tachykinin及其受体在心肌祖细胞增殖和心肌心管形成中的具体作用机制	研究仅基于Ciona robusta模型，在高等脊椎动物中的普适性有待验证	探究神经信号对心脏发育和生长的调控机制	Ciona robusta（一种脊索动物）的心脏发育过程	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, CRISPR-Cas9基因敲除	NA	基因表达数据	成年Ciona robusta心脏组织
45	2025-07-24	Integrating Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis to Investigate the Role of Ferroptosis in Ischemic Stroke and the Molecular Mechanisms of Immune Checkpoints 2025-05, World neurosurgery IF:1.9Q2 DOI:10.1016/j.wneu.2025.123908 PMID:40118372	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨铁死亡在缺血性卒中中的作用及免疫检查点的分子机制	利用单细胞转录组数据和机器学习算法识别了与铁死亡相关的关键基因，并验证了其诊断价值	研究仅基于公开数据集，缺乏实验验证	识别缺血性卒中中铁死亡相关的关键基因，探索其分子机制和潜在生物标志物	缺血性卒中患者和对照组的星形胶质细胞及T细胞亚群	生物信息学	缺血性卒中	单细胞转录组测序，Lasso回归，支持向量机算法	机器学习算法	转录组数据	公开数据集GSE247474
46	2025-07-23	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	研究论文	本研究揭示了脑膜来源的视黄酸（RA）通过抑制Notch和Sox2信号通路调控神经发生的分子机制	首次发现脑膜来源的RA通过抑制Notch信号通路和Sox2表达促进神经发生，揭示了RA在协调新皮质发育中的新机制	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，可能不完全反映正常发育情况	探究脑膜来源RA调控端脑神经前体细胞神经发生的分子机制	Foxc1突变胚胎的端脑神经前体细胞	神经发育生物学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
47	2025-07-23	Exploring the immune environment of glioblastoma through single-cell RNA sequencing in humanized mouse models 2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.17.654526 PMID:40475625	研究论文	通过在人源化小鼠模型中进行单细胞RNA测序，探索胶质母细胞瘤的免疫环境	建立了一种独特的人源化胶质母细胞瘤小鼠模型，该模型利用患者来源的异种移植物（PDXs）在人源化小鼠中重现了肿瘤的免疫微环境	模型依赖于特定类型的免疫缺陷小鼠和人脐带血来源的造血干细胞，可能限制了其广泛适用性	研究胶质母细胞瘤的免疫环境并评估新疗法，特别是免疫疗法	人源化小鼠模型中的胶质母细胞瘤患者来源的异种移植物（PDXs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	人源化小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	两种免疫缺陷小鼠模型，使用人脐带血来源的CD34+造血干细胞进行人源化
48	2025-07-23	Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	研究论文	研究人类气道B细胞在早期生命中的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用，特别是在病毒感染时的BAFF产生机制	揭示了BAFF/BAFF受体轴在早期生命B细胞成熟和存活中的关键作用，以及病毒通过JAK/STAT信号诱导BAFF产生的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要更多体内实验验证	理解早期生命中气道B细胞的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用	人类气道B细胞和气道上皮细胞	免疫学	呼吸道病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同年龄组的儿科患者
49	2025-07-23	Sex differences in adenosine deaminase activity associate with disparities in SARS-CoV-2 innate immunity 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112418 PMID:40343269	研究论文	该研究探讨了性别差异在腺苷脱氨酶（ADA）活性上的表现及其与SARS-CoV-2先天免疫差异的关联	揭示了ADA活性性别差异与hERV和ISG表达的关系，以及IL-18在性别特异性ADA2表达中的作用	研究样本可能有限，且机制尚未完全阐明	探究性别差异在抗病毒免疫中的机制	健康人群和COVID-19患者的血液和肺部单核细胞群体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康人群和COVID-19患者的血液和肺部样本
50	2025-07-23	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	研究论文	本文介绍了首个以免疫为重点的猕猴单细胞多组织图谱RIRA，通过对比转录谱与免疫谱系，揭示了单细胞RNA测序在免疫细胞分类中的优势和局限	首次构建了猕猴免疫参考图谱RIRA，并识别了具有高判别/诊断价值的基因程序，包括模拟T/NK细胞成熟的多基因特征	在T细胞和自然杀伤细胞中，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记，且共享的表达程序（如细胞毒性）导致无监督聚类时出现系统性混合	准确解释单细胞RNA测序数据，理解其与免疫细胞功能和谱系定义的差异和限制	猕猴免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多组织样本（具体数量未提及）
51	2025-07-23	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-May-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系细胞谱系，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞功能，并发现CD患者造血干细胞（HSCs）亚群的功能异质性	样本量较小（n=19），且机制研究依赖小鼠异种移植模型	阐明SCT后免疫系统重建机制，评估其作为细胞疗法恢复免疫细胞功能的潜力	难治性克罗恩病成年患者（n=19）的血液、肠道样本及HSCs	细胞治疗	克罗恩病	CyTOF（质谱流式细胞术）、scRNA-seq（单细胞RNA测序）、小鼠异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、质谱流式数据	19例难治性CD患者
52	2025-07-23	Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413253 PMID:40087815	研究论文	本文探讨了PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65调控巨噬细胞极化在急性肺损伤中的新治疗靶点	发现NF-κB p65上的新瓜氨酸化位点R171，并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略	研究主要聚焦于PA诱导的急性肺损伤，其他类型的肺损伤是否适用尚不明确	探索PAD2介导的瓜氨酸化在巨噬细胞极化中的作用及其在急性肺损伤治疗中的应用	巨噬细胞极化和急性肺损伤	生物医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	NA
53	2025-07-23	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	研究论文	该研究通过分析小鼠和人类肺部的组织学特征，绘制了抗纤维化因子的图谱	通过高维组织学纤维特征和单细胞测序技术，识别了与纤维化进程和消退相关的成纤维细胞亚型及其生物分子环境	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类数据的验证仍需进一步扩展	探索肺纤维化进程中促纤维化和抗纤维化因子的作用机制	小鼠和人类肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序, Visium空间分析	NA	组织学图像, 转录组数据	NA
54	2025-07-23	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	研究论文	通过整合分析人类大脑皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层发育细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成500多个基因共表达网络，揭示了皮层发育的动态细胞亚型特异性，并验证了特定模块在细胞命运决定中的作用	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他分子层面的验证	探索人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类大脑皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞转录组测序	基因共表达网络分析	转录组数据	7个发育期数据集和16个成年期数据集
55	2025-07-22	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	research paper	该研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）侵袭过程中肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）的相互作用及其在引导肿瘤集体迁移中的作用	发现了plexin-B2在TAMs中的关键作用，解决了细胞碰撞问题，引导GBM细胞排列并重组细胞外基质，从而影响GBM的生长模式	研究主要基于小鼠模型，虽然结果在人类GBMs中得到验证，但直接应用于临床仍需进一步研究	探索GBM侵袭性生长的机制及其与TAMs的相互作用	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	digital pathology	glioblastoma	single-cell RNA sequencing	immunocompetent murine model	RNA-seq data, imaging data	小鼠模型及人类GBMs样本
56	2025-07-22	Polyamine acetylation mediates crosstalk between cancer cells and myeloid cells to promote mesenchymal/plurimetabolic states in glioblastoma 2025-May-27, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf128 PMID:40424600	研究论文	本研究探讨了多胺乙酰化在胶质母细胞瘤(GBM)中介导癌细胞与髓系细胞间的代谢串扰，促进间充质/多代谢状态的作用	首次发现SAT1及其产物N1-乙酰亚精胺在连接肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞/髓系细胞的代谢活性中的新作用	部分机制尚未完全阐明，如SAT1影响肿瘤细胞代谢的具体通路	探究多胺代谢重编程如何影响GBM亚型分类的恶性细胞内在和微环境依赖的生物学过程	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系	肿瘤代谢	胶质母细胞瘤	液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据	人类和小鼠GBM肿瘤样本及细胞系(具体数量未明确)
57	2025-07-22	Spatial characterization of interface dermatitis in cutaneous lupus reveals novel chemokine ligand-receptor pairs that drive disease 2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574422 PMID:38260617	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，揭示了皮肤红斑狼疮（CLE）中界面性皮炎的免疫病理机制，特别是发现了新的趋化因子配体-受体对	发现了新的趋化因子配体-受体对（如CXCL6/CXCR1和CCL8/CCR2），并揭示了角质形成细胞损伤到淋巴细胞募集的通路	样本量相对较小，且仅针对CLE的特定亚型进行了分析	理解皮肤红斑狼疮（CLE）中界面性皮炎的免疫病理机制	皮肤红斑狼疮（CLE）患者和健康对照的皮肤样本	数字病理	皮肤红斑狼疮	空间转录组学、空间蛋白质组学、数字空间分析（DSP）、96-plex免疫分析	NA	蛋白质组数据、转录组数据、流式细胞数据	使用吸疱活检和穿刺活检的皮肤样本，具体数量未明确说明
58	2025-07-22	Aging Compromises Terminal Differentiation Program of Cytotoxic Effector Lineage and Promotes Exhaustion in CD8+ T Cells Responding to Coronavirus Infection 2025-May-21, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70109 PMID:40396260	research paper	该研究探讨了衰老如何影响病毒特异性T细胞在感染过程中的分化程序，特别是在冠状病毒感染模型中	揭示了衰老通过调节关键转录因子表达，损害病毒特异性CD8 T细胞的终末分化并促进其耗竭的新机制	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究衰老对病毒特异性T细胞分化程序的影响	老年小鼠中的CD8和CD4 T细胞	免疫学	冠状病毒感染	bulk和单细胞转录组学	NA	转录组数据	老年小鼠模型
59	2025-07-22	Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones 2025-May-19, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040 PMID:40250431	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了鸟类视网膜中光感受器的进化关系，揭示了双锥细胞的起源	首次系统地探索了鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系，并提出了双锥细胞（DC-P和DC-A）分别起源于祖先红锥和蓝锥的假设	研究仅基于新孵化鸡的视网膜样本，可能无法完全代表所有鸟类或其他脊椎动物的光感受器进化关系	探索鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系	鸟类视网膜中的光感受器细胞	生物进化	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CRISPR介导的基因敲除	NA	RNA测序数据	新孵化鸡的视网膜样本
60	2025-07-22	High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas 2025-May-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17101681 PMID:40427178	research paper	该研究旨在发现与患者预后相关的双峰表达基因，揭示潜在的致癌基因型，并为肺腺癌（LUAD）提供新的治疗见解	研究发现KYNU基因的表达模式与LUAD患者的预后、KEAP1/STK11突变以及免疫抑制代谢密切相关，并在多种癌症类型中显示出预后关联	研究指出小鼠模型中的KYNU表达与人类肿瘤存在差异，提示临床前模型的局限性	探索肺腺癌中与预后相关的双峰表达基因及其潜在的致癌机制	肺腺癌患者和小鼠模型	digital pathology	lung cancer	meta-analysis, bulk and single-cell transcriptomics, metabolomics	NA	transcriptomics, metabolomics data	多个LUAD数据集及小鼠模型数据